3E3KA

Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter nika (butane-1,2,4-tricarboxylate without nickel form)
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter NikA
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Metal transport
source organism Escherichia coli
total genus 141
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3e3kA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3e3kA01
3R7XA 3EHTA 4HS7A 1MQJA 4N6PA 3I5OA 3U8QA 4NEDA 1TFAA 2HFBA 4LA9A 5H8NA 4F3SA 2XX7A 1M5FA 3PD9A 3PMWA 3MP6A 4E0WA 3PUXE 4THIA 3OELA 1NMUA 4PFUA 3K6VA 2DWJA 4KYSA 2XXIA 2B4MA 1PBQA 1POY1 1M5EA 3M3FA 3U1OA 5DT6A 3TQLA 2THIA 3R26A 4EUOA 3PUVE 2NXOA 2P2AA 2V25A 3MBPA 3ILTB 1FQBA 1UTBA 4R72A 1B46A 3Q29A 1B0LA 3CG3A 3PMXA 4U1OA 4X9TA 3T22A 4ISUA 2VGQA 1MRPA 4YU0A 3OO7A 2DWHA 2DP8A 1UQWA 3H6UA 1O7TA 3C4MA 2OLBA 1UTHB 3IK6B 3O97A 3S9MC 3K00A 4G68A 1AMFA 5EHSA 4ZEBA 1B4ZA 4EF1A 3N94A 4HCWA 3K6UA 2HQ0A 1IXCA 4NF5A 1QUIA 3C34A 4GD5A 3VDFA 3K02A 1SD3A 4BDNA 1LCTA 4OEVA 1QUJA 3AXFA 3ZKLA 3VFJA 1EZOA 3VLVA 2D5WA 4ZEIA 3RY3A 1US4A 1BP5A 3T9UA 3W15C 1NNKA 2B3FA 3MPLA 2P1SA 1QKBA 2O51A 4Q5TA 1SBPA 1UIUA 2HXWA 3TPAA 4IO5A 3PPNA 4I1DA 1B5JA 4DLDA 4P0GA 2GHBA 4GWOA 4F22A 1B9JA 3ODBA 2Y7KA 4JSOA 1YAEA 3M3LA 4NWCA 1FTOA 3QUFA 1JEUA 3GBAA 1LLSA 4BDOA 4R2FA 4KHZE 2GFEA 3LSXA 1LCFA 2GH9A 4FAJA 1AIVA 2PVUA 3PPPA 2REJA 3SETA 2ZNSA 4GOTA 3IORA 3KN8A 2F7CA 1N0TA 3VVDA 2AL5A 5KCJA 4H0WA 2DWAA 2WOLA 1SW2A 4QFPA 1RKMA 1TT1A 1MH3A 2O1MA 5I56A 1LSTA 1B3FA 4H8JA 4F31B 1USYE 5AA3A 5EYFA 2Z8EA 3MW0A 2QS4A 2BJJX 2Q2CA 3N6TA 2V93A 3LR1A 1Y4CA 5K2YA 1MQGA 4P11A 1XT8A 5F7VA 3I6VA 4KI0E 3QIMA 1H3DA 3CR9A 2I4BA 4ELRA 2XXWA 5DVJA 4MFIA 3G3KA 3JYRA 4HTGA 3RYAA 3U92A 4JWOA 1MY2A 5HM4B 1VR5A 3IR1A 5H8HA 1Y3PA 4WEDA 1IIWA 3I3VA 1OQHA 2F5XA 3KSJA 2RCAA 4XKRA 2XX9A 5FHMA 4X1BA 3EF7A 4OHNA 2F6PA 5I84A 1LAFE 1SVXB 5DEXA 3O28A 2RCBA 4QSCA 1JNFA 2G29A 1XVYA 5H8SA 3G7WA 3VVFA 2HZKA 3ZKKA 1LB8A 4WKMA 1P1OA 4IY5A 3C9HA 1DSNA 3T66A 3FXUA 4QF9A 4NF8B 2HCAA 4JXIA 1Y4TA 3VVEA 3VLUA 4Z7EA 3OEMA 3PUWE 3IB0A 5ICQA 3K6XA 2PT2A 4RK2A 3C32A 5K2XA 4OEUA 2A5TB 2ESNA 5AA4A 3PPRA 1RYXA 3PUZE 4XKPA 1QULA 1H43A 1YCJA 4F3PA 1AOVA 4H6DA 2PT1A 2R71A 3SERA 3K4UA 4IO6A 4C1TA 3C35A 4KYDA 1RYOA 4ELPA 3DRHA 4DE8A 2Q8JA 4YKJA 3MPKA 3PGFA 4YKPA 1US5A 1J1NA 1MY0A 4ND9A 4XKNA 5I58B 1MY1A 2OZZA 1QUKA 1LFIA 4NF4B 2XXVA 2XX8A 2YJPA 1QW0A 2H4IA 1MXVA 3IJXB 1B3GA 3Q27A 1WDNA 4FEBA 1AL3A 1B7ZA 2XXYA 2QSXA 1B1HA 1XS5A 1OLAA 2UYFA 4FECA 2X7PA 3DM0A 3ZS6A 3H7MA 4RPNA 3N6UA 4JWYA 1LFGA 2I48A 1ZLQA 2RF1A 1LAXA 1GVCA 3ILUB 3H6WA 4F39A 3IOWA 2LAOA 3TQWA 5H8NB 2H5YA 1FCKA 3O29A 3FZVA 4X48A 3SKPA 3E9XA 3U93A 2Y7WA 2R9JA 5H8QB 4YAHX 2OK2A 2NOOA 1ANFA 3K01A 3KOTA 3WAEA 3FVOA 3FVGA 2I3WA 1UTBB 1GTKA 4H1XA 1FQEA 5B7DA 3WAFA 1NL5A 4U1ZA 3RLFE 1N3WA 4GXSB 1L5TA 3RT8A 2PYYA 4F19A 1MQHA 2A5SA 3A3UA 2WOKA 3H6TA 2B65A 2XD3A 1JW5A 5JTYB 1MG1A 1I6AA 4EQ7A 3C33A 5BWJA 2NVUB 3FD3A 4PP0A 1MM7A 4IO2A 1JVXA 1DOTA 1LAHE 4NF5B 2VHAA 4GQOA 3KJTA 5H8FA 4G68C 1MPDA 2E1SA 3TEPA 1SW1A 3TTMA 4QSDA 4BDRA 3UN6A 4O3CA 4R9FA 4F1UA 4F1VA 4KCCA 2XXHA 5TP9A 5DTBA 3O66A 3IJOB 1ELJA 3CVGA 2B4LA 1POTA 4NTLA 1S7YA 5AA2D 4H5FA 4F1YA 1T0KA 4XTCQ 5CM6A 4N07A 1PB7A 4R73A 4BLAA 2DSFA 1WODA 3K2DA 2VOZA 3QUJA 2DOJA 1Z7NE 1B3EA 4OVJA 3RN8A 5CBSA 3R6UA 5A5XA 2REGA 1Y3QA 3HO7A 4DCYA 4HCYA 3V89B 3BFUA 3S2VA 1MQDA 3V5AA 5CC2A 5CRYA 3G3GA 1BLFA 1Q35A 1P1NA 2DWIA 3QXMA 3FIRA 3FUZA 1B5IA 1ATGA 4LQ5A 3A09A 2XXUA 2UVIA 1N04A 2I3VA 3OENA 4YICA 2I0CA 4F3BA 5I2KB 4MH5A 2ZYNA 4OZ9A 1R6ZA 4G77A 4GIZA 4JDFA 5KDTA 4R6KA 3VXCA 4UA8A 1HSJA 2Z8DA 4BDLA 5I57A 4IGRA 3FASA 5I2NA 1VSOA 4KR5A 1Q1KA 1TWYA 1Z7ME 2R6GE 3EHUA 4R6HA 1MPBA 3K0VA 2RC8A 2F35A 1ZU0A 1B3LA 3Q25A 4H67A 3LUYA 5DYHA 1JW1A 4G4PA 2OWSA 1JEVA 2V3QA 5ITOA 2WKYA 1SW4A 3HN0A 2O7IA 3PAMA 2KLFA 2NUVA 4OENA 1R1NA 1URDA 1P99A 1DPEA 2AIXA 3BKIB 2Z8FA 2DQVA 1EZ9A 2D3IA 2D21A 3S9NC 1MDQA 1XC1A 1GGGA 5H8HB 4GXAA 3QAXA 4OTEA 2Q2AA 1B40A 1IXHA 3CIJA 5DVIA 1IQ7A 3MVXA 2Y7IA 3RT6B 5F1QA 4R75A 3KEIA 3H4ZA 4OWDA 4EXKA 4F29A 1DMBA 2VD3A 4PFYA 1PBPA 3JV9A 1SI0A 3EPEA 5DEXB 1ZMGA 3G3HA 4MLQA 1O63A 4WEPA 5TPAA 1H76A 3PUYE 3CSBA 4NF6B 1IXGA 3MQ9A 1B3HA 3GLBA 2FYIA 1VFEA 2ZMBA 3ONMA 2RKMA 3K6WA 1N3XA 4GF8A 1FQCA 1MQIA 1Y20A 3CFLA 1F9BA 2DYXA 4LZ7A 3K1PA 3HV1A 3OSQA 5JK4A 3IX1A 4ZEFA 3ECRA 3V83A 1JETA 5AA4B 1A99A 3FXRA 3FVKA 2VP1A 4AQ4A 1NH7A 3MVYA 2P0SA 3CFXA 3UIFA 1B4HA 4RA1A 3S9LC 1MXXA 2QRYA 4ELQA 1B1XA 3TCHA 2Y84A 3N26A 4YZZA 2XXQA 4NMYA 1OQGA 3IO6A 4EXLA 2I58A 3TUSA 4H8IA 1CE2A 3SEWA 1FTMA 4F2QA 3RPWA 2ZXTA 5EHMA 1A40A 4C1UA 3RTWB 3EN3A 4Q0CA 4PFWA 5ISUA 4BDMA 2WOPA 1HSEA 3VLWA 3UORA 3PPOA 3IB1A 3Q28A 3OSRA 5AA1A 4ZE9A 1USYH 1R9QA 1XVXA 3TODA 4PQJA 4LP2B 1Y1ZA 4E0XA 2QMWA 4RXLA 3CSGA 2OBGA 3OEKA 4H65A 3DELB 3KSXA 3DRIA 2XD2A 1R9LA 2F78A 3PU5A 5I59B 1NNPA 3DP4A 3Q26A 4RK9A 2UVHA 3USDA 2XXRA 4XKQA 4FORA 1LBCA 3TTKA 4RY1A 3T9XB 2OCUA 3C36A 4TQUQ 4ZS9A 2ALUA 1XOCA 4Q8RA 2XXTA 4C0RA 1MXWA 3DRGA 4QHQA 1A55A 1B58A 1TFDA 5AA2B 4LUBA 3MP1A 2UXAA 2ABHA 4GRKA 2O1LA 4ESWA 5FHNA 3HHGA 1D4NA 3HSTA 1S50A 4GVOA 2PBWA 1HSLA 2ZYKA 4I9DA 3MP8A 5H8FB 4IY6A 3RGYA 4ZEDA 2QS2A 3KGCA 1QKAA 3S4UA 2YPNA 4P0IA 4JWXA 2V3UA 1QVSA 3T96B 1DTGA 3CG1A 3D4CA 3CRBA 5BUUA 4LQ2A 3EHSA 4FJPA 3VE1B 3TTNA 4L17A 4YB6A 4Z0IA 1TXFA 3OO9A 4XIGQ 2DE3A 4DCXA 1SYIA 3IL1B 1EU8A 5HBCA 4H5GA 1LAGE 2FA7A 5A5XB 1BTJA 3H03A 1B32A 4M1VA 2QL3A 1MY4A 3V8XB 1OMPA 2NWJA 4LZ5A 4I62A 3OXNA 4OYVA 5J1DA 1UIVA 4QFKA 2XXPA 4M4GA 4JSDA 3M3KA 4ZE8A 4U2RA 3SESA 3BBRA 1LFHA 2M8CA 3K1NA 2V84A 3RTFB 1Y1MA 4G68B 3L6HA 4R6YA 2RC7A 4R9GA 2Q9TA 5L9OA 4DXBA 2ZNTA 2H99A 3G3IA 3TZAA 3W9WA 1A7LA 3KJ7A 1NFTA 1A54A 3O9PA 4ELOA 1ZTYA 1P1WA 4NF4A 1VE4A 3FTOA 3FXQA 4GL8A 5I57B 3T93B 3LBSA 4RYAA 3KFMA 4OETA 2RINA 1IITA 3TKDA 1ZJLA 2CZLA 4YMBA 4G2ZA 3OO8A 1B51A 1D9YA 1D3KA 1M5CA 1B5HA 2DE2A 3MZ9A 3FJ7A 3LSLA 2HZLA 1MXUA 4G8HA 2I4CA 3SEUA 1D9VA 2ZNUA 2H9BA 4U4SA 4Q30B 5AE4A 3PV0E 2GHAA 4MBPA 1H44A 3HCQA 3SDFA 4IO4A 1N7WA 3LSFB 5H8QA 4U22A 4YKKA 1I6BA 3RUMA 2B3BA 4IO7A 4LZ8A 3D4GA 4OESA 1B6HA 3P7IA 4OXVA 2Y7PA 1IXIA 4JB7A 3BFTA 3M8UA 2E0SA 1PB9A 3S9EA 1VFDA 4ECFA 1NKXA 4TLLB 4ZZAA 5CI5A 5TPAB 3E13X 3SEVA 1URGA 1BIYA 1YPNA 2F97A 4KYEA 4OFLA 1DTZA 4DDDA 5JTYA 3T9HB 3K1MA 2GRVA 2HAUA 1SDXA 3RNNA 4U4XA 1M5DA 5KCJB 4RPOA 1EH3A 2DVZA 2DXYA 4QSEA 2O84X 5FTIA 1ZKBA 3O6GA 1DPPA 4POXA 1LGBC 2F36A 5I56B 1B0HA 1P1QA 2O68A 3FATA 5FHOA 1PDAA 3MZ1A 1S9TA 3MAMA 4DXUA 2Q89A 4DIGA 5DVFA 1MS7A 3TDJA 2PMSA 3H3GA 3IOUA 1B7UA 4MLVA 3OD7A 4G8MA 3O6HA 3B6QA 1ZIUA 4DXCA 5CMCA 5ICTA 1QJMA 4ESXA 2ZYMA 2IA4A 3C31A 4YMAA 4IGTA 4QFLA 3MVWA 1FTLA 4O3BA 2AL4A 4TOZA 3IAZA 4K3FA 3B7DA 5KZTA 1SI1A 1PEBA 4OERA 1MM6A 1FTJA 3GXAA 4RJZA 1WVJA 5ITPA 3FJGA 5IAIA 3CI8A 4AB5A 3VXBA 3B6WA 4R74A 2V3TA 3UK4A 3U94A 4I8CA 3TTLA 3G3JA 3IOTA 5ELVA 4RNSA 2O6AA 1UTHA 3PPQA 2FNCA 3PMVA 3THIA 3DP8A 5I2KA 2UVJA 3MWBA 3FGSA 1A8EA 4X1DA 1AH5A 1NNTA 3VV5A 1NH8A 4YB5A 2F7AA 1IZ1A 4QFOA 2XHDA 3CHGA 2ANJA 3MUQA 3W9VA 3UGWA 2ONRA 4LVQA 1SQYA 1I69A 2HEUA 1JQFA 1OVTA 4KFQA 1CB6A 1JVYA 4NWDA 4WXJA 4EDPA 1SW5A 4U23A 2QS3A 2Q88A 1EZPA 3EQ1A 3N5LA 1I6QA 1Y3NA 4LATA 3MJNA 4G8NA 1FQFA 1GR2A 4OMBA 3E3KA 1OVBA 1NNFA 3KZGA 4YKIA 2VD2A 3LSWA 4BDQA 3A3CA 5CMKA 4ONYA 4DZ1A 3HPIA 4F18A 4KPTA 4OFJA 2QMXA 4TLMB 5L9SA 2X7QA 3KOSA 2F34A 2H25A 1MDP1 4N13A 1LB9A 4KD5A 3DRFA 3IOVA 3UA8A 2UYEA 4FIMA 3F11A 1II5A 2I0BA 4POWA 2ZYOA 2Z23A 1H45A 1JW4A 2DVCA 2QPQA 2F6GA 3FJMA 3LC8A 3U72A 3GZGA 2DE4A 3TYHA 5CMBA 3PD8A 4ZEKA 2O7UA 3QK6A 3B6TA 3DRJA 4NF6A 3MC2A 1URSA 2F8DA 2W7YA 2OWTA 3O6PA 2I6EA 4R2BA 3HHFA 1P1UA 3OO6A 5LOMA 2RC9A 2UVGA 4NE4A 2DXRA 3QYTA 1OIBA 1BKAA 3QSLA 2H98A 2XXXA 3TELA 3O2AA 3TMGA 1N7XA 1MY3A 1PB8A 2ONKE 1MXYA 1FQAA 2OJTA 5L8DA 5TU0A 4PFTA 3ZSFA 3TCGA 3RYBA 3DP6A 5JEIA 4QFNA 2HAVA 1B52A 1Y9UA 4OQOA 4U21A 4PETA 1IUDA 4LONB 1FTKA 3LVUA 2Y7RA 1B2HA 3UP9A 4F2OA 4AB6A 4GFRA 1PC3A 3KN7A 2QS1A 5TP9B 1SYHA 4GL0A 4KQPA 5CMMA 3FV1A 4IO3A 3H06B 3H6VA 2X26A 4ZZEA 4EF2A 2AYSA 2F7BA 4GLIA 2G93A 4EQ9A 4NF8A 5M2VA 4YB7A 3RQTA 3TCFA 3OOAA 1LBBA 2ONSA 1YTVA 4ZDMA 3O6IA 1B05A 3E4RA 2YLNA 2PX1A 3SEYA 4HW8A 1XHYA 5B70A 1O64A 3CFZA 4FATA 2Z22A 5I59A 2A5TA 2IEEA 1OLCA 3TAJA 3DLNA 4QRZA 5HPQA 1ZBMA 1MXZA 2I49A 1N76A 4XXUA 5IKBA 4OFOA 3TFLA 4JBZA 4KCDA 3TTRA 1KWHA 1FW0A 3FV2A 5L9MA 1IEJA 2CMOA 3L6GA 3JZJA 1MPCA 4FE8A 3FVNA 4F3GA 4PE5B 5KDTB 5I58A 1MH4A 3IO4A 5AA2A 3DRKA 3KG2A 3IB2A 4EQBA 2O69A 3OMBA 4ZECA 5FTHA 1FQDA 1N84A 1GV8A 3G3FA 4MF3A 1M5BA 5I2NB 2DS9A 3MZBA 3T9VA 4UACA 3MVZA 5CBRA 3SEXA 1A8FA 4FEDA 3KN3A 1B7HA 3KBRA 2QJEA 3GBBA 4O3AA 4IB2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D9QA 3R7XA 3EHTA 3PTYA 1MQJA 4HS7A 4N6PA 3I5OA 3U8QA 4NEDA 1TFAA 2HFBA 4LA9A 5H8NA 4F3SA 4PAIA 2XX7A 1Q9DA 1M5FA 3PD9A 4N4UA 3PMWA 3MP6A 4E0WA 3PUXE 4THIA 3OELA 1NMUA 4PFUA 3K6VA 2DWJA 4KYSA 2XXIA 2B4MA 1PBQA 1POY1 1M5EA 3M3FA 5I3SA 3U1OA 5DT6A 3TQLA 2THIA 3R26A 4EUOA 3PUVE 2NXOA 2P2AA 2V25A 3MBPA 3ILTB 4NF0A 1FQBA 1UTBA 4R72A 1B46A 3Q29A 1B0LA 3CG3A 3PMXA 4U1OA 4X9TA 3T22A 4ISUA 2VGQA 1MRPA 4YU0A 3OO7A 2DWHA 2DP8A 2DDKA 1UQWA 3H6UA 1O7TA 3C4MA 2OLBA 1UTHB 3IK6B 3O97A 3S9MC 3K00A 4G68A 1AMFA 5EHSA 4ZEBA 1B4ZA 1KZ8A 4EF1A 1LBZA 4PBQA 3N94A 1LBXA 4HCWA 2QFLA 3K6UA 2HQ0A 1IXCA 4NF5A 4P8BA 1QUIA 3C34A 4GD5A 2CZKA 3VDFA 3K02A 1SD3A 4BDNA 1LCTA 4OEVA 1QUJA 3AXFA 3ZKLA 3VFJA 1EZOA 3VLVA 2D5WA 4ZEIA 3RY3A 1US4A 1BP5A 3T9UA 3W15C 1RDZA 1FPGA 1NNKA 1KA1A 2B3FA 3MPLA 2P1SA 1LBWA 1QKBA 2O51A 4Q5TA 1SBPA 1UIUA 2HXWA 3TPAA 4IO5A 3PPNA 4I1DA 1B5JA 4DLDA 4P0GA 2GHBA 4GWOA 4F22A 1B9JA 3ODBA 2Y7KA 4JSOA 1YAEA 3M3LA 2CZIA 4NWCA 1FTOA 3QUFA 1AWBA 1JEUA 3GBAA 1LLSA 4BDOA 4R2FA 5EQ8A 3BIHA 4KHZE 2GFEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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