2NOOA

Crystal structure of mutant nika
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
496
structure length
494
Chain Sequence
DEITTAWPVNVGPLNPHLATPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQAHAALELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPAPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIARQRDGRFGMIFHRTAGAPADPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Nickel binding to NikA: an additional binding site reconciles spectroscopy, calorimetry and crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k12
total genus 148
structure length 494
sequence length 496
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2006-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2nooA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2nooA01
1FTKA 4WEPA 2R6GE 2V3QA 3N5LA 1AH5A 2OLBA 3SETA 3H6TA 3Q28A 3MPKA 3ZKLA 3FUZA 4YICA 1OMPA 3FGSA 5H8NB 3KOSA 4EXLA 1B5IA 3RYBA 1EH3A 2DYXA 1POTA 2HQ0A 2XXPA 1M5BA 3PMVA 4P0GA 2HXWA 5AA2A 3FD3A 2UVHA 2Q2AA 4GD5A 3E13X 4ONYA 3PD8A 4F3BA 1LAXA 4IO6A 3FZVA 1Y20A 2O84X 3ILUB 4OWDA 1NNPA 4FEDA 3M3FA 1J1NA 1F9BA 2Z22A 1LAHE 3TYHA 1OVTA 2DSFA 1A8FA 1NH8A 3EHTA 4G8NA 1IXGA 1JEUA 4LQ2A 3GZGA 4KCCA 4YB7A 3FV1A 4YMBA 1AIVA 4H67A 3PPOA 2FNCA 3IOTA 2H98A 1OLCA 4LUBA 1B7UA 4YB5A 3OEKA 1IEJA 2THIA 2GHAA 2QPQA 2DVZA 4RYAA 3T9XB 1XOCA 1N3XA 1FQDA 3SERA 4XKPA 2HAVA 4K3FA 3VLUA 1PB8A 4KCDA 4ZEFA 4P0IA 3K02A 5FTIA 1P1WA 1EZPA 3TTNA 3QAXA 5AA2D 4XIGQ 5CM6A 3HO7A 3KN3A 2NXOA 3LSXA 1VSOA 3TMGA 2RC9A 3DRKA 3GBBA 4WXJA 1Y1MA 2I4BA 3PUWE 1QKBA 3M3LA 2OZZA 2D3IA 3SEUA 4GRKA 4JSOA 1FQAA 4F31B 1UTHB 1FTJA 3FIRA 4EF1A 5JK4A 3K6UA 1ZIUA 1URGA 4N6PA 2IEEA 4JWOA 4FIMA 2XXWA 1PB7A 5I57B 4G8MA 5F1QA 3K01A 1NL5A 4OFOA 1B0HA 2V3TA 3HN0A 1B32A 4KI0E 3IB1A 3SEVA 4OMBA 4DIGA 2ZYOA 1UTBA 2ZNUA 1MDP1 1VFEA 5TPAA 4H8JA 1N3WA 2F35A 4F2QA 1MG1A 3OO6A 5AA3A 2V25A 1ZKBA 3C31A 2QRYA 4ZDMA 3C32A 2RINA 4HW8A 2F34A 3PPQA 3QIMA 1POY1 3LR1A 4NE4A 2DQVA 1N84A 5DTBA 1IIWA 3B6WA 5FHMA 5I59B 4GFRA 3SEWA 2ZYNA 3TTKA 1RYOA 3QXMA 5EYFA 3HPIA 2XX8A 2Q9TA 3G3KA 2NWJA 3MVXA 1MM7A 4GF8A 1PEBA 1P1UA 3H6VA 3A09A 5KDTA 1GR2A 4DDDA 2F6PA 1MXXA 1H45A 4EF2A 1B51A 4OEVA 4I9DA 1A7LA 3MVZA 2Y7RA 3AXFA 3O6GA 3PAMA 2PVUA 1P1NA 4O3CA 3G3FA 3RTWB 3OXNA 3CSBA 2H4IA 1HSJA 2UVJA 1TWYA 4KPTA 3ECRA 1MY4A 4MLVA 4POWA 3O29A 4NF6A 5A5XA 3E4RA 1MXZA 3K1MA 5M2VA 4OZ9A 2GRVA 4YKPA 5I2KA 3O97A 2DS9A 1B2HA 2NUVA 3C34A 1DMBA 2P0SA 4UA8A 4FORA 4F19A 1DPPA 3CG3A 4GXSB 2WKYA 1LCTA 1I69A 4QFLA 3PMXA 5I58A 3IO4A 4KYSA 1MPDA 4IGRA 2HZKA 4U2RA 1MXUA 5TU0A 3O28A 1DTZA 1QVSA 4F3PA 3T9VA 5CMBA 3ONMA 1B6HA 2RF1A 3KN7A 3K0VA 2G29A 1UIUA 4LVQA 4EQ7A 1NFTA 4PQJA 1QUJA 1TT1A 1XS5A 4Q8RA 1B3LA 4O3BA 3W15C 4FEBA 4G68A 3O9PA 3MJNA 3RTFB 2I3VA 1MPCA 1XVYA 1MH4A 1P1QA 1SDXA 4RK9A 5J1DA 2I3WA 5AA2B 1NH7A 3OEMA 4R2BA 1B58A 3MBPA 3FXRA 1Y4TA 4NWCA 2REGA 3TCGA 3OO8A 4HTGA 4KQPA 1KWHA 4NTLA 3VFJA 5L9OA 3K00A 4U4SA 3LSWA 2R9JA 1USYH 1H76A 3QUJA 2REJA 2OCUA 1MPBA 3T9UA 3EPEA 2Z8DA 4XKRA 4DXCA 3LVUA 5HM4B 4R74A 3N94A 2GHBA 1WODA 4QSDA 4LP2B 4BLAA 3Q25A 3RY3A 2ABHA 2PX1A 3H06B 2QS4A 3THIA 3DM0A 3OO9A 3L6HA 5ICQA 3K6XA 1A8EA 4EQBA 2B3BA 1MQIA 5H8QA 3IORA 3VDFA 4LATA 2NVUB 1R6ZA 1M5EA 3USDA 1I6BA 1MY1A 1MQGA 5CBRA 1OQHA 3MC2A 3DRGA 5IKBA 1ZTYA 4FECA 1N7XA 1N0TA 1IUDA 1HSEA 1MRPA 1QUKA 1SD3A 4GVOA 2OWSA 3DRIA 4OENA 2ZYKA 1EZ9A 2F7AA 4OEUA 4LZ5A 3G3IA 1B5HA 3RNNA 5JEIA 4PFUA 1B3GA 3IK6B 1MQHA 3KN8A 1Q35A 5ICTA 3G3HA 3KSJA 2DE4A 4NF5B 1QJMA 3GBAA 5BUUA 3IB0A 3VVFA 2VHAA 3MVWA 3O2AA 1P1OA 4ZEBA 1H3DA 3OMBA 4F18A 1LSTA 5CI5A 1LBBA 1MXVA 2ESNA 2X26A 2VGQA 2RCBA 2HAUA 4L17A 2XX7A 5H8HA 3CFLA 2XXXA 3KJ7A 4ELQA 3OELA 3UN6A 5JTYA 1UTBB 2V93A 1TXFA 3MP6A 4THIA 5TPAB 1Y3QA 4GQOA 2AIXA 4IY6A 3TCHA 5DVFA 1NMUA 3MZBA 3KBRA 5AA4A 4MFIA 3FXQA 3C4MA 3KGCA 1NKXA 3U8QA 1FCKA 4UACA 5L8DA 2Y7KA 1OLAA 2I58A 4GIZA 1CE2A 3EHUA 3KJTA 2KLFA 4RK2A 3FATA 3TTRA 3MZ1A 4ELPA 4KYDA 5BWJA 2DXYA 3DRHA 3TQLA 3H6UA 1JETA 2XXUA 3RUMA 4GWOA 4U4XA 1T0KA 2AYSA 1URDA 3UK4A 1GTKA 2I48A 2QL3A 1YAEA 3KFMA 1B9JA 2Y7IA 1P99A 3TZAA 4OTEA 2I0CA 3Q29A 4YU0A 4GXAA 3C35A 3QSLA 3KEIA 1XC1A 4LQ5A 4U23A 3UGWA 3CHGA 1LGBC 4IGTA 3VLVA 2ONSA 2CZLA 4PP0A 1IXCA 3A3CA 1AOVA 2H25A 5KDTB 4IO2A 3K1NA 2VD3A 5FTHA 1ZJLA 3LSLA 4LZ8A 1ZU0A 1BLFA 2XD2A 4FAJA 4H8IA 3CFXA 1R1NA 3FJGA 4NF6B 4R6YA 5A5XB 3FTOA 2FA7A 5K2XA 2DWIA 2LAOA 3R26A 2DOJA 5I2KB 3PUVE 1SYIA 1UQWA 1MQJA 3PMWA 1B7ZA 1H43A 2A5SA 5HBCA 3PV0E 4I8CA 3MW0A 3JZJA 3EF7A 1LCFA 2YLNA 4R9GA 5CRYA 4BDOA 4ND9A 2RC8A 2GFEA 2WOLA 2DWAA 4OHNA 5I58B 2Y7PA 3SESA 5EHSA 2PT2A 2ONKE 2QMWA 4GLIA 2M8CA 2HEUA 1Y3NA 4N07A 3CSGA 1B1HA 4AB5A 3DELB 1O64A 1S7YA 4OFJA 3BBRA 3P7IA 4NEDA 3RYAA 3A3UA 1B4ZA 3I5OA 2XD3A 4OETA 2Z23A 3B6QA 3OSQA 4H5GA 3DRJA 1JW4A 4G68B 4GL8A 3O66A 4QRZA 1DPEA 1B5JA 2RC7A 3FVGA 3C9HA 2AL4A 3TQWA 1TFAA 5I56A 2QS1A 1B46A 3IOVA 3E3KA 2UYFA 1D9VA 2F7BA 3SEYA 4ELRA 3FJ7A 2I4CA 3C36A 2XXQA 4G68C 4M1VA 4F29A 3TAJA 3FV2A 5ITPA 3H7MA 4OQOA 4AB6A 1QW0A 3MUQA 2OJTA 4JBZA 2F5XA 4ISUA 2QMXA 3UIFA 1BKAA 4H5FA 4JWXA 5DEXA 4QFOA 3ZS6A 1JVXA 1B05A 5DT6A 3LUYA 4YKIA 1SW2A 1XVXA 2Y7WA 1Z7NE 2H99A 5H8FA 2YPNA 4U1OA 3MP8A 1JVYA 3U94A 2F6GA 5F7VA 3U92A 1XT8A 2P2AA 4KD5A 3VVEA 1XHYA 1I6AA 3VE1B 2F7CA 2I0BA 3LSFB 4YMAA 1PC3A 1US4A 1TFDA 5H8QB 1SYHA 1O7TA 2PBWA 4RA1A 2ANJA 3FJMA 3CVGA 2XHDA 4JDFA 1WVJA 3OO7A 4TQUQ 3FVNA 5LOMA 3MP1A 2A5TA 2R71A 1MXYA 4U22A 4Q0CA 3JV9A 3KSXA 2F36A 2CMOA 1B0LA 4M4GA 4EUOA 4DXBA 4Q5TA 4U1ZA 5EHMA 3VLWA 3DP8A 2P1SA 2B4MA 3O6HA 1VR5A 4RPOA 4X1DA 4WKMA 4NF8A 3RGYA 2XXIA 2OK2A 3GXAA 4F3SA 3TPAA 4PE5B 4LONB 2VP1A 3Q27A 4U21A 3GLBA 1SW4A 1Y9UA 2PT1A 4R6HA 3DP6A 1JNFA 2Y84A 3RPWA 3T96B 4OYVA 1B40A 1ELJA 5H8HB 3WAFA 4MBPA 2XXRA 3PU5A 3EN3A 2ONRA 3EQ1A 3RT8A 4F1UA 1MM6A 5ISUA 4EDPA 2O69A 1FW0A 5L9SA 4LA9A 5JTYB 2ZYMA 4ZE8A 3DP4A 4LZ7A 4I62A 5AA4B 1LB9A 3VV5A 2ZXTA 2ZNTA 3WAEA 3UORA 2UVIA 3G3JA 1D9YA 2F78A 4RPNA 4Z7EA 1ZLQA 4DE8A 3S9LC 2Q89A 4BDNA 4IY5A 4F1VA 3PUYE 1I6QA 2QS3A 4TLLB 3T66A 3K6VA 5I2NA 1FQEA 4PFWA 2D5WA 4DLDA 4QHQA 2XXVA 3Q26A 1IITA 1N76A 4YAHX 5DVIA 3HHFA 3TDJA 2DP8A 3UA8A 3N6UA 1JQFA 2DE3A 3CRBA 4F22A 1BP5A 3L6GA 1SW1A 3T22A 1ZMGA 1LLSA 3SEXA 4RJZA 4QSEA 4QFNA 1N7WA 4JSDA 3IOUA 3T93B 3V83A 3RN8A 5KCJA 1LFIA 2PYYA 3H4ZA 2QJEA 3VXBA 4E0XA 1A99A 1SW5A 2HFBA 1LAFE 1A40A 3CI8A 3PUXE 2O68A 3FVOA 1MXWA 3D4GA 2NOOA 4ZS9A 3RQTA 4ESXA 2B3FA 4C0RA 3ILTB 3M8UA 2E0SA 3W9VA 4OESA 5DVJA 2W7YA 1DSNA 2RKMA 1SI0A 3IOWA 4G4PA 3PPPA 5B7DA 4BDRA 4XTCQ 5L9MA 4HS7A 4F3GA 1MS7A 4KYEA 4NF4A 2F8DA 4DXUA 1FQBA 5CBSA 3TEPA 4X1BA 1AMFA 4Q30B 4XKQA 4H1XA 3H6WA 1B3FA 4ESWA 3OD7A 5DYHA 3QK6A 4RXLA 3TODA 4R6KA 2H5YA 1MDQA 5CMKA 1ZBMA 2Z8FA 3QYTA 2XXHA 1GV8A 5TP9A 1B7HA 3MAMA 3SDFA 1ANFA 1B52A 1JEVA 3R6UA 5I56B 4RNSA 1MY2A 4GL0A 2ALUA 1M5FA 1LB8A 2RCAA 1LAGE 3QUFA 1N04A 2I6EA 3H03A 3U72A 3I3VA 2H9BA 1Y1ZA 2D21A 5CMMA 4Z0IA 3ZSFA 1QULA 2Q8JA 2YJPA 3HSTA 3LBSA 4BDLA 1M5DA 4EXKA 4PETA 3PUZE 2V84A 1Q1KA 5DEXB 1IXHA 4ZEDA 3U1OA 3DRFA 4F39A 3BFTA 4DZ1A 4MH5A 3PGFA 4YZZA 2XXYA 3IO6A 3K1PA 1JW1A 2FYIA 1EZOA 5B70A 5H8FB 4FE8A 2PMSA 3V5AA 1YTVA 3KG2A 2VOZA 1YPNA 3CIJA 3SKPA 3T9HB 4ZEKA 2O7IA 5H8NA 3CG1A 3N6TA 3C33A 1H44A 4NF5A 3S2VA 4JWYA 2I49A 4TLMB 1PB9A 5H8SA 1RKMA 4QF9A 4PFYA 3I6VA 1NNFA 1YCJA 3EHSA 4IO7A 3V8XB 2A5TB 1OQGA 4HCWA 3OOAA 1MY3A 3FXUA 4ZECA 1CB6A 4N13A 4ZE9A 4IB2A 3N26A 3HV1A 4KHZE 1B3HA 1LFGA 2QSXA 4DCXA 4WEDA 1Z7ME 3W9WA 4HCYA 4R75A 4F2OA 2XX9A 4NF8B 4QFKA 5CC2A 4KFQA 2OBGA 3TFLA 1DOTA 4FATA 1BTJA 3H3GA 3LC8A 1B4HA 1VE4A 1FQCA 4PFTA 4ECFA 3S9EA 1FTMA 3TKDA 1ATGA 3IAZA 2ZMBA 3TELA 1OVBA 1QKAA 2Z8EA 4MLQA 4IO5A 2F97A 3FVKA 4GOTA 2DWJA 3IX1A 2B4LA 2XXTA 3BKIB 3BFUA 4G77A 3K4UA 1S50A 3MPLA 3VXCA 2DXRA 4ELOA 1HSLA 4YKJA 4NWDA 2VD2A 4G2ZA 3S4UA 4JXIA 1SBPA 2WOPA 2O51A 2DVCA 3IR1A 1NNTA 2X7QA 2O1MA 4G8HA 4BDQA 5FHOA 4ZZEA 1EU8A 1IQ7A 1UTHA 3VVDA 3MVYA 4ZZAA 1B3EA 1FTLA 1A54A 2OWTA 1URSA 3B7DA 1AL3A 1B1XA 4OERA 1MH3A 2ZNSA 1UIVA 1USYE 3MQ9A 3ZKKA 4C1TA 4R73A 5I2NB 4QSCA 5I57A 4DCYA 1RYXA 2IA4A 4AQ4A 4H0WA 4R72A 4X48A 2X7PA 1GVCA 2UVGA 4NMYA 1FTOA 3K6WA 4QFPA 4R2FA 2E1SA 3OENA 2O1LA 4YB6A 5IAIA 1IZ1A 1PBQA 3M3KA 3DLNA 3G3GA 1D3KA 2G93A 3F11A 3MZ9A 2HCAA 2B65A 3IB2A 3FASA 5KCJB 4POXA 2HZLA 3HCQA 4XXUA 2V3UA 5K2YA 1M5CA 1A55A 1QUIA 3ODBA 3OSRA 1NNKA 5CMCA 3TTMA 3CFZA 1JW5A 4IO3A 3S9NC 5ELVA 3U93A 1LFHA 1II5A 2GH9A 2DWHA 1SI1A 5KZTA 3O6IA 1FQFA 5I59A 4KR5A 3CR9A 1SQYA 1S9TA 4BDMA 1IXIA 4C1UA 3V89B 5FHNA 5I84A 2O6AA 4IO4A 1DTGA 3RLFE 4ZEIA 4NF4B 3O6PA 1GGGA 2BJJX 1R9LA 4XKNA 4H65A 2Q2CA 1R9QA 2Q88A 3RT6B 2AL5A 4FJPA 1Y3PA 4F1YA 3TTLA 2UYEA 1MY0A 1BIYA 3PD9A 4EQ9A 4P11A 4E0WA 3KZGA 1PBPA 1Y4CA 5TP9B 2O7UA 1MQDA 3IJXB 4O3AA 4H6DA 1WDNA 1SVXB 1US5A 3KOTA 4R9FA 1L5TA 3G7WA 3JYRA 3S9MC 3IL1B 3HHGA 4I1DA 1VFDA 1OIBA 4MF3A 3MWBA 1D4NA 4RY1A 3TUSA 1O63A 4TOZA 2QS2A 3D4CA 2WOKA 3E9XA 5ITOA 3R7XA 4OFLA 4OXVA 3TCFA 1PDAA 4YKKA 3PPRA 3UP9A 4OVJA 5AA1A 3K2DA 3B6TA 4JB7A 4X9TA 5AE4A 3PPNA 2UXAA 3IJOB 1LBCA 2DE2A 5HPQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FPKA 1FTKA 4WEPA 2R6GE 2V3QA 3N5LA 1AH5A 2OLBA 1FSAA 3SETA 3H6TA 4MNCA 3Q28A 3MPKA 5EYHA 3ZKLA 3FUZA 4YICA 1OMPA 3FGSA 2QVVA 5H8NB 3KOSA 4EXLA 1B5IA 4I40A 1G0HA 3RYBA 1EH3A 2DYXA 1POTA 2HQ0A 2VPNA 2XXPA 1M5BA 3PMVA 4P0GA 2HXWA 5AA2A 1YZ0A 3FD3A 2UVHA 2Q2AA 4GD5A 3E13X 4ONYA 3PD8A 4F3BA 1LAXA 4IO6A 4GX4A 3FZVA 2JJKA 1Y20A 2O84X 3ILUB 4OWDA 1NNPA 4QBAA 4FEDA 3M3FA 1J1NA 1F9BA 2Z22A 1LAHE 4NGUA 3TYHA 1OVTA 2DSFA 1A8FA 4MAGA 1NH8A 3EHTA 4PFRA 4G8NA 1IXGA 1JEUA 4LQ2A 3GZGA 2BJIA 4KCCA 4YB7A 3FV1A 4YMBA 2CZIA 1AIVA 4H67A 3PPOA 3ISPA 4GX6A 2FNCA 3IOTA 2H98A 1OLCA 4LUBA 1B7UA 4YB5A 3OEKA 1IEJA 2THIA 2GHAA 2QPQA 2DVZA 4RYAA 3T9XB 1FBGA 1XOCA 3KC0A 1N3XA 4N15A 1FQDA 4MIJA 3SERA 4XKPA 4P3LA 2HAVA 4K3FA 3VLUA 1PB8A 4KCDA 4ZEFA 4P0IA 3K02A 5FTIA 1P1WA 1EZPA 3TTNA 3QAXA 5AA2D 4XIGQ 5CM6A 3HO7A 3KN3A 2NXOA 3LSXA 1VSOA 3TMGA 2RC9A 3DRKA 3GBBA 4WXJA 1Y1MA 2I4BA 3PUWE 1QKBA 3M3LA 2OZZA 2D3IA 3SEUA 4GRKA 4JSOA 1KA0A 1FQAA 4F31B 1UTHB 1FTJA 3FIRA 4EF1A 5JK4A 3K6UA 1ZIUA 4JVIA 1URGA 4GWWA 4N6PA 2IEEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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