3MVZA

X-ray structure of the (hydro)peroxo intermediate nika/1-int", after monohydroxylation of the iron complex
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 162
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvzA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvzA01
1YAEA 3IO6A 1ANFA 4ONYA 3IR1A 3FXQA 3MW0A 4OFLA 2RF1A 2GHAA 2Y7WA 1I6BA 2YPNA 1WDNA 1QULA 4I62A 4Q5TA 4F3SA 4BDLA 2H98A 4ZDMA 4EXLA 1Z7ME 4R2BA 4F3BA 5H8HB 3UN6A 1N3WA 3TTRA 2UYFA 5CBSA 1QUJA 1GR2A 1FTOA 1CB6A 1NH8A 4H6DA 4LVQA 3SEVA 3PPPA 3FJGA 1UIUA 4R73A 1IXHA 2NVUB 4KD5A 4YKJA 1NMUA 3SESA 4G4PA 3MP8A 4RK9A 2OCUA 2PMSA 5B7DA 1DTGA 2PBWA 3OSRA 3RTWB 3T93B 1MPCA 4MLQA 3CFXA 3N6TA 4QSEA 4RXLA 4G77A 2XXPA 4EF1A 1MY2A 3IOVA 1ATGA 3PD8A 4JBZA 1ZLQA 1XHYA 4H0WA 4R6HA 3KEIA 4KQPA 1LB8A 4ELOA 3QAXA 2V3QA 2I48A 1POY1 3UP9A 1O63A 1GGGA 1MY3A 2I4CA 3QSLA 5I2KB 4FJPA 4NF5A 1SI1A 3JV9A 3HN0A 3FUZA 3W9VA 1LAXA 3R7XA 2OWSA 3O97A 1XVXA 2GFEA 3TKDA 2WKYA 4YMBA 1B40A 4MBPA 2I0CA 5J1DA 3M3KA 3LC8A 4Z0IA 3DRJA 1N7WA 1LLSA 1O7TA 1P1OA 2D21A 3D4CA 2ESNA 4GOTA 5DTBA 3TEPA 4XKPA 5A5XA 3IO4A 3OO8A 4DCXA 3TQWA 1DPEA 1WODA 4YMAA 2XXWA 1USYE 3EHTA 4RYAA 5AA2A 3IOWA 4JWXA 1XS5A 3MQ9A 1MPDA 4MF3A 5JK4A 4KFQA 2B3FA 3TUSA 2D5WA 1GVCA 3RUMA 2PT1A 1EZ9A 5BUUA 1FQEA 4BDMA 3CG3A 3ZKLA 2Y7PA 4THIA 1B4ZA 4R6YA 2UYEA 2V25A 5EYFA 4H65A 3C34A 2F5XA 5I57B 4OERA 5I56A 1B7ZA 3TTKA 5CRYA 1QKBA 5H8SA 1A7LA 2F7BA 5TP9B 4E0XA 3OELA 5EHSA 4DXBA 3KSXA 4R72A 2VGQA 3DP8A 4ZEKA 5AA1A 1SW1A 5HBCA 1B0HA 2DWIA 1P1QA 5HM4B 2R9JA 3R6UA 2DVZA 4U4XA 4F1VA 4K3FA 4Q0CA 3WAEA 5DT6A 1URDA 2Q2AA 1SYIA 1XT8A 3H4ZA 1IXCA 1BLFA 2H5YA 1JNFA 1MPBA 3TDJA 4F2OA 3T9VA 4LQ5A 4UA8A 4YB5A 4IGRA 4AB5A 1HSJA 4OZ9A 5BWJA 1IZ1A 3KSJA 3TCHA 1ELJA 4OVJA 1FTMA 4POWA 3SEXA 4NWDA 4KYSA 3G3KA 4GL0A 1H76A 2PVUA 1TWYA 4GXSB 1MY1A 3F11A 4LUBA 2AL4A 4OETA 4LZ8A 4OFJA 1MY4A 3MAMA 2HAUA 1QW0A 4NF4A 2XX7A 4XKRA 5H8NA 3KZGA 3RGYA 4C1TA 5ICTA 4OHNA 4F3GA 4ISUA 4YU0A 4NF8A 4X1DA 3IK6B 5IAIA 1A8EA 4NTLA 4JWOA 3LUYA 3VVDA 4FAJA 2F8DA 2B3BA 2B4MA 3MC2A 3N5LA 3O2AA 3E9XA 4TOZA 4HW8A 4KCCA 4F31B 2DP8A 3MVYA 4F3PA 2E1SA 5KCJB 2UVIA 4AQ4A 3VE1B 4R9GA 3TZAA 3TTLA 1B5JA 2FYIA 1P1WA 2XXHA 2I49A 1DMBA 1MDQA 3VVEA 4XKQA 3TCFA 2CMOA 2O51A 4LZ5A 3U72A 2O1MA 4GQOA 3FASA 3CFLA 3OOAA 3C35A 4PE5B 2V3TA 2DQVA 4TLLB 1IXGA 5H8FB 2DYXA 3LR1A 1IIWA 4DXUA 3S9MC 3JYRA 3RN8A 3IX1A 4LATA 3MUQA 2ZNTA 1QUKA 4F19A 5AA4B 1SW2A 3LSWA 1MG1A 5CMCA 2QS4A 2XXYA 4NEDA 2HFBA 4C1UA 1R1NA 2XXRA 2G29A 3DP4A 1II5A 4JSOA 3V83A 3U8QA 3U92A 5L9SA 4Q8RA 1B32A 3LSFB 4U1ZA 4RY1A 3MPLA 3LBSA 3PUXE 4ELPA 3CHGA 1OVTA 2Z8EA 5M2VA 3QXMA 2ZYNA 2I58A 3RNNA 3B6TA 4NMYA 1MY0A 1GV8A 3ODBA 5KDTA 1PB9A 1TXFA 3DRGA 4LZ7A 2FNCA 3RPWA 3L6HA 3PUVE 4P0GA 1B51A 1B1HA 3H7MA 3PMWA 1IEJA 4ESWA 2XX9A 3FD3A 1UTHA 3USDA 3G3FA 3C9HA 5ISUA 5I2NB 3K0VA 2ABHA 5L9MA 3FIRA 3LVUA 2DSFA 2XXUA 2XXIA 1MXUA 4F39A 3DRHA 3K1MA 3LSLA 5I59A 3H6UA 4ZE9A 2UVGA 3CVGA 4OWDA 3MZBA 3MZ1A 3IOUA 4O3CA 3UA8A 2OLBA 4BDRA 1NH7A 4GL8A 1B05A 3TAJA 5KZTA 4QFOA 3BKIB 2WOKA 2F36A 4OXVA 1D9VA 2QPQA 2QS3A 4UACA 3OXNA 2QL3A 3IB2A 5TPAA 5JTYA 2REJA 1UTBB 1MS7A 3TODA 2RC8A 1UTHB 3PUYE 2DS9A 1SI0A 4EXKA 4PFWA 1M5CA 3QIMA 1Y4CA 3OO6A 1NFTA 3OENA 3VV5A 4Q30B 3N26A 3ILUB 4EF2A 2XHDA 1URGA 4X9TA 1OMPA 5I58A 2Z8FA 1SVXB 4HS7A 3IB1A 4RPNA 3V89B 4FE8A 3Q28A 4PP0A 3A09A 1NNKA 3LSXA 1SQYA 5H8QB 4F1YA 3RTFB 3MVWA 2H9BA 1H44A 1QVSA 4RNSA 3T9XB 4F1UA 3G3GA 4OMBA 3O6HA 3FXUA 3PPRA 4G8NA 4YKKA 2H25A 3IB0A 3C33A 1B0LA 3VFJA 2E0SA 4I1DA 3ZS6A 2AYSA 3QUJA 4H1XA 5K2YA 3K1NA 1EZOA 4KI0E 4L17A 5I58B 3Q29A 5ITPA 2R71A 1MDP1 4O3AA 3EHUA 1PBQA 2NOOA 3B6WA 3TYHA 1Y1MA 3HCQA 2GH9A 2DWAA 4EUOA 3N94A 3FGSA 4GVOA 1AL3A 5K2XA 2IA4A 1AMFA 1ZU0A 4RK2A 3FXRA 3C36A 4FEBA 2R6GE 4NWCA 1I6AA 2HCAA 3KN8A 4I8CA 2ZNUA 1LB9A 3MPKA 2GRVA 3ECRA 4PFTA 2F7AA 1MM6A 3AXFA 4OTEA 4IO3A 3BFTA 1URSA 4NF5B 2DVCA 1BIYA 4U2RA 1Y3NA 2HXWA 2OWTA 3D4GA 1EZPA 2BJJX 1IQ7A 3SETA 3ZKKA 4H67A 5FTHA 4ESXA 4IO5A 4IO6A 4U22A 3HPIA 4G68A 4ZZAA 4ZE8A 4EQ7A 1SYHA 4QFKA 1D3KA 4IO7A 1NNPA 2A5TA 5AA3A 4M1VA 3GLBA 2I6EA 2PT2A 4GRKA 5JEIA 2OZZA 5FHOA 5A5XB 3GXAA 1N3XA 3O29A 2DWHA 3PAMA 3T9UA 1MQGA 5DVIA 3L6GA 2AL5A 3ONMA 2D3IA 1FQFA 1AH5A 3MP6A 3FVOA 1LCFA 4HTGA 4OEVA 1OIBA 1SDXA 1SD3A 1VR5A 3H6VA 3KOSA 5AA2B 4U21A 2Y7KA 3QK6A 1JEUA 2F6GA 3B7DA 3VDFA 4EDPA 3U1OA 2Y84A 1ZKBA 5L8DA 3GBAA 1B46A 2QSXA 2OJTA 3MZ9A 1YCJA 4ZEBA 2XXXA 4ZZEA 5FHMA 2ZNSA 4RA1A 1YTVA 1PC3A 4E0WA 5AA2D 1F9BA 1XOCA 3EQ1A 2DE2A 4ZEFA 3K1PA 2P2AA 1B2HA 3GZGA 4YAHX 4KHZE 1B5IA 5I56B 2Q89A 4XKNA 2RC7A 4YZZA 5EHMA 3PGFA 4U4SA 3IOTA 2Q2CA 3MVZA 1O64A 3HSTA 3RT6B 3SERA 3G3IA 4FEDA 2HQ0A 1LAHE 2V3UA 3ZSFA 3BBRA 4G68C 1FTLA 3OMBA 2P0SA 5ITOA 2Q88A 4KR5A 4KYDA 1D9YA 3K2DA 4PETA 4RJZA 1Y20A 2I0BA 1TFAA 3U94A 4MH5A 2RINA 2QS2A 4GFRA 4IO2A 5I84A 1J1NA 2NWJA 4FIMA 3UORA 4H8IA 2O6AA 3V8XB 1PB8A 5DEXA 2KLFA 1LGBC 3P7IA 4U23A 2ONSA 2O84X 1DPPA 1Y1ZA 1XVYA 2DWJA 3VXCA 1BTJA 4OQOA 3S2VA 2P1SA 1PBPA 3T9HB 1NKXA 4NF4B 4WEPA 5H8NB 2DOJA 1RKMA 2ZYKA 5IKBA 1MQJA 1UQWA 4NF8B 3T66A 3QUFA 4LONB 4O3BA 3RY3A 2XD3A 4ECFA 3O6PA 4N07A 5DVFA 1N0TA 3MP1A 2XXVA 2Y7RA 3DRKA 2I3VA 3KJ7A 4ELQA 5HPQA 1B9JA 4LQ2A 5B70A 3OO7A 2VP1A 4YB7A 4GF8A 1FQCA 1MRPA 2RCBA 3DRIA 1Q35A 3FVNA 1H43A 3MWBA 4OFOA 4OESA 1H45A 3ILTB 3K01A 3CI8A 2HEUA 3GBBA 3MBPA 4YKIA 4H5GA 4QRZA 2WOPA 1A54A 1B3GA 2RC9A 2UXAA 3E4RA 3PUWE 3FV2A 3KBRA 2RKMA 4PFYA 2QJEA 4M4GA 5ICQA 4NF6A 1QJMA 1B58A 3PD9A 3EN3A 3CIJA 2DE4A 1D4NA 2B65A 5CMMA 3VVFA 4EQ9A 4KCDA 2Q8JA 4DZ1A 2UVJA 5ELVA 1PDAA 1JW4A 3W9WA 1TFDA 3UGWA 3DRFA 2M8CA 4QHQA 1M5FA 5TU0A 4OENA 2PX1A 2LAOA 2X7QA 3H3GA 2I3WA 2ZMBA 4P11A 5KDTB 3K02A 3KJTA 3B6QA 3PU5A 1LBBA 2F34A 3TCGA 5H8HA 2HAVA 3KN3A 3I5OA 5L9OA 1TT1A 3M8UA 3H6TA 2ANJA 4DDDA 4KPTA 4DE8A 1AIVA 3I6VA 3FVGA 1B3LA 3CR9A 4MLVA 1M5DA 1ZJLA 3O9PA 1NNFA 2QMXA 1MH4A 3K6VA 4JXIA 1LFIA 3K6WA 3EHSA 4KYEA 3FATA 1LAGE 5I59B 1Y3PA 2CZLA 5FTIA 3OD7A 4POXA 4R2FA 2OK2A 2YLNA 3V5AA 4GWOA 3FTOA 1B3EA 2THIA 4Z7EA 4WKMA 3DLNA 2XX8A 5I2KA 4LA9A 1RYXA 2ZXTA 1OVBA 3N6UA 3HHFA 2Y7IA 5TPAB 2F97A 5JTYB 5CMKA 5DVJA 3OSQA 3RYBA 1Q1KA 3O6IA 1LFHA 4R9FA 2VOZA 4JWYA 3H6WA 1NNTA 1OLAA 1JW1A 4N13A 3RQTA 3CG1A 1N04A 4BDNA 3HHGA 3T22A 2ONRA 1VSOA 4NE4A 4TLMB 1MXVA 1Y9UA 3I3VA 1FQAA 2XXTA 3TPAA 3M3FA 4JB7A 4ZECA 2O7UA 4AB6A 1B3HA 4XTCQ 1SW4A 3C4MA 3QYTA 4QSCA 2W7YA 1JVXA 3S9EA 3PPNA 3IJXB 2WOLA 1B7UA 2DXRA 1ZMGA 2Z23A 2REGA 1US4A 1B6HA 4GD5A 3H03A 4I9DA 2O69A 5F1QA 3OEMA 1A8FA 3PPQA 3G3JA 1MQHA 4IO4A 1B5HA 2DXYA 3PPOA 3G7WA 1BKAA 4PFUA 5I57A 3UK4A 1B4HA 2F35A 3VLUA 1MXYA 1MXWA 1OLCA 4X1BA 5TP9A 2O7IA 2G93A 1SBPA 5F7VA 4DXCA 1N76A 4WEDA 4ZEIA 2VHAA 1GTKA 4HCYA 4ND9A 4LP2B 4R75A 3VLVA 2I4BA 2GHBA 2ZYMA 3SKPA 1LCTA 2IEEA 1OQGA 4ZS9A 1MQIA 3FJ7A 1A99A 4QFPA 3DP6A 1WVJA 4IB2A 4YB6A 3PUZE 3M3LA 1MH3A 3OO9A 1DOTA 4U1OA 4QF9A 3TFLA 3G3HA 3IL1B 1XC1A 4TQUQ 1JQFA 5CI5A 1A55A 1JETA 3E13X 1R9LA 3TELA 2ALUA 3K4UA 3SEUA 1T0KA 3A3UA 4G68B 2ZYOA 1I6QA 1HSEA 2VD2A 1HSLA 1JEVA 3K00A 4QFLA 4F18A 1M5BA 4DCYA 2A5TB 4F22A 3A3CA 1LBCA 1US5A 3VXBA 2HZKA 2QRYA 3S9LC 1LSTA 4P0IA 3KOTA 3SEYA 4OYVA 1FQDA 1JVYA 3MVXA 2V93A 4GXAA 2UVHA 5KCJA 3MJNA 2ONKE 3Q26A 2Z8DA 5LOMA 4OEUA 1UIVA 3HV1A 3VLWA 4MFIA 3RLFE 4G8HA 4GLIA 3TMGA 3THIA 4FORA 4XXUA 4RPOA 3RYAA 1OQHA 4R6KA 1QUIA 3WAFA 1PEBA 2A5SA 1I69A 3KFMA 3CSGA 1VFDA 2NXOA 1DSNA 4G2ZA 3W15C 2X7PA 3O66A 5H8FA 3CRBA 2X26A 1QKAA 1YPNA 3JZJA 4BDOA 3C31A 5CC2A 4JSDA 2VD3A 5CBRA 1PB7A 2RCAA 2XXQA 4YKPA 5AA4A 1IUDA 2F78A 2Z22A 3T96B 1USYH 1Z7NE 3Q27A 2V84A 1S9TA 1FTJA 1LFGA 1B3FA 1IITA 4X48A 1JW5A 1H3DA 3R26A 3OEKA 3H06B 3IORA 3U93A 1R9QA 1IXIA 1VE4A 1FCKA 4F29A 4ELRA 4YICA 5DYHA 2AIXA 4N6PA 4C0RA 2FA7A 3BFUA 3TTMA 2O1LA 4H8JA 2PYYA 3O6GA 1ZBMA 5DEXB 1MXXA 1KWHA 2Q9TA 3HO7A 3IJOB 2XD2A 4G8MA 1P1NA 2B4LA 1L5TA 3E3KA 3K6UA 3EF7A 3CSBA 3FZVA 2NUVA 1MXZA 3RT8A 1CE2A 4FECA 5AE4A 5I2NA 4IGTA 5FHNA 4BLAA 1ZIUA 1EH3A 1MM7A 1MQDA 1S7YA 3CFZA 4XIGQ 1FW0A 3PMVA 1Y4TA 3S9NC 3KG2A 3EPEA 4IY5A 3FJMA 4H5FA 2DE3A 4QFNA 4PQJA 1B52A 3KN7A 2YJPA 2F7CA 4DLDA 3PV0E 4DIGA 1FTKA 1DTZA 2HZLA 1LAFE 4IY6A 3UIFA 1N7XA 1VFEA 4FATA 5CM6A 1FQBA 2F6PA 1R6ZA 3PMXA 2QS1A 1N84A 3Q25A 1Y3QA 1UTBA 3DM0A 1M5EA 3SDFA 5CMBA 1NL5A 1BP5A 4ZEDA 3K6XA 4EQBA 1RYOA 2H99A 3IAZA 4F2QA 2O68A 3FV1A 2OBGA 1P99A 4NF6B 4JDFA 2H4IA 3KGCA 3SEWA 3C32A 1EU8A 1POTA 1S50A 4BDQA 3DELB 1ZTYA 1B7HA 2QMWA 1P1UA 1SW5A 3TTNA 1AOVA 1B1XA 4WXJA 3S4UA 3O28A 3FVKA 3TQLA 1A40A 5H8QA 4R74A 4GIZA 4QSDA 4HCWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YAEA 3IO6A 1ANFA 1NUXA 4ONYA 3IR1A 3FXQA 3MW0A 4OFLA 2RF1A 2GHAA 2Y7WA 1I6BA 2YPNA 1WDNA 1QULA 4I62A 4Q5TA 4F3SA 4BDLA 1RDZA 2H98A 4ZDMA 4EXLA 1Z7ME 4R2BA 4F3BA 5H8HB 4FBPA 3UN6A 1N3WA 4O94A 3TTRA 2UYFA 5CBSA 1QUJA 1GR2A 1FTOA 1CB6A 4MMPA 1NH8A 5LTCA 1NUWA 2QVRA 4H6DA 4LVQA 3SEVA 3PPPA 3FJGA 1UIUA 4R73A 5EQ7A 1IXHA 2NVUB 4KD5A 4YKJA 1NMUA 3SESA 4G4PA 3MP8A 4RK9A 2OCUA 2PMSA 5B7DA 1DTGA 2PBWA 3OSRA 3RTWB 3T93B 1MPCA 4MLQA 3CFXA 3N6TA 4QSEA 4GWSA 4RXLA 4G77A 2XXPA 4EF1A 1MY2A 5J16A 4XF5A 1LEVA 3IOVA 4HE2A 1ATGA 3PD8A 4JBZA 1ZLQA 1XHYA 4H0WA 4R6HA 3KEIA 4KQPA 1LB8A 4ELOA 3QAXA 2V3QA 2I48A 1POY1 3UP9A 1O63A 1GGGA 1MY3A 2I4CA 4GWYA 3QSLA 5I2KB 4FJPA 4NF5A 1SI1A 3JV9A 3HN0A 3FUZA 3W9VA 1LAXA 3R7XA 2OWSA 3O97A 2F3DA 4PAIA 1XVXA 2GFEA 3TKDA 2WKYA 4YMBA 1B40A 4MBPA 2I0CA 5J1DA 3M3KA 3LC8A 4Z0IA 3DRJA 5ESYA 4X8RA 1N7WA 1LLSA 1O7TA 1P1OA 2D21A 3D4CA 4PTKA 2ESNA 4GOTA 5DTBA 3TEPA 4MNIA 4XKPA 5A5XA 3IO4A 4NQ8A 3IFCA 3OO8A 4DCXA 3MYUA 4PFIA 3TQWA 4AS4A 1DPEA 1YZ0A 1WODA 4YMAA 3D1RA 2XXWA 1USYE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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