3MVZA

X-ray structure of the (hydro)peroxo intermediate nika/1-int", after monohydroxylation of the iron complex
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 162
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvzA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvzA01
3KSXA 1B3LA 2RCAA 3KZGA 1IXIA 4FATA 5HBCA 2Y84A 1VE4A 2ONRA 4ZEFA 1SI0A 1II5A 1BLFA 1A55A 2KLFA 4I1DA 1RYOA 4DCYA 3DRGA 2ONSA 4G8HA 2REJA 1WODA 3FATA 1AH5A 1Y9UA 3H3GA 2DQVA 3SEVA 2M8CA 3FJGA 3OMBA 1TFAA 2R6GE 3V89B 4R6KA 1TT1A 2B4LA 4YZZA 3H03A 1QJMA 3UIFA 3MJNA 3RNNA 3KFMA 2IA4A 5I58B 2ALUA 4G68C 1IXCA 1MPBA 3CFLA 4Q30B 1B1XA 4RYAA 4X1BA 3KGCA 2PT2A 3O6IA 4ELRA 4LATA 5CBSA 4G68A 2YLNA 5BWJA 4BDQA 1MM7A 1NMUA 3DM0A 2PMSA 3G3FA 2OK2A 1Y3NA 5AA2D 4XKQA 4IB2A 4PP0A 3ZKKA 4YB7A 4BDOA 3CVGA 4RK9A 3PUZE 3U1OA 5I2NB 3ONMA 2ZYKA 2P0SA 3IJXB 3FXRA 2XXPA 3DP4A 3OO9A 2F78A 3B6TA 1ELJA 1SW2A 1YPNA 3QUJA 2ANJA 3LR1A 1Y4CA 1Q1KA 4GVOA 2QMXA 3CRBA 1GGGA 4JBZA 5L9SA 5L9OA 3N5LA 2PYYA 4OWDA 4F22A 4KHZE 4MFIA 2R9JA 3A3CA 3G3IA 1B52A 5HPQA 2NWJA 1OQHA 4YMBA 2RF1A 1SW5A 4PFTA 4R6HA 2AL5A 4JB7A 3TDJA 1BTJA 2I4CA 4PETA 3C35A 4IO4A 1MXXA 4OYVA 5CMKA 3K6XA 3VDFA 2P1SA 4H0WA 4NF6A 1OLAA 4EXLA 3DLNA 2NVUB 2OZZA 3QIMA 4ECFA 3CSBA 3TTNA 2F6GA 2DVCA 1FTOA 4P11A 3H06B 3SESA 1D4NA 1H43A 1CE2A 3K6VA 5I56A 1IUDA 1B3FA 5H8SA 2DP8A 3K00A 2OBGA 5EHMA 5EHSA 3CIJA 3MZ9A 1SD3A 3DP6A 1P99A 4GD5A 5CMBA 4H67A 1Y3QA 4GQOA 3C33A 4KI0E 1H3DA 1P1NA 3IOVA 2XHDA 4Z7EA 3IAZA 4BDRA 2O69A 1FQDA 4LQ2A 1EU8A 4U1OA 3HHFA 4UA8A 1DPPA 3IX1A 4XKNA 3C9HA 2Q8JA 3TZAA 2Y7WA 4LUBA 5I58A 3UP9A 3TELA 4H6DA 3C36A 2G29A 4NE4A 5DVFA 4NTLA 2X26A 3O2AA 1LB9A 4ZZEA 2NUVA 1A99A 4NEDA 4I8CA 5H8HB 5FHMA 1NNPA 2O68A 1URSA 2F36A 4KCCA 1USYH 3G3KA 1DPEA 1JVYA 1NNTA 4ZEKA 1JNFA 3OELA 2RINA 1MDQA 4ZE8A 5I2NA 3TCFA 5EYFA 3TTLA 4JWOA 4MBPA 1N84A 3A3UA 1JEUA 2B3FA 3SEXA 5J1DA 3KJTA 1P1UA 2XXIA 2VGQA 2O6AA 4GRKA 4QFNA 1B9JA 4MH5A 4N07A 1US4A 1I69A 4DXUA 3DELB 3K6WA 4GFRA 2RKMA 3QAXA 4LP2B 2O1LA 4OFJA 3FGSA 3KJ7A 5H8NB 4OEVA 4OXVA 1QW0A 4E0XA 3SDFA 3ZSFA 1A8FA 2DOJA 3G7WA 4WXJA 1B32A 1FCKA 2IEEA 4X9TA 3RGYA 3MVZA 4WKMA 3W9WA 3FIRA 5K2XA 1QUIA 2Z23A 1B6HA 3OO8A 1AL3A 5I2KB 2F97A 2RC7A 2Y7PA 5L9MA 2DXYA 3MC2A 4AQ4A 3RYAA 3TTKA 4H1XA 3KOSA 4M1VA 3OSRA 3FXUA 1ZKBA 3THIA 3GBBA 3B7DA 3U8QA 1UTBB 4R2FA 2DSFA 1Y3PA 2QSXA 3JV9A 4LONB 4KD5A 3RT6B 1J1NA 2V3QA 4XXUA 2WOLA 3IB1A 1UIUA 1S50A 1MQDA 2GRVA 4ESXA 3LSFB 5DYHA 4U1ZA 1WVJA 1MY3A 3PPQA 3G3JA 3CFZA 2UXAA 2REGA 5H8HA 3USDA 4NF5B 1TXFA 2VD3A 2QS4A 4GXAA 1D3KA 3HO7A 3MUQA 1S7YA 5CMCA 2E0SA 4BDNA 3T96B 1JW1A 5DVJA 1JVXA 3T22A 4GXSB 3Q25A 4F29A 1PB8A 1XC1A 2F7CA 4OQOA 5FTHA 4QSCA 2Q2CA 2QS2A 2DWAA 3IOTA 3IOWA 1MXUA 3GZGA 1PC3A 3U94A 4OFLA 3M8UA 1B51A 4N13A 3T9HB 3KOTA 3PMWA 1SBPA 2I4BA 2X7QA 3RN8A 3F11A 3QYTA 2AYSA 3MVYA 1FTLA 1LCTA 1LFGA 1SVXB 1SQYA 4G2ZA 5KDTA 3N94A 3K6UA 4EDPA 1POTA 3JYRA 2HAVA 2DWJA 2A5TB 4RPNA 2Q88A 5H8NA 4F3SA 3MZBA 3IL1B 4FECA 1EZPA 4P0IA 1A40A 1B58A 3C34A 1MM6A 4JSOA 3W9VA 4K3FA 2PBWA 4IGTA 1I6QA 4JDFA 1Y4TA 5I2KA 4GL0A 3WAFA 3R26A 4POWA 4NMYA 3PMXA 1LGBC 2UVGA 2WOPA 1EZ9A 3S9EA 3CSGA 3RY3A 4DZ1A 1ANFA 4GWOA 2XXVA 2F5XA 3C4MA 2YJPA 4C1UA 1M5BA 2AL4A 3MPKA 4EF1A 4KFQA 1Q35A 1ZU0A 3G3GA 1UTBA 3D4CA 4BDLA 4XIGQ 3H6UA 4ZECA 2XXHA 5CBRA 2V25A 4F3GA 2Y7RA 4R75A 3D4GA 1N04A 3LC8A 4BDMA 3HPIA 3LSXA 1Y20A 2UVHA 3TFLA 5LOMA 1BP5A 2XX9A 4QRZA 4KYSA 3K01A 3MP8A 1B7HA 4WEPA 1Z7ME 1N7WA 4NF5A 4RA1A 1BIYA 4OMBA 4O3AA 4OZ9A 5H8FB 1FQFA 3VLWA 3SETA 1B0HA 4PFUA 4HCWA 2QL3A 3EF7A 2UYFA 3S9LC 4AB6A 4IY6A 2LAOA 1JW5A 4X48A 3QSLA 3RQTA 4QFOA 3Q29A 1MQJA 3GXAA 3KN7A 5TP9B 4EQ9A 1FTKA 4GOTA 3S9MC 4TLMB 1TWYA 1FQAA 3LVUA 4NF4B 3TAJA 4JWXA 1SYHA 3FJMA 3IOUA 4FIMA 3FXQA 3I6VA 4G77A 3UN6A 1JQFA 1XOCA 2O1MA 4DCXA 4PFYA 2F7AA 4AB5A 4R9GA 3M3FA 4IO3A 1UTHB 1MDP1 2QS3A 1B4HA 2ZMBA 4YICA 5AA2B 1ZIUA 3HSTA 4DLDA 1MH3A 4ISUA 4F3PA 5ICTA 1NNFA 4ZEIA 5I57B 3IK6B 3FJ7A 2H9BA 3MVWA 1B5JA 1IEJA 4I9DA 2DS9A 1ZJLA 1GR2A 1O63A 4OERA 1PBQA 2O7UA 3RTFB 3MPLA 3MZ1A 5F1QA 4FAJA 3JZJA 4IY5A 4TOZA 4WEDA 4MF3A 1I6BA 5M2VA 4OESA 3OSQA 5ITPA 2ZYMA 5FHNA 5I84A 3E3KA 2GHBA 1BKAA 4XTCQ 1LCFA 2R71A 5CRYA 2VOZA 2V3UA 2QMWA 3I5OA 1P1WA 1T0KA 3L6HA 3FZVA 1NL5A 3S4UA 4R74A 3B6WA 3LUYA 1MQHA 3OO6A 3PAMA 4DE8A 1CB6A 5ELVA 1GVCA 1ZBMA 3PUWE 1I6AA 3EHTA 3S2VA 1MPDA 3TQWA 5B70A 3HHGA 1USYE 1DTZA 3H6WA 3L6GA 4NF8B 3RT8A 3RYBA 4U2RA 3OEKA 2GHAA 3UGWA 5BUUA 1RKMA 1M5EA 3QK6A 2Z8FA 1LAHE 1MY4A 1LBCA 1UQWA 3TYHA 1XHYA 2I0BA 2O7IA 5H8FA 1LAGE 3PU5A 3KN3A 4F1YA 4KCDA 1MXVA 4EQ7A 1N7XA 4OVJA 4E0WA 1MXYA 4TQUQ 3Q28A 3O66A 1B7UA 3H4ZA 4ELPA 5F7VA 2P2AA 2DE3A 4O3BA 4L17A 3T93B 5TP9A 2GFEA 2UVJA 4DXBA 3MAMA 3CHGA 3U92A 3PPPA 2H98A 2ZNTA 3K02A 2ZNSA 3PGFA 4EUOA 4N6PA 4EXKA 4NF4A 2OJTA 3N26A 3WAEA 2CMOA 3V5AA 4Q8RA 3SEWA 3OO7A 2CZLA 3FASA 2XXYA 2OLBA 2G93A 3TPAA 4FEDA 1UTHA 1PEBA 4MLQA 4EF2A 1OVTA 4EQBA 5AA2A 1AOVA 4XKPA 3IO4A 1HSJA 3UORA 3KBRA 3TTMA 3ILUB 2XXTA 5I57A 5JK4A 5DEXB 1OVBA 3IJOB 1PDAA 3K1PA 3VV5A 4U22A 1TFDA 2UYEA 4PQJA 4G68B 1POY1 1M5FA 3TCHA 1H45A 4F2OA 2Y7KA 1HSLA 5L8DA 4FE8A 2F34A 3TQLA 4F1UA 3KN8A 3O28A 3SERA 2XXWA 5CC2A 3O9PA 3KG2A 2F6PA 4ZE9A 4U23A 1MY0A 2RC8A 3N6TA 1Y1MA 2DE4A 1GV8A 3OXNA 2D5WA 4G4PA 4HS7A 3E4RA 3DRKA 2VD2A 4X1DA 4H8IA 1P1OA 4C1TA 3O97A 2A5SA 3FVKA 1MXWA 2XXUA 3MWBA 4QFPA 2H4IA 2HCAA 4IO7A 2QPQA 4LZ8A 3ILTB 5CMMA 3U93A 4M4GA 3MQ9A 3BFUA 1EH3A 5ITOA 4YU0A 2WOKA 1MH4A 3P7IA 5A5XB 3DRJA 3K1NA 4H5GA 3K2DA 4ESWA 3EHSA 4NF8A 1VFEA 3H6VA 1URDA 4R72A 4LQ5A 1MY2A 5H8QB 1D9YA 4ZZAA 1Z7NE 3PPNA 5DVIA 5B7DA 5FHOA 2XX8A 5HM4B 4NWCA 2D21A 5AE4A 2DXRA 4KYEA 4JSDA 4P0GA 3PPRA 1FTJA 3FD3A 1AIVA 1MXZA 3OENA 4F31B 2I58A 4UACA 3PV0E 1SYIA 1FQBA 2DWHA 3LBSA 4YKKA 4LZ5A 4LZ7A 3GLBA 3O6HA 1LB8A 5JTYB 2F7BA 3O6GA 3OOAA 1MRPA 4XKRA 1B0LA 2Q89A 3ZKLA 1A7LA 2DWIA 4POXA 5AA1A 1SW4A 2UVIA 2HZLA 1YCJA 4JWYA 4YKJA 4H65A 1S9TA 2HFBA 1IITA 1ZTYA 3RPWA 4DDDA 4G8NA 3PD9A 3C32A 1OQGA 1UIVA 2PVUA 5DT6A 4GIZA 1B4ZA 1MS7A 4U4XA 3KSJA 1NH8A 5TU0A 5DEXA 3VVEA 4KYDA 3ECRA 3DRFA 1MQIA 3VLUA 1GTKA 3VXCA 4YKPA 4Q5TA 3DRHA 1H44A 1LBBA 2GH9A 3VVDA 2I3WA 1JETA 3FV1A 5TPAB 3PUXE 4DXCA 2XXQA 1D9VA 1SDXA 4R6YA 3FVGA 5IAIA 3A09A 3CI8A 2OWTA 3TCGA 2AIXA 2QS1A 1XS5A 2ZNUA 4O3CA 1OLCA 4GF8A 4ONYA 1B5HA 1PBPA 3OEMA 2ESNA 1N3WA 1OIBA 4FJPA 2Y7IA 3V83A 2XXRA 3K0VA 4IO6A 1QKAA 4QFKA 4NWDA 3B6QA 2WKYA 2ZYOA 4F18A 1URGA 3UA8A 2DVZA 2VP1A 4OENA 2BJJX 4ELOA 5A5XA 2W7YA 3H7MA 2RC9A 5AA4B 2V93A 4YMAA 1VR5A 1QKBA 1DMBA 1B3EA 4HW8A 4U4SA 2O51A 3LSLA 5H8QA 3FUZA 1LAXA 2PT1A 4I62A 1QUJA 4GL8A 1NKXA 1M5CA 3FTOA 1LLSA 3TODA 3VXBA 1M5DA 2RCBA 4ZS9A 2XX7A 2XD3A 5K2YA 1B3GA 4THIA 4ZDMA 3UK4A 3IR1A 4QSDA 3VVFA 4F19A 1LAFE 4FEBA 4R2BA 4RK2A 1R1NA 2THIA 2VHAA 1SI1A 1B05A 1Y1ZA 3QXMA 2Z22A 2A5TA 4RPOA 1ATGA 3IO6A 3DP8A 4R73A 1F9BA 3V8XB 1FQCA 3Q26A 1AMFA 3RTWB 1B5IA 3VFJA 5JTYA 2Z8EA 1B2HA 4QSEA 3E9XA 1A54A 1PB7A 3CFXA 3G3HA 1NNKA 1QULA 4OTEA 2FYIA 1N3XA 3IORA 3FV2A 1LSTA 1DOTA 2E1SA 3ZS6A 5ISUA 4QFLA 3TKDA 4ELQA 1US5A 3U72A 1A8EA 1IXGA 1HSEA 4RNSA 2PX1A 1YAEA 5KCJB 4GLIA 4LA9A 5I59B 1B40A 2B3BA 3OD7A 3MW0A 1MQGA 1IZ1A 1QVSA 5DTBA 3ODBA 2DE2A 4YAHX 1MY1A 2I49A 1EZOA 4ZEDA 4H8JA 3BFTA 4H5FA 4MLVA 5CM6A 5TPAA 3IB2A 3RUMA 3EHUA 3MP1A 1DSNA 3SEUA 1FW0A 3O6PA 2HQ0A 3PPOA 5JEIA 1OMPA 1ZLQA 1MG1A 4LVQA 1R9LA 1NH7A 3S9NC 3RLFE 2F8DA 1NFTA 4IGRA 3T9XB 4OFOA 4C0RA 1QUKA 2H25A 4PFWA 3I3VA 3CR9A 3SKPA 1P1QA 4OHNA 3R6UA 2YPNA 3K4UA 4HTGA 4BLAA 4G8MA 1XT8A 1IQ7A 3EQ1A 2FA7A 4R9FA 3BBRA 2H99A 4QF9A 3MP6A 1O7TA 4JXIA 3EN3A 1KWHA 3C31A 4U21A 2HZKA 2ZYNA 3PD8A 2I3VA 4FORA 3M3LA 5KDTB 3HV1A 3O29A 4IO5A 3HCQA 4KR5A 5ICQA 2QRYA 1YTVA 1B1HA 1WDNA 1B3HA 5AA4A 1JEVA 4RJZA 3TEPA 1MPCA 5IKBA 1PB9A 2DYXA 5AA3A 2XXXA 4DIGA 3SEYA 4YB5A 4ZEBA 2F35A 3E13X 1H76A 3MBPA 2Z8DA 4QHQA 3TUSA 3MVXA 1ZMGA 2QJEA 1IIWA 3LSWA 2OWSA 5FTIA 1L5TA 3VLVA 4OETA 2X7PA 2ZXTA 1RYXA 2Q2AA 2D3IA 3KEIA 1XVXA 3AXFA 1SW1A 1B7ZA 2ABHA 1N76A 2OCUA 4YKIA 2Q9TA 3QUFA 2NXOA 3FVNA 3CG3A 4F1VA 1LFHA 2O84X 2B65A 4ND9A 3BKIB 2V84A 4KPTA 1JW4A 4TLLB 4YB6A 3DRIA 3T9VA 3PMVA 2NOOA 2B4MA 5KZTA 1R9QA 3EPEA 4IO2A 5KCJA 3R7XA 1FTMA 1VFDA 5I59A 2V3TA 3K1MA 3CG1A 1LFIA 1XVYA 3T66A 3H6TA 2XD2A 2FNCA 3VE1B 2ONKE 3PUVE 1VSOA 2HAUA 2I0CA 2H5YA 4F3BA 3Q27A 2HEUA 4Q0CA 3FVOA 4RXLA 2I6EA 1R6ZA 2I48A 4OEUA 3M3KA 4HCYA 1N0TA 4F39A 1O64A 4PE5B 3N6UA 3IB0A 3TTRA 4RY1A 3HN0A 3GBAA 4NF6B 1IXHA 1FQEA 2HXWA 1DTGA 5CI5A 3TMGA 3T9UA 4F2QA 4KQPA 3W15C 1B46A 4Z0IA 5I56B 3PUYE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KSXA 4XFEA 1B3LA 1FBGA 2RCAA 3KZGA 1IXIA 4FATA 4AS4A 5HBCA 2R8TA 2Y84A 1VE4A 2ONRA 4ZEFA 1SI0A 1II5A 1BLFA 1A55A 2KLFA 4I1DA 1RYOA 4DCYA 4MHFA 3DRGA 2ONSA 4G8HA 2REJA 1WODA 3FATA 1AH5A 1Y9UA 3IFAA 3H3GA 2DQVA 3SEVA 2M8CA 3FJGA 4I40A 3OMBA 4GWSA 2ZZVA 1TFAA 2R6GE 3V89B 4R6KA 1TT1A 2WYPA 4HE1A 4NGUA 2B4LA 4YZZA 3H03A 1QJMA 4P1EA 3UIFA 3MJNA 4H45A 3RNNA 3KFMA 4O7MA 1RDXA 2IA4A 5I58B 2ALUA 4G68C 4O7IA 1IXCA 1MPBA 3CFLA 4Q30B 1B1XA 4RYAA 4X1BA 3KGCA 2PT2A 3O6IA 2GQ1A 4ELRA 4LATA 5CBSA 4G68A 2YLNA 5BWJA 4BDQA 4I3EA 1MM7A 1NMUA 3DM0A 2PMSA 3G3FA 2OK2A 1Y3NA 2L5VA 5AA2D 4XKQA 4GBWA 4IB2A 4PP0A 3ZKKA 4YB7A 3CVGA 4BDOA 4RK9A 3PUZE 1NUZA 4PBHA 3U1OA 5I2NB 3ONMA 2ZYKA 2P0SA 3IJXB 4OA4A 3MSTA 3FXRA 2XXPA 3DP4A 3OO9A 2F78A 3B6TA 1ELJA 1SW2A 1YPNA 3QUJA 2ANJA 3LR1A 1Y4CA 1Q1KA 4GVOA 4P56A 2QMXA 3CRBA 1GGGA 4JBZA 5L9SA 5L9OA 3N5LA 2PYYA 4MEVA 4OWDA 1BK4A 4F22A 4KHZE 4MFIA 2R9JA 3A3CA 4PFIA 3G3IA 3E78A 1B52A 5HPQA 2NWJA 1OQHA 4YMBA 2RF1A 3QMFA 1SW5A 2HHMA 4PFTA 4R6HA 2AL5A 4JB7A 3TDJA 1BTJA 2I4CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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