3MVWA

X-ray structure of a "nika+iron complex" hybrid, nika/1
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 160
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvwA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvwA01
2ZYMA 3K2DA 3B6WA 1XC1A 2B3BA 1WVJA 4Z0IA 4GXAA 1AMFA 4X1BA 5I2KA 5L8DA 3I6VA 2Y7WA 1LAFE 1QUKA 4BDMA 1B0HA 4F3SA 3VVFA 2HQ0A 4YMAA 1IEJA 4R6HA 4BDOA 3MZBA 2CMOA 2ZYOA 1RYOA 4I8CA 1Q1KA 4DXBA 2XXUA 4ISUA 4DZ1A 1ZIUA 2D5WA 2H99A 5K2XA 2XX8A 2HZKA 3GBAA 3ZKKA 1PEBA 1H44A 3CHGA 1A55A 3FTOA 5AE4A 3EQ1A 1LCTA 4GRKA 3C9HA 1JEUA 3V8XB 1VR5A 4HW8A 1I6BA 1DTZA 1SW1A 1B7ZA 3HHFA 2V3QA 1UTHB 1NNFA 5CMMA 3IOWA 4WXJA 2ANJA 1Y20A 3FV1A 2Q88A 1MQIA 3SEUA 4IO4A 4EDPA 4WKMA 5AA1A 3PUZE 3TAJA 2QS1A 3T22A 4XKRA 5H8HA 2RCAA 1NNTA 4QHQA 3C33A 3G3JA 1YPNA 4H8JA 2UVHA 1ZKBA 3JV9A 2I6EA 3OO9A 5FHNA 1QUJA 2Y7KA 4PE5B 3U92A 1UTBB 1OQGA 2O1MA 5TP9B 4GF8A 1MY4A 1MY1A 3E4RA 2I58A 3IJOB 1FQCA 5L9OA 3K4UA 2VD3A 2ONRA 5CC2A 1B4HA 1CB6A 1QULA 2OCUA 3ODBA 1B1HA 3MZ1A 1MDP1 2HAVA 2RC7A 5H8FA 1SD3A 2OJTA 4GOTA 2VP1A 2WOKA 1ZLQA 3PMVA 4QFPA 3FXQA 3FXUA 3RTFB 4F39A 1WDNA 4MLVA 1B0LA 2Z8EA 2AL5A 3IL1B 3MW0A 3SDFA 3QAXA 1H45A 4ECFA 1JW1A 3C36A 1FQBA 3CRBA 4OESA 2F35A 2Y7IA 1BP5A 1LFGA 4GQOA 1MG1A 2QS4A 3PUXE 3MWBA 2V84A 4P11A 1N84A 3TELA 5KDTA 4G68B 2H98A 4G8HA 5FHOA 4YZZA 1YTVA 4R2BA 3O97A 3K02A 4DXUA 4ZEIA 1TFAA 3PD8A 1B58A 4NF8B 3OO6A 4HCYA 3H6WA 3RTWB 2NXOA 3GZGA 4ESXA 3PPPA 3FD3A 3UORA 2XD3A 3DRKA 1LLSA 2DOJA 1J1NA 1AIVA 1H43A 2UVJA 2R9JA 1MY0A 3H03A 1OMPA 3H4ZA 3T9UA 1O64A 3VLUA 5CBSA 3O66A 1N7XA 2DWIA 3SKPA 3RY3A 3M3FA 1L5TA 3T9HB 2GRVA 3KZGA 1VFEA 1Y1MA 2A5TA 2M8CA 1TFDA 3IB1A 5AA3A 5K2YA 5CM6A 3LC8A 1NNKA 5IAIA 4YMBA 3R6UA 3WAFA 3SEVA 1PB8A 4UACA 4EUOA 1Y4TA 2O7IA 2F6PA 3PPQA 3KEIA 2F97A 1OLCA 3KN8A 5IKBA 4FIMA 2B3FA 3FV2A 3DP4A 5HM4B 1B3LA 3OSQA 1B3EA 1MXVA 3CSBA 3IB2A 3JYRA 4FATA 4OWDA 3T93B 1DOTA 5AA4B 4XIGQ 1N0TA 5BUUA 1A8EA 5CI5A 2ESNA 5EYFA 3MP1A 3ZKLA 4N6PA 2REGA 1BIYA 2HFBA 2H5YA 5H8QB 1T0KA 2UYEA 4QFOA 1ZMGA 5H8NB 3W15C 4NMYA 3FVOA 1FTLA 1P1NA 5JTYB 1FQEA 3KG2A 1TT1A 1FQFA 4KPTA 1MPDA 1BLFA 2XD2A 4EQ9A 2IEEA 4DCYA 2UYFA 4R6KA 3EHSA 1JVYA 3CFZA 4OTEA 4U4SA 4OZ9A 3VV5A 4JXIA 1ANFA 2X7PA 3TDJA 4EXKA 4IO7A 4ZE8A 4AB6A 1LFHA 1DSNA 5JTYA 1SDXA 2FYIA 5BWJA 4IO2A 2ZMBA 1HSEA 4Q5TA 5I2NB 1OLAA 4Z7EA 3OEKA 1N3XA 4XXUA 3PPNA 1ZBMA 1N3WA 4HTGA 1ZJLA 2O1LA 4QFLA 4NWDA 5AA2B 5I57A 3T9VA 3AXFA 4ZEBA 1PDAA 1S7YA 2O6AA 3MAMA 4IO5A 2WKYA 2Z8DA 4YKKA 3S9LC 2DS9A 4AQ4A 1ZTYA 4MH5A 4E0XA 2Q2AA 2HZLA 4C0RA 3MPLA 2F5XA 2HCAA 5DVFA 3K1NA 1LCFA 4ELQA 4F3PA 2R71A 1SI0A 4R9GA 1RYXA 4G4PA 4O3CA 4U1OA 3PUYE 3WAEA 1UIVA 3PUVE 4LZ5A 4OQOA 4Q8RA 3RGYA 5I56A 3KJTA 4QSEA 1LFIA 1D9YA 1M5DA 4H65A 4XKPA 4AB5A 3HSTA 4I62A 3D4CA 1XHYA 4C1TA 1A54A 3FXRA 3PMWA 2DP8A 3U8QA 4EXLA 4LA9A 1HSLA 4KYEA 4H1XA 2D3IA 5HPQA 4ESWA 1IUDA 4O3BA 3O2AA 4OEUA 4RK2A 2QRYA 3G3GA 4QF9A 3DRIA 2NVUB 1F9BA 4OFOA 1QKAA 1NH7A 2F78A 3HCQA 4DE8A 3PPOA 2H25A 3TZAA 3PD9A 3LSFB 1US5A 5DEXA 1MPBA 2Y7PA 5LOMA 1URSA 4LATA 4F2OA 2B4LA 3IO4A 3O6IA 4NF5A 1FCKA 3K0VA 4U4XA 3UK4A 2Q89A 3H6VA 1JNFA 4OVJA 4EQBA 1R6ZA 2VGQA 2XX9A 5AA2D 1NL5A 1SW5A 3O28A 3N6TA 4LZ7A 1MXUA 1B2HA 4YB5A 3LUYA 1MRPA 2GH9A 4FAJA 4K3FA 4KYSA 4FORA 3KSXA 4XKNA 5DT6A 3UIFA 1LGBC 3TPAA 5CMCA 1EZOA 2Q9TA 1R9LA 2DVZA 5TPAB 4H8IA 4POXA 4U22A 2ZYKA 3RNNA 4R73A 4LQ5A 2QSXA 4RYAA 2WOPA 5CRYA 3O6PA 3MZ9A 4ELRA 3ZSFA 2OK2A 4G77A 1WODA 5DVJA 2QJEA 3GXAA 1A40A 1EZPA 3VXBA 3E3KA 2DYXA 3R7XA 4YU0A 2DSFA 1XS5A 1O63A 4F22A 2B4MA 4H0WA 2V3TA 4X1DA 1B7HA 5ITPA 1TXFA 1UTHA 3ZS6A 4IO6A 1MM7A 1FTMA 1POTA 3TEPA 4IB2A 3CFLA 4LONB 1OIBA 4RK9A 3M3KA 3K01A 3QXMA 4JBZA 1B5IA 3TKDA 2H9BA 4H67A 4HS7A 4F3BA 4DCXA 3TTMA 1AH5A 2HEUA 2I3VA 1O7TA 2WOLA 3VFJA 4YKJA 4F19A 1H76A 1BTJA 1URGA 4C1UA 3PGFA 3Q26A 1UTBA 3FVNA 1SW2A 1MDQA 1Y4CA 5TP9A 3VE1B 2Y84A 4JSDA 3Q28A 2DXRA 1AOVA 1MQJA 4U2RA 5CMBA 1EZ9A 3RQTA 2DWAA 4JWYA 4TQUQ 5I59B 3MPKA 4YKIA 2E1SA 3U93A 1B6HA 5FHMA 2XXWA 4F18A 5I58B 1IITA 1KWHA 2V93A 1B4ZA 1HSJA 2DE2A 1SYHA 3VDFA 4IGRA 3TFLA 2P0SA 4GWOA 3OEMA 2RC9A 4UA8A 3TMGA 1Y3QA 4WEDA 2VOZA 3T9XB 3KN3A 2O51A 4N07A 4RJZA 2DWJA 3TODA 2VD2A 3RN8A 4Q30B 3TQLA 4FJPA 2REJA 3OXNA 4F2QA 5B70A 1ZU0A 1P99A 3ILTB 1DTGA 3FVKA 2Z22A 3B7DA 1M5EA 2YPNA 5ISUA 4KQPA 4TLLB 4R72A 5JEIA 4F31B 3OELA 1LB8A 4Q0CA 3GLBA 3O6HA 3B6TA 4G68A 3FVGA 5L9MA 2A5SA 3IOTA 2O84X 3RT8A 3KOTA 1EU8A 3S9EA 1I69A 2PYYA 4NF8A 1VE4A 3IJXB 3L6HA 4OEVA 4TOZA 4F1UA 4HCWA 5ITOA 1SBPA 2BJJX 3FZVA 3OOAA 3M8UA 1S50A 3QUFA 3KN7A 3QSLA 4ZDMA 4ZZEA 2Q2CA 1B5JA 3SEYA 3VLVA 4R74A 4XTCQ 3V83A 3ONMA 4LP2B 3PUWE 4YB7A 3LBSA 3T66A 3H06B 2F8DA 4BDLA 3JZJA 3H6UA 2RINA 2Z8FA 3QK6A 1QUIA 1MXWA 3K6WA 1SYIA 4BDNA 3MBPA 4THIA 4BDQA 4U1ZA 2P2AA 3FIRA 2Z23A 3FJ7A 3N5LA 4QSCA 4ND9A 2XXQA 3RLFE 1Y3PA 3B6QA 3IORA 3TQWA 3DRJA 2XXHA 4OFJA 1LBBA 1UQWA 3MVXA 5AA4A 5ELVA 3K1MA 4NWCA 2XXTA 3Q29A 3T96B 2V25A 2X7QA 5H8QA 4GL0A 1MQGA 5DYHA 5H8NA 3HO7A 3S2VA 1PC3A 4OXVA 2I4CA 4YB6A 4OHNA 3K1PA 3DLNA 3MQ9A 2XXVA 4KD5A 3KJ7A 3BKIB 2H4IA 2G93A 5KCJB 1Z7NE 3EF7A 1BKAA 3HPIA 1FQAA 3GBBA 1H3DA 2XXYA 2DE3A 1USYE 1Z7ME 4NTLA 4P0IA 1B9JA 4ELOA 2I0BA 2THIA 3KGCA 3TCFA 1Y3NA 2DXYA 1IQ7A 4IO3A 1D4NA 3EPEA 3BFUA 1M5BA 3U94A 1P1QA 1I6QA 3G7WA 2F36A 3RT6B 5I2NA 2G29A 4GL8A 3DP8A 4GLIA 2F7AA 2KLFA 3Q25A 2UVGA 3K6XA 3MP6A 5AA2A 4P0GA 4R75A 4NF4B 4JSOA 3TCGA 1NFTA 3KSJA 1SQYA 3TCHA 2PBWA 1PBPA 1EH3A 2ALUA 2QS2A 4JWXA 3KOSA 4ZE9A 2AL4A 3IB0A 3OO7A 4YICA 3OMBA 4ZECA 1POY1 4L17A 2YJPA 1D9VA 1FQDA 3U72A 4RXLA 5I2KB 3RYBA 3K6VA 4G2ZA 3G3HA 3PU5A 4GFRA 4ZS9A 2PVUA 1IZ1A 4U23A 2UVIA 3O9PA 2B65A 4U21A 3N6UA 4ELPA 5HBCA 1GR2A 3SEWA 4RNSA 3K6UA 3TUSA 3DRGA 5DVIA 1M5FA 4RPNA 1LAGE 4DLDA 3VVEA 5B7DA 1PBQA 1XOCA 1R9QA 3DM0A 3I3VA 2QL3A 2IA4A 2XXXA 3TTRA 4FE8A 1S9TA 3EN3A 2ZNSA 3IAZA 1FTOA 4F3GA 1XVYA 2ABHA 3IK6B 2NOOA 1DMBA 3DRFA 1IXIA 2I3WA 1LSTA 5EHSA 4OERA 1MY2A 3DP6A 3C32A 4X9TA 3H6TA 1B3FA 2GFEA 1MXZA 3IR1A 4PFWA 3TTLA 3HHGA 5H8HB 2I49A 4EQ7A 1URDA 2OZZA 4JB7A 4XKQA 2W7YA 4JDFA 4KI0E 1A7LA 3EHUA 1P1UA 2GHBA 5F7VA 4X48A 4ZZAA 5ICTA 3U1OA 3S9NC 4R9FA 3C4MA 2I0CA 1IXGA 2DQVA 3VVDA 5A5XB 2V3UA 4KCCA 2RC8A 3IOVA 1RKMA 1B5HA 1B51A 2DE4A 2OWTA 3K00A 1PB9A 3SETA 3SEXA 5H8FB 3MUQA 5TPAA 4PQJA 2ZYNA 1YCJA 4KHZE 3IX1A 2Q8JA 2AIXA 3S9MC 3SESA 1QVSA 1AL3A 2CZLA 3RUMA 3QYTA 4JWOA 3KFMA 4QFNA 2O69A 4PP0A 1YAEA 3OENA 5A5XA 3DRHA 3DELB 4I1DA 3H3GA 1P1WA 4ONYA 3VXCA 3FJMA 4EF1A 1MH4A 3UA8A 3PAMA 4GXSB 3LVUA 1MY3A 3FASA 1IXCA 4G8NA 4OFLA 4RY1A 2O7UA 2F7BA 5M2VA 4KYDA 1B40A 3CFXA 5KDTB 2ONSA 2XXPA 4F1VA 4LUBA 1NH8A 4OETA 3V89B 4PETA 3UGWA 2PMSA 3LSXA 1B32A 3MVYA 1VFDA 2OWSA 2UXAA 3TTKA 4F29A 4DDDA 1USYH 1MH3A 4FEBA 4YKPA 4I9DA 1DPPA 2HXWA 2XHDA 1GV8A 3L6GA 3PV0E 1B52A 1LAXA 2ONKE 5I59A 1LBCA 1NNPA 1R1NA 1FTJA 3S4UA 1OQHA 1JEVA 3CG3A 5EHMA 2HAUA 4G8MA 3HV1A 2A5TB 5I58A 2NWJA 1GGGA 2QS3A 3BBRA 3CR9A 1TWYA 4IGTA 4NF6B 4FEDA 3FJGA 4GIZA 1SW4A 3M3LA 3C35A 4WEPA 1JVXA 4RA1A 1IIWA 1P1OA 2QMXA 3OD7A 1Y9UA 2I48A 1I6AA 2PT2A 3ILUB 3QUJA 2AYSA 1N04A 3I5OA 3N94A 1ELJA 3H7MA 4O3AA 1JW4A 4NF6A 3CSGA 2E0SA 3G3IA 2ZNTA 1B3HA 2DWHA 2X26A 3IO6A 4BLAA 4POWA 2F34A 1QW0A 3Q27A 3FGSA 4LQ2A 4OYVA 3CI8A 1N76A 2FA7A 3PPRA 2NUVA 1DPEA 3W9WA 1XT8A 4BDRA 1MQDA 2PT1A 4PFYA 3CIJA 1N7WA 4PFTA 3PMXA 3C34A 3O6GA 4MLQA 4F1YA 5L9SA 1US4A 4IY5A 3RPWA 4QFKA 3QIMA 1GTKA 2QPQA 4GD5A 3O29A 3TTNA 4DIGA 1LB9A 4M4GA 5FTHA 3G3FA 4RPOA 3A09A 1M5CA 4PFUA 2R6GE 3THIA 2RKMA 2F7CA 1VSOA 2ZNUA 1A99A 5J1DA 1UIUA 5TU0A 3MC2A 4NEDA 4R2FA 1QJMA 1IXHA 1QKBA 4OENA 3MJNA 4KCDA 3A3CA 4QSDA 2P1SA 4NE4A 3TYHA 2F6GA 1Y1ZA 5I57B 3C31A 1ATGA 2VHAA 4E0WA 1OVBA 3OO8A 2QMWA 3W9VA 2DVCA 3LR1A 3A3UA 1SVXB 1MPCA 3FATA 2D21A 2RF1A 2YLNA 4ZEDA 5CMKA 2I4BA 2LAOA 3HN0A 4H6DA 4EF2A 4R6YA 1LAHE 4ZEFA 3MVZA 3MP8A 3KBRA 1JETA 3BFTA 1MXYA 2GHAA 4ZEKA 1PB7A 2XXIA 3MVWA 1MXXA 1FTKA 1NKXA 1B1XA 5DTBA 3USDA 1NMUA 4H5FA 5I56B 3VLWA 5KCJA 1XVXA 1II5A 3EHTA 2FNCA 4DXCA 4IY6A 3CVGA 1B7UA 3FUZA 2RCBA 4KR5A 2OBGA 1MQHA 1D3KA 4MFIA 3CG1A 4GVOA 2PX1A 1JW5A 3R26A 4G68C 3ECRA 3IOUA 2XXRA 4QRZA 2O68A 4H5GA 4OMBA 3UP9A 3F11A 3E9XA 5H8SA 3SERA 3D4GA 4M1VA 5ICQA 1A8FA 1FW0A 1SI1A 3E13X 3RYAA 1MM6A 4TLMB 4KFQA 1GVCA 3LSWA 5FTIA 2ZXTA 4N13A 4LZ8A 4FECA 3N26A 3LSLA 2Y7RA 4YAHX 4MBPA 2XX7A 5DEXB 1JQFA 4NF4A 4MF3A 3G3KA 2OLBA 1Q35A 1B3GA 3OSRA 5I84A 3P7IA 1MS7A 4NF5B 1B46A 1CE2A 3V5AA 5F1QA 1OVTA 5CBRA 5KZTA 5JK4A 4LVQA 1B05A 3UN6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZYMA 3K2DA 3B6WA 1XC1A 2B3BA 1WVJA 4Z0IA 4GXAA 1AMFA 4X1BA 5I2KA 1Q9DA 5L8DA 3I6VA 2Q8MA 2Y7WA 1LAFE 3D1RA 1QUKA 3KC0A 2XXKA 3GYYA 4BDMA 1B0HA 2WYPA 4F3SA 3VVFA 2HQ0A 4YMAA 1IEJA 4R6HA 4BDOA 3MZBA 2CMOA 2ZYOA 1RYOA 4I8CA 1Q1KA 4DXBA 2XXUA 1YYZA 4ISUA 2V4CA 4DZ1A 1ZIUA 2D5WA 2H99A 4HE0A 5K2XA 2XX8A 2HZKA 3GBAA 3ZKKA 4MX6A 1PEBA 1H44A 2FHYA 4O8MA 3CHGA 1AWBA 4OVTA 1A55A 3FTOA 5EYGA 5AE4A 3EQ1A 2WBBA 1LCTA 4GRKA 3C9HA 1JEUA 4N6DA 3V8XB 4I3EA 1VR5A 1CNQA 4HW8A 1I6BA 1DTZA 1SW1A 1B7ZA 3HHFA 2V3QA 1UTHB 1NNFA 5CMMA 3IOWA 4WXJA 2ANJA 1Y20A 3FV1A 1JP4A 2Q88A 1MQIA 5EQ8A 5ET5A 3SEUA 4IO4A 4EDPA 4WKMA 5AA1A 1FPDA 3PUZE 3TAJA 2QS1A 3T22A 4XKRA 5H8HA 1EYIA 2RCAA 1NNTA 4QHQA 4PGNA 3C33A 3G3JA 4I40A 1YPNA 4H8JA 4NHBA 1LBXA 2UVHA 1ZKBA 3JV9A 2I6EA 3OO9A 4PAIA 5FHNA 1QUJA 2Y7KA 4PE5B 3U92A 1UTBB 4PAFA 1OQGA 2O1MA 5TP9B 4GF8A 1MY4A 1MY1A 3E4RA 2I58A 3IJOB 1FQCA 5L9OA 3K4UA 2VD3A 2ONRA 5CC2A 1B4HA 1CB6A 1QULA 2XWOA 2OCUA 3ODBA 4P47A 1B1HA 3MZ1A 1MDP1 2HAVA 2RC7A 2KQZA 5H8FA 1SD3A 2OJTA 3EKIA 4GOTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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