3RY3A

Putative solute-binding protein from yersinia pestis.
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
492
structure length
489
Chain Sequence
TLQLAIGDEGFDPMLGWSHGSYLLLHSPLLKQNEDFSWDSLLLSQYQPSDDGKTWLLTLKPDLKFSDGSPLTAKDVAFTYNNAAASGGKVDMGNFLSAEVIDPLNVRIHLKAPQSTFVNVLGSLGIVSADKYNAKTYAQKPIGAGPYRLVSFQPGQQMIVEANPYYAGNKNDFDKLIFVFLDEDSAFAAAQSGQLGVVRIPPSMAVGSVNNMKLWVRPSVENRGIVFPTTPAGKKDAHGYPIGNDVTADVAIRRAINYAINRQLLADQIMEGHAIPAYTGVQGLPWNNPDSAIKDGDIDKAKQILEQAGWQLNSQGTREKNGLPAKITLWYTSGDTTRRDLAQALRSMLKPIGIDVDLKSGSWETVERNMHANPTLFGWGSLDPMELYHHYSSNAAGVEYYNPGYYKNPMVDKHLQQALDAPTWQQAVPFWQQVDWDGTTGAGIRGDAAWAWLLNIQHTYLANNCVDLGKGTPEIHGSWSLLNSIDSWK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Putative solute-binding protein from Yersinia pestis.
rcsb
molecule keywords Putative solute-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Yersinia pestis
total genus 148
structure length 489
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3ry3A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ry3A01
2LAOA 3N6TA 3IOVA 4DE8A 1XC1A 3DLNA 1B3GA 1N7WA 1B40A 1YCJA 3P7IA 3O6PA 4XKQA 5HPQA 4JWOA 4FJPA 4I8CA 5HBCA 2REJA 5IAIA 4RNSA 2OWSA 4QFPA 5JEIA 2V84A 4NTLA 3H03A 1FTOA 4ESXA 2WKYA 1JETA 2REGA 2B4MA 4RK2A 4RXLA 1SYIA 3MJNA 1L5TA 2HZKA 3BFUA 3Q29A 3H6TA 3U72A 1FQDA 1XVYA 3CVGA 2DWIA 1N3WA 4ZEDA 2P0SA 1YTVA 4R9GA 5FTHA 4G68B 4OEUA 1WDNA 4ELQA 1Y9UA 1DOTA 4EXLA 1DMBA 4ND9A 4Q5TA 1DTZA 3KN7A 4OYVA 5KZTA 4R73A 3MP6A 5CC2A 4EQBA 3I6VA 3CI8A 2VD2A 1NH8A 4P0GA 1A7LA 3K6WA 4R9FA 2ONSA 1IQ7A 4F1YA 4FORA 1NFTA 4X48A 3MZ9A 5K2XA 1BTJA 1UQWA 1ELJA 5CM6A 2XXVA 4G4PA 1I6AA 1LFIA 1SDXA 3S9EA 3TYHA 4GIZA 4G68A 4H5GA 1TWYA 2DQVA 1IEJA 4LZ8A 4TQUQ 4IO6A 1LSTA 1LFGA 2XXQA 2X7PA 2XD3A 4BDMA 3DP6A 3IO4A 1MH4A 1BKAA 4KR5A 4ELOA 3FVNA 5ICTA 3IJXB 3SEUA 5JTYB 3SEVA 4G2ZA 2WOLA 2F7CA 1A8EA 2DE3A 4R75A 1B3LA 2QS3A 3CIJA 4MLVA 2Y7IA 3KOTA 1UIVA 4ZEBA 3G3IA 3K1NA 3K6UA 3USDA 2AIXA 5AA4B 4NWDA 3N6UA 3BKIB 4OTEA 2VHAA 2HZLA 1B6HA 2Q8JA 4LVQA 5AA2D 1SW1A 4GXAA 5ICQA 4HCYA 1GR2A 1KWHA 2Q2CA 3FATA 3PUYE 4U4XA 2WOKA 3K4UA 1R9QA 2HXWA 5JTYA 2F8DA 4DXCA 4X9TA 3FXUA 2RINA 4QFNA 1B2HA 4XIGQ 2I48A 1MS7A 3CRBA 3SEYA 4ELRA 3OSRA 2DWHA 1S7YA 1SBPA 2ZMBA 1CE2A 4RPOA 3OD7A 4I62A 3B7DA 1OVTA 5AA4A 4YMBA 2OBGA 2XX8A 3SETA 4FE8A 4ZDMA 3RT6B 5DEXB 1XS5A 2V3TA 3RTFB 3ECRA 3W9VA 3MVZA 1FW0A 1D9YA 2ZYNA 2O1MA 1NMUA 5EYFA 1IZ1A 1VFEA 3FXRA 3LUYA 4E0XA 5CMMA 1N84A 3OELA 3VE1B 1RYOA 1MY0A 4PFTA 3TEPA 3TZAA 1BLFA 3T9UA 3EQ1A 3G7WA 3DP4A 2UVGA 5EHMA 4G8MA 3TTNA 5A5XB 3TUSA 2HCAA 2Y7PA 3A3CA 3H7MA 3EPEA 4H8IA 3V8XB 2Z8FA 1JW1A 5AA1A 4O3AA 3ILUB 4YMAA 3KFMA 2OLBA 3IJOB 4ESWA 4QFOA 1SD3A 1LBBA 1MQGA 3RT8A 3IOWA 3RYBA 2DE4A 3D4GA 4KCCA 2Q89A 2XXRA 4F22A 1Z7NE 5AA2B 2I58A 3LSXA 5DEXA 4KYEA 2DXYA 4IO2A 2GHAA 4BDNA 1ZTYA 3FZVA 3QUFA 3PUWE 4QSCA 4MBPA 2XXXA 3MPKA 1FTMA 4IGTA 3E13X 4M4GA 4U22A 5DT6A 2WOPA 3G3GA 4NF5B 2X7QA 3VV5A 1P1UA 2Q88A 1SI0A 3QSLA 4KD5A 5A5XA 1A54A 1LLSA 5I2KB 4OESA 3A09A 3K1PA 4R6HA 1II5A 2YPNA 3R7XA 1DPEA 4Q0CA 4RY1A 1DSNA 2I6EA 3DM0A 1OMPA 1H45A 2ANJA 2UVIA 2OK2A 3G3FA 2B65A 1P1WA 3KEIA 4PFUA 4NF4B 2QS1A 4OMBA 1MXXA 3K6XA 1LB8A 5AA2A 3HV1A 3MBPA 2RKMA 5H8QA 5I57B 5CRYA 1OQHA 3WAEA 1PDAA 3PPNA 4RJZA 1Y20A 4NEDA 5M2VA 4DXBA 3KOSA 4LZ7A 4YKKA 3M3LA 4X1BA 3PGFA 3K00A 5CBSA 4MLQA 4THIA 3Q25A 1Z7ME 4IY6A 4NF5A 4XKNA 4E0WA 2Z8DA 4H5FA 5I56B 3SERA 4HS7A 5I2KA 5EHSA 2DP8A 3U93A 3UK4A 4C1UA 3SDFA 3H6WA 3T66A 2O7IA 3VVDA 4R2BA 5DTBA 1POY1 4O3BA 4NF4A 3B6QA 1Q1KA 4YZZA 2F6GA 2O7UA 1HSJA 3C4MA 5I57A 1ZLQA 3DRHA 3TTLA 1B9JA 3TDJA 1OLCA 2QJEA 5J1DA 1ZBMA 4RYAA 1B7ZA 3O97A 1MXZA 4R6YA 2P1SA 2RF1A 2RCAA 4YKIA 5I56A 3IORA 2OWTA 3B6TA 3H4ZA 1N04A 2ONKE 1R1NA 1YPNA 3FVOA 4IO3A 2NWJA 2DSFA 5DYHA 3T22A 3HO7A 1DTGA 5CI5A 4C1TA 2GFEA 3G3HA 1LAGE 4OFOA 3C31A 3MPLA 4DDDA 4ZS9A 4R74A 4LP2B 4L17A 2GHBA 2HQ0A 3QUJA 2GRVA 5KCJB 1B4ZA 4XXUA 1QUKA 3TTKA 4G8HA 3S4UA 3RTWB 3S9MC 4EQ9A 1F9BA 1FQFA 2UVJA 4Z0IA 4ZE8A 1J1NA 3DP8A 3PPRA 3VXBA 1B3HA 4ZEIA 1M5DA 4XKPA 1AL3A 4EUOA 3QYTA 3MC2A 4KYSA 1VFDA 2YJPA 3MVWA 4C0RA 2DVZA 3ILTB 3O9PA 3RY3A 3PMVA 3N5LA 4GQOA 3VVFA 1Y3PA 1SW5A 3CR9A 3CG3A 3CSGA 4KYDA 5DVFA 2R6GE 3ODBA 1P99A 1I69A 4K3FA 3I5OA 5KCJA 2CMOA 4KQPA 3TFLA 4RK9A 3O6IA 1VSOA 1A8FA 4U1ZA 3IB1A 1H43A 1MDP1 4IY5A 1JW4A 1SQYA 4U21A 3HHGA 2VD3A 4OHNA 4FATA 4DIGA 1PBPA 2HAUA 1FTJA 2FNCA 2ZXTA 1M5EA 1FQAA 1ZKBA 4OENA 3HSTA 5I59B 2OCUA 3T9XB 4F1VA 4M1VA 4HCWA 3PPOA 4OWDA 4F3SA 1QVSA 1AIVA 3PV0E 1LFHA 1MRPA 1GVCA 3AXFA 3E3KA 3ZKKA 5TPAB 2XXHA 3VLVA 1M5BA 4HTGA 1XT8A 3FUZA 3CFXA 3IAZA 1LCTA 3B6WA 1LCFA 2B4LA 2VGQA 2F35A 3VLUA 3O2AA 4FIMA 3JV9A 2RC9A 3VDFA 5I59A 4JSDA 3ZS6A 1NH7A 3MP1A 1QUIA 1Y3QA 4ZZEA 1XOCA 3FV2A 1MXUA 3U94A 4DZ1A 3CSBA 2QMWA 3E4RA 1HSLA 4F2OA 3Q26A 4GF8A 2ZYMA 4IO5A 4JBZA 4POXA 4KI0E 3EN3A 5TPAA 1EH3A 4G68C 3MAMA 1SYHA 2XX7A 3PPQA 1TFAA 3LR1A 2HFBA 3UN6A 3IO6A 1S50A 2F5XA 4ZEKA 2DYXA 2ZYOA 5ITPA 4GOTA 2Z23A 4DCXA 2E1SA 3IK6B 1URSA 3FXQA 3EHTA 5L9OA 2V93A 5H8SA 2H99A 4XKRA 1HSEA 2FYIA 1MQDA 3HPIA 4YICA 4BLAA 3SESA 1MQIA 2Q2AA 4N6PA 2I49A 1H76A 3IOTA 2OJTA 1Y4CA 4PP0A 2DWAA 4TLMB 1QKAA 5AA3A 1D9VA 3OENA 1P1OA 1B7UA 5AE4A 4PETA 4F31B 4U2RA 3FVGA 2V3QA 1B52A 3U92A 4JB7A 2B3FA 2VP1A 3GXAA 1N76A 2V25A 1A99A 4YU0A 3C35A 1US4A 1XVXA 2DXRA 1IXCA 3LSWA 5ITOA 1MM6A 4EDPA 3IB0A 3N26A 3O29A 2HAVA 3JYRA 3MZ1A 1H3DA 4R2FA 5BUUA 3KJ7A 3KN3A 3DRJA 3FJMA 1Y4TA 1VR5A 3MZBA 1NNFA 5H8QB 3RNNA 2DE2A 4F1UA 3I3VA 3H6UA 5H8FB 4MF3A 4DLDA 2F36A 3LVUA 2X26A 3KG2A 5DVJA 4LQ2A 1A55A 4OZ9A 1UIUA 5H8NB 3UORA 1ZIUA 3K01A 3SKPA 5TP9A 3TQLA 2BJJX 2O1LA 5CBRA 3F11A 2QS2A 1S9TA 3M3FA 3TMGA 5FHMA 3V5AA 3TKDA 5BWJA 2R9JA 1EZ9A 1GV8A 5ISUA 1JQFA 4GL0A 3UIFA 3A3UA 2QSXA 3RN8A 1PB9A 4YAHX 2UYEA 4MFIA 1ZU0A 1MY2A 3FGSA 3LSLA 1IUDA 2R71A 2THIA 1MPCA 3MVYA 3LSFB 4GL8A 4FEDA 2DOJA 3LC8A 1MH3A 4BDOA 1AMFA 1URGA 4X1DA 5H8FA 1B05A 4ZZAA 5TU0A 1B46A 5I58B 4YKPA 5H8NA 1R9LA 4I9DA 2I4BA 5K2YA 2NOOA 1FQCA 5I2NB 2PMSA 1I6QA 4JDFA 4GWOA 4UA8A 3PMXA 1USYH 3MUQA 2O68A 1YAEA 2A5TB 4DXUA 4ISUA 4F19A 1B58A 1MM7A 2H98A 4IB2A 2UXAA 4GD5A 5L9MA 2H4IA 3T93B 1OQGA 4JXIA 1JEUA 4JSOA 3CFZA 1QJMA 3FTOA 5L8DA 1N7XA 1NL5A 3M3KA 3ONMA 3C33A 4U1OA 4GXSB 2HEUA 3U8QA 1NKXA 3MWBA 5IKBA 4FAJA 1LAXA 1IITA 4NE4A 4MH5A 5I58A 1PEBA 3TCFA 2DVCA 1AOVA 2AYSA 5I2NA 4BDQA 3OMBA 2A5TA 3KSXA 1LB9A 3BBRA 3UA8A 4P0IA 2UVHA 2DS9A 4AB5A 4QFKA 3GBAA 1DPPA 4KPTA 2OZZA 2XX9A 3OO8A 3DRFA 4OQOA 4NMYA 3T9HB 4JWXA 3PD9A 4AB6A 4YB5A 4ZEFA 3N94A 2ZNSA 4F2QA 1MY4A 4F3GA 3HCQA 1FCKA 1O64A 2YLNA 3O6GA 3E9XA 3C9HA 3PUVE 4LQ5A 3K6VA 3RYAA 2QMXA 3FD3A 1O63A 1B0HA 1RYXA 3RUMA 2AL5A 1MXWA 4ONYA 3R6UA 4LZ5A 1MQJA 4G77A 2RCBA 2XXTA 3H06B 2PX1A 5L9SA 3C36A 1Y3NA 4YB6A 2O6AA 2QPQA 2ZYKA 4F29A 4EQ7A 1LAFE 1MDQA 2M8CA 3DRGA 3Q28A 4WEPA 2F6PA 1I6BA 1B5IA 2PYYA 2Q9TA 1SI1A 4GLIA 4ELPA 2I0BA 3OEKA 4LUBA 4HW8A 2QS4A 1R6ZA 2Y84A 4U23A 1UTBB 2GH9A 2XHDA 3T96B 4Q30B 1OLAA 3MVXA 3BFTA 3WAFA 4N13A 1OVBA 1RKMA 2XXWA 1JEVA 1US5A 3RLFE 5DVIA 3HHFA 1NNPA 2O51A 4U4SA 1AH5A 4RA1A 1VE4A 1P1QA 4IO4A 3D4CA 2PT1A 2ALUA 2QRYA 5B70A 2PVUA 4OFLA 4GFRA 2Z22A 4JWYA 5ELVA 3L6HA 3L6GA 2KLFA 1MPBA 1Y1MA 1ZJLA 3Q27A 1FQBA 1MXVA 3MW0A 2V3UA 3TTRA 3DRIA 3TCGA 1SW4A 4ZECA 3FIRA 3G3JA 1UTBA 1B1XA 3S9LC 2F7AA 3R26A 1EU8A 3EF7A 3K1MA 2F78A 4PFWA 3IX1A 4KCDA 1PB8A 3PMWA 3UP9A 4IGRA 1MQHA 3GLBA 3ZSFA 4ECFA 4QSDA 1QUJA 5H8HB 1TT1A 3PU5A 1USYE 2XXUA 4EF2A 1WODA 3LBSA 4H1XA 3S2VA 1TXFA 1UTHB 3IOUA 3U1OA 4OEVA 4GRKA 1LGBC 5CMCA 3CG1A 4BDRA 1FTLA 5CMKA 3T9VA 3PUXE 1MG1A 3KJTA 4WXJA 4QFLA 3V83A 3KBRA 1QW0A 3EHSA 4LATA 3C32A 2O69A 2Y7WA 4Q8RA 1B0LA 1ZMGA 2I0CA 3VXCA 5JK4A 3PPPA 2E0SA 3KSJA 3H3GA 2F34A 4KFQA 2ABHA 2FA7A 3CHGA 2Y7KA 3O6HA 4OETA 4PFYA 5FHOA 3OSQA 3VVEA 5KDTB 3PUZE 5H8HA 4EF1A 4IO7A 1JNFA 1BP5A 3TCHA 4LA9A 1MXYA 2XXIA 2XD2A 3KN8A 4NF6B 3VFJA 1B1HA 1JVXA 3KGCA 1UTHA 3CFLA 4H67A 2F7BA 3IB2A 1TFDA 4G8NA 3FASA 3TAJA 4NWCA 1JVYA 2D3IA 4BDLA 1WVJA 3EHUA 3SEXA 4OVJA 1ANFA 2XXPA 4QSEA 1B3EA 3FJ7A 3OEMA 3H6VA 4FECA 2I4CA 3TELA 1SW2A 1MY3A 3OO7A 1LBCA 2QL3A 3QIMA 2IEEA 4RPNA 3FV1A 3TODA 3RQTA 5TP9B 5I84A 5KDTA 3DRKA 2RC8A 1XHYA 2ZNTA 4AQ4A 4NF6A 1URDA 2PBWA 4N07A 3ZKLA 2NXOA 2G93A 1BIYA 3OO6A 1EZOA 1MPDA 1B51A 2IA4A 4QF9A 3HN0A 1IIWA 5LOMA 4O3CA 4H65A 3G3KA 2P2AA 1B3FA 1Q35A 3RPWA 1CB6A 1M5FA 3M8UA 2UYFA 3OO9A 4FEBA 1B4HA 4OERA 1IXGA 2RC7A 3JZJA 3GBBA 2H5YA 2NUVA 1N3XA 3K0VA 2AL4A 1D3KA 1FQEA 4KHZE 3TQWA 4R72A 1GTKA 4PQJA 1POTA 4F3BA 1PB7A 4QRZA 1T0KA 1JW5A 4QHQA 3KZGA 4H0WA 4F18A 5F1QA 5F7VA 2I3WA 3TPAA 1QULA 4R6KA 1B32A 3MP8A 3DELB 2D21A 4I1DA 4OFJA 2Y7RA 4NF8B 2D5WA 3W15C 1B7HA 2ESNA 4LONB 3IL1B 2I3VA 4XTCQ 3SEWA 3C34A 3THIA 2H25A 1A40A 4UACA 2XXYA 3OXNA 2NVUB 4F39A 1EZPA 3FVKA 3PAMA 4POWA 1ATGA 4F3PA 1H44A 4DCYA 2PT2A 3UGWA 1FTKA 3RGYA 3K2DA 4P11A 1B5JA 3QAXA 3K02A 1QKBA 1Y1ZA 2DWJA 4H8JA 5FTIA 2H9BA 4GVOA 1D4NA 1SVXB 5FHNA 1M5CA 3O66A 2Z8EA 4NF8A 4ZE9A 3QXMA 3W9WA 1O7TA 1PC3A 5CMBA 1LAHE 5B7DA 2CZLA 1IXIA 3QK6A 4YKJA 3IR1A 4WEDA 3S9NC 1IXHA 4WKMA 4YB7A 4TLLB 1NNTA 2ZNUA 2ONRA 1B5HA 3GZGA 1OIBA 1P1NA 1MY1A 3FJGA 4H6DA 4EXKA 2F97A 2A5SA 3V89B 4OXVA 3PD8A 3TTMA 4Z7EA 2VOZA 2W7YA 1NNKA 1GGGA 2G29A 2B3BA 5HM4B 4TOZA 3MQ9A 1PBQA 3O28A 1N0TA 2O84X 3OOAA 3VLWA 4PE5B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IM2A 2LAOA 1FBPA 1JP4A 4P9KA 1FBGA 3N6TA 3IOVA 4DE8A 1XC1A 2QVUA 3DLNA 1B3GA 1N7WA 1B40A 1YCJA 3P7IA 3O6PA 4XKQA 5HPQA 4JWOA 4PAIA 4FJPA 4I8CA 5HBCA 2REJA 5IAIA 4G61A 4RNSA 2OWSA 4QFPA 5JEIA 2V84A 4NTLA 3H03A 1FTOA 4ESXA 2WYPA 2WKYA 1JETA 2REGA 2B4MA 4RK2A 4RXLA 1SYIA 3MJNA 4GX4A 1L5TA 2HZKA 3BFUA 3Q29A 4PFBA 3H6TA 3U72A 1FQDA 2V4CA 1XVYA 3CVGA 2DWIA 2XWVA 1N3WA 4ZEDA 2P0SA 1YTVA 4R9GA 5FTHA 1YYZA 4G68B 4OEUA 1WDNA 4X8RA 4ELQA 1Y9UA 1DOTA 4EXLA 1DMBA 1RDYA 4ND9A 3PTYA 4Q5TA 1DTZA 3KN7A 4OYVA 5KZTA 4R73A 3MP6A 5CC2A 4EQBA 4N15A 3I6VA 3CI8A 2VD2A 1NH8A 4P0GA 1A7LA 3K6WA 1NV6A 4R9FA 2ONSA 1IQ7A 4F1YA 4FORA 1NFTA 4HE1A 4X48A 3MZ9A 5K2XA 1BTJA 1UQWA 1XI6A 1ELJA 1FPKA 5I5PA 5CM6A 2XXVA 4G4PA 1I6AA 1LFIA 1EYIA 1SDXA 3S9EA 3TYHA 4GIZA 4G68A 4H5GA 1TWYA 2DQVA 1IEJA 4LZ8A 4TQUQ 4IO6A 1LSTA 4AS5A 1LFGA 3LUZA 2HXRA 2XXQA 2X7PA 2XD3A 4BDMA 1LBYA 3DP6A 3IO4A 1MH4A 1BKAA 4KR5A 4ELOA 3FVNA 5ICTA 2FVZA 3IJXB 2VPOA 4NG7A 3SEUA 5ET6A 5JTYB 4PBQA 3SEVA 4G2ZA 4AS4A 2WOLA 5EYGA 2F7CA 1A8EA 2DE3A 2Y5LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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