2D5WA

The crystal structure of oligopeptide binding protein from thermus thermophilus hb8 complexed with pentapeptide
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
602
structure length
602
Chain Sequence
MGPQDNSLVIGASQEPRVLAGDFLRVISNQAIKSEIEQYLFAPFIGFNADSQNFPVLATEVPTLENGRLRVTDIGGGKKRLEMDITIRPDAKWSDGRPITTEDVAFYFEVGKAKGMPVLNPDFWERVNVRIKDARNFTLIFEPAYYYDTYGPINTYAPKHIMGPEWERVKAAARGLDPDKDAEKLNELYRNFFLKFATPQALNRGAMVYSGPFKLKRWVPGNSIEMERNPNFPIKPEGGESKYVQKVVYRFIQNTNSLLVAVIGGSIDATSSVSLTFDQGRSPQLVRRAPGRFDIWFVPGAIWEHIDINKFENCQVVKDLGLNDKRTRQAILHALNREGLVKAFFDGLQPVAHTWIAPVNPLFNPNVKKYEFDLKKAEALLAEMGWRKGPDGILQRTVNGRTVRFEIEYVTTAGNVVRERTQQFFAEDLKKIGIAVKINNAPSAVVFADEFIQRASECKWTGMFEFAWVSNLQEDGSLFQYKNLNTGAIMVPTKENNYQGQNIGGWRNDEFDRLTSQAVLEFDPERRKQLFWRAQEIWAEELPALPLYFRANPYVVRKGLVNYVASAYSGGYGYPGWNAWEIGWESRGAVKKWDQAKYALST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of oligopeptide binding protein from Thermus thermophilus HB8 complexed with pentapeptide
rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords peptide ABC transporter, peptide-binding protein
total genus 219
structure length 602
sequence length 602
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2d5wA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2d5wA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2d5wA02
1MQGA 4F22A 4YKKA 3PD8A 2HEUA 4QRZA 3MVWA 3C4MA 1A54A 3E13X 3I5OA 3RTWB 3UGWA 3IORA 3HV1A 3QYTA 1QUJA 4POWA 2RCAA 4GQOA 4QFKA 2G29A 2H98A 2ABHA 1J1NA 3USDA 3TDJA 2UVIA 1SI1A 3IOVA 1NNTA 3UK4A 1NL5A 4BLAA 4ZEDA 4DXUA 3PD9A 5FHMA 3U92A 5KCJB 3K1NA 1JW1A 3MW0A 4F19A 5CRYA 1PBPA 1DMBA 1MQDA 2DWIA 3W9WA 1P1QA 4NF6A 3Q26A 1OMPA 2UYFA 3VLUA 3A09A 5B70A 2Z8EA 1IXCA 1B1HA 3E3KA 1UTBB 1MM6A 2PX1A 1UIVA 4F18A 1N7WA 2QMXA 1S9TA 3QXMA 4Q5TA 4H0WA 2V3QA 1QJMA 4NF4B 1GVCA 5BUUA 3HO7A 4F1YA 3CHGA 3OEMA 5EHMA 2XX7A 1JW5A 2Q89A 4MFIA 2Y84A 4OTEA 3EN3A 3V83A 1VFEA 1FTLA 4GFRA 3PMXA 3LUYA 2XXRA 4FEDA 1MY0A 4F1UA 1FTKA 3MP8A 4WKMA 2HXWA 5DVIA 4QFNA 2ZXTA 5HBCA 3QSLA 4NF8B 3F11A 3P7IA 2RC8A 3ZSFA 2QPQA 2PVUA 2OJTA 4U4XA 3OENA 1FQAA 5FTHA 1URGA 2GH9A 4ISUA 3HSTA 3RPWA 1EH3A 4IO5A 2X7QA 1ZMGA 5L9SA 4AQ4A 1HSEA 1MXVA 3TCHA 4ZEKA 3TZAA 1SBPA 2XX9A 3EF7A 3VDFA 4R6YA 3IJXB 2F7CA 3TTLA 3PAMA 4IY6A 5AA4A 2AL5A 3OO8A 2DVZA 4U4SA 3DP4A 4ESWA 1BIYA 2XXXA 3KEIA 4JDFA 2F8DA 3K1MA 1FQEA 1LFHA 1H45A 4F29A 2F7BA 3S9MC 4ONYA 3GBAA 5ELVA 3DLNA 3KFMA 3SEWA 1SW4A 2PT1A 4ECFA 3C33A 1Z7ME 4IO2A 2Z23A 1N04A 4HTGA 4YICA 3MPLA 1B2HA 3IL1B 2HZKA 4DE8A 3RN8A 4UA8A 3K4UA 1SVXB 2VD3A 3R26A 1D3KA 5A5XB 4F3GA 2O68A 5FTIA 3C32A 2VHAA 3FXUA 2QL3A 3OO7A 4OERA 3H6WA 3PU5A 5I84A 4U21A 1MY2A 1B4HA 3DELB 4QSEA 4PQJA 3G3FA 4LQ5A 1MDQA 1TT1A 4C1TA 4XKNA 5KDTB 5JTYB 4RY1A 3O9PA 3KSJA 5ICQA 4R2FA 4U22A 1QUIA 3JZJA 5IAIA 4O3CA 4H65A 2D5WA 1MQHA 1B7HA 2ZYOA 1LCFA 1BP5A 3O66A 4DXCA 3R6UA 4HCYA 3IAZA 1B3GA 2ZNUA 4JWOA 3T22A 3RYAA 4DXBA 3VVDA 3T93B 1VE4A 5FHOA 4R2BA 3LBSA 4F3PA 4PFTA 3FXQA 5CMBA 2UVHA 1N7XA 4H8JA 5ICTA 3OD7A 3FD3A 4GD5A 4KYSA 2H99A 1NMUA 2Y7IA 1N76A 3SETA 1Z7NE 1O63A 5H8HA 4AB5A 4U1ZA 4YKIA 3EPEA 1P1OA 4XTCQ 1FCKA 4TLMB 4MBPA 5IKBA 1B4ZA 4JSOA 4RK2A 2RC7A 3O29A 4I8CA 3N6TA 1XT8A 1AH5A 3TMGA 1B3HA 4F1VA 4Z0IA 3HCQA 3ZKLA 3ONMA 1MXYA 3M3FA 4ZEBA 2DYXA 3O6GA 2DVCA 2Y7PA 3PMWA 1MDP1 2F78A 4ZDMA 2F6GA 3KGCA 1JQFA 3MWBA 4RPOA 2X7PA 4OXVA 1LSTA 4NE4A 1IZ1A 3FTOA 4XKPA 3KG2A 3KN8A 3K6VA 3TAJA 1MY4A 4OEVA 3QUFA 3OO9A 4N07A 4LZ7A 3C34A 5L8DA 1N84A 3TCFA 1B52A 4GVOA 2I0CA 3PGFA 2O7IA 4EDPA 2XD2A 3SEVA 4EQ9A 2B4LA 4ELQA 4Q30B 2RCBA 1M5BA 3LSWA 4G77A 3VLVA 5CMMA 3N5LA 4TOZA 3IK6B 3A3UA 2ZYNA 1PDAA 3VVEA 1BKAA 3A3CA 1SW5A 3DRHA 3FJ7A 4X9TA 3OMBA 4IB2A 3WAFA 4ZS9A 3FVGA 3GBBA 1Y4CA 3Q28A 2W7YA 3T9HB 3MZ1A 3N26A 4BDLA 5ITOA 3BBRA 3SEXA 4OZ9A 4OWDA 1SDXA 2QS4A 1QW0A 3DRFA 4KI0E 4G68B 2QRYA 2WOLA 2DE2A 4BDNA 1WDNA 1DTZA 3TFLA 3MP6A 3CFLA 4I62A 3MQ9A 2E0SA 4FEBA 2HZLA 1AL3A 4K3FA 1B1XA 4P0GA 2A5TA 2OLBA 1BLFA 4QSDA 2I4BA 2DXYA 4ZZEA 3HHFA 4RPNA 5EYFA 3QAXA 2Y7KA 1KWHA 2V84A 2PMSA 3MVYA 1LB8A 4MF3A 1Y20A 5TPAA 1POTA 2CMOA 1B9JA 1OIBA 4L17A 3B6TA 2OCUA 2QS1A 1EZ9A 5KZTA 3B7DA 4OETA 4ESXA 1LB9A 3PPNA 4OFOA 3FV2A 3TTMA 1SYIA 5H8NB 4GXSB 3FXRA 1MPBA 3O97A 2WKYA 1B58A 5AA2B 2YJPA 1OLCA 3UORA 4OFJA 1GV8A 5I59B 1B46A 4FATA 4YB7A 2I4CA 4QSCA 3K6XA 4G8NA 5CBSA 4C1UA 1UQWA 1N0TA 3K1PA 3TELA 3TQLA 3O6PA 1MY1A 5HM4B 3C35A 1P1WA 3VE1B 3MJNA 4G4PA 3K6WA 1OLAA 4OENA 1QKAA 4OESA 1FQDA 2NWJA 3TTRA 1NKXA 3V89B 4QHQA 1TWYA 4Q8RA 2RF1A 3CVGA 2DSFA 2R71A 3TUSA 1B5HA 1TXFA 3IO6A 3PMVA 2R9JA 2RC9A 1Y3QA 3KOSA 3PV0E 1IITA 3G3JA 1DSNA 4TQUQ 3G7WA 4KHZE 1B7UA 1O7TA 1UTHA 2XHDA 1DPEA 1B05A 3FV1A 2F6PA 1CB6A 3GXAA 1LAFE 2VD2A 3U72A 2F34A 4GIZA 2UVGA 2NOOA 1YPNA 3VXBA 1DTGA 1FQBA 2DE4A 4GLIA 3M8UA 1Y1MA 3BKIB 1TFDA 4R75A 4NF6B 3H3GA 1YAEA 3S9EA 2F5XA 3EHSA 4X1DA 4YKJA 4R73A 2ESNA 3KOTA 3JYRA 4DLDA 4EF1A 2GHAA 3MUQA 4RXLA 4FAJA 4P11A 2I49A 5DTBA 1P1UA 2AL4A 4LZ8A 2XXYA 1I6AA 4HW8A 4ELPA 5I57A 4BDOA 3OO6A 3Q25A 2XXHA 2HFBA 1ANFA 4YAHX 1ZTYA 2OK2A 2YPNA 1USYH 5F7VA 5M2VA 4DDDA 4KPTA 4HCWA 3SESA 1MXXA 1B3FA 3RY3A 4F2OA 5JEIA 4M1VA 2HCAA 5I2NA 2DQVA 2XXPA 3D4CA 1QULA 1P1NA 5H8FA 1H44A 2XXUA 3W15C 2BJJX 4GOTA 4PFUA 2LAOA 3QK6A 5JK4A 3MC2A 4NF5A 4RNSA 4OHNA 2P2AA 2HAUA 3W9VA 1SYHA 4R9FA 3FJGA 4ELOA 2P0SA 1PB8A 1IUDA 1O64A 4ZZAA 1WODA 3IX1A 1YTVA 4XXUA 2GRVA 3DP8A 1XC1A 1ZKBA 1NH8A 2XXQA 5AA4B 1JW4A 2WOPA 2M8CA 2Z8FA 1N3WA 1SI0A 4IO4A 1ATGA 4JWYA 3L6GA 3TKDA 4BDMA 1JVXA 1D4NA 2IA4A 3HN0A 5CC2A 1LCTA 3CSBA 3PUXE 2F7AA 2VOZA 1Y4TA 4FORA 5K2YA 5DEXA 5ITPA 3K2DA 3PUVE 1YCJA 1F9BA 1A8EA 1RYOA 5I2KA 1Q35A 4EF2A 1XVYA 3RLFE 1LGBC 2CZLA 3OEKA 1AIVA 3OXNA 3V8XB 2UYEA 3FATA 3S2VA 2RINA 1XHYA 1SD3A 4YB6A 2F97A 1Q1KA 2NVUB 4JXIA 2D21A 2QMWA 1US4A 1GTKA 2I3VA 4IY5A 4C0RA 4FJPA 1FQFA 2H25A 3O2AA 4KYEA 2Q88A 1US5A 4JWXA 2F36A 5J1DA 4OYVA 3IR1A 1B5IA 4X48A 1EZPA 1PB7A 4FE8A 2QS2A 3MVZA 1OVBA 2UVJA 4M4GA 4ZECA 1FTOA 2ZNTA 3K00A 2AYSA 4MLQA 1IXGA 4FECA 3LSXA 4N6PA 3VXCA 3K6UA 3HPIA 2XX8A 1B5JA 3IO4A 1MXZA 2Q2AA 1RKMA 3LC8A 1SW2A 2V25A 3PPRA 1A7LA 1MG1A 2OWTA 3N6UA 1B0HA 5H8SA 5ISUA 3CFXA 5TU0A 3T9UA 3H03A 4IGRA 2R6GE 1LFIA 4RK9A 4OQOA 5CI5A 3S9LC 4H8IA 1M5CA 3N94A 3TCGA 1MQJA 1ZJLA 4IO3A 4NWDA 1DOTA 4KYDA 3RQTA 4MLVA 3BFTA 3E4RA 3VFJA 4ZEFA 2Z22A 4RYAA 5AE4A 3TYHA 4EQBA 5H8QA 1ZU0A 3FVKA 5H8HB 5I56A 5K2XA 5I58A 1B40A 4BDQA 1NNFA 1B32A 2NXOA 1IEJA 4QFPA 1B51A 4LA9A 3K0VA 4LATA 5CMKA 2DXRA 3DRIA 1A40A 2ZMBA 2P1SA 4WEPA 3C9HA 3UA8A 4GL8A 4H5GA 2H4IA 2I58A 4KD5A 2DE3A 1CE2A 4EXLA 5CMCA 2B65A 1MPDA 4JBZA 4GF8A 3U8QA 1QVSA 3UN6A 4N13A 3EQ1A 3LVUA 5DYHA 4GWOA 5H8NA 4TLLB 1URDA 1D9VA 4OMBA 4YU0A 3C31A 2Q9TA 1H76A 2XD3A 1IXIA 5KCJA 3E9XA 3G3GA 3DP6A 2THIA 1Y3PA 3AXFA 3M3LA 2VP1A 4Z7EA 1R9LA 1QUKA 1A55A 1WVJA 3G3IA 1MH3A 4ELRA 2ZYKA 2Q2CA 5L9MA 1R9QA 1LAGE 4I1DA 4QF9A 5AA2D 4DCYA 3RUMA 4U2RA 4PFWA 1UTBA 1II5A 5EHSA 3WAEA 5BWJA 3S4UA 3H06B 3TPAA 2B3FA 1URSA 1R6ZA 2O7UA 4KR5A 4NF4A 3UIFA 4DIGA 1MY3A 4POXA 5FHNA 3KSXA 2GFEA 2O84X 3TTNA 4G68C 4YZZA 5CM6A 3K01A 3TQWA 4R9GA 3RT6B 2QJEA 4EXKA 3O6IA 1JETA 1MM7A 5TP9B 2FYIA 1XS5A 1PB9A 4R72A 3M3KA 2V3UA 4YB5A 4KQPA 1P99A 3H6VA 1PEBA 1HSJA 4XKRA 4NF8A 4GXAA 4E0WA 1UIUA 4NWCA 2WOKA 2A5TB 2ZYMA 3OELA 2AIXA 4GL0A 3IB2A 3RGYA 3B6WA 1D9YA 3IJOB 2DWAA 1PBQA 3JV9A 2DWJA 2G93A 2B4MA 4OEUA 3THIA 2OWSA 4LUBA 4RJZA 3DRGA 1MQIA 2ALUA 2IEEA 3FVOA 2QSXA 4XKQA 2ONSA 4UACA 4JSDA 1ZLQA 3PPOA 5TPAB 1VFDA 4RA1A 5HPQA 3T9XB 3CI8A 4Q0CA 1I6QA 2PYYA 1FQCA 3CG3A 1NNPA 2DP8A 3SEYA 3FUZA 4WXJA 4GRKA 2A5SA 4PE5B 1NH7A 3PUZE 1QKBA 1OVTA 2H5YA 2RKMA 4I9DA 4MH5A 4ZEIA 2PT2A 4F3BA 4QFOA 4H6DA 4IO6A 4PETA 4QFLA 4H5FA 4ZE8A 2HQ0A 3VVFA 4U23A 3MAMA 1T0KA 5A5XA 2REGA 4WEDA 3I6VA 2X26A 3CSGA 1MH4A 2KLFA 1XVXA 2I6EA 4FIMA 1ELJA 3G3KA 4O3BA 2O69A 1MS7A 1LAXA 2O1LA 4R74A 3OSRA 3DRKA 2ANJA 3KN3A 4ZE9A 2QS3A 1B0LA 4YMAA 5LOMA 2FNCA 5L9OA 5KDTA 5JTYA 1POY1 3KJ7A 4F3SA 4H1XA 1I69A 3KBRA 1JNFA 4PFYA 2B3BA 1UTHB 2HAVA 3U1OA 4OVJA 2ONKE 3LR1A 3MZ9A 1M5EA 3DM0A 3FVNA 3ILUB 3B6QA 3Q29A 1I6BA 4LONB 3T96B 1M5FA 2D3IA 3T66A 1M5DA 3MBPA 3VV5A 5CBRA 1Y9UA 3TTKA 4PP0A 5B7DA 3R7XA 2O51A 3PPQA 2V93A 3KN7A 4R6KA 1N3XA 1IIWA 3TEPA 1DPPA 1FTMA 4R6HA 4LQ2A 4BDRA 4KCCA 1B6HA 1ZBMA 3C36A 2E1SA 1B3EA 1NFTA 3SEUA 5I57B 4F39A 3GLBA 3OSQA 4E0XA 3H6UA 4IGTA 2NUVA 1ZIUA 1RYXA 5AA1A 3S9NC 4U1OA 5I2NB 2XXTA 2OZZA 4HS7A 2DWHA 2O6AA 1LBCA 4NEDA 3D4GA 5H8FB 3ECRA 4YMBA 1A99A 2I48A 2V3TA 2DS9A 3U93A 1BTJA 1A8FA 3CRBA 4ND9A 4NF5B 3PUWE 3Q27A 4F31B 3QUJA 4LP2B 3MZBA 3GZGA 1B3LA 3CIJA 3LSFB 4EQ7A 3SDFA 1MRPA 5DT6A 4LZ5A 4O3AA 1SW1A 3V5AA 3IOWA 3FGSA 2I0BA 2H9BA 4X1BA 3PPPA 1OQGA 2OBGA 2PBWA 3PUYE 2Y7WA 3KZGA 4NMYA 2O1MA 1IXHA 3I3VA 3ZS6A 1B7ZA 4JB7A 2GHBA 1R1NA 1LBBA 4DCXA 3FIRA 5DEXB 1LLSA 3OOAA 1MPCA 1USYE 3BFUA 1LFGA 2REJA 3IOUA 5I2KB 3DRJA 3UP9A 2YLNA 3FZVA 3MVXA 1FTJA 2XXVA 1H43A 1VR5A 3H7MA 2FA7A 1SQYA 3SKPA 3LSLA 5DVFA 3IOTA 2XXWA 2UXAA 3KJTA 3RYBA 3CR9A 4G68A 3CG1A 1OQHA 4XIGQ 2Y7RA 3H4ZA 4G2ZA 3CFZA 4KFQA 4KCDA 1VSOA 3FJMA 4OFLA 1PC3A 3ILTB 3O28A 3HHGA 3MPKA 2I3WA 2VGQA 1XOCA 3ODBA 2ONRA 2XXIA 3L6HA 3EHUA 1S7YA 5AA3A 4LVQA 3ZKKA 4F2QA 3IB1A 2Q8JA 1LAHE 3RNNA 3TODA 3IB0A 1AOVA 3O6HA 1L5TA 4THIA 1EZOA 1TFAA 1JEVA 4NTLA 2DOJA 4DZ1A 3RT8A 4G8HA 3RTFB 4EUOA 1FW0A 2ZNSA 1Y3NA 2F35A 3EHTA 4H67A 5AA2A 3G3HA 5I59A 1GGGA 1EU8A 5F1QA 1S50A 3VLWA 1MXWA 4AB6A 1Y1ZA 5TP9A 3MP1A 1MXUA 2Z8DA 1JEUA 4G8MA 1JVYA 3K02A 3SERA 3H6TA 1GR2A 5H8QB 4YKPA 4P0IA 3QIMA 5I56B 1NNKA 1AMFA 5I58B 3U94A 3T9VA 1HSLA 1H3DA 3FASA 1IQ7A 5DVJA 4IO7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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