3QIMA

Histidine 416 of the periplamsic binding protein nika is essential for nickel uptake in escherichia coli
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSIADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Histidine 416 of the periplasmic binding protein NikA is essential for nickel uptake in Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 158
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3qimA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qimA01
3RTWB 5I2KB 1N3XA 1URSA 3C31A 4NF4A 2DVCA 4OWDA 1SBPA 2UXAA 1UIVA 1A55A 5K2XA 1PC3A 2RC9A 3S9MC 4LA9A 4GIZA 3THIA 4DXUA 2Z8FA 3PMXA 5A5XB 2AYSA 2REJA 3S4UA 1S7YA 2QJEA 1BTJA 4GL8A 2V93A 4E0XA 4YB6A 2RCBA 5F1QA 3H6VA 3E9XA 2ZMBA 4Q30B 2DXRA 4U2RA 1JVXA 1ELJA 3RT8A 5DT6A 2E1SA 1MDQA 1GGGA 1NH7A 3IJOB 1UTBB 4R6HA 5H8NB 4ZEBA 1QKAA 4XIGQ 2DVZA 2V3UA 2Y7RA 3CIJA 1DOTA 4R2FA 1Z7NE 1QULA 3TDJA 4RK2A 1N3WA 3PUVE 2H98A 2X26A 1SVXB 4IGTA 4FE8A 4OVJA 4IO7A 3GLBA 2O69A 1A40A 3O6HA 3W9VA 4KI0E 3K4UA 3SDFA 3OMBA 5LOMA 4FIMA 4LZ8A 4NF4B 2HAVA 4OZ9A 1LAHE 3UN6A 4ELOA 2CZLA 2Q9TA 3PV0E 1JW5A 1S9TA 4HS7A 1D4NA 3T9HB 3C34A 4GVOA 4H5FA 3G3IA 2YLNA 3UP9A 4EF1A 2DWIA 4YICA 5CRYA 4G8NA 2R6GE 2GFEA 2QS1A 4IB2A 1VFEA 3PU5A 3DRJA 2RF1A 1JW4A 3CVGA 1B5JA 3RN8A 4NTLA 1MPBA 3QAXA 4KCDA 2HFBA 3MP1A 4XKNA 1LBCA 3I6VA 3QIMA 4G8MA 3ZSFA 1US4A 3PPRA 4F1YA 3KN7A 2LAOA 4MLVA 3QK6A 2Q89A 1JETA 3TFLA 5J1DA 1TFDA 1SW5A 2ESNA 4O3AA 5L8DA 1PB9A 3N26A 1SW4A 3KSXA 3U93A 3TELA 4NWCA 1B51A 1SYHA 1B5IA 2VHAA 3LR1A 3T9VA 3MW0A 1MH4A 2ZNTA 4OETA 1ZKBA 3A09A 1P1NA 3FVKA 4GF8A 4PFUA 2XXRA 3MVXA 3DP6A 4F29A 4X1DA 1R1NA 3FZVA 3DP4A 3G3HA 3LBSA 5CMMA 2DWHA 4OMBA 3I5OA 4IO4A 2IA4A 4DDDA 3FV1A 2ZYMA 3HV1A 5ICTA 2OLBA 2DOJA 3SEWA 4XXUA 3C9HA 2PBWA 4IY5A 3FXUA 4PFWA 1NH8A 3H03A 5FTHA 5K2YA 2WOPA 3MZ1A 2KLFA 1QUKA 3LSLA 1B4HA 3MVYA 5ELVA 1A8FA 3TKDA 3MWBA 2G93A 4H67A 2DYXA 4EQ9A 1FQBA 2ANJA 1IIWA 5AE4A 3MC2A 4Q8RA 3OEKA 3P7IA 4OENA 4NF6A 3MBPA 3MZBA 3FJMA 3B6QA 3E3KA 3K01A 1M5DA 1PB8A 1LBBA 3G3FA 1I6BA 2ZYNA 3MQ9A 2HEUA 3DRFA 1FTMA 3OSQA 3VFJA 2G29A 4P11A 5BWJA 2I6EA 4F22A 4POXA 4ZZEA 4ESXA 5ITOA 3VLWA 3OO7A 1D9VA 4F19A 1YCJA 3C36A 3R6UA 2I3WA 5I58A 4H5GA 4JBZA 3AXFA 1KWHA 3O6GA 4PP0A 1J1NA 3TTLA 3U94A 2CMOA 5TU0A 4H65A 2F7AA 5H8FA 3JYRA 1WDNA 4OQOA 3IK6B 4MBPA 2FYIA 1MQIA 4EUOA 2I3VA 2RC8A 1PDAA 5ISUA 1PBQA 2I48A 1QUIA 2VOZA 5JEIA 3RGYA 2A5TA 3SETA 3DRIA 4KHZE 4AQ4A 1B9JA 3PGFA 5I57A 1IXIA 4BDOA 4LZ7A 3FUZA 1D3KA 3FGSA 4NF6B 4TQUQ 3DLNA 2H99A 5I56B 1VFDA 3FXRA 3Q28A 5CM6A 3FTOA 1HSJA 4DCYA 1USYH 1Y1MA 1UQWA 1SD3A 3O97A 3T9UA 2XXTA 2I49A 2Z8EA 4EQBA 2YPNA 3K6VA 4PFTA 3ONMA 4Z7EA 1BP5A 1FW0A 1O63A 3FD3A 3T22A 5I58B 2NOOA 2DP8A 3T93B 3TTKA 2VD2A 4THIA 5EHSA 4M4GA 5AA3A 1B05A 4QHQA 3KJ7A 4H8IA 3HHFA 1XVYA 4U23A 3H6WA 1MPCA 3UK4A 1MY0A 2THIA 2OK2A 1FQEA 1DPPA 4GFRA 1DTZA 4GOTA 2XXVA 4I9DA 4LUBA 1H45A 5I59A 3KJTA 5H8QB 3PUYE 4YB5A 1M5EA 3G3GA 2XD3A 4TLLB 3RPWA 2B4LA 1B1HA 2O1LA 2A5TB 5JTYA 4R74A 3GBAA 1Y3PA 1FQDA 4FATA 2AL5A 2QMWA 4DLDA 5I57B 1UTBA 2GHBA 2B65A 1B32A 2A5SA 3RYBA 4GXAA 5KCJB 4H1XA 2ONKE 2PYYA 3MPLA 2P2AA 3RYAA 4R73A 1FQCA 5CC2A 1ZTYA 2PT2A 1M5FA 1OQGA 2V84A 4X9TA 4RPNA 2X7QA 1GR2A 2Y7IA 1GVCA 4QSEA 3ECRA 2RINA 2RCAA 1ZMGA 3OOAA 4EQ7A 1TT1A 1P1QA 3MAMA 1MY2A 3ODBA 3IB0A 4AB5A 1ATGA 3UORA 1YAEA 4POWA 3TQLA 1NFTA 3RNNA 3RQTA 5FHMA 2QPQA 5I59B 3KSJA 3DRGA 5DEXA 2I58A 1NNFA 2NXOA 4R6YA 4YMBA 5JTYB 5DVJA 4MF3A 1MM7A 2REGA 3H06B 4R2BA 1A8EA 3A3UA 3DP8A 4C0RA 4F18A 4G4PA 1GTKA 1P1OA 2GH9A 1B0LA 2B4MA 3GXAA 5TP9A 4FECA 3U92A 4UA8A 4G77A 4F2QA 4EDPA 2DS9A 3C32A 3N94A 1I69A 4WXJA 1MXWA 4EF2A 1II5A 2YJPA 3O29A 1JNFA 4HTGA 5L9SA 2QMXA 5ICQA 2XD2A 1PB7A 1BLFA 5FHNA 4H0WA 1LB9A 3H6UA 2PMSA 2HAUA 2OJTA 3VXBA 4JWXA 4KPTA 4DIGA 3Q25A 1DPEA 1R9LA 3UIFA 1ZU0A 5BUUA 1JEVA 1VSOA 2B3FA 2NWJA 4LATA 3UGWA 1OLAA 3Q26A 3E13X 5DEXB 2BJJX 1OIBA 2UVJA 3E4RA 4I62A 4F3SA 4FAJA 2XXQA 2D5WA 4M1VA 1F9BA 3EQ1A 4G68A 4FORA 2ZNSA 1B6HA 4KR5A 3V8XB 4OEVA 1JVYA 3PAMA 4I1DA 3VVFA 4YKJA 1MQGA 2Y7PA 4K3FA 3WAEA 3KG2A 5TP9B 1B46A 2F7BA 1R6ZA 5DVIA 1CB6A 2Y84A 2Q2AA 3BFTA 2F7CA 1A99A 4YAHX 4TLMB 3IB1A 2Y7KA 3EPEA 3TTMA 1SW2A 3O66A 1SYIA 3FIRA 3GBBA 2DXYA 1A7LA 4ZECA 4G68C 4F1UA 2AL4A 3RLFE 2ONRA 5FHOA 1DSNA 3DRHA 4KCCA 3HN0A 3O28A 3O6PA 2UYFA 3U72A 1I6AA 3QUJA 3PPNA 2ABHA 2DQVA 3FASA 5EYFA 3OO8A 1LFGA 2UYEA 2F6PA 4IO6A 1LGBC 3L6HA 4UACA 4L17A 2O7IA 4GLIA 3GZGA 4N6PA 1T0KA 1B2HA 1FTKA 3VVEA 2QS3A 4G68B 2V25A 4X48A 3CFLA 1B1XA 4NF8A 1DMBA 2FA7A 3O2AA 3CG3A 4QFOA 3IJXB 1XHYA 4DZ1A 3U1OA 3VV5A 1N7XA 3IOUA 1Y3NA 4P0GA 3IR1A 4BDQA 1B52A 1MDP1 4YU0A 4LP2B 4JSDA 4R6KA 4OESA 3LUYA 3TYHA 2UVGA 4KQPA 1FTJA 2XX9A 4OFOA 1HSLA 1GV8A 4RK9A 5H8HA 3BFUA 5AA4B 2QRYA 3TPAA 3Q29A 4WEDA 4FJPA 3KOSA 3VVDA 5I56A 4QFKA 3SKPA 3B6TA 3IAZA 1Y20A 4XKRA 1MY1A 2DE2A 1EZPA 1A54A 4JWOA 4RXLA 4F39A 1WVJA 4YKIA 3K6WA 2PT1A 1US5A 4BDNA 4LONB 1NL5A 1NMUA 1FTOA 4RJZA 4OHNA 4ELPA 4TOZA 3OEMA 5CMBA 4RNSA 3H4ZA 2DE3A 4WEPA 4KYDA 4U21A 2XXPA 1OLCA 4DXBA 3KZGA 4NF8B 2X7PA 1IXGA 5I2NB 1LCFA 2VD3A 4U4SA 4PE5B 5H8QA 4QFLA 1XOCA 4U4XA 5ITPA 2XHDA 3BBRA 1MXXA 3SERA 1MY3A 3LVUA 1QKBA 4KD5A 5AA2D 2WOLA 2PVUA 1SW1A 3FATA 3IORA 1B7ZA 3KN3A 1H76A 1M5CA 5H8HB 3DM0A 5AA1A 1MG1A 3SEXA 5KCJA 4N07A 4LZ5A 3TAJA 3MP6A 3LC8A 2M8CA 3L6GA 5CBSA 3C4MA 3ZKKA 1NNPA 2H5YA 2QL3A 4ZEKA 1Y4CA 2I4BA 4HCYA 1LLSA 1YPNA 4ZEFA 3H3GA 1IXCA 4NEDA 3FV2A 3LSXA 2Y7WA 4GRKA 3KBRA 3OO9A 3S9EA 2H25A 3R26A 4EXKA 4YKKA 3QUFA 2OWTA 1IITA 1POTA 4ELRA 3TTNA 1EH3A 4LVQA 1MXVA 3N6UA 3K6UA 3TODA 1EU8A 3TEPA 4JSOA 4GWOA 1B3EA 4EXLA 4QSCA 2ZXTA 2Z22A 3CG1A 4ZE8A 2OWSA 1IUDA 1OVBA 4QFNA 2V3QA 1LAGE 4MLQA 3TCGA 1IEJA 1LAFE 1LB8A 3OSRA 3TUSA 3OXNA 2ZNUA 2NVUB 3DRKA 3ZKLA 4OYVA 2F78A 3B6WA 3K6XA 2E0SA 4JWYA 1FCKA 4F3PA 3HHGA 2XXUA 3HPIA 3TQWA 1B3LA 4G8HA 1ANFA 1Q1KA 4ISUA 4ZZAA 1LAXA 1Z7ME 2XXXA 5L9OA 1NNKA 1B0HA 3O6IA 1B58A 3QXMA 4YMAA 2O84X 3PD9A 4XTCQ 4ESWA 5M2VA 3PPPA 3S9LC 2Z8DA 1XC1A 2XX7A 3PUXE 4QF9A 4R9GA 1TWYA 1BIYA 3QSLA 1S50A 2H4IA 2HQ0A 5HBCA 3V5AA 4QSDA 1JQFA 2R9JA 2HCAA 3K1MA 3OD7A 3G7WA 4X1BA 4DE8A 1AOVA 3D4CA 3FVGA 3M3LA 2F6GA 3LSFB 4GQOA 2R71A 5B70A 1VR5A 3O9PA 1FQFA 3KEIA 1RYOA 1YTVA 5KZTA 1L5TA 2UVHA 2UVIA 2IEEA 3PUZE 1MQDA 2PX1A 3A3CA 3MUQA 5H8SA 3IX1A 3MZ9A 4FEDA 1N7WA 1UIUA 4HW8A 1NKXA 1EZOA 4R75A 4PQJA 2DSFA 2QSXA 1TFAA 5DYHA 4P0IA 4NWDA 3HO7A 3RY3A 1Y4TA 3ILUB 2XX8A 1EZ9A 3FJ7A 5B7DA 4U1ZA 4O3BA 4F1VA 4I8CA 4KYSA 1H43A 3G3KA 1O64A 1B3HA 4NE4A 3EHSA 3HCQA 3FVNA 3JV9A 1URDA 1H44A 1M5BA 2HZLA 1H3DA 3SEYA 4IO5A 3FVOA 1USYE 4BDRA 3TCHA 5AA2A 3V83A 3WAFA 3S2VA 1MS7A 2ONSA 2DWJA 3RTFB 4R9FA 3CFZA 5HPQA 3KGCA 1FTLA 1B3GA 3TTRA 4OFJA 1PEBA 1QVSA 1D9YA 1MXYA 1OMPA 4C1TA 2F8DA 1TXFA 3K1PA 4YKPA 3OENA 3OELA 2I0CA 3FJGA 3PMWA 3M3KA 4NF5A 4JB7A 2AIXA 3D4GA 4U1OA 2NUVA 3M8UA 5AA4A 2ALUA 1SDXA 1Y1ZA 3W15C 3IOWA 3C35A 1ZLQA 3VDFA 3CSBA 2F34A 1AL3A 3K0VA 4YB7A 3CRBA 3EHUA 3MP8A 3B7DA 3LSWA 1XVXA 4FEBA 3PD8A 2F36A 3CHGA 4F2OA 5AA2B 1B7UA 5CMKA 2Q8JA 4H8JA 3I3VA 2P1SA 2VP1A 1RKMA 1N84A 3USDA 2XXYA 1BKAA 5I2NA 3PPQA 2I4CA 1ZIUA 3IL1B 1N04A 3EHTA 1LCTA 3CFXA 2O51A 1UTHA 4IO2A 4JXIA 3K00A 1P99A 2WOKA 3Q27A 3CSGA 1AIVA 4U22A 4Z0IA 1VE4A 1LSTA 2VGQA 2F97A 4BDMA 4OERA 4NF5B 1LFIA 3ZS6A 3JZJA 2F35A 1O7TA 2H9BA 2I0BA 3G3JA 1B5HA 3BKIB 2ZYOA 2V3TA 1IXHA 3KFMA 4Q0CA 2QS2A 4QRZA 3RT6B 5TPAA 3H6TA 5JK4A 1N76A 2P0SA 4ZE9A 3EN3A 2GRVA 3VLUA 1URGA 1NNTA 3VE1B 5CBRA 3PPOA 3KOTA 3IO4A 2Q2CA 4F3GA 3PUWE 2HZKA 4G2ZA 4RY1A 3IB2A 3W9WA 1MQJA 3VXCA 1P1WA 1JEUA 2XXWA 2XXIA 5IKBA 3SEUA 3T96B 2DE4A 3IOVA 5CI5A 1DTGA 4ZEDA 4ONYA 4ND9A 3N6TA 4C1UA 1XS5A 4AB6A 4DXCA 4RA1A 1B7HA 1B3FA 2HXWA 3M3FA 4GL0A 1UTHB 4LQ5A 4WKMA 4OFLA 1XT8A 3K1NA 1MXUA 1QUJA 3DELB 4NMYA 1ZJLA 1ZBMA 4GD5A 4IO3A 4IGRA 1Y3QA 3U8QA 4OEUA 4XKQA 2O6AA 3RUMA 4N13A 5DTBA 2B3BA 5L9MA 4YZZA 1MQHA 2D21A 2GHAA 4H6DA 5KDTA 3KN8A 2WKYA 4OTEA 3SESA 3MVZA 3F11A 4PETA 4F31B 4OXVA 5I84A 1QJMA 4MH5A 1MRPA 4E0WA 1LFHA 1MXZA 5TPAB 2RKMA 4IY6A 3QYTA 4KYEA 4GXSB 4ZS9A 5IAIA 3C33A 1CE2A 1POY1 3ILTB 3EF7A 1WODA 2F5XA 3H7MA 1SI0A 1QW0A 1R9QA 3TCFA 1Q35A 1Y9UA 1N0TA 2QS4A 3CI8A 3TMGA 4RPOA 1MM6A 2OZZA 3FXQA 4O3CA 4XKPA 4HCWA 1IQ7A 5I2KA 4JDFA 1SI1A 1FQAA 4LQ2A 5CMCA 1P1UA 3MVWA 5DVFA 3K02A 5H8FB 1B40A 2XXHA 4Q5TA 1SQYA 5FTIA 5F7VA 1MH3A 4KFQA 5A5XA 2O7UA 1JW1A 2O1MA 4ZDMA 1OQHA 1MY4A 3OO6A 3TZAA 4QFPA 1AH5A 3PMVA 3VLVA 4F3BA 5KDTB 3T9XB 3SEVA 2Q88A 1MPDA 3V89B 3K2DA 4DCXA 1HSEA 2W7YA 3HSTA 3IOTA 1RYXA 5H8NA 4R72A 4PFYA 4MFIA 3UA8A 2OBGA 1OVTA 2Z23A 3T66A 2O68A 3IO6A 4BDLA 2OCUA 2ZYKA 1IZ1A 3MJNA 4BLAA 1PBPA 1AMFA 4ELQA 1I6QA 5EHMA 2RC7A 3MPKA 5HM4B 3CR9A 2FNCA 3S9NC 2DWAA 2D3IA 4ECFA 4ZEIA 1B4ZA 3R7XA 3N5LA 4RYAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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