2JADA

Yellow fluorescent protein - glutaredoxin fusion protein
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
351
structure length
346
Chain Sequence
SKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFIVTTGKLPVPWPTLVTTFLQCFARYPDHMKRHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHCVYIVADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLCYQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGMHELYKSGSGMVSQETIKHVKDLIAENEIFVASKTYCPYSHAALNTLFEKLKVPRSKVLVLQLNDMKEGADIQAALYEINGQRTVPNIYINGKHIGGNDDLQELRETGELEELLEPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of Glutaredoxin Grx1P C30S Mutant from Yeast.
pubmed doi rcsb
molecule tags Electron transport
source organism Aequorea victoria
molecule keywords YELLOW FLUORESCENT PROTEIN GLUTAREDOXIN FUSION PROTEIN
total genus 98
structure length 346
sequence length 351
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00462 Glutaredoxin Glutaredoxin
A PF01353 GFP Green fluorescent protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.155.10 Mainly Beta Beta Barrel Green Fluorescent Protein Green fluorescent protein 2jadA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2jadA02
4PPLA 4IK8A 4W6GA 2WHTA 3I69A 1GSEA 4K8MA 4XS1A 1SU9A 3G9BA 2LJRA 1M9AA 1OXFA 5LTPA 2H76A 4DSSB 3QD9A 2HCGA 3LF4B 5HZOA 4PX1A 3M24A 3RHBA 5FWGA 3BXBA 3EE2A 2V6OA 3GFKA 1GSUA 1TU8A 1GWCA 2P5RA 4ULXA 3M9KA 4W77A 4W7DA 4O7HA 3ZRDA 4DXIA 2H72A 4EVMA 2G0FA 3GKNA 2LRTA 3DMLA 1B48A 3UG0A 2H5RA 2K8VA 1WWJA 2HZEB 1U88A 2GQLA 1TK0B 4OY4A 2A4VA 2QZ0A 2CVDA 4I2TA 3TKSE 3SWLA 5CYYA 2ZO7A 3H8QA 3QAWA 3ME8A 5B6MA 2YOIA 4DSSA 5DQBA 3DQUA 1QQ2A 1ON4A 2DJKA 4IVFA 2WDUA 5ECKB 3G7YA 5J3RA 1X5DA 3WGDA 3UVTA 3LVAA 4HDEA 2H1AA 2ON5A 5C00A 2C80A 5BT0A 4N10A 4CHSA 4DXNA 3NF0A 1SK2A 2HZEA 1B9XC 4NAXA 2HZFA 1S3AA 3ZTLA 1GSQA 2GX2A 3SSLA 3A2VA 2NVLA 3SSHA 3AKOA 4AR7A 5AQBB 3ZREA 3DQLA 5CREA 2BMXA 5F05A 3HD5A 3D5JA 2LRNA 3E5TA 2VCXA 4I8BA 5G2ZA 3F6DA 4L5LA 1K0CA 4AJ6A 2MZCA 1K3OA 4TR1A 5DAKB 2E2MA 2PU9C 5CP1A 1PRXA 2I9HA 6GSVA 2LTKA 4EL1A 3F63A 2AWMA 1ST9A 1ZZYA 4W6KA 3ZUFA 1YF1A 3VPTA 4PNFA 3UBLA 3ED8A 2FWHA 2YFPA 3PH9A 1KTEA 2QC7A 3A2WA 2L6DA 2OADA 4JEDA 3TJJA 5EPFA 2YWMA 2GSTA 2E2GA 5HFKA 4GLTA 1KBNA 3QCPA 5ECRB 2FD3A 3WGXA 3U5RE 2E0QA 3IXRA 1JLVA 2GQMA 1GLPA 4W74A 3GL3A 1BJXA 1R26A 1TW9A 4X43A 2B5XA 3MDKA 4WEYA 3GEXA 2HQZA 3O6TA 2AV4A 6GSYA 4KUNA 2REMA 4MH3A 4KB3A 5D96A 3CSJA 3M22A 1EOHA 3VI7A 1GULA 1XFLA 5FVFA 3IDVA 1ZUXA 1EV9A 2GSRA 2YJHA 3LYKA 5LD0A 4GESB 1GSDA 3LEFA 1XXUA 1PMTA 4YH2A 2IJYA 4Q5RA 2QLGB 3Q18A 1M99A 5D9TA 5DRGA 2HJOA 1B9CA 2RUEA 2PXSA 1BQ7A 4BPYA 5KN0A 3ADFA 1PL2A 2C0DA 3DQDA 3A8SA 2B3QA 2BJXA 2X8HA 3EU4A 3SRYA 3HJOA 1GGXA 2IMIA 4YAVA 5G1KA 3IK7A 5IIZA 1JHBA 1FO5A 3F4TA 4POKA 2FWFA 1Q4DA 2B7JA 1M2AA 2M80A 3QFAC 1ILOA 1B9YC 5B7CA 4JFGA 1TXXA 4IK4A 4EO3A 2VADA 2WB9A 4EXJA 4GOBA 3IBHA 1K0NA 3ZLPA 3EINA 3TOUA 1BEDA 4DXMA 1I9DA 4W76A 1T4ZA 2OE3A 4OD7A 5AISA 2HRSA 2L4CA 2GT5A 5JWRB 4HQCA 3VLNA 1E2YA 2K6VA 1PD21 2H5PA 4IP1A 5J9BA 1Z7PA 3DQFA 4WBRD 2YP6A 1XAEA 1BYEA 3TRQA 5IMCA 2EC4A 4WF4A 4KDXA 4XS6A 3TB2A 1Z3EA 3GX8A 3GNJA 3HDCA 1ERTA 3CRTA 2FZUA 2H6VA 1V57A 1WP0A 2B1KA 5F06A 3GJ2A 3UIWA 3HKRA 2IE2A 5DRFA 1GP1A 1U3IA 4GQCA 2GDRA 3OR5A 2O2BA 1OYJA 2GS3A 3RPPA 1QK8A 4HQ9A 4Q5QA 4KCEA 1TDIA 5LCZA 4D73B 1E6BA 2JZSA 3QPMA 7GSSA 3ST3A 4IQAA 1Z5YE 2KLXA 1KEBA 3DQ3A 5HGEA 1FOVA 4TR0A 3O78A 3CFFA 3DQ8A 6GSWA 1QGVA 1XZOA 1O85A 4P76A 2H6YA 1X9WB 1O8XA 3BBYA 1ZGOA 5CAXA 4NPBA 3OGOA 3SG6A 3W6GA 1VF3A 1A0RP 1W7TA 3SV5A 4K7NA 2DUGA 3UVHA 3BCKA 3OSQA 2JADA 3WYWA 4W7RA 1EMEA 3HVVA 2VVJA 3N9JA 2CX4A 5J5NA 1J9BA 4EUYA 5KN3A 1AIUA 4D73A 5F9GA 3P8WA 3D22A 5DCHA 3IHQA 4N11A 4KA9A 2ES7A 1AW9A 2VCZA 2VCWA 1X5EA 1OKTA 2GX0A 3D4TA 2MYGA 3MAKA 3FZAA 3LA1A 1DSBA 2N5AA 2JSZA 5LTQA 1HNAA 5E59A 3EMXA 3Q6OA 1WIKA 2VD0A 2P31A 3FRCA 4XRDA 1W89A 2PBJA 2EIQA 3VWWA 3IA1A 1JLWA 5H88A 2OA7A 3K8NA 3BCIA 5FVIA 1SD8A 4BWQA 3J7Yb 1AAZA 1YJFA 2VL9A 2IN3A 1K0AA 4V1Ag 4IKHA 5T3IA 2I3YA 5KEJA 2YCDA 4L5OA 3WT1A 4J89A 4PQ1A 1RMOA 4ZBBA 3EVIA 1THXA 3HA9A 1H4UA 3SVBA 1XWAA 19GSA 2YN1A 5ECMB 4P3YB 3W1DA 4PPKA 1YY7A 1HD2A 5IO0A 4W6JA 4W6BA 1B4QA 1PSQA 2D2ZA 3PIBA 3US3A 4KCAA 2LJAA 2PUKC 4NXIA 2O24A 2WHUA 5INYA 2B5YA 2V32A 1GNWA 4LL1B 1M2BA 1DE2A 2HPWA 4Q7UA 3QR6A 1TRWA 2O8VB 4ANJA 1ZGNA 1Q4EA 3JCML 5G5FA 3SG3A 1A23A 4QQ7A 3V3DA 1TRUA 2AWJA 3SS0A 3GJ1A 4ZILA 3FR9A 4FO5A 3LS3A 4O5RA 4W7AA 6GSTA 3CXGA 2IMDA 2P0GA 3FZ9A 4HOJA 2C9JA 1WJKA 1XMZA 1OXEA 2L57A 1ZYQB 3NZNA 1K0OA 3GX0A 12GSA 2ZMWA 1O8WA 4HZ2A 3TOTA 2C3NA 1VGLA 2FHEA 5HR2A 2DUFA 4NWSA 3GA4A 1AQVA 1VF1A 2GTUA 1G6WA 2DUEA 2HLSA 5CO3A 1NHYA 2WCIA 3MGFA 3DIEA 2N5BA 3EWLA 1VRSD 4KW6A 1A24A 3LXZA 3MSZA 1GFLA 2H6ZA 3UOMA 3WT2A 4TXVA 5DPIA 4MZWA 4PUFC 4KGEA 3SSYA 1K3LA 3LFLA 2FLSA 2G5ZB 3HVXA 1JZWA 4AGSA 4KGIA 4H47A 1EOGA 1VF4A 4W6IA 2QRFA 2FA8A 3D4MA 3SVCA 2L5LA 3TMTA 3TMRA 3KTLA 4K9ZA 1ZYEA 1EEJA 2OACA 4KF4A 5DY6A 1HNBA 1SK1A 2TIRA 5A4UA 1WE0A 1JC1A 3LGCA 1Z1PA 1TI3A 2F8AA 1QYOA 5HQPA 2HRNA 3GKMA 3WD6A 2VOCA 5EXCI 4LLRA 2FY6A 2PGTA 1A8YA 2IOVA 2WISA 2FGXA 4IW9A 4W6TA 2DUIA 3EK4A 2NPBA 4HU7A 3F6FA 1CQHA 1OKDA 3RPNA 2EMOA 3FZ5A 1TK5B 2FWEA 3P8UA 3UMAA 3BD2A 2EIRA 5J2OA 3FY7A 1XWGA 4TZAA 4GSSA 2HFCA 3IAM2 3GURA 2H8LA 1QUWA 3DQOA 4EDSA 4F9ZA 2KOKA 1GTUA 2R4VA 4POLA 3ZITA 4Q9WA 2GZYA 3PJBA 3HVSA 3D21A 5GZZB 3H4KA 3E9JB 1A8LA 3HZ4A 3DQ1A 2VVHA 3AY8A 2RM6A 1YEXA 3DPZA 1JC0A 2C0FA 3EK7A 2G3DB 2L4QA 5ECNB 3ZVJA 4N0VA 4WXTA 4B30A 2PWJA 2TRXA 4TRXA 2O89A 3HZ8A 3CFAA 2A52B 4W6MA 3TJBA 1XCCA 4HQ8A 5G30A 5HZTA 1Z1QA 4BVYA 2Y0GA 4ZFSA 3IPZA 4F2IA 4TW5A 2V1MA 5HZSA 2H30A 4K6XA 2IPAA 3HJPA 5FVGA 3GSSA 5AN1A 5AIVA 1VF2A 2MMZA 3TDGA 5G31A 2DD9A 1QXHA 3ZFLA 2HYXA 3UBKA 1MYWA 4GF6B 4IQ1A 2H1GA 4GF0A 1XVQA 4W6LA 4IGJA 5LTRA 3KCTA 1ZL9A 1QXTA 2CAQA 4K7IA 3AI5A 3DQ4A 1GUHA 1V98A 4TXOA 3OSRA 2YE1A 2AWLA 1ZCPA 3ST2A 4H48A 2K9FA 1G7KA 4LJBA 3NIVA 4PXOA 5B8BA 5EVOA 3WCKA 4E8EA 2C3TA 1NSWA 2MBSA 2ZUPA 3GL4A 2AYTA 1GSYA 4EDZA 2HT9A 2IMEA 4TR1B 2GZPA 3DQ7A 3CTGA 3E5VA 5JCWA 4LMWA 1YHGA 2GZZA 5F8BA 3IRAA 2DIZA 3FKFA 2Q6PA 4W6UA 1YKCA 3KCMA 4XGYA 3SSKA 2VLVA 4MZCA 2X8GA 5H5RA 3KP9A 4XCSA 4ZBDA 4JC2A 1RW1A 5G1LA 4P1QA 4DXQA 4XL5A 1FVKA 3NEDA 5KN2A 4JRBA 1XWBA 4B5YA 2AH8A 2OBKA 2RIIA 1EGOA 4WETA 4ZXGA 3CD1A 2CT6A 1T7PB 4Z7XA 3CD9A 2WIQA 4ZF5A 2VLUA 2AHAA 5B6NA 5CNWA 1YHIA 5LK4A 2YWIA 1B4PA 4IP6A 2VCTA 1PGTA 5H87A 4NHWA 2NTOA 1XA9A 4W6AA 3TKSA 1A0FA 2P4MA 1O6JA 10GSA 2KP1A 3DQ2A 4OCEA 1V40A 4PURA 1KYSA 3APOA 3C71A 1TU7A 1BG5A 2HGYA 3G7JA 4H3MA 3IC4A 2H0IA 3IR8A 3BX9A 5DTYA 1DUGA 4KDYA 2RH7A 4NHZA 2HRFA 3WGEA 2PXWA 2Q57A 4KW4A 3M3MA 2NBSA 1UN2A 3GSTA 3GV1A 3W8JA 3M1GA 2WSOA 4MJEA 2DLXA 3F8UA 3DPWA 4WKWA 5ECQB 4ECIA 2RM5A 5CRWA 3PR8A 1SD9A 4R6DA 2M72A 2IB5A 2EIOA 3PJ7A 4N3DA 3GYKA 3SVNA 4W7CA 4OO5A 3ZTFA 2H0GA 3DQNA 1FAAA 1ML6A 1Q98A 3FZ4A 2CV4A 4DXOA 2HE3A 2LUSA 3KGKA 3SSVA 2VIMA 3A5WA 2R3XA 1PN9A 4XHMA 4LW5A 3P2AA 1C4FA 1F6MC 3EVRA 4GTUA 1M2DA 4HU9A 1SYXA 4FIWA 3EVPA 4KGFA 2LKUA 1YFPA 1SKSB 3CMIA 1XQMA 1EGRA 2AJQB 1SKWB 2G2QA 1F9MA 1K0MA 3ED3A 3LVDA 4DEJA 5J4UA 1JFUA 2A54B 4RYSA 1F0BA 1HNCA 2CA8A 3U0KA 1RK4A 4IK9A 4I97A 4XS4B 4K0NA 4JU5A 5ECSA 1AUCA 2OTBA 1OC8A 3KTBA 3CSIA 4POBA 1A2JA 3IV4A 5DALB 4H3LA 3I6AA 5IMDA 4EKZA 4IN0A 3DYRA 2QU1A 4MJCA 2EMDA 4KW9A 2V41A 5HFGA 2H5OA 5J41A 5IO2A 1MOVA 2A2RA 2HFDA 3GTUA 1XOBA 4ACSA 3WLCA 1OAZA 3LORA 2AB6A 4G10A 1ZGQA 4XS4A 2LEGA 1JZOA 1OE7A 2G2SB 3FHKA 4F0BA 4BL7A 4RI6A 1HYUA 5E4WA 1Z9HA 4K7OA 3F3QA 2Z6XA 22GSA 1Q4JA 1YHHA 4IS0A 2MBTA 5BQLA 3DXBA 2VL3A 4CW9A 1M9BA 5L71A 1QMVA 4LQTA 4MCUA 3MNGA 4RI7A 5DALA 1W7SA 4MF6A 4WR5A 1K0BA 4HQZA 2L5OA 3ZFBA 4TKYA 2H73A 4LMVA 4IZNA 5F07A 2RLIA 4KE3A 2MMNA 20GSA 4FH8A 4YAPA 2CVBA 3TKRA 4Q5FA 2O29A 3UL3A 3EKHA 4IK3A 4W75A 5J9CA 4L13A 4KDUA 1RRXA 3F0IA 2PVOC 3KEBA 1FB0A 4XIHA 4ZINA 4ZB1A 8GSSA 5EB6A 5JCUA 5EB7A 6GSSA 4EF0A 1XVWA 3VK1A 3KJYA 4EULA 4LL4B 3ME7A 1SJIA 4GXZA 5DDLA 3DQEA 1S3CA 3ZL5A 2C9IA 1EMMA 1O81A 2OKWA 5CRHA 4W72A 4K1FA 3I19A 2AHEA 4KX4A 4GSNA 4JE1A 3TKSC 3L4NA 1SENA 2DBCA 1F3AA 5B8AA 2WFCA 3TJGA 2X8CA 1BAYA 4H3NA 5FHIA 4I5QA 1GUMA 1QYFA 1DE1A 4OQWA 1SYRA 4KF5A 2H01A 4WBJA 4J57E 3LG6A 2CQ9A 3C73A 1U87A 4JEOA 5D9WA 4KAGA 3U8AA 2B3SA 4Q5NA 4PFEA 5H89A 4X0XA 3KIJA 4DVCA 2H75A 1LJRA 4L8EA 4KPIA 2IMFA 1PKWA 3DQHA 3SG5A 1XW5A 2H66A 3VWVA 3C1SA 5DU0A 1ERWA 1PA3A 2YZHA 2LV3A 5IOXA 4RYWA 1OVNA 2NDOA 4ZL9A 4W6CA 5A4WA 3DVWA 5EXBA 4MF7A 3QAVA 2CZ2A 2FWGA 3TCOA 2H71A 1MD3A 1MTCA 2A47A 3DQIA 1G7EA 2DJ1A 3SVDA 3ZIJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2FA4 A;  3KH9 A;  1EMA A;  17GS A;  2ON7 A;  1PL1 A;  2DJ2 A;  1EEM A;  2QSI A;  5DQY A;  5KTG A;  3ST4 A;  1J08 A;  1KNG A;  3SBC A;  4MK3 A;  1G7O A;  3GN3 A;  3H1N A;  4K0G A;  2GSQ A;  2V4E C;  3ST0 A;  4MA9 A;  3DQM A;  1TRV A;  4BWS A;  5DTX A;  4Z4K A;  1A2L A;  4PGT A;  4G9H A;  1YF0 A;  4KAE A;  1MDI A;  1Y6E A;  3LSA A;  3SG2 A;  1Y25 A;  4OHS A;  4W6R A;  3LXT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PPL A;  4IK8 A;  4W6G A;  2WHT A;  3I69 A;  1GSE A;  4K8M A;  4XS1 A;  1SU9 A;  3G9B A;  2LJR A;  1M9A A;  1OXF A;  5LTP A;  2R0G A;  2H76 A;  4DSS B;  3QD9 A;  2HCG A;  3LF4 B;  5HZO A;  4PX1 A;  3M24 A;  3RHB A;  5FWG A;  3BXB A;  3EE2 A;  2V6O A;  3GFK A;  1GSU A;  1TU8 A;  1GWC A;  2P5R A;  4ULX A;  3M9K A;  4W77 A;  4W7D A;  4O7H A;  3ZRD A;  4DXI A;  2H72 A;  3FMW A;  4EVM A;  2G0F A;  3GKN A;  2LRT A;  3DML A;  1B48 A;  3UG0 A;  2H5R A;  2K8V A;  1WWJ A;  2HZE B;  1U88 A;  2GQL A;  1TK0 B;  4OY4 A;  2A4V A;  2QZ0 A;  2CVD A;  4I2T A;  3TKS E;  3SWL A;  5CYY A;  2ZO7 A;  3H8Q A;  3QAW A;  3ME8 A;  5B6M A;  2YOI A;  4DSS A;  5DQB A;  3DQU A;  1QQ2 A;  1ON4 A;  2DJK A;  4IVF A;  2WDU A;  5ECK B;  3G7Y A;  5J3R A;  1X5D A;  3WGD A;  3UVT A;  3LVA A;  4HDE A;  4USS A;  2H1A A;  2ON5 A;  5C00 A;  2C80 A;  5BT0 A;  4N10 A;  4CHS A;  4DXN A;  3NF0 A;  1SK2 A;  2HZE A;  1B9X C;  4NAX A;  2HZF A;  2QA1 A;  1S3A A;  3ZTL A;  1GSQ A;  2GX2 A;  3SSL A;  3A2V A;  2NVL A;  3SSH A;  3AKO A;  4AR7 A; 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