3ZS6A

The structural characterization of burkholderia pseudomallei oppa.
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
LADQQDLTRQVPAEVESLDPAHIESWTGNTIGLDLFEGLARIDASGAVVPGVAQAWEHKAPDTWIFKLRRDAKWSNGQPVTAADFVYAWQRLADPKTGSKYTILVEFVKNASAIIAGKQPPGDLGIRAIDPYTIEVKTEVPVSYFPELTAMAPLTPVNKDAVAKFGDAWTRPKNIVSNGPYTLVDWQPNNRIVMAKSDKYWNARNVVIRKVTYLPIENDETALRMYQAGQIDYTYSIPAGGFGQISKQFGKELRPGLQLATYYYYLKNSDPALKDKRVREALAMVLDREILTSKITQAGEVPMYGLMPKGVKGVQRPFTPDWASWPMARRVDYAKNLLKQAGHGDANPLTFTLTYNTNDLHKKVALFAASEWRTKLGVTAKLENVEFKVLMKQRHDGKVQIARDGWFADYNDAMTFFDLIRCGSSQNTVGYCNPKVDSLVAEANQKLDDGARAALLTQAHDLAMNDYPMVPLFQYSADRLVKSYVGGYTLTNYIDMRASQDMYLIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Structure-Based Strategy for Epitope Discovery in Burkholderia Pseudomallei Oppa Antigen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
molecule tags Peptide binding protein
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 177
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3zs6A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zs6A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3zs6A02
3B6TA 3VVDA 2RC8A 2OZZA 4IO6A 3OSQA 2GRVA 2LAOA 4U1ZA 4E0WA 1EZOA 5FTIA 2Y7RA 5KCJB 1SD3A 3RTWB 2Y7WA 4DCYA 3ZKLA 4XKPA 2GHAA 3MUQA 3IX1A 2OCUA 1P99A 4QFOA 4C1TA 1N76A 1UTHB 3FJMA 2PYYA 3IOTA 1DTGA 3PPPA 1QKBA 5HPQA 5AA3A 1OMPA 3VE1B 4YB7A 4BDRA 2UXAA 4YB5A 2F8DA 4DDDA 4EF2A 3PUWE 4IO4A 4EQBA 1LAXA 3RYAA 1MH4A 1Y9UA 2ZYKA 2V25A 4NWCA 3MW0A 1LAHE 3RY3A 4H1XA 3IAZA 1ZMGA 4OENA 4BDLA 2D5WA 2REJA 3HPIA 1NNPA 3N6UA 2QS4A 5JEIA 2Y7PA 3RLFE 5AA4B 3FXRA 2ZXTA 3O66A 3DP8A 3T9VA 2DXRA 2GHBA 1A40A 3U72A 3QXMA 3ODBA 4OMBA 3TELA 3USDA 5LOMA 4JSOA 3FXUA 4ZEIA 3HV1A 3PPQA 3G3KA 3L6HA 2QS1A 1LCTA 4DIGA 2O68A 1Y20A 5CMCA 3TCFA 3CFLA 4GVOA 2RKMA 2UVHA 2UVIA 2ABHA 4RXLA 5FTHA 4G4PA 5B70A 1D4NA 1ELJA 1Q1KA 3MWBA 5H8FA 1QKAA 3BFUA 3H7MA 3B6QA 5AA2D 2AIXA 4GWOA 2X26A 3KJTA 3VFJA 1MQIA 3DM0A 4OYVA 1FQCA 1B5IA 2ZMBA 3M3LA 1AL3A 3G3IA 4IY5A 3K4UA 3BFTA 1I6QA 2XX7A 1XHYA 1JNFA 4QSDA 1B3FA 1GR2A 4R72A 3VDFA 2CZLA 1O63A 5ISUA 1N04A 2P1SA 4I1DA 4G68A 4H6DA 3VLWA 4UA8A 1R9LA 4BDQA 5KZTA 1S7YA 3IOUA 1MPCA 2ZNTA 4FE8A 2Q8JA 3HO7A 4OHNA 1SYHA 3PPRA 4OXVA 4XXUA 5CMBA 2H5YA 5F1QA 3IJOB 3CSBA 1B7UA 4ZDMA 4EF1A 1US4A 3L6GA 1Y3PA 5I58A 1LFGA 3VLVA 1QJMA 1H45A 2F78A 1I69A 4I8CA 4MH5A 2H98A 4G77A 3G3HA 2B4MA 4M1VA 4N13A 2I3VA 2RCBA 1B40A 4LATA 4EQ7A 3FJGA 1HSJA 1UIVA 3N26A 4RPNA 1FQAA 2HXWA 2P2AA 2PX1A 4GL0A 1FTMA 1Y3QA 1URSA 2NUVA 1MXXA 1A55A 3OXNA 1QULA 1MXWA 5M2VA 3EHSA 1FTOA 3T9HB 4OERA 4Z7EA 4LZ7A 3SEVA 1NFTA 4OWDA 4YMAA 5A5XA 4LZ5A 1AMFA 3IO6A 4F3GA 3H6VA 4OESA 2P0SA 3VVFA 5DVIA 3C32A 1RYXA 1D9YA 4U1OA 1SQYA 1B32A 1MPBA 3VLUA 1MXVA 5CC2A 1XVYA 3JYRA 2KLFA 1B6HA 2H99A 3O6IA 2ZYNA 1OVTA 3UIFA 1MDQA 3OEKA 4NEDA 2F97A 3G3FA 1OVBA 4FAJA 3A09A 3O29A 3JZJA 1AIVA 4THIA 2REGA 1H3DA 1ZTYA 4QFKA 4F1VA 4U21A 3TDJA 1B52A 4JBZA 2I48A 4FECA 1VFEA 3KGCA 4KHZE 3N6TA 4MFIA 3VV5A 4TOZA 5H8FB 4OTEA 1NNFA 2A5TA 3DRHA 4U22A 2D3IA 3CFZA 4KD5A 4EDPA 1IEJA 2VOZA 3LBSA 3IB0A 3RQTA 5DYHA 2OBGA 4OFJA 4ZS9A 2V84A 2DQVA 4U4SA 3QK6A 5IAIA 1BKAA 1PB8A 2D21A 5I2KA 3CSGA 3VXBA 4QSEA 3H6TA 5AA2A 3DP4A 4YZZA 2NOOA 3CVGA 1IIWA 2F36A 2HEUA 3KOSA 4G68B 2I3WA 2G93A 1DTZA 5HM4B 2HAVA 2R6GE 1SI1A 3V5AA 3U94A 2YLNA 2F34A 3I6VA 3OSRA 4F31B 4G8MA 3RUMA 2HZKA 1MY0A 3PD8A 4NF8A 1ANFA 1Y3NA 3KJ7A 1FTLA 4GLIA 3TYHA 2DE2A 2V3QA 4YU0A 2HFBA 4WEPA 3QUJA 1EZ9A 5I58B 3UP9A 3ZKKA 3DRGA 3I3VA 3MZ9A 3PV0E 2DWAA 4X1DA 1ZLQA 3PUYE 3RT6B 3S9EA 1B7HA 2OWSA 2FA7A 3IB1A 2O51A 3OO7A 4ZE9A 2DVCA 4FORA 1RKMA 3C9HA 4OQOA 1VR5A 1A8EA 4F2OA 1SVXB 2O84X 4YMBA 3HCQA 2VD2A 1D9VA 3LR1A 2HAUA 1MXZA 4MBPA 2Z22A 3TQWA 3U8QA 2ZYOA 3O2AA 3HSTA 1B5JA 4QFNA 5A5XB 3SEUA 5BWJA 1QUIA 3PGFA 4OETA 1N3WA 1MXUA 1JEVA 3FV1A 4WXJA 3H03A 2XXVA 3SDFA 2Y7IA 1O64A 4R73A 3MZ1A 4OFOA 3E4RA 4O3BA 3FVGA 4F29A 5TU0A 3B7DA 1USYH 4PE5B 4QRZA 3IOWA 2NXOA 4LQ2A 4BDOA 1N7WA 4Q8RA 1B9JA 3OO8A 1SI0A 4JB7A 2CMOA 5I2NA 5J1DA 4G2ZA 5ITPA 4IGRA 2A5TB 3RYBA 2R9JA 3FJ7A 4P11A 4F3BA 3S9MC 1H44A 3M3FA 4ELQA 3S9LC 4NF6A 2BJJX 5TPAA 2H25A 1B3HA 4X48A 4IO2A 5B7DA 3CR9A 5ICTA 4R6KA 3RN8A 3LSLA 4RJZA 1P1WA 2O7UA 5I2KB 2XX8A 3IO4A 3BKIB 5AA2B 5CBSA 1NMUA 3S9NC 4TQUQ 1OLAA 3LUYA 3FUZA 3VXCA 1MQHA 1JW1A 2O1LA 4RA1A 3C33A 3KEIA 4PFYA 1CE2A 3UGWA 2XXTA 4ESWA 5H8QA 1M5BA 4GXAA 4NF8B 3DRJA 3CIJA 1MS7A 4TLLB 1LFHA 1B1HA 3MZBA 5H8NA 2Z8DA 2V3TA 1FTKA 3LVUA 4ISUA 5FHNA 1IITA 4QSCA 2XXIA 4F2QA 4FEDA 1J1NA 5CRYA 4FIMA 1B0LA 3IR1A 4I62A 1KWHA 1LFIA 3C4MA 3MVZA 4JSDA 3CI8A 1JVYA 1P1UA 4TLMB 5DTBA 3CRBA 2VD3A 4LP2B 4JWXA 3UORA 3FGSA 2DXYA 3EHTA 2F7BA 1SW5A 2DYXA 4RPOA 3U1OA 1F9BA 1MQDA 1PC3A 4ELOA 1DOTA 2OJTA 1NH7A 3FATA 5KDTA 3THIA 5L8DA 2DWHA 1FQFA 2DSFA 2OWTA 4NF4A 2B3FA 1MM6A 4DZ1A 3TTKA 2V3UA 4PFTA 1B2HA 2I0BA 1POY1 1AH5A 2O69A 1BLFA 4F1YA 4F1UA 4H67A 4YAHX 3TTRA 3R7XA 3MAMA 4F19A 3K01A 1UTBA 3M8UA 3LC8A 1PB9A 3BBRA 3MBPA 4GXSB 3U92A 3I5OA 2DP8A 1CB6A 3Q26A 2DVZA 1MXYA 4KYSA 3O28A 4DXUA 1JW4A 4IB2A 4GL8A 4GRKA 2O7IA 5I2NB 2ZNSA 1PB7A 4IO5A 3K1NA 2I6EA 2WKYA 3EHUA 3RGYA 3UA8A 4YB6A 1DPEA 5TPAB 3KFMA 3GXAA 4HW8A 3MP8A 2AYSA 1MY2A 1ZJLA 2I4CA 1NNKA 1MRPA 4L17A 2QMWA 3V8XB 3PAMA 2DWJA 2Y84A 4H0WA 3MJNA 4H5GA 1H43A 4R74A 4G8HA 1JEUA 2PVUA 4GOTA 1EH3A 2DE4A 3TCHA 5ICQA 1PBQA 1A54A 4N6PA 3SETA 3RTFB 2O1MA 4KYEA 4HS7A 4X1BA 4R9GA 1II5A 4G8NA 1R1NA 5EHSA 4WEDA 5H8QB 1MY1A 1DPPA 5JTYA 1Z7NE 4F3PA 4IGTA 5JK4A 1YTVA 5H8NB 1QUJA 2ANJA 1SW4A 3MVWA 2F6PA 4KQPA 2IA4A 1A7LA 2UVGA 3KZGA 3FVKA 4E0XA 4BDMA 1URGA 3MVXA 3G3GA 4OZ9A 4JWOA 1R9QA 1MY4A 2XXWA 2XXPA 2UYEA 3T9XB 3EQ1A 4ELRA 4O3CA 3K1MA 3K00A 4C1UA 4P0IA 1OLCA 3VVEA 3LSXA 1Y1MA 4Q30B 1B05A 2W7YA 3K02A 1N3XA 4RK2A 3O6PA 1O7TA 2XXYA 4R2BA 2H4IA 5KDTB 1ZKBA 4GD5A 3DRFA 4PFWA 2QSXA 3R26A 4RYAA 4IO7A 4XIGQ 2XXUA 3FVOA 3ECRA 3HN0A 3PMXA 4NF5A 1UIUA 3Q27A 3T96B 2Z8EA 2F6GA 1SBPA 4JDFA 3N94A 1GV8A 4HCYA 2XXQA 4NE4A 1QVSA 1LLSA 2RC9A 1IQ7A 1R6ZA 3KSXA 4GIZA 4KFQA 2E1SA 3CHGA 2QPQA 4KCCA 4JWYA 3QSLA 3MP1A 1TT1A 1UTBB 3V83A 3ZSFA 2A5SA 2Z23A 3Q28A 2XHDA 3K1PA 3ILUB 4R6YA 2Q2CA 5I56A 1EU8A 1N7XA 3TCGA 3K6XA 4QFPA 2ONSA 3IL1B 4FJPA 1OQGA 2R71A 5I59A 3G3JA 4H65A 1URDA 5I84A 1GTKA 1GVCA 4U4XA 5L9SA 2DOJA 2QJEA 4KCDA 1P1QA 4HTGA 3QIMA 3QUFA 4ONYA 4FEBA 2Z8FA 1M5CA 3GBBA 4R9FA 4F39A 4H5FA 3C34A 3TAJA 4R75A 3TZAA 4O3AA 3PUVE 3SKPA 1S50A 1I6AA 3TUSA 3GBAA 4Q0CA 1HSLA 4OEVA 2OLBA 5CMMA 3MPLA 5L9OA 3GZGA 5AA1A 5EHMA 5H8HA 4MF3A 4F18A 4XTCQ 3V89B 2NVUB 3FASA 4LVQA 1UQWA 1VSOA 1LB9A 5JTYB 1WODA 3TQLA 1ZU0A 1B51A 4XKRA 4BDNA 1MM7A 4C0RA 3IJXB 2B65A 5EYFA 3H6UA 1JQFA 4U2RA 4N07A 1Y4TA 4F22A 2OK2A 3E3KA 3HHGA 4I9DA 1N0TA 1B0HA 5DT6A 1IXGA 2PMSA 1B1XA 4PQJA 4ZZAA 3M3KA 2XD3A 3SEXA 2I58A 1MG1A 3CG1A 3ONMA 1JETA 3JV9A 4NF5B 3Q29A 2ESNA 3RNNA 1IUDA 1WVJA 2FNCA 3O6HA 3OENA 4ND9A 3MVYA 4LQ5A 2GH9A 1LBCA 2FYIA 4Z0IA 3TPAA 1XVXA 3PPOA 1Z7ME 2Y7KA 1FQDA 1LB8A 2PT1A 3KBRA 4HCWA 4NWDA 1FQBA 3S2VA 2RCAA 2XXRA 4OFLA 3R6UA 3DLNA 4YICA 1USYE 2WOLA 4IO3A 1PDAA 3H3GA 2XX9A 3EF7A 2ZNUA 3WAEA 3OOAA 5I56B 1NNTA 3K2DA 4K3FA 3LSWA 3OO6A 4P0GA 4ZEKA 1I6BA 2V93A 4XKNA 1YAEA 5I59B 1FCKA 4X9TA 1ZBMA 3RT8A 2O6AA 4POWA 1FTJA 1IXHA 2THIA 2DS9A 4LZ8A 3IOVA 3PMVA 1MDP1 5ELVA 2HQ0A 2F7AA 1TFDA 5BUUA 3PU5A 3SEWA 1IXIA 4AB5A 3AXFA 5ITOA 3K6VA 1M5FA 2B4LA 3PPNA 4U23A 2QRYA 4OEUA 2QS3A 4GQOA 3SEYA 1D3KA 3KN8A 4GFRA 1SW1A 3D4CA 1GGGA 4QF9A 5H8HB 2HZLA 1XS5A 1VFDA 2X7PA 4NTLA 1SW2A 1QW0A 3FXQA 4DE8A 5DEXA 3QAXA 1LAFE 4DXBA 4F3SA 3MQ9A 1HSEA 2PBWA 3O97A 3FTOA 3CFXA 3O9PA 4DCXA 3QYTA 3E13X 1MH3A 1B4ZA 3MPKA 3TTNA 3EN3A 3C31A 3O6GA 4RK9A 1OIBA 1LSTA 4RY1A 2DE3A 1LAGE 4ESXA 1A8FA 5HBCA 2QL3A 2UVJA 2YPNA 4AQ4A 5L9MA 3T93B 1JW5A 5CI5A 3K6WA 4RNSA 1M5DA 1LGBC 3GLBA 5TP9A 3DRKA 1TWYA 1A99A 1TXFA 2XXXA 3FVNA 3SESA 3S4UA 4YKPA 4ZE8A 3TMGA 1BIYA 3A3CA 4ZEDA 1XT8A 3TFLA 2IEEA 1JVXA 1N84A 3KN7A 4NF6B 4QFLA 1B3EA 1P1OA 2UYFA 4ELPA 1YCJA 4JXIA 3H4ZA 3MC2A 1IXCA 3DP6A 4EXLA 1TFAA 2F7CA 2G29A 4LONB 1Q35A 2DWIA 2NWJA 5F7VA 4PETA 2XXHA 2QS2A 4EQ9A 4XKQA 2I0CA 1IZ1A 2RF1A 3DRIA 4KPTA 3OEMA 2I4BA 4KI0E 3C36A 4ZEBA 4PFUA 3E9XA 2AL5A 2ONKE 1PBPA 5FHMA 4NMYA 5DVJA 1EZPA 5I57A 5K2YA 4R2FA 3G7WA 4EUOA 3IB2A 4UACA 2M8CA 2H9BA 5FHOA 4YKJA 4PP0A 3W9VA 3TKDA 5IKBA 3ZS6A 3F11A 4EXKA 3KG2A 2PT2A 3DELB 4ZZEA 3HHFA 3FIRA 3U93A 3WAFA 1BTJA 3W9WA 4Q5TA 2I49A 1B3LA 5KCJA 4YKIA 4H8IA 2VGQA 1SDXA 1VE4A 2AL4A 1B4HA 1P1NA 3FZVA 1MPDA 1XC1A 4DXCA 1QUKA 2ONRA 3FV2A 1MQGA 1UTHA 4NF4B 2F35A 3TTMA 4KYDA 1YPNA 3W15C 1DMBA 1SYIA 2E0SA 4KR5A 2VHAA 1MQJA 2QMXA 3CG3A 5DEXB 4G68C 3A3UA 1B58A 3T22A 4GF8A 1POTA 3KSJA 3C35A 3PD9A 2RINA 3P7IA 2Q89A 3B6WA 5H8SA 1Y1ZA 3IORA 3OD7A 2ALUA 3TTLA 3SERA 4WKMA 3T66A 4OVJA 1NL5A 3PUXE 5CM6A 1B7ZA 1MY3A 2WOKA 3UN6A 3ILTB 2YJPA 1WDNA 3IK6B 2ZYMA 4M4GA 3D4GA 5AA4A 4ECFA 3K6UA 2F5XA 3H06B 5TP9B 4R6HA 4POXA 3Q25A 3N5LA 3H6WA 3RPWA 4AB6A 2HCAA 1XOCA 3EPEA 4LUBA 3PUZE 1US5A 4DLDA 3LSFB 2GFEA 4MLQA 3MP6A 4YKKA 3OO9A 3T9UA 1OQHA 3PMWA 5AE4A 1B5HA 1NH8A 3FD3A 4MLVA 1M5EA 1LCFA 3KOTA 1B46A 2Q88A 2XD2A 4IY6A 1LBBA 1Y4CA 3UK4A 4H8JA 1NKXA 2RC7A 5CBRA 2B3BA 2Q2AA 3K0VA 1BP5A 1S9TA 1FQEA 1ZIUA 5DVFA 4ZECA 1PEBA 2WOPA 1L5TA 4FATA 3OMBA 1T0KA 4ZEFA 2X7QA 3TEPA 1DSNA 1RYOA 4LA9A 1B3GA 4QHQA 1AOVA 5I57B 1ATGA 1H76A 5K2XA 3OELA 5CMKA 4BLAA 3TODA 1FW0A 2VP1A 2Q9TA 3KN3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B6TA 3VVDA 3RYDA 2RC8A 2OZZA 4IO6A 3OSQA 2GRVA 2LAOA 4U1ZA 4E0WA 1EZOA 5LTCA 3GYYA 5FTIA 2Y7RA 5J16A 5KCJB 1SD3A 3RTWB 2Y7WA 4DCYA 4PDDA 3ZKLA 4XKPA 2GHAA 3MUQA 3IX1A 2OCUA 1P99A 4QFOA 4C1TA 1N76A 1UTHB 3FJMA 4N17A 2HPGA 2PYYA 3IOTA 1DTGA 3PPPA 5IZ1A 1QKBA 5HPQA 5AA3A 1OMPA 3VE1B 4AS5A 4X8RA 4PAIA 4YB7A 4BDRA 2UXAA 4YB5A 2F8DA 4DDDA 4EF2A 3PUWE 4IO4A 4EQBA 1LAXA 3RYAA 1MH4A 1Y9UA 5EYHA 2ZYKA 2V25A 5IZZA 4NWCA 3MW0A 1KA1A 1LAHE 4I3EA 2V4CA 3RY3A 4H1XA 3IAZA 1ZMGA 4OENA 4BDLA 1BK4A 2D5WA 2REJA 3HPIA 1NNPA 3N6UA 2QS4A 5JEIA 2Y7PA 3RLFE 5AA4B 3FXRA 2ZXTA 1SPIA 3O66A 3DP8A 3T9VA 2DXRA 2GHBA 1A40A 2MKZA 3U72A 3QXMA 3ODBA 4OMBA 3TELA 3USDA 5LOMA 4JSOA 3FXUA 4ZEIA 3HV1A 3PPQA 3G3KA 3L6HA 2QS1A 1LCTA 4DIGA 2O68A 1Y20A 5CMCA 3TCFA 3CFLA 4GVOA 5EQ8A 2RKMA 2UVHA 4LN5A 2UVIA 4NAPA 2ABHA 4RXLA 5FTHA 4G4PA 5B70A 1D4NA 1ELJA 1Q1KA 1IMBA 3MWBA 5H8FA 1QKAA 3BFUA 3H7MA 3B6QA 4GWUA 5AA2D 2AIXA 4GWOA 2X26A 3KJTA 3VFJA 3U65A 1MQIA 3DM0A 4OYVA 1FQCA 4NN3A 3BIGA 1B5IA 4QBAA 4N81A 2ZMBA 3M3LA 1FJ6A 1YXIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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