2OLBA

Oligopeptide binding protein (oppa) complexed with tri-lysine
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structures of the oligopeptide-binding protein OppA complexed with tripeptide and tetrapeptide ligands.
pubmed doi rcsb
molecule tags Complex (binding protein/peptide)
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 190
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2olbA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2olbA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2olbA02
3IORA 2HCAA 2R6GE 4U23A 4I8CA 4YB7A 2D5WA 5AA4A 5A5XA 3I3VA 3KJ7A 3VLWA 1US5A 4BDMA 3O6HA 1SW1A 2I0CA 3TAJA 4G8HA 4H8IA 2W7YA 3TPAA 1SW2A 4OENA 2PMSA 4EQBA 2AYSA 5CMKA 4ZEIA 1XVXA 4NF8A 3TTRA 5I2NA 4ISUA 3RQTA 2REGA 1P1UA 4DXBA 4OESA 4RNSA 4U21A 2RF1A 1DPEA 3RLFE 1OIBA 1US4A 5I59A 4FAJA 4BDRA 2F7CA 4H6DA 3VXBA 3U93A 4ESXA 2VGQA 4YAHX 3AXFA 2E0SA 1R9LA 4MF3A 3Q27A 1RKMA 2BJJX 2Y7RA 2UVJA 1MPCA 1AIVA 2KLFA 1FTLA 1AOVA 4JWXA 4G68C 4NF5B 4TOZA 3ZKLA 1LB9A 2XXRA 3FV1A 3BBRA 3N5LA 1GGGA 2B3FA 3H3GA 3HV1A 2F7BA 2ONKE 5AA3A 1POTA 5B70A 3H06B 1EU8A 1B0LA 1JW5A 4YKPA 3PMWA 1QKBA 4NEDA 5M2VA 3MVYA 1LAHE 4GIZA 3MUQA 2AL5A 1LFHA 4OVJA 3OO7A 1B7ZA 1B52A 4QF9A 3DRKA 2I6EA 4GL0A 1Y20A 3TMGA 3KN7A 5KDTB 3SDFA 1MY4A 1XT8A 5F1QA 3E4RA 1N7WA 4U2RA 4KPTA 1D9YA 1MQJA 2AL4A 4UA8A 1B4ZA 4RPNA 2V84A 3C36A 1ZKBA 5I2KB 2QPQA 3V5AA 4I9DA 1HSJA 4DCXA 3FVGA 3T9VA 1IIWA 3ONMA 3IO4A 1S9TA 5ELVA 4YB6A 3IO6A 2HZKA 2I3VA 1SI1A 1P1NA 3TTNA 1MY1A 2XX9A 3KOTA 3B6WA 3G7WA 1OVBA 3L6GA 3KZGA 4MLVA 2Q2CA 2P0SA 3GBAA 3B7DA 2RCAA 2CMOA 3C4MA 1MXVA 2RC7A 3DP4A 3U92A 2H99A 2XXPA 5HBCA 2O7IA 2IEEA 1FQAA 5L9OA 1FQFA 3FV2A 5H8HA 2VP1A 4QFKA 2Y7KA 4NF4A 4QSDA 3DRJA 2O1LA 4QFLA 4ONYA 5AA4B 3ODBA 4JB7A 3FATA 2QS2A 5LOMA 1B2HA 2H98A 4KYDA 4LQ5A 3KG2A 4TLLB 4JSDA 2I4BA 3N6UA 4R2FA 4OETA 1B7UA 3K4UA 1QUKA 2XD2A 3UGWA 1BP5A 1Y9UA 2Y84A 4LA9A 1NNTA 1I6BA 3ZSFA 4Q8RA 1M5DA 5I2NB 3QIMA 4Z7EA 2DS9A 2ONRA 2YPNA 3MBPA 1D9VA 5FTHA 1MXWA 2ZYNA 2OWTA 1RYOA 2I58A 4EQ7A 2GRVA 5B7DA 5BWJA 3EF7A 5AE4A 3CSGA 1B5JA 4ZECA 3CFLA 3N6TA 1IITA 1Y3NA 3TFLA 4MFIA 3KSJA 2XXTA 3PPQA 3V83A 4KYSA 3SESA 2FYIA 3SEYA 4N07A 1FTKA 2XHDA 4GLIA 3S9MC 2QS4A 4QSEA 3V8XB 3QAXA 1NL5A 1H44A 1LSTA 4BDLA 4PQJA 4ZS9A 4DCYA 1N7XA 1JETA 3N26A 1JW1A 5J1DA 5KCJA 4IO2A 4EDPA 3RTWB 5DT6A 1MS7A 3T66A 2XD3A 3MZBA 4GXSB 1NKXA 4YKKA 1N04A 4RA1A 2VOZA 4OYVA 4M1VA 1JNFA 2ZXTA 2O84X 3IR1A 3TUSA 1QVSA 3QYTA 4EXLA 1UQWA 2HZLA 4QFPA 1TWYA 3PPOA 2V3QA 3KN8A 2QRYA 2XX8A 4O3AA 1JEVA 4QRZA 3IB2A 2NOOA 3L6HA 3TQLA 1MH3A 4F22A 5DVIA 1XVYA 1M5BA 1B3FA 3MWBA 3THIA 4LATA 4RK2A 4XKQA 3FXQA 3VLVA 3FJ7A 4XXUA 3ILTB 1DSNA 5CBRA 4X1DA 4F31B 1S50A 3CHGA 2RCBA 5FHOA 3R6UA 3RGYA 1M5CA 3TTLA 4G8MA 3UIFA 5DEXA 1IEJA 3G3FA 2B4MA 2WOLA 2B3BA 1IXIA 2F6GA 4O3CA 4Q0CA 1GR2A 3E13X 3G3HA 3SEWA 3QXMA 2I48A 2A5TB 2DWJA 4F2OA 4RJZA 1II5A 1N3XA 2HEUA 3KEIA 5H8HB 1NNKA 1AMFA 3PPRA 1NH8A 3CSBA 3DRGA 4YKIA 3K6UA 1A7LA 4N13A 1D4NA 1P1WA 3LC8A 4ND9A 4RXLA 4OEUA 1ELJA 2THIA 4P0IA 4FEBA 3PUWE 3LSLA 3HPIA 4QFNA 1MXYA 1SW5A 3R26A 1LLSA 2F6PA 5H8QB 4F3SA 1B9JA 4JDFA 4XTCQ 3LSFB 1M5FA 3OO8A 1LBBA 2Z8DA 3OD7A 5CI5A 1SBPA 5ITPA 1FQCA 4RY1A 1PB8A 3CR9A 3OO9A 1OLAA 3U1OA 3UP9A 4BDNA 4U1ZA 2PVUA 3BKIB 1MY0A 3DP6A 3V89B 2Z22A 5TPAA 4EQ9A 1QJMA 2QMWA 1JW4A 4LZ5A 4PE5B 2F34A 4JBZA 4IB2A 4H65A 4OFLA 4GF8A 1A99A 5DTBA 1UTHA 5I57A 1IXHA 5EHSA 2FA7A 4I62A 4QFOA 3Q26A 3MVZA 4XKNA 4OFJA 1EH3A 5H8SA 4HCWA 1PBQA 2YLNA 2D3IA 1I6QA 3KN3A 5TU0A 5KCJB 3E3KA 4JSOA 3RT8A 1EZOA 4R6KA 1YPNA 4FEDA 3WAFA 3O9PA 5JEIA 3DM0A 3O6IA 3KGCA 4R74A 4DDDA 3T93B 3IK6B 1BLFA 1H76A 4ZEBA 1KWHA 1QULA 3EPEA 2O1MA 4BDOA 3H7MA 3PD8A 1MDP1 2I3WA 4G8NA 4C0RA 1IXGA 2I0BA 3MW0A 1FQEA 1R9QA 2UXAA 1CE2A 3TCHA 1P99A 1I69A 4P0GA 2WKYA 4OERA 3UA8A 2QS3A 3SEXA 3DRIA 2V93A 3RUMA 3TTKA 2V3TA 2HAVA 1MPBA 3O29A 3QUFA 1SVXB 3TZAA 1MY3A 4GXAA 1WVJA 4OQOA 4PP0A 3TCGA 4YMAA 3CRBA 4IY5A 3RNNA 3T9XB 4R72A 4PFUA 1B3GA 3IOUA 1PDAA 2M8CA 3RTFB 3K6WA 1SYIA 5DEXB 1B3HA 3MP8A 2UVGA 4PFYA 1BIYA 5TP9A 3RPWA 2NWJA 3H6VA 2DWHA 1FQDA 1T0KA 3A3UA 1A8EA 1USYH 1OVTA 3PMVA 5I58B 1NMUA 2UYFA 3KFMA 3M3KA 4YKJA 3IAZA 1URDA 3EHTA 3B6TA 4ECFA 1OQGA 1ZJLA 2PX1A 1DMBA 3LSXA 4X48A 1ZIUA 4GFRA 5IKBA 3MAMA 2PT2A 1LCFA 4NTLA 3OEMA 1B6HA 2E1SA 3JZJA 1Y3PA 2F8DA 1N0TA 3A3CA 4ZEKA 3TCFA 3PUVE 2Y7IA 5EYFA 4G77A 4UACA 1NH7A 2ZMBA 4R73A 3M8UA 1LBCA 3OOAA 2IA4A 1URSA 1N76A 4DIGA 3MVXA 2Q89A 3MZ9A 2OK2A 4OTEA 5TPAB 4POWA 1P1QA 1FTOA 4FJPA 2Q8JA 3S9EA 5A5XB 4WEPA 5ICQA 5I57B 1Y1MA 3IJOB 5DYHA 5BUUA 4KFQA 2WOKA 3MPKA 2ZYOA 3FJGA 3K0VA 3MZ1A 3OO6A 4ZE8A 3CFZA 4HW8A 2Q2AA 4NF8B 4JWOA 5L8DA 3M3FA 4DZ1A 4F2QA 5AA2A 3FUZA 5CMCA 4ZEDA 3O6PA 2Z8EA 4R6HA 1SW4A 3R7XA 1MXZA 1TT1A 1QKAA 1VFEA 5I59B 3G3JA 5I56A 3PAMA 2XXWA 2XXQA 2XXIA 4WXJA 3W9WA 4EUOA 2QS1A 1FW0A 1POY1 1FQBA 1YCJA 2REJA 3VVEA 3VVDA 3PV0E 1DTGA 1MM7A 1JVXA 3IX1A 4ZE9A 4GOTA 1GTKA 5H8NA 2DVCA 4ELRA 5AA1A 2AIXA 4ELQA 1ZMGA 1A54A 1H3DA 2F36A 5EHMA 3MJNA 1NNFA 2O6AA 4MBPA 4YZZA 2B65A 4F29A 2GFEA 3CFXA 3DRFA 1F9BA 1D3KA 1JQFA 1DPPA 1SDXA 5JK4A 3LUYA 4TQUQ 1B05A 1OLCA 3FZVA 4ZZAA 4YB5A 3C9HA 4R75A 5I84A 3KOSA 2DOJA 2ZNUA 2R71A 2DWAA 3QSLA 3T9UA 2G29A 2P2AA 1ANFA 4MH5A 3EQ1A 3OSRA 2P1SA 1M5EA 3FGSA 3DRHA 3LR1A 2X7PA 5ICTA 3I6VA 3C32A 1PB7A 3EHSA 1PB9A 2Z23A 3DLNA 3G3GA 4H8JA 1UTBA 3EN3A 3QUJA 1DTZA 3GLBA 3IOTA 4QHQA 1TXFA 4G68A 2Z8FA 3OXNA 3TODA 4E0XA 1Y4TA 1ZU0A 3C34A 1MG1A 1XC1A 3C31A 2HQ0A 2PT1A 4MLQA 3FASA 3PUZE 3HHFA 4FE8A 2LAOA 1LGBC 4LP2B 1N84A 3JYRA 3USDA 1Q35A 4NF4B 2CZLA 5KZTA 3T9HB 1B51A 1Y1ZA 4O3BA 4NWDA 3MPLA 3U72A 2GHBA 3MVWA 4Z0IA 1IZ1A 4HS7A 4GVOA 4L17A 2QL3A 1GVCA 2D21A 4X9TA 3FD3A 3G3KA 1IQ7A 3SETA 1H45A 5AA2B 1NNPA 3SEVA 3TTMA 4AB6A 1QUJA 1QUIA 1Y4CA 2DXRA 5L9MA 3D4CA 1WDNA 4NMYA 3CI8A 4ELOA 3UN6A 2OLBA 3OENA 4F3BA 2ZYMA 4YICA 3TELA 5FTIA 3GXAA 2DYXA 1URGA 4NWCA 3ECRA 3DELB 5FHNA 4H67A 2DQVA 3H6TA 3KJTA 1LAXA 3TEPA 1MPDA 2DWIA 2XXYA 4U1OA 3GBBA 3F11A 4JWYA 1QW0A 4M4GA 1SQYA 1B3LA 1XOCA 4H1XA 3B6QA 5K2YA 4NF6A 4TLMB 3VVFA 3BFUA 2A5SA 4FIMA 4H5GA 3FVOA 2HAUA 3CG3A 1O63A 4LZ8A 3VLUA 2F5XA 5AA2D 3DP8A 3N94A 2R9JA 5L9SA 2QSXA 2Q88A 1EZPA 1PC3A 3FJMA 2H9BA 4JXIA 1B1XA 4KCCA 3RN8A 4OMBA 3MP6A 3C35A 3BFTA 1IUDA 1IXCA 1O7TA 1SD3A 2B4LA 3PPPA 3VFJA 3K6VA 3A09A 4H0WA 3OSQA 4U4XA 2NUVA 1N3WA 2OCUA 3EHUA 2OWSA 4R2BA 4WEDA 4IO3A 5HM4B 2G93A 2UVHA 3HO7A 4XKPA 4U22A 5DVFA 4LONB 1VR5A 3O97A 1Z7NE 2QMXA 4IO6A 4OXVA 4RYAA 3PUYE 3VE1B 2O7UA 1UTBB 5CMMA 4X1BA 4R6YA 3QK6A 4G68B 2V3UA 2XXXA 3W15C 4IY6A 3E9XA 3CG1A 3ZS6A 3H6UA 1RYXA 4KQPA 1WODA 3PGFA 4HTGA 1NFTA 1LB8A 3K6XA 4ZDMA 2UYEA 1MDQA 2PYYA 2HXWA 3MP1A 3HCQA 1L5TA 4DXCA 1AH5A 4U4SA 2O69A 3H6WA 2F7AA 5H8FA 4YU0A 1R6ZA 1OQHA 3CVGA 3VXCA 1USYE 1PEBA 3K1PA 3K02A 3KBRA 4P11A 1Q1KA 3HHGA 3GZGA 1B32A 1HSEA 5CM6A 1LCTA 3CIJA 1B7HA 3U8QA 3I5OA 5F7VA 1FTMA 4GL8A 4KR5A 1B4HA 1EZ9A 1DOTA 2ESNA 3S9NC 4G4PA 2XXHA 3SEUA 1OMPA 1XHYA 2I49A 1Y3QA 4NE4A 4AB5A 1TFAA 3HN0A 1UIVA 4IGTA 1B40A 1FCKA 5CBSA 1JEUA 3K1MA 4ZEFA 4LQ2A 1MY2A 1UTHB 1GV8A 5FHMA 2F97A 3FXUA 3ZKKA 2OBGA 2X26A 2A5TA 2ZNTA 2YJPA 1PBPA 3H03A 4R9GA 2O68A 1I6AA 4H5FA 4OHNA 3PU5A 4EXKA 4NF6B 1B58A 3IJXB 4EF2A 4F18A 2WOPA 3KSXA 3RYAA 1S7YA 4KYEA 1LAGE 4F1UA 4HCYA 3W9VA 5JTYA 2DE2A 4ZZEA 1LFGA 3K1NA 3TQWA 4DXUA 2V25A 1BKAA 1R1NA 5H8QA 1B5HA 4IO5A 1MRPA 2RC9A 4C1TA 4K3FA 3G3IA 2I4CA 3RY3A 3SKPA 3O2AA 2F78A 2XXUA 4YMBA 3HSTA 3FTOA 3IOWA 5CMBA 2H5YA 3S2VA 1UIUA 4FECA 2Q9TA 4GQOA 5DVJA 4I1DA 4OEVA 1MQIA 5HPQA 4OFOA 3T22A 3RT6B 4F1YA 4F3PA 3Q25A 5ITOA 2DSFA 1B46A 3JV9A 1XS5A 4GWOA 1A40A 4OWDA 3H4ZA 1MQGA 2X7QA 3MC2A 3LSWA 2Y7PA 3O66A 4E0WA 3S4UA 4AQ4A 2RINA 4Q5TA 2DE4A 5TP9B 1AL3A 5CC2A 1MQDA 2DXYA 2DE3A 3WAEA 2H4IA 3D4GA 2XX7A 2XXVA 1A8FA 2ABHA 5IAIA 3OEKA 1FTJA 3LBSA 1A55A 4F39A 1JVYA 1H43A 4PETA 5CRYA 2ZYKA 4DE8A 5H8FB 1VFDA 3VDFA 4ESWA 4ELPA 4LVQA 5K2XA 2ONSA 3T96B 2RKMA 4GRKA 3IB1A 3UK4A 3ILUB 3Q29A 1MQHA 1B0HA 4BDQA 2DP8A 1ZLQA 4KI0E 4F1VA 1CB6A 2O51A 4NF5A 3K2DA 4POXA 4PFWA 4FORA 2VD3A 3TYHA 2GHAA 4N6PA 1B1HA 2GH9A 4Q30B 2Y7WA 1VSOA 2ANJA 3MQ9A 4FATA 2QJEA 3RYBA 4LZ7A 1J1NA 1B3EA 5ISUA 2OJTA 4LUBA 2OZZA 2ZNSA 2NXOA 4RPOA 3PPNA 4RK9A 4BLAA 4PFTA 3FVNA 4IO7A 1TFDA 4EF1A 4THIA 3FXRA 1YAEA 3FVKA 4WKMA 3O28A 5I58A 1VE4A 5KDTA 3SERA 2VD2A 3S9LC 4IGRA 3IL1B 2HFBA 3OELA 3PUXE 2DVZA 2ALUA 4F3GA 2F35A 1ZBMA 2UVIA 1MM6A 4DLDA 4QSCA 4KHZE 1MXXA 3IOVA 5I2KA 3K01A 3C33A 3K00A 4R9FA 3OMBA 3M3LA 2FNCA 5JTYB 1SYHA 3Q28A 1LFIA 1MH4A 1Z7ME 3PMXA 3O6GA 4F19A 1ATGA 3TKDA 4GD5A 2VHAA 1B5IA 3LVUA 5I56B 3VV5A 4KD5A 1HSLA 3TDJA 4XKRA 1P1OA 4IO4A 4G2ZA 2NVUB 3U94A 3PD9A 1BTJA 1LAFE 3UORA 2H25A 2RC8A 3P7IA 3IB0A 4XIGQ 4KCDA 3FIRA 1O64A 4OZ9A 1MXUA 2PBWA 1SI0A 4C1UA 1YTVA 5H8NB 1ZTYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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