3DP8A

Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter nika (nickel butane-1,2,4-tricarboxylate form)
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter NikA
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
source organism Escherichia coli
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 148
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3dp8A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3dp8A01
2XXHA 1B05A 3O6GA 1ZBMA 3QYTA 2NVUB 5JTYA 2I0CA 4RJZA 2HQ0A 3C9HA 2P2AA 1OQGA 4LQ5A 2I49A 2REGA 3PUWE 5F7VA 1YPNA 5EHMA 3OD7A 3SERA 2V84A 4RK2A 3SEYA 5B7DA 2D21A 2RCAA 2WKYA 3KJ7A 2ZXTA 2XHDA 3FV2A 2DWJA 4R9FA 3CSGA 1QUJA 4GLIA 3QUJA 2VHAA 3C32A 5H8NB 1B51A 1Y4TA 3MVZA 3DRGA 4OETA 1SYIA 5FTHA 4NWCA 1O63A 2DS9A 1B3EA 4JXIA 2RC8A 4F31B 2X26A 4RXLA 1USYE 3IOVA 3S9MC 4WXJA 5DTBA 5EYFA 1NL5A 3RT8A 2XXUA 3ILTB 3SETA 3O28A 4U4XA 3K6UA 5I2KB 2H98A 2H4IA 4EXKA 3H06B 3MAMA 4G2ZA 2Q9TA 2YLNA 3FVOA 2PT1A 4PFUA 4FAJA 4F29A 1I6BA 4IO6A 2H9BA 1MG1A 2FYIA 3S2VA 3IAZA 3K1NA 4C1TA 4ELPA 1M5BA 1BIYA 4BDRA 1CB6A 3Q29A 4EF1A 5M2VA 2NWJA 3K1PA 1PB9A 2NOOA 1NNTA 3DRIA 3E3KA 2I0BA 3B6QA 3MQ9A 2PT2A 1D9YA 4F3GA 3CFZA 1AH5A 4QFNA 2OWTA 3VFJA 2V3QA 1PDAA 3MP8A 1R9LA 4GWOA 4YAHX 2F97A 1DPEA 5H8NA 3TZAA 3U94A 4DE8A 3E9XA 4NF8B 3UORA 1XS5A 4MLVA 1P1NA 1LFHA 1Y3PA 3G3KA 4KI0E 4XXUA 2ONRA 3R26A 2F7CA 1UIVA 2CZLA 1B9JA 3K4UA 1SD3A 5DYHA 3MPLA 2R6GE 3OO8A 2E1SA 4AQ4A 4PE5B 5ITPA 1DMBA 5I2KA 2H25A 4IY5A 3TCHA 3VV5A 4NWDA 1SQYA 5TU0A 3N6TA 1F9BA 1JVYA 4WEDA 3I3VA 4TOZA 1R6ZA 2D3IA 5AE4A 1NH8A 2UVHA 5H8FA 2B4MA 3HPIA 4YZZA 4RY1A 3EPEA 3N26A 2VOZA 1NNKA 3FATA 4FE8A 2UYEA 1IEJA 2DOJA 3L6HA 1JW5A 4EDPA 1H76A 3HCQA 4NF5A 4PFWA 4BLAA 4U2RA 3BFTA 3D4GA 4UA8A 3UGWA 1OLCA 5I2NB 1S7YA 2WOKA 5FHNA 2OLBA 1B0HA 5H8HA 3SEVA 4XKNA 1NH7A 1N0TA 3FV1A 2OJTA 3K01A 1URGA 3W9VA 2OWSA 3MP1A 4R6KA 4HCYA 1FW0A 4BDNA 3VDFA 2O69A 2Q88A 2QRYA 4QFOA 4G68B 4DXCA 4NF8A 3A3CA 1H44A 4YU0A 4X9TA 4KR5A 5L8DA 2WOPA 3VXBA 2I3WA 1IZ1A 3KBRA 4KD5A 3O29A 1B3HA 1FTJA 3OSQA 2DWIA 1LAFE 4C1UA 1B46A 3PMWA 3U93A 3LBSA 2UVGA 5I84A 3VVEA 1MPCA 5CM6A 4JWXA 4AB5A 4Q5TA 3K6VA 3CG3A 3GZGA 3ZSFA 4BDMA 3RUMA 4PP0A 3R7XA 2ZMBA 4OWDA 1Y3QA 2Q2CA 3LSWA 3PMXA 1MQDA 4RYAA 4LZ7A 3PPQA 4G8MA 5LOMA 1JEVA 1LBCA 3PAMA 2DWHA 4XIGQ 5I2NA 1OIBA 1N3XA 1LB8A 3H03A 4ZEBA 1BTJA 1A55A 2M8CA 3G7WA 5HM4B 3S9LC 1EZOA 3IOTA 4F2OA 4DIGA 3OELA 3MWBA 4G68A 3IO6A 1ELJA 4OFJA 1XVYA 4RPNA 3CHGA 5AA2B 4DCYA 3W9WA 1QUKA 4QRZA 2X7PA 1TWYA 3PMVA 4WKMA 3N6UA 1XVXA 2ONSA 3HO7A 4F39A 3EHTA 4RNSA 4OEVA 5CRYA 2O7IA 4HCWA 5I59A 2R9JA 4ZEDA 3PUYE 3TELA 3TTLA 1QUIA 1VE4A 1YCJA 2FNCA 1BLFA 1N7XA 3KOSA 4F3SA 4GFRA 4IGRA 4IB2A 1ZIUA 5AA3A 1VSOA 2HCAA 2Y7IA 2V3TA 4KYSA 1NFTA 2DP8A 3RGYA 2XXWA 5TPAB 3WAEA 2ONKE 4RK9A 3TTNA 1ZU0A 3IOUA 3BBRA 2AL4A 1IIWA 3PUXE 2UVIA 4ONYA 1Y20A 3KSJA 3T96B 1Y1MA 2XXIA 5IKBA 4JDFA 2W7YA 3TQWA 1H43A 2XD2A 2DE4A 3B6WA 4ZECA 3K6XA 3PUZE 2ZYOA 4FEDA 3JYRA 4ESWA 1I6QA 2Y7RA 5AA2A 3FJMA 4OHNA 1NNPA 4P11A 2XXPA 2HZKA 1GR2A 1LAGE 5A5XB 3LSFB 1TT1A 1IQ7A 3ZKKA 1B2HA 1NMUA 3KN3A 2QJEA 4YMAA 5CMKA 1DPPA 4OYVA 1B1HA 4G77A 3FVGA 3VE1B 2IEEA 2Z8EA 1MH4A 4FIMA 2XXTA 1LSTA 2ZYKA 1O7TA 1S50A 3ZS6A 1POY1 4F18A 4ZE9A 4FORA 2YPNA 2VD2A 5I58B 2F6GA 5J1DA 5TPAA 3VXCA 4R75A 1JEUA 3IOWA 4FECA 1BKAA 2HAUA 1WVJA 3OSRA 4NMYA 2DVCA 2R71A 5IAIA 1SDXA 5L9OA 3SDFA 3ONMA 3RNNA 1SVXB 4MH5A 3DRJA 1EZPA 4OVJA 1B5IA 3HHFA 1QW0A 3FJGA 1LCFA 3MUQA 2B3BA 5K2XA 4R2FA 3TPAA 1QJMA 3UN6A 1I6AA 4LATA 3KJTA 1MY1A 3H6TA 1MXYA 4KYDA 4H8IA 1RYXA 1PEBA 3OEKA 3AXFA 3IL1B 2AL5A 2OK2A 2RINA 5L9SA 5A5XA 1FQEA 1QVSA 5BUUA 4KPTA 3TMGA 1AOVA 4OERA 3PV0E 1A54A 1Y4CA 3G3JA 5DVIA 3GLBA 3T66A 3CIJA 5ICTA 3LSLA 1UTHA 3TTRA 3RPWA 3CSBA 3DLNA 2Y7KA 4E0WA 2FA7A 2OBGA 3SEUA 5H8FB 4L17A 3FIRA 2OCUA 2I4BA 3CI8A 4F1YA 5I58A 2ABHA 4Q8RA 2G93A 4ESXA 3EQ1A 4NF5B 4H1XA 1MS7A 4RA1A 1FQDA 5CMMA 4OEUA 2LAOA 4TLLB 2UXAA 5H8HB 1SW5A 3LUYA 2O51A 4FATA 2AYSA 2WOLA 1B3LA 4LVQA 4POXA 3VLUA 2Z23A 2XXQA 5AA2D 1FTLA 1VFEA 4MF3A 3O6IA 1ZKBA 1LCTA 1FTMA 3VLWA 3ZKLA 3LVUA 3KGCA 1PBQA 2DYXA 3DP8A 1HSJA 4IY6A 1YTVA 2RF1A 3U92A 3QK6A 3MVWA 3TKDA 2H99A 1MXVA 1Y3NA 4THIA 2QPQA 1PC3A 4ZE8A 5ITOA 3OEMA 3R6UA 2Q89A 4H5FA 1OMPA 1AIVA 3FD3A 1MQJA 3GBAA 4C0RA 5I56B 2F5XA 4GF8A 2HZLA 1DTGA 3EHSA 4MLQA 4NTLA 1N84A 2DQVA 4EQBA 3PPRA 4YKKA 4EUOA 3HV1A 3O66A 2HFBA 4G4PA 4YICA 3MC2A 3OMBA 4QSCA 2DWAA 4YB5A 2NXOA 5DVFA 2GHBA 1MDQA 2YJPA 4DCXA 5KCJB 3FZVA 5CBSA 3SESA 4H65A 4IO3A 1FQCA 2I48A 3D4CA 1B52A 1SW4A 1PB8A 4KYEA 1GGGA 1PB7A 2V3UA 4ZDMA 2F36A 1SI1A 4OENA 1BP5A 3IB0A 3PD8A 1OQHA 1MM7A 2D5WA 5I59B 3JV9A 2KLFA 1SW1A 3KN7A 2PYYA 3TCGA 3M3FA 5I56A 4KHZE 3TFLA 4HTGA 1IXCA 1DTZA 1B6HA 3USDA 1USYH 3V83A 1OVTA 3MPKA 4Q0CA 3W15C 4GQOA 4NEDA 3B6TA 1FQFA 1JW1A 1JVXA 3UIFA 4H5GA 2Z8FA 1ANFA 4EQ7A 4I1DA 3IJXB 5BWJA 4Z7EA 1N04A 4N6PA 3JZJA 3PPOA 1UQWA 1IITA 3A09A 3DM0A 1POTA 3E4RA 5FHMA 1A7LA 4QF9A 4U21A 5ISUA 2O84X 3VLVA 3I6VA 4F3PA 2XX8A 3TODA 1EZ9A 3LSXA 3QXMA 4U1OA 5KCJA 1P1OA 4AB6A 2BJJX 2QL3A 1IXGA 1R9QA 4FEBA 1B5HA 2GHAA 2V25A 5EHSA 4QHQA 2O7UA 4DXBA 2GFEA 2XXYA 2F8DA 3K1MA 3H3GA 3CVGA 2I6EA 1HSLA 1B0LA 3FXQA 1B4ZA 4E0XA 4ELQA 1JQFA 5TP9B 3H6UA 1FQAA 2O1LA 3OENA 3CRBA 4NF4B 3SEWA 1D3KA 4QSEA 4RPOA 1VR5A 4JWYA 2Y7PA 3PU5A 3Q27A 3DRHA 4GL8A 3QUFA 1RYOA 1LFGA 2ZYNA 2QMXA 4LZ8A 4ISUA 5FTIA 5DT6A 5JK4A 4I9DA 1NNFA 3TAJA 3V5AA 1QKBA 5K2YA 3N5LA 1XHYA 3H4ZA 4YMBA 4F3BA 3O6PA 4JSOA 4QFKA 2Q2AA 2QS3A 2IA4A 3UP9A 3H7MA 5HPQA 3P7IA 1Q1KA 1MM6A 3Q25A 1MQHA 3FJ7A 1ZLQA 1T0KA 3MZBA 3M3KA 2A5TA 1UTBB 2O6AA 4EF2A 4R6HA 3HHGA 4H67A 3B7DA 4TQUQ 2X7QA 5F1QA 4MFIA 1LGBC 3IB2A 2G29A 3V89B 3H6VA 4QSDA 3FVNA 5TP9A 5ICQA 2XX9A 3TDJA 4GXSB 4NF4A 2DSFA 3TTKA 4R73A 1UTHB 1MY0A 1FTOA 1QULA 1XT8A 4PQJA 2RC7A 1MXXA 1FQBA 3IB1A 2GH9A 1WODA 3IJOB 3RTWB 3K2DA 4UACA 2PX1A 4NE4A 2H5YA 5CI5A 3OO7A 1B58A 3T9UA 1SI0A 5KDTB 1N3WA 3KG2A 4GVOA 1MXWA 2XXXA 2QS4A 1TXFA 1N76A 4YB7A 3A3UA 4LP2B 3PGFA 3RN8A 3FTOA 1Y9UA 4YKIA 1B5JA 3KOTA 4I62A 3G3HA 3C4MA 1URSA 3U1OA 1B7ZA 3OO6A 2ESNA 1VFDA 1LBBA 3FVKA 3WAFA 2ZNTA 4OMBA 4GIZA 3RLFE 2DXRA 5AA4B 3K0VA 3G3IA 4LUBA 1H45A 3I5OA 4X48A 2DXYA 1UTBA 1IXHA 3IORA 3UA8A 1M5EA 1OVBA 3F11A 4JSDA 3C36A 4F2QA 1LFIA 3CFLA 4EQ9A 2VGQA 1AMFA 2E0SA 4H0WA 4JB7A 3FXUA 1GTKA 4F1UA 4PFYA 2I3VA 5KZTA 5H8QB 1MY3A 1J1NA 3CFXA 4DDDA 2RCBA 3PPNA 3MW0A 4QFLA 1SW2A 2OZZA 3MVYA 3O2AA 5KDTA 4OFLA 4U22A 1MXZA 4R9GA 1ATGA 1A8EA 2ZYMA 4OFOA 4KFQA 4Z0IA 4FJPA 4IO5A 3KZGA 1YAEA 4O3AA 4IGTA 4NF6B 4BDOA 2O68A 3FASA 3TTMA 2Y84A 2XX7A 2REJA 4IO4A 5L9MA 1TFAA 5AA4A 1MPBA 3OXNA 4F22A 1GVCA 3IR1A 1Y1ZA 3IO4A 3OO9A 3U8QA 4ELRA 2NUVA 5ELVA 3S9EA 4ECFA 4DZ1A 1D9VA 2PBWA 3M3LA 2QS1A 1US5A 3E13X 3S9NC 1Z7ME 2P0SA 3GBBA 1MH3A 4I8CA 4U23A 2XXRA 3DELB 4G8NA 2Q8JA 4JBZA 4ZEKA 3C31A 2Z22A 2VD3A 1QKAA 5B70A 4MBPA 3TEPA 3O6HA 1NKXA 3RT6B 1A8FA 1URDA 2ANJA 5H8QA 2RC9A 2O1MA 4OZ9A 1A99A 4QFPA 1ZJLA 1OLAA 3MZ9A 1P1WA 4Q30B 2DVZA 4OQOA 3V8XB 4U1ZA 3RYAA 2ZNSA 3VVDA 4N07A 3LC8A 1EH3A 5CMCA 4IO2A 4KQPA 4LQ2A 3PPPA 3ILUB 2QS2A 2F78A 3C35A 3EF7A 4NF6A 1N7WA 4DLDA 3T9HB 1EU8A 3T9XB 3KEIA 3C33A 4P0GA 1Z7NE 1ZMGA 4DXUA 1MY2A 1B1XA 1MXUA 4ND9A 2B65A 3SKPA 1B3GA 2RKMA 4POWA 1ZTYA 2QSXA 3T93B 1SYHA 2PVUA 4G68C 5I57B 1S9TA 3O9PA 4GD5A 4LZ5A 4PFTA 3RQTA 5CC2A 3S4UA 3G3GA 3QIMA 1P99A 4GOTA 3TCFA 3T22A 4BDQA 5DVJA 1TFDA 3QSLA 3FXRA 4N13A 1M5CA 2P1SA 2ALUA 2F34A 1O64A 4R74A 1KWHA 3CG1A 1P1UA 3KFMA 2F6PA 1AL3A 3SEXA 3DP6A 1US4A 4GRKA 3K02A 2THIA 5H8SA 4HW8A 4WEPA 2VP1A 3ODBA 3K6WA 1JETA 3L6GA 4OESA 4ZEFA 2F35A 1I69A 3Q28A 3BKIB 4H8JA 2CMOA 3KN8A 1LAXA 2F7BA 2I58A 3MP6A 4R72A 2A5SA 4YKPA 1R1NA 3K00A 1MDP1 1XOCA 2XD3A 1B3FA 1UIUA 4GXAA 1H3DA 3O97A 2XXVA 3IX1A 3PUVE 3QAXA 3IK6B 2DE2A 2HXWA 2HEUA 2AIXA 3C34A 5DEXB 1IXIA 1M5DA 4ELOA 4X1BA 2A5TB 4ZZAA 1B40A 2DE3A 5HBCA 1RKMA 2HAVA 1GV8A 5I57A 3RY3A 1LB9A 4XKQA 4XKPA 3FUZA 3KSXA 2F7AA 1Q35A 3Q26A 4U4SA 3RYBA 3G3FA 2V93A 4HS7A 4OXVA 3MBPA 1PBPA 4PETA 4F19A 5CMBA 1WDNA 2UVJA 1A40A 3THIA 4ZS9A 4O3BA 1MRPA 3EN3A 1DOTA 1B4HA 4LONB 3DRFA 4OTEA 4YKJA 1SBPA 3ECRA 1MQIA 1MQGA 4XKRA 3MVXA 1B32A 1D4NA 3DRKA 2Y7WA 3MJNA 4F1VA 3FGSA 3HN0A 5AA1A 3HSTA 3EHUA 3N94A 5JTYB 1P1QA 2GRVA 3UK4A 3RTFB 3U72A 1MPDA 4KCDA 5DEXA 4M4GA 1II5A 4KCCA 3TUSA 4JWOA 5CBRA 3TYHA 2QMWA 3LR1A 3T9VA 4GL0A 4IO7A 4O3CA 4XTCQ 1JNFA 1IUDA 1B7UA 4EXLA 3DP4A 1XC1A 4G8HA 4K3FA 4BDLA 4P0IA 2B3FA 5JEIA 2ZNUA 1JW4A 4X1DA 3TQLA 3H6WA 1LAHE 1DSNA 4TLMB 1MY4A 1FTKA 1HSEA 4R6YA 2I4CA 5FHOA 4YB6A 1FCKA 4ZZEA 4M1VA 1B7HA 3M8UA 2B4LA 3GXAA 3PD9A 4H6DA 4ZEIA 3VVFA 1CE2A 3OOAA 3CR9A 2PMSA 3BFUA 1LLSA 2UYFA 1M5FA 4LA9A 4R2BA 2Z8DA 1L5TA 3MZ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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