3TCFA

Crystal structure of e. coli oppa complexed with endogenous ligands
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVTLAEKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNISRDLFEGLLVSDLDGHPAPGVAESWDNKDAKVWTFHLRKDAKWSDGTPVTAQDFVYSWQRSVDPNTASPYASYLQYGHIAGIDEILEGKKPITDLGVKAIDDHTLEVTLSEPVPYFYKLLVHPSTSPVPKAAIEKFGEKWTQPGNIVTNGAYTLKDWVVNERIVLERSPTYWNNAKTVINQVTYLPIASEVTDVNRYRSGEIDMTNNSMPIELFQKLKKEIPDEVHVDPYLCTYYYEINNQKPPFNDVRVRTALKLGMDRDIIVNKVKAQGNMPAYGYTPPYTDGAKLTQPEWFGWSQEKRNEEAKKLLAEAGYTADKPLTINLLYNTSDLHKKLAIAASSLWKKNIGVNVKLVNQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSNSSMNTAHYKSPAFDSIMAETLKVTDEAQRTALYTKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNTYTRNMYIVKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Escherichia coli peptide binding protein OppA has a preference for positively charged peptides.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein transport
source organism Escherichia coli
molecule keywords Periplasmic oligopeptide-binding protein
total genus 172
structure length 517
sequence length 517
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3tcfA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tcfA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3tcfA02
3VLUA 4GXAA 4JBZA 1ZMGA 2F7CA 2XXHA 3PUWE 4LQ5A 4G77A 2R71A 3SEUA 4EF1A 5H8FB 3PPPA 4IY5A 1BTJA 2RF1A 4H8IA 2Q89A 4C1UA 5CMMA 3VXBA 3QSLA 4LQ2A 4F18A 3FXUA 4XXUA 5H8HB 2DXYA 3E9XA 1AOVA 4THIA 2QMWA 1FTLA 3VV5A 1B5JA 4NF4A 2B3BA 3BBRA 1CE2A 4OTEA 4DXBA 3K02A 3VVDA 1QULA 1FQBA 2Y7IA 4XKPA 3MJNA 1NNTA 5AA2D 1MQDA 2RC8A 1BIYA 2V25A 4QFKA 3S9MC 2VD2A 3FVOA 3CR9A 4GVOA 3DP8A 2OK2A 3RNNA 2RKMA 4FIMA 4NF5A 1H3DA 5JEIA 2X26A 2R6GE 2I0CA 2F7AA 3IL1B 1B51A 4M4GA 2XXXA 3G3KA 4DLDA 2DWIA 1YTVA 5TP9B 4PQJA 3N6TA 1I6AA 3ILUB 3RN8A 5KDTB 3MZ9A 1FTMA 3U8QA 1IZ1A 3K0VA 4QSCA 1LLSA 1AIVA 5H8QA 1PB7A 2DQVA 1A99A 3C35A 1ZBMA 2F6PA 4YKJA 4PFTA 5I2KB 4LUBA 3G7WA 4E0WA 4I8CA 4XKNA 1SW5A 3PPRA 3VXCA 2PT1A 2ONSA 4OHNA 1HSJA 1B3GA 1JW4A 4LP2B 4XTCQ 1S9TA 3SEWA 1TWYA 2ZYMA 5F1QA 3D4CA 1LGBC 3S9LC 1B3LA 5CMBA 4PFYA 4IO7A 1SDXA 4WXJA 2QS4A 2ESNA 4GQOA 4MFIA 3TPAA 4R6KA 4Z0IA 1XT8A 3H6UA 5J1DA 5KCJB 4FE8A 5CMCA 1M5BA 1SYHA 3OEKA 4N13A 4BDNA 4PFWA 5I58B 3K01A 3O6HA 4RNSA 1B05A 3HO7A 1NKXA 2NVUB 1B58A 1ZU0A 3OSRA 3W9VA 2GHAA 1MY3A 3H6TA 3FV2A 3CG1A 3UK4A 2DP8A 2OWTA 1B9JA 1MDQA 2DE2A 3DRJA 3GXAA 4YAHX 2Y7PA 1B1XA 3VVEA 3OSQA 3KJTA 2ZYOA 5H8NA 1UQWA 1NFTA 4OETA 3CG3A 3B6QA 1PEBA 3FGSA 1NNKA 2O6AA 5FTHA 1TFAA 3VLWA 4G68A 1BKAA 2NOOA 3KN7A 4LONB 4DIGA 1MXWA 2Q2AA 1MRPA 2UVIA 4NWCA 3Q26A 4N07A 5I2NA 4ECFA 1CB6A 2V93A 1SYIA 1N0TA 1B6HA 1XOCA 5TU0A 1UIVA 3S9NC 3EN3A 4PE5B 1MY0A 1L5TA 4QSDA 3KN3A 2Y7KA 3MQ9A 2I49A 2UXAA 2AL5A 3OOAA 2O7IA 2V84A 5B7DA 4NF6B 4AQ4A 3PAMA 1FQDA 3AXFA 3IOTA 3RYBA 4JXIA 2XD2A 3LC8A 4KCDA 2F8DA 5A5XB 3GZGA 1GR2A 1MQHA 2YLNA 4ZZAA 1XVXA 1JW1A 2CZLA 3SESA 4OESA 3O29A 3WAFA 1M5EA 1BLFA 2XXRA 3N94A 4FEDA 4OFLA 3I6VA 4G68C 5IAIA 1B7UA 3TTNA 3IORA 1XVYA 3HN0A 1Y3PA 2AL4A 3RT6B 3EHTA 2RCAA 3Q28A 1GV8A 4EXKA 3N5LA 1EZ9A 1MY4A 4EDPA 3SEVA 3B7DA 3MBPA 1D3KA 1N7WA 4UACA 1B5IA 2O84X 2O68A 1M5CA 4GD5A 1B4ZA 1MXUA 1MXVA 2GH9A 3D4GA 4IO6A 1Y4CA 3S2VA 4DXUA 5DYHA 2W7YA 3FD3A 5AA2A 4ZS9A 3FJMA 3CVGA 4IGRA 5DEXB 2O69A 2QL3A 4O3CA 2ZNUA 4ZE8A 1MQGA 5I57B 1MY1A 4RK2A 2Q9TA 4DE8A 1P1NA 2VOZA 2O1LA 1AL3A 1WVJA 1MQIA 4YB5A 1MXXA 3MZ1A 3MC2A 2M8CA 4OEVA 5AE4A 2ZYNA 2XXQA 5ITPA 4NMYA 2V3UA 1UTBB 3HV1A 4MLQA 1MS7A 1SVXB 4ZZEA 3FVGA 4ZECA 3PV0E 1KWHA 4HCYA 3PUYE 2Y7RA 1B1HA 4QFNA 5AA4B 4KYDA 3V5AA 4OFJA 4M1VA 4BDMA 3K6XA 2IA4A 3Q25A 3TFLA 2WOKA 5I56A 4FAJA 3MVZA 3OENA 1B5HA 1D4NA 3RT8A 4U21A 3MPKA 2QSXA 3E4RA 2WOLA 4ZDMA 4R72A 5AA3A 3M3LA 3U94A 1MPDA 5DVJA 1WODA 4Q5TA 4Q8RA 1EH3A 3LSFB 1POTA 1MQJA 2G93A 1QJMA 3V89B 4TLLB 3LSLA 3OO8A 1URGA 3RUMA 3ECRA 2I4BA 3Q27A 3ODBA 3TKDA 3HHGA 2H99A 1NNFA 4NF4B 1R6ZA 4F3GA 3O28A 1P1OA 4POXA 3MPLA 4RPOA 1LCTA 3R7XA 2ONRA 1FW0A 1TXFA 4OFOA 1XS5A 4U23A 3I3VA 5L9SA 5I84A 2XHDA 1ELJA 2P2AA 1P1UA 4YMAA 4O3AA 1Y9UA 1VSOA 2ONKE 3DLNA 2E1SA 1YPNA 1OLAA 3UN6A 2XXTA 2FNCA 1OQGA 1NH7A 3LSWA 4GOTA 3K1NA 4NF5B 3SKPA 3HHFA 4RJZA 3DP6A 1DOTA 2Z8FA 4AB5A 2DWJA 3W9WA 4H6DA 1F9BA 1SQYA 3G3JA 2RINA 3OO9A 5K2YA 3OEMA 3TCGA 1TFDA 2CMOA 3O6GA 2ZMBA 1JW5A 1EZPA 1LFGA 4MH5A 4RY1A 5H8QB 3T22A 2I3WA 4ESWA 3CFXA 5JTYA 4FJPA 1MXZA 2QPQA 2HCAA 3KFMA 5B70A 2WKYA 5AA1A 4WEDA 4P0IA 3IJXB 2G29A 3O2AA 1MPBA 3R26A 3C31A 3E3KA 3LSXA 3EQ1A 1B3EA 2UVHA 4QF9A 4EQBA 3FZVA 3FTOA 4O3BA 3H4ZA 3TAJA 4BDQA 3T66A 1S50A 4IO3A 4X48A 3CHGA 2DXRA 3LVUA 2DWAA 5L9MA 4UA8A 1NMUA 4R6HA 2GFEA 2AIXA 4HW8A 3GLBA 1IIWA 4U4XA 4ELRA 4TOZA 5HBCA 3SEXA 4GRKA 2PT2A 3DRIA 4I1DA 3FASA 3H3GA 2OLBA 4G2ZA 1UTHA 1USYE 3ONMA 3TELA 1J1NA 5BWJA 3ZS6A 3E13X 3GBAA 2F35A 1DPEA 3TTKA 2B4MA 1O64A 2Z8EA 1MH3A 3V8XB 4F2OA 4KR5A 2HQ0A 1H43A 3QYTA 4PP0A 4QFPA 3TYHA 3WAEA 2H5YA 1D9VA 3IX1A 3M3KA 2YPNA 2QMXA 4YICA 5CMKA 2OJTA 3B6WA 4X9TA 4RYAA 2HFBA 3DRGA 5H8NB 4H5GA 4H67A 4AB6A 1RYOA 3TODA 5CBSA 3K2DA 1Q35A 3TTMA 3PGFA 1I6QA 3K6VA 4GL0A 3DP4A 4P11A 4KPTA 3T9VA 4H1XA 2Y84A 3BFUA 3G3HA 3QIMA 3R6UA 1A8FA 3K6UA 3I5OA 3RTWB 4G8MA 1IQ7A 3CSBA 5I2NB 4OYVA 1QUKA 3B6TA 3K6WA 1YCJA 1B40A 3FXRA 2PVUA 3PPOA 4F19A 2RC7A 1O7TA 2DE4A 4KFQA 4GF8A 4R73A 4GLIA 1IXHA 4U22A 4JSDA 2PYYA 4FATA 1OMPA 3QXMA 4H0WA 3RGYA 1GVCA 4BLAA 3PU5A 3C32A 5EYFA 2B3FA 4ONYA 5ICQA 3QUJA 1II5A 4WKMA 5CI5A 3O6PA 1LBCA 2XXWA 2OWSA 4YKIA 1A40A 2V3QA 2UYEA 3OELA 4MF3A 4RXLA 3OO6A 4R9FA 1N3WA 2F34A 1SD3A 5DT6A 1LFIA 1XHYA 3PD8A 1ZKBA 3PUXE 3H03A 2A5TA 3SERA 4OERA 2GHBA 1DMBA 3MP6A 1S7YA 2XXYA 3QAXA 3RTFB 2BJJX 2O7UA 2LAOA 1VE4A 3K1PA 3U1OA 2F78A 1B2HA 4HS7A 1LSTA 3PPQA 4PFUA 1N7XA 3TDJA 2I3VA 2DOJA 5ICTA 4F3PA 2OCUA 2ANJA 4YB7A 3THIA 2PMSA 4XKRA 3L6GA 4H65A 3DRKA 2XX9A 5AA2B 2XD3A 1USYH 1B0HA 4OZ9A 5CRYA 3MP8A 3U92A 3IOWA 3U93A 4NE4A 4QFLA 3C4MA 4EQ7A 1FQEA 1GTKA 2KLFA 5BUUA 1A8EA 2DVZA 2I58A 4JWOA 2F6GA 1DSNA 5H8SA 1AMFA 1B32A 2UVGA 1PBQA 1Z7NE 4RPNA 3GBBA 4G4PA 3MAMA 3FJGA 3PUVE 2F7BA 3VVFA 1Y4TA 4NF8A 3VLVA 3S9EA 4L17A 3A09A 5I59A 3SDFA 3FXQA 1SW2A 3FIRA 4YKKA 1DTGA 1NL5A 3S4UA 1URSA 3KOTA 2H25A 5M2VA 1JVXA 3OXNA 2X7QA 1JVYA 2Y7WA 3EPEA 1N76A 1SW1A 2QJEA 3IB2A 1SW4A 3OMBA 2QS1A 4IO2A 4MBPA 1Y1MA 1R1NA 3O97A 4F29A 4R6YA 5I56B 3C9HA 4KYEA 3IK6B 4R75A 2ZYKA 3H06B 1D9YA 3KN8A 4G8HA 4ZEFA 2F5XA 4C0RA 2WOPA 4X1BA 4EF2A 2Q8JA 4NWDA 2HAUA 3CFLA 4Z7EA 5TPAA 2XXVA 3QK6A 2FA7A 2ALUA 3SETA 1B46A 4POWA 1B4HA 4U4SA 2F36A 4OQOA 3TTRA 1A55A 4YMBA 4R9GA 1JEUA 1Q1KA 5ISUA 1TT1A 3K00A 1FTJA 1LAHE 2ZNTA 3USDA 3DELB 4F3SA 3EHSA 3K4UA 2B4LA 2D5WA 1BP5A 1IEJA 4OXVA 3O6IA 4KQPA 4ELQA 1R9LA 4BDOA 4F31B 4H8JA 2DYXA 4R2FA 3MVXA 5DVIA 3CI8A 4LVQA 3DM0A 5FTIA 3TEPA 2P0SA 3TUSA 2VGQA 3UIFA 4IO4A 1B3HA 4GL8A 1Z7ME 3FVNA 2P1SA 3UGWA 1MDP1 2Z23A 3V83A 1FQAA 4C1TA 3U72A 1ZLQA 1HSEA 3CSGA 3G3GA 3SEYA 1H44A 4IB2A 1QUIA 4ELPA 1OVTA 1QW0A 1LCFA 2DSFA 4FECA 5JTYB 5CC2A 1PC3A 3TQLA 1SBPA 1AH5A 1IXGA 5K2XA 5ELVA 4HTGA 2DS9A 3G3FA 1P99A 3O66A 4KI0E 3VE1B 1MM7A 2AYSA 4ZEIA 1NH8A 3VDFA 4U1ZA 3MUQA 4OENA 3UA8A 1FTOA 1N04A 3RLFE 3RYAA 3T96B 1T0KA 5CBRA 1MG1A 2NWJA 4TQUQ 1M5FA 4JSOA 3EHUA 1B7HA 3O9PA 2Q2CA 3DRFA 3MP1A 5H8FA 1Y1ZA 1WDNA 1O63A 3MVYA 1UTHB 4H5FA 3TMGA 3W15C 2I6EA 4NTLA 1ANFA 4KYSA 1I6BA 5H8HA 2PBWA 4ZEKA 3G3IA 3PMVA 2THIA 1HSLA 3IJOB 3KZGA 4DCYA 2NXOA 4FORA 1IXCA 3CRBA 3HPIA 4GXSB 4DCXA 5HPQA 2I0BA 1YAEA 2XX7A 4F1UA 3IO6A 4GFRA 4P0GA 2PX1A 2Z8DA 3H7MA 2DWHA 2I48A 3KJ7A 1QUJA 2H9BA 1I69A 4DDDA 4JWXA 4OEUA 1MY2A 1ZIUA 4ZE9A 3Q29A 4U1OA 4QFOA 5HM4B 5L8DA 3JZJA 1NNPA 5L9OA 5TP9A 2Q88A 5KDTA 1SI1A 4F3BA 4ISUA 4DXCA 3M8UA 3ILTB 3ZSFA 4DZ1A 3T9UA 1OVBA 3IOUA 3TQWA 2E0SA 1LB8A 3JV9A 3KOSA 5I2KA 3C34A 3HCQA 3LR1A 4GWOA 4XKQA 2OZZA 1MPCA 4WEPA 4LZ7A 1DTZA 4I9DA 3T9HB 4G68B 2ZXTA 2DE3A 3RY3A 2UYFA 4BDLA 1VR5A 3IB1A 3TTLA 3C33A 1MH4A 4IO5A 3H6WA 2XX8A 1P1WA 4F39A 4XIGQ 3IAZA 1DPPA 4E0XA 2O1MA 4OWDA 1B3FA 1PB8A 5KZTA 1B0LA 5KCJA 2UVJA 3PD9A 2X7PA 3JYRA 1PDAA 1PBPA 3KSJA 2A5TB 3MWBA 5I58A 4LATA 1FQCA 1H45A 5DTBA 1ZTYA 2V3TA 2RC9A 2ZNSA 1LB9A 2HEUA 2QS2A 4LZ8A 3LUYA 1GGGA 1LAGE 1Y3QA 4TLMB 3C36A 4ESXA 1FQFA 4F1VA 3A3CA 2F97A 2REJA 4YZZA 5ITOA 1OQHA 3N6UA 3L6HA 3TZAA 1LAFE 3MW0A 2R9JA 4Q30B 3BKIB 4F1YA 3IB0A 1OIBA 2REGA 1ATGA 1N3XA 3F11A 2VP1A 3H6VA 5EHSA 3PMWA 2H4IA 1LFHA 4NEDA 4JWYA 1B52A 4ELOA 2QRYA 4K3FA 1OLCA 2Z22A 3RPWA 4NF8B 3FJ7A 4OVJA 1QKAA 2ABHA 1UIUA 5I59B 1M5DA 3M3FA 4YB6A 1RYXA 4F22A 4U2RA 3OO7A 4I62A 2XXUA 5FHOA 3FV1A 1P1QA 4R2BA 3TCHA 3CFZA 4GIZA 1JNFA 1US4A 1US5A 2FYIA 1PB9A 3KEIA 1POY1 3FVKA 3A3UA 1VFEA 3EF7A 2HZKA 4KD5A 1LAXA 5LOMA 5EHMA 2HXWA 4R74A 4X1DA 2XXPA 4NF6A 3PMXA 3FUZA 1IXIA 2DVCA 5TPAB 1IITA 1URDA 4HCWA 4JB7A 5A5XA 4BDRA 5CM6A 1QKBA 4RK9A 3N26A 2VD3A 3DRHA 1FCKA 5DVFA 4N6PA 2HZLA 2QS3A 3MZBA 3IOVA 2XXIA 3KBRA 2IEEA 3IO4A 1QVSA 3P7IA 4YU0A 5F7VA 4G8NA 4IY6A 4ZEDA 1R9QA 4ND9A 4PETA 1A54A 4QHQA 3MVWA 3ZKKA 4EXLA 3KGCA 1MM6A 2D21A 3RQTA 1JETA 1VFDA 4RA1A 2A5SA 1IUDA 3BFTA 3IR1A 4Q0CA 1EU8A 1A7LA 1N84A 1XC1A 2B65A 2O51A 3OD7A 5FHMA 4JDFA 3PPNA 1Y20A 3TCFA 4LA9A 3ZKLA 4ZEBA 5DEXA 4KHZE 4F2QA 4OMBA 4EQ9A 2RCBA 3QUFA 2I4CA 1SI0A 2OBGA 3T93B 3KSXA 3FATA 4MLVA 3HSTA 5I57A 4QSEA 1B7ZA 1Y3NA 3CIJA 4LZ5A 2VHAA 3UP9A 4YKPA 2NUVA 4EUOA 4FEBA 3VFJA 5JK4A 4QRZA 3T9XB 2GRVA 1MXYA 3PUZE 4IGTA 1UTBA 2HAVA 4KCCA 2D3IA 3KG2A 1LBBA 2YJPA 3UORA 1ZJLA 3K1MA 1RKMA 5FHNA 5IKBA 1JEVA 3LBSA 1H76A 5AA4A 1FTKA 2H98A 1EZOA 1JQFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SPIA 3VLUA 4GXAA 4JBZA 4N4UA 5A5LA 1ZMGA 2F7CA 2XXHA 2GQ1A 3PUWE 4LQ5A 4G77A 2R71A 3SEUA 4EF1A 5H8FB 3PPPA 4IY5A 1BTJA 1LBZA 2RF1A 3NOHA 4H8IA 2Q89A 4C1UA 5CMMA 3VXBA 3QSLA 4LQ2A 4F18A 3FXUA 4PGPA 4XXUA 5H8HB 2DXYA 3E9XA 3A29A 1AOVA 4THIA 2QMWA 1FTLA 3VV5A 4PTKA 1B5JA 4NF4A 2ZZWA 2B3BA 1FBGA 3BBRA 1CE2A 4OTEA 4DXBA 3K02A 3VVDA 1QULA 1FQBA 2WBBA 2Y7IA 3RPLA 4XKPA 3MJNA 1NNTA 5AA2D 1MQDA 2RC8A 1BIYA 2V25A 4QFKA 3S9MC 2VD2A 3FVOA 3CR9A 4GVOA 3DP8A 2OK2A 3RNNA 2RKMA 4FIMA 2OWZA 3IFCA 1IMDA 4NF5A 4H45A 1H3DA 5JEIA 1NUYA 2X26A 2R6GE 2I0CA 2F7AA 3IL1B 1B51A 4GX6A 4M4GA 4P9KA 3HFUA 2XXXA 1FBEA 1BK4A 3G3KA 4DLDA 2DWIA 1YTVA 5TP9B 4P56A 4PQJA 3N6TA 1I6AA 3ILUB 3RN8A 5KDTB 3MZ9A 1FTMA 1IZ1A 3U8QA 4OVPA 3K0VA 4QSCA 1LLSA 1AIVA 2VPNA 5LDZA 5H8QA 1PB7A 2DQVA 2Y5LA 1A99A 3C35A 1ZBMA 2F6PA 4YKJA 4PFTA 5I2KB 4LUBA 3G7WA 4E0WA 2ZZVA 4I8CA 1NV5A 4XKNA 2PFZA 1SW5A 3PPRA 3VXCA 2HPGA 2PT1A 2ONSA 4OHNA 1HSJA 1B3GA 1JW4A 4LP2B 4XTCQ 1S9TA 3SEWA 1FBCA 4MHFA 1TWYA 2ZYMA 5F1QA 3D4CA 1LGBC 3S9LC 1B3LA 5CMBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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