2RKMA

Structure of oppa complexed with lys-lys
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Peptide binding in OppA, the crystal structures of the periplasmic oligopeptide binding protein in the unliganded form and in complex with lysyllysine.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 186
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2rkmA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rkmA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2rkmA02
4F2OA 5JK4A 3PUWE 5H8SA 4F22A 1MY3A 1B7UA 4YKJA 3TPAA 5I57A 4X48A 3DP4A 5CMCA 2F7CA 4O3CA 3RLFE 1I6AA 3RN8A 1PB9A 1VFDA 3CFZA 3N94A 3GBBA 3RNNA 3KG2A 5DVIA 3KN8A 4F29A 5DT6A 4LZ8A 1P1UA 2DE4A 4ELQA 3TELA 5JTYA 3RTWB 2ZNSA 4QFKA 4DIGA 5AA2D 3PPNA 1IUDA 5I58B 1B1HA 1YAEA 4LUBA 2OBGA 4XKQA 4ZE8A 1NFTA 1SD3A 2I3WA 3H3GA 4ECFA 1YCJA 3VLWA 1USYE 4OQOA 1PB7A 2QPQA 3H6VA 4GQOA 2OJTA 3H6UA 3CR9A 1MQIA 1R9QA 3EF7A 3DP6A 3ZKKA 1LB8A 2FA7A 4HW8A 4F19A 1LLSA 2Z23A 1ZIUA 3C35A 5HPQA 4QF9A 4PFWA 4XXUA 3W9VA 2QMXA 4WEDA 3RTFB 4XKRA 4H8JA 3FGSA 1MQJA 3PPRA 4N6PA 1JEVA 3U92A 1ZU0A 1QW0A 3KOTA 3SDFA 3MP8A 4NF6A 1N7XA 3FJ7A 1B6HA 5KCJA 1N0TA 3RY3A 5AA3A 3KEIA 3HSTA 3MWBA 3T66A 1PEBA 3RT6B 1H44A 4Q30B 1P99A 2H98A 1UTBB 1MXXA 2OLBA 4FJPA 1LCFA 2ZYOA 5CMMA 2YJPA 5L9SA 1WDNA 3PUVE 3E9XA 1SVXB 3A3UA 5BUUA 1GGGA 1B32A 1MXVA 3IB1A 3ILUB 2NWJA 2HXWA 1LSTA 3TTNA 5EHSA 1B5IA 2Z22A 5FHMA 1VFEA 2PVUA 1ZLQA 2HZLA 3TAJA 1Y4CA 1OIBA 1ANFA 3U94A 3FJGA 1FQCA 1T0KA 4P11A 4MF3A 4DLDA 2QS1A 2FYIA 3LVUA 4ND9A 4NEDA 2VP1A 5K2XA 5EYFA 4TOZA 4K3FA 2DOJA 2H4IA 3O28A 3MZ9A 3V5AA 2ZXTA 1D9YA 1B3LA 5AA4A 1SYIA 5ITOA 2DSFA 4EXKA 2UXAA 1FCKA 4NF5A 4NTLA 1FQDA 2F7AA 3THIA 2F34A 3K02A 1XS5A 2E1SA 3GBAA 1N04A 3G3GA 1QUJA 2A5TA 4H8IA 4POXA 1GR2A 5CI5A 2AIXA 4IY6A 2NUVA 2HAUA 4ZZEA 1B3GA 5H8HA 1XVXA 1JEUA 1JETA 1B9JA 3C32A 3FV1A 1JVYA 3D4CA 4BDLA 5I56B 5CM6A 2I48A 3RT8A 3MZBA 4OETA 5F7VA 1MH4A 2I58A 5I2KB 1MPBA 5FTIA 4EQBA 4H1XA 1Y3PA 3DRGA 3UK4A 3S9EA 2F6PA 2B4MA 1LBCA 3IK6B 4MLVA 3OD7A 1BKAA 4NWCA 1FQEA 5AE4A 4RA1A 4BDOA 3B6WA 3ODBA 2PYYA 5CBRA 1HSEA 3EHSA 5ICQA 1IXCA 1OVTA 4OEUA 4PFTA 4G8NA 3M3LA 1OLCA 3TMGA 1MXZA 2QS2A 3FJMA 2XXIA 2RF1A 1R1NA 2DYXA 2ZYKA 1B05A 5CMBA 4IGRA 4FATA 2F97A 4RJZA 4NF4A 5DVJA 4NF8B 4XKNA 3FIRA 2Z8EA 3R6UA 1II5A 3MAMA 3QIMA 1O64A 5A5XB 1PC3A 1F9BA 1MQDA 1IXIA 4RNSA 3RYAA 4IO6A 1Y1MA 4BDRA 3VFJA 1M5DA 5FHOA 3PUYE 3G3FA 1WODA 1LAHE 3HV1A 3TTRA 3QK6A 1N76A 1SI1A 4R6HA 3BKIB 2V93A 1EH3A 3B7DA 4GVOA 4QFLA 4AQ4A 1B40A 1J1NA 2QS4A 4GF8A 1DPPA 4PE5B 4R2FA 2RC8A 4THIA 1H45A 2R6GE 3QYTA 3Q29A 4OERA 4R73A 1FTKA 3HO7A 2Y7WA 1GTKA 3OMBA 4ZE9A 4M1VA 4FEDA 4GL0A 1MDP1 2GFEA 3DELB 3FATA 4KI0E 2XXRA 4EQ7A 4FIMA 4OVJA 3MVWA 4C0RA 3LSXA 2P1SA 3EHUA 3VXCA 1IITA 3FVNA 2NOOA 5FHNA 1LCTA 1TFDA 4OHNA 5I59A 4RY1A 3KOSA 3PD9A 2Q89A 3S4UA 3IX1A 5ITPA 4YMAA 4IO4A 1QUIA 5K2YA 3MVXA 1SDXA 5HM4B 1EZOA 4H67A 4JSOA 2VOZA 5I84A 2CZLA 4PQJA 2KLFA 4LATA 3E13X 5DEXA 2F78A 5H8NB 4QSEA 4JWYA 4DDDA 3OO8A 3RUMA 3OO6A 3L6HA 4F1VA 3K1PA 4QHQA 1B7HA 2UVGA 1POY1 3Q26A 1DTGA 3PU5A 3WAFA 3H06B 4YKIA 4YU0A 1JNFA 3QUFA 1Y4TA 4G68C 5TP9A 2IA4A 3TCHA 4NMYA 4I62A 3B6TA 3TTLA 4X1DA 4EUOA 4F1UA 2V84A 4KCDA 3VE1B 1XOCA 2F8DA 4R74A 3PV0E 1O7TA 3V8XB 4BDMA 3TODA 2DE3A 4RXLA 3V83A 4F3PA 1UTHA 2V3UA 4PETA 1UIUA 2Q2AA 1TWYA 3PPOA 4HCYA 5I2NA 1ELJA 2O7IA 1O63A 1GVCA 3CVGA 2D3IA 2O1LA 3KZGA 2DXRA 2OWSA 3PGFA 4LZ7A 4LP2B 4MBPA 3K6UA 3L6GA 1DTZA 4EDPA 5KZTA 1A55A 3K01A 1B4HA 3KSXA 3C31A 1A7LA 1AOVA 1ZKBA 4E0XA 2DP8A 3A3CA 4F3GA 3TKDA 3U72A 4AB5A 3SEVA 3VV5A 4WEPA 2XXTA 5TPAB 4ELRA 2I3VA 4OFOA 3OSQA 5AA1A 4YMBA 1MXUA 4GFRA 3K2DA 4GIZA 3PMVA 4TLLB 1OQHA 4QFPA 3BBRA 1M5BA 3K6XA 4OFLA 2D21A 1NNFA 4IY5A 3KGCA 3K0VA 1ZBMA 1SW4A 2QS3A 4N07A 4KFQA 4IGTA 4H5GA 4JB7A 1CB6A 4GRKA 3N26A 3V89B 1SBPA 1PB8A 2WKYA 3H6WA 3KSJA 1URGA 1IQ7A 2F7BA 2F35A 3TFLA 4G68A 3UA8A 2V3TA 2DQVA 5ELVA 2Q2CA 2XXYA 4XKPA 5AA2A 2B3FA 2ZNUA 1B3HA 4ZS9A 2RINA 2O68A 4F39A 5LOMA 3HN0A 4LA9A 2ALUA 4U22A 4BDQA 3SEYA 1B1XA 3DRHA 1QJMA 3SEWA 1LAXA 4JSDA 3FTOA 3Q27A 2H25A 2DS9A 4LVQA 1B0HA 2AL4A 5KDTB 1BIYA 4JBZA 2XXUA 3F11A 1RKMA 2O51A 2OZZA 2GH9A 4L17A 4F1YA 1TT1A 3TUSA 3N6UA 4KQPA 5I58A 2Z8FA 4F31B 1OQGA 3P7IA 3T9VA 1L5TA 2H5YA 1IZ1A 3R26A 4PFYA 4Z0IA 4LQ2A 3TDJA 2X7PA 2IEEA 4WKMA 1PBQA 5HBCA 1MY0A 3CG1A 3RQTA 1RYOA 3N5LA 3UN6A 1BLFA 1EZ9A 3PPPA 4GLIA 1ZJLA 4G4PA 4YKPA 2O6AA 2RC9A 3IJXB 1D3KA 3SEXA 2W7YA 3QUJA 4C1UA 4ZECA 4UA8A 2O84X 4OESA 2PBWA 1P1QA 1LAFE 5CC2A 3MVYA 3MPKA 5H8QB 2F6GA 4UACA 4HTGA 1NKXA 3MUQA 4YKKA 1FQFA 3MP6A 2UVJA 2HCAA 2V25A 2Y7IA 4KHZE 4U2RA 2V3QA 4OFJA 4R2BA 1HSJA 3LSLA 4ISUA 4DXBA 3CIJA 4R9FA 3C9HA 1MY4A 4YB5A 3KJ7A 3G7WA 2PT1A 3PMWA 3TCGA 1UTBA 3ONMA 4O3BA 3DRIA 5BWJA 1FTOA 3N6TA 3G3KA 2DVZA 3TTMA 1Y3NA 1QULA 1B52A 5H8FA 1USYH 3HCQA 2DE2A 2Y7PA 2O69A 2Q9TA 5DTBA 1H43A 2DWAA 5ISUA 4LZ5A 4G8HA 4P0IA 4XIGQ 1N3WA 2M8CA 2DVCA 3E4RA 4GXAA 3C33A 4U1OA 1MQGA 2DWJA 3OO9A 4NE4A 5L9OA 4DCYA 2REJA 4I1DA 1SW5A 2Y84A 4ZEFA 3MP1A 3S9LC 3B6QA 3VLUA 1NNKA 1SI0A 3RPWA 3KBRA 2XXXA 1DMBA 2D5WA 4GL8A 4OENA 3FXUA 5DEXB 2XD2A 2OK2A 5CBSA 1JQFA 2OCUA 3IOTA 4H65A 1EZPA 2GHBA 5J1DA 1BTJA 1IIWA 1BP5A 3PD8A 3PUZE 3VDFA 3VXBA 3W9WA 2RC7A 4GWOA 1A99A 3DLNA 3UP9A 4YB7A 2QJEA 1VSOA 4M4GA 1MM6A 2VD2A 4ZEDA 3ZKLA 4Z7EA 3IR1A 2PX1A 1MRPA 1Q35A 2I49A 1NMUA 1D9VA 2PT2A 1XT8A 1Z7ME 4PFUA 3FXQA 2Y7RA 1H3DA 2QMWA 3WAEA 5I56A 4U4SA 4YZZA 4IO2A 4KCCA 5I2KA 4OWDA 3M3KA 4ESXA 1B0LA 4U23A 3I5OA 1US4A 4U4XA 2ZYMA 3O6GA 5IAIA 3HHGA 5IKBA 3T93B 4ELPA 3TEPA 2PMSA 5I57B 4I8CA 1M5CA 3H6TA 2ONKE 2LAOA 2YLNA 3FD3A 2NXOA 4QFOA 4MH5A 2F5XA 3IOUA 1H76A 4QSCA 3OSRA 3SESA 1EU8A 2ZMBA 2ZYNA 4TLMB 4JWOA 5JTYB 1B7ZA 1MY1A 3MZ1A 3QSLA 4NF8A 1QKAA 1RYXA 4YICA 4EF2A 4FORA 3I3VA 3M3FA 2WOKA 1A54A 3KN3A 2QSXA 5A5XA 4X9TA 3UORA 4H6DA 3FVKA 3U93A 3O6PA 3FZVA 4IB2A 4FAJA 3I6VA 4H0WA 1XHYA 1ATGA 3OEMA 4ZEKA 2I4CA 2VGQA 3O2AA 4DCXA 1A40A 1ZMGA 2I6EA 1IXGA 2XXQA 2XD3A 5DVFA 4EXLA 4ZEBA 2GHAA 2AYSA 3FUZA 3JYRA 4GD5A 1PBPA 1DSNA 2YPNA 3GZGA 2AL5A 3R7XA 4OEVA 1S7YA 3CFLA 1B2HA 2HEUA 2UYFA 1DOTA 2A5SA 2DWIA 3DM0A 4DZ1A 4PP0A 4NF6B 2XXVA 2R9JA 2RCBA 5AA2B 1M5EA 3FV2A 1UIVA 1JW5A 3JZJA 5KCJB 4KPTA 3OO7A 1D4NA 1MH3A 3KFMA 4ZDMA 3CHGA 3EN3A 5L8DA 3RYBA 1N84A 3K1NA 4C1TA 3H4ZA 1XVYA 1R6ZA 2ESNA 4G8MA 4KR5A 2CMOA 1URDA 4FEBA 4QSDA 1LAGE 3SETA 3C34A 2HFBA 1HSLA 5F1QA 3T9XB 1LFIA 3G3IA 4OMBA 2XX7A 4RYAA 3CI8A 3VVDA 4OZ9A 4YB6A 2X7QA 2O7UA 1MY2A 1ZTYA 3K00A 1TXFA 2Z8DA 1VE4A 4ESWA 5H8NA 3BFUA 1QUKA 4EF1A 3TCFA 1B3FA 3MQ9A 1OVBA 3OELA 1QKBA 2ANJA 1CE2A 2I4BA 1S9TA 2G29A 5AA4B 3K4UA 2QL3A 4XTCQ 4ZEIA 1Y3QA 4RK2A 1SW2A 3GXAA 3CSBA 1B58A 4NF5B 3A09A 3TQLA 3T9HB 4KYDA 2A5TB 3PPQA 4BLAA 1Y20A 1N7WA 1URSA 1P1WA 3IB0A 3K6VA 1KWHA 4MLQA 4FECA 1A8EA 4JWXA 3T96B 3IO4A 5H8HB 3Q28A 1MG1A 4HCWA 1MDQA 1YPNA 4BDNA 3MJNA 4X1BA 3M8UA 3ZS6A 3U8QA 4U1ZA 3OENA 3D4GA 1NNPA 3OOAA 2NVUB 2ONRA 3HHFA 3W15C 5DYHA 4LONB 3OEKA 3CRBA 2O1MA 3TTKA 4RK9A 3EHTA 2H9BA 4QFNA 1DPEA 4RPOA 2ZNTA 4H5FA 2HAVA 2XX8A 3Q25A 5M2VA 2VD3A 1NH8A 3CSGA 5TPAA 4N13A 5H8FB 1MQHA 4OYVA 3LUYA 3IB2A 1JW4A 3DP8A 3K1MA 4NF4B 4Q5TA 4G2ZA 2HQ0A 3O29A 3IAZA 4MFIA 3G3JA 3SKPA 1MS7A 4ELOA 2WOLA 3LSFB 2XHDA 5B70A 3C36A 4GXSB 1QVSA 3VVFA 1LBBA 1B51A 5L9MA 3IO6A 4FE8A 1JVXA 4RPNA 3IOVA 4JXIA 3RGYA 2B4LA 5CMKA 3DRFA 1B3EA 1LGBC 1POTA 4R6YA 3KJTA 3DRJA 4KYEA 4Q8RA 3H03A 3HPIA 4YAHX 1A8FA 4DXCA 3LSWA 2RKMA 1FTJA 3MVZA 1SW1A 2WOPA 4HS7A 4P0GA 5JEIA 4OTEA 2FNCA 3QXMA 2X26A 3FVOA 3MC2A 2RCAA 3MW0A 1NL5A 4KYSA 5KDTA 5TU0A 3LR1A 3O66A 5I59B 3JV9A 3VVEA 3EPEA 4F18A 2I0BA 3OXNA 3SERA 5B7DA 4G77A 2ONSA 2UVIA 1N3XA 3MBPA 2E0SA 4QRZA 3TZAA 3LBSA 3ECRA 1SYHA 3S9MC 1WVJA 2G93A 4R6KA 1NNTA 5CRYA 3QAXA 3TQWA 2H99A 1B46A 2UVHA 1MXYA 2REGA 3LC8A 1B5JA 4F3SA 1US5A 2GRVA 3O9PA 2P2AA 3ILTB 2OWTA 4DXUA 4LQ5A 1OLAA 3FASA 5FTHA 5TP9B 2Q88A 3GLBA 5H8QA 3KN7A 3U1OA 3T9UA 1FQBA 3MPLA 3O97A 1YTVA 1MPCA 3UIFA 2ABHA 3IOWA 3T22A 4R75A 1FQAA 1LFHA 3ZSFA 1SQYA 3AXFA 4IO7A 4WXJA 3VLVA 1B4ZA 4I9DA 4POWA 1FTMA 4O3AA 4ONYA 1UTHB 2B65A 4Q0CA 2XX9A 2I0CA 3O6IA 4F3BA 4F2QA 3EQ1A 5I2NB 3K6WA 2XXPA 3IL1B 4R72A 1GV8A 1MPDA 1I69A 1Q1KA 1I6QA 1JW1A 2DWHA 1IEJA 3PUXE 1M5FA 1Z7NE 2THIA 3SEUA 1B5HA 3PAMA 3BFTA 1MM7A 2BJJX 3E3KA 2VHAA 1P1NA 1OMPA 3CFXA 3TYHA 1AH5A 1AMFA 1LFGA 2B3BA 1TFAA 1XC1A 3H7MA 1AIVA 2XXHA 4EQ9A 2F36A 2UYEA 1P1OA 4IO3A 1FW0A 3PMXA 4OXVA 4R9GA 1UQWA 4DE8A 4KD5A 4U21A 2HZKA 1IXHA 2DXYA 4ZZAA 1S50A 5ICTA 4AB6A 4JDFA 3S2VA 3CG3A 1FTLA 1LB9A 3G3HA 3FVGA 3UGWA 3S9NC 2Q8JA 2XXWA 4NWDA 2QRYA 4IO5A 4E0WA 4GOTA 1R9LA 4G68B 1AL3A 1NH7A 1VR5A 3FXRA 1Y1ZA 3USDA 2R71A 3IJOB 1Y9UA 3DRKA 1MXWA 1PDAA 2P0SA 2Y7KA 3C4MA 5EHMA 3IORA 3O6HA 1I6BA 4TQUQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F2OA 5JK4A 3PUWE 5H8SA 4F22A 1MY3A 1B7UA 1FJ6A 4YKJA 3TPAA 5I57A 4X48A 4JVCA 3DP4A 5CMCA 2F7CA 4O3CA 3RLFE 1I6AA 3RN8A 1PB9A 1VFDA 3CFZA 1YZ0A 3N94A 3GBBA 3RNNA 3KG2A 5DVIA 3KN8A 4F29A 5DT6A 4LZ8A 1P1UA 2DE4A 2V4CA 4ELQA 3TELA 5JTYA 4PDHA 3RTWB 2HHMA 2ZNSA 4QFKA 4DIGA 5AA2D 3PPNA 1IUDA 5I58B 1B1HA 1YAEA 1EYKA 4LUBA 2OBGA 4XKQA 4ZE8A 1NFTA 1SD3A 2I3WA 3H3GA 4ECFA 1YCJA 3VLWA 1USYE 4NHBA 4OQOA 1PB7A 2QPQA 3H6VA 4GQOA 2OJTA 3H6UA 3CR9A 1MQIA 2GQ1A 1R9QA 3EF7A 3DP6A 3ZKKA 5F24A 1LB8A 2FA7A 4HW8A 1DCUA 4F19A 1LLSA 2Z23A 5EQ8A 1ZIUA 3C35A 5HPQA 4QF9A 4PFWA 4XXUA 3W9VA 2QMXA 4WEDA 3RTFB 4XKRA 4H8JA 3FGSA 1VDWA 1MQJA 3PPRA 4N6PA 1JEVA 3U92A 2F3DA 1ZU0A 1QW0A 4GWYA 3KOTA 3SDFA 1NV2A 2CEYA 2ZZXA 5IZ1A 3MP8A 4NF6A 4GWXA 1N7XA 3FJ7A 1B6HA 2L5VA 5KCJA 1N0TA 3RY3A 5AA3A 3KEIA 3HSTA 3MWBA 3T66A 4MEVA 1PEBA 3RT6B 1H44A 4Q30B 2WX9A 1P99A 5IM2A 2F3BA 2H98A 1LEVA 1UTBB 1MXXA 2OLBA 4FJPA 1LCFA 2ZYOA 5CMMA 2XA5A 2YJPA 1WDNA 5L9SA 3PUVE 3E9XA 1SVXB 2XWIA 3A3UA 5BUUA 1GGGA 1B32A 1MXVA 3IB1A 3ILUB 2NWJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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