3MVXA

X-ray structure of the reduced nika/1 hybrid, nika/1-red
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 161
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvxA01
1GTKA 2Q2AA 3MAMA 3PMXA 3RUMA 2B3BA 4DXBA 4DLDA 1URGA 3RTFB 3FXQA 3C36A 1B4ZA 2NVUB 1FQEA 4FJPA 3S9EA 4R72A 3T9HB 1N04A 2DVCA 3VLUA 4MH5A 2Z8EA 1PEBA 4E0XA 3MZ9A 3M3FA 4LP2B 5K2XA 1Q35A 4MBPA 1ELJA 2FYIA 1PB9A 1JVYA 4THIA 3O97A 3IK6B 3MZ1A 3RT6B 3PPRA 4JWYA 2XXRA 5DT6A 1HSJA 3DP4A 4GFRA 1GR2A 2F7CA 4OXVA 5KCJA 3U1OA 2D3IA 3FASA 2QS4A 3IORA 4WEPA 1PBPA 4M1VA 2H25A 4OZ9A 3N26A 4QSCA 1FTMA 3CR9A 2E1SA 5KCJB 4YKKA 1TT1A 3K2DA 4EXLA 1XVXA 2XX8A 4K3FA 3OO7A 1MXZA 3SEYA 3MVWA 5HPQA 3SDFA 5L9OA 2H98A 4FAJA 3K1MA 1LLSA 3DM0A 1LAFE 4G8NA 3OSRA 3SETA 1FTOA 4F3BA 1DSNA 3A3UA 2O51A 1GVCA 1J1NA 4XTCQ 1SYIA 5FHOA 4PQJA 4N13A 1XHYA 2ANJA 3OD7A 4KQPA 4EF2A 3K02A 2I4CA 3C32A 4PE5B 3G3IA 1GGGA 3TTKA 1A8EA 4RK9A 4ZE8A 3FV2A 1UTBA 2Y7WA 2ZNSA 3RLFE 3O2AA 3R6UA 1MS7A 1RKMA 3RYBA 1DTGA 3CG1A 3GBAA 5KDTA 4EXKA 1O7TA 1XVYA 1B5HA 3PUYE 1US5A 1LBBA 1UTBB 2Z8DA 3VVDA 1B7UA 4BDRA 3FVGA 4MFIA 1B46A 4HS7A 1B0LA 3S9NC 3A09A 1OVBA 5I59A 5KDTB 2XD2A 3ZS6A 3K6XA 4TQUQ 4H5GA 1LB8A 2H99A 2DWJA 4LVQA 4EF1A 2WOPA 3KGCA 4OQOA 4E0WA 3Q25A 4TLLB 5I59B 4HW8A 3UGWA 4Q5TA 4OVJA 4YU0A 4ISUA 5I2KB 3VE1B 1IITA 2B4MA 3UK4A 4OFJA 3T9XB 3EQ1A 1SI1A 3MWBA 1EZ9A 3DRFA 3VLWA 3S2VA 2ALUA 3A3CA 2V25A 1MQJA 4ZECA 3KFMA 3GBBA 3FUZA 2CMOA 1B32A 5F7VA 3U92A 3S9LC 4N6PA 2WOLA 4FORA 3OO6A 3SKPA 3IR1A 2O7IA 4TLMB 3H6UA 1FQAA 1SW2A 4KCCA 1D9YA 1A8FA 1DOTA 2XXWA 1UIUA 4MLVA 5B70A 4QSEA 2ESNA 3CFLA 1IUDA 1FQFA 3FIRA 2PX1A 2ZYOA 5AA2A 2QJEA 1WDNA 4BDNA 3TCGA 3KZGA 1R6ZA 4H0WA 2UVHA 3UP9A 4NWDA 1VR5A 4X1DA 2KLFA 4IO7A 3RQTA 3O9PA 2XXIA 3Q28A 2RKMA 4RNSA 5AA2B 3PMWA 1MXXA 2HZKA 3U72A 5M2VA 1EZPA 4AB6A 4OYVA 4YB6A 2VD3A 2PT1A 2F78A 2V3UA 2DOJA 3RT8A 5KZTA 3ZKLA 1MQHA 1P1WA 1Y9UA 2OJTA 3KBRA 1GV8A 3IO6A 2PBWA 1XOCA 5L9MA 3O6IA 4XKRA 1NMUA 4F3SA 4WEDA 1MY3A 1D4NA 2VP1A 1ZKBA 4ZEIA 3TELA 1H44A 1OIBA 3LSWA 3CRBA 4JSOA 1Q1KA 2XXYA 4YKIA 3FJGA 3KOTA 3RNNA 4Q8RA 1S7YA 3OEMA 4KYSA 5I2NA 2NUVA 1CE2A 3W15C 1IXIA 3G3HA 3D4GA 4G2ZA 4XKNA 1AH5A 2RC7A 5I58A 3K4UA 1FQCA 2THIA 1B3HA 4LQ5A 4GQOA 5I2NB 4R6YA 4DXUA 4KHZE 4NEDA 1OVTA 3VLVA 3CSGA 3F11A 4XIGQ 1XC1A 2I49A 2X7PA 3E4RA 4PFWA 4O3CA 1P1UA 4R75A 4H8IA 5B7DA 3MZBA 5DYHA 4FEDA 5AA4A 4OETA 3S4UA 4I8CA 3QAXA 4OESA 1ATGA 3OSQA 4RK2A 4ZEBA 2UYEA 2I6EA 1VE4A 3G3GA 4PP0A 5AA4B 1ZTYA 1Y3NA 1JW5A 4JBZA 1MRPA 1BTJA 5CC2A 3C9HA 3PUZE 1IEJA 4JDFA 1M5BA 4ELOA 1PB8A 2R6GE 2GFEA 1JETA 3IOVA 4YZZA 5A5XA 2G29A 1SW5A 2D5WA 1I6QA 2DXRA 4LQ2A 2I3VA 4DCYA 3RYAA 4ZZEA 4WXJA 3O66A 1BKAA 4G77A 5IAIA 3LVUA 4QFNA 1M5FA 4H67A 5A5XB 1ANFA 1H43A 4YB7A 2F7BA 3QK6A 1UTHA 4IO6A 2H4IA 4R2FA 2VHAA 3CIJA 3PD8A 1F9BA 4H5FA 3QSLA 4NF4A 1B5JA 1POY1 1QW0A 4QF9A 2Z8FA 1P1NA 2F6GA 2NXOA 2FA7A 3E13X 1UTHB 3UA8A 5DVIA 5FTIA 4Z7EA 3PUVE 4NTLA 1B9JA 1I6AA 4WKMA 4F1VA 3Q29A 4NF4B 2H9BA 3HHGA 1Y3PA 3CI8A 1POTA 3RPWA 5EHMA 4X48A 4EUOA 4X1BA 1MH3A 3VFJA 4P11A 4OWDA 3I5OA 4ELQA 3T9UA 2DE2A 2F34A 3OELA 4G4PA 3K1PA 1JQFA 4YAHX 3DLNA 2GHBA 5DVFA 1UQWA 3BFUA 4KPTA 1B58A 3TTRA 3R26A 1A55A 1USYH 3V5AA 4IY5A 4IO4A 2HEUA 3OO9A 2NOOA 1OMPA 1QUIA 5HM4B 4KYDA 4H1XA 3USDA 3V83A 1PBQA 2HCAA 2V3TA 3TMGA 2QL3A 2Q8JA 3IL1B 1B7HA 3LSLA 2HQ0A 3FD3A 3LSXA 1FTJA 3MC2A 2AIXA 5DVJA 2DVZA 3PU5A 3KJTA 3IAZA 3TCFA 2V93A 3IJXB 1FQDA 4KCDA 4ZEDA 1JEVA 5ICQA 4H8JA 2O84X 2ONRA 4F31B 2XXHA 2XX7A 4NF8A 1MY0A 5I56A 1B3EA 3FTOA 4U1OA 3TTNA 2O7UA 4NWCA 3SEXA 1SDXA 1H3DA 3QXMA 1P99A 3ZKKA 3BKIB 4U4SA 5J1DA 2XX9A 3B7DA 2GRVA 1VSOA 1RYXA 1M5EA 4RYAA 1WODA 1EH3A 4BDOA 1AOVA 3I6VA 3TPAA 3OEKA 2VOZA 5TPAA 1YTVA 4GD5A 3T9VA 4ESWA 2RC9A 2OLBA 1B05A 1MQDA 1QULA 4UACA 4MLQA 3K6VA 2P2AA 4QFOA 2F35A 2ZMBA 4OEVA 1P1OA 5TPAB 4P0IA 3VXBA 2BJJX 4QHQA 3UIFA 4F29A 3TZAA 3MP1A 1NH7A 4U2RA 1A99A 3PAMA 4FIMA 1MH4A 5H8FA 3MVZA 1NNPA 3QUFA 4C1TA 4RPOA 1BIYA 4GLIA 5H8NA 3W9VA 1N84A 2ZXTA 3N94A 1QKBA 3HN0A 5H8FB 1B40A 1ZMGA 2GH9A 2OWSA 1EU8A 4FATA 4IO2A 4EDPA 4DE8A 3DELB 1IXGA 4KYEA 4R74A 1LAXA 5I84A 3KN8A 3B6QA 3TKDA 1I6BA 4G8MA 3O6GA 1SYHA 3MJNA 1O63A 3EF7A 3MVYA 1URDA 1T0KA 3OXNA 2LAOA 1B52A 2OCUA 5F1QA 3SERA 3C35A 4F2QA 2XXPA 4NF6A 3G3FA 4O3BA 3UORA 4H6DA 4LZ7A 4EQBA 4OERA 4IGTA 4NF5A 1P1QA 5CI5A 3FXRA 3JZJA 3HPIA 1B4HA 1BLFA 4KI0E 1IQ7A 3UN6A 1B1XA 4NF6B 1B0HA 4C0RA 3VVEA 1MXWA 3L6GA 1Y4TA 2F97A 3PPOA 4H65A 4NF5B 1IIWA 4OENA 1FTLA 3PPQA 1ZJLA 2O6AA 1PB7A 2QMXA 3O6HA 1TXFA 3TEPA 3FXUA 4I62A 1SI0A 5TU0A 4YKJA 5AA3A 3VDFA 2UVJA 2XHDA 1VFEA 1QVSA 1NFTA 3M8UA 2DQVA 3VXCA 3DRJA 3TQLA 3CG3A 1MY2A 3ZSFA 1MXVA 4U4XA 1MPDA 4GIZA 1JEUA 3WAFA 4TOZA 1SW4A 1A40A 5FHMA 3SEUA 1ZIUA 4ZE9A 2OBGA 2DWHA 2X7QA 2AYSA 3K01A 3GZGA 4F1UA 3JV9A 5CBSA 3FV1A 4PFYA 2HXWA 4IO5A 2R71A 3KJ7A 1OLAA 2B65A 3PUWE 3OENA 1FTKA 4ZEKA 3EN3A 2F5XA 2DSFA 3TTMA 1LAHE 1B3FA 3GLBA 3MVXA 5JK4A 4QFKA 2Z23A 5I58B 2RCBA 4U1ZA 3DP8A 1LAGE 2R9JA 4KR5A 1Y20A 3CHGA 3THIA 4BLAA 1TFDA 3V8XB 4QSDA 4UA8A 3ILUB 2Y84A 5FHNA 3PGFA 4ECFA 4PFUA 3CVGA 2REJA 2I48A 2YJPA 1QJMA 2E0SA 1N76A 3DRGA 4JXIA 4OMBA 1Y1ZA 4EQ7A 1MG1A 1HSEA 3SEVA 1MQIA 3EPEA 2UVIA 2RINA 5CMKA 2Q2CA 3RY3A 3CFXA 1LB9A 1OLCA 4NE4A 2G93A 5JEIA 5CMMA 2IEEA 1Y1MA 3DRIA 2F6PA 4R9GA 5CRYA 4G68C 4OFLA 2M8CA 3M3LA 1S9TA 3ONMA 3PPPA 3EHTA 1LGBC 2OK2A 3RGYA 5ISUA 3IO4A 4ELRA 3MP6A 1DPPA 4ZEFA 4FEBA 1B1HA 1LCFA 1QKAA 3IB0A 4ELPA 2PVUA 3K00A 1XT8A 1OQHA 3WAEA 4HCYA 4OHNA 3PD9A 3OMBA 5H8SA 4IY6A 3ECRA 3K0VA 3IB2A 4ND9A 1IZ1A 1BP5A 3H7MA 1QUJA 2DS9A 4QRZA 3N6UA 3N6TA 1PC3A 2B4LA 3OO8A 1SVXB 3HV1A 2O1LA 3FVNA 4OEUA 4GVOA 1Z7ME 3KSJA 4X9TA 3C31A 4RPNA 2F8DA 4I9DA 5CMCA 4ZDMA 1MXYA 3FATA 2GHAA 2P1SA 3SESA 4R73A 1MQGA 1JNFA 1LSTA 2OZZA 1ZU0A 2O68A 1CB6A 3LBSA 3H6VA 4FE8A 1NNKA 1D3KA 3MW0A 4PETA 4RXLA 2XXQA 1NNTA 2FNCA 2I3WA 3VVFA 2F36A 1UIVA 2A5TA 4Q0CA 3K1NA 3W9WA 4LATA 3HHFA 4KD5A 5ELVA 5CMBA 4YB5A 2YPNA 3FGSA 2QS1A 2B3FA 3G3KA 3KN3A 1MY1A 1LCTA 4YMAA 3B6TA 3FVKA 2A5TB 2Y7RA 3M3KA 4GWOA 1L5TA 2V3QA 2WOKA 3TODA 4YMBA 3IX1A 4LZ5A 2Q88A 3TAJA 3H06B 1H76A 4U23A 3U8QA 4OFOA 2QS2A 1B5IA 3MP8A 1B3GA 4ONYA 4NF8B 1R9LA 5I56B 3FJMA 2QMWA 2HZLA 3VV5A 1MPBA 4RJZA 3V89B 3H4ZA 1TFAA 3EHUA 2PMSA 1YAEA 4ESXA 1AIVA 2AL5A 4KFQA 1M5DA 5ICTA 1Z7NE 4M4GA 3C33A 2CZLA 3G7WA 2DWIA 2QPQA 5ITOA 2HAUA 2DXYA 1N7WA 5DEXA 4PFTA 1IXHA 3MUQA 4O3AA 2Y7KA 1FQBA 4DCXA 1B6HA 2DWAA 3E3KA 5H8HA 2X26A 5BUUA 1Y4CA 1USYE 2DYXA 3RN8A 5EYFA 1B7ZA 3PUXE 5DEXB 3PV0E 2OWTA 4GF8A 1AMFA 2XXVA 3Q26A 1MXUA 5H8HB 3HSTA 2ZYNA 5IKBA 2REGA 2YLNA 3E9XA 2Q9TA 3C34A 1QUKA 3IJOB 2QS3A 1JVXA 1JW1A 1II5A 2ONKE 3G3JA 4F1YA 1URSA 3N5LA 2Q89A 3FZVA 5I2KA 1TWYA 1LFGA 1Y3QA 2RCAA 4Z0IA 5AA2D 3I3VA 1YCJA 2ONSA 4EQ9A 4XKQA 5ITPA 3T96B 3ILTB 4YKPA 1I69A 3EHSA 5H8NB 2I58A 4GXAA 3K6WA 1N7XA 1OQGA 5K2YA 2PT2A 3SEWA 4BDMA 4XKPA 1KWHA 3MBPA 1EZOA 3H6TA 3KN7A 2UVGA 4QFLA 2A5SA 5EHSA 4R9FA 4GXSB 3TCHA 3FVOA 3CFZA 2WKYA 4GL8A 3TYHA 1NL5A 2ZYMA 4JSDA 4F39A 1N3XA 2UYFA 4JB7A 1R1NA 1LBCA 5AA1A 4FECA 1O64A 4ZZAA 4GRKA 4XXUA 4RY1A 3C4MA 3Q27A 1MM6A 3FJ7A 2AL4A 2Y7PA 4DXCA 4LA9A 5HBCA 2QSXA 3TTLA 3P7IA 3O29A 2I0BA 2H5YA 1VFDA 5CBRA 3U94A 4DDDA 5L9SA 1M5CA 3B6WA 3IOUA 2XXTA 1NKXA 4HTGA 4G68A 5LOMA 5L8DA 2DP8A 3DP6A 1DMBA 3TDJA 1S50A 4IGRA 5AE4A 4POWA 1NH8A 4BDQA 1HSLA 1SD3A 2XXUA 3KOSA 3QUJA 4DZ1A 2VD2A 1DTZA 4LZ8A 2UXAA 2DE3A 1MM7A 2QRYA 1B2HA 3LSFB 3O6PA 3MPKA 4U22A 3H03A 4G68B 3BBRA 1PDAA 4F3GA 3LR1A 4G8HA 3T22A 4R2BA 3L6HA 4F18A 3IB1A 4GL0A 3LUYA 4N07A 1FW0A 1JW4A 3KSXA 5CM6A 1SW1A 4YICA 4I1DA 3IOWA 5TP9A 4AQ4A 4R6HA 3CSBA 2DE4A 1WVJA 2W7YA 5DTBA 3RTWB 1B3LA 1B51A 3BFTA 3TFLA 3DRHA 4F22A 2XXXA 3KG2A 5JTYA 4IO3A 2ZNTA 1A7LA 1FCKA 2VGQA 3K6UA 2ZYKA 5TP9B 3TUSA 2Y7IA 1LFIA 2PYYA 3HO7A 3JYRA 4L17A 4BDLA 5JTYB 2V84A 4MF3A 3T66A 3PMVA 3TQWA 4JWOA 1RYOA 4QFPA 3OOAA 3DRKA 3LC8A 3GXAA 4F19A 3HCQA 2RF1A 3AXFA 3MPLA 1ZBMA 4POXA 2ABHA 2ZNUA 2I4BA 4NMYA 2I0CA 1MY4A 1MDP1 2IA4A 3PPNA 5BWJA 1AL3A 2HFBA 4ZS9A 4OTEA 1US4A 3QIMA 3KEIA 2XD3A 2HAVA 4JWXA 1IXCA 3S9MC 1DPEA 5H8QA 4LUBA 2NWJA 3H6WA 1YPNA 3D4CA 4Q30B 2D21A 3O28A 1R9QA 3QYTA 4DIGA 4U21A 4AB5A 4IB2A 4HCWA 4RA1A 2O69A 1MDQA 5H8QB 5I57A 1N0TA 4F3PA 1A54A 1D9VA 4P0GA 2Z22A 3U93A 2F7AA 4LONB 1XS5A 4C1UA 1ZLQA 3R7XA 3MQ9A 1H45A 1SBPA 3T93B 3IOTA 1NNFA 1LFHA 5I57B 4F2OA 3ODBA 5FTHA 4GOTA 2P0SA 3H3GA 2RC8A 1N3WA 4R6KA 1MPCA 1SQYA 2O1MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JP4A 1GTKA 2QVRA 2Q2AA 3MAMA 1RDYA 3PMXA 3RUMA 2B3BA 4DXBA 4DLDA 1URGA 3RTFB 4I3EA 3FXQA 3C36A 5EQ8A 1B4ZA 2NVUB 1FQEA 4FJPA 3S9EA 4R72A 3T9HB 1N04A 2DVCA 3VLUA 2WEFA 2Z8EA 4MH5A 1PEBA 4E0XA 3MZ9A 3M3FA 4LP2B 5K2XA 1Q35A 1EYIA 4MBPA 1ELJA 2FYIA 1PB9A 1JVYA 4THIA 5A5LA 3O97A 2BJIA 3IK6B 3MZ1A 2CEXA 4OVSA 3RT6B 3PPRA 4JWYA 2XXRA 5DT6A 1NV3A 1HSJA 3DP4A 4GFRA 1GR2A 2F7CA 4OXVA 5KCJA 3U1OA 2D3IA 1QGXA 3FASA 2QS4A 3IORA 3BIHA 4WEPA 1PBPA 4NHBA 4M1VA 2H25A 4OZ9A 3N26A 3MSTA 4QSCA 2F3DA 1FTMA 3CR9A 2E1SA 5KCJB 4YKKA 1IMDA 3RPLA 1TT1A 3K2DA 4EXLA 1XVXA 2XX8A 4K3FA 3OO7A 5ESYA 1MXZA 3SEYA 3MVWA 5HPQA 3SDFA 5L9OA 2H98A 4FAJA 3K1MA 1LLSA 3DM0A 1LAFE 4G8NA 3OSRA 3SETA 1FTOA 2FIXA 4F3BA 1DSNA 4DI3D 3A3UA 2O51A 1GVCA 2ZZVA 1J1NA 4XTCQ 1SYIA 5FHOA 4GWXA 4PQJA 4N13A 1XHYA 2ANJA 3OD7A 4KQPA 1NUWA 4OVPA 4MJOA 4EF2A 3K02A 2I4CA 3FBPA 3C32A 4PE5B 3G3IA 1GGGA 1NV6A 3TTKA 1A8EA 4RK9A 4ZE8A 3FV2A 1UTBA 2Y7WA 2ZNSA 3RLFE 3O2AA 3R6UA 1LBZA 1MS7A 1RKMA 3RYBA 3KC1A 1DTGA 3CG1A 3GBAA 4MIJA 2V4CA 5KDTA 4EXKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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