3MVZA

X-ray structure of the (hydro)peroxo intermediate nika/1-int", after monohydroxylation of the iron complex
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 162
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvzA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvzA01
5DEXB 1VFEA 1USYH 1PB7A 1AOVA 2RC7A 4X9TA 5CBRA 5JTYB 1GV8A 1UIVA 3P7IA 1S50A 3CSBA 1B6HA 1PC3A 4IO4A 1H43A 3EHTA 3FTOA 3OO6A 3Q26A 5CI5A 4OFJA 4GVOA 3CVGA 1P1UA 5FTHA 3RPWA 1VR5A 1N7WA 3T96B 3KSXA 1N3WA 4EQ9A 3R6UA 4RK2A 3I5OA 2YJPA 2HXWA 3FV1A 3G3IA 1NNPA 3SEWA 5AA3A 4Z7EA 2PYYA 4GL8A 3C9HA 1URGA 5I2NA 2FNCA 4ZEFA 3CIJA 3TAJA 5AA1A 2Q9TA 4U4SA 1M5CA 3C34A 2O69A 3G3JA 3A09A 1LFIA 4RY1A 2A5TA 1Q35A 2Q2AA 5H8FB 3K01A 1Y4TA 3IJXB 5BUUA 3RYBA 1WODA 4OTEA 3K6XA 4M4GA 3U8QA 2AIXA 1FQCA 3TCHA 5A5XA 1NFTA 3G3KA 5H8HB 1A55A 3UK4A 4LA9A 4BDLA 4N13A 2ANJA 4U1ZA 2O7UA 3C36A 4IB2A 4YAHX 1TWYA 2B4LA 3TKDA 3Q29A 1UQWA 1CB6A 3UA8A 4RPOA 2I0BA 5FHOA 2O7IA 4ZDMA 3VFJA 5ICTA 2Z22A 2HZKA 4PFTA 4OETA 3DP4A 1B1HA 3EN3A 3BKIB 3CFXA 4RA1A 4ELPA 3N6TA 3IOTA 2F34A 4PE5B 4P11A 5H8NA 3E4RA 2NVUB 3RN8A 4DXCA 2F36A 1NMUA 2F97A 4JWYA 3O29A 1FQAA 4QFPA 3FIRA 3VLWA 2I49A 4PFWA 1MM7A 4R73A 4GWOA 3OENA 3Q27A 4TLMB 2ZYMA 5FHNA 3MVZA 5CRYA 3QK6A 4QSCA 1MY3A 2WKYA 3M3LA 2HZLA 5FTIA 4ZE8A 3IOUA 1Y4CA 2CZLA 3UORA 2OWTA 5DVIA 2REJA 3HSTA 2QRYA 1LAFE 3FJ7A 5KZTA 5CMCA 3PV0E 1OQHA 1B3HA 2B3BA 3PU5A 4H65A 4FE8A 3LVUA 4TOZA 3OO9A 1Y9UA 5F7VA 2I4BA 2XXXA 5CM6A 3CI8A 3RY3A 1ZJLA 1LSTA 4P0GA 2IA4A 3VLVA 1XT8A 3PUYE 1LGBC 2YPNA 5CC2A 5I57A 4NF6B 4KHZE 3TTKA 4ZEBA 1OIBA 1HSJA 3TPAA 1N3XA 3MPLA 5KCJA 5M2VA 2Y7PA 3LSLA 1BP5A 4OXVA 3KN7A 3LSXA 2I48A 2OZZA 3DRKA 4YZZA 1SDXA 2ZXTA 3B6WA 4R6HA 3S9LC 4YMBA 5CMMA 3MQ9A 5I58A 1MY1A 5K2XA 3PD9A 4BDOA 3SEUA 4FJPA 3TZAA 4R2BA 1NNKA 1P1QA 2AYSA 2B3FA 2UYEA 3IX1A 3TMGA 4QF9A 3LSWA 2XD2A 2GH9A 4BDNA 1POTA 2OLBA 2XXYA 4ELOA 3GBBA 4XKNA 2F6GA 4N07A 3DRGA 4U4XA 2D3IA 3H6UA 3O6PA 3T22A 3QXMA 3I3VA 4YB7A 2VP1A 4H8IA 3T9XB 2D5WA 1I6QA 5I56A 3IO4A 1ZMGA 4F3GA 4F31B 1AMFA 3C32A 3RLFE 1AIVA 2VOZA 4ZEDA 3D4CA 1A54A 2HQ0A 4L17A 1EZOA 3Q28A 3VLUA 4PP0A 2ZNSA 1ZBMA 2X7QA 1MXYA 3HV1A 3FXQA 1S7YA 3S9NC 2BJJX 3K00A 1BLFA 4YB6A 2R9JA 4NF8B 4DXUA 3PD8A 4Q5TA 4F19A 3VVFA 1DPPA 3O6HA 4DIGA 2B65A 1FTJA 3JV9A 3FJMA 3OD7A 1MPDA 5DVFA 5AA2B 3TYHA 1B5IA 1GGGA 4R9FA 1ELJA 1TXFA 3KZGA 2ALUA 1LFGA 3DLNA 3MWBA 3FV2A 5KDTA 4OEVA 1B0LA 5AA4B 4IO5A 4IGTA 1MQIA 4ZS9A 4JWOA 1XC1A 1ANFA 4YICA 2REGA 2UVIA 4DCXA 2DP8A 2XXVA 2NWJA 1LCFA 4F1UA 1MXZA 1MM6A 3G3FA 3MVYA 1B3EA 5B7DA 3TELA 1USYE 4ZEIA 3KN3A 1MY0A 1B9JA 1FTOA 1LAGE 1A8FA 4WXJA 2VD2A 1JW4A 3FD3A 4F1YA 3EQ1A 2YLNA 4PETA 4F22A 2HFBA 1FCKA 4G77A 3PUXE 2F6PA 3TTLA 5TPAB 4RNSA 1OQGA 4WKMA 3MZ9A 5CBSA 4H8JA 3SESA 5JEIA 1R9QA 5I59B 2PVUA 3W9WA 2I58A 5DT6A 3E3KA 5J1DA 4DXBA 3ZKLA 4I1DA 3SERA 4H0WA 4C1TA 3H03A 2F7CA 3TCGA 2XX8A 1N76A 1B3GA 4OENA 4OMBA 3IK6B 4OFLA 3T9VA 4YKPA 2QS4A 2XX7A 4MF3A 5IKBA 4EXKA 4Q8RA 4R9GA 3FASA 4GXSB 2Z8FA 3V83A 3PPRA 1RYXA 3DRHA 3CG3A 4R72A 1ATGA 2V3UA 4BLAA 1MH4A 3TFLA 1MQGA 2V25A 3KSJA 1VFDA 1I6BA 3BFUA 1DTZA 4BDMA 2PT2A 3C4MA 3WAFA 4H6DA 3MJNA 3MUQA 2HAUA 3EHUA 3Q25A 4NWDA 2RF1A 3K6VA 3O66A 5CMKA 1KWHA 5ITPA 4Q30B 3FGSA 3H6TA 1EZPA 4H5GA 4QSEA 3VVDA 1HSLA 5I2KB 2QS2A 1B7HA 3K02A 3K0VA 1SD3A 1FQBA 4F39A 1JW1A 3M3KA 1RKMA 3G3HA 1OLCA 4X1DA 1A40A 3DRJA 4GRKA 4E0WA 1NNFA 1ZIUA 1I69A 3TODA 3GBAA 4G4PA 3K1NA 3IOVA 4JSOA 4IO2A 3THIA 2ONKE 1LAXA 3H06B 4ONYA 1OVBA 1MPCA 2VD3A 3PAMA 3IL1B 1IZ1A 4PFUA 2D21A 2AL5A 4JWXA 1MXVA 3WAEA 4FEDA 2DVZA 2OCUA 3T9UA 3IAZA 2GRVA 2H5YA 4IO6A 3PMXA 5L9MA 1N0TA 1JNFA 4H5FA 2Y7RA 3KBRA 3HO7A 1MRPA 4U22A 5TP9A 4AQ4A 5DTBA 3TDJA 4XKRA 4POXA 4LQ5A 2QSXA 1BIYA 1QULA 1LCTA 2XXPA 2ZNUA 4YKJA 4WEPA 4ECFA 3CFLA 3RUMA 1TT1A 2XHDA 4FATA 1PBQA 1D4NA 2DSFA 3TQWA 3RTFB 1SYIA 4R2FA 4M1VA 4F3SA 3EF7A 4GFRA 4QFOA 4PFYA 3IO6A 4FIMA 5ISUA 1N84A 1QJMA 1S9TA 2F7AA 5IAIA 3OO8A 1B32A 2RKMA 3FXRA 4HS7A 4I8CA 1D3KA 1WVJA 4K3FA 4BDRA 4G68A 4NF5B 1FW0A 2F7BA 3MP8A 4BDQA 1LFHA 3A3CA 4U23A 4LZ7A 2V3QA 5I84A 4LUBA 2Z23A 4EQBA 3CFZA 4R6YA 2H4IA 4KCDA 2NUVA 1UTBB 2XXUA 1YCJA 1FQEA 1L5TA 4NTLA 2GHBA 3RYAA 1MS7A 2XX9A 1B0HA 1LBBA 4QFNA 5H8QB 1B4HA 1UTHB 1JEVA 1Y1MA 2LAOA 3N5LA 2PBWA 1H44A 2XXQA 1OMPA 3U94A 1CE2A 4MLQA 4NF4A 4UA8A 3K1MA 4ESXA 1Y3NA 1IITA 1N7XA 1URDA 2THIA 2O84X 3G3GA 3V5AA 3ECRA 1P1NA 3N94A 4GD5A 4NE4A 4RYAA 1DSNA 2H25A 5DEXA 1DTGA 1Y3QA 3S4UA 3DP6A 3TTRA 4LONB 2QPQA 4YMAA 4HW8A 4KYSA 3M3FA 1MXUA 2G93A 1MDP1 2P1SA 5JTYA 4KYDA 2QS3A 1SBPA 1B52A 4KYEA 1QW0A 1SI0A 2OK2A 3BFTA 5L8DA 3H6VA 2QS1A 3L6GA 3RT8A 3W9VA 1R6ZA 2HCAA 1T0KA 3KJ7A 4GIZA 3ZS6A 2Q88A 4HTGA 3BBRA 3T66A 4IO3A 4R6KA 2KLFA 2DXYA 3AXFA 1B4ZA 3ILTB 2Y7IA 2DWJA 3O97A 2ZMBA 2RC9A 2O1LA 4YU0A 4EUOA 2FYIA 1NKXA 1B3FA 2O68A 3FVOA 5HM4B 5H8SA 5HBCA 4O3AA 2Y84A 1AH5A 1TFDA 4OYVA 3TEPA 4GOTA 4ELRA 2CMOA 3DP8A 3KEIA 1Z7NE 1XVYA 4I62A 3SDFA 3QYTA 3EPEA 3R7XA 2ONRA 3PUVE 3IR1A 1IXGA 4IO7A 5H8FA 3QAXA 1H3DA 2A5TB 4FORA 2QL3A 4XXUA 3CR9A 2ZYKA 1B05A 2PT1A 3FJGA 3K2DA 2G29A 5H8HA 2Y7WA 5A5XB 1SW4A 3EHSA 1JVXA 2PX1A 1IUDA 1O7TA 3TCFA 3LBSA 4RXLA 4ZZAA 2WOKA 1P1OA 1JQFA 4MFIA 3VV5A 1MG1A 4GQOA 4OQOA 3B6QA 3K6WA 3OOAA 3CSGA 3V89B 4OESA 2UVGA 4KI0E 3KGCA 2OBGA 4C0RA 3VDFA 5H8NB 3N6UA 1NNTA 3N26A 1M5FA 4OEUA 3O6GA 1R1NA 1GVCA 1PB8A 4OWDA 1II5A 3HPIA 3PPPA 4IY6A 4F29A 1D9VA 3JZJA 1B51A 3KOTA 3VE1B 3HCQA 2DYXA 1PBPA 4XIGQ 4AB5A 1A8EA 3U93A 1Z7ME 1VSOA 4DE8A 2O6AA 2AL4A 1DOTA 1DPEA 3OXNA 3GXAA 3H7MA 1URSA 5DYHA 1O63A 1SW1A 1DMBA 2RINA 1MQJA 2Q2CA 4OFOA 4LATA 4G8MA 1NH7A 1JVYA 4PQJA 3RTWB 3U1OA 4ISUA 1IXIA 2DE3A 3PMVA 2I3WA 3SEVA 1SI1A 4MBPA 3CRBA 4F3PA 4U2RA 4NF6A 1XOCA 3U72A 1ZLQA 5I57B 1QUJA 1MQHA 4E0XA 1MH3A 5KCJB 2A5SA 3MP1A 4KQPA 2I6EA 3D4GA 2Z8DA 4ZECA 1SVXB 3T9HB 4NMYA 2I3VA 2PMSA 4H67A 1QVSA 3H6WA 4QRZA 5I58B 1FQDA 2HAVA 1GR2A 4Z0IA 1IQ7A 3TUSA 3UP9A 3C33A 5L9OA 3KG2A 2VHAA 3S2VA 3MP6A 1PDAA 3R26A 2XXIA 4EF2A 2HEUA 4QSDA 4TQUQ 4X48A 1IXCA 3OO7A 1B2HA 2E1SA 2ZYOA 3MZBA 4F3BA 3C31A 4MH5A 2WOPA 4POWA 3HHGA 4YKIA 1QUKA 2RC8A 4FECA 4JDFA 2UVJA 3DRFA 2R6GE 2DVCA 5I56B 3ILUB 4OHNA 1YAEA 4I9DA 2DQVA 4OERA 1Y3PA 3OEMA 3IORA 4RJZA 1Q1KA 4GL0A 4KCCA 1JEUA 4NF8A 4F2OA 4EXLA 3ONMA 1IXHA 3MZ1A 3W15C 3F11A 3H4ZA 5EYFA 1ZTYA 2NOOA 3MAMA 3RGYA 1H76A 1B1XA 2X26A 3OSQA 2RCAA 5AA2A 3FVGA 4Q0CA 5DVJA 2UVHA 3SKPA 3K6UA 2M8CA 1SW2A 2DWIA 3ODBA 4LZ5A 2FA7A 4ND9A 4G2ZA 5L9SA 2DWHA 2I0CA 2DS9A 5B70A 2QJEA 5AA4A 4IY5A 3H3GA 3PMWA 5KDTB 3OSRA 4LZ8A 3MC2A 2ZNTA 1TFAA 1BKAA 5BWJA 3QUJA 1B7UA 1LB8A 5EHSA 1FTKA 4JBZA 3UIFA 1AL3A 3KN8A 3MPKA 3QUFA 3FVNA 2QMXA 3HN0A 3PPQA 4DZ1A 3I6VA 3FVKA 4R74A 2Q89A 1NH8A 5AE4A 1LB9A 4JB7A 2P2AA 2DWAA 4QFKA 4NWCA 3IB1A 5TPAA 4ESWA 1UIUA 3JYRA 3UGWA 1RYOA 1H45A 4JSDA 4HCWA 5I59A 1B46A 3TTMA 1IEJA 1ZKBA 4EF1A 3MBPA 1M5BA 3IB0A 4HCYA 5ELVA 3S9EA 1FTLA 3O9PA 3KOSA 1IIWA 1MY4A 4IGRA 3KFMA 4U21A 4F1VA 1MXWA 2F35A 4O3CA 2XXRA 1OVTA 4KD5A 2H98A 2QMWA 2XXWA 3V8XB 4RPNA 3PPNA 3PUWE 3UN6A 4YB5A 1FQFA 5EHMA 3FUZA 1SYHA 3PGFA 2O1MA 1P99A 4QHQA 4KPTA 2F8DA 3B6TA 3TQLA 4GLIA 1MXXA 3GLBA 1MY2A 2OJTA 1MPBA 3O28A 1PB9A 4XTCQ 3OEKA 3USDA 2DOJA 1D9YA 5I2KA 3VXCA 3DELB 2V3TA 4GF8A 1EZ9A 4XKPA 2IEEA 1QUIA 1QKBA 1SQYA 3FATA 5K2YA 1M5DA 2P0SA 3IJOB 2XD3A 2F78A 4MLVA 4LP2B 4KR5A 5I2NB 4KFQA 2Q8JA 3K4UA 4JXIA 2H99A 3PPOA 3K1PA 2ONSA 1US5A 1NL5A 1WDNA 1YTVA 4ELQA 1VE4A 2Y7KA 2Z8EA 1LLSA 2I4CA 4FEBA 1Y1ZA 2ESNA 4H1XA 1XVXA 1ZU0A 4R75A 2XXTA 1M5EA 4G8NA 2R71A 3L6HA 3QIMA 2GHAA 3M8UA 3FZVA 2O51A 3KJTA 3QSLA 1MDQA 1R9LA 1F9BA 4N6PA 2V93A 1JW5A 1OLAA 2W7YA 4G8HA 4NEDA 3DM0A 1N04A 3HHFA 1FTMA 2V84A 2ABHA 2DXRA 2H9BA 5TP9B 1XS5A 4DCYA 4UACA 1HSEA 4U1OA 3LR1A 1B5JA 4WEDA 3DRIA 2NXOA 5F1QA 1B3LA 3ZKKA 2XXHA 4GXAA 4ZEKA 4OZ9A 4G68C 5AA2D 1EH3A 3CG1A 3VXBA 1B40A 3OELA 3U92A 3MW0A 4X1BA 4FAJA 1J1NA 4TLLB 3IB2A 5CMBA 4EDPA 1GTKA 1I6AA 4AB6A 2OWSA 4C1UA 2DE4A 4P0IA 4NF5A 3IOWA 5JK4A 4G68B 1JETA 3VVEA 1P1WA 4RK9A 1B5HA 4F2QA 4QFLA 1YPNA 1PEBA 2RCBA 3LC8A 2UYFA 3T93B 4ZZEA 3A3UA 1A7LA 3CHGA 3SETA 5TU0A 2WOLA 1LBCA 4XKQA 1Y20A 4ZE9A 2GFEA 1UTBA 1O64A 5HPQA 3OMBA 3GZGA 3C35A 3RQTA 1SW5A 2DE2A 5FHMA 4LQ2A 3E9XA 3LUYA 3FXUA 3O2AA 3PUZE 3O6IA 1A99A 2E0SA 4LVQA 3S9MC 3SEYA 3E13X 5H8QA 4O3BA 1UTHA 1B7ZA 4DLDA 3LSFB 1LAHE 5ITOA 2F5XA 1EU8A 2UXAA 3ZSFA 3MVWA 2VGQA 4F18A 1BTJA 3SEXA 4EQ7A 4NF4B 4THIA 3MVXA 3B7DA 1B58A 4DDDA 3RNNA 2B4MA 1MQDA 4YKKA 1XHYA 1US4A 4OVJA 3TTNA 3RT6B 5LOMA 3G7WA 2ZYNA 2X7PA 1QKAA 1POY1 5ICQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DEXB 1VFEA 1USYH 1PB7A 5I3SA 1AOVA 2RC7A 4X9TA 5EYGA 5CBRA 4XF5A 1FBFA 5JTYB 1GV8A 1UIVA 3P7IA 1S50A 3ROJA 3CSBA 1B6HA 1PC3A 4IO4A 1H43A 3EHTA 3FTOA 3OO6A 3Q26A 5CI5A 4OFJA 4GVOA 3CVGA 1P1UA 5FTHA 3RPWA 1VR5A 1N7WA 3T96B 3KSXA 1N3WA 4EQ9A 2GQ1A 3R6UA 4RK2A 5EYHA 1IMCA 3I5OA 2YJPA 4X8RA 2HXWA 3FV1A 3G3IA 4OVSA 1NNPA 3SEWA 5AA3A 4Z7EA 2PYYA 4GL8A 3C9HA 1URGA 5I2NA 2FNCA 4ZEFA 3CIJA 3TAJA 5AA1A 2Q9TA 4U4SA 4PF6A 1M5CA 3C34A 2O69A 3G3JA 3A09A 1LFIA 4RY1A 2A5TA 1Q35A 2Q2AA 5H8FB 3K01A 4PF8A 1Y4TA 3IJXB 5BUUA 3RYBA 1WODA 4OTEA 3K6XA 4M4GA 3U8QA 2AIXA 1FQCA 3TCHA 5A5XA 4PFRA 1NFTA 3G3KA 5H8HB 1A55A 3UK4A 4LA9A 4BDLA 4N13A 2ANJA 4U1ZA 2O7UA 3C36A 4IB2A 4YAHX 1TWYA 2B4LA 1RDZA 4N8YA 3TKDA 3Q29A 1UQWA 1CB6A 2MKZA 3UA8A 4RPOA 2I0BA 1FJ6A 5FHOA 2O7IA 4MHFA 4ZDMA 1NV6A 3VFJA 1YYZA 5ICTA 2Z22A 2HZKA 4PFTA 5IZ3B 4OETA 3DP4A 4N81A 1B1HA 3EN3A 3BKIB 3CFXA 4RA1A 4ELPA 2Y5LA 3N6TA 3IOTA 2F34A 4PE5B 4P11A 4P47A 3E4RA 5H8NA 2NVUB 3RN8A 4DXCA 2F36A 1NMUA 2F97A 4JWYA 3O29A 1FQAA 4QFPA 3FIRA 3VLWA 2I49A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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