3QIMA

Histidine 416 of the periplamsic binding protein nika is essential for nickel uptake in escherichia coli
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSIADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
publication title Histidine 416 of the periplasmic binding protein NikA is essential for nickel uptake in Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 158
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3qimA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qimA01
4Q8RA 3C31A 3HHFA 4GRKA 3O97A 2QL3A 3FXUA 4UACA 3KJ7A 5FTIA 1S7YA 1B4HA 3PPPA 2REJA 5I56A 1EZOA 3H06B 1UQWA 2Y7WA 1B1HA 3TCGA 4WXJA 5CMBA 4QHQA 1I6BA 2GRVA 4R6YA 2Z8FA 1SW5A 2RC7A 2P2AA 3TMGA 1NNTA 3OEKA 2REGA 4R72A 4QSCA 4FEBA 3BBRA 1A7LA 4QFOA 4G77A 3CRBA 1N76A 1MH3A 2IA4A 1FTJA 3R26A 4ZZAA 4LONB 4NE4A 3IK6B 5TPAA 4OESA 4H67A 3M8UA 2F7BA 1IXCA 2GH9A 5JTYA 1LB8A 1GGGA 3VE1B 3VFJA 3N6UA 1JETA 3IOVA 2OJTA 3PPQA 1BLFA 4C1TA 4ZECA 5M2VA 2NWJA 4YB5A 1Y20A 4F3PA 3C9HA 1ZJLA 2B3FA 1B0HA 5A5XA 2ZXTA 1P1UA 3UIFA 1B9JA 3FVGA 4JB7A 1ZMGA 4F2OA 3KSJA 3VVFA 1US5A 1MXZA 4F29A 4PFYA 3FXRA 4O3BA 3IOUA 1DTZA 3C35A 4RNSA 1SD3A 1MS7A 4OMBA 3C32A 3T9XB 1P1NA 5I2KB 3CFXA 1A54A 1DMBA 4EQ9A 1MXWA 1JVXA 2CZLA 4MF3A 4U1ZA 3M3LA 4GOTA 2WOPA 4DDDA 2DE2A 2AL4A 2I0BA 2QPQA 4KHZE 1IUDA 4HW8A 3L6HA 1I6QA 3UORA 4GWOA 1A8FA 1MPDA 2X7QA 4ESXA 4X9TA 3PUVE 4KD5A 4KYDA 1B40A 3SEYA 1SQYA 1OMPA 1YCJA 1XVYA 1DTGA 3RGYA 3Q29A 1LFHA 5DVIA 4R6KA 1B52A 5I56B 2YJPA 4F39A 1BKAA 1WDNA 3OOAA 2OCUA 2ZNSA 5KDTA 4IY6A 4U23A 2ALUA 3DRIA 2ZMBA 4F2QA 5ELVA 3T22A 4JSDA 1PBPA 4HCWA 1ZBMA 1JEUA 1Y1ZA 4XXUA 2F7CA 3MP8A 4YMBA 3O6HA 3QK6A 2W7YA 4JSOA 1VE4A 2VD3A 4GD5A 2G29A 2A5TA 3LSWA 3U8QA 3MAMA 5TPAB 3PUWE 1OLAA 1NL5A 3G3KA 1JQFA 4EDPA 4F22A 3H6UA 2D5WA 3LR1A 5JTYB 5TU0A 1AL3A 5IAIA 3U92A 3FASA 3CFZA 2H5YA 3TODA 1OQGA 1USYH 4FORA 4QF9A 3IAZA 1JW4A 4QFKA 5TP9A 5CBSA 3GBAA 1A55A 4NF4A 3ZS6A 2QS3A 3ILTB 4G8MA 3PPRA 4ECFA 1B7UA 3KG2A 4TOZA 2HAVA 3HHGA 4RPOA 3LSXA 1EH3A 4G8HA 1WVJA 4POXA 2M8CA 3TKDA 1YPNA 4G2ZA 3F11A 3MVZA 2PMSA 4H8JA 1D9YA 1UTHA 1MQIA 2ONRA 1B5IA 4F1YA 2Z22A 4IGRA 4NF8A 3PU5A 4TLMB 5HM4B 3PPNA 1NNPA 4LZ5A 5FTHA 4YMAA 1QUKA 4OHNA 1B2HA 3VLVA 2DSFA 5AA4A 3IORA 3S9LC 3RTFB 4POWA 3K4UA 3E3KA 3D4CA 2R9JA 5HPQA 2ONKE 1MQHA 2V84A 1PDAA 3LBSA 1QULA 5CMMA 3ZKLA 5KDTB 1MY1A 5DT6A 4H5FA 2O7UA 4OFLA 4I1DA 2WOLA 3IJOB 4U2RA 4R9GA 1ZU0A 3I3VA 1B51A 3VVEA 3RPWA 1FCKA 2F97A 4ZEBA 3B7DA 2I3WA 4MBPA 1CE2A 2XXPA 1MQGA 3UA8A 3JV9A 1IIWA 5F1QA 4BDQA 1UIVA 3IB2A 2QJEA 5EHSA 2F35A 2A5TB 3KGCA 5FHOA 3T9UA 4FAJA 4LZ7A 5I59A 1B5JA 1MM6A 1A40A 5CBRA 3K0VA 3CHGA 3THIA 1FTOA 2F78A 3PMVA 1N04A 2UYFA 2A5SA 5CMCA 1N0TA 4NF4B 2PBWA 2QMWA 1EU8A 2I3VA 2NXOA 3DRGA 2P0SA 4R9FA 3K00A 3C4MA 3MP1A 4YKPA 2Z23A 3OO7A 4GXSB 3TCFA 4R74A 3DRKA 2XXWA 1GTKA 2O68A 4OQOA 2DXRA 3O2AA 4P0IA 1UTHB 4HTGA 4DCXA 3G7WA 1B32A 1FW0A 3MVYA 4NF8B 5ISUA 4ZEIA 1A99A 3Q25A 2G93A 1S50A 4U4XA 3SEUA 4E0WA 1MQDA 3CG3A 2DE3A 2UYEA 5AA4B 3FVNA 4M4GA 3TEPA 2HZLA 3T93B 3UP9A 4F31B 5K2XA 1OIBA 3V8XB 2ESNA 2XXRA 1NKXA 1XHYA 4NF5A 4E0XA 2DS9A 3PMXA 3K6XA 3ZSFA 2RC8A 3DRJA 3RLFE 1OVBA 4IO4A 3S4UA 2B3BA 1B7HA 4GL8A 4KCCA 1FQFA 5AE4A 3FUZA 3PMWA 2H98A 5CI5A 4OWDA 3WAEA 3OEMA 4YZZA 3N26A 5I59B 4LP2B 4X1BA 5CRYA 1GV8A 1J1NA 1MM7A 1M5CA 1N3XA 3BFUA 4U4SA 1HSEA 1URDA 3MUQA 1R9LA 4F1UA 2XXXA 2VGQA 3O6IA 4IY5A 4R6HA 1JEVA 4MFIA 3GXAA 5L9SA 2Y7PA 2E0SA 3USDA 2YLNA 1Y3QA 1FTLA 1ZIUA 1LBCA 2UVIA 2XD3A 2D21A 4GLIA 2WKYA 4U1OA 1US4A 1ATGA 3SEWA 3OMBA 3L6GA 3RYAA 2YPNA 1B0LA 3H6TA 4QSEA 1QKBA 3C36A 4RXLA 3IO4A 1TFDA 3DRFA 1NNFA 3PD9A 4KYSA 2I0CA 4NF6A 3CIJA 2PX1A 2OLBA 2X26A 4OYVA 3G3FA 3Q28A 3FGSA 3OSQA 1MY2A 3B6WA 4OERA 4N07A 3W15C 4NF5B 4DE8A 4NWDA 2CMOA 1FQCA 1CB6A 2OZZA 2HCAA 4Q5TA 4RK9A 4RPNA 5CC2A 4YAHX 2XXQA 3MZBA 4QFNA 4LA9A 1SW1A 5B70A 3LSFB 3HCQA 5JK4A 1VFDA 2OWTA 3OENA 3R7XA 4YKKA 3TPAA 3RTWB 1B46A 3SESA 4F3SA 1Q1KA 5I84A 1MY4A 4KQPA 3VXCA 4G68A 3U93A 4BDRA 2AL5A 3TAJA 4XKQA 1B6HA 1B3FA 3MZ9A 2Q89A 3PAMA 4LQ5A 4YICA 1XS5A 3H03A 4MH5A 3MP6A 2XX7A 2RKMA 4ELQA 1LSTA 1MDQA 4LZ8A 3IOTA 4YKJA 1YAEA 3PPOA 2R71A 1LAGE 3A3UA 2O51A 3TUSA 3GBBA 3OSRA 3IB0A 3QYTA 3EF7A 4KPTA 2V25A 1R1NA 4EF2A 1O7TA 3TQWA 3FD3A 1IXIA 3UK4A 5L8DA 3EQ1A 4OFOA 1QW0A 3FVOA 4DIGA 4KFQA 4NF6B 1M5EA 3C33A 1FQEA 3H6WA 3QXMA 1PB7A 1AMFA 3S9EA 3H3GA 4U21A 5I2NA 2O1MA 4TLLB 1SYIA 2ONSA 1PEBA 3IX1A 5AA1A 4YKIA 3FJMA 3RY3A 4PFTA 2ZNUA 2VP1A 4QSDA 2O1LA 3OXNA 4ZDMA 5ICTA 1RKMA 3FZVA 3D4GA 4OENA 2QS2A 3FXQA 3TTLA 3WAFA 3QUFA 4L17A 1QVSA 3RNNA 4F18A 3IL1B 5JEIA 4OZ9A 4G68B 4JWXA 3SEVA 4XKNA 3B6QA 5KZTA 1OLCA 5HBCA 2RF1A 3ODBA 4XKRA 1H45A 1H3DA 4ELOA 4RJZA 5I58A 2PYYA 2GHBA 4FJPA 4Q0CA 3N6TA 3EHSA 4X48A 2HFBA 2AIXA 3JZJA 2OWSA 1TFAA 2DXYA 2ZYKA 3S9NC 2HAUA 4MLQA 3OO8A 4FECA 2Q2AA 3K6UA 1DPEA 4MLVA 4EQ7A 4IO2A 2RINA 5K2YA 1MPCA 1MXUA 3KOSA 4PFUA 1TT1A 1B3HA 4OETA 3KEIA 2GHAA 1AOVA 1EZPA 1A8EA 5AA2D 2ZNTA 2O6AA 1ZTYA 3HSTA 4U22A 4DLDA 2OK2A 3DLNA 2THIA 2AYSA 3MPLA 3MPKA 2VOZA 3I6VA 1FQDA 2DWIA 2VHAA 3RYBA 2Q9TA 3CVGA 4IO7A 1QKAA 3KFMA 5DVFA 1MXXA 1M5BA 1MY3A 5I2NB 3T66A 5DYHA 4PP0A 4KR5A 1MH4A 1P1WA 4FATA 3QIMA 4R73A 4R2BA 1SYHA 3RUMA 3K1NA 3VVDA 3E9XA 4Q30B 1MG1A 3K02A 2V3TA 1QUIA 4HS7A 1OQHA 4THIA 4N6PA 1D4NA 1SI0A 4ZEKA 5BUUA 3VV5A 4GFRA 3RN8A 2Y7KA 1ANFA 3KN8A 4NWCA 1QJMA 5L9MA 4Z7EA 3JYRA 4IGTA 3QAXA 3VXBA 4GF8A 5CM6A 1S9TA 5I58B 3HN0A 1UIUA 2ABHA 3MC2A 1MRPA 3VDFA 1MDP1 3DRHA 4AB6A 3K6WA 2O7IA 1P99A 3PUZE 1MQJA 3TZAA 3OD7A 3QSLA 3CSGA 3VLUA 4DXBA 1AIVA 4ZEFA 1B5HA 5H8QB 3OELA 1B1XA 3IOWA 1SDXA 1L5TA 2DWHA 2R6GE 3TELA 1PBQA 2F6GA 4X1DA 4DCYA 3TTKA 2BJJX 3FTOA 3S2VA 2ZYMA 1IZ1A 3LUYA 1DPPA 2QS1A 3T96B 2Q8JA 5I57A 1SW4A 1Y4CA 3IO6A 4GQOA 1B3LA 1HSLA 3E13X 3MJNA 3S9MC 3KZGA 3KSXA 3ILUB 1XT8A 4WEDA 1R9QA 3CI8A 1JNFA 1Y9UA 2XD2A 4OVJA 1SBPA 3O28A 3W9VA 4BDMA 2DVZA 2F34A 4ELRA 1B05A 2O69A 2I49A 1Y3NA 2E1SA 3TCHA 2I4BA 3MVWA 2I58A 1Y4TA 1LBBA 2DVCA 3O29A 4GVOA 5H8FA 4G4PA 3KBRA 1URGA 4PFWA 5B7DA 3DP4A 3VLWA 2NOOA 3I5OA 2DE4A 3T9HB 1KWHA 1RYXA 4JWYA 4ZE8A 2V93A 1N7WA 2ANJA 4ELPA 4I9DA 2KLFA 4C1UA 1F9BA 1LCTA 3B6TA 3AXFA 1N84A 3FJGA 3M3FA 4F3GA 5F7VA 4RA1A 1P1QA 4EXLA 3KJTA 3N5LA 2Q88A 4RYAA 4M1VA 4EXKA 1FTKA 1N7XA 2Y7RA 1Q35A 4BDOA 1B3EA 1LAFE 4IO3A 2Z8DA 3K6VA 3MWBA 3U1OA 3W9WA 1D9VA 3PV0E 3SDFA 1IITA 5I57B 1JVYA 3TQLA 4H1XA 3IR1A 4YB7A 4OTEA 4XKPA 2DOJA 4I8CA 3RQTA 5AA2A 2LAOA 2Y84A 4BLAA 3MBPA 1H43A 2NUVA 3FVKA 2XXYA 4FIMA 3DP6A 4QFPA 5J1DA 3SKPA 1POY1 1YTVA 1P1OA 3PUXE 4RK2A 4AB5A 2DWJA 3TTMA 4QRZA 1Y1MA 1NFTA 4R2FA 3A09A 2XX8A 3FJ7A 2I48A 3MQ9A 2PVUA 3R6UA 5H8NA 5H8FB 2UVHA 3RT6B 3KN7A 5BWJA 3OO9A 3KOTA 1XOCA 2H9BA 3K01A 5DVJA 4H0WA 4H6DA 3P7IA 4OEVA 4Z0IA 1GVCA 2Q2CA 2QS4A 2FA7A 2X7PA 3MVXA 3DP8A 1R6ZA 3TTRA 1UTBB 4NTLA 4ZS9A 2XXTA 2RC9A 1SVXB 2XXUA 4ZE9A 3CG1A 3Q26A 3MW0A 3HO7A 3TTNA 2HXWA 1NH8A 4LQ2A 2HEUA 2I6EA 1XC1A 4IB2A 2XXHA 2B4MA 2UVJA 2H99A 5FHNA 1BP5A 3LSLA 4EF1A 1TXFA 1IXHA 3GLBA 2WOKA 1O64A 3U72A 5DEXA 3A3CA 3K1PA 5IKBA 3DELB 3ONMA 1O63A 5AA2B 3SETA 4XTCQ 4JWOA 4JBZA 3FV1A 3ECRA 1AH5A 2PT1A 1D3KA 5KCJA 1LLSA 5L9OA 2QSXA 1MPBA 3FIRA 2O84X 1XVXA 3PUYE 2F36A 3LVUA 1FTMA 3K2DA 4TQUQ 1LAXA 2HZKA 4WEPA 4P0GA 4H65A 2DP8A 5A5XB 1II5A 2FYIA 3T9VA 4K3FA 2F5XA 5H8NB 4H5GA 1M5DA 1LGBC 4R75A 2XX9A 4O3CA 4DZ1A 4F19A 3O9PA 4BDNA 4O3AA 3U94A 5LOMA 1RYOA 5H8QA 1I69A 1MXYA 3TYHA 3G3JA 3OO6A 4GL0A 1FQAA 4UA8A 1GR2A 3EHUA 5AA3A 5ICQA 1BIYA 4FE8A 3H4ZA 1IXGA 1DOTA 3PGFA 2I4CA 1I6AA 1Y3PA 3CSBA 2NVUB 1Z7ME 3K1MA 4GXAA 3EN3A 3FV2A 2VD2A 4P11A 5DEXB 1JW1A 3HPIA 2F8DA 1OVTA 4ZZEA 1B4ZA 3E4RA 1BTJA 3M3KA 3CR9A 3V5AA 1LFIA 1LCFA 3BFTA 1URSA 1B7ZA 3CFLA 2DYXA 4YB6A 4OFJA 4LVQA 4LUBA 1USYE 4BDLA 5H8HA 1POTA 3TDJA 3TFLA 4JXIA 4G8NA 2F7AA 5KCJB 3MZ1A 3V83A 5EYFA 5H8SA 2UVGA 2OBGA 1LFGA 3QUJA 5TP9B 3SEXA 2UXAA 4G68C 1ZKBA 3SERA 4F3BA 2RCAA 3IB1A 3N94A 3G3IA 2FNCA 1NH7A 1IEJA 2IEEA 2XXVA 2XXIA 4ONYA 4DXUA 3UGWA 1MXVA 1HSJA 1QUJA 3Q27A 2DWAA 4OEUA 4RY1A 2HQ0A 2D3IA 5FHMA 3EPEA 1NNKA 4PQJA 4XIGQ 1B58A 4WKMA 5ITOA 1SW2A 1MY0A 4EQBA 2P1SA 5CMKA 4IO5A 3G3HA 2PT2A 4IO6A 2Z8EA 3G3GA 2V3UA 1PB8A 1N3WA 4C0RA 4F1VA 2B4LA 3O6PA 1WODA 2B65A 3ZKKA 4AQ4A 4PETA 3EHTA 3KN3A 4HCYA 2GFEA 1H44A 2H4IA 3BKIB 4QFLA 2QMXA 4FEDA 1ELJA 2XHDA 3DM0A 5DTBA 1H76A 1VFEA 4H8IA 2F6PA 2ZYOA 3O66A 3C34A 2H25A 3HV1A 3PD8A 1EZ9A 2ZYNA 4KYEA 3FATA 4ISUA 3LC8A 3O6GA 4ESWA 1PB9A 5ITPA 4EUOA 5H8HB 1FQBA 2V3QA 1PC3A 2DQVA 2QRYA 3RT8A 3H7MA 4NMYA 3V89B 1Z7NE 3GZGA 4KI0E 4N13A 4I62A 1LB9A 1NMUA 1DSNA 4JDFA 1VSOA 1VR5A 4NEDA 4OXVA 1B3GA 4ND9A 1T0KA 4YU0A 1IQ7A 5I2KA 4KCDA 4DXCA 3UN6A 3H6VA 4PE5B 1TWYA 1SI1A 1UTBA 1ZLQA 1JW5A 4GIZA 2Y7IA 5EHMA 4ZEDA 1M5FA 3IJXB 4LATA 1LAHE 2RCBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Q8RA 3C31A 3HHFA 5J16A 4GRKA 3O97A 4NGUA 2QL3A 3FXUA 5T3JA 4UACA 3KJ7A 5FTIA 1S7YA 1B4HA 4HE0A 3PPPA 2REJA 5I56A 1EZOA 3T1BA 3H06B 1UQWA 2Y7WA 1B1HA 3TCGA 4WXJA 5CMBA 4QHQA 1I6BA 2GRVA 4N15A 4R6YA 2Z8FA 1SW5A 2PFZA 2RC7A 2P2AA 3TMGA 1NNTA 3OEKA 2REGA 4R72A 4QSCA 4FEBA 3BBRA 1A7LA 4QFOA 4N6KA 4G77A 3CRBA 1N76A 5IZ3B 4PFRA 1MH3A 2IA4A 1FTJA 3R26A 2R8TA 4ZZAA 4LONB 4NE4A 4OVSA 3IK6B 5TPAA 4OESA 4H67A 3M8UA 2F7BA 1IXCA 2GH9A 5JTYA 4P47A 1LB8A 1GGGA 3VE1B 3VFJA 3N6UA 1JETA 3IOVA 2OJTA 3PPQA 2KR0A 1BLFA 4C1TA 4ZECA 5M2VA 2NWJA 4YB5A 1Y20A 2FIEA 4F3PA 3C9HA 1ZJLA 2B3FA 1B0HA 2PCRA 5A5XA 2ZXTA 1P1UA 3UIFA 1B9JA 4GBVA 3FVGA 4JB7A 1ZMGA 4F2OA 1FBDA 3KSJA 3VVFA 1US5A 1MXZA 4F29A 4PFYA 5IM2A 3FXRA 4O3BA 3IOUA 1DTZA 4HE2A 3C35A 4RNSA 5IZZA 1LBWA 1SD3A 4PGNA 1MS7A 4OMBA 3C32A 1KZ8A 3T9XB 1P1NA 5I2KB 3CFXA 1A54A 1DMBA 4OA4A 4EQ9A 1MXWA 1IMFA 1JVXA 2CZLA 4MF3A 4U1ZA 3M3LA 4GOTA 2WOPA 4DDDA 4N91A 2DE2A 2AL4A 2I0BA 2QPQA 4KHZE 1IUDA 4HW8A 3L6HA 1I6QA 3UORA 4GWOA 1A8FA 1MPDA 2X7QA 4ESXA 4X9TA 3PUVE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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