2Z23A

Crystal structure of y.pestis oligo peptide binding protein oppa with tri-lysine ligand
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ANVPTGVQLAEKQVLVRNNGSEPQSLDPHKIEGVPESNISRDLLEGLVINDPNGNIVPGAAESWDNKDFKVWTFNIRKDAKWSNGDPVTAQDFVYSWQRLADPKTVSPYASYLQYAHLTNIDDIITGKAAPDTLGVKALDDHTLEVTLSEPVPYLDKLLAHPLMSPVNKTVVEKFGEKWTQPQNFVGNGAYKLKDWIVNERIVLERSPTYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPDQVHVDPYLCTYYYEINNQKAPFTDARVREALKLGMDRDIIVNKVKNQGDLPAYGFTPPYTSGAELTPPEWFSWTQEKRNEVAKKLLAEAGYTKDNPLKFSLLYNTSDLHKKLAIAAASIWKKNLGVDVKLENQEWKTFLDTRHQGTYDVARAAWCADYNEPSSFLNMMLSNSSNNTTHYKSSVFDKLIEDTLKVKSEKERADLYQQAEIQLDKDSAIVPVFYYVSARLVKPYVGGYTGKDPLDNMHVKDLYIIKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structures of OppA and PstS from Yersinia pestis indicate variability of interactions with transmembrane domains.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Yersinia pestis
molecule keywords Periplasmic oligopeptide-binding protein
total genus 173
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2z23A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z23A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2z23A02
5EHMA 5I59B 4OFJA 4XIGQ 2VD2A 1JVXA 1P1NA 1MY0A 2Y7WA 3IJXB 5JEIA 2I3VA 2F7AA 3G7WA 1LAHE 4XKNA 4OENA 1MQDA 4JWXA 2DE4A 3QK6A 1IUDA 2RC8A 1PDAA 5CC2A 1RKMA 1ZIUA 3JYRA 3PPOA 1FTLA 3C32A 3T9UA 1A8FA 3TAJA 2AIXA 4E0XA 3HN0A 3PUZE 1LAXA 3LSWA 1FW0A 1N0TA 1LAGE 3RUMA 5I59A 1PB7A 4G68C 4C1TA 1FQDA 1FCKA 4QFLA 3K6UA 1B32A 4F2OA 3UA8A 1S7YA 1JNFA 4RY1A 3CG1A 2GHAA 1XOCA 5ICTA 5KCJA 2DE3A 1QKAA 3MC2A 3TQWA 3U92A 2NWJA 4U1ZA 2Q8JA 1H76A 1B3EA 4KQPA 4MH5A 4RPNA 5LOMA 1R6ZA 1USYE 1TFAA 3MAMA 1NMUA 4F1YA 1IQ7A 5HBCA 4LUBA 1EU8A 4YKJA 2HAUA 3K00A 1MXUA 3DLNA 4ONYA 2Z22A 3PPNA 5H8SA 2O69A 3CSGA 3H06B 3CI8A 2XXVA 3RLFE 1I6AA 5I84A 3GLBA 3IB2A 1B3LA 4M4GA 1PC3A 4MF3A 2HAVA 3OXNA 2Y7PA 3G3HA 4G8MA 1FQFA 4LP2B 2OCUA 5I58B 3MVXA 3DRFA 4KCCA 4NF5B 3QYTA 2E0SA 1JEVA 3TDJA 4G8NA 1MH3A 1AIVA 3KZGA 3TCGA 4R74A 5TP9A 3RN8A 3T9HB 3IOWA 1N04A 2X7PA 4KYDA 2Q2AA 4KD5A 2ANJA 3OEKA 4Q0CA 2PVUA 2DSFA 1Y4CA 1B1XA 3RTWB 1ZBMA 4ELQA 5I58A 3TTNA 1QVSA 4NF5A 4NF4B 1PEBA 5BUUA 4L17A 5CI5A 3VVEA 3IOVA 1B0HA 1R1NA 2OBGA 4GXAA 1IZ1A 3OOAA 1WODA 5AE4A 1VE4A 5L9MA 3OSRA 4GOTA 3BBRA 3RGYA 2I4BA 3L6HA 4N6PA 5H8NB 3A3CA 3SEUA 3CFLA 2B65A 4ZECA 1IITA 1H43A 4LA9A 3UK4A 2ZMBA 3IB1A 5AA1A 2F6PA 4NF4A 4KHZE 1B3GA 5DYHA 2HQ0A 5HPQA 3U72A 2DXRA 2AL5A 1TWYA 4IO2A 1XC1A 1XVYA 5AA4B 4X48A 5B70A 5J1DA 1LCTA 3O2AA 2ZNSA 1D9VA 4OEUA 5H8NA 1MXWA 1B4HA 1A54A 3QIMA 4FEDA 1XVXA 2F7CA 4XKRA 4QFKA 1OVTA 3C33A 1M5EA 4YB7A 2ZNUA 3PV0E 5TU0A 5CBSA 4WEPA 3FJ7A 4MLQA 5AA2B 1HSLA 1MY3A 3V89B 2ESNA 3BFTA 1B05A 5KDTB 4R9GA 4ESWA 4AB5A 3K1MA 5IKBA 1DOTA 5AA4A 4QF9A 1NNKA 4RPOA 2Y84A 1JVYA 1I69A 4R75A 5FHNA 3VVDA 3LVUA 1GGGA 4MFIA 5JTYB 3UORA 4TQUQ 1ZJLA 3ILTB 3N94A 2THIA 5ICQA 5DVJA 3S2VA 1A8EA 1FQEA 2GRVA 1O63A 2HZKA 1N76A 1M5BA 3B7DA 2O84X 3DP6A 5KDTA 4NE4A 4GF8A 3FXUA 1SW4A 3S9MC 2DWHA 3OMBA 1MQJA 4F2QA 1Z7NE 3C31A 4GQOA 3FTOA 4YKKA 4EQBA 1NH7A 4I1DA 4R2BA 3QUJA 5JTYA 4BDMA 4YMBA 1Y9UA 2DS9A 3MW0A 4AB6A 4PFUA 2XXPA 3K2DA 2F34A 3OEMA 1MXXA 4OETA 2WOKA 1BTJA 1R9QA 1QKBA 1DMBA 4GL8A 1T0KA 1D4NA 3CVGA 2XD3A 1F9BA 4EF2A 1XT8A 4OQOA 4KCDA 1SDXA 5I2NB 4P11A 2V93A 1FTMA 3O6IA 4Z0IA 4JWYA 4EDPA 3OO6A 2VD3A 3MZ9A 4PP0A 4H0WA 4XKPA 4QFPA 4KI0E 4YB5A 2UYFA 1YTVA 1LFIA 1AOVA 4FORA 4IO6A 1LFHA 1VSOA 3U8QA 1CB6A 1B7HA 2CZLA 3M3KA 1KWHA 1ZMGA 2I58A 1LBBA 1US4A 5CRYA 2CMOA 2XXWA 5I2NA 3I5OA 3MVYA 1IXGA 3LSFB 1QUJA 1FTJA 4KFQA 1B51A 1LCFA 2ONRA 3A09A 3A3UA 1AL3A 1N7WA 3H3GA 1S50A 3TODA 4DCXA 2Y7RA 3PUXE 1B0LA 4KPTA 4FECA 1LB9A 3PAMA 4JBZA 5CMKA 5AA2D 3TCHA 3QUFA 2A5SA 1OQGA 2WOPA 1A55A 5M2VA 3CRBA 4GVOA 2R9JA 4QSDA 4Q5TA 3Q25A 2V3UA 3PD8A 2P0SA 3M3FA 2QS3A 4NEDA 5L9SA 3KBRA 3PUYE 3MBPA 2UYEA 3SEXA 1BLFA 2ZNTA 2FNCA 3T9XB 2ONKE 1MPDA 1PB9A 3K1NA 3D4CA 1P1OA 1JEUA 4ELPA 5KCJB 3W9VA 3KGCA 4QHQA 3ZKKA 2DE2A 3KSXA 2O7IA 2XX7A 1B5HA 3IX1A 1XHYA 1B1HA 3LSLA 1MRPA 3TTKA 1B4ZA 1SBPA 3CFXA 3HHGA 3MWBA 1BKAA 1Y20A 4R9FA 4KYSA 3U93A 3VLWA 3MP8A 4HCWA 1IXHA 1NNFA 3RTFB 2F7BA 3OO8A 5BWJA 2OZZA 4ZDMA 2VP1A 3K6XA 3E4RA 3FJMA 4K3FA 2OK2A 5B7DA 3H6VA 2G29A 3MPLA 4OXVA 3ODBA 4E0WA 2Z8DA 3JZJA 3I3VA 4U2RA 4QSCA 3CG3A 4R2FA 4FEBA 3DP8A 4LZ7A 3PGFA 3FIRA 2ONSA 1SI1A 5DVIA 4XKQA 1Y4TA 3G3FA 3PD9A 2HFBA 1B6HA 3O9PA 1NH8A 4F39A 3TFLA 3RQTA 3IOUA 3RYBA 2OWTA 1PB8A 2FA7A 3FVNA 5TP9B 3SERA 3CFZA 1S9TA 4GL0A 3N26A 5DEXB 1GR2A 3VDFA 3H4ZA 3ZS6A 2XX8A 1N7XA 4POXA 4DDDA 4ISUA 3JV9A 3T93B 1EH3A 3TZAA 2ZYMA 1OMPA 5FTIA 3RNNA 2Z23A 3LBSA 1QULA 4NWDA 3N6TA 1P1UA 2V3QA 1H3DA 1MS7A 3LC8A 3THIA 3U94A 2NUVA 4JSDA 3ECRA 1J1NA 4F3PA 4DXUA 3T9VA 3IO6A 5ELVA 2REJA 5DEXA 2ZYNA 1NNTA 3DRHA 3SEYA 4HS7A 4ZEIA 3DRGA 1A7LA 3PMVA 2F36A 5I57B 1B9JA 4O3CA 3KJ7A 3RY3A 4RNSA 3UN6A 3TKDA 4H1XA 3O6GA 5K2XA 2H99A 3C4MA 1DPEA 2O51A 5L9OA 4ECFA 1QW0A 1ELJA 2QJEA 1SD3A 2UVJA 3ILUB 4GWOA 5DVFA 3FVGA 2I0BA 1N3WA 4ZEKA 3FZVA 2XXXA 5ITOA 3SKPA 5I57A 3Q28A 1URSA 4G77A 1DSNA 3B6WA 3IJOB 3PMWA 1MG1A 3S9NC 1B5IA 1OLAA 3FATA 2WKYA 1DTZA 3KEIA 2DWJA 1B3FA 3HPIA 4OERA 1SQYA 5L8DA 3DRIA 4G68B 2PBWA 1B40A 3TTMA 1MY4A 1MY2A 4WXJA 2XXRA 3RT8A 4H8IA 3QAXA 4OESA 3R6UA 1JQFA 2I0CA 1CE2A 2PX1A 5AA3A 3PMXA 2H98A 2IEEA 2Z8FA 4PE5B 2ALUA 4GFRA 4RXLA 4OWDA 3M8UA 2XXQA 3CIJA 4GXSB 5ISUA 4G2ZA 4G68A 2DXYA 1DPPA 3ONMA 1O64A 2RC9A 5TPAB 3OO7A 2ZYKA 3FJGA 3QSLA 5F7VA 3O66A 1HSJA 2KLFA 3R26A 2UVIA 1Y3PA 1MQHA 5CMCA 2I49A 1MXVA 3E3KA 3EQ1A 4EF1A 1NL5A 4TLMB 4BDOA 3L6GA 3H6TA 5JK4A 1EZPA 4OEVA 4KYEA 4NF6B 4UACA 3OELA 1B58A 3C34A 3H7MA 4QFNA 3K6WA 2H4IA 1WDNA 5TPAA 1B5JA 1MM7A 1LGBC 4F31B 3QXMA 4LVQA 4YB6A 3TQLA 4DE8A 2B3BA 3SDFA 1WVJA 3TPAA 3E9XA 4G8HA 3GXAA 4C0RA 4RA1A 4IGTA 2BJJX 2RINA 3D4GA 1MPBA 3LSXA 1Y1MA 4PQJA 4Q8RA 3G3JA 3MVZA 1URGA 2VGQA 1D3KA 1LSTA 2VOZA 3I6VA 4ELOA 1FQCA 2R6GE 4NF6A 4PFYA 3LR1A 3V5AA 3KSJA 1ZKBA 4HCYA 2OLBA 4YKIA 3TTLA 4F3SA 4F19A 3HV1A 2W7YA 5K2YA 4OZ9A 3SEVA 2Y7KA 4POWA 1Y1ZA 2PT1A 2Y7IA 4IY6A 4F3GA 2XXYA 3CSBA 3U1OA 1Y3QA 1YPNA 4G4PA 5I2KB 5CBRA 1IIWA 2Q2CA 4TLLB 4DIGA 1JW5A 3OENA 4ZEFA 3MQ9A 5I56B 5CM6A 4FIMA 2A5TB 1POTA 1UIUA 2HEUA 3HO7A 4P0IA 1UTBB 1OLCA 5EHSA 3VXBA 1YAEA 2F78A 4TOZA 3W15C 4GD5A 5FTHA 4C1UA 3F11A 3KN3A 2O1LA 2RKMA 5I2KA 5DT6A 2G93A 1LAFE 2O1MA 1Q35A 5I56A 4MBPA 2NXOA 4X1DA 4IO5A 2RF1A 3S9EA 3RT6B 1RYXA 2A5TA 3S4UA 3VVFA 2RCAA 1D9YA 1POY1 3V83A 1UTBA 3K6VA 2XHDA 4IO3A 1OVBA 2DVZA 2QS2A 5H8QB 3N5LA 3ZSFA 3SESA 2VHAA 4IO4A 4WKMA 4YZZA 3PPPA 1VFDA 4BDRA 2QS1A 2HZLA 2GHBA 1M5CA 4H5GA 4HW8A 4JXIA 4EXLA 4QRZA 3UIFA 2QSXA 2YPNA 4JB7A 3GZGA 1SW5A 1B7ZA 1NNPA 2Q88A 2B4LA 4RYAA 3MP1A 3EN3A 2P2AA 3DM0A 3SEWA 5H8FB 4OMBA 2ZYOA 5H8QA 1O7TA 1GTKA 2XXTA 2DP8A 4NMYA 3PUVE 4XTCQ 1BIYA 2FYIA 1LBCA 2D21A 3HHFA 2DOJA 2QRYA 3IR1A 5CMMA 1Y3NA 3TEPA 4FJPA 4QFOA 4WEDA 1QJMA 1I6BA 1URDA 3DP4A 3S9LC 2ZXTA 2AL4A 3IB0A 5A5XB 2I3WA 2Z8EA 4PFWA 4IGRA 1II5A 1A40A 2R71A 1ZU0A 3IOTA 4ZEDA 1MDQA 1P99A 1LB8A 1ATGA 4H8JA 5H8FA 4GLIA 4EUOA 4F1VA 2QMXA 2M8CA 1QUKA 3EHTA 2V84A 2DQVA 1AMFA 1Q1KA 2DYXA 2UVGA 3LUYA 4H6DA 5CMBA 1MQIA 1JW1A 1MY1A 3FV1A 5HM4B 3EPEA 1BP5A 3O6PA 4ZE9A 2PYYA 3KG2A 2NVUB 1ZLQA 2B4MA 5A5XA 3HCQA 3CR9A 4YKPA 3G3IA 4IY5A 4N07A 1SI0A 4EQ7A 4U21A 4R6YA 3T96B 4ZEBA 1ZTYA 1B7UA 3ZKLA 1VR5A 3FXQA 4LQ2A 4BDLA 4NTLA 4FE8A 4R6KA 3FD3A 3MZBA 1USYH 4U22A 2DWAA 4U4XA 4H5FA 1MDP1 3OSQA 3MJNA 3KOTA 4UA8A 2I48A 2D5WA 4NWCA 4KR5A 4F1UA 1OQHA 1NKXA 4AQ4A 4FAJA 1US5A 2LAOA 1SW2A 3EHUA 4RK2A 4U4SA 2UVHA 3K4UA 4YAHX 3PU5A 2D3IA 1UIVA 1RYOA 2QMWA 1EZ9A 3N6UA 4LQ5A 1LFGA 1AH5A 1EZOA 1M5FA 5KZTA 2F5XA 5DTBA 4H65A 4R6HA 5H8HB 3B6TA 3KFMA 5ITPA 4EXKA 3IO4A 1MM6A 3C35A 3DRJA 3O97A 1A99A 2DWIA 4H67A 1JW4A 3K0VA 3C36A 4PETA 2I4CA 3TYHA 3OO9A 4LZ5A 4I9DA 1SYHA 3GBAA 3HSTA 3TCFA 3G3GA 1N84A 2I6EA 3EHSA 2O68A 3K01A 3IORA 3H6WA 4GIZA 1HSEA 2HXWA 2REGA 5H8HA 3VV5A 4O3BA 1H45A 4N13A 3H6UA 1L5TA 1M5DA 3P7IA 3FVOA 4GRKA 1SW1A 4ESXA 5F1QA 4FATA 3V8XB 3FV2A 1TT1A 1P1QA 3FVKA 1TFDA 3FASA 3SETA 1MH4A 1UTHB 2XXHA 4Z7EA 1B52A 4EQ9A 3Q29A 4ZE8A 2X7QA 3KN7A 4OFLA 4HTGA 4X1BA 3OD7A 3H03A 1MQGA 2HCAA 4PFTA 2OWSA 4R72A 4F22A 3FGSA 4P0GA 2Q89A 3VE1B 3O28A 3PPRA 1TXFA 3CHGA 3BFUA 4OYVA 3USDA 1R9LA 2H5YA 1MXZA 2QL3A 3KJTA 4XXUA 1H44A 4JDFA 4IO7A 4ZZAA 1VFEA 3DRKA 3E13X 3PUWE 4R73A 2V3TA 1UTHA 1LLSA 4ZZEA 1GV8A 3IK6B 1PBQA 1IXIA 4U1OA 4JSOA 2Q9TA 3M3LA 4QSEA 2QPQA 4THIA 3WAEA 5AA2A 1GVCA 2GFEA 1B46A 4BDNA 4DXCA 3UGWA 4MLVA 3VLVA 3BKIB 2P1SA 4DLDA 1IEJA 5EYFA 3RPWA 3TTRA 4BDQA 2F35A 2PMSA 2OJTA 4Q30B 1I6QA 2YLNA 3IL1B 4DCYA 4OTEA 2QS4A 2F6GA 3Q26A 3K1PA 1XS5A 4F29A 1NFTA 1FQAA 1SVXB 2F8DA 1IXCA 1OIBA 1YCJA 4M1VA 2IA4A 3VXCA 4ND9A 4LZ8A 3Q27A 3PPQA 2H25A 2O6AA 2UXAA 2B3FA 3FXRA 3DELB 4JWOA 4IB2A 1N3XA 1FQBA 3IAZA 4X9TA 1B3HA 4ZS9A 2O7UA 3VLUA 3MUQA 4DZ1A 4O3AA 3VFJA 2GH9A 1JETA 4BLAA 4ELRA 4I8CA 3AXFA 4U23A 5IAIA 2PT2A 3FUZA 3TMGA 4RK9A 3B6QA 4NF8B 1ANFA 4F18A 4DXBA 3MPKA 4YU0A 4RJZA 4YICA 1DTGA 2AYSA 1FTKA 1PBPA 4I62A 3KOSA 4YMAA 3EF7A 1MPCA 3W9WA 2E1SA 2XD2A 3RYAA 3UP9A 5FHOA 1SYIA 3MVWA 2WOLA 4LATA 2NOOA 2DVCA 2XX9A 1MXYA 4NF8A 2RCBA 3O6HA 3O29A 3GBBA 2RC7A 1FTOA 3C9HA 4F3BA 2V25A 3T66A 3T22A 3K02A 1B2HA 1P1WA 2F97A 1UQWA 4OHNA 4LONB 2H9BA 3MZ1A 2X26A 2XXIA 1QUIA 3TELA 3R7XA 5FHMA 2ABHA 4OFOA 3KN8A 2XXUA 3MP6A 4OVJA 3TUSA 2YJPA 1Z7ME 3G3KA 3WAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EHMA 5I59B 4OFJA 4XIGQ 2VD2A 1JVXA 1P1NA 1MY0A 2Y7WA 3IJXB 3KBZA 5JEIA 2I3VA 5ET6A 2F7AA 1NV4A 3G7WA 1LAHE 4XKNA 4OENA 1MQDA 4JWXA 2DE4A 3QK6A 1IUDA 2RC8A 1PDAA 5CC2A 1RKMA 1ZIUA 3JYRA 3KC0A 3PPOA 1FTLA 3C32A 1KZ8A 3T9UA 1A8FA 3TAJA 2AIXA 4E0XA 3HN0A 3PUZE 1LAXA 3LSWA 1FW0A 1FBHA 1N0TA 1LAGE 3RUMA 5I59A 1PB7A 4N8GA 4G68C 4C1TA 1K9YA 1FQDA 1FCKA 4QFLA 3K6UA 1B32A 4F2OA 3UA8A 1S7YA 1JNFA 4RY1A 3CG1A 2GHAA 1XOCA 4OVRA 5ICTA 1INPA 5KCJA 4GWZA 1LBXA 2DE3A 4MEVA 1QKAA 3MC2A 3TQWA 3U92A 2NWJA 4U1ZA 4PGNA 2Q8JA 1H76A 4OVTA 4GX3A 1B3EA 4KQPA 4MH5A 1FSAA 2Q74A 4RPNA 5LOMA 1R6ZA 1USYE 1TFAA 3MAMA 1NMUA 2WX9A 4F1YA 1IQ7A 5HBCA 4LUBA 2ZZWA 1EU8A 4YKJA 1IMBA 2HAUA 2Y5KA 4GX6A 3K00A 1MXUA 4N6KA 3DLNA 4ONYA 2Z22A 3PPNA 5H8SA 2O69A 3CSGA 3H06B 3CI8A 2XXVA 4P1LA 4GWYA 3RLFE 1I6AA 5I84A 4MX6A 3GLBA 3IB2A 1B3LA 4H45A 2Y5LA 4M4GA 1PC3A 4MF3A 2HAVA 3OXNA 2Y7PA 3G3HA 4G8MA 1FQFA 4LP2B 2OCUA 5I58B 3MVXA 3DRFA 4KCCA 4NF5B 3QYTA 2E0SA 1JEVA 3TDJA 4G8NA 1MH3A 1AIVA 3KZGA 3TCGA 4R74A 4NX1A 5TP9A 3RN8A 3T9HB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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