2GRVA

Crystal structure of lpqw
Total Genus 153
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
153
sequence length
575
structure length
516
Chain Sequence
APTQIIMAIDSIGPGFNPHLLSDQSPVNAAIASLVLPSSFRPVPDPTSPTGSRWELDTTLLESAEVTQENPFTVTYKIRPEAQWTDNAPIAADDYWYLWRQMVSQPGVVDPAGYDLITGVQSVEGGKQAVVTFSQPYPAWRELFNDILPAHIVKDIPGGFGAGLARAMPVTGGQFRVETIDPQRDEILLARNDRFWSVPAKPDLVLFRRGGAPAALADSIRNGDTQVAQVHGGAATFAQLSAIPDVRTARIVTPRVMQLTLRAQQPKLADPQVRKAILGLIDVDLLASVGAGDDNTVTLAQAQVRSPSDPGYVPTAPPAMTRDDALELLRDAGYVSEPVPPPRERIVKDGVPLTIVLGVASNDPTSVAVANTAADQLRNVGIDASVLALDPVALYGDALVNNRVDAVVGWRQAGGDLATVLASRYGCRALEAQAPSNITGICDRSIQPRIDAALDGTDDIADVIQAVEPRLWNMATVLPILQDTTIVAAGPSVQNVSLTGAVPVGIVGDAGDWTKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Hijacking of a Substrate-binding Protein Scaffold for use in Mycobacterial Cell Wall Biosynthesis
pubmed doi rcsb
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Mycobacterium smegmatis str. mc2 155
molecule keywords LpqW
total genus 153
structure length 516
sequence length 575
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2grvA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2grvA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2grvA02
2PVUA 5AA3A 2OWTA 4PFYA 1SW1A 3TMGA 1MDQA 1SD3A 4HCWA 2XX8A 1MQGA 2HAUA 2F8DA 2Q9TA 1GTKA 4IO2A 1MXZA 3ZKLA 1UTHA 4PFTA 4YB6A 2DYXA 3RLFE 3MAMA 4H8IA 3EPEA 3RUMA 1B3HA 3G3HA 4LQ5A 1N7XA 3H6TA 1N76A 4Z7EA 4QF9A 1I69A 4GWOA 4XIGQ 5AA2D 3HO7A 3GLBA 4ZEFA 3RYAA 2DE4A 3U92A 3ZKKA 4WKMA 4DXCA 4PP0A 2Q89A 3HN0A 3VDFA 5KDTB 4QSCA 3PD9A 4I9DA 3MP8A 1ZTYA 1B9JA 3LC8A 4JWOA 3OELA 3DM0A 4ESXA 3T9XB 4XTCQ 2RCAA 5IKBA 1B4ZA 3SETA 3TQWA 4PE5B 4G68A 2I4CA 4YICA 1BTJA 4F29A 1B0LA 5ITOA 3GBBA 3C9HA 5DVJA 1ATGA 2Z23A 1NNPA 2QS4A 3O97A 2RINA 2VOZA 3K6VA 4H65A 3PD8A 3UP9A 4H5GA 4OEUA 4TQUQ 1LBBA 4FATA 1VFDA 2F7BA 3MBPA 4HTGA 2DE3A 1YPNA 2VP1A 5B70A 3KN3A 1PBPA 4PQJA 1A40A 3IOUA 1ZKBA 3VVFA 4NMYA 3C34A 2W7YA 3W9WA 4YAHX 1B52A 4FECA 3OO7A 4LA9A 3H06B 4U4SA 3IOTA 4XKPA 1NH7A 4Q8RA 5ICQA 1VSOA 3IR1A 1URGA 3EHUA 4OERA 3EHSA 1MXYA 1JVXA 3FZVA 4LQ2A 2QMXA 2B4LA 2WOLA 1XOCA 3O66A 1MH4A 3S2VA 4OMBA 3O2AA 2HXWA 2F35A 1ZJLA 3IX1A 1ZIUA 2ZYKA 2QSXA 4NF8B 3K0VA 4KQPA 3MZ9A 4MF3A 4KFQA 3HPIA 1POTA 2V3TA 3PAMA 3FATA 1L5TA 4IB2A 1QULA 4IO6A 3USDA 4G77A 3OD7A 1AL3A 3MP1A 3G3GA 1MRPA 1B51A 3H7MA 2E0SA 1WDNA 2AIXA 3SERA 1OQHA 2PBWA 3DELB 4F39A 5H8HB 3BFTA 4R75A 3B6QA 4NF6A 1RYOA 3A3CA 1R9LA 3I5OA 4EQ7A 2O1MA 1B0HA 1N7WA 3VVEA 4ND9A 4IY5A 4F3GA 1B7ZA 1DPPA 4U1ZA 3FASA 5HM4B 5DVIA 3RNNA 4OWDA 4M1VA 5KCJA 3CSGA 3CHGA 4LONB 3V83A 3T96B 3K6XA 5HPQA 2DP8A 3PPNA 4YB5A 1NFTA 3TTRA 1IIWA 1MY0A 1CB6A 3Q27A 4KD5A 1FW0A 3PPOA 5H8HA 4EXLA 1MY4A 1Q1KA 5AA1A 3PU5A 4H67A 4NWDA 2DWJA 3MVXA 1M5DA 1DPEA 2Q2CA 3EHTA 3U93A 2ZXTA 1S7YA 3FJ7A 2OLBA 3TZAA 5CBSA 5DEXB 3PV0E 3OO6A 2DVCA 1MQDA 2QS1A 4YMAA 2P0SA 2XXWA 4HCYA 1B6HA 3EQ1A 5H8QB 3VV5A 4LVQA 3THIA 1PB7A 1P1NA 3S9EA 4NE4A 3R6UA 1M5CA 4XKRA 4KI0E 4G8MA 4U23A 4YU0A 3IB2A 2AL5A 5I56B 3PPPA 5TPAB 3HHGA 3CIJA 3TCGA 3IOWA 1IQ7A 3PUWE 3JZJA 1MDP1 4OVJA 4XKQA 2VD3A 3Q26A 1I6BA 5DEXA 3VXCA 3OMBA 4F18A 4N6PA 3PUXE 4F31B 4H6DA 3LBSA 4EF1A 3O6IA 2ONKE 2DXRA 2X7PA 5I57B 4RK9A 1QJMA 4FIMA 3V5AA 1HSEA 3TODA 4GLIA 1QW0A 2F6PA 1MXVA 2D3IA 1LBCA 1B3EA 4KCCA 1QKBA 4P0IA 4O3CA 4LATA 1Y20A 4NF4B 1JVYA 3K01A 1MM6A 4ZEDA 3KSXA 3QSLA 2PMSA 2XD3A 2XXYA 3FXUA 5H8SA 2Y7RA 3IB1A 4WEDA 1QKAA 2O84X 5I58B 3U8QA 1MQJA 3F11A 3DP8A 3JYRA 3KJ7A 4H8JA 3IB0A 3UIFA 3QUJA 1P1OA 5I84A 3K2DA 4X1DA 4NEDA 5H8FA 3C4MA 4Q0CA 3CSBA 1NNTA 2ESNA 2A5TA 3KOTA 2AYSA 1MY1A 1DTZA 2XX7A 1SYIA 4AB5A 4X1BA 4IGTA 4BDOA 1D3KA 1R6ZA 4O3AA 1URSA 2NVUB 2G93A 1UTBB 1XC1A 4JDFA 1N3WA 4OENA 4JBZA 4GRKA 3LSXA 1ZBMA 3TCHA 2ZYMA 3MVZA 2PX1A 5BUUA 2UYEA 2XXQA 3C35A 2H4IA 3FVOA 2RF1A 1JEUA 1IXIA 3VXBA 1LAFE 2H98A 3LSWA 1FQBA 1PBQA 1SQYA 4G4PA 3OEKA 3TPAA 2RKMA 4PFUA 1UTBA 4QFKA 1I6AA 1O7TA 2HAVA 4BDQA 4FORA 4HW8A 4RJZA 5JTYB 2DWAA 4JXIA 3OXNA 1B40A 1QUKA 3MP6A 2PYYA 3QIMA 4EDPA 3ILUB 1VE4A 1IEJA 1US4A 4UA8A 1H45A 4ZZEA 4NF5B 3OOAA 5DYHA 4OXVA 2XXVA 2ONSA 1NKXA 2DWHA 4MH5A 1EZ9A 1JETA 3IJXB 4GXSB 2H5YA 3T66A 3B6WA 2DSFA 4QSDA 5JTYA 3KOSA 3FTOA 4IO3A 3DRKA 2RC8A 4R74A 1R1NA 4R9FA 1MG1A 1IITA 4THIA 1OVTA 3KEIA 4BDMA 3RT8A 1AOVA 2B4MA 4NTLA 1SI0A 2V3UA 3OSRA 3E9XA 2V84A 3MQ9A 5AA4B 3RY3A 4LZ5A 4H0WA 1II5A 4FEDA 4YB7A 2I6EA 2ZNTA 5B7DA 5KDTA 4C1UA 5L9OA 4BLAA 2H99A 3M3KA 1FTMA 3Q28A 3C36A 1LAHE 2VHAA 3QYTA 4TLMB 1SDXA 3N5LA 3QAXA 4LUBA 3ILTB 2A5SA 3FVKA 4OYVA 1DTGA 3SEUA 1T0KA 3R26A 2F78A 2XXUA 3WAEA 5L9SA 1JQFA 3DRHA 1ELJA 2OK2A 4F3PA 1B1HA 3PUZE 2ALUA 1XVYA 3OENA 3VLWA 4IO7A 1PEBA 3EF7A 1A7LA 2DS9A 1ZU0A 3R7XA 3TDJA 1B3FA 1LSTA 3RN8A 3H3GA 3L6GA 4RXLA 1FQDA 2Q8JA 3RTWB 2DXYA 1FQEA 3K4UA 1SW5A 2QS3A 5FHOA 4F2OA 1UIVA 5CMCA 3T9UA 2Q2AA 2I58A 1LAXA 1M5FA 4POWA 3T9VA 2HQ0A 5I2KB 3VE1B 4ZE9A 2O1LA 3TTMA 2P1SA 3IAZA 3LSFB 4OTEA 4EQBA 5CMBA 1B7UA 3P7IA 2V25A 1OLCA 4ZDMA 3SDFA 3FIRA 1TT1A 4KHZE 5EYFA 3ODBA 3UK4A 1CE2A 3LVUA 3K1PA 4DLDA 3KJTA 1O64A 1Y3PA 5FHNA 4NF8A 5ITPA 4KR5A 4YMBA 5I2KA 1VFEA 2REJA 3TEPA 4POXA 4ELPA 3FVGA 4KPTA 4TLLB 5ELVA 5ICTA 4X9TA 1WVJA 4I62A 1LFIA 4R6YA 2QS2A 5AA2B 2NWJA 1EZPA 1Y4CA 1PDAA 2Q88A 4DZ1A 2GFEA 4U1OA 4JSDA 4IGRA 3LR1A 4MLVA 3FV2A 1IUDA 1IXGA 3TAJA 1EH3A 5K2YA 2GH9A 3V89B 2P2AA 2D5WA 2X7QA 3LUYA 4N13A 1MXUA 4YKPA 2ZNSA 4OZ9A 1SVXB 5CRYA 3K6UA 1LGBC 4R6KA 3HHFA 2R9JA 1IXCA 3W9VA 2UVHA 2OZZA 5DVFA 1Z7ME 3CR9A 2F6GA 2NUVA 5DT6A 3KZGA 4M4GA 3MVWA 5AA2A 2ZYNA 3QXMA 2FA7A 1URDA 2DOJA 2H25A 2XXHA 2XXIA 3H6UA 5AE4A 1MPCA 1B7HA 1YTVA 4ZZAA 4X48A 4ZEBA 3MWBA 1B46A 3DLNA 3MC2A 1TFAA 3GXAA 3KSJA 3TFLA 4YKJA 2DWIA 1Q35A 4OETA 5BWJA 3O6GA 1BLFA 4QFOA 5H8QA 2B65A 3WAFA 3IO4A 4PFWA 2VD2A 3MW0A 2G29A 4MFIA 3K1NA 2O69A 2WOPA 2XX9A 4C1TA 4OQOA 4XKNA 1EU8A 5CMKA 5I56A 5TPAA 5I2NB 4EF2A 3SKPA 4I8CA 2CMOA 1H43A 3I3VA 5L8DA 3HV1A 3OO9A 4JB7A 1NL5A 2QRYA 1UIUA 1QUJA 3IJOB 1LCFA 3TTKA 4GFRA 4RK2A 3T93B 2YPNA 2NOOA 1QUIA 1AH5A 4HS7A 3JV9A 3K1MA 4IY6A 5JK4A 4E0XA 5JEIA 1GVCA 5FTHA 5I57A 2FYIA 1FTJA 3T22A 3PPRA 4ISUA 2GRVA 1H76A 4BDNA 4FAJA 3B7DA 5I2NA 3PUVE 4RYAA 3ZSFA 5HBCA 3EN3A 4F3SA 3CG3A 4NF4A 1Y9UA 5CBRA 1TFDA 3OO8A 4OFOA 3BKIB 3MUQA 3UN6A 4ECFA 3TTNA 4DIGA 4GF8A 3OSQA 5ISUA 4GL0A 5I58A 3SEWA 5L9MA 1B32A 1H44A 4KYDA 1VR5A 2OJTA 3OEMA 3C31A 4FE8A 4O3BA 4R2FA 2Z22A 3HCQA 1SI1A 3C32A 2UVJA 5I59B 2QL3A 1M5BA 3MPLA 3SESA 3TUSA 5CI5A 2B3FA 1MY3A 2HCAA 3GBAA 3PUYE 3RQTA 2XXTA 4R9GA 4BDLA 1H3DA 1B3LA 4DCYA 2FNCA 5TU0A 1AMFA 4ZE8A 4MBPA 1Z7NE 4JWXA 3ECRA 1N0TA 4ZECA 2UXAA 2O7IA 3E13X 3IK6B 2X26A 3IOVA 2Y7IA 1B4HA 3ONMA 3FV1A 3TTLA 1UQWA 1Y3QA 2Z8DA 3QUFA 1SBPA 5LOMA 1MH3A 2UVGA 2XD2A 4TOZA 4OHNA 4ELOA 3LSLA 3RTFB 5I59A 3M3FA 4OFLA 1MXXA 4P0GA 3MVYA 3N6TA 1XT8A 1Y1ZA 4F22A 1PB9A 2M8CA 1NH8A 2Z8EA 4YKIA 1A8EA 3O28A 3TELA 2ZMBA 2ABHA 1YAEA 3KFMA 3RYBA 3Q29A 3B6TA 4GD5A 3DRJA 4G68B 1NMUA 4GIZA 1B58A 4YZZA 3H03A 1NNFA 5EHMA 3CRBA 4AB6A 1JEVA 4RNSA 3I6VA 1USYH 1MPDA 2O6AA 5EHSA 4FJPA 3N6UA 3KGCA 1OIBA 3S9NC 1BKAA 4YKKA 3VLVA 2OWSA 4NF5A 3IORA 2F36A 4ELRA 1N04A 1B5IA 1B5HA 2YLNA 3AXFA 1EZOA 3BFUA 2IEEA 4JWYA 2YJPA 3K6WA 2E1SA 1J1NA 4R6HA 3L6HA 4KYSA 3DRFA 1MM7A 2THIA 2F5XA 1HSJA 2Y84A 3O9PA 3SEYA 2O68A 3UA8A 1FQFA 1GV8A 3DRIA 2B3BA 1MQHA 4QFLA 4DXBA 4RPNA 1N84A 4WXJA 1JNFA 1POY1 5CM6A 4U4XA 4QFPA 1MS7A 1P99A 3PPQA 2VGQA 5AA4A 1LAGE 4IO4A 3IL1B 4JSOA 2CZLA 3KN7A 3K02A 1ZLQA 4H1XA 1YCJA 1P1UA 2REGA 4ONYA 4ELQA 2XXRA 3FGSA 3N26A 2WKYA 3SEXA 4OEVA 4EXKA 2RC7A 2XHDA 3FXQA 4G2ZA 3KBRA 2V93A 3QK6A 2HEUA 4KCDA 3H4ZA 3IO6A 3UGWA 1LLSA 1OVBA 3Q25A 2R6GE 1GR2A 2BJJX 4DE8A 2KLFA 4ZS9A 1B3GA 4F2QA 2AL4A 3G7WA 1ANFA 3TQLA 2PT1A 4QFNA 4XXUA 4U21A 3CI8A 1SW4A 2DE2A 3MJNA 1US5A 4RY1A 4NF6B 1PB8A 2OCUA 3M8UA 1D9VA 3KG2A 1TWYA 3U1OA 3SEVA 3S9LC 1B1XA 4ZEKA 3O6HA 2Y7WA 5TP9B 2F7AA 3PMWA 5J1DA 2Y7KA 4N07A 1HSLA 4QHQA 4G8NA 3TCFA 1A99A 4EUOA 4F1VA 1KWHA 4KYEA 3D4CA 5KCJB 4GL8A 3U94A 4QSEA 4BDRA 1IXHA 3M3LA 1S50A 4I1DA 3FUZA 2F34A 2ZNUA 1NNKA 4F3BA 3CFZA 3W15C 4GOTA 3MZBA 2NXOA 4G68C 1Y3NA 3K00A 3G3KA 3FVNA 2XXXA 4H5FA 4UACA 5TP9A 5F7VA 1SYHA 1FTLA 3ZS6A 3FD3A 1DSNA 3GZGA 1ZMGA 1WODA 4R2BA 4OFJA 1JW5A 5M2VA 1TXFA 1BP5A 2UYFA 2PT2A 1LB8A 3G3IA 4WEPA 4F1UA 3PGFA 3UORA 3H6WA 3PMXA 1SW2A 1FCKA 3FJGA 2DVZA 1D4NA 2GHBA 3CVGA 4DXUA 3G3JA 5DTBA 5IAIA 3A09A 1MPBA 3TKDA 2H9BA 1BIYA 2ZYOA 2DQVA 1XVXA 4C0RA 3MZ1A 1D9YA 1O63A 3E4RA 2D21A 2I48A 4FEBA 5KZTA 3G3FA 5H8NB 1P1WA 3RPWA 1FTKA 3O29A 3TYHA 4RPOA 1Y1MA 4LZ8A 1MXWA 4U22A 1JW4A 4L17A 2XXPA 4K3FA 4PETA 4Q5TA 2R71A 1B05A 3VLUA 1S9TA 4IO5A 3O6PA 4RA1A 2QPQA 1USYE 3CG1A 4GXAA 4R72A 3A3UA 2IA4A 2LAOA 4DDDA 1M5EA 4G8HA 4GVOA 3VFJA 2ONRA 4NWCA 5A5XB 2V3QA 1IZ1A 2I49A 5H8NA 1F9BA 2WOKA 4AQ4A 1FQAA 2O51A 2ANJA 3S4UA 2GHAA 4F19A 2RC9A 1N3XA 4DCXA 3CFXA 2F97A 5H8FB 1RYXA 3T9HB 3U72A 2OBGA 1I6QA 3MPKA 2A5TB 1OLAA 1LFGA 3DP6A 4LZ7A 5CC2A 1LFHA 3KN8A 1P1QA 5F1QA 1FTOA 3CFLA 1B5JA 5CMMA 2I0CA 3S9MC 3BBRA 5A5XA 2HZKA 4E0WA 3DRGA 2Z8FA 3N94A 3D4GA 3FJMA 1B2HA 3H6VA 1DMBA 4EQ9A 2I3WA 1QVSA 1MQIA 4OESA 4LP2B 2QJEA 2F7CA 4GQOA 2I0BA 1A8FA 1LCTA 1OQGA 1A55A 2O7UA 2QMWA 3HSTA 3V8XB 2HFBA 2Y7PA 4P11A 1AIVA 4R73A 3FXRA 2HZLA 4ZEIA 4ESWA 1A54A 1JW1A 1XHYA 1GGGA 1RKMA 2RCBA 1DOTA 1FQCA 1MY2A 1XS5A 5FHMA 1Y4TA 3E3KA 1PC3A 5FTIA 1UTHB 1LB9A 4F1YA 3C33A 1OMPA 4U2RA 2I4BA 2I3VA 3PMVA 5K2XA 4Q30B 3VVDA 4Z0IA 3RT6B 3RGYA 4MLQA 2UVIA 4QRZA 1R9QA 3DP4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PVUA 5AA3A 2OWTA 4PFYA 1SW1A 3TMGA 4O94A 1MDQA 5IZ1A 1SD3A 4HCWA 2XX8A 1MQGA 2HAUA 2F8DA 2Q9TA 1GTKA 4IO2A 1MXZA 3GYYA 3ZKLA 1UTHA 4PFTA 4YB6A 2DYXA 3RLFE 3MAMA 4H8IA 3EPEA 2Y5KA 3RUMA 1B3HA 3G3HA 4LQ5A 1N7XA 3H6TA 1N76A 1IMAA 4Z7EA 4GWUA 4QF9A 1I69A 4GWOA 4XIGQ 5AA2D 1FTAA 3HO7A 3GLBA 4ZEFA 3RYAA 2DE4A 4XFEA 3U92A 3ZKKA 4HE0A 4WKMA 4DXCA 1BK4A 4PP0A 4P56A 2Q89A 3HN0A 3VDFA 5KDTB 4QSCA 3PD9A 4I9DA 3MP8A 1FPIA 1ZTYA 1B9JA 3LC8A 4JWOA 3OELA 3DM0A 4ESXA 3T9XB 4XTCQ 2RCAA 1AWBA 5IKBA 1B4ZA 3SETA 1NV0A 3TQWA 4PE5B 4G68A 2I4CA 4YICA 1BTJA 4F29A 1B0LA 5ITOA 3GBBA 3RYDA 3C9HA 5DVJA 1ATGA 2Z23A 1NNPA 2QS4A 3O97A 2RINA 2VOZA 2R8TA 3K6VA 4H65A 4PFIA 3PD8A 3UP9A 4H5GA 4OEUA 4TQUQ 3FBPA 1LBBA 4FATA 1VFDA 4OANA 5EYHA 2F7BA 3MBPA 4HTGA 2CZHA 2DE3A 1YPNA 2VP1A 5B70A 3KN3A 4AS4A 1PBPA 3RPLA 5ET7A 4PQJA 1A40A 3IOUA 1ZKBA 1NV2A 3VVFA 4NMYA 3C34A 2W7YA 3W9WA 4YAHX 4OVTA 1B52A 4FECA 1D9QA 3OO7A 4LA9A 3H06B 4U4SA 3IOTA 5A5LA 4XKPA 1NH7A 4Q8RA 5ICQA 1VSOA 3IR1A 1URGA 3EHUA 4P9KA 4OERA 4IR8A 5I5PA 3EHSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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