3MVYA

X-ray structure of the diatomic oxo-intermediate nika/1-int', prior hydroxylation
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 160
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvyA01
4XIGQ 2RC9A 5DVFA 2NUVA 4F3BA 4NF4A 1B3LA 4F18A 3MVXA 2RINA 1UIUA 1D4NA 3FIRA 1MQGA 2D3IA 4RA1A 1Q1KA 5AA1A 1IXGA 3IX1A 2B3FA 1Y9UA 4RY1A 1Y1ZA 4ECFA 3UIFA 3LR1A 1MQJA 4WXJA 3VVDA 2Y7KA 3BKIB 3KEIA 4F19A 1UTBB 2V3QA 1B52A 2H99A 4XXUA 1D9YA 1TWYA 4C1TA 2OBGA 1MRPA 2GHAA 3OEKA 3LSWA 1N3WA 2Z8DA 5H8QA 3PV0E 1EH3A 1LB9A 2ZYOA 5DT6A 4NWCA 5LOMA 4I8CA 2DXYA 3MUQA 2HAUA 3BFUA 1Y3NA 2E0SA 3TMGA 3QUFA 2OCUA 2O68A 4NEDA 4R6YA 4KYEA 2HQ0A 1H44A 1F9BA 2DP8A 4G8NA 2QJEA 4KQPA 3PD9A 4KHZE 3TZAA 3DRJA 1GVCA 2O6AA 1P1UA 1ANFA 4OFLA 1YAEA 3C33A 4Q30B 1JW4A 4LP2B 1PBPA 2OJTA 5JK4A 4XTCQ 3PUZE 2O51A 4WKMA 1USYH 3TTMA 4KCDA 2RC8A 4MLQA 2DSFA 3T9XB 4GXSB 4R72A 2F78A 4NMYA 1JVXA 4F3PA 1WDNA 3GBAA 4OERA 4I1DA 4DLDA 2XXYA 5IKBA 5CMBA 1M5DA 3SEUA 1UTHA 4RPOA 4U1OA 5AA2B 1IEJA 4Q5TA 4U21A 2LAOA 5L9MA 2VD3A 3LSFB 3FV2A 1LLSA 2OWTA 5A5XA 3KG2A 3UORA 4R6HA 1S9TA 1SBPA 4GF8A 1JVYA 3N5LA 4R74A 3N26A 3O6HA 4BDNA 1MPDA 3G3KA 3GZGA 3W15C 4YB7A 2I4CA 3UK4A 5L9OA 3MAMA 2I58A 1LFIA 3T9VA 2ZYNA 5H8HB 1B3GA 1SW2A 3ZKKA 2NOOA 5KDTA 1NFTA 4R75A 5I56B 4QFPA 3S9NC 4U4SA 3PGFA 4G8HA 3CI8A 1PB7A 1B40A 3MVYA 1MQHA 3OSQA 2V3UA 4NF8B 3C36A 3U93A 4OETA 4EQBA 1VR5A 2R9JA 4H6DA 3ILTB 5ITPA 3PMVA 3SEYA 1FQFA 1QUIA 3B7DA 3PPQA 2RCAA 5I59A 1JNFA 2KLFA 4E0WA 2Y7IA 4O3AA 5ISUA 3E3KA 4OXVA 3FXRA 4G8MA 3RT6B 2DWIA 5AA3A 1TFDA 1B2HA 2QMWA 5I84A 2DWJA 3KSXA 4OENA 4ELOA 2VHAA 3QK6A 2DE2A 1BLFA 2F97A 3E4RA 1TT1A 4JB7A 4IB2A 2Y84A 4WEDA 3GXAA 3FXQA 3CFXA 3SESA 1M5FA 2OZZA 5I57B 1Y4TA 4N07A 4IO3A 3RUMA 3DRFA 5B70A 5DEXB 2D21A 3G3FA 1ZMGA 1SI0A 2HEUA 4DIGA 3TEPA 3FJMA 1EZOA 1LBCA 1P1OA 4O3BA 1OLCA 2B4LA 3B6TA 3OXNA 5CMMA 2ONSA 4R9GA 4RJZA 4F3GA 5KCJB 4H67A 3IB1A 4R2FA 3K00A 2QL3A 3FASA 2O1LA 4GQOA 4EF1A 2CMOA 2H4IA 1IQ7A 3MVZA 1O63A 4IO2A 4BDRA 3H7MA 5H8SA 1D9VA 4OEUA 5L8DA 1B4ZA 5DVIA 4OTEA 4DCXA 3K6UA 5HM4B 3O6PA 3O2AA 4OYVA 2O69A 4OVJA 4YMAA 1BKAA 2XHDA 4F1VA 4X48A 4KPTA 5EYFA 3VLWA 3N6TA 1MDP1 1MPCA 2O84X 1B46A 1O7TA 2XXHA 2WOKA 4TLLB 3FVNA 5CRYA 3DP6A 4H1XA 3FVOA 5ICTA 2I0CA 4F2OA 5CI5A 3O6GA 4BDMA 2ABHA 4H8JA 3T96B 4Z0IA 1N84A 4FECA 1MY3A 3RTFB 5I2KB 2X7PA 1B3HA 5JTYB 4OFJA 3FV1A 2ZMBA 4G4PA 2NVUB 3IK6B 4QRZA 4R2BA 4XKNA 1N76A 3T9HB 5H8NB 2ANJA 4R73A 3O29A 1DMBA 4YKJA 4LZ7A 2Z8FA 1JEUA 4DDDA 3M3FA 1B6HA 5H8FB 1B32A 1IIWA 3K6WA 1XHYA 1BP5A 5CMKA 1ZJLA 2PBWA 4KYDA 1FQDA 4F29A 1DOTA 1XOCA 2R71A 1NNPA 2R6GE 1QULA 3HV1A 3G3HA 2F8DA 4F39A 4GXAA 4N13A 4ELQA 1DPPA 1ZU0A 4AB5A 3OEMA 2B65A 3VV5A 3EHSA 4ZEKA 4ESXA 2HXWA 1RYOA 3OELA 3KGCA 3AXFA 2UXAA 1BIYA 1Y4CA 3KN7A 3V89B 1URDA 3D4GA 2XXXA 1Y20A 3RTWB 3KSJA 4PFWA 4YU0A 1Y1MA 2Q2AA 1MM7A 3EN3A 3LBSA 1RYXA 4QFNA 3TCGA 4LVQA 1MY2A 2DOJA 3O28A 4AB6A 3CRBA 3C9HA 1MH3A 4ELPA 1ZBMA 3TDJA 3VDFA 2PMSA 3VVEA 3CFLA 4N6PA 3LSLA 3RNNA 2HFBA 1N0TA 2OWSA 3DRKA 3FGSA 2FA7A 1P1QA 1SW4A 5AA2A 4X1BA 2Y7RA 1PDAA 2ZNTA 2REGA 4FIMA 4ZDMA 3VFJA 4ZEBA 1LB8A 2VD2A 2QS4A 4PETA 4DXUA 4XKQA 4ZE8A 3L6GA 1YCJA 3HN0A 1DTZA 2ONRA 2V3TA 1PC3A 3Q29A 1A54A 1YTVA 3H03A 3UP9A 4IO4A 1MXWA 1N7WA 4OZ9A 4IO5A 1AMFA 3RQTA 2M8CA 3K4UA 1LCTA 2Q2CA 5H8HA 1LAFE 5CM6A 3A09A 1H45A 3I5OA 1L5TA 3R26A 5I56A 4X9TA 1OLAA 1FTJA 3VXCA 3H6WA 2P2AA 1VFEA 3C34A 4GIZA 3S4UA 1MXZA 3K2DA 1IZ1A 3T93B 3U1OA 1H76A 4NF8A 5TPAA 1S50A 1N3XA 4AQ4A 5I2NB 1SI1A 4NF4B 5CBSA 3OOAA 1LSTA 1LFHA 1YPNA 3B6WA 5JEIA 2BJJX 3EHUA 4BDLA 2UYEA 3E13X 1MG1A 2PX1A 1B58A 2UYFA 4LZ8A 2I0BA 4IO6A 3PUYE 5I58A 4OMBA 1RKMA 5KZTA 5CBRA 4EDPA 3Q27A 1FQBA 3ONMA 1LAHE 2H98A 4MF3A 3ODBA 2PT1A 5I57A 1LAXA 2GH9A 3FTOA 4QFLA 5AA4B 4LONB 2UVIA 4HCWA 3UA8A 3C31A 5K2YA 5J1DA 4P11A 3B6QA 3FVKA 2Q89A 1SYIA 1MH4A 3VE1B 3P7IA 1BTJA 3SETA 3U92A 3KN8A 4I62A 2Q8JA 5TU0A 2ZXTA 3TCFA 3VVFA 2Q88A 1PEBA 5AE4A 3TTLA 3K02A 4F3SA 4GLIA 5KCJA 5AA2D 2XXPA 4DXBA 1XVXA 3VLUA 3PMWA 3A3UA 3THIA 1R1NA 1NKXA 1USYE 1LAGE 4PP0A 5L9SA 4ZEIA 4ZZAA 3IO4A 3R7XA 1IXHA 3UN6A 4H8IA 3DRGA 1PB8A 5FTHA 3I3VA 2NXOA 2ESNA 3RN8A 4EQ9A 4NF6A 3HSTA 3IOUA 1NNKA 1QUKA 5EHSA 2I49A 4NF5B 1J1NA 3FD3A 4JSDA 4QSEA 1N7XA 1PB9A 3SEXA 3TTNA 1S7YA 4I9DA 4H0WA 2NWJA 2O1MA 3G3GA 1XS5A 2IEEA 5FTIA 4GD5A 4DZ1A 2A5SA 4OFOA 4H5FA 2UVJA 1P1WA 1OVBA 1NNFA 1Y3QA 3K6VA 1H43A 3K1PA 1B9JA 1XT8A 4Z7EA 3MWBA 2F7BA 2P1SA 4H65A 1AOVA 4NWDA 1SQYA 3G3JA 3DP4A 5JTYA 2OK2A 3IO6A 4MBPA 4DXCA 1A8EA 1JETA 5H8NA 1QKAA 3GBBA 3IAZA 5FHOA 3KJ7A 4KYSA 4P0IA 3IOVA 3PPRA 3G3IA 4LZ5A 3FJGA 4Q0CA 1VE4A 2H9BA 3ZSFA 1QW0A 5ELVA 1H3DA 4EXLA 1SDXA 3M3LA 3VXBA 4OQOA 2XXUA 1KWHA 1A55A 4KI0E 4OEVA 2XXTA 1A8FA 3OO9A 1MDQA 4F22A 5DTBA 3PUVE 3R6UA 3BBRA 1B4HA 2DXRA 2DWAA 2O7UA 3D4CA 1FTLA 2HCAA 3MP1A 3CSGA 4LA9A 5I59B 1AH5A 5ICQA 3GLBA 1EU8A 4U22A 2DYXA 1I6BA 2F7CA 1MQIA 2IA4A 3IL1B 4FE8A 3F11A 3FJ7A 3H3GA 4KD5A 1NMUA 1GGGA 3M3KA 4YKPA 3QUJA 5TP9B 4LQ2A 1I69A 3IB2A 2XX9A 3PU5A 4FAJA 3ILUB 4MH5A 3C4MA 4UACA 4HCYA 2ONKE 2DE3A 4EXKA 3HHGA 2FYIA 1ZLQA 3S2VA 3K1NA 4M1VA 4YKIA 3TQLA 3TYHA 2WOLA 4R6KA 4GRKA 3TAJA 3LUYA 2I4BA 2DWHA 1SD3A 1ZIUA 1MXYA 1HSEA 1MY4A 3H6UA 1WODA 4E0XA 1POTA 2HAVA 1MY1A 2QSXA 5K2XA 1UTBA 1XVYA 5BUUA 3ZS6A 3CSBA 1LFGA 3K6XA 4ZE9A 1ZTYA 3KOTA 1QKBA 4U4XA 1FQCA 2V25A 3PAMA 2I3VA 3PD8A 1M5CA 4O3CA 2VGQA 1MM6A 1GV8A 3OO7A 3EPEA 5HPQA 2ZYMA 5EHMA 4JSOA 2X7QA 4GL0A 4FEDA 1OQGA 4ZZEA 3WAEA 1GR2A 2VP1A 1A40A 3E9XA 3QYTA 1JEVA 2FNCA 3T22A 2Z22A 3SEVA 4XKRA 5ITOA 1IXIA 2Y7PA 3TFLA 2P0SA 3HPIA 4ESWA 4JWXA 1IITA 1Y3PA 4ZEDA 1B5JA 2YPNA 5I2NA 3DP8A 2OLBA 3N94A 2V93A 3JYRA 4JXIA 2GFEA 1M5BA 4ZEFA 3ZKLA 2G29A 1DSNA 1B7HA 1OIBA 1HSJA 3KBRA 3SEWA 4IY5A 3RPWA 3PPNA 2AIXA 1LBBA 2XXVA 4POWA 2V84A 2H5YA 1R9LA 3KN3A 2F34A 4ZS9A 3LC8A 2QPQA 3SERA 4MFIA 2XX8A 4TLMB 1N04A 4GWOA 3DELB 1MS7A 1B1XA 3LVUA 2ZYKA 4U2RA 1A7LA 5DYHA 1CB6A 2AL4A 5F7VA 3DRIA 1VFDA 2Z8EA 2B3BA 3TUSA 3H06B 2A5TB 3RLFE 1FQAA 1I6AA 4IY6A 1FTOA 5FHMA 1Z7ME 3CVGA 3T9UA 5AA4A 5HBCA 4G68B 1FTKA 3CFZA 1URGA 3H6VA 1EZ9A 2PYYA 4KR5A 3IORA 3DLNA 4OESA 3IR1A 2GHBA 3O9PA 4BDOA 1MXVA 1B3FA 1T0KA 1MPBA 2UVGA 1OQHA 4LQ5A 3UGWA 3IJXB 1P99A 3USDA 1HSLA 1QVSA 3QSLA 3CG3A 4FORA 3QIMA 3CIJA 1FQEA 2YJPA 3MC2A 2QRYA 3TCHA 4ISUA 2Q9TA 4U23A 3MJNA 3O66A 1NH8A 4RK9A 2XD2A 1QUJA 2F6PA 4RNSA 1XC1A 3S9MC 4U1ZA 3MVWA 2X26A 4NF5A 3C35A 4GFRA 1JQFA 4JWOA 3N6UA 4QHQA 4FATA 3KZGA 4R9FA 2F7AA 1R6ZA 3PMXA 1SYHA 1SW5A 3I6VA 4GOTA 5DVJA 3RYBA 5H8QB 1CE2A 4TQUQ 4RPNA 5DEXA 3Q28A 1UIVA 1FW0A 1JW5A 4RXLA 5BWJA 3EQ1A 3JV9A 4BLAA 2Z23A 1B3EA 2AL5A 3V8XB 3IJOB 4WEPA 1LGBC 2XXQA 1D3KA 4F1UA 3TODA 2XXIA 1ELJA 3M8UA 1MXXA 4JDFA 3OENA 4OHNA 2HZKA 3MZ1A 4YICA 2RC7A 3LSXA 1M5EA 2F36A 3K01A 1B1HA 4IGRA 2E1SA 2ALUA 4NE4A 2GRVA 5TPAB 4F1YA 4G2ZA 3PUXE 2DS9A 2PT2A 3MZ9A 4THIA 1TXFA 3QAXA 4HW8A 3A3CA 4QFOA 3W9VA 3MP6A 4HS7A 4BDQA 1P1NA 4EUOA 2XXWA 1JW1A 1UTHB 2XXRA 4LUBA 1R9QA 1B51A 4UA8A 1ATGA 3RT8A 3MZBA 5A5XB 4EF2A 5I58B 2O7IA 4IGTA 5TP9A 2RCBA 4PE5B 4F2QA 1II5A 1A99A 1POY1 1SVXB 4RYAA 3MP8A 3L6HA 1TFAA 1PBQA 3G7WA 1WVJA 4IO7A 5I2KA 4X1DA 3CG1A 2ZNUA 3O97A 3PUWE 4KFQA 1EZPA 3CHGA 4QF9A 5FHNA 3V5AA 3MPLA 1B0LA 4ELRA 1FTMA 1NL5A 4JBZA 4QSDA 3K1MA 5KDTB 2YLNA 3OMBA 1B7ZA 2RF1A 3EHTA 4RK2A 3KFMA 2QMXA 4K3FA 3TELA 4YAHX 3JZJA 1SW1A 5H8FA 4L17A 1DPEA 3IB0A 4PFUA 3RY3A 4DCYA 3DRHA 2F6GA 3HHFA 3PPOA 3FATA 2I48A 5CMCA 3V83A 5M2VA 1AIVA 3BFTA 2F35A 4NTLA 4G77A 4EQ7A 3W9WA 2DVZA 3CR9A 4PFYA 4FJPA 5IAIA 3ECRA 3O6IA 3MQ9A 1B0HA 2QS2A 4C0RA 4NF6B 3FXUA 2XX7A 2G93A 2VOZA 4TOZA 4YMBA 3FVGA 3FZVA 3IOTA 2QS3A 2AYSA 3SKPA 3RYAA 4P0GA 1OMPA 3QXMA 4QSCA 3T66A 3TTRA 4F31B 2D5WA 2W7YA 3MPKA 1MXUA 3OO8A 4GL8A 3MW0A 1B05A 4YZZA 1DTGA 3KOSA 3U72A 1URSA 3DM0A 2WOPA 5F1QA 1MY0A 2I6EA 3PPPA 3H4ZA 3S9EA 4PQJA 4ND9A 3Q25A 1B5HA 4JWYA 3RGYA 2HZLA 1AL3A 4QFKA 3TTKA 4ZECA 4LATA 1NH7A 2CZLA 4XKPA 5B7DA 2QS1A 1Q35A 1IXCA 2REJA 3EF7A 4Q8RA 3K0VA 1US4A 3C32A 4M4GA 1B5IA 4ONYA 4YB5A 4DE8A 3OD7A 3OO6A 2F5XA 2UVHA 3Q26A 3H6TA 2THIA 1O64A 3S9LC 1FCKA 2I3WA 3SDFA 1Z7NE 2DVCA 3WAFA 2Y7WA 3OSRA 5CC2A 2A5TA 4OWDA 4YKKA 3MBPA 1I6QA 3TQWA 3FUZA 4KCCA 4FEBA 1MQDA 3U94A 4G68A 1UQWA 2WKYA 2DQVA 4YB6A 3VLVA 2DE4A 4HTGA 1QJMA 1OVTA 4G68C 2B4MA 1LCFA 1ZKBA 3TPAA 3KJTA 3IOWA 1US5A 2RKMA 2ZNSA 1GTKA 3U8QA 1NNTA 4POXA 4GVOA 3HCQA 2XD3A 1B7UA 2H25A 2PVUA 3HO7A 3TKDA 4C1UA 1VSOA 4MLVA 4H5GA 4PFTA 1IUDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CZIA 4XIGQ 2RC9A 2WEFA 5DVFA 2KR0A 4PC9A 2NUVA 4F3BA 4NF4A 4H46A 1B3LA 4F18A 3MVXA 2RINA 4OVPA 1CNQA 1UIUA 1D4NA 3FIRA 3T0JA 1MQGA 4X8RA 2D3IA 4RA1A 1Q1KA 5AA1A 4DI3D 1IXGA 3IX1A 2B3FA 1Y9UA 4RY1A 5EYHA 1Y1ZA 4ECFA 3UIFA 3LR1A 1MQJA 4WXJA 3VVDA 2Y7KA 5IZZA 3BKIB 4G61A 1FBHA 3KEIA 2CEYA 4F19A 1UTBB 2V3QA 1B52A 2H99A 4XXUA 1D9YA 1TWYA 4C1TA 4QBAA 2OBGA 1MRPA 2GHAA 3OEKA 3LSWA 1N3WA 2Z8DA 5H8QA 3PV0E 1EH3A 1LB9A 2ZYOA 5DT6A 4PFRA 2F3BA 4N6KA 4NWCA 5LOMA 4I8CA 2DXYA 3MUQA 2HAUA 3EKIA 3BFUA 5EQ9A 1Y3NA 2E0SA 3TMGA 1IMEA 3QUFA 2OCUA 2O68A 4NEDA 4R6YA 4KYEA 2HQ0A 1H44A 1F9BA 2DP8A 4G8NA 2QJEA 4KQPA 3PD9A 5FBPA 4KHZE 3TZAA 3DRJA 1GVCA 2O6AA 1P1UA 1ANFA 4OFLA 1YAEA 3C33A 4Q30B 1JW4A 4LP2B 1PBPA 4XFEA 4OVTA 2OJTA 3IFCA 5JK4A 2P3NA 4PAIA 4XTCQ 4XEQA 3PUZE 2O51A 4WKMA 1USYH 3TTMA 3BIGA 2RC8A 4KCDA 4MLQA 4OA4A 2DSFA 3T9XB 4GXSB 4R72A 2F78A 2FHYA 4NMYA 1JVXA 4F3PA 1WDNA 5J16A 3GBAA 1Q9DA 4OERA 4I1DA 4DLDA 2XXYA 5IKBA 5CMBA 1M5DA 3SEUA 1UTHA 4I40A 3FXBA 4RPOA 4U1OA 1NV5A 5AA2B 1IEJA 4Q5TA 4U21A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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