3ZS6A

The structural characterization of burkholderia pseudomallei oppa.
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
LADQQDLTRQVPAEVESLDPAHIESWTGNTIGLDLFEGLARIDASGAVVPGVAQAWEHKAPDTWIFKLRRDAKWSNGQPVTAADFVYAWQRLADPKTGSKYTILVEFVKNASAIIAGKQPPGDLGIRAIDPYTIEVKTEVPVSYFPELTAMAPLTPVNKDAVAKFGDAWTRPKNIVSNGPYTLVDWQPNNRIVMAKSDKYWNARNVVIRKVTYLPIENDETALRMYQAGQIDYTYSIPAGGFGQISKQFGKELRPGLQLATYYYYLKNSDPALKDKRVREALAMVLDREILTSKITQAGEVPMYGLMPKGVKGVQRPFTPDWASWPMARRVDYAKNLLKQAGHGDANPLTFTLTYNTNDLHKKVALFAASEWRTKLGVTAKLENVEFKVLMKQRHDGKVQIARDGWFADYNDAMTFFDLIRCGSSQNTVGYCNPKVDSLVAEANQKLDDGARAALLTQAHDLAMNDYPMVPLFQYSADRLVKSYVGGYTLTNYIDMRASQDMYLIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
publication title A Structure-Based Strategy for Epitope Discovery in Burkholderia Pseudomallei Oppa Antigen.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 177
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3zs6A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zs6A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3zs6A02
5DEXA 3TQLA 2W7YA 1OVBA 1PBPA 3UORA 1XHYA 4OYVA 1MY4A 1UTHB 3H3GA 4Q0CA 3N5LA 1NH8A 3OEMA 4I62A 2OWSA 3C33A 1US4A 4U1OA 3IOVA 4IGTA 5B70A 4IO3A 3G3JA 1EZ9A 1SI0A 3KN8A 4G4PA 1FQFA 4TLMB 4OERA 3QAXA 4ZS9A 3ZSFA 3Q28A 4BDMA 4ZEKA 4BDQA 1B51A 1NL5A 1D4NA 1D9VA 3C9HA 2OBGA 3DRIA 2O6AA 1Y1MA 3IO4A 1LBBA 1TXFA 3TUSA 3W9WA 1A40A 1QULA 2CZLA 3PUXE 4LZ5A 3CG3A 3JYRA 2XXIA 3HO7A 1D3KA 3HHFA 3OEKA 5CBRA 1LFHA 4F2OA 2QRYA 1P1OA 1MQGA 3Q27A 1JW1A 1ZTYA 2Y7PA 1PB7A 1WODA 1FTJA 1OVTA 1AIVA 1LCTA 1AOVA 5TPAA 3RYBA 1B5HA 1MY0A 3A3UA 1SYHA 1MRPA 1MS7A 4YICA 2ZNUA 2I4CA 4POWA 5TU0A 4GOTA 3PMXA 4YKKA 3KG2A 1YAEA 4KPTA 3MP8A 4OQOA 1FQEA 3HV1A 3OOAA 2Z8DA 1HSJA 2XD3A 3Q26A 2DWIA 4XKPA 3K6WA 5AA4B 2VD2A 4OZ9A 1UIUA 4ESWA 1R1NA 3K0VA 5H8SA 3MPLA 1AMFA 1N04A 4R74A 4F19A 2I6EA 1IUDA 3OXNA 4G8MA 4OFLA 3QYTA 3H4ZA 4R72A 2THIA 2V3QA 1LGBC 2I0BA 1JVXA 4NF6B 3JV9A 1FQBA 5ELVA 2F78A 1B58A 5LOMA 4H67A 2ALUA 4PP0A 4R6YA 4O3BA 5TP9B 3VFJA 4JB7A 2H4IA 3T9HB 3LSLA 3IOWA 4C0RA 3RY3A 1I6QA 3WAFA 1N3XA 1H45A 3M3FA 5I57B 3G3KA 1PBQA 1KWHA 3LBSA 4KCCA 4NWCA 1JNFA 2I4BA 4Z7EA 2WOLA 3DELB 1IITA 4BDLA 3T9VA 4KHZE 3V8XB 3W9VA 2O7UA 3RT8A 3TAJA 4U22A 2XXYA 4OETA 1B5IA 3SKPA 2QMXA 3O2AA 2V3TA 3QIMA 2PT2A 5I2KA 1MQHA 1FTLA 3B7DA 5CM6A 3KJ7A 1MPCA 5JEIA 1ZJLA 1DPEA 2VGQA 1A7LA 2REGA 3MAMA 4EXKA 3V89B 1JEUA 3MC2A 2NXOA 1B3LA 4NF8B 1OMPA 4NEDA 3LC8A 1H3DA 5CRYA 3IX1A 1FTOA 1SYIA 3THIA 3FV2A 2Y7WA 1B2HA 4DCXA 4MLQA 2R6GE 3PPNA 3LSWA 4O3AA 5F1QA 1NNKA 3IB1A 2OK2A 4XIGQ 1II5A 5J1DA 2UYEA 3UGWA 1QUIA 3ZS6A 1MXXA 4F1VA 2B3BA 1CE2A 2X7QA 4IB2A 4ELOA 3TDJA 1MXVA 3TTMA 5BUUA 4R6HA 1MQDA 3H06B 1F9BA 3V5AA 1YTVA 4GD5A 2WKYA 5DTBA 3PUZE 4NF6A 4RPOA 4QHQA 4Q8RA 1B3HA 3K6VA 4YKIA 3U1OA 1B7UA 1OQGA 5TP9A 3O6PA 1LAFE 2DSFA 2VOZA 3CFZA 3MVWA 1LB9A 2I58A 3BFUA 3ILTB 2H25A 2OJTA 4G8HA 3G3IA 3OELA 1LAXA 4H5FA 4F39A 1SW2A 3FATA 3E9XA 3IR1A 1HSLA 3O6HA 4H8IA 3FTOA 3IOUA 3C31A 2XXVA 3I6VA 5H8HA 3K1NA 1UTBB 1B0LA 2BJJX 2DVCA 3AXFA 3EHUA 2HAUA 4JBZA 4EUOA 4ZEFA 3PMWA 2A5TA 4DXUA 1SI1A 3B6TA 1BKAA 4JWOA 3DP4A 3GLBA 1BIYA 4ZEBA 3C36A 4F29A 1SDXA 4I9DA 5I59B 3Q25A 1FTMA 5FTIA 3RUMA 5JTYB 4M4GA 3BBRA 2PT1A 3FVGA 4RJZA 3FJGA 2HAVA 1RYXA 4OMBA 4OEVA 2F34A 3FVOA 1POY1 4XKRA 4ZZEA 4ECFA 2Y7KA 4AB6A 1N7XA 3DLNA 2ZYNA 2QS3A 4NE4A 3VVFA 4H1XA 1O7TA 3VV5A 3PPRA 5H8NB 1IXCA 1H43A 1EZPA 4G2ZA 1MPDA 4BDRA 2F5XA 1B0HA 1I6BA 2Y7RA 4PETA 4TQUQ 3TFLA 3MP1A 4PFWA 2FNCA 3RTFB 3F11A 4QF9A 1A99A 2NUVA 2UYFA 3MZBA 1ATGA 2DP8A 5ICQA 3SEXA 3PPOA 1Q35A 3R7XA 1B3GA 3MWBA 3KEIA 3RPWA 2Q88A 2PYYA 3S9LC 2ZYOA 3FASA 3FVNA 3RN8A 3TQWA 1QUKA 5CMMA 3IK6B 3SEYA 1B5JA 4LP2B 1M5DA 4R9GA 3UIFA 1JVYA 4OTEA 2V84A 3RNNA 1XVXA 4XKQA 5I2NB 4HCYA 4PFYA 1P1QA 5H8QA 1A8FA 4EF2A 3CIJA 5DYHA 4U4XA 1N3WA 3U94A 1MY1A 3QUFA 3V83A 3OSRA 1B32A 4YB5A 4POXA 1DTGA 3MVXA 1B40A 1UTBA 3L6HA 2REJA 1XC1A 4PE5B 2OZZA 4FEBA 4IGRA 4R2BA 4X1DA 4Q30B 4GIZA 1MDP1 2O1LA 1MXUA 4LATA 2X26A 3OO7A 2DOJA 3HPIA 4DXBA 1QVSA 1WDNA 5I59A 1ZMGA 1IEJA 1P99A 2UXAA 5FHNA 2YPNA 5JTYA 4H0WA 3BFTA 3KGCA 2ONRA 5AA2A 2XX8A 3H6UA 2F6GA 3USDA 2Z22A 4M1VA 4P11A 3D4CA 3FUZA 4XTCQ 3H03A 3LR1A 3C34A 4GL8A 3T93B 1A55A 4WEPA 2KLFA 5DVIA 3PGFA 4LZ8A 2B65A 3G7WA 1J1NA 4R73A 2XHDA 5CI5A 3PMVA 1BLFA 4H8JA 5H8NA 5KCJB 5HPQA 1LAGE 3PUYE 4BDOA 5ISUA 1Y3PA 3HSTA 4G68B 3K01A 5IAIA 2RC9A 4P0IA 1B3FA 2WOKA 3TZAA 3DP8A 4RA1A 5FHMA 1NNTA 4U23A 1TT1A 3KSXA 5H8FB 2F35A 4EQ7A 4JSDA 4F3PA 2G93A 2I0CA 4U1ZA 3PD8A 2NVUB 4KYDA 1EH3A 3FXQA 4JDFA 4KR5A 3RLFE 2QS1A 4C1UA 3N26A 1SVXB 4K3FA 1M5EA 1UTHA 2E1SA 3JZJA 1VFEA 4QSDA 1URDA 4ELQA 3SDFA 4UACA 4HW8A 1SW5A 3O6GA 3T66A 1L5TA 2H5YA 3IAZA 2F8DA 2R9JA 5K2XA 4LVQA 4FEDA 4ND9A 1R9QA 2XXQA 3N6TA 4R9FA 3PV0E 4YKJA 1JW4A 2XX9A 4C1TA 2OLBA 1MQIA 1SW1A 4FATA 3T9UA 1P1WA 1S9TA 4GXSB 2HZKA 3O66A 5L9MA 2H99A 1B4HA 3FJMA 4AB5A 1B1HA 1OQHA 2XXXA 1TFDA 4GRKA 1B1XA 3CFXA 3IB0A 2ZXTA 1VE4A 3DM0A 1PB8A 1ZBMA 4EQBA 2F7AA 3UK4A 3EHSA 1MG1A 3A3CA 1VR5A 2GH9A 3FD3A 3MZ9A 2I48A 5I56B 3H6VA 3VE1B 3B6WA 4HCWA 2H98A 5A5XB 1FQDA 3VDFA 2Q2CA 4O3CA 2DXYA 3ONMA 1IXGA 3C35A 3CRBA 1YCJA 3VXCA 3VVEA 2RCBA 1QKBA 1DPPA 4YAHX 4KCDA 4TLLB 3H6WA 5AA2D 5KCJA 3H7MA 5KDTB 3CG1A 3T22A 4YZZA 4QFNA 4G68A 3P7IA 2F7BA 2QPQA 3IB2A 1QJMA 1MXZA 2O1MA 4MFIA 5EYFA 1EU8A 1Y20A 2HQ0A 1LBCA 2PVUA 3TTLA 4IO5A 4R2FA 1PDAA 4H6DA 2R71A 5AA4A 3HHGA 4FIMA 4F1YA 3SEWA 5ITOA 2AL5A 2DWHA 1H76A 2NOOA 2AIXA 4GXAA 4ELRA 4IO2A 1LAHE 4ELPA 2O51A 1TFAA 5L9SA 2ONSA 1YPNA 3O97A 3L6GA 1MH4A 1MQJA 1UQWA 3IJXB 4IY5A 2GFEA 5DEXB 1CB6A 2O84X 3QUJA 5AA1A 1B05A 4JWYA 3SESA 4MLVA 2ABHA 3TCGA 4UA8A 3U72A 1MY3A 2HEUA 3KBRA 4OEUA 2ZNTA 5I57A 1ZIUA 1Y9UA 4NF5B 5M2VA 3IOTA 5CBSA 2ZNSA 2DWAA 1FCKA 4HTGA 2G29A 1H44A 3OENA 3S4UA 3K6UA 1M5FA 4H5GA 4RYAA 1B6HA 2VD3A 3FGSA 3O29A 1IZ1A 2E0SA 2F7CA 2Q89A 3TMGA 3I5OA 2RKMA 2O69A 4IY6A 1Y4CA 4XXUA 1LFGA 4LA9A 4QSCA 3S9NC 3SEUA 3HCQA 4QSEA 1N76A 1QUJA 5I56A 4QFLA 3VLVA 1HSEA 1MM6A 3U93A 1D9YA 4ZE9A 4YMAA 4MF3A 1URGA 2XXPA 4JSOA 1P1NA 1OLCA 3EPEA 2Z8FA 2VP1A 1ANFA 4NF8A 1B7HA 3MZ1A 2Y7IA 3QSLA 2RF1A 2QMWA 3FXRA 4XKNA 5KDTA 3R6UA 3TEPA 3IJOB 4YMBA 1BTJA 1LCFA 2OWTA 1JEVA 3U92A 2VHAA 3RQTA 4F3GA 4GLIA 3E3KA 2CMOA 4WEDA 1O64A 3TODA 2PX1A 4ISUA 4N13A 4L17A 2RCAA 4HS7A 4NMYA 2V3UA 3O9PA 3B6QA 4RPNA 3M3KA 3MP6A 4OXVA 4RXLA 3FJ7A 3Q29A 3DRHA 1GV8A 3TPAA 3UP9A 3MPKA 1N84A 2ESNA 3GZGA 1RKMA 3PPQA 2UVHA 1A8EA 3K6XA 1OIBA 3TTKA 2DYXA 1SBPA 2DE4A 5EHSA 4ZE8A 1XT8A 1SW4A 1IQ7A 1I6AA 3MQ9A 3PPPA 4Z0IA 5CMBA 1M5BA 5AE4A 4F22A 3KOTA 4DIGA 3TCHA 4ZZAA 3RYAA 1Q1KA 4AQ4A 1I69A 1Y4TA 3HN0A 4KYEA 2QS2A 1JW5A 5L9OA 2O7IA 4F3BA 1PEBA 4NF5A 3K2DA 2I3VA 4P0GA 2B3FA 3CSGA 3ODBA 1NNPA 1GGGA 3ILUB 2QL3A 4E0WA 4OVJA 3DP6A 3IORA 3R26A 3SEVA 1RYOA 2YJPA 3U8QA 1A54A 1ZKBA 1Y1ZA 2H9BA 4OESA 1MXYA 4RY1A 1NMUA 5EHMA 1XVYA 4GQOA 4LQ2A 3G3FA 2Z8EA 3UN6A 2XD2A 1B4ZA 3UA8A 2HZLA 3DRGA 4DZ1A 4F2QA 4G8NA 1T0KA 3OO9A 4YB7A 2GRVA 2YLNA 3CR9A 4RK2A 4FE8A 3KN7A 3LSFB 4LQ5A 2V25A 3TTRA 3FXUA 4IO6A 2ZYMA 1B46A 2M8CA 4YU0A 4FECA 2FYIA 4R6KA 4ESXA 5I2KB 4MH5A 2UVIA 1QKAA 3VLUA 1USYH 3PU5A 3S9MC 3FVKA 3S9EA 2IEEA 3N6UA 5JK4A 2XXWA 1JQFA 1JETA 1NNFA 3FZVA 2DE2A 3EQ1A 3MUQA 2IA4A 4RNSA 3BKIB 3T96B 4LONB 2D3IA 3D4GA 1S7YA 3EHTA 4JWXA 4JXIA 2QS4A 3LVUA 3I3VA 2QSXA 4NF4B 3LUYA 2DWJA 1MY2A 2P0SA 1LFIA 2UVJA 4GVOA 1DSNA 3KN3A 1P1UA 4EF1A 4FJPA 3SERA 1Y3NA 2UVGA 3WAEA 4IO4A 1VSOA 1PC3A 4QFPA 5HBCA 4WXJA 4OFJA 4GWOA 1IIWA 1B52A 4BDNA 2HCAA 4WKMA 4MBPA 4ZECA 4ZEIA 5I2NA 4F1UA 4H65A 5CC2A 3SETA 4N6PA 2F6PA 5DVFA 4GFRA 3E13X 4THIA 1VFDA 3DRKA 4BLAA 2QJEA 3EF7A 3KZGA 4QFKA 1N7WA 1FQCA 3FIRA 3GXAA 3S2VA 3IO6A 3OD7A 1AH5A 5FHOA 2RC7A 4I8CA 3TELA 1DTZA 5L8DA 5F7VA 4KYSA 1B3EA 2XXRA 3MVYA 1N0TA 2DE3A 2Q2AA 1M5CA 3OMBA 3N94A 1MPBA 4OFOA 2XX7A 3M8UA 2OCUA 1LB8A 4YB6A 3QK6A 2Q8JA 2WOPA 3KOSA 4GF8A 1US5A 1IXIA 4G68C 5CMKA 5I84A 1POTA 4ZDMA 4U21A 5H8HB 4X48A 5I58B 2AL4A 1LSTA 2A5TB 4ONYA 2DVZA 5FTHA 2F36A 3MBPA 1MDQA 4NWDA 2Y84A 3EN3A 3K1PA 5ITPA 1NH7A 4RK9A 3CI8A 3K00A 2AYSA 3PAMA 1SQYA 3KFMA 3O28A 3OO6A 4DCYA 2PBWA 3C32A 2X7PA 4PFTA 4F31B 1XOCA 1B9JA 3CVGA 3CSBA 5H8FA 2P1SA 5ICTA 2ZMBA 1ZLQA 3TYHA 4DXCA 3KJTA 4X9TA 3ZKLA 3PUWE 4NF4A 2Q9TA 2HXWA 4ZEDA 3QXMA 1XS5A 1AL3A 3T9XB 3KSJA 3GBBA 2RINA 4KFQA 4EXLA 4OWDA 3ZKKA 2B4LA 1PB9A 5K2YA 2XXHA 4NTLA 3VXBA 1DOTA 2HFBA 1WVJA 3C4MA 1R6ZA 3A09A 1FW0A 3G3GA 1LLSA 4TOZA 3O6IA 4DLDA 1EZOA 4F3SA 3RTWB 2LAOA 2F97A 4IO7A 2FA7A 1USYE 3G3HA 4E0XA 2P2AA 2ZYKA 3K4UA 3K02A 1ZU0A 4F18A 3DRJA 2DQVA 5CMCA 1MXWA 2ONKE 3TTNA 1GR2A 3RT6B 1Z7NE 2A5SA 1SD3A 3DRFA 3MJNA 4OHNA 1O63A 2PMSA 1NFTA 4N07A 4YKPA 1NKXA 4FAJA 3LSXA 1ELJA 2ANJA 1Y3QA 3OO8A 5H8QB 2O68A 3TKDA 2GHBA 1FTKA 4QRZA 3OSQA 5DVJA 4GL0A 1DMBA 3W15C 2I3WA 4R75A 1IXHA 4KD5A 5A5XA 2DXRA 5I58A 1URSA 3FV1A 1MM7A 2RC8A 2XXTA 3E4RA 4U2RA 3RGYA 3PD9A 1GVCA 2D21A 4PFUA 3ECRA 5B7DA 5KZTA 3VLWA 2D5WA 4PQJA 3IL1B 1OLAA 3H6TA 5DT6A 1UIVA 4EDPA 1B7ZA 2DS9A 4LZ7A 3CFLA 5AA2B 5HM4B 1GTKA 1Z7ME 1BP5A 3M3LA 1MH3A 5AA3A 4DE8A 2NWJA 2I49A 3MW0A 4QFOA 5IKBA 3MVZA 2GHAA 3PUVE 2V93A 4U4SA 2XXUA 3GBAA 5TPAB 1QW0A 4EQ9A 3VVDA 3TCFA 4OENA 1S50A 4Q5TA 2Z23A 1TWYA 2B4MA 4I1DA 4G77A 4DDDA 4FORA 5BWJA 1FQAA 4KI0E 3CHGA 4X1BA 1R9LA 3K1MA 4KQPA 4LUBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XXKA 4AS5A 5DEXA 3TQLA 2W7YA 1OVBA 1PBPA 3UORA 3LUZA 1NV5A 1XHYA 4NGUA 4OYVA 1MY4A 1UTHB 3H3GA 4Q0CA 3N5LA 1NH8A 3OEMA 2QVRA 2WBBA 2GQ1A 4I62A 2OWSA 3C33A 1US4A 4U1OA 1RDZA 3IOVA 4IGTA 4NN3A 5B70A 4IO3A 3G3JA 2WBDA 1EZ9A 1SI0A 2F3BA 3KN8A 4G4PA 1FQFA 4TLMB 4OERA 3BIGA 3QAXA 4ZS9A 3ZSFA 3Q28A 4BDMA 4ZEKA 4BDQA 4OVSA 1B51A 1NL5A 1D4NA 1FPEA 1D9VA 3C9HA 4X04A 2OBGA 3DRIA 2HHMA 2O6AA 1Y1MA 3IO4A 1LBBA 2XWIA 1TXFA 3TUSA 3W9WA 1A40A 1QULA 2CZLA 3PUXE 4LZ5A 3CG3A 3JYRA 2XXIA 3HO7A 1D3KA 3HHFA 3OEKA 5CBRA 1LFHA 4F2OA 2QRYA 5ESYA 1P1OA 1BK4A 1MQGA 3Q27A 1JW1A 1LEVA 1ZTYA 2Y7PA 4GX3A 1PB7A 1WODA 1FTJA 4N8YA 1OVTA 1AIVA 1LCTA 1AOVA 5TPAA 5DW8A 1NUZA 3RYBA 1B5HA 1MY0A 3A3UA 4N17A 1SYHA 4O7IA 1MRPA 1MS7A 4YICA 2ZNUA 1NV0A 2I4CA 4PF6A 4POWA 5TU0A 4GOTA 4MHFA 3PMXA 4QBAA 4YKKA 3KG2A 1YAEA 4KPTA 3MP8A 3FXBA 4OANA 4OQOA 1FQEA 1IMDA 2XWKA 2ZZWA 3HV1A 3OOAA 2Z8DA 1HSJA 2XD3A 3Q26A 2DWIA 4XKPA 3K6WA 5AA4B 2VD2A 4OZ9A 1UIUA 4ESWA 1R1NA 2R8TA 3K0VA 1EYKA 5H8SA 3MPLA 1AMFA 1N04A 4R74A 4F19A 2I6EA 1IUDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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