2NOOA

Crystal structure of mutant nika
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
496
structure length
494
Chain Sequence
DEITTAWPVNVGPLNPHLATPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQAHAALELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPAPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIARQRDGRFGMIFHRTAGAPADPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Nickel binding to NikA: an additional binding site reconciles spectroscopy, calorimetry and crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k12
total genus 148
structure length 494
sequence length 496
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2006-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2nooA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2nooA01
4KPTA 4DCXA 2V93A 3G3KA 3FV1A 1R6ZA 4IB2A 5FTHA 4DZ1A 1SBPA 2Y7WA 2I0BA 5M2VA 2HZLA 5CMBA 3FVKA 3MJNA 1FTMA 2A5TA 4R74A 3FVGA 4ZEFA 3OMBA 4NF4A 3F11A 3N5LA 4DCYA 5HBCA 3GBAA 4Q30B 2HCAA 4R9GA 2O69A 4NE4A 4OFOA 3O6IA 3TTNA 2VD2A 1EU8A 3EHUA 1DTZA 4U23A 1QKBA 4F3SA 2ZMBA 3B6TA 1Y3NA 3CG1A 2F35A 2GFEA 3K6UA 1XVXA 4R2BA 1JVYA 1PEBA 2QS3A 4JWYA 1YTVA 1AH5A 1MH4A 3QIMA 3R26A 5H8NB 5K2YA 4P11A 3DRKA 4UACA 2GHBA 2H9BA 2OZZA 3O6HA 1IUDA 5DVJA 3RGYA 2GH9A 3JV9A 3G3JA 4DIGA 5IKBA 4JDFA 3C32A 2I3WA 4ELPA 2ZNTA 3IORA 3W9VA 3K6XA 1VSOA 4U1ZA 2YPNA 1ZKBA 2HFBA 3OOAA 2F97A 2OWSA 1BLFA 3G7WA 4R6YA 2XXVA 4JSDA 2OCUA 4BDRA 4GWOA 1TFAA 1MXWA 3MP1A 1QUIA 1FQBA 1A40A 4I8CA 2XXTA 3QK6A 4GVOA 4R6KA 4F1VA 4QSCA 4O3CA 2QL3A 1URSA 2UVJA 4YKKA 1P1WA 2R9JA 3H6VA 1CB6A 4YU0A 4LZ8A 4Q0CA 2RKMA 2I4CA 4O3AA 2UYEA 3T9VA 1EZPA 3C36A 5DYHA 1BP5A 3PMWA 1USYE 4OMBA 4FE8A 4GF8A 4U1OA 1B4ZA 3TFLA 4ESWA 2YJPA 1MRPA 3EPEA 2I48A 5CBSA 4F3GA 2D5WA 2DWIA 3S4UA 3RYBA 2YLNA 2Q2AA 1P1QA 1QVSA 4POXA 3OO7A 1A8FA 1N7WA 3C34A 2F6PA 3ILTB 2B65A 4THIA 5H8NA 2XXYA 1TFDA 2WOPA 4KHZE 4QF9A 3S9LC 5FHMA 1UQWA 3BBRA 4JB7A 3FV2A 1MM6A 3RTFB 3O9PA 4OENA 1FCKA 2ZYNA 5CC2A 3OO9A 2Y84A 1MY1A 1Q1KA 1JNFA 3LUYA 2F34A 4DDDA 2PMSA 4IGTA 1LFHA 2I4BA 4EQ7A 4RJZA 4QFKA 4KD5A 1NH8A 1DSNA 3TYHA 1US4A 3PUXE 1Y9UA 3IB2A 4KYEA 1AOVA 5H8HA 3IOVA 3QSLA 1D9YA 3ZSFA 1QUJA 3N26A 3KGCA 4LQ2A 4JSOA 4OHNA 1OLAA 3MZBA 1Y1MA 3V83A 3SESA 4NF8A 4JBZA 1EZOA 4FEBA 1LCTA 4HW8A 3FIRA 3PPRA 1B40A 1RYXA 4RNSA 4F31B 5I57B 2VD3A 4GXSB 1N7XA 4LUBA 4OFLA 3DRGA 4FORA 2AL4A 3TAJA 1SQYA 2UVIA 4OTEA 1IXGA 4TLLB 2DYXA 2R6GE 1LB9A 4BDNA 1OVTA 1NNPA 1SW2A 1TWYA 1QJMA 1SW5A 2DXRA 1IQ7A 4QSDA 1IXIA 4TOZA 1B4HA 3PD8A 4NWCA 4ISUA 3OXNA 4IO3A 4BLAA 1HSJA 3KN8A 1MQHA 4X9TA 2I58A 2I6EA 1A7LA 3TQWA 4R2FA 3IOUA 2GRVA 3K01A 1MS7A 1US5A 1PBQA 2Q9TA 1MXYA 4LZ7A 4RYAA 3U1OA 4U2RA 5B7DA 3FVOA 4H5FA 4OEUA 4NF6B 1FW0A 3WAFA 4E0WA 3IX1A 5ICQA 1WVJA 1OVBA 4Z0IA 3IJXB 2F5XA 3R7XA 2Z22A 5BUUA 4WEPA 1Z7ME 2P0SA 1B7HA 4POWA 3M8UA 5KCJB 2B4MA 3MBPA 3TTMA 1S7YA 5CI5A 3SEUA 5HPQA 1MY2A 3W15C 1GTKA 3E9XA 2Y7PA 3UK4A 2ONKE 4YMBA 3VVDA 3Q27A 4FIMA 4N13A 2XD2A 3DP4A 1BIYA 1O7TA 3IR1A 2QPQA 2H99A 3OO8A 2PX1A 4TQUQ 1ELJA 3EF7A 1H76A 2OWTA 3MC2A 4H6DA 1NNKA 2QS2A 1ZU0A 1DTGA 5KZTA 3KEIA 1Y4CA 4AQ4A 2HAUA 3IOWA 3FJ7A 2ZYKA 2ZYOA 1UIUA 4YKPA 1N84A 3B6WA 4LP2B 1H43A 4QFOA 2OLBA 4KYSA 2DWHA 2ZNUA 2UYFA 1MH3A 1SVXB 1ZMGA 4ECFA 3EHTA 4F19A 4G68C 2FA7A 3RYAA 4QSEA 2HQ0A 3U93A 2O7IA 2DWJA 5DVIA 1UIVA 2DQVA 3OEMA 3DRHA 2OJTA 3MVZA 1USYH 3RT8A 3O6PA 1R1NA 2NWJA 2E1SA 2REJA 3G3HA 4E0XA 3KOTA 3FATA 3P7IA 3H4ZA 4GQOA 3K4UA 5CM6A 5DT6A 1RYOA 4ZEIA 2XXHA 1B0LA 3CG3A 1IEJA 2VGQA 2XD3A 3DM0A 3UP9A 1JEVA 1UTBA 5DVFA 1ZIUA 1MY0A 3OSRA 1A54A 3G3GA 3CIJA 2I3VA 3U94A 4OZ9A 3K02A 4MF3A 3OEKA 3UIFA 4RK9A 4R6HA 1NNFA 3HPIA 4GLIA 1J1NA 3T9XB 2DWAA 3FJMA 3N6UA 4JWOA 1B58A 3MW0A 3Q26A 4H1XA 1M5FA 4F1YA 2F6GA 1LAXA 4H67A 2HEUA 3VXCA 4ZECA 4YICA 3FVNA 1B5JA 3C31A 3BFTA 4RY1A 2G29A 4IY5A 3SDFA 3PPNA 1LFGA 1MQGA 3RNNA 1FQEA 4I9DA 1MQIA 3H03A 5CMMA 3TTLA 1YPNA 5IAIA 3S9EA 3QUFA 3TCHA 3BKIB 2CMOA 4XIGQ 4ZE8A 1PB8A 4GOTA 3VFJA 2X7QA 4HTGA 3CFLA 3C33A 5AA2D 5B70A 3C35A 3PPPA 4RXLA 4OXVA 4OERA 1R9LA 3V5AA 2B3BA 1DPPA 2XX9A 5H8SA 1PBPA 4BDOA 2HZKA 3TQLA 1SI1A 4PQJA 2XXXA 3SKPA 2ESNA 3A3UA 4YKJA 1B05A 3EHSA 4NMYA 1B9JA 3RUMA 3KOSA 2WOLA 2VP1A 5L9MA 5CMCA 4KQPA 2QMWA 5FTIA 3DRIA 3MVWA 3U72A 5L9OA 4LZ5A 3SETA 4YB6A 1NL5A 5ICTA 1B0HA 3OSQA 1P99A 1N0TA 4ZZEA 3M3KA 4X48A 4IO4A 1MXXA 2VHAA 2F7BA 1ZTYA 3KG2A 1MPDA 4X1DA 5TPAB 1JEUA 2AYSA 3S9NC 4FECA 3C4MA 3VDFA 2XXIA 1AIVA 3N94A 5I2NB 4DE8A 4PETA 4YKIA 1DPEA 4RA1A 3TDJA 1B3GA 1I69A 2RC9A 1SDXA 1XOCA 3VVEA 3T93B 3N6TA 3I6VA 2CZLA 5I2KB 4XTCQ 1NMUA 4F29A 4EQBA 1IXCA 4R73A 4XKPA 4PE5B 2KLFA 5AA2B 1T0KA 1DOTA 1N76A 3U8QA 3RQTA 2LAOA 2DE3A 1D4NA 2F7CA 4M1VA 5JTYB 3TCGA 3DP8A 4N07A 1LBBA 1MY4A 3H7MA 3QYTA 3EQ1A 2V25A 4RPNA 5ISUA 4Z7EA 1A55A 4F1UA 3O28A 4TLMB 2XXQA 3UGWA 4LATA 3TMGA 1MXZA 3LBSA 3IL1B 3QXMA 1IIWA 1NKXA 2Y7IA 2H25A 1UTHB 4KCDA 3CSGA 2AL5A 5I59B 4LVQA 1VE4A 2QS1A 3DLNA 1LAFE 1A99A 5A5XB 2ONRA 3E3KA 3LSLA 4Q5TA 1M5DA 1N04A 1MDQA 2QS4A 3ODBA 4G8MA 3G3FA 3PU5A 4G77A 1A8EA 1HSEA 2DXYA 5TPAA 4DXBA 1M5BA 4XKNA 2P1SA 3FUZA 5AA4B 5I2NA 1FTJA 1FQAA 1Y3QA 3SEVA 3CR9A 3ZS6A 3RLFE 4F39A 1JVXA 2E0SA 1CE2A 1OMPA 1S50A 4EQ9A 3E13X 3S2VA 3QUJA 4OYVA 1QULA 4OETA 2HXWA 1JETA 3CHGA 3UA8A 1TXFA 2I0CA 3IOTA 2UVHA 2RCAA 5I2KA 4KCCA 4MLVA 4WXJA 4EDPA 2PT2A 2DSFA 4F3PA 4FAJA 1P1NA 3H3GA 3GLBA 2V3UA 3OD7A 1MPCA 5L8DA 1Z7NE 4KR5A 2PBWA 4OFJA 3ONMA 3T96B 5CMKA 4H8JA 3ILUB 4F22A 1MXVA 2ABHA 2P2AA 2NXOA 3CSBA 4GXAA 1FQFA 5EYFA 1FTOA 4IO5A 4G4PA 5AA3A 4IO6A 2X7PA 2F78A 3B7DA 3HHFA 5ITOA 4RK2A 3PMVA 5CRYA 1PDAA 5LOMA 3KN3A 4MH5A 4XKQA 3T9HB 1OLCA 2XX8A 4IGRA 3T9UA 5FHOA 4R9FA 1WDNA 5I57A 2RCBA 3JZJA 1D9VA 3TZAA 3B6QA 1P1OA 4ZE9A 3GXAA 3LVUA 5DTBA 1OQGA 3SERA 1SI0A 3A09A 1IZ1A 4OEVA 4NF4B 4PFUA 3GZGA 3QAXA 5AA4A 5EHSA 2A5SA 4P0GA 1B1HA 3H6UA 2DP8A 4JXIA 2I49A 1EZ9A 3MVXA 3SEWA 3TPAA 4QFNA 4KYDA 3TEPA 2Q89A 2O84X 1SD3A 2QJEA 1FQDA 3TUSA 3PD9A 4MLQA 4OWDA 2F8DA 5ITPA 5L9SA 3C9HA 3TTRA 4QRZA 2WKYA 1VFEA 4U21A 1LFIA 3S9MC 4KI0E 1M5EA 3FXQA 2OBGA 3LR1A 1TT1A 1B2HA 4NF6A 1H44A 3T66A 5FHNA 1MM7A 5JEIA 2ZNSA 4QFPA 1MXUA 3CFZA 5H8FB 4UA8A 3CVGA 1I6AA 4EUOA 2H98A 5KCJA 4EF1A 1B3FA 3MUQA 2H5YA 4K3FA 3KJ7A 3MWBA 3MQ9A 1B3EA 3AXFA 3HV1A 4Q8RA 3PUZE 3DRFA 4GL0A 2NVUB 4MBPA 2DS9A 1QW0A 3KFMA 4IO2A 1BKAA 4H8IA 3H06B 4HCYA 4MFIA 4QHQA 2Q88A 3VE1B 3TKDA 2GHAA 3TODA 2UVGA 4I62A 4OVJA 1AL3A 2ONSA 3K6VA 1AMFA 5AA1A 3RTWB 4U4XA 1R9QA 3W9WA 1QUKA 2G93A 1MQDA 3HHGA 1VFDA 3FXUA 5HM4B 3THIA 2FNCA 4ELQA 2Y7RA 3IK6B 3K1PA 2O1LA 1MQJA 3K2DA 1PB9A 2RF1A 3M3FA 1OQHA 1O63A 1SYIA 1LAHE 3HO7A 3FZVA 2B4LA 4PFYA 1I6BA 4X1BA 4ZEDA 2V3TA 3KN7A 3MVYA 1LCFA 3LSWA 3PUWE 1ATGA 2DOJA 3PPOA 3FD3A 2Q2CA 2PT1A 4C1TA 3IJOB 1HSLA 5TP9B 3OELA 3MP6A 3OO6A 4GL8A 1FTLA 3H6WA 2NUVA 1B32A 4H0WA 3MAMA 3PAMA 3O2AA 5H8FA 4U22A 1DMBA 3PV0E 4G8HA 5BWJA 4LONB 4IY6A 3HSTA 4F18A 3O6GA 3KSJA 1VR5A 5DEXB 4DLDA 3D4GA 4BDMA 1LSTA 4YZZA 2O68A 3KJTA 5I58B 2RINA 5H8HB 1MY3A 4LA9A 1JQFA 4FJPA 3KBRA 1XT8A 1ANFA 1JW5A 5CBRA 1P1UA 4NF8B 4OESA 4O3BA 4I1DA 4DXUA 4EXKA 3O66A 2Y7KA 2W7YA 4H65A 1Y1ZA 3CI8A 4GFRA 3VLUA 3RY3A 4EF2A 1LLSA 2R71A 1B51A 2H4IA 1LAGE 1KWHA 2UXAA 1GVCA 1GR2A 3Q28A 1ZLQA 3PGFA 3G3IA 1POTA 3BFUA 3CFXA 1BTJA 2O6AA 3IAZA 4ONYA 4R72A 3K1MA 1F9BA 3IO4A 3FASA 4PFWA 4DXCA 2Q8JA 3FXRA 3FTOA 2QMXA 2DVCA 3K6WA 2QRYA 3K0VA 2DVZA 1NNTA 2XXPA 4BDLA 2OK2A 3ZKLA 3VLVA 5I56B 3SEYA 1PB7A 1XHYA 1B7ZA 3K1NA 3VLWA 4R75A 3ZKKA 5TP9A 5AE4A 2FYIA 1B46A 1N3XA 1WODA 2IEEA 4ZS9A 4JWXA 4F2OA 3FJGA 1S9TA 3E4RA 3OENA 1SW1A 2RC7A 4GIZA 3PMXA 5DEXA 3V89B 2ALUA 1II5A 5I58A 1SW4A 4NWDA 3FGSA 2QSXA 1GV8A 2ZXTA 2Z8DA 2XXWA 2XX7A 3I3VA 1JW4A 4M4GA 2Z8EA 3VVFA 5KDTB 2VOZA 2Z8FA 3SEXA 3O97A 4NF5B 4RPOA 4WEDA 4XXUA 1Y3PA 5I84A 3PUYE 4NEDA 3IB0A 4WKMA 4C1UA 1O64A 1QKAA 3WAEA 3T22A 1OIBA 4ELOA 2F36A 2XHDA 1B1XA 3TELA 2B3FA 3Q25A 3MPLA 3MZ1A 1Y20A 3Q29A 3ECRA 2REGA 5F7VA 2M8CA 2V84A 1FTKA 2ZYMA 1IITA 3MPKA 1LB8A 3LC8A 2O51A 4QFLA 3U92A 4AB6A 3L6GA 3GBBA 3M3LA 5AA2A 4IO7A 2THIA 5I56A 5K2XA 2O7UA 1YAEA 2IA4A 1B3LA 1H3DA 4XKRA 4YAHX 5JTYA 4H5GA 4U4SA 3HCQA 3PPQA 3KZGA 1URDA 3LSXA 3HN0A 4NTLA 3IO6A 4N6PA 4C0RA 1B5IA 4LQ5A 4G68B 3TTKA 1ZBMA 4HS7A 2XXRA 4EXLA 3RN8A 1XC1A 2D3IA 1H45A 5H8QB 1YCJA 1B5HA 1UTBB 1UTHA 3DELB 3TCFA 5TU0A 5I59A 2DE4A 1B3HA 2AIXA 4ND9A 3PUVE 3O29A 1M5CA 1Q35A 5A5XA 3K00A 4YMAA 1N3WA 1URGA 2X26A 1POY1 1JW1A 5KDTA 1MPBA 4ZEKA 3D4CA 3UN6A 2D21A 2A5TB 4P0IA 4NF5A 3UORA 4AB5A 3A3CA 4G2ZA 4F2QA 1LBCA 4PP0A 2Z23A 3LSFB 1EH3A 4FATA 3RPWA 5ELVA 3R6UA 3I5OA 1MG1A 1LGBC 4ZEBA 1FQCA 3VV5A 5EHMA 3V8XB 1XS5A 3EN3A 1Y4TA 4ZZAA 2RC8A 3MZ9A 1I6QA 2F7AA 1B6HA 4GD5A 4L17A 2PVUA 1NH7A 1B7UA 3USDA 2O1MA 4GRKA 4YB7A 1D3KA 1MDP1 1GGGA 1IXHA 4HCWA 3RT6B 5J1DA 4F3BA 4YB5A 2XXUA 3DRJA 3VXBA 4KFQA 5JK4A 3DP6A 2PYYA 4ZDMA 4PFTA 3JYRA 2NOOA 3CRBA 2ANJA 1PC3A 3KSXA 1RKMA 4FEDA 1L5TA 1B52A 1SYHA 4ESXA 4G68A 3MP8A 1NFTA 2HAVA 4ELRA 2DE2A 1ZJLA 1XVYA 3H6TA 5H8QA 5F1QA 2WOKA 4BDQA 4G8NA 4OQOA 3IB1A 2V3QA 2BJJX 3L6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KPTA 4DCXA 1YZ0A 2V93A 4GX6A 3G3KA 3FV1A 1R6ZA 3PTYA 4IB2A 5FTHA 4DZ1A 1SBPA 4O7IA 2Y7WA 2I0BA 1KZ8A 4GBWA 5M2VA 3RPLA 2HZLA 5CMBA 3FVKA 3MJNA 4QBAA 1FTMA 2A5TA 4R74A 3FVGA 4ZEFA 3OMBA 4NF4A 3F11A 3N5LA 4DCYA 4LN5A 5HBCA 1FPBA 3GBAA 4Q30B 2HCAA 4R9GA 2O69A 4G61A 4NE4A 4OFOA 3O6IA 3TTNA 2VD2A 1EU8A 3EHUA 1DTZA 4U23A 1QKBA 3RYDA 4F3SA 4PAIA 2ZMBA 3B6TA 1Y3NA 3CG1A 2F35A 2GFEA 3K6UA 1XVXA 4R2BA 1JVYA 1PEBA 4N81A 2QS3A 4JWYA 1YTVA 1AH5A 1MH4A 4I40A 3QIMA 3R26A 3E79A 5H8NB 1FPFA 5LTCA 5K2YA 4P11A 4GBVA 3DRKA 4UACA 2GHBA 4OA4A 2H9BA 2OZZA 3O6HA 1IUDA 5DVJA 3RGYA 2GH9A 3JV9A 4H46A 3G3JA 4DI3D 4DIGA 5IKBA 4JDFA 3C32A 2I3WA 4ELPA 2ZNTA 3IORA 4NQ8A 3W9VA 1FPLA 3K6XA 2F3DA 1VSOA 4U1ZA 2YPNA 1ZKBA 2HFBA 3OOAA 2F97A 2OWSA 1BLFA 4PDDA 5ET5A 3G7WA 4R6YA 2XXVA 4JSDA 2OCUA 4BDRA 1IMAA 4GWOA 1TFAA 1MXWA 3MP1A 1QUIA 2VPOA 5J16A 1FQBA 1A40A 4I8CA 2XXTA 4PDHA 5LDZA 3QK6A 4GVOA 4QSCA 4R6KA 4O3CA 4F1VA 2QL3A 1URSA 2UVJA 4YKKA 1P1WA 2R9JA 3H6VA 1CB6A 4YU0A 4LZ8A 4IR8A 4Q0CA 2RKMA 2I4CA 4O3AA 2UYEA 2KR0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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