4FAJA

Structure and mode of peptide binding of pheromone receptor prgz
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
VEQVATLTAGTPVQSLDPATAVDQTSITLLANVMEGLYRLDEKNQPQPAIAAGQPKVSNNGKTYTIVIRDGAKWSDGTQITASDFVAAWQRVVDPKTVSPNVELFSAIKNAKEIASGKQAKDTLAVKSIGEKTLEIELVEPTPYFTDLLSLTAYYPVQQKAIKEYGKDYGVSQKAIVTNGAFNLTNLEGVGTSDKWTISKNKEYWDQKDVSMDKINFQVVKEINTGINLYNDGQLDEAPLAGEYAKQYKKDKEYSTTLMANTMFLEMNQTGENKLLQNKNVRKAINYAIDRESLVKKLLDNGSVASVGVVPKEMAFNPVNKKDFANEKLVEFNKKQAEEYWDKAKKEIDLSKNTSLDLLVSDGEFEKKAGEFLQGQLQDSLEGLKVTVTPIPANVFMERLTKKDFTLSLSGWQADYADPISFLANFETNSPMNHGGYSNKNYDELLKDSSSKRWQELKKAEKLLINDMGVVPIFQVGTAKLEKSKIKNVLMHSIGAKYDYKKMRIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Enterococcus faecalis
publication title Structure and Mode of Peptide Binding of Pheromone Receptor PrgZ.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PrgZ
total genus 174
structure length 507
sequence length 507
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4fajA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4fajA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4fajA02
2HEUA 3EF7A 4QSCA 4MLQA 3BFTA 5L8DA 4WXJA 4U1ZA 3IJXB 4IO2A 1B5IA 3K00A 2PT2A 4P0GA 4DLDA 3FXUA 2HFBA 3HO7A 3TZAA 2HXWA 2I4CA 3RUMA 3IX1A 2XXRA 4C1UA 3FJ7A 3CVGA 3VDFA 5EYFA 3T9VA 1MY0A 3PUXE 3MVWA 3OEMA 2WOLA 3ZSFA 2F36A 4BDOA 2GH9A 1XS5A 5BWJA 3I6VA 1B51A 5EHSA 5I56A 2RC8A 2O68A 2OK2A 2QS1A 3GLBA 3TODA 5JEIA 2VD2A 5CBSA 1M5DA 1MXWA 2HQ0A 3TCHA 5DEXA 1LCFA 2XD2A 1FQEA 2O1MA 5K2YA 4OENA 5H8NA 5I2KA 4FECA 2QS3A 5KZTA 1H43A 1B3HA 5TU0A 3C36A 4OFLA 3UIFA 2YPNA 3CSGA 2DP8A 4TOZA 1NH8A 4MF3A 2Y7RA 2ZYOA 1UIVA 4LQ5A 1MDP1 2B65A 3VXCA 2H5YA 3K2DA 4YICA 1SYHA 2F6PA 2I4BA 4ELPA 5FTHA 1WODA 3UORA 4IB2A 2ZYNA 2I3VA 3ZKKA 2B4MA 4JB7A 1MQJA 3T66A 5KDTA 1QUIA 1URSA 4KR5A 4DXBA 4YZZA 2A5SA 4HS7A 3QK6A 3N26A 1UTBA 4R6HA 1CB6A 3T93B 2F8DA 2DSFA 1PBQA 5LOMA 2Y7WA 3KEIA 3U8QA 1B3GA 4NF5B 3PMVA 3FVKA 3SEVA 3O6IA 2QS2A 5ITPA 2B4LA 3V89B 1N0TA 4TQUQ 2DXYA 3Q25A 1NFTA 4JWYA 1OIBA 5DVJA 2F7AA 5IAIA 3DRKA 2FA7A 3MVXA 1XC1A 3DP4A 3CSBA 4NF8B 2PBWA 1POTA 3K6VA 3TCFA 5HM4B 2VP1A 1N7WA 1B3EA 2UXAA 2PX1A 1B46A 1DTGA 4H5GA 4OETA 3RT8A 5FHMA 3G3FA 5H8FA 3O6HA 3RTFB 4LUBA 2QS4A 4KCDA 4N07A 5HPQA 1B2HA 2F97A 4R75A 4LZ8A 4U4SA 3HHFA 2F34A 4LP2B 3IR1A 3DP8A 4JSDA 2DQVA 4QFOA 5H8SA 1AOVA 2H99A 1SW5A 4DXUA 1TWYA 1B3FA 4K3FA 4HCWA 1SVXB 3OO7A 1GR2A 1NNFA 1R9LA 1N3XA 1MM6A 4FIMA 3LVUA 2O7UA 1XOCA 2DXRA 1MG1A 2XXIA 1IXIA 1IXHA 1Y3NA 4OQOA 1DPPA 5A5XB 3OD7A 1MXVA 4F3PA 3PU5A 4UACA 4OEVA 2Q88A 3MC2A 3DLNA 3T96B 1A40A 4GD5A 4PP0A 1Y9UA 4H1XA 3QXMA 3S9LC 1MXXA 3O6GA 1RYXA 1H45A 4U22A 2Q8JA 4NF4A 1SW4A 4KD5A 1BLFA 3K6WA 3CFXA 4Q0CA 2LAOA 5M2VA 1YPNA 1OLAA 1UTHB 4IY6A 3SEWA 1OLCA 2Z8EA 1MQHA 2ONRA 3LC8A 3OO9A 1RKMA 1SQYA 4P0IA 5AA4A 1B4ZA 1R6ZA 3SEYA 3R7XA 4EDPA 4LZ7A 1B7ZA 1B3LA 2XX7A 4JSOA 4MLVA 3CG3A 3PGFA 1Z7ME 2XXPA 4I8CA 1R1NA 3FV1A 4ELRA 1HSEA 2F6GA 4F3BA 1VFEA 1S50A 4R74A 3I5OA 1Y4CA 3FASA 2NUVA 4KYEA 4QSEA 3V5AA 2HZKA 3USDA 3BFUA 3IAZA 1IEJA 1JW5A 3H6WA 1DPEA 1B6HA 3KJTA 2ZYKA 3RT6B 4R2BA 4H0WA 1BIYA 5I2NB 2F5XA 4RNSA 2QL3A 3O9PA 3OENA 3QAXA 2ZMBA 4O3CA 2Q2CA 4F22A 3KOSA 2V3UA 2E0SA 2XX9A 2ANJA 1Y3QA 2QMXA 3E4RA 3PAMA 3W9VA 4ZE8A 1MQDA 1FQAA 4R72A 3KG2A 1LFGA 3QUFA 4YB6A 2DWIA 1II5A 1GTKA 2OWSA 3B7DA 3IO4A 3TEPA 3DP6A 3D4GA 3TTRA 4ZS9A 1QULA 1FQBA 5CC2A 3UA8A 4PFUA 3L6HA 4XXUA 3MZ9A 4H67A 3PPRA 1P1OA 4HW8A 4C0RA 1QKBA 3K1PA 3M3LA 3P7IA 2OLBA 3O97A 3TTNA 4NF5A 1ZTYA 4KCCA 2ALUA 3VE1B 1QUJA 3PUVE 4NEDA 3A3CA 3WAFA 1B5JA 2DE4A 2RF1A 1ATGA 2ESNA 4G68B 4R9GA 1O7TA 4ZE9A 4RK2A 4EXKA 1JQFA 4X1DA 1JW4A 1LGBC 1A54A 3H03A 1US5A 3K4UA 2F7CA 4RA1A 3T9XB 4NF8A 4OHNA 3RPWA 2XX8A 2V25A 1JETA 3FJGA 1GVCA 3FXRA 3DELB 2O6AA 4XKPA 4OVJA 1D9YA 3OSRA 3H06B 4EQBA 1QW0A 3MJNA 3H3GA 1PDAA 3T9UA 4FJPA 5KCJA 1N04A 5B70A 2HZLA 1MPBA 4LATA 1B4HA 1MY3A 4GIZA 5FTIA 3EQ1A 4FAJA 4JWXA 5FHNA 1URGA 3CHGA 1D3KA 4NMYA 3CIJA 4ESXA 1ZKBA 1SBPA 1D9VA 4HTGA 4P11A 4F1VA 3H6UA 5TP9A 3RTWB 3CI8A 4BDRA 2O1LA 3EHSA 2PMSA 4N13A 2R71A 1JEVA 2E1SA 2P2AA 4F19A 1WVJA 3VVEA 1B40A 2QMWA 3VFJA 3VXBA 1NNTA 2P0SA 5CRYA 2XD3A 4DZ1A 1TXFA 4NF6B 3U94A 4OTEA 4EQ7A 2Y7IA 1F9BA 4ZDMA 1VR5A 5AA2A 2Y7PA 2RCBA 3LR1A 4YMAA 3BBRA 2G93A 1ELJA 3SDFA 3FUZA 2WOKA 1LB8A 4RY1A 1OQHA 4RXLA 1YTVA 4RPOA 2X26A 2Z22A 3TQLA 3TAJA 1OVTA 3MP8A 1XT8A 3N6UA 3LBSA 3B6WA 2R6GE 3H4ZA 1US4A 3DRJA 3TYHA 4XTCQ 1Y1ZA 4R2FA 4Q8RA 1YAEA 2DE2A 4F29A 1IXGA 2H9BA 3PMWA 5CMBA 3SESA 3F11A 3VV5A 1IIWA 2Z8FA 2VOZA 5CMCA 3IO6A 3ODBA 4F1YA 3LSLA 3PPOA 3PMXA 4ND9A 3U1OA 2ZXTA 1SI0A 4LZ5A 5I58A 3GXAA 5I59B 2ONKE 2I49A 3IB1A 1MH4A 3QIMA 2H98A 3PUZE 3LSFB 4E0WA 3N6TA 4JBZA 3VLVA 3JYRA 2UVGA 3HN0A 1PBPA 1FQFA 5DYHA 1RYOA 5I57B 1LFHA 4AB6A 4NWDA 3KZGA 1N7XA 3EHTA 2F78A 2A5TB 1I6BA 4GWOA 4KI0E 1M5CA 3FZVA 5H8HA 1OMPA 5TPAA 3TDJA 2M8CA 4IO3A 1JVYA 4LVQA 4AB5A 1SDXA 4QFNA 1AH5A 3TTMA 2REGA 2QPQA 5JTYA 1Z7NE 1ZU0A 3MPLA 4BDQA 4GL0A 4H8IA 4EF1A 1NNPA 5AA3A 3VVDA 1FTKA 4MFIA 1MY4A 4PETA 5L9SA 2QJEA 3I3VA 1P99A 2RKMA 3V8XB 2IA4A 5AA1A 4FORA 1GV8A 1B1XA 1MS7A 3HCQA 1KWHA 2R9JA 1IQ7A 3KGCA 2GHAA 1IXCA 3PV0E 2QRYA 1BKAA 3TCGA 4ZEDA 1IUDA 1NL5A 3Q26A 2DVCA 5F1QA 4C1TA 3QYTA 3A3UA 2CMOA 4G68A 2QSXA 3TTKA 2YJPA 4DCXA 3D4CA 5HBCA 3G3JA 1PB9A 3C34A 5BUUA 4EF2A 2AL5A 3T9HB 4OFOA 3K6UA 1ZLQA 5DVIA 2XXUA 3LUYA 4F2QA 3KN3A 1VSOA 4G8HA 4BDMA 1MPCA 2D3IA 4PFTA 1J1NA 3TPAA 2XHDA 3MUQA 5ICQA 3O66A 5I56B 2V3TA 5ICTA 3O2AA 4GVOA 1XHYA 1I69A 3OSQA 3E13X 4GFRA 3MVZA 5CI5A 4ZEBA 4KYDA 3WAEA 1P1WA 3MWBA 3GZGA 4IGTA 5H8NB 5I2KB 1FTJA 1NMUA 4U1OA 3AXFA 2HAVA 5I84A 5B7DA 1B52A 3PPPA 4H65A 2NVUB 1MPDA 1EZ9A 4ZEKA 1EU8A 3DRGA 4G2ZA 3MP6A 4RJZA 1B9JA 2X7PA 3H7MA 4KYSA 4OMBA 3QSLA 1ZMGA 3EHUA 5IKBA 4YKJA 3S9EA 1EZOA 2WOPA 5DTBA 3DRFA 2H25A 2I0CA 3A09A 2FYIA 4G68C 4TLMB 1N76A 3V83A 5J1DA 4ONYA 2XXQA 3ZS6A 4DIGA 3ONMA 1UTBB 4JXIA 4I1DA 1VFDA 4ELQA 1B0LA 3HSTA 3SETA 2Q9TA 4H5FA 4XKNA 4G4PA 5CMKA 2Y84A 1QUKA 3RYBA 4DXCA 3OXNA 3O29A 1ANFA 4NWCA 4O3AA 4F2OA 3IORA 4F1UA 3K1MA 3KJ7A 3K0VA 2V3QA 3PD9A 1LAXA 3C9HA 3N94A 4JWOA 1VE4A 1MRPA 3MW0A 3FIRA 2DS9A 3MPKA 3LSWA 3CR9A 5I59A 1ZBMA 3R26A 2O69A 4U2RA 4E0XA 1A8FA 5H8FB 2THIA 4JDFA 2CZLA 4QF9A 4F3GA 3S2VA 2WKYA 3MP1A 1FQDA 4L17A 2RC9A 4TLLB 3U72A 4U23A 3QUJA 4GF8A 4OERA 4IY5A 5I57A 3G3KA 3ILUB 1FTMA 2A5TA 3E9XA 3Q27A 2PT1A 1O63A 2XXTA 4WKMA 4IO6A 1MXZA 3S9NC 1UQWA 2H4IA 3UP9A 1H44A 2I58A 5EHMA 4HCYA 4POWA 5ITOA 4F3SA 1PB8A 1D4NA 1ZJLA 4X1BA 4MBPA 2GFEA 3KN8A 4LQ2A 3MAMA 1NKXA 4ZECA 3MQ9A 3C32A 3MZ1A 4BLAA 3FVOA 2AYSA 2OBGA 1AL3A 4NTLA 4KFQA 1ZIUA 2XXXA 4G77A 4YB7A 1LAHE 2D21A 3O6PA 1FCKA 1LAFE 1A55A 2DWAA 3EPEA 1WDNA 1M5BA 4THIA 3RLFE 1PB7A 2DOJA 1HSLA 2DYXA 4NF4B 1QJMA 1MY1A 5AA2D 4EXLA 1A7LA 3IOVA 2B3BA 4G8NA 1I6QA 4PE5B 5CM6A 2XXHA 4GXSB 3IB2A 3EN3A 4GXAA 3M8UA 1Y1MA 4OEUA 4ISUA 5AA4B 1SI1A 1XVYA 2F7BA 3VVFA 5A5XA 2ZNTA 3U93A 2Q89A 3H6TA 3JV9A 1MDQA 3IOTA 1A8EA 3KSJA 3SEUA 4GOTA 1PEBA 1M5EA 3FV2A 3G3GA 2V84A 2G29A 4YB5A 4U4XA 3N5LA 1IITA 1B05A 3HPIA 1H76A 5L9MA 4Z0IA 1B7HA 1MM7A 1LBCA 1UTHA 3H6VA 5H8QB 3MBPA 1QVSA 4FATA 3W15C 2FNCA 4EQ9A 4ZEFA 1URDA 2Z23A 1FQCA 2XXYA 1H3DA 4PFWA 4BDNA 3FVNA 3O28A 5DVFA 1LFIA 5ELVA 4YU0A 1MQGA 3GBBA 1LAGE 1P1QA 5DT6A 1FTOA 3SEXA 3PUYE 4RK9A 2HAUA 4YMBA 3S4UA 3IOWA 4PFYA 3UN6A 5ISUA 3DM0A 3MVYA 5I2NA 4ELOA 1L5TA 2RCAA 1B5HA 2Q2AA 4M4GA 1QKAA 2VGQA 1NH7A 3T22A 4YAHX 3M3KA 1AIVA 4FE8A 3CFZA 2GRVA 3W9WA 4F18A 4X9TA 4G8MA 1CE2A 3OEKA 5AE4A 3SKPA 3GBAA 3LSXA 1B58A 3TTLA 4QRZA 3OO8A 3M3FA 4Z7EA 3C33A 3PUWE 3ILTB 1JW1A 1DSNA 3FXQA 1GGGA 3K6XA 2RINA 4Q30B 1Y4TA 3FD3A 5KCJB 5CBRA 3B6TA 4YKPA 3PPNA 4YKKA 3RQTA 2ONSA 3R6UA 3CG1A 4ZZAA 3IOUA 4QFLA 3FATA 3TUSA 2ZNSA 4O3BA 4UA8A 4FEDA 1LCTA 1DOTA 4H8JA 2NXOA 4GQOA 1I6AA 1Q35A 1S7YA 2YLNA 1TT1A 2GHBA 2ZNUA 4R6KA 4RPNA 3VLUA 4XKRA 3OMBA 1N84A 1XVXA 3G7WA 3KSXA 5TP9B 1M5FA 1B0HA 2BJJX 3HV1A 1SW1A 2REJA 4KHZE 2F35A 1MXYA 2AIXA 3C31A 1R9QA 4X48A 3VLWA 1NNKA 3TFLA 4R73A 2O51A 4KPTA 1IZ1A 1O64A 3CRBA 2RC7A 4YKIA 3IL1B 2NWJA 3ECRA 2O84X 3OELA 3SERA 1P1UA 4F39A 2IEEA 2PVUA 4OESA 4IGRA 3K01A 1DTZA 2NOOA 4R6YA 4M1VA 5AA2B 2VHAA 1USYE 5DEXB 1LLSA 2I48A 1YCJA 2W7YA 1MXUA 1LBBA 4ESWA 4ECFA 4QHQA 2ABHA 3Q29A 3RNNA 1JEUA 1Q1KA 3TQWA 3IK6B 3PPQA 4U21A 3ZKLA 1B7UA 3BKIB 4DCYA 4GLIA 2ZYMA 2O7IA 5L9OA 1LB9A 4F31B 4N6PA 5K2XA 3RYAA 2Y7KA 3IB0A 3KOTA 2PYYA 1OQGA 1FTLA 1B32A 1OVBA 3DRHA 2VD3A 3G3HA 5KDTB 1EH3A 4NF6A 3MZBA 3UK4A 3S9MC 5I58B 1TFDA 3HHGA 2UYEA 1JVXA 4MH5A 1MQIA 3RGYA 1POY1 4LA9A 3KBRA 2DVZA 2UVIA 2B3FA 4RYAA 4DDDA 4QFPA 2XXWA 4IO7A 4R9FA 4OZ9A 3JZJA 3DRIA 1SYIA 3FGSA 3TELA 5H8QA 1FW0A 1HSJA 2AL4A 1MY2A 4GL8A 1Y3PA 5JK4A 5H8HB 1P1NA 2XXVA 5TPAB 4POXA 3K1NA 4H6DA 4IO5A 4QFKA 4AQ4A 3RN8A 5JTYB 1N3WA 2OZZA 3K02A 4GRKA 1A99A 3E3KA 2OCUA 1EZPA 1PC3A 2UVJA 2UVHA 3THIA 4XKQA 2HCAA 1Y20A 3U92A 4QSDA 5CMMA 1SD3A 1USYH 3FVGA 1BTJA 4BDLA 4I62A 1LSTA 1AMFA 2UYFA 4WEPA 3KFMA 4EUOA 1T0KA 2OWTA 3L6GA 3C4MA 3KN7A 2DE3A 1B1HA 4OFJA 1JNFA 1UIUA 1TFAA 3C35A 2DWHA 4WEDA 3OOAA 1S9TA 4PQJA 3G3IA 3UGWA 4OWDA 2X7QA 2KLFA 1SW2A 1BP5A 4FEBA 5FHOA 2Z8DA 3TKDA 3B6QA 5F7VA 4OYVA 4I9DA 3TMGA 4KQPA 2I3WA 2I6EA 3PD8A 2V93A 3Q28A 4LONB 2P1SA 4OXVA 4ZZEA 2D5WA 4XIGQ 3CFLA 4DE8A 2DWJA 4ZEIA 1MH3A 4NE4A 4Q5TA 3RY3A 3OO6A 3IJOB 3FJMA 2OJTA 1DMBA 3FTOA 4IO4A 2I0BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HEUA 2PCRA 3EF7A 4QSCA 4MLQA 3BFTA 4N81A 5L8DA 4WXJA 4U1ZA 3IJXB 4IO2A 1XI6A 1B5IA 3K00A 2PT2A 4P0GA 4DLDA 3FXUA 2HFBA 3HO7A 4O7MA 3TZAA 2HXWA 2I4CA 3RUMA 4N6KA 3IX1A 2XXRA 4C1UA 3FJ7A 3CVGA 3VDFA 5EYFA 3T9VA 1MY0A 3PUXE 3MVWA 3OEMA 2WOLA 3ZSFA 2F36A 4BDOA 2GH9A 1LBWA 1NV1A 1XS5A 5BWJA 3I6VA 1B51A 5EHSA 1K9ZA 5I56A 2RC8A 2O68A 2OK2A 2QS1A 3GLBA 4PBHA 3TODA 5JEIA 2VD2A 5CBSA 1M5DA 1MXWA 5ESYA 2HQ0A 3TCHA 5DEXA 1LCFA 2XD2A 1FQEA 2O1MA 5K2YA 4OENA 5H8NA 5I2KA 4FECA 2QS3A 5KZTA 1NI9A 1H43A 4X04A 4PAIA 1FPIA 1B3HA 5TU0A 4QXDA 3C36A 4OFLA 3UIFA 2YPNA 3CSGA 2WBDA 2DP8A 1G0HA 4TOZA 1NH8A 4MF3A 2Y7RA 2ZYOA 1UIVA 4LQ5A 1MDP1 2B65A 3VXCA 2H5YA 3K2DA 4YICA 1SYHA 1KA0A 2F6PA 4AS5A 2I4BA 4ELPA 5FTHA 1WODA 3UORA 4IB2A 2ZYNA 2I3VA 3ZKKA 2B4MA 1VDWA 1MQJA 4JB7A 4HE0A 4MEVA 3T66A 5KDTA 1QUIA 1URSA 4KR5A 4DXBA 4YZZA 2A5SA 4HS7A 3QK6A 3N26A 1UTBA 4R6HA 4MIJA 1CB6A 5LTCA 3T93B 2F8DA 2DSFA 1CNQA 1PBQA 2V4CA 5LOMA 2Y7WA 3KEIA 3U8QA 1B3GA 4NF5B 3PMVA 4I40A 3FVKA 4OVRA 3SEVA 3O6IA 2QS2A 1QGXA 5ITPA 2B4LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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