2Z23A

Crystal structure of y.pestis oligo peptide binding protein oppa with tri-lysine ligand
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ANVPTGVQLAEKQVLVRNNGSEPQSLDPHKIEGVPESNISRDLLEGLVINDPNGNIVPGAAESWDNKDFKVWTFNIRKDAKWSNGDPVTAQDFVYSWQRLADPKTVSPYASYLQYAHLTNIDDIITGKAAPDTLGVKALDDHTLEVTLSEPVPYLDKLLAHPLMSPVNKTVVEKFGEKWTQPQNFVGNGAYKLKDWIVNERIVLERSPTYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPDQVHVDPYLCTYYYEINNQKAPFTDARVREALKLGMDRDIIVNKVKNQGDLPAYGFTPPYTSGAELTPPEWFSWTQEKRNEVAKKLLAEAGYTKDNPLKFSLLYNTSDLHKKLAIAAASIWKKNLGVDVKLENQEWKTFLDTRHQGTYDVARAAWCADYNEPSSFLNMMLSNSSNNTTHYKSSVFDKLIEDTLKVKSEKERADLYQQAEIQLDKDSAIVPVFYYVSARLVKPYVGGYTGKDPLDNMHVKDLYIIKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structures of OppA and PstS from Yersinia pestis indicate variability of interactions with transmembrane domains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Periplasmic oligopeptide-binding protein
molecule tags Peptide binding protein
source organism Yersinia pestis
total genus 173
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2z23A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z23A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2z23A02
5KCJB 1RYXA 1GGGA 3MVZA 3TCFA 1PB9A 2QS1A 1JETA 3CSGA 1QUJA 1BLFA 3G3JA 3UORA 4OFOA 1L5TA 1QW0A 3RTWB 1P1QA 4WEDA 4IGTA 4THIA 4RPNA 4R6KA 3W9WA 3TQWA 4XIGQ 2QMXA 4O3CA 1DPPA 3KJ7A 2RCBA 2A5TA 2WKYA 1MY3A 4H1XA 1R9QA 5ICTA 1D3KA 1FTOA 1GR2A 4EF1A 3TUSA 1Y3PA 1POY1 3TTNA 2F34A 4F3SA 3HPIA 4NF8B 2O68A 4ESWA 1VR5A 3K4UA 2ZYKA 4R74A 4OFJA 5H8SA 3K6UA 2UYEA 3RGYA 3TQLA 4ESXA 3TMGA 1JVXA 3DRKA 4O3BA 1MQHA 2QJEA 4XKRA 5AA1A 3O6GA 1P1NA 3K1PA 4LP2B 1NH8A 3FASA 3TTKA 2Q88A 1MY1A 2XXPA 2DVZA 5CMKA 1B7ZA 2B65A 2QRYA 1LSTA 3V5AA 3TELA 4G8NA 1TFDA 5ITPA 4F18A 2VGQA 2UVIA 4Q8RA 2A5TB 5I57B 1VE4A 4EQ9A 1B7UA 1ZBMA 3CSBA 1H43A 2BJJX 4LQ2A 3HN0A 2Q9TA 3Q27A 4QFLA 4NF6A 2O1MA 3MWBA 3G7WA 1A8EA 1B3HA 4DDDA 4E0XA 3MJNA 1EU8A 4F2QA 3H6UA 3I3VA 5L8DA 2W7YA 3IJXB 4OZ9A 2B3BA 2PMSA 3SEYA 4RYAA 2X7QA 1XHYA 4DCXA 3N6TA 1AL3A 2I3WA 1OIBA 3HV1A 1URSA 1B9JA 4LA9A 3GZGA 2V3UA 2R71A 2F36A 5ICQA 4P0GA 1ZKBA 5M2VA 4IY5A 3IAZA 4GL8A 1PB7A 2VHAA 1N0TA 4F39A 4N6PA 2P0SA 1JEVA 2NXOA 1S7YA 1A99A 3U1OA 3IK6B 3PPNA 1ZJLA 2THIA 4H6DA 3VLWA 2WOPA 4IGRA 2H9BA 4YICA 3TFLA 4GL0A 3MP6A 1KWHA 1NL5A 4ELOA 1CB6A 1HSJA 4UACA 3DELB 3VXCA 4P11A 3UGWA 1GTKA 5I59A 4RJZA 1MM7A 2DVCA 3TEPA 2R9JA 5L9OA 5DVIA 3UIFA 3OO8A 3PUXE 4G2ZA 4KYSA 4QSCA 1UIUA 1Y1ZA 2O6AA 5K2YA 1ZIUA 4QHQA 2DQVA 1M5CA 3FGSA 1P1UA 4TLMB 4F1UA 3T9XB 4R6YA 4FE8A 4H8IA 3GBBA 4AB5A 1IXIA 4MBPA 5CMMA 5L9SA 1FQBA 3PMXA 3IO4A 2F7AA 4KYEA 4DLDA 5HM4B 4PFTA 1B5JA 2F6PA 4OEVA 3S9EA 2B3FA 3CIJA 4IO3A 1FTLA 3E4RA 3MP8A 1TWYA 3LSLA 2QPQA 3KGCA 1LB8A 1XS5A 4I62A 3VDFA 1MXZA 1XT8A 5HPQA 3K1MA 2WOLA 5I59B 3D4GA 1VSOA 3V8XB 1B58A 3IOVA 4IO7A 2DWAA 1B1XA 3N5LA 1I69A 4GIZA 3CRBA 1IXCA 2PX1A 2F7BA 4LZ7A 2E0SA 4KR5A 3EHSA 1AH5A 3C36A 3K00A 2AYSA 2DWHA 1XVYA 1ELJA 2ANJA 3CVGA 1MQDA 4MF3A 3KOTA 4BDQA 4PETA 1A54A 1MXUA 3A09A 3QYTA 3TTLA 2HZLA 4KCCA 3O9PA 4C0RA 3OO9A 3T9VA 2DXYA 1JEUA 1DSNA 4GXAA 1XC1A 1MH4A 5ISUA 5AA2A 3K02A 3H7MA 4N07A 3VFJA 1A55A 3H06B 1OQHA 2XX8A 5CMCA 3AXFA 5CI5A 4FEBA 2P2AA 4NE4A 2OJTA 2XD2A 4R73A 4YZZA 3K6VA 4IO5A 3UA8A 3QXMA 1JNFA 4XKNA 4AQ4A 3WAFA 3H6VA 3C34A 3QUFA 1JQFA 3M3FA 5KZTA 4ELRA 1Y9UA 2CMOA 1O7TA 1S9TA 5EHMA 4FEDA 4U21A 4R9FA 4G4PA 2REGA 3MZ1A 2AL4A 1D4NA 2XXXA 3SDFA 1M5BA 4YAHX 4H67A 4NF5A 4K3FA 4WEPA 2V3TA 2I6EA 2PVUA 2F35A 5AA2B 2WOKA 4BDNA 1B6HA 2ZXTA 2B4LA 1B7HA 4OENA 2IA4A 3IOUA 2F7CA 3FJMA 4G68C 4NWCA 2QMWA 3TCGA 4EXLA 2E1SA 3ZSFA 4H5GA 2O84X 2D21A 3S9LC 4LZ8A 4FIMA 4QF9A 4Q0CA 2NWJA 2Y7IA 1R9LA 4OESA 1PC3A 1GVCA 1SI1A 1MQJA 5EHSA 4RXLA 3K6XA 4F19A 1LAGE 2ZMBA 5I56A 4ZECA 3O28A 4EQ7A 3TTRA 1EZOA 4TQUQ 3E3KA 1B46A 4JWXA 1H3DA 2Z8DA 5I2KA 1SQYA 3OOAA 3MVYA 1A7LA 1MDQA 3EHTA 2XXRA 4FAJA 1JVYA 4X9TA 5KDTB 2VOZA 1MPBA 1B3GA 3E13X 3PPQA 3SEUA 5ITOA 1Y3NA 2ZYNA 4QFOA 3SEWA 1OLAA 4GXSB 2D3IA 3HCQA 4WXJA 2VD2A 4PQJA 4U22A 3T93B 1WDNA 1ZLQA 4ISUA 3U72A 1ANFA 1IIWA 4DXBA 3DRGA 3PUYE 3KN8A 1MPCA 3U92A 4G68A 1T0KA 2HFBA 3TCHA 4OFLA 3TODA 3MBPA 4F22A 1RKMA 3PUVE 4U1OA 4KD5A 1N76A 2ABHA 1I6BA 1SW2A 4U1ZA 3PD8A 4KPTA 2V93A 3B6TA 5FTHA 4GF8A 2PBWA 2ZNUA 2Z22A 1J1NA 1NMUA 2I48A 4Z0IA 3S4UA 4BDLA 1I6QA 5LOMA 5I2KB 5CC2A 1Z7ME 3ODBA 2HQ0A 3LUYA 2UVHA 1JW1A 1FCKA 2I0BA 4JXIA 1SW1A 4Q5TA 4FATA 4R2FA 4ZZEA 3MUQA 4KQPA 1B4ZA 3EF7A 4IO2A 5H8NA 3HO7A 4GVOA 4AB6A 5A5XA 4G68B 4Z7EA 3S9MC 3PGFA 4MLVA 2FA7A 2GHBA 1FQAA 1SDXA 2GHAA 1WVJA 2DOJA 1XOCA 5DTBA 3S9NC 1M5FA 4LVQA 3R7XA 2RCAA 4ONYA 3K0VA 4IO6A 2OBGA 2I0CA 3FJ7A 4WKMA 4HCWA 3VE1B 1H44A 1WODA 4DIGA 4YKPA 3W15C 5F7VA 2OWSA 2X7PA 3FV1A 3MW0A 4H8JA 4DCYA 2OCUA 3SEVA 4PFUA 2F78A 2ZYOA 4JDFA 3MZ9A 4I8CA 3DRJA 5AA4A 2HCAA 5CBRA 3CG3A 3QAXA 1SD3A 4ECFA 3O29A 5H8NB 4JBZA 4ZDMA 5A5XB 3OXNA 3MC2A 1Y1MA 1TT1A 1JW4A 3RY3A 4R75A 4MLQA 5K2XA 4L17A 1SYHA 2Z8EA 2B4MA 4KI0E 2NVUB 3MVXA 4NF6B 3B6WA 1Y4CA 2XXVA 1FQDA 2QSXA 3H6TA 4F1VA 3PUWE 1CE2A 2M8CA 3Q25A 4U4SA 1B3LA 5DT6A 3E9XA 3LR1A 1SYIA 4JSDA 4Q30B 3CFXA 3RN8A 4NMYA 3HHGA 4IB2A 3JYRA 3GLBA 2OWTA 2QL3A 2XXHA 5AA4B 1NH7A 3I6VA 1QKAA 4F3PA 1LBCA 1IXHA 3SERA 4YKIA 4YB6A 1A40A 1SVXB 2Q8JA 4E0WA 5BWJA 3KG2A 4RY1A 4XKPA 3DP4A 3KSXA 1B52A 2ZNTA 1EZPA 4ZEIA 2XXUA 2DYXA 2OZZA 4LONB 4FJPA 4BDRA 1FW0A 4H0WA 1UIVA 3G3FA 3ZS6A 4YB7A 4QSDA 3QIMA 1PBQA 2PYYA 3PUZE 3VV5A 3IL1B 1IITA 3FXQA 2AL5A 4MH5A 5IKBA 3TTMA 4G8MA 3OEMA 1OLCA 2XHDA 3Q29A 2O51A 3LSXA 3RTFB 4I1DA 1D9YA 4RK9A 1B2HA 5CRYA 1SW4A 4XTCQ 3A3UA 1S50A 4EDPA 1ATGA 1DTGA 4POWA 4IY6A 2H25A 4XKQA 3TKDA 2XX9A 2V84A 2ONRA 3QK6A 5AA3A 5AA2D 4OHNA 2DE3A 2ESNA 4PP0A 4FORA 2I49A 3G3KA 1B0LA 3T9UA 3H03A 2XXWA 4F29A 2V3QA 1N3WA 2ZNSA 1OVBA 3VLVA 1JW5A 4R72A 3QSLA 1B1HA 3FVGA 3C35A 3FVKA 1LFIA 4UA8A 4BLAA 3MZBA 3LSFB 1LAXA 3C31A 4R9GA 1ZMGA 3M3KA 2PT1A 3TPAA 3UK4A 2NOOA 2HEUA 4GFRA 3O6IA 4G8HA 3DP8A 3VXBA 4LZ5A 3U8QA 3W9VA 3Q26A 4QFPA 3FD3A 3WAEA 2DE4A 1Y4TA 2GRVA 4YKJA 3RLFE 4IO4A 1I6AA 4F3GA 1USYH 4PE5B 3O66A 1B0HA 2O7IA 3LBSA 4F1YA 4ZE8A 3SEXA 2Q2CA 1SI0A 1NNFA 3FIRA 4OETA 1IXGA 2Z23A 1MXWA 2O7UA 1MXYA 3T9HB 4EXKA 3IX1A 1DTZA 1YAEA 4YKKA 4NTLA 3HSTA 3IOWA 3MVWA 2Y7PA 1EZ9A 4U2RA 3LVUA 4KCDA 5BUUA 4OYVA 5B70A 1Q35A 1N84A 3G3GA 2Q89A 3KN3A 3PD9A 1M5EA 2DP8A 5FTIA 4LUBA 3BKIB 3RPWA 1LAHE 3DRFA 3L6GA 3G3IA 3M8UA 1FQEA 2VP1A 3CFLA 3FVNA 5CBSA 2XXIA 3N94A 3PAMA 3K01A 4YMBA 2VD3A 1NKXA 4ZEKA 3GBAA 1H45A 1B40A 4QFNA 4NF5B 2O69A 3KJTA 3OD7A 3DRIA 2I4CA 1NFTA 4HTGA 3FZVA 4NF8A 2NUVA 1N3XA 2Y7WA 1LCTA 4EUOA 3PMWA 4BDOA 3V83A 1TXFA 4OWDA 3GXAA 5TP9A 1FTKA 2HAVA 5DVJA 3ZKKA 5DEXA 1HSEA 1MXXA 3TDJA 1A8FA 3JZJA 3PMVA 1N7XA 2OLBA 3PV0E 1N7WA 2H99A 3CFZA 1B3EA 4DXUA 2HAUA 2HXWA 2D5WA 1Y20A 3BBRA 2DSFA 3CI8A 2R6GE 5HBCA 1HSLA 1XVXA 2LAOA 1F9BA 5I56B 1NNKA 4RA1A 3ILTB 4KFQA 3VVDA 1D9VA 5I57A 3UN6A 1PBPA 3KSJA 1IZ1A 4LQ5A 2UVGA 4XXUA 4PFWA 3P7IA 3R26A 1US4A 1MQIA 4RNSA 5DYHA 4QFKA 4G77A 2DXRA 1MY2A 3KBRA 1PB8A 3MP1A 3OEKA 2Q2AA 1II5A 5TP9B 2UYFA 3FXRA 4ZZAA 3CHGA 2XD3A 3TZAA 2ONKE 3DM0A 3T66A 5DEXB 3FATA 3OENA 4X48A 1LLSA 4HW8A 1B05A 2G29A 2DWJA 5I58A 1BP5A 5I84A 3BFUA 1LAFE 3VVEA 1YTVA 1MY4A 4HCYA 4PFYA 4NWDA 4GRKA 4ELPA 5ELVA 2QS3A 1URDA 3IOTA 2UVJA 1DMBA 2H5YA 3L6HA 3ZKLA 1P99A 2H4IA 3KZGA 3DP6A 3KEIA 5JTYA 2REJA 3IB1A 2F6GA 4DZ1A 3BFTA 1O64A 4FECA 5CM6A 1BIYA 3TAJA 3THIA 2GFEA 3RT6B 1Z7NE 3EN3A 4GLIA 1Q1KA 2KLFA 1SW5A 5FHMA 4EF2A 1B5HA 1ZTYA 2FNCA 5TU0A 3M3LA 2QS4A 1MPDA 3KOSA 3FVOA 1MG1A 4YB5A 5B7DA 3A3CA 1YPNA 4JSOA 4U23A 5I58B 1BKAA 4I9DA 1NNTA 1TFAA 4ND9A 4GOTA 3PPPA 1DOTA 2F8DA 1N04A 2XXTA 3OELA 5FHNA 3QUJA 3K1NA 3IORA 4RPOA 4ZS9A 4H5FA 1H76A 3TYHA 2XXQA 3U93A 4O3AA 3IO6A 4KHZE 1YCJA 5EYFA 3RYBA 1QUIA 3D4CA 5JTYB 2RC7A 5DVFA 3H3GA 2PT2A 3Q28A 3T96B 4H65A 3ECRA 4F2OA 3C32A 3VVFA 4POXA 2FYIA 2RINA 2O1LA 3U94A 3V89B 3LSWA 3JV9A 4DE8A 2OK2A 1B3FA 2H98A 2GH9A 2RKMA 5F1QA 3K2DA 4OEUA 4TOZA 3FUZA 4RK2A 3IR1A 2X26A 1UTHA 3G3HA 5TPAA 3CG1A 4DXCA 2QS2A 4NEDA 3RUMA 3N6UA 3O97A 3EPEA 4ELQA 1QJMA 5I2NA 3SKPA 3OO6A 4MFIA 1DPEA 2A5SA 5H8FA 1USYE 2G93A 3F11A 1PDAA 3FV2A 4N13A 3H4ZA 1POTA 1FQCA 1MRPA 1SBPA 1P1WA 2F5XA 5CMBA 5J1DA 3FXUA 1AMFA 3UP9A 2YPNA 2ONSA 4LATA 3EQ1A 1IQ7A 1QULA 3C4MA 1O63A 1FTMA 4BDMA 1P1OA 2RC9A 4GD5A 2HZKA 4C1UA 3DLNA 2F97A 2RF1A 1GV8A 3B7DA 4QSEA 2V25A 2RC8A 1NNPA 3MAMA 1M5DA 1UTHB 5TPAB 2DE2A 2ZYMA 3ILUB 3PPOA 3R6UA 4GWOA 3FTOA 1OMPA 5I2NB 2I3VA 2Y84A 3FJGA 1MS7A 2YJPA 3SETA 2UXAA 3RYAA 2CZLA 5H8FB 3C33A 4P0IA 2Z8FA 1MQGA 4OERA 1RYOA 1UQWA 5FHOA 2DS9A 3N26A 1FQFA 5IAIA 5L9MA 1R6ZA 3OSRA 5H8QA 4R6HA 4R2BA 1MXVA 3T22A 1UTBA 1LFGA 1IEJA 2XXYA 4EQBA 1MH3A 4OVJA 1MY0A 1QKBA 3DRHA 3O6PA 4KYDA 1URGA 3HHFA 4NF4A 1OQGA 4ZEFA 3PU5A 2ALUA 3I5OA 3K6WA 1LFHA 4F31B 4JWYA 4HS7A 3C9HA 4M4GA 5H8HA 4OXVA 3O6HA 1B5IA 1LCFA 1Y3QA 3EHUA 2YLNA 2DWIA 1B51A 4ZE9A 3IJOB 3MPLA 4OQOA 3IB2A 5JK4A 2IEEA 1BTJA 3OMBA 1PEBA 1OVTA 4TLLB 3KFMA 4X1BA 2AIXA 1EH3A 3RNNA 4U4XA 3MQ9A 2XX7A 1QVSA 3CR9A 4GQOA 5KCJA 3OSQA 4JB7A 1US5A 4JWOA 5H8QB 5JEIA 2I4BA 1LBBA 1UTBB 1MDP1 1FTJA 5KDTA 1AIVA 3RT8A 4X1DA 3SESA 1LB9A 4M1VA 4QRZA 1LGBC 3B6QA 1B4HA 3S2VA 3VLUA 3PPRA 4NF4B 4YU0A 1VFEA 3O2AA 1MM6A 5AE4A 4YMAA 3IB0A 1AOVA 1B32A 4ZEBA 5H8HB 2Y7KA 3USDA 3OO7A 2I58A 3MPKA 4C1TA 1QUKA 1ZU0A 1IUDA 2P1SA 4OMBA 3KN7A 3ONMA 4F3BA 4OTEA 3H6WA 2Y7RA 3RQTA 1R1NA 1VFDA 3LC8A 4ZEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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