2O7IA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with cellobiose
Total Genus 213
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
213
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Analysis of Semi-specific Oligosaccharide Recognition by a Cellulose-binding Protein of Thermotoga maritima Reveals Adaptations for Functional Diversification of the Oligopeptide Periplasmic Binding Protein Fold.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
total genus 213
structure length 582
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2o7iA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o7iA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2o7iA02
2QS4A 4RXLA 2ZYOA 1B3LA 2UXAA 4QFLA 4H5FA 5H8HA 1FQFA 3FVNA 4I1DA 4NF6B 1GTKA 5DVFA 1A7LA 4DCYA 3S9LC 1A8FA 4YAHX 3RT8A 2XHDA 2RF1A 2F6PA 3CG1A 5DYHA 3OENA 4ZDMA 3RTWB 4OVJA 2WOLA 1FQEA 4JB7A 3FUZA 4H0WA 3MP6A 2RINA 4WXJA 1OLAA 1LFHA 3R7XA 4F1YA 3SESA 3KSJA 3DLNA 1P1OA 2HCAA 5L9OA 3RQTA 2PVUA 2DXRA 4C1TA 3UIFA 3U93A 3GZGA 3K6VA 3USDA 2NUVA 3JZJA 1MXWA 4YMBA 4O3BA 3MJNA 5DVIA 2XXVA 1IUDA 4I62A 1DPEA 4NF5B 1USYH 4PQJA 3KGCA 2H25A 5KCJB 3T9UA 3IJXB 2UYFA 3Q29A 2WOPA 1MY0A 3LR1A 1S9TA 2HAVA 3R26A 3PUXE 3EHSA 1QKBA 1MQDA 4YZZA 4BDLA 2OZZA 3WAFA 3R6UA 4PP0A 4MH5A 1A54A 4LQ5A 1N84A 3A09A 3EQ1A 1B40A 5ISUA 1M5BA 1R6ZA 4KD5A 1JW5A 3OO8A 4FJPA 1VFDA 1ZMGA 4FEDA 4U21A 5TPAB 2V3TA 5KDTA 2O68A 3HO7A 3RYAA 3CSGA 1XOCA 4R72A 2WOKA 4F3BA 5FTHA 1VFEA 3UORA 3FASA 1XC1A 4DXCA 4LP2B 3MVXA 1FCKA 3G3HA 3AXFA 1B58A 2HAUA 4NEDA 1UIVA 3VFJA 3O97A 4F31B 4GLIA 4U23A 4N6PA 1R9LA 3KJ7A 4R6YA 2B3BA 3PD9A 1AIVA 4KR5A 2O84X 2DVZA 1SDXA 3MQ9A 1EH3A 3O6IA 3DRFA 4JBZA 3DELB 3UP9A 5I58A 4JSDA 4GD5A 1POTA 1AH5A 3GBAA 1BP5A 2O1MA 1MQJA 3VVEA 2F7AA 2B4LA 4FAJA 3H3GA 1IIWA 4G68A 2V25A 1S50A 3C35A 5B7DA 4K3FA 3TTMA 3G3KA 3DP8A 1N3WA 1SBPA 1ATGA 4RYAA 4RK2A 1I69A 3S9EA 2HFBA 4F1VA 2X26A 3RN8A 4FIMA 1UIUA 4ZE9A 1XS5A 3TCHA 3G3FA 2DE4A 2XX9A 3SEWA 3LUYA 1LB9A 1FW0A 1IXHA 4KYSA 2O7IA 5CBRA 2VHAA 4ELRA 1MH3A 3K1MA 1B3FA 1P1UA 3ZSFA 4NF8A 3KG2A 2XD2A 3UGWA 4UACA 3V5AA 2DVCA 2PMSA 2O1LA 4N07A 2CZLA 4KCDA 3H6WA 2H5YA 1JETA 3O66A 4OHNA 2YJPA 3KJTA 1F9BA 1PBQA 2Y7PA 3A3UA 4IO4A 3N5LA 3FVKA 3SDFA 2XXHA 1B5HA 1LGBC 1NKXA 3Q27A 2RC7A 5HPQA 2QMWA 1Y3NA 2QMXA 2B4MA 5I57A 1LCFA 4AQ4A 5EYFA 4GL8A 4U1ZA 2REGA 1Y1ZA 4LZ8A 3QK6A 2F8DA 1JQFA 2HEUA 2OCUA 4U2RA 3TMGA 3VE1B 4QSCA 3QUFA 4YKKA 4ZEKA 3M3KA 3Q25A 3G3IA 3HN0A 5ITPA 1AL3A 2V84A 1OMPA 1QULA 4FE8A 4NMYA 2XXQA 3L6GA 3RGYA 4C0RA 5ITOA 1CE2A 1N3XA 1B4ZA 3KFMA 3QIMA 2D21A 3K2DA 1SW5A 2PT2A 3C33A 3S4UA 4P0GA 1ZJLA 3CFZA 3VLVA 2QL3A 3TTLA 1LB8A 1MRPA 4P11A 2AL5A 4PFUA 1A99A 3T9XB 3HSTA 1A40A 3IO4A 2PX1A 3TYHA 4BDRA 4AB5A 2Q89A 1VSOA 4IO3A 2F7BA 4RNSA 4O3AA 3H6VA 1YAEA 1B46A 4AB6A 1CB6A 3FXRA 5CBSA 1D9YA 4F22A 3GBBA 1TFAA 3JV9A 2F34A 4YMAA 4H8IA 3OO9A 1FQBA 2IEEA 3IAZA 4M4GA 1BIYA 3FATA 2GHAA 2QS1A 3V83A 1NNTA 1B52A 3FD3A 3HPIA 4RY1A 4PFWA 3UN6A 3F11A 3TTKA 3SEUA 4OESA 2DSFA 1LFGA 1JVYA 3TQLA 5TP9A 1FQCA 2DXYA 3VLUA 5FTIA 3VV5A 4KFQA 4YB5A 1IXIA 3K6XA 1ZBMA 2O6AA 1LSTA 1FTMA 5CMMA 3PPOA 2Z8FA 3T93B 4IB2A 1IXGA 3PPQA 1MM7A 1B4HA 3TQWA 2ALUA 2OBGA 3W9VA 2I0BA 4PFYA 3IB1A 2B65A 3N6TA 2X7QA 2Q88A 3SETA 5J1DA 5JEIA 4DZ1A 2E1SA 4FEBA 4DE8A 4KCCA 4YICA 4TLLB 3O6PA 4NE4A 2HZLA 3IR1A 1MXXA 4ELOA 2RC9A 3OO6A 1OIBA 4RPOA 1GV8A 1B05A 3GLBA 2H4IA 3MPKA 4G8MA 5BWJA 3H6UA 4NTLA 5CC2A 4ND9A 5M2VA 4JWYA 4GIZA 2Q9TA 3MZ1A 1H43A 2NXOA 3MVWA 1SI0A 5ICTA 1O63A 3M3FA 3FV1A 5KZTA 1MM6A 1US4A 3M8UA 3Q26A 3MZBA 4U4XA 1H44A 1MH4A 4JDFA 1QW0A 2A5TB 4H65A 2PT1A 4JWOA 1PB9A 1OVBA 3B6QA 4MF3A 4ZECA 1DTGA 1DPPA 2F35A 4WEDA 3SEXA 4NF5A 1UQWA 1NFTA 1URGA 5KCJA 1P1WA 3DRKA 4E0XA 2ABHA 4ZEDA 3QXMA 5I56B 3IOTA 3L6HA 2YPNA 1B3GA 2XXPA 2R71A 2ZXTA 3ODBA 3Q28A 3SEYA 4OQOA 4O3CA 1FTJA 5CI5A 1A55A 3H7MA 3U1OA 2GHBA 1Z7NE 2PYYA 1ELJA 1UTBB 1KWHA 2A5SA 2Y7RA 3FGSA 2QS3A 4F2OA 4ZEBA 4BDNA 5TPAA 4OFOA 3BBRA 4ZE8A 3TEPA 1MY2A 3PPPA 3E9XA 4R6HA 5DT6A 3SKPA 3FJGA 3PPNA 1LFIA 1MY1A 2QRYA 1Y1MA 4RK9A 2I58A 1O7TA 3VLWA 1MDQA 1AMFA 2OWTA 1TT1A 3PUYE 4QRZA 5A5XB 3TPAA 2H99A 2F7CA 3C31A 4R74A 4DIGA 1M5FA 4QSEA 4ESWA 3DP4A 4LZ7A 4HCYA 4G8HA 4RPNA 4F18A 3OSRA 1SQYA 2DOJA 1DMBA 3EPEA 2RKMA 3ONMA 3CRBA 4BDOA 4BDMA 4EQBA 4ISUA 1URSA 1MQHA 4KYDA 5I2KB 5I2NB 2DWAA 2Q8JA 1Q35A 4OFJA 1SYIA 1EU8A 3U92A 4Q8RA 3BKIB 1FQDA 1URDA 3C9HA 5B70A 2OLBA 3ZKKA 3MP1A 3U72A 4YKIA 1QUJA 4F3SA 3FTOA 3KZGA 1B7UA 3I6VA 1GVCA 4C1UA 4XIGQ 4GL0A 1US5A 3A3CA 3FXUA 5F7VA 1IZ1A 1LBCA 1SD3A 4OERA 1D9VA 3S9NC 4HCWA 2FNCA 4WKMA 1FTKA 2DE2A 5I84A 5K2XA 1S7YA 2FA7A 3U8QA 3LC8A 1B2HA 1B9JA 3PV0E 4OENA 1Y4CA 3THIA 4IY6A 4YKPA 2I4BA 3LVUA 1NNPA 3IL1B 4ZEFA 3T9HB 1B6HA 3KSXA 5TU0A 3K01A 3H4ZA 3S9MC 3TZAA 3MP8A 3MBPA 3V89B 2ONRA 3K6WA 4XXUA 1LAFE 3C4MA 4LONB 3TKDA 4IO2A 4N13A 2DYXA 3IX1A 2F5XA 3IB2A 2NOOA 5H8SA 1EZPA 1QJMA 4FATA 2F6GA 4Z7EA 4ESXA 3OXNA 1J1NA 3OO7A 5H8FA 4R6KA 2BJJX 4G8NA 4NWCA 3N26A 4EXKA 4IO6A 2XX8A 1LBBA 3FJ7A 1N04A 1M5DA 3RNNA 3FJMA 2ZNTA 1MQGA 2F36A 3MC2A 1LCTA 4M1VA 2P2AA 3PUVE 3DRJA 2OK2A 1H76A 1WVJA 2IA4A 2D5WA 5EHMA 2GFEA 3IJOB 5H8FB 2B3FA 3K0VA 4GXSB 5CMCA 1I6QA 4GXAA 3IK6B 4NWDA 2F97A 1H3DA 1DOTA 4X1DA 2Y7IA 2NWJA 2UVGA 3VDFA 5DEXB 1JEUA 4OETA 3RUMA 4IGTA 1YCJA 4QFOA 3KN8A 1MQIA 5HBCA 3KOSA 1YPNA 3I5OA 4KYEA 1VR5A 4H67A 4OEUA 1MXUA 5AA2B 3CHGA 3OSQA 3ZKLA 1VE4A 2H9BA 4IY5A 3PMWA 2X7PA 1BTJA 1POY1 1TWYA 1JW4A 2KLFA 1MXVA 4G2ZA 3VVFA 3PMXA 5CMBA 3PUWE 1IQ7A 3OEMA 4E0WA 2I3WA 3V8XB 2XD3A 1MPBA 4FORA 4H1XA 3E3KA 3MPLA 4DXUA 2HXWA 3EHTA 1A8EA 1Q1KA 2DE3A 3IB0A 3W9WA 4NF4B 3RTFB 3MVYA 3O6GA 1LLSA 4XKNA 1TXFA 2I6EA 3O2AA 3RLFE 2CMOA 3LBSA 3I3VA 4TOZA 2WKYA 3PMVA 1OQGA 4IO7A 4DLDA 1NNFA 4OZ9A 3TDJA 4QHQA 4KI0E 4L17A 2R6GE 3OMBA 4ZZEA 2I48A 2UVIA 4OTEA 1T0KA 1N7WA 1PC3A 2DQVA 2Q2AA 3CI8A 1SI1A 1Y3QA 4F39A 4ZEIA 3QAXA 1MDP1 2XXRA 1QUIA 3KN3A 3EHUA 2A5TA 2VP1A 1HSEA 2O69A 5ELVA 1GR2A 3PD8A 4R73A 3IOUA 3RPWA 4F3PA 3DRGA 3TTRA 3S2VA 1PB7A 4HW8A 1ZTYA 4RA1A 4Z0IA 2Q2CA 1P1QA 5ICQA 3H03A 4H8JA 3K1PA 4OEVA 1MXYA 4F29A 5I56A 3HHGA 3MVZA 4YU0A 1B32A 2P0SA 2V93A 4XKQA 3K1NA 1RYXA 3O29A 3CVGA 2Y7KA 4ZZAA 2VD2A 3TCGA 3VVDA 2ESNA 4XTCQ 3OOAA 2Y84A 4MBPA 1UTBA 1O64A 1JEVA 1WODA 2GRVA 2DWJA 5L8DA 1RYOA 1PDAA 3PGFA 2ANJA 4KPTA 3M3LA 1PBPA 3T96B 4JXIA 4EQ9A 3UK4A 1IXCA 3RT6B 1WDNA 1B0LA 2ZNSA 4GWOA 2UVJA 4F3GA 3WAEA 1NH7A 1B5IA 3FXQA 3KOTA 1I6BA 4XKRA 1MG1A 3FVGA 4I9DA 3G7WA 5A5XA 4DCXA 1ANFA 4THIA 3T22A 5AA2D 3KBRA 3O28A 4R75A 1EZOA 4GF8A 2HQ0A 2Z22A 4LVQA 4PFTA 1FTOA 1NNKA 3E4RA 1YTVA 2O51A 3ILUB 2QPQA 4HS7A 1SW4A 1ZIUA 5H8HB 5FHNA 1B51A 3G3GA 1XVYA 5JTYA 5I2KA 1R9QA 5F1QA 5I2NA 2ONKE 3MZ9A 3PPRA 4OYVA 1B0HA 1JW1A 4EDPA 4F19A 2NVUB 1OLCA 5I59A 4IGRA 5LOMA 4H5GA 2Z23A 2ONSA 2REJA 3TTNA 2QJEA 1XHYA 1OQHA 4ZS9A 3KEIA 1B1XA 1B3HA 2V3UA 5CRYA 3E13X 4QFKA 3C36A 3TODA 4G68C 3MAMA 3O6HA 3SERA 4I8CA 3B6TA 3O9PA 3OEKA 2XXWA 5K2YA 3FZVA 4EXLA 2XX7A 1USYE 1MY3A 3LSLA 5FHOA 4R9FA 5JTYB 5DVJA 4ELPA 4FECA 3KN7A 1SW1A 4IO5A 5AA1A 2RCAA 4TLMB 5I59B 2VD3A 4GQOA 2XXYA 1NH8A 4HTGA 3OD7A 4KHZE 5HM4B 1UTHA 4QSDA 1B7HA 1NL5A 4JSOA 4YB6A 4EUOA 5JK4A 5CMKA 3T66A 4LZ5A 1B5JA 4WEPA 4X1BA 1IEJA 3TUSA 4Q30B 2XXIA 3DRIA 2OJTA 3GXAA 1D3KA 1QKAA 2RC8A 3IORA 3DRHA 2QSXA 3EN3A 1FQAA 5KDTB 4RJZA 1MY4A 4MLQA 1R1NA 1Y4TA 4PE5B 3TELA 1XT8A 5IKBA 1HSJA 2YLNA 2M8CA 2W7YA 5H8NA 1UTHB 4GRKA 3PAMA 3FVOA 3K4UA 4P0IA 1DTZA 5FHMA 2DS9A 3U94A 4Q5TA 1SYHA 3PUZE 2E0SA 2Z8EA 1Z7ME 3SEVA 2G29A 4DXBA 2VOZA 1ZLQA 3N6UA 2ZYMA 4EF2A 5CM6A 5I58B 5DTBA 4XKPA 1M5EA 5H8NB 2D3IA 3LSFB 2DP8A 1N0TA 1SVXB 3FIRA 4U1OA 2ZMBA 2THIA 4G68B 2ZYKA 2I4CA 5DEXA 1BLFA 2V3QA 3HHFA 3DM0A 4YKJA 4BLAA 4LA9A 3CFXA 2I0CA 5H8QA 2XXTA 3MUQA 1OVTA 1MS7A 4QFPA 1Y3PA 1AOVA 1QVSA 2DWIA 4R9GA 4DDDA 2VGQA 5AA2A 1HSLA 1MPCA 1TFDA 4H6DA 1PEBA 1GGGA 5AA3A 2PBWA 1BKAA 4R2FA 3N94A 3CFLA 4OXVA 1B3EA 4LATA 3B6WA 1NMUA 5BUUA 1D4NA 1JNFA 4NF8B 4OFLA 1I6AA 3D4GA 1QUKA 5AA4A 3BFUA 3BFTA 3IO6A 4GOTA 1II5A 2UYEA 2F78A 3QUJA 1ZKBA 5H8QB 3C32A 4OMBA 4ONYA 3K6UA 1MPDA 4NF4A 3LSWA 1N76A 4F2QA 4GVOA 4ECFA 1RKMA 1JVXA 4ELQA 5I57B 3W15C 3RY3A 3IOVA 3FV2A 1P99A 1LAHE 4MFIA 4Q0CA 3JYRA 2Z8DA 2R9JA 5IAIA 4EF1A 4TQUQ 4JWXA 3MWBA 4F1UA 4LQ2A 5AA4B 1L5TA 2XXUA 3H06B 4KQPA 2P1SA 3TFLA 4U4SA 2UVHA 3EF7A 3CR9A 2XXXA 2AL4A 2ZNUA 2QS2A 3P7IA 2OWSA 1EZ9A 3DP6A 3VXBA 3RYBA 3VXCA 4G4PA 4EQ7A 3CG3A 1P1NA 3ILTB 3T9VA 1MXZA 3D4CA 1N7XA 2I49A 2I3VA 4UA8A 2G93A 4PETA 3LSXA 4YB7A 3G3JA 2LAOA 3H6TA 4OWDA 3ZS6A 4BDQA 2HZKA 1B1HA 3MW0A 3K00A 5L9MA 1LAGE 3K02A 4MLVA 5L9SA 2O7UA 3TCFA 3PU5A 3CSBA 1SW2A 2AYSA 5EHSA 1LAXA 4QFNA 4X48A 3IOWA 5AE4A 1XVXA 1M5CA 2GH9A 1Y9UA 3ECRA 4POWA 3HV1A 5TP9B 2RCBA 1Y20A 3QSLA 1B7ZA 2ZYNA 1FTLA 3C34A 4QF9A 4NF6A 2DWHA 4X9TA 1H45A 3B7DA 1IITA 3QYTA 4POXA 1ZU0A 2AIXA 4R2BA 1DSNA 4GFRA 3HCQA 2Y7WA 3TAJA 2H98A 4G77A 3CIJA 4LUBA 3UA8A 1PB8A 3OELA 4U22A 2FYIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4P8BA 2QS4A 4OVRA 4RXLA 2ZYOA 2JJKA 1B3LA 2UXAA 1IMFA 4QFLA 4H5FA 5H8HA 1FQFA 3FVNA 4I1DA 4NF6B 1GTKA 5DVFA 1A7LA 4DCYA 4N4UA 3S9LC 1A8FA 4YAHX 3RT8A 2XHDA 2RF1A 1FBEA 2F6PA 4UABA 4XF5A 3CG1A 5DYHA 1LBWA 2V4CA 1FPLA 3OENA 4ZDMA 3RTWB 4OVJA 2WOLA 4NQ8A 4PAKA 1FQEA 4JB7A 3FUZA 4NX1A 4H0WA 3MP6A 2RINA 2F3BA 4WXJA 1OLAA 1LFHA 3R7XA 3SESA 4F1YA 3KSJA 3DLNA 1P1OA 2HCAA 5L9OA 3RQTA 2PVUA 2DXRA 4C1TA 3UIFA 1CNQA 3U93A 3GZGA 3K6VA 4AS4A 3USDA 2FIEA 2NUVA 3JZJA 1MXWA 4YMBA 4O3BA 3MJNA 5DVIA 2XXVA 1IUDA 4I62A 1DPEA 1NV3A 4NF5B 1XI6A 1USYH 4PQJA 3KGCA 2H25A 3QMFA 4JVIA 3T9UA 5KCJB 3IJXB 2UYFA 3Q29A 2Y5LA 2WOPA 1MY0A 3LR1A 1S9TA 2HAVA 1INPA 1FBDA 3R26A 3PUXE 3EHSA 4O7IA 1QKBA 1MQDA 4YZZA 4BDLA 2OZZA 3WAFA 3R6UA 4PP0A 4MH5A 1A54A 4LQ5A 1N84A 3A09A 1IMBA 3EQ1A 1B40A 5ISUA 1M5BA 1R6ZA 1NV6A 4KD5A 1JW5A 3OO8A 1FPIA 4FJPA 1VFDA 1ZMGA 4FEDA 4U21A 5TPAB 2P3VA 2V3TA 5KDTA 2O68A 3HO7A 3RYAA 3CSGA 1XOCA 4R72A 2WOKA 2HXRA 4F3BA 5FTHA 1VFEA 3UORA 3FASA 1XC1A 4DXCA 4LP2B 4PAFA 3MVXA 2KQZA 1FCKA 3ROJA 3G3HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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