4DCXA

X-ray structure of nika in complex with fe(1r,2r)-n,n'-bis(2-pyridylmethyl)-n,n'-dicarboxymethyl-1,2-cyclohexanediamine
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structure of the periplasmic nickel-binding protein NikA provides insights for artificial metalloenzyme design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Metal transport
source organism Escherichia coli
total genus 161
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4dcxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dcxA01
1GR2A 2ALUA 3FJGA 4QFKA 4DDDA 4BDRA 2W7YA 1QKAA 4ZZEA 3G3HA 1B2HA 4BDQA 2I49A 3K6VA 1XC1A 5ELVA 3V83A 3CSGA 3ZSFA 1NL5A 3KZGA 3QUJA 1QW0A 3ILTB 3KGCA 5FHNA 4U4XA 1Q35A 4PFUA 3M3KA 1US4A 3T9VA 3R7XA 1FQDA 1D9VA 4HCWA 3OEMA 1M5DA 3DP4A 2V93A 3ILUB 1KWHA 4BDMA 1PBPA 3FXQA 2R71A 1LAGE 4R6HA 4OEVA 2PYYA 4QFNA 1MDP1 3FJ7A 4G8NA 4OFJA 4UA8A 4OZ9A 1MH3A 2Y7KA 5FTHA 2DXYA 4YB5A 1MXXA 4NF4A 4LATA 5HPQA 4QF9A 1VFEA 5DVFA 2DP8A 3B6WA 3C33A 5AA1A 4Q8RA 3KEIA 2QJEA 4IGRA 3TCGA 5IKBA 4UACA 1MQIA 1ZBMA 1FTKA 4Z7EA 1Y1MA 3O66A 3FJMA 1YCJA 2OK2A 1ZIUA 5A5XB 4F22A 3RQTA 1US5A 3N6TA 1O63A 3LC8A 1NH7A 2VGQA 3I5OA 4IO7A 3RUMA 4ZE8A 2O69A 2IA4A 2RC8A 5DVIA 2V3UA 1B1XA 4ELRA 2A5SA 3FV1A 4ND9A 3TTNA 1NNFA 3DP8A 5I56A 1SBPA 3AXFA 1MXUA 2XXIA 3GZGA 3R26A 2B65A 2I4CA 1JEUA 2Q9TA 4U1OA 2AL4A 1B52A 1H43A 1JW4A 3LSLA 2ZNTA 2H4IA 1LLSA 2CMOA 3IB1A 2OLBA 1R6ZA 1SW2A 1YAEA 1QULA 2HAUA 4LQ5A 2B4MA 3EQ1A 2F6PA 4MLVA 3G3KA 3JYRA 1P1NA 1II5A 2Y7IA 3RLFE 1B3LA 4O3CA 4QHQA 4O3BA 3KJ7A 5B7DA 4FJPA 5KDTB 4L17A 2DOJA 2Q2AA 1M5BA 1R1NA 3T9UA 2F7CA 4DXBA 1VFDA 4N07A 4U1ZA 3ODBA 4QRZA 4H5FA 1JQFA 2R9JA 3PGFA 3Q26A 1A8FA 3TTLA 4HW8A 3PMWA 2IEEA 4DCXA 5AA4B 5FTIA 1MY3A 4FEDA 4OFOA 1B9JA 3VE1B 5CMMA 3UIFA 3UGWA 3LR1A 4YKJA 1OLCA 3OO9A 5CBRA 4ESXA 4C0RA 3TCFA 3CHGA 4YKIA 3UK4A 3EN3A 3FVOA 2B4LA 5DYHA 1AL3A 4ZEKA 3MP8A 3S4UA 3UP9A 3IL1B 3RYAA 1USYH 4RK9A 4X48A 4GOTA 1I6BA 2RCAA 5I57B 3TFLA 2DE2A 1MH4A 1URSA 3DRJA 4LONB 1PC3A 1B7HA 1CB6A 1IITA 2R6GE 1OQHA 2FA7A 1AH5A 3SKPA 3IR1A 1Y4TA 2REGA 5L8DA 3TTKA 3T93B 3L6HA 1LB8A 5F7VA 5I56B 5ITOA 3T9XB 1UTBA 4R74A 3O9PA 4H0WA 3PPQA 2XXPA 1QUIA 5AE4A 1FCKA 2B3FA 1B0LA 2NUVA 4R6YA 4H5GA 3B6TA 5AA3A 2DS9A 1SDXA 1B46A 3E4RA 4G77A 4YMAA 3IX1A 3SEUA 3HPIA 4P0GA 4QSDA 3USDA 3V8XB 4U2RA 4F19A 3O6PA 1GV8A 2DE4A 2HFBA 3H03A 1QVSA 5JEIA 3A3CA 3CG1A 4U4SA 1AMFA 2GH9A 4G2ZA 3RGYA 2V3QA 1R9LA 1F9BA 3GBAA 5HBCA 2ANJA 5ICQA 4RPNA 3IB2A 4EQ9A 2I48A 1N76A 5JK4A 2VP1A 4JWXA 4PP0A 4TLMB 4Z0IA 1M5CA 3PD8A 2XXTA 3K1NA 1QUKA 4AQ4A 4WEPA 2OJTA 2XXXA 1Y20A 2Y7RA 3A3UA 4JSDA 2I0BA 2AYSA 4C1TA 3N5LA 2GHAA 3V5AA 5KZTA 4C1UA 2P0SA 4IY5A 1XVYA 5I2KB 2QS4A 4RA1A 3VFJA 4JXIA 2F8DA 5KCJA 4E0WA 4GLIA 3Q27A 1B1HA 3PPOA 3BFTA 4FIMA 2ABHA 3LSFB 2I4BA 3MP1A 2M8CA 3SEWA 2Y7PA 4NTLA 3UN6A 3MUQA 4K3FA 1RYXA 4YICA 1MY4A 1MXZA 5AA2A 1DTZA 1FTOA 2UVGA 3PMXA 4IO3A 2NWJA 3K1MA 1D9YA 3THIA 3W15C 1Y3PA 1LAXA 3DRKA 3H7MA 2QPQA 4R2FA 3D4CA 4G4PA 3U94A 4ELPA 2WOLA 5H8QA 4JWOA 4R72A 1FQBA 2WOPA 3S9LC 1QJMA 3C35A 3FXRA 5TP9A 3O97A 2VHAA 4RXLA 3C32A 4GRKA 2H9BA 1BLFA 4TLLB 1UTHB 2GHBA 4GXAA 3A09A 4YKKA 3VXCA 4OETA 5JTYA 4QFPA 5I2NA 4I8CA 5H8NB 1FQEA 3MW0A 3OMBA 1B5IA 1SW4A 1SYIA 5BWJA 2I6EA 4NWCA 4HTGA 4PFTA 3MAMA 2Z22A 5AA2D 3KN8A 3RN8A 1XT8A 3FIRA 3KJTA 2OZZA 2VD3A 3U92A 4EUOA 3IJOB 3L6GA 3C31A 3FUZA 3MJNA 4DE8A 2ZYOA 5DEXA 3PUZE 1XOCA 3CFZA 1R9QA 1IEJA 4GD5A 3SEVA 3RT6B 5I59B 3FTOA 3M3LA 5TPAB 2NVUB 2YJPA 2PMSA 3MZBA 3BKIB 2DVZA 3ZKKA 1L5TA 3QSLA 1FQCA 3MBPA 3HSTA 3KFMA 1QUJA 4XKNA 4KCDA 1A40A 1LFIA 4G68B 2QL3A 3WAFA 3V89B 5I58A 4NF8B 5HM4B 2O1MA 3KBRA 1MPBA 1NNPA 1YTVA 5EHMA 3TZAA 3OEKA 1MPCA 1RYOA 1Y1ZA 2PBWA 5IAIA 1POY1 1SYHA 1J1NA 1NNTA 1B05A 3IOUA 3IB0A 2RF1A 3HHFA 5CBSA 2Q89A 3K4UA 1UIUA 3RY3A 3VVFA 1ZMGA 3IJXB 3FATA 5H8QB 2F34A 4ZEIA 2REJA 5H8FB 1NKXA 2E0SA 1M5EA 4KHZE 1B58A 2ZNUA 3OENA 4FATA 2DWJA 4H67A 5FHOA 4QSEA 1B3FA 2ZYNA 3IO4A 1EH3A 1D4NA 5CMBA 4ELOA 2XXVA 3U1OA 1FTMA 1JVYA 1XS5A 1ZU0A 4PFYA 2F6GA 2O7UA 4KD5A 4O3AA 2ZXTA 3B6QA 2G93A 3DP6A 3TUSA 4KQPA 5ISUA 3HHGA 3S9EA 2UVIA 5CM6A 1FTJA 3PD9A 2GFEA 1AOVA 4OYVA 4I9DA 1UQWA 1JNFA 2DWIA 3HO7A 4OESA 4GF8A 1FW0A 3MPLA 1URDA 2XXYA 3FVKA 3S9MC 2ONSA 3VXBA 2Y84A 4NF5A 4FAJA 1A54A 2P2AA 2OCUA 2Z8FA 1TXFA 2I3WA 3OSRA 3TQWA 3PUWE 4G68C 1PBQA 5J1DA 4RY1A 3K01A 2NXOA 4XTCQ 1PEBA 2A5TA 4LZ8A 3H6TA 1POTA 4NF4B 3MVYA 3U8QA 1LCFA 1B3EA 4F1VA 3CRBA 1OMPA 1WDNA 1P1OA 3N6UA 5DT6A 4EXKA 1VSOA 3G3FA 2F36A 2LAOA 4ZZAA 4YKPA 2Y7WA 2ONKE 2KLFA 1H76A 4R6KA 3FZVA 2D21A 1N84A 1MRPA 2D3IA 2Q88A 4F3BA 4EQBA 3DRGA 3TYHA 1HSJA 1MY2A 1H3DA 4LUBA 4LZ5A 4F29A 3TODA 4M4GA 4LP2B 5H8HA 5CRYA 3IOWA 3DELB 1NNKA 3EF7A 2Z8DA 3CR9A 3G3JA 4G8HA 3S2VA 4QFOA 5CMCA 2I3VA 1D3KA 3TTRA 1MXYA 2O51A 3JV9A 3TKDA 5EYFA 4FEBA 1BP5A 4BDOA 3TCHA 4U21A 4ECFA 1Z7ME 2DYXA 1EZOA 3E3KA 4LZ7A 2GRVA 2DE3A 3G3IA 4F2OA 4GL8A 4N6PA 1O64A 3MVXA 1B0HA 4OEUA 2H98A 3KN7A 1UIVA 4RJZA 3D4GA 4DXUA 1VR5A 3PMVA 4LQ2A 3TEPA 4GVOA 1AIVA 1MQJA 2PT1A 4LVQA 4U23A 1IXGA 1CE2A 4QSCA 2F7AA 5DTBA 1ATGA 1IIWA 3O6HA 3F11A 1SI1A 1PB9A 1DMBA 4H65A 2QMXA 2QS1A 3LVUA 3TTMA 1SW5A 4MFIA 1B5HA 4OERA 1MQDA 4XXUA 3VDFA 2XD3A 1LAFE 3O2AA 4WKMA 3FD3A 4NMYA 2F97A 3N94A 4JWYA 2YPNA 2H25A 1LBCA 3Q28A 3VVDA 3H6UA 3MZ9A 1P1QA 4THIA 5K2YA 1WVJA 3HCQA 4GFRA 4NEDA 1B5JA 4KYSA 2OBGA 4H8JA 4KYDA 3MVWA 4WEDA 4F18A 1LFHA 4XKQA 1B3HA 3QYTA 5M2VA 3EHSA 1UTBB 4WXJA 3RNNA 3CVGA 1ANFA 2O6AA 3MZ1A 2OWSA 4IO5A 3KG2A 4X1BA 1BTJA 3C36A 1JVXA 4OHNA 1DOTA 3H4ZA 3K6UA 4PQJA 4M1VA 4ZEBA 5CI5A 1A55A 5ITPA 4ISUA 3P7IA 3VLWA 4F3PA 1NFTA 1A7LA 4KPTA 3O29A 4ONYA 3LUYA 2OWTA 1N0TA 3C9HA 5DVJA 1MQGA 2UXAA 1IQ7A 2AL5A 2XD2A 5EHSA 5A5XA 1B7UA 1MQHA 5F1QA 2ONRA 3IO6A 1DTGA 3GLBA 1JEVA 3BFUA 4KFQA 3E13X 3H6VA 5L9OA 3RYBA 4P11A 4MF3A 4IO6A 1URGA 3SDFA 1RKMA 4YU0A 3MP6A 3W9VA 1I6QA 2QMWA 2HAVA 1B4ZA 1BIYA 2QRYA 4LA9A 4IB2A 3FVGA 4JDFA 3B7DA 4HCYA 1DSNA 1PB8A 1B4HA 5I84A 1MY0A 3QAXA 3G3GA 4ELQA 2HEUA 3HN0A 2XXRA 2Q8JA 4IO4A 1MY1A 4F1YA 4EXLA 3DM0A 5K2XA 3OXNA 5KCJB 3GXAA 3EHUA 1EU8A 4MH5A 3SEXA 4FE8A 1SQYA 1B51A 4AB6A 2RC7A 3OO7A 3U72A 3IOTA 2I0CA 1PB7A 2XXWA 1BKAA 4YMBA 3K1PA 5KDTA 3PUYE 1SI0A 4X1DA 2ZYMA 3PPPA 3MVZA 2F35A 4DXCA 1JW5A 4F3SA 2F7BA 5AA2B 2PX1A 3M3FA 3T96B 4ZE9A 4XIGQ 2Z23A 5AA4A 1GTKA 2P1SA 2RCBA 1OLAA 4OQOA 2AIXA 1NH8A 3T9HB 1OQGA 3TPAA 3TELA 1Y9UA 2RC9A 2HZKA 2ZMBA 3OOAA 2DVCA 4IO2A 3T66A 2WKYA 3R6UA 4F39A 4H8IA 1SVXB 4RK2A 4YZZA 3SERA 4IY6A 1EZPA 3RT8A 3ZS6A 5TP9B 5I57A 4F1UA 4IGTA 1LBBA 1B7ZA 3QIMA 1S50A 1GVCA 1MPDA 2F78A 1MM7A 1I6AA 2RKMA 5JTYB 2E1SA 1MDQA 4EF2A 3C4MA 3LBSA 5I2NB 4ZDMA 2UVJA 1GGGA 3VLUA 2ZYKA 4JBZA 1IXCA 3C34A 1Z7NE 1IUDA 2Z8EA 4OMBA 3S9NC 1JW1A 4NE4A 4U22A 4POXA 3SEYA 1IXHA 2XXQA 2DSFA 5L9MA 3PUVE 1TFAA 4PFWA 3O28A 2UYFA 1MXVA 3FVNA 5DEXB 3KSJA 1MXWA 1LGBC 1Y4CA 2PVUA 4G8MA 1FQFA 3UA8A 4RPOA 1B32A 4GL0A 3LSXA 4TQUQ 1A99A 3IOVA 4I1DA 1TFDA 1P1UA 2VOZA 2O84X 2XX9A 4GXSB 3MPKA 4KYEA 3PAMA 2UYEA 1O7TA 3FV2A 5L9SA 2B3BA 5I58B 2FNCA 1IZ1A 3CG3A 3EPEA 3H06B 3ONMA 1VE4A 1LAHE 4ZECA 3K2DA 3PPRA 3T22A 3FXUA 2QSXA 4P0IA 1DPPA 1P1WA 2Q2CA 3QUFA 3IK6B 3TMGA 2X26A 4MLQA 1LB9A 3K00A 4RNSA 4YAHX 2ZNSA 3QXMA 2FYIA 4KR5A 1M5FA 3W9WA 2XX7A 1SW1A 1QKBA 4PE5B 3O6GA 5CMKA 4NF6A 1MS7A 2HXWA 4GIZA 2XXUA 4H6DA 2O68A 1ZTYA 4F2QA 3SETA 1JETA 4EF1A 3RTWB 4GWOA 1HSEA 3I3VA 2I58A 5I2KA 3HV1A 1ZJLA 3VV5A 1Y3NA 4OTEA 4JSOA 3O6IA 4OXVA 2F5XA 2V25A 3ZKLA 2O7IA 1MM6A 1LSTA 5ICTA 2HQ0A 1S9TA 4POWA 4NWDA 4BLAA 3ECRA 3KOSA 3MC2A 1EZ9A 2CZLA 2H5YA 1I69A 3MQ9A 4OENA 3KN3A 3K02A 5TU0A 3LSWA 2BJJX 3PPNA 1B3GA 1OVBA 4EDPA 4FORA 4F31B 1H44A 3SESA 2O1LA 4JB7A 4NF5B 3OELA 3OD7A 4PETA 1S7YA 1XHYA 1OVTA 4AB5A 4Q5TA 3IORA 4TOZA 1B6HA 2DXRA 3OSQA 3FGSA 3QK6A 3I6VA 5FHMA 1Y3QA 4ZEFA 2V3TA 1UTHA 3GBBA 1A8EA 1NMUA 2D5WA 2A5TB 2WOKA 1OIBA 4BDNA 3CIJA 3K0VA 1N7WA 4RYAA 1XVXA 1FQAA 2YLNA 4OFLA 1SD3A 5H8NA 1ZKBA 4H1XA 3UORA 3K6WA 4KI0E 3EHTA 4ZS9A 4Q0CA 4QFLA 4OWDA 3U93A 5BUUA 1TT1A 3PUXE 2VD2A 4NF6B 2PT2A 1B40A 4R73A 3VLVA 2X7PA 3G7WA 3TQLA 3E9XA 1LCTA 4DZ1A 1ZLQA 2DQVA 3Q29A 4KCCA 3PV0E 3OO8A 4R9GA 2G29A 3BBRA 3H3GA 1H45A 4XKRA 5B70A 4R9FA 3H6WA 5I59A 1PDAA 2RINA 5TPAA 2QS2A 5H8HB 1USYE 1N04A 1FTLA 2DWHA 4R2BA 3FASA 2XXHA 4MBPA 2ESNA 2UVHA 4G68A 3OO6A 3RTFB 1YPNA 2V84A 3TAJA 2HZLA 1ELJA 4NF8A 3CSBA 4ESWA 5CC2A 3DRIA 3KOTA 3PU5A 3WAEA 3MWBA 2XHDA 3TDJA 1N3WA 1N3XA 3M8UA 4R75A 4YB6A 3RPWA 2XX8A 3K6XA 4BDLA 1T0KA 1N7XA 2QS3A 4N13A 2X7QA 1Q1KA 3JZJA 4I62A 2NOOA 1HSLA 5H8SA 3Q25A 4Q30B 2HCAA 1TWYA 4HS7A 3CI8A 4GQOA 5H8FA 3IAZA 1LFGA 3CFXA 2DWAA 3CFLA 2H99A 1DPEA 4XKPA 1MG1A 4DCYA 1WODA 4OVJA 4DIGA 1P99A 3N26A 1IXIA 3VVEA 4X9TA 5LOMA 3DRFA 3DRHA 3DLNA 3KSXA 4E0XA 4EQ7A 4F3GA 4YB7A 4DLDA 4FECA 4ZEDA 2THIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GR2A 4O7IA 2ALUA 4JVDA 3FJGA 4QFKA 4DDDA 4BDRA 4PAIA 2W7YA 1FBFA 2WBDA 1QKAA 4ZZEA 3G3HA 1B2HA 2QFLA 1EYKA 4BDQA 2I49A 3K6VA 1XC1A 5ELVA 3V83A 3CSGA 3ZSFA 1NL5A 3KZGA 3QUJA 1QW0A 3ILTB 3KGCA 2HXRA 4PFIA 5FHNA 4U4XA 1Q35A 4PFUA 3M3KA 1US4A 3T9VA 1FPBA 3R7XA 1BK4A 1FQDA 1D9VA 4HCWA 2CZKA 4PBHA 1DCUA 3OEMA 1M5DA 3DP4A 2V93A 3ILUB 1KWHA 4BDMA 2DDKA 1PBPA 3FXQA 2R71A 1LAGE 4R6HA 4OEVA 2PYYA 4QFNA 1MDP1 3FJ7A 4G8NA 4OFJA 4UA8A 3MYUA 4OZ9A 1MH3A 2Y7KA 5FTHA 2DXYA 4YB5A 1MXXA 4NF4A 4LATA 5HPQA 4QF9A 1VFEA 5DVFA 2DP8A 3B6WA 4N8YA 3C33A 3U65A 5AA1A 4Q8RA 3B50A 3KEIA 2QJEA 4IGRA 4AS5A 3TCGA 5IKBA 4UACA 1MQIA 1ZBMA 1FTKA 4Z7EA 1Y1MA 3O66A 3FJMA 1YCJA 2OK2A 1ZIUA 5A5XB 3PTYA 4PFRA 4F22A 4DI3D 3RQTA 1US5A 3N6TA 1O63A 3LC8A 3LUZA 1NH7A 2VGQA 3I5OA 4IO7A 3RUMA 2WYKA 4ZE8A 2O69A 2IA4A 4PF8A 2RC8A 5DVIA 2V3UA 1B1XA 4ELRA 1NUWA 2A5SA 3FV1A 4ND9A 3TTNA 1NNFA 3DP8A 5I56A 1SBPA 3AXFA 1MXUA 2XXIA 3GZGA 3R26A 2B65A 2I4CA 1JEUA 5EQ8A 3IFCA 2Q9TA 4U1OA 2AL4A 1B52A 1H43A 1JW4A 3LSLA 2ZNTA 2H4IA 1LLSA 2CMOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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