2RKMA

Structure of oppa complexed with lys-lys
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
publication title Peptide binding in OppA, the crystal structures of the periplasmic oligopeptide binding protein in the unliganded form and in complex with lysyllysine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 186
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2rkmA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rkmA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2rkmA02
1QULA 4FEDA 3CSGA 2ZYNA 3H7MA 4JWXA 2E1SA 1MDQA 3C35A 3MZ1A 2OLBA 3TUSA 3EHUA 1URSA 1II5A 4FE8A 1B5HA 4FECA 2G29A 1Q35A 3M3FA 1MY1A 2XXUA 4OVJA 5CMMA 4EF2A 1Y9UA 3IOUA 3OD7A 2RCAA 3IX1A 4QFKA 3PUWE 1M5CA 4X1DA 1D9YA 2ZYKA 2QRYA 3KG2A 1L5TA 1SI0A 2RC7A 4ND9A 3BKIB 4LZ7A 1AIVA 3C31A 3DM0A 1HSEA 2H4IA 1ZTYA 3O97A 1MY4A 2HAVA 4KYDA 1T0KA 3CFXA 2H25A 2V93A 1LFHA 2REGA 4R73A 4IGRA 1JW4A 1A55A 1HSLA 5DVIA 3IAZA 1S50A 1EH3A 2XXWA 4Q5TA 4TQUQ 4ELOA 2P1SA 1JW5A 1XVYA 5CMCA 3DRKA 2O84X 3ECRA 5CBSA 1NL5A 3PMVA 1A99A 3OSQA 4R2BA 1EZPA 3B6QA 3FJMA 1B4HA 2BJJX 4ELRA 1LSTA 1BP5A 4R9FA 4OEVA 4GRKA 4BDMA 3T9UA 3VDFA 5H8NB 3N6TA 2F6GA 1IZ1A 4GD5A 2PMSA 3V89B 4KQPA 1R9QA 3N26A 4POXA 2DP8A 3M8UA 4R9GA 5CRYA 2AL4A 4NF8A 3DRJA 1Q1KA 4G2ZA 1I6AA 3OMBA 3OO6A 3IORA 1PC3A 4HW8A 3MPKA 3E13X 3C4MA 4KCDA 4R2FA 3R7XA 4RJZA 2I3VA 1LBBA 2I48A 2VGQA 1LFIA 1XC1A 2H99A 3FATA 5BUUA 2OZZA 4IY6A 3PPPA 3KGCA 4AB5A 3W9WA 3DELB 1JEUA 2H9BA 1S9TA 5HBCA 4LVQA 3MVXA 2HEUA 1LBCA 1LCTA 4NE4A 4RY1A 2F36A 2ONSA 3HSTA 5I57A 4G8NA 3TYHA 3MVZA 1P1QA 3RUMA 1UTHA 4BDOA 2RC9A 1OVTA 1QW0A 1ATGA 1XT8A 5TP9A 4F19A 5I59A 3CR9A 3LSLA 4PP0A 2HZKA 1R9LA 2QS4A 1MH4A 1VSOA 5BWJA 3OO9A 3VVFA 2CZLA 1EZ9A 2ANJA 4H65A 4F18A 3HPIA 3QUJA 4ZDMA 1ZLQA 1H43A 3TTNA 3V8XB 2Z8DA 5TPAB 2XXXA 2RKMA 4EXKA 4NF4A 3PPNA 3P7IA 1MQHA 5I84A 1OLAA 3RYAA 5I56A 4FJPA 4OEUA 1B6HA 4TOZA 1B58A 4XIGQ 1POY1 1EU8A 2DXRA 3LSXA 1JVYA 4R6YA 2ALUA 2AYSA 3PUZE 1B5IA 5I2KB 4O3BA 3L6GA 3MVWA 3MBPA 3ILUB 3TAJA 1Z7ME 4U4XA 5AA2A 4FORA 4LONB 1OIBA 5DTBA 4NTLA 2UVGA 1IXCA 1B1HA 2VP1A 3CRBA 5FHMA 4FAJA 3SEWA 3BBRA 3MWBA 4GL0A 1P99A 1N3WA 5EYFA 2O1LA 3SETA 1QUKA 3M3LA 1B2HA 4F22A 2XX7A 4FATA 2ZNSA 1DMBA 1M5DA 2FNCA 5AA4B 1FTOA 4X9TA 5DEXB 3LSWA 1LAXA 4L17A 3RPWA 4QHQA 1MXYA 3SERA 1UQWA 4RA1A 3TZAA 3T93B 3CIJA 2RC8A 3VE1B 4IO2A 3IJOB 3FD3A 1TFDA 4U1ZA 2XXHA 1UIVA 5KCJA 4YKPA 2OBGA 3MZ9A 4QFLA 4FEBA 3KFMA 1YTVA 4EDPA 4LQ5A 2A5TB 4Z7EA 4LA9A 2ZYOA 3TCHA 3TKDA 1MXWA 4RXLA 5CC2A 4OYVA 3I5OA 1B3FA 4YU0A 3OEMA 2YJPA 2R71A 3RLFE 1B40A 3S9NC 1SYHA 4H8IA 2QS1A 2Y7RA 4U21A 1WDNA 3MW0A 4E0WA 3MVYA 2NVUB 4F2OA 1R1NA 1O64A 3SEVA 4WKMA 2NUVA 1H3DA 2HAUA 3G7WA 2F5XA 4EUOA 3DP8A 3CVGA 4GIZA 3C33A 4DLDA 4BDNA 3T22A 5FTIA 3SEUA 3U1OA 4YMBA 1SQYA 1MXVA 1CB6A 3CSBA 3A3CA 2QMXA 2UVHA 1Y3PA 1LB8A 4R74A 3ZKLA 4G68B 1A40A 1WVJA 3T66A 3U94A 2UYFA 4EQ9A 1YCJA 4YKJA 3C32A 3IO4A 4EXLA 3QSLA 3H3GA 4E0XA 4Q30B 2O51A 3B6WA 2ZMBA 3D4GA 4PETA 1UTBB 4WEDA 1ELJA 4R75A 4DXCA 4AB6A 4BDRA 4NF6B 4F1UA 3O6IA 2DXYA 1H44A 4KYEA 1O7TA 3RY3A 3GXAA 3GBBA 1MH3A 2DE3A 3B7DA 4DCYA 2DVZA 4F3GA 3FVOA 1RYXA 3PPQA 3JZJA 2XD2A 4G8MA 3E9XA 4JWYA 1QKAA 4I1DA 4OQOA 2AL5A 3EPEA 3KOSA 2NWJA 4F3BA 3BFUA 3VLVA 2PBWA 3TCFA 4GXAA 4ZE9A 4QFNA 3EHSA 1POTA 2Q2AA 4H6DA 3VV5A 1P1WA 3PD9A 3VLWA 3H03A 3HHFA 1SW5A 5ELVA 4OFOA 5KDTA 1B05A 5F1QA 3DRFA 4PE5B 3TFLA 3FASA 1YPNA 5I58A 3EF7A 1DPEA 3VLUA 3IO6A 5HM4B 4X48A 5TPAA 1PB9A 1NNFA 3KSXA 3QK6A 3Q27A 3K6UA 3KJTA 3V5AA 3I3VA 4I8CA 2O7UA 3THIA 3T96B 3MC2A 4H1XA 4OWDA 1JVXA 3A3UA 2F35A 2IEEA 5H8QB 2DVCA 2Y7WA 5H8FB 3DRGA 4F1VA 1B52A 3IB0A 2Q2CA 1RKMA 4ONYA 1FQCA 3DP4A 4DXUA 1ZMGA 4YZZA 2ONRA 1M5FA 3SKPA 3CG3A 1TWYA 1NH7A 3D4CA 1LB9A 3H6VA 3K0VA 3H06B 4HS7A 3ONMA 1B51A 4C0RA 4QRZA 4NF5B 5JTYB 2OCUA 2Y84A 5EHSA 5AA2D 3G3HA 4QF9A 5FHOA 5AA1A 2VD3A 3O2AA 5CMBA 4ZEDA 4N07A 1IITA 3O9PA 4KCCA 1FQAA 5ICQA 1QKBA 4ESXA 1Y3NA 2QS2A 2F97A 1B3EA 1LLSA 1VFEA 1XHYA 3UGWA 1SW1A 4OERA 3MP8A 2Q8JA 5AE4A 2F7CA 1SW4A 3CI8A 1SBPA 3RYBA 1USYH 4EQBA 2H5YA 1RYOA 3PUVE 2D3IA 3KBRA 4OXVA 3UK4A 3FVNA 3Q25A 3MJNA 2P2AA 3MP6A 5DYHA 5I2NA 1J1NA 4G4PA 3H6WA 1NNPA 3GLBA 3RN8A 5A5XB 3DLNA 5ISUA 3PD8A 3CFZA 2DS9A 3W9VA 3EHTA 1FTKA 1ANFA 1VE4A 3QXMA 4XKNA 2O69A 1GR2A 2XX9A 4HTGA 1MQIA 5KZTA 2ZYMA 3IOWA 4U4SA 4XKQA 2VOZA 2B3BA 4G8HA 1SYIA 2D21A 4YKKA 2WKYA 3ZS6A 3EN3A 4JB7A 4RYAA 4IB2A 3N6UA 3T9HB 2THIA 1GGGA 4ESWA 3UORA 2B65A 5H8HB 1OQHA 3OO7A 1IUDA 5ITPA 4YAHX 2GHAA 1D9VA 1MXXA 1PEBA 2E0SA 3PV0E 4OENA 1GV8A 4N13A 1FQEA 2XX8A 1Z7NE 4JWOA 3VXCA 1LCFA 2XXQA 5H8SA 1AH5A 3TEPA 4BDLA 3FV2A 4Q0CA 1JNFA 3K6VA 2I6EA 1N84A 4G77A 3PU5A 2UVJA 5DVJA 3TELA 1US5A 1EZOA 2I49A 1IXHA 3RT8A 3G3JA 3U92A 3TTKA 1R6ZA 3KZGA 3IOVA 3CG1A 2VD2A 2I3WA 2GRVA 4DDDA 5J1DA 3FXUA 4KHZE 3TTMA 3KN3A 3ZSFA 2X7QA 4G68C 4DZ1A 1I6BA 1MS7A 2HFBA 1B5JA 3AXFA 1B3HA 1DSNA 4QSDA 1UIUA 5DVFA 2XXPA 4TLLB 3TCGA 3G3IA 4ZZAA 4OETA 3W15C 4OFJA 4DIGA 3DRIA 3TTRA 3UP9A 4F1YA 2I4CA 1URDA 3KN7A 3E3KA 2DYXA 2PYYA 3HHGA 4QSCA 3FV1A 3IJXB 1GTKA 1MDP1 4ELPA 1N7WA 3S9EA 2REJA 2PX1A 2XD3A 2DE4A 3U8QA 4R6KA 3K2DA 2P0SA 4F31B 4PFWA 4MBPA 3U93A 1AMFA 3QAXA 3PAMA 1Y1ZA 3BFTA 1PBQA 3S9MC 1IQ7A 5B7DA 1A8FA 1I6QA 1P1UA 5H8FA 3SDFA 2IA4A 2W7YA 4M4GA 3KSJA 2F8DA 3C34A 1I69A 4MLVA 3IB2A 4H8JA 4MF3A 1ZJLA 3G3GA 1JEVA 4GVOA 4MFIA 1GVCA 3HCQA 4Z0IA 3M3KA 4C1TA 3Q29A 4NF5A 4NF8B 1ZIUA 3FTOA 3JYRA 2OJTA 3MZBA 3TODA 1VFDA 2X7PA 3GZGA 1MM6A 3OEKA 2Z23A 3PGFA 3ILTB 1BIYA 3FVKA 2V25A 2B4MA 4OTEA 3RTFB 2WOLA 4EQ7A 3IOTA 4GWOA 3T9VA 1MPDA 3FJ7A 1LFGA 4JSDA 1FTJA 1N04A 4JXIA 1ZU0A 5L9OA 2LAOA 4F2QA 5I57B 2M8CA 4RPOA 1MQDA 5H8NA 1DPPA 1BKAA 2XXRA 3CFLA 1UTHB 2F78A 4ZZEA 4GL8A 1PB7A 4YB5A 4F39A 1JQFA 5CI5A 4IY5A 5I59B 3UA8A 2DWAA 3FUZA 2O7IA 2GHBA 2DSFA 1BLFA 3FIRA 4LP2B 3RNNA 4LUBA 4KR5A 3QYTA 2UVIA 3TMGA 1OQGA 3O28A 4PFYA 4I62A 4ZS9A 3VVDA 1NNKA 2Y7IA 2D5WA 1IXGA 3JV9A 1LAGE 2V84A 3K4UA 4QFOA 3S2VA 5EHMA 4NF4B 1A7LA 3G3FA 2Z22A 2DWIA 5I56B 1SDXA 2Y7PA 2DWHA 3CHGA 1JW1A 1CE2A 2F6PA 1B7ZA 3MPLA 1MXZA 4LATA 3O6PA 1LAHE 3RT6B 3PUYE 2DE2A 1TT1A 3WAEA 3I6VA 1B9JA 4P11A 3UIFA 4TLMB 2ZNTA 1Y20A 2OWSA 3K02A 5JK4A 4DCXA 1D4NA 5AA2B 3TDJA 4KFQA 2I58A 1MG1A 5ICTA 4XKRA 3OSRA 3K6XA 4GFRA 4YMAA 1DOTA 4LZ5A 1US4A 1N7XA 2VHAA 5CBRA 4ZECA 2Q88A 4NWCA 5IAIA 2NXOA 4OMBA 1B7UA 2XXVA 5B70A 3N94A 2NOOA 4QSEA 1Y4CA 3R6UA 4RK2A 2V3UA 2HCAA 3IR1A 3S9LC 5ITOA 3VXBA 1OMPA 3RTWB 1M5EA 4HCYA 1SD3A 5KCJB 3FJGA 4MH5A 2I0CA 2GH9A 2R6GE 4BDQA 4PQJA 1MPBA 4IO4A 5IKBA 5I2KA 1MY3A 3TQWA 4GOTA 2KLFA 3WAFA 3FXQA 3SEXA 4U22A 1B1XA 1QUJA 3K6WA 5L9MA 1D3KA 1DTZA 4P0IA 4H67A 1LAFE 3H4ZA 1XOCA 4ZEKA 2O6AA 2Y7KA 1FCKA 1NNTA 3PPRA 5AA4A 1IEJA 4GQOA 3VVEA 5DEXA 2QJEA 1XVXA 1MM7A 4LZ8A 4EF1A 5CM6A 4AQ4A 1IXIA 4RNSA 1B32A 5L9SA 2F7AA 3V83A 2A5TA 4IO5A 4X1BA 2UXAA 3MUQA 1PBPA 4LQ2A 3K1MA 1FTMA 4ISUA 3OXNA 2XXYA 1OLCA 3KEIA 2PT1A 3PUXE 3GBAA 3H6UA 3RGYA 4RPNA 3KN8A 4ZEBA 3O29A 4PFTA 1O63A 2O1MA 1B3LA 4DXBA 1MY0A 4H5FA 3HO7A 4YB6A 1AOVA 1B4ZA 3FZVA 2FA7A 4POWA 2O68A 4NWDA 2QS3A 1F9BA 4H0WA 3EQ1A 1NFTA 3TTLA 3ZKKA 3PPOA 1FTLA 4OZ9A 3Q26A 5F7VA 4YKIA 2ZXTA 1N0TA 5K2YA 1WODA 1FQDA 4U1OA 3KOTA 1B46A 2QMWA 1USYE 2ABHA 4O3AA 4Q8RA 1A8EA 2XHDA 4IO6A 1M5BA 4ZEFA 5CMKA 4G68A 2A5SA 5KDTB 2I4BA 1H45A 4KI0E 4R72A 4WEPA 1SI1A 3LBSA 5I58B 3PMWA 3MAMA 3LR1A 4XTCQ 1NMUA 2XXTA 4F3SA 4KPTA 4I9DA 1UTBA 3LUYA 2V3TA 3RQTA 3TPAA 3K00A 3OELA 4ZE8A 2R9JA 1TFAA 1NKXA 3FXRA 3TQLA 4NF6A 4BLAA 2ESNA 4MLQA 5M2VA 4HCWA 4QFPA 5DT6A 2Q89A 1MQJA 3Q28A 3SESA 5AA3A 2FYIA 3L6HA 1OVBA 1N3XA 2ONKE 3T9XB 3S4UA 4RK9A 3VFJA 3K01A 4WXJA 4F29A 3OENA 3O6GA 4ELQA 4U2RA 1IIWA 2H98A 3R26A 4P0GA 3DP6A 4NEDA 4F3PA 2G93A 4PFUA 1JETA 1ZKBA 4ZEIA 2QPQA 3C36A 3MQ9A 2RCBA 4UACA 1TXFA 4XXUA 1Y3QA 1B0HA 3ODBA 3A09A 5L8DA 1H76A 3PMXA 4IO3A 3E4RA 3O6HA 2HZLA 3KJ7A 1YAEA 2CMOA 2B4LA 3K1PA 3F11A 2YLNA 3HV1A 4DE8A 4M1VA 1FQBA 3H6TA 1DTGA 3C9HA 1ZBMA 5H8QA 2QSXA 4UA8A 4U23A 1MPCA 2DOJA 1FQFA 2OK2A 2Q9TA 4YB7A 2YPNA 1FW0A 3LVUA 2DQVA 1BTJA 2HXWA 3UN6A 4XKPA 2GFEA 5JTYA 4OFLA 1P1NA 5I2NB 4JDFA 4C1UA 4K3FA 3OO8A 2XXIA 4OHNA 3QUFA 4O3CA 4YICA 1LGBC 1MY2A 4IGTA 1Y1MA 3B6TA 5HPQA 5TU0A 4KD5A 4GLIA 1SVXB 2PT2A 3O66A 1AL3A 1P1OA 3MP1A 4H5GA 3FVGA 2RINA 2Z8FA 5FTHA 2HQ0A 3FGSA 1MRPA 2DWJA 2F7BA 3SEYA 4ECFA 2F34A 4JSOA 3IB1A 5TP9B 4R6HA 4GF8A 1PDAA 1VR5A 2PVUA 2Z8EA 2B3FA 1XS5A 4N6PA 1N76A 3QIMA 1MQGA 3U72A 3LSFB 3IL1B 4NMYA 3K1NA 3HN0A 5A5XA 1Y4TA 1QJMA 3N5LA 3USDA 2WOPA 4JBZA 5FHNA 2X26A 2V3QA 5LOMA 4GXSB 1KWHA 1SW2A 2ZNUA 5JEIA 2I0BA 1B0LA 2RF1A 4KYSA 1QUIA 1S7YA 4IO7A 2OWTA 2UYEA 4OESA 3LC8A 2AIXA 1A54A 5H8HA 2WOKA 1B3GA 3DRHA 3G3KA 1B7HA 3IK6B 1QVSA 2QL3A 1HSJA 5K2XA 1URGA 3OOAA 1NH8A 1MXUA 4FIMA 4THIA 1PB8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QULA 4FEDA 3CSGA 2ZYNA 5A5LA 3H7MA 4JWXA 2E1SA 1MDQA 3C35A 3MZ1A 2OLBA 4AS4A 3TUSA 4P3LA 3EHUA 1URSA 1II5A 4FE8A 1B5HA 4FECA 2G29A 1Q35A 3M3FA 3U65A 1MY1A 2XXUA 4N91A 4OVJA 5CMMA 4EF2A 1Y9UA 4PFBA 1Q9DA 5ET7A 3IOUA 1FBDA 4O7IA 3OD7A 2RCAA 3IX1A 4QFKA 3PUWE 1M5CA 4GWUA 1FPLA 4X1DA 4P8BA 1D9YA 4HXVA 2ZYKA 2QRYA 3KG2A 1L5TA 1SI0A 2RC7A 4ND9A 3BKIB 4LZ7A 1AIVA 1FRPA 3C31A 3DM0A 1HSEA 2H4IA 1ZTYA 2FIXA 3O97A 1MY4A 2HAVA 4N6KA 4KYDA 1T0KA 2CEYA 3CFXA 2H25A 2V93A 1LFHA 2REGA 4R73A 4IGRA 1JW4A 1A55A 1HSLA 5FBPA 4O8MA 5DVIA 2PFYA 3IAZA 1S50A 1EH3A 1RDZA 3LUZA 2XXWA 4Q5TA 4TQUQ 4ELOA 2P1SA 1JW5A 1XVYA 5CMCA 3SZPA 3DRKA 2O84X 4NG7A 3ECRA 5CBSA 1NL5A 4PFIA 3PMVA 1A99A 3OSQA 1FSAA 4R2BA 1NV5A 2CEXA 1EZPA 3B6QA 3FJMA 2BJIA 1B4HA 2BJJX 4ELRA 1LSTA 1BP5A 5IGAA 3BIGA 4DI4B 4R9FA 4OEVA 2QVRA 4GRKA 4BDMA 2FBPA 4MNCA 3T9UA 3VDFA 5H8NB 3N6TA 1EYKA 2F6GA 1IZ1A 4GD5A 5IZ3A 1FBFA 2PMSA 3V89B 4KQPA 1R9QA 3N26A 4POXA 5ET6A 2DP8A 3M8UA 4R9GA 2VT5A 1NV3A 5CRYA 4MNIA 4I3YA 2AL4A 4NF8A 3DRJA 1Q1KA 4G2ZA 1I6AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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