2O7IA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with cellobiose
Total Genus 213
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
213
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Analysis of Semi-specific Oligosaccharide Recognition by a Cellulose-binding Protein of Thermotoga maritima Reveals Adaptations for Functional Diversification of the Oligopeptide Periplasmic Binding Protein Fold.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermotoga maritima
total genus 213
structure length 582
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2o7iA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o7iA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2o7iA02
4QRZA 3TUSA 3S2VA 1NNFA 5EHSA 4BDLA 3C4MA 3H3GA 4KYEA 1PEBA 4H67A 1AOVA 4G8MA 2O7UA 3THIA 1ZJLA 2FYIA 4TOZA 4AQ4A 1S9TA 3S9MC 3IJOB 4TLLB 1RYOA 4U22A 4GQOA 2ALUA 4R2BA 2AYSA 3SEWA 5DEXB 3MVXA 2XXWA 3KSXA 3RN8A 2QJEA 4QFLA 3O29A 3U8QA 4F18A 4Q8RA 2Y7WA 4LONB 3N6TA 1RKMA 3EN3A 1I6QA 3HHFA 3G3HA 5CRYA 5DYHA 4NF6A 2UVJA 1B3FA 1OQGA 4KD5A 2XXHA 1Y4TA 3DRIA 2F7CA 3FXRA 1LBCA 4M1VA 2B3BA 3MP6A 1MM7A 3E13X 3KZGA 1MH4A 3UK4A 1B7HA 2ONSA 3TTNA 4NWDA 5K2YA 1FQBA 4F19A 1OQHA 3BBRA 2F7AA 1UTBB 2O69A 3MJNA 2FNCA 1JQFA 3IX1A 1MS7A 1ZU0A 1EZPA 2E0SA 3HV1A 1EH3A 3FUZA 4DDDA 2QL3A 1SD3A 3SEVA 4OFJA 1BP5A 4EQBA 3PPQA 4ZEBA 1EU8A 1TWYA 3K1PA 4F2OA 4LATA 3RYBA 3VDFA 3B6TA 3K0VA 1LBBA 4THIA 2B4MA 1GTKA 4DIGA 1AIVA 3FV2A 3QUFA 3K00A 3H6WA 1USYE 1BIYA 1LCFA 4EF2A 2XHDA 2V3QA 1M5EA 3T66A 5I84A 3C32A 4YAHX 1UTHB 2QSXA 2XXYA 1Q1KA 3W15C 3IAZA 5DVFA 1NL5A 3CFZA 3O97A 2XXRA 1SW5A 2H25A 1IXGA 2Y7KA 4YB7A 2Y7IA 4JSOA 3TTLA 2ZNTA 2HEUA 5TPAB 2R71A 2H99A 4GOTA 4NF8B 2RF1A 4RPNA 2F35A 4OYVA 3CRBA 4R9FA 1MXYA 3TODA 2OBGA 2OWTA 2RC8A 1QKAA 4YMBA 1QKBA 4ZDMA 4MH5A 4KHZE 4KYDA 3U93A 1FW0A 1N7XA 1VFDA 3DRFA 2UYEA 4OHNA 3TPAA 1FTKA 4E0WA 1BKAA 1QUJA 1JNFA 3VLWA 2OK2A 4H0WA 1JW4A 3IOWA 1OVBA 3IR1A 1B05A 2QMXA 3OENA 4ELRA 5A5XA 1P1UA 4GLIA 1LAGE 4EF1A 2D3IA 3M3LA 5I58A 1MM6A 1WDNA 4GIZA 3T96B 1XVYA 1A54A 1ANFA 5JTYA 3I6VA 4FJPA 1IUDA 1NNKA 2DQVA 5FHMA 2V84A 1Z7NE 2W7YA 3E4RA 3RGYA 2B65A 4ND9A 1B5JA 3T9XB 3TMGA 4GVOA 4X1DA 1NKXA 4IY5A 1Y20A 3IO6A 1A40A 1MPDA 2ONKE 4EUOA 2GHAA 3MQ9A 2Q2AA 3PMXA 2PVUA 1QW0A 4M4GA 4BLAA 4KI0E 3LR1A 2Q8JA 2QS2A 2RINA 4R73A 3V5AA 5HBCA 3KN7A 4ESXA 3OSQA 3OOAA 3RYAA 3IO4A 3UN6A 1KWHA 1MY3A 4MF3A 1R9LA 1GGGA 4JWYA 3FASA 4E0XA 3OEKA 4G68A 4RK2A 4KQPA 4ECFA 1B1HA 3VFJA 1JETA 3VXBA 4DXCA 2F8DA 4Q5TA 4R2FA 1WVJA 3DLNA 3MWBA 1MXXA 3CG3A 5L9OA 3PAMA 3VXCA 5DTBA 4XKRA 5I57A 3RUMA 4F1UA 3RT8A 2WOKA 5H8NA 3SESA 1I6AA 1GR2A 3A3UA 1LFGA 2XX9A 5F1QA 5KCJB 4NTLA 4OZ9A 3G3GA 1XOCA 1MQJA 4QFNA 5HM4B 3ZKKA 3SKPA 5CBRA 3UORA 1Y1MA 3UGWA 4QSCA 3G3JA 3LSFB 3SETA 4NWCA 3QUJA 1SQYA 2GHBA 2YLNA 4OEUA 2WOPA 3G3FA 1FQDA 3P7IA 3U1OA 4POWA 1II5A 1URGA 1FQFA 4NF5A 1SYHA 4RJZA 4Q0CA 1IXHA 4JXIA 4H8JA 3MP1A 2Y84A 2UVGA 3MC2A 3QXMA 3CVGA 3Q29A 4LVQA 3TZAA 2PT2A 3KJ7A 1LAHE 2DWHA 4H5FA 1NFTA 2P1SA 3IB1A 1PB9A 4PE5B 4P0IA 1N04A 2ZNSA 1B0HA 1B3HA 2XXUA 4YICA 1DPPA 3Q26A 5I2NA 3BKIB 1R1NA 2PYYA 1XT8A 1ZMGA 4IY6A 2R9JA 3FJMA 3SEXA 4GXSB 4IGTA 1MQIA 3JZJA 5AA4A 4KCDA 1SI1A 4QFKA 1XC1A 4XKQA 5K2XA 1N3WA 3USDA 1LCTA 4HCWA 3OD7A 3IOTA 5CMBA 1GV8A 4F1YA 1B4ZA 2I3VA 4QFPA 4BDMA 3ODBA 1URSA 4KYSA 4XTCQ 4GFRA 2UYFA 3DRGA 2VD3A 1N7WA 4EQ7A 4NEDA 2IEEA 2O51A 4QSDA 3PPOA 1MDP1 4ZEDA 1JW5A 3U92A 2XX8A 5ICQA 2O6AA 3O6HA 3TAJA 2A5TA 3Q27A 3HPIA 1YTVA 4NE4A 3FJ7A 4LP2B 3DRHA 1T0KA 3KSJA 2REJA 4GL0A 4PFWA 3H03A 1B58A 4OQOA 4U1ZA 2Z8DA 3T9UA 4H6DA 2QS4A 1FTJA 4U23A 2IA4A 2AIXA 2VP1A 5DVIA 1XHYA 1OLCA 1FTOA 1P1WA 4UACA 5TP9A 2AL4A 4F1VA 1M5DA 5H8HA 2HFBA 3ONMA 1N84A 4NF6B 5F7VA 3DP4A 2G29A 2Z8EA 2VD2A 1LGBC 1FTMA 3PUXE 4IO7A 3TKDA 3VVDA 4F2QA 1B7UA 3KOSA 1JW1A 3GBAA 3TQLA 2X26A 3E3KA 3GLBA 3S4UA 1NMUA 4OVJA 1JEVA 5H8FA 3IL1B 2F6PA 2O1LA 4YB5A 5DT6A 1MPCA 3O6IA 1Y4CA 4FORA 3K6VA 3N94A 2PT1A 4MLVA 4AB6A 2NOOA 2XXXA 3SEUA 3ZS6A 3S9LC 2I58A 2ANJA 3QYTA 3T9VA 2XD2A 4KR5A 4H8IA 3OELA 1IITA 4WEPA 3Q28A 1B7ZA 3ZKLA 1B3EA 4H1XA 2XXQA 5CMKA 1QUKA 4PFYA 2PBWA 4C1UA 3MZ1A 2Q89A 4C0RA 3FV1A 5CM6A 3CI8A 4G4PA 1TT1A 1PB8A 4DXUA 5LOMA 3VE1B 1IXIA 2OZZA 3E9XA 1MQGA 5IAIA 4PQJA 3W9VA 3N5LA 2HZLA 4DLDA 4BDRA 3HHGA 3B6QA 4DCXA 5L8DA 4NF8A 2Z23A 4RY1A 1MXWA 2BJJX 2OCUA 1F9BA 3TDJA 3HO7A 4ISUA 4OENA 3PUVE 3MZBA 4NMYA 4JWXA 1VSOA 4R72A 2HQ0A 2V3TA 1YPNA 3CR9A 2M8CA 5ISUA 1HSEA 2ABHA 3RT6B 3PV0E 3OO7A 3S9EA 2H98A 4RA1A 1JEUA 1SBPA 5FHOA 5KDTA 1M5CA 5FTIA 3RLFE 1EZOA 3FATA 1RYXA 4R9GA 4LA9A 3KBRA 3A09A 4XXUA 3GBBA 4YB6A 4OEVA 2F5XA 2THIA 1HSLA 4I8CA 1JVXA 1DTZA 3PD9A 2NVUB 3K6XA 1SW1A 1DPEA 3BFUA 4WXJA 3LVUA 4YKKA 3LC8A 2F97A 4ZECA 3T9HB 3FZVA 5J1DA 2HXWA 1ZLQA 2V25A 3DELB 1PC3A 3FD3A 4ZZAA 4ELQA 1N0TA 3C31A 1B3GA 1SW4A 5JK4A 4F29A 4AB5A 1US4A 4WKMA 4U21A 5BWJA 3FVGA 5I58B 2XXIA 5CI5A 3LSLA 2QMWA 1USYH 2QS1A 3HSTA 4KFQA 3K2DA 3H7MA 5EYFA 1FQAA 1BTJA 1MY2A 5JTYB 2O68A 3R6UA 3N26A 3K6WA 3TEPA 3UP9A 1B52A 1HSJA 4PP0A 2RC7A 1B0LA 2Q2CA 2HZKA 1VE4A 2G93A 4OERA 1PDAA 3R26A 3KOTA 3QK6A 1DTGA 4QSEA 2F7BA 2DOJA 4ZEIA 1WODA 3MAMA 2ZYMA 1SI0A 1AH5A 2ZYKA 3PMVA 5B70A 1H43A 3K1NA 3DM0A 2O1MA 4G2ZA 5AE4A 5ICTA 3R7XA 4OTEA 1R9QA 5FTHA 1QVSA 4JDFA 4N6PA 2R6GE 4NF4B 3V89B 2RCBA 2REGA 3OSRA 3CFXA 5I59A 2NUVA 5CBSA 3WAFA 3ILTB 5AA2B 4KCCA 2ZYOA 3KEIA 4BDOA 4GXAA 3WAEA 5I2KB 2Y7RA 3TQWA 2YJPA 4G68B 2XXVA 4G77A 3F11A 2DWJA 3O6GA 5I56A 4YKPA 1FQEA 4R6YA 4N07A 1MQHA 1N76A 2XX7A 2OLBA 3TTKA 2DSFA 2LAOA 3U72A 4H5GA 2I4BA 5H8QA 4JSDA 4DCYA 2GH9A 3PPNA 1IEJA 1DMBA 3FVOA 2ZNUA 5I57B 1PBPA 4O3BA 4XKPA 4FIMA 2H4IA 4GD5A 5JEIA 2WKYA 3M3FA 3OEMA 3K01A 1O64A 3FVNA 3PMWA 3CG1A 3PD8A 1UIVA 4QHQA 2H5YA 1NNTA 3PPRA 3H4ZA 3JYRA 1CE2A 5TU0A 3OO8A 4LUBA 1CB6A 1I6BA 2I49A 4L17A 3G3KA 1B5IA 4ZE8A 4LZ7A 5B7DA 1LFHA 3DRJA 1XS5A 4K3FA 3C34A 1QULA 3HN0A 3CSGA 4OXVA 4DXBA 1MPBA 2HCAA 2DVCA 2I6EA 3RQTA 4ZS9A 3RTWB 3MVYA 2E1SA 4Q30B 4NF5B 2I48A 1B46A 4ZE9A 2VGQA 1B5HA 1TFDA 3O6PA 3FTOA 1OMPA 4HS7A 1LLSA 2AL5A 4XIGQ 2ZXTA 1ELJA 1XVXA 4OFLA 3D4GA 1VR5A 4F3PA 3PUYE 2F78A 2ESNA 4RXLA 5ITPA 1SW2A 1FTLA 4HW8A 4ZEFA 1A8FA 1MXUA 5I2NB 3SDFA 2CMOA 2DE2A 1OLAA 2X7QA 5DEXA 3M8UA 4QFOA 4POXA 5AA4B 3KN8A 2Q9TA 2RCAA 3D4CA 4P0GA 4ONYA 3C33A 3EQ1A 1Y1ZA 3AXFA 4U4SA 3DP8A 3PUZE 3GZGA 1ATGA 3GXAA 4EXKA 4X9TA 4PFUA 3C9HA 2I3WA 3G7WA 3MW0A 5AA2D 3LUYA 3OO6A 2OWSA 3CFLA 3VV5A 4OESA 1D9VA 3L6HA 3B6WA 4ELOA 5ITOA 3PUWE 3VLVA 2V93A 3TCHA 3W9WA 3EHSA 1FQCA 3K4UA 3A3CA 4YU0A 3SEYA 1MQDA 4N13A 4IB2A 3V8XB 4H65A 4MLQA 2A5TB 2D21A 4MFIA 1UTBA 1GVCA 1VFEA 4OETA 3TCGA 2DXRA 4F31B 1D9YA 3FXUA 3RNNA 3RTFB 1B2HA 1B32A 1YCJA 1L5TA 3EPEA 3MPLA 1H76A 5AA1A 3IK6B 2WOLA 5L9SA 5TP9B 1ZTYA 3Q25A 1A99A 5H8HB 2XXPA 4UA8A 1R6ZA 3K02A 2QPQA 4WEDA 2DE3A 4F3BA 3K6UA 4U4XA 1P1OA 1Z7ME 1MXZA 5H8FB 2ZMBA 2RC9A 1UTHA 1H3DA 4DZ1A 1Y3NA 4OFOA 2DYXA 3H6VA 3QIMA 4I9DA 1MG1A 2ONRA 1QJMA 3H6UA 2F34A 3TTRA 4MBPA 3FGSA 3UA8A 4R74A 1POTA 4LZ8A 3IJXB 4FATA 3RY3A 4P11A 4JWOA 5TPAA 2V3UA 3PPPA 1TFAA 2XXTA 3OO9A 5H8SA 3IOVA 3BFTA 1P1QA 2DVZA 4JB7A 5HPQA 3U94A 1B4HA 2P0SA 2Z8FA 1NH8A 1MH3A 1MY0A 1Y3QA 2F36A 1Q35A 3LSXA 1BLFA 4YKJA 5IKBA 3O28A 1J1NA 3FVKA 4G8HA 2DWAA 3SERA 3H06B 5KZTA 2NXOA 3MZ9A 3S9NC 1N3XA 5DVJA 1ZKBA 3K1MA 3IORA 1SVXB 3TYHA 1JVYA 4FEBA 4I1DA 5M2VA 2O7IA 1SDXA 5BUUA 4KPTA 1M5BA 4LZ5A 3TTMA 3EHUA 1TXFA 4ELPA 1LB9A 3EF7A 2CZLA 3L6GA 1P99A 2YPNA 2O84X 3EHTA 1A8EA 2B4LA 3FIRA 2ZYNA 3MP8A 1B6HA 2D5WA 1I69A 2PMSA 4GRKA 4QF9A 3OXNA 4RK9A 3KN3A 5KDTB 4JBZA 4G68C 4FEDA 1B40A 1O63A 3QSLA 3VVFA 1OVTA 3PU5A 2DE4A 3MVWA 2RKMA 1IXCA 3LSWA 3ECRA 3KJTA 4GWOA 3C35A 4Z7EA 3CIJA 1LB8A 1S50A 3MVZA 2UVHA 1IIWA 5A5XB 1IQ7A 2FA7A 5CMCA 1MDQA 3TFLA 2KLFA 4RYAA 4EDPA 2F6GA 4YKIA 4XKNA 1O7TA 2VHAA 4DE8A 3JV9A 5AA3A 1ZBMA 2QS3A 2HAVA 1P1NA 4TLMB 1Y9UA 3IB0A 4R6HA 1MY4A 4IO2A 1MXVA 3V83A 2UVIA 4R75A 3O2AA 3FJGA 2Y7PA 2QRYA 5L9MA 2GFEA 4NF4A 3I3VA 3FXQA 2UXAA 1LAXA 2A5SA 2DS9A 1B9JA 4ZEKA 5AA2A 1UQWA 4F22A 3I5OA 1EZ9A 3MPKA 4OWDA 1DOTA 5I2KA 4OMBA 4IO3A 2DWIA 1OIBA 1AL3A 4O3CA 5KCJA 4IGRA 1QUIA 4IO5A 3ZSFA 4TQUQ 3C36A 1A7LA 4PFTA 5CC2A 3PGFA 1POY1 2VOZA 2GRVA 4IO4A 3KFMA 3OMBA 1B3LA 1NH7A 4GL8A 2I0BA 1A55A 1MY1A 2B3FA 1US5A 4R6KA 5CMMA 3KGCA 4BDNA 4X48A 4PETA 3LBSA 4GF8A 4YMAA 2P2AA 4X1BA 5I59B 1MRPA 2DXYA 4EQ9A 4O3AA 2DP8A 2HAUA 4U2RA 1URDA 5H8NB 4U1OA 4Z0IA 3UIFA 4I62A 4FE8A 4YZZA 1ZIUA 3TCFA 3T22A 3ILUB 1NNPA 4F3SA 5I56B 1PBQA 4RNSA 3MUQA 3MBPA 3H6TA 3B7DA 3HCQA 5H8QB 2X7PA 1UIUA 4LQ2A 3CSBA 1PB7A 1H45A 4F39A 5ELVA 4RPOA 4LQ5A 5FHNA 1M5FA 1D3KA 3G3IA 3DRKA 2I0CA 2XD3A 1LSTA 3DP6A 3TELA 4C1TA 4BDQA 2Z22A 3CHGA 1LFIA 3IB2A 1Y3PA 3T93B 1IZ1A 4FAJA 4HTGA 1LAFE 4ZZEA 3M3KA 3KG2A 2Q88A 3RPWA 2NWJA 3IOUA 2H9BA 1DSNA 2PX1A 5EHMA 4HCYA 3QAXA 4ESWA 1H44A 1B1XA 3O66A 4EXLA 4G8NA 1B51A 1SYIA 3N6UA 4IO6A 3VVEA 1FCKA 4FECA 3VLUA 4F3GA 1AMFA 2OJTA 1YAEA 2I4CA 3O9PA 1S7YA 1D4NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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