3MZ9A

X-ray structure of nika in complex with hbed
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 158
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mz9A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mz9A01
2REGA 1MY2A 5I2NA 2QPQA 5HPQA 4YMAA 2OJTA 3G7WA 5H8FA 4ZZAA 2ONRA 2XXYA 1MY4A 4NF4A 4FJPA 2NXOA 2RC7A 4R2BA 1FQCA 2VD2A 1Y4CA 1YTVA 3B6WA 5ITPA 4ELPA 2ZNUA 2Q89A 3FATA 4F29A 5KZTA 3H6TA 4N6PA 1TXFA 4KYDA 2GRVA 3OO8A 1OLAA 4U22A 4RA1A 4ZDMA 1FQAA 4G68C 3IO4A 3O9PA 3DRFA 2O1LA 5AA2A 1WVJA 1VSOA 1WDNA 3FXUA 3M3FA 1B4ZA 3BFUA 1USYH 3VXBA 3OMBA 5DVIA 3MP8A 4HCYA 2F78A 2CZLA 2UVJA 1LAHE 3CRBA 5I58B 3ILUB 3IX1A 3SEXA 4HW8A 4QSCA 2I48A 5TPAA 3TDJA 3DP6A 5JK4A 3B6QA 1JEVA 1URGA 2I3VA 1TFAA 3OEMA 2DP8A 4EQ9A 3L6HA 2X26A 1MS7A 4NF5A 3K6UA 4WEPA 1XOCA 5B70A 1DTZA 3QUFA 1P1WA 3OEKA 1KWHA 3KN8A 3IB2A 4G2ZA 2H25A 3ZKLA 4ESXA 1MXXA 2XXHA 2I58A 3S2VA 3FVGA 4F22A 3MVWA 2XXVA 5BWJA 1AL3A 1MPDA 2ZYNA 4OVJA 1MH3A 3TODA 2D21A 4G8HA 1I6QA 4F39A 1MG1A 5H8QB 1LFIA 1MXYA 1PC3A 4F3SA 2DVZA 4F3BA 1GGGA 4MLQA 5EYFA 1SW2A 3CIJA 3O66A 4ZZEA 2WOLA 1HSJA 2YJPA 2XD3A 3RY3A 1IQ7A 1IEJA 4NF4B 4G77A 4F1UA 2O1MA 4OERA 4XKPA 4HTGA 4ONYA 2B4LA 1FTMA 3IOUA 1IXHA 3CFXA 3PMVA 5KDTA 5LOMA 1LB9A 3IL1B 4H1XA 5JEIA 4P0IA 4RK9A 4JWXA 4U23A 3RT6B 4HCWA 3IJOB 4G8MA 4U4SA 5AA1A 1ZIUA 2P0SA 1M5FA 2OWTA 5AA2B 2ZMBA 1B7ZA 2Y7RA 4KCCA 3MC2A 4LATA 2X7PA 4FORA 4KYEA 1SW1A 4X48A 4GFRA 2P1SA 3HV1A 1ZU0A 2E0SA 3TCGA 4R6YA 4ZEFA 1EH3A 3OO9A 4OEUA 3K6VA 2OWSA 2NVUB 2HXWA 1GV8A 5TPAB 3CG3A 4EF2A 3TTMA 2ONKE 2P2AA 1Y3NA 3OSRA 4GXAA 4Z7EA 1I6AA 1UTBA 1B52A 3FV2A 1Y9UA 3HSTA 1B32A 4OFLA 3PUVE 2B65A 4IO6A 2VGQA 3VDFA 4NF5B 4TLLB 3FXQA 4LZ7A 1JQFA 1ZJLA 2XXUA 3SDFA 3SKPA 3K00A 4QHQA 4OZ9A 4OFOA 1B7HA 5FHMA 2ZXTA 4KCDA 1II5A 4BDMA 2CMOA 5K2YA 2FYIA 5CMKA 3OO6A 3JV9A 1CE2A 1BTJA 2DWAA 3MBPA 4KYSA 5CRYA 4ZEIA 3O28A 3DELB 2XXTA 2DXRA 1IITA 3GXAA 3Q25A 2OCUA 4BDQA 3LBSA 4IY5A 3KOTA 1LFGA 2BJJX 5ELVA 5KCJA 4EXKA 4YKJA 4JWYA 3PV0E 4EQ7A 2Q2CA 2XD2A 4YKIA 3FD3A 3RNNA 2Q88A 4R9FA 3ZSFA 3L6GA 3OENA 3C34A 2DVCA 1B3FA 4BDRA 5FTHA 1JEUA 5BUUA 1LLSA 2PYYA 2NWJA 2KLFA 3G3IA 1A7LA 1UQWA 3RN8A 4ISUA 4NF8B 1FTJA 4JBZA 3VLWA 1RYOA 1EZ9A 4MLVA 3KZGA 3FVOA 4I62A 3OOAA 3B6TA 2ANJA 3RYBA 4NWCA 3RYAA 4UA8A 1Y3PA 3VLUA 1JW4A 3IB1A 1ATGA 1PDAA 1J1NA 2O7IA 3DRJA 3CVGA 2OK2A 2B3BA 3KN7A 1US4A 3WAFA 4GL0A 1L5TA 3TPAA 2RCAA 3UP9A 3O29A 2G93A 3LR1A 5DEXB 2VD3A 3TQLA 2Y7PA 3IJXB 1Z7NE 4U1OA 3FVKA 3MUQA 4G8NA 2Z23A 1MQJA 1QUJA 1N7XA 3MJNA 1A8FA 3R26A 1QULA 3DM0A 1QKAA 3MZBA 3VFJA 1IXCA 4RK2A 1B0HA 5I59A 4GIZA 4HS7A 4OEVA 1MXZA 3V83A 3P7IA 3ECRA 1LBCA 3SEWA 3TTKA 4I1DA 1QVSA 4DXUA 1B0LA 2QS3A 3FXRA 2F6GA 3N6TA 1Q1KA 3HHFA 4ZECA 3MWBA 3ODBA 2A5SA 2E1SA 3ZKKA 4PE5B 1PB9A 4KR5A 3HHGA 4E0XA 4N07A 1IUDA 2DOJA 4OENA 5H8NA 1WODA 1B5JA 1S7YA 3WAEA 3KBRA 3I5OA 4ZEDA 4IGRA 1IXGA 2I3WA 5KCJB 3OELA 1PBQA 3SEUA 1EZOA 2F6PA 4OHNA 3N6UA 4E0WA 1B6HA 1PEBA 1EZPA 3O2AA 4F3PA 1P1NA 3KJTA 1VFDA 5FHNA 4H65A 3FIRA 5ITOA 2NUVA 5L9MA 1S50A 3EQ1A 3Q27A 1R6ZA 4IO4A 3F11A 1MDP1 4ELOA 4JDFA 2WOKA 4KI0E 3SERA 4NWDA 1OLCA 3TELA 3T93B 4Q30B 1B3LA 1N3WA 3V5AA 4EQBA 3TEPA 4KQPA 3OXNA 1P1OA 2HQ0A 2Y7KA 1MM6A 1POY1 3D4CA 2UVGA 3QK6A 1MRPA 2NOOA 1YPNA 1B46A 3SEYA 2Y7IA 4YKPA 4IGTA 4POWA 4H67A 2O7UA 1LAGE 3TUSA 2ABHA 4WXJA 2DSFA 4RNSA 4IO3A 3N5LA 1USYE 2H5YA 1MY0A 1B7UA 5H8HA 2XHDA 3V8XB 3RGYA 4M1VA 3A3CA 2V84A 4DIGA 4KD5A 2HZLA 1O63A 1ZKBA 5DVJA 4XTCQ 1GR2A 4XIGQ 3QSLA 4GQOA 4LONB 2UYEA 2ONSA 3C9HA 3LSLA 2I0BA 4RY1A 1A8EA 2F5XA 3DLNA 2IA4A 4LVQA 4F1VA 3THIA 4F1YA 1QUKA 4LQ5A 4FAJA 3IOVA 4GRKA 3TQWA 1NFTA 2RKMA 4EUOA 3S9EA 2GHAA 1Q35A 3LVUA 4LZ5A 5H8NB 2F34A 4DXCA 3KSXA 2I4BA 4O3BA 3H3GA 3H6VA 3I3VA 1M5CA 2Z8EA 1NKXA 5I2NB 1ZTYA 2ALUA 3W9VA 3M8UA 1NH7A 3PPPA 5H8FB 2Z22A 2DWIA 2AL4A 4UACA 4GL8A 1Y20A 1TWYA 4YICA 2I4CA 1D9VA 1POTA 3GZGA 3QUJA 1LSTA 3K0VA 5TP9A 1YCJA 2H9BA 1UIVA 2V3UA 4MFIA 2Q8JA 3O97A 4JSOA 4ZEKA 3MAMA 1XS5A 4IO5A 3FGSA 1XT8A 5J1DA 3RQTA 4QFKA 3E9XA 4ND9A 3IORA 3MZ9A 4R75A 4QSDA 3ZS6A 3UN6A 4NE4A 5HBCA 3K01A 2I6EA 1XVXA 2DE3A 4YB5A 1NMUA 4G68A 1H3DA 2HFBA 4H5FA 3C4MA 2V3QA 5H8HB 2PT2A 1OQGA 5ICTA 5CBRA 3KG2A 4U1ZA 4U2RA 3QXMA 4OWDA 4C1TA 1R9QA 1DMBA 2F7BA 4G4PA 2OLBA 2GFEA 1AOVA 1SD3A 3CG1A 5I84A 1BP5A 3KSJA 5DT6A 5TU0A 1ZLQA 2H4IA 1NNKA 2REJA 3H06B 3G3JA 2D5WA 3GBAA 2XXPA 4K3FA 1AH5A 3HN0A 1F9BA 1M5BA 4GOTA 3O6GA 5AA4A 5JTYA 4X9TA 3Q28A 1N04A 4ELQA 3O6IA 1SW4A 1XHYA 4F31B 1B9JA 4OMBA 4H8IA 3C36A 2DS9A 4ZS9A 3N94A 1MM7A 3UIFA 1SW5A 2F97A 1JNFA 4PQJA 2F7AA 1DTGA 1B3GA 1NNPA 2DWHA 2DXYA 3IOTA 1LBBA 1Y4TA 1R9LA 2Z8FA 2V25A 1MXWA 4OYVA 3IR1A 2O6AA 1MQHA 4PFYA 4LP2B 5AE4A 1CB6A 2QS2A 3EHUA 3FUZA 1BLFA 3TZAA 3FASA 3BFTA 4OQOA 2F36A 4QFLA 3VLVA 2QRYA 3UA8A 5TP9B 5KDTB 2ZNSA 4TLMB 1MXVA 1TT1A 1QUIA 1AMFA 4H8JA 4OTEA 3U93A 3BKIB 1FTKA 1MQIA 2XXWA 3MZ1A 3G3HA 1HSLA 1BKAA 5K2XA 5DTBA 2QMXA 2QJEA 1MH4A 2DE2A 3PUZE 4QRZA 1FTLA 3IB0A 2Q9TA 3T22A 1AIVA 4JB7A 4ESWA 3KEIA 3T9UA 2PT1A 3PMWA 1B3EA 2XXQA 5I56A 5B7DA 1B5IA 1URSA 4YKKA 3JYRA 3PD8A 4BLAA 4G68B 2O84X 3USDA 3S9NC 4QFPA 3MVYA 2QSXA 1I69A 1QKBA 3KOSA 2AL5A 3Q29A 2PVUA 1UTBB 3QYTA 2ZNTA 5I58A 3MPKA 1SDXA 3FJGA 1Y1MA 1JVXA 3EN3A 3K2DA 3TYHA 1ZBMA 2UXAA 2UVHA 1NL5A 3PGFA 3W9WA 3QIMA 2ZYKA 4KPTA 3VVEA 3DRIA 4R74A 3CHGA 1ANFA 1SI1A 3MQ9A 5AA4B 1MY1A 5JTYB 4ELRA 4RYAA 2W7YA 4RPOA 2XX7A 3C33A 4YB7A 3EHSA 4P11A 1D4NA 1DPEA 1B4HA 3T66A 1MY3A 4F2OA 2DWJA 2M8CA 1TFDA 2H98A 3IOWA 1D9YA 1IXIA 3S4UA 2XXRA 1QJMA 1P1UA 3VVFA 3PUYE 3PU5A 3RLFE 3D4GA 4IY6A 4O3AA 3HCQA 4F3GA 1P99A 4DZ1A 4TQUQ 2RINA 2R6GE 2YLNA 2AIXA 3S9LC 1M5EA 1MPBA 2RC9A 4JSDA 2GH9A 3Q26A 1OMPA 4PFUA 4IB2A 1S9TA 4U4XA 3DP8A 4PP0A 2VHAA 2QL3A 4FEDA 4GLIA 1DSNA 5EHMA 1N0TA 2XXXA 1PB8A 2R9JA 1B51A 3TTLA 3DRGA 3MP1A 1FW0A 3H4ZA 3LUYA 2G29A 4DXBA 4GF8A 5CBSA 2ZYOA 3H03A 5IAIA 4QFNA 2XX9A 1PB7A 3TTRA 3B7DA 3MVZA 4NTLA 2PMSA 1NNFA 3DP4A 3K6WA 5I56B 3GBBA 3RPWA 1B3HA 1JW1A 3RTFB 2OZZA 1OQHA 5CM6A 3CI8A 5M2VA 4DLDA 1LCTA 4PETA 3KJ7A 5CMBA 3HPIA 3PPRA 1VR5A 1MQGA 1FQBA 5FTIA 2V93A 3PPOA 4YAHX 4GWOA 4LUBA 2ZYMA 4AQ4A 5L9SA 1EU8A 3ONMA 3RUMA 1H76A 1N3XA 4BDNA 1LAXA 4OESA 1SYIA 3PMXA 3KFMA 3HO7A 4MH5A 2HAUA 5I59B 3TCHA 3JZJA 3OSQA 3G3KA 3LSFB 1ZMGA 3W15C 1LGBC 5A5XA 3FTOA 4AB6A 3PUXE 3TMGA 3AXFA 2FA7A 4C1UA 3K1PA 2WKYA 3FZVA 5H8SA 5L9OA 1FQFA 4GD5A 3T9HB 4AB5A 4F2QA 1Y1ZA 1UTHA 4R2FA 2RC8A 3E3KA 2XX8A 3S9MC 5I57A 3MP6A 4XKNA 1LAFE 4R6KA 3C31A 3IAZA 4ZEBA 2DQVA 4R73A 1B1XA 4NMYA 4NEDA 3FJ7A 3PAMA 1N84A 1SVXB 1RYXA 5CC2A 2A5TA 1ELJA 3CSGA 1OIBA 5ISUA 4R9GA 3CSBA 2O51A 4X1DA 3PUWE 4U21A 1PBPA 2QS4A 2VP1A 4P0GA 1Z7ME 2RF1A 1DOTA 3CFZA 3DRHA 3PD9A 3SEVA 1B05A 4DDDA 1VE4A 1RKMA 4FIMA 1QW0A 4NF8A 4YZZA 5DVFA 4DCYA 1SYHA 4GVOA 4IO2A 4OFJA 2Q2AA 3LSXA 3FV1A 3PPQA 5ICQA 3H7MA 4O3CA 1XVYA 1SQYA 3QAXA 1US5A 3IK6B 4JXIA 4I8CA 3VVDA 4JWOA 1BIYA 3EF7A 1O64A 5EHSA 2AYSA 4MF3A 1DPPA 4I9DA 3SESA 3EPEA 3UGWA 4RJZA 1OVBA 1JETA 4DCXA 4LA9A 2QMWA 4XKQA 3UORA 1URDA 4Z0IA 3M3LA 4ECFA 1A55A 1FQEA 3CR9A 5DEXA 1B5HA 4EDPA 5I2KA 1HSEA 3K4UA 2ESNA 5A5XB 2IEEA 1FCKA 1B58A 3TFLA 1N7WA 4R6HA 4EXLA 3T96B 4F19A 2XXIA 3K02A 3C32A 2HZKA 4BDLA 2DYXA 2X7QA 3TTNA 1UIUA 3O6PA 3C35A 5CI5A 1GTKA 1UTHB 4RXLA 1M5DA 5FHOA 3FJMA 3MVXA 3E4RA 3RT8A 4M4GA 1OVTA 5I57B 1N76A 4NF6A 2V3TA 2UVIA 4OETA 4PFWA 1P1QA 4R72A 3TAJA 2HAVA 5F1QA 3R6UA 4MBPA 4FECA 1MQDA 3E13X 5AA2D 3DRKA 2I49A 2THIA 5L8DA 2GHBA 3TCFA 3K6XA 2A5TB 4KHZE 1MDQA 2O68A 1D3KA 2LAOA 1FQDA 5HM4B 1JVYA 1Y3QA 4C0RA 2Y7WA 4F18A 3CFLA 1SI0A 4YMBA 3G3FA 4Q5TA 2I0CA 3H6WA 1LFHA 3OD7A 2R71A 2HCAA 1I6BA 3A3UA 4FE8A 5IKBA 2F8DA 1YAEA 4RPNA 2WOPA 4X1BA 4POXA 2B3FA 3ILTB 4FEBA 3BBRA 2YPNA 3U94A 2F7CA 4L17A 4KFQA 1GVCA 3H6UA 1LCFA 4ZE8A 2B4MA 4BDOA 4WKMA 3PPNA 1JW5A 4XXUA 1H45A 4FATA 1NH8A 3MW0A 3LSWA 3IO6A 1VFEA 4LZ8A 4THIA 2PX1A 4TOZA 4Q8RA 2UYFA 3U72A 2H99A 5AA3A 2Y84A 3T9XB 4OXVA 1A99A 3O6HA 3K1NA 4IO7A 1O7TA 1FTOA 5I2KB 1A54A 2F35A 2D3IA 3OO7A 3I6VA 4H0WA 4YB6A 1LB8A 1B40A 1XC1A 3FVNA 3EHTA 1MPCA 4H6DA 3LC8A 5CMCA 2Z8DA 3SETA 4PFTA 5CMMA 3T9VA 1B2HA 1H44A 4QF9A 3V89B 4WEDA 3MPLA 5F7VA 3KGCA 3A09A 4GXSB 3G3GA 4N13A 1A40A 4QSEA 1SBPA 4NF6B 1IIWA 2VOZA 4DE8A 2FNCA 2PBWA 1NNTA 3UK4A 5DYHA 1H43A 3TKDA 3U1OA 3RTWB 3N26A 1R1NA 4XKRA 2HEUA 3VV5A 3U8QA 4ZE9A 4EF1A 3VE1B 3R7XA 3U92A 2RCBA 3GLBA 2OBGA 4LQ2A 1T0KA 2O69A 1MXUA 1B1HA 3K1MA 4YU0A 3VXCA 4QFOA 3M3KA 5H8QA 4Q0CA 1IZ1A 4H5GA 2DE4A 3KN3A 2QS1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2REGA 1MY2A 5I2NA 2QPQA 2HHMA 5HPQA 2CZIA 4YMAA 2OJTA 3G7WA 5H8FA 4MJOA 4PTKA 4ZZAA 2ONRA 4N15A 2XXYA 2Y5KA 1MY4A 4QXDA 4NF4A 4FJPA 2NXOA 2RC7A 2F3BA 4R2BA 1FQCA 2VD2A 1Y4CA 1YTVA 3B6WA 5ITPA 4ELPA 2ZNUA 1FPFA 2Q89A 3FATA 4F29A 5KZTA 3H6TA 4N6PA 1DK4A 1TXFA 2WBDA 4KYDA 2GRVA 4GWSA 3OO8A 1OLAA 4U22A 4RA1A 4HE0A 4ZDMA 1FQAA 4G68C 4PFIA 3IO4A 4NX1A 3O9PA 3DRFA 4MIJA 2O1LA 5AA2A 3A29A 1WVJA 1VSOA 1WDNA 3FXUA 3M3FA 1B4ZA 3BFUA 1USYH 3VXBA 4LN5A 3OMBA 5DVIA 3MP8A 4HCYA 2F78A 2CZLA 2UVJA 1LAHE 3CRBA 5I58B 3ILUB 3IX1A 3SEXA 4HW8A 4QSCA 3FXBA 2I48A 5TPAA 3TDJA 4P56A 3DP6A 5JK4A 3B6QA 1FPIA 1JEVA 1URGA 2I3VA 1TFAA 3OEMA 2DP8A 4EQ9A 3L6HA 2X26A 1MS7A 4NF5A 3K6UA 4WEPA 3E79A 1XOCA 5B70A 1DTZA 2WYPA 3QUFA 1P1WA 1NUYA 3OEKA 4IR8A 1KWHA 3KN8A 3IB2A 4G2ZA 4MCOA 3HFUA 2H25A 2WBBA 3ZKLA 4ESXA 1MXXA 2XXHA 2I58A 3S2VA 1NV2A 3FVGA 4F22A 3MVWA 2XXVA 5BWJA 4O8MA 1AL3A 1MPDA 2ZYNA 4OVJA 1MH3A 4GBVA 3TODA 4PAKA 2BJIA 3BIHA 2D21A 4G8HA 1I6QA 3D1RA 4F39A 1MG1A 5H8QB 5ET7A 1LFIA 1MXYA 1PC3A 4F3SA 2DVZA 1FPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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