4GF8A

Crystal structure of the chitin oligasaccharide binding protein
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
528
structure length
528
Chain Sequence
RSELTIVPDFYPTMVRNFNPYLATNLRTTTDFIYEPLVVFNEMKGNTPVFRLAESYKMADDLMSVTFDIRKGVKWSDGEAFTADDVVYSFGLLKAKPELDQRGINKWVTSVEKVDEYKVRFRLSEANSNVPYEISLIPIVAEHVWKDVKDPTTFTNENPVGTGPFTVIDTFTPQLYIQCRNPNYWDAANLEVDCLRVPQIANNDQLLGKIVNSELDWTSSFVPDIDRTYAAANPNHHYWYPAAGTQAFMVNFKNPDPAKKEALDNVDFRRAFSMALDRQTIIDIAFYGSGTVNDFASGLGYAFEAWSDEATHKKYKGFNTYDVEGSKKLLAKAGFKDVNGDGFVETPSGKSFELLIQSPNGWTDFNNTVQLAVEQLQEVGIKAKARTPEFAVYNQAMLEGTYDVAYTNYFHGADPFTYWNSGYNSALQSGDGMPRFAMHYFTDKKLDGLLDSFYKTADKNEQLAIAHGIQKIIAENQVTIPVMSGAWMYQYNTTRFTGWWSEENPKGRPSVWAGIPERLLHVLDLKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Chitin catabolic cascade in the marine bacterium Vibrio cholerae: properties, structure and functions of a periplasmic chitooligosaccharide binding protein (CBP)
rcsb
molecule keywords Peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Vibrio cholerae o1
total genus 175
structure length 528
sequence length 528
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4gf8A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gf8A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4gf8A02
3PU5A 4N07A 2F78A 4RY1A 1R1NA 4F39A 1R9QA 4R73A 4LVQA 3I5OA 4OXVA 5CRYA 2XD3A 3R6UA 4ELPA 4FAJA 3VLVA 5FHNA 2Q2CA 4NF4A 3KN3A 1M5BA 1UIUA 3GXAA 2O69A 1LFHA 1AH5A 3ODBA 4E0WA 4BDRA 1LFIA 4EXLA 1PB7A 3R26A 1MG1A 5H8QB 1P1QA 2YJPA 4PP0A 3K1NA 5DYHA 2GRVA 2ONRA 1QUKA 4OYVA 4NF4B 2QL3A 2Q8JA 1YTVA 1AOVA 1O63A 2O7IA 2FYIA 1MRPA 5L9MA 1B5JA 1GGGA 4OZ9A 4IO2A 4R2BA 1B3HA 1LAGE 2THIA 5CM6A 4O3BA 2DVCA 3A3UA 3S9MC 4G68A 3OO6A 3V83A 1DPPA 3PPOA 3SETA 3B7DA 3MC2A 2VP1A 1YPNA 3B6WA 2ONSA 1D9VA 3MZ1A 2B4MA 2XXWA 2HXWA 3S9LC 1OIBA 1H3DA 2REGA 4EF1A 3IOUA 4QSEA 5JK4A 3ONMA 3DM0A 1UTBB 2QMXA 4RJZA 2I6EA 3MPLA 3RPWA 4GIZA 4JWXA 1MQIA 4G68B 3TCGA 4U1OA 3W9VA 1M5DA 4LA9A 5BUUA 5J1DA 3UIFA 4QFKA 3M3LA 3B6QA 1IXHA 1DTGA 4G68C 1H43A 3MAMA 5H8HA 2QS2A 4KI0E 4X9TA 3VVFA 1GTKA 5AA2D 1B9JA 3IORA 1XVYA 3JZJA 2BJJX 4QRZA 4EDPA 5KDTA 1ZKBA 1B52A 1MDP1 2Y7IA 1I6BA 1Y20A 3MVYA 3W9WA 1RKMA 3MVZA 3TTKA 3O6IA 3ZS6A 3BFTA 3P7IA 1ELJA 4GD5A 3CVGA 1SYHA 4F3SA 5I58B 1IXCA 4K3FA 3T93B 1TXFA 3TEPA 1A99A 3LVUA 5KDTB 3TUSA 3SDFA 4ONYA 1DPEA 3SEVA 3IO4A 4YMAA 4ND9A 4IGTA 4NF8A 3O28A 4GL0A 2B4LA 3FXUA 4F29A 3K6XA 3PD8A 4DCYA 3KOSA 2UVGA 1LFGA 3RQTA 4PFTA 4HCYA 1MXWA 2I3WA 4OETA 2DWHA 3OEMA 3QUFA 3H6WA 1MPBA 1IXGA 4AB6A 3DRGA 1B40A 1Z7NE 4RA1A 5K2XA 4DCXA 1YCJA 4ZE8A 1B0LA 3O29A 1EZOA 2QS1A 4IO5A 2I0BA 2Y7RA 3H6VA 5CMMA 1URDA 3OO9A 3H3GA 1MQDA 3VV5A 3OD7A 1ZTYA 3Q28A 2WOLA 4EQ7A 1SBPA 5H8SA 4UACA 1ATGA 1QW0A 2ABHA 3MZBA 2VD2A 4ELRA 3MP1A 3TTLA 1SW4A 2YPNA 1OQGA 1XT8A 2VGQA 2G93A 1Y3NA 4ECFA 3HHFA 1IITA 1YAEA 3MZ9A 3O9PA 3IO6A 4YB6A 4PFUA 1MQHA 2H98A 4JXIA 3D4CA 4LQ2A 1D4NA 2DSFA 2I4BA 4YB7A 1MXVA 1FCKA 1H44A 2O68A 3CR9A 1IXIA 1BIYA 5I2KB 3OEKA 2HZLA 2E0SA 3QK6A 5KCJB 4THIA 5DVIA 2RCBA 4H67A 4YMBA 4OFJA 2IA4A 2XX7A 5L9SA 3CG3A 1MDQA 1JEVA 1EH3A 3T66A 2Z8EA 5TPAB 3G3FA 1LCFA 4KR5A 2Q2AA 4R6HA 2ZMBA 1IIWA 3K00A 3VLUA 1D9YA 2A5SA 3TMGA 1RYOA 2HQ0A 3CIJA 3IB2A 4POXA 2V3QA 4MH5A 4EUOA 3UP9A 5CC2A 4IO6A 5IKBA 3RTWB 4FATA 4F31B 2R9JA 4DIGA 4H65A 1DTZA 4QFLA 3I6VA 5JEIA 1H76A 1FTKA 3IR1A 3N6UA 4I1DA 2ALUA 1B3EA 1SW5A 1HSJA 1MY2A 1P1WA 5B7DA 1FQAA 1B7HA 4XIGQ 1OVTA 1SW2A 1MPDA 3LSLA 3MUQA 3G3HA 3G3JA 2XXXA 4AB5A 1EZPA 5AE4A 1M5CA 5L9OA 3I3VA 3KZGA 4RK9A 2QS3A 4ESWA 1L5TA 1JNFA 3DRIA 3V5AA 3BFUA 3TFLA 3LSWA 3VVEA 2DWAA 4TLLB 3DP4A 2P0SA 3B6TA 4OERA 1TFDA 3K1PA 1O64A 4PFYA 1SD3A 4FEDA 4R72A 3FVNA 3OENA 3RT6B 4MF3A 3ZKKA 4OQOA 4PQJA 4F3BA 4TLMB 1NH7A 1EZ9A 5F7VA 3GBBA 5FTIA 3HO7A 3S2VA 2ZYOA 3MPKA 3L6GA 3CRBA 1B7UA 3MVXA 4PETA 4GVOA 2I48A 3QXMA 4M4GA 2GH9A 4NEDA 3CSGA 4H5FA 4C1UA 5H8NB 2A5TB 5ITOA 3PUWE 3T9VA 2I58A 2XXHA 4X48A 3E13X 3PUYE 1QJMA 4FE8A 1FQFA 2Y7KA 3K0VA 3JV9A 1ZJLA 1LAHE 3LC8A 1BTJA 2NXOA 1B2HA 2ZYNA 4F19A 1NNPA 4P0GA 3KJTA 3H06B 4OEVA 4R6YA 5DT6A 4LZ5A 1A40A 2O51A 2V3UA 1B3LA 1Y9UA 4U4XA 3O2AA 1JW5A 1OLCA 3IX1A 5EYFA 5I57A 2XXQA 5TP9B 5TU0A 1AMFA 1NFTA 5L8DA 4QSDA 1I69A 5I56A 4Z0IA 4GOTA 4WEPA 1CE2A 4LUBA 3TTNA 4UA8A 3TDJA 3LR1A 4ZE9A 1LAXA 1PBQA 2F35A 4MBPA 5I57B 2Q89A 1JW1A 1NNTA 1JVXA 2XHDA 4H5GA 3U94A 5I56B 5I59A 3IB0A 4ESXA 3GZGA 4QHQA 1NKXA 4U22A 3T9XB 2GHAA 2Q88A 3Q27A 2DE2A 2H99A 4C1TA 2UVJA 2D5WA 1MQGA 4NWCA 2RKMA 1PB9A 3SEYA 4YB5A 3HN0A 3BBRA 3DRFA 2Z22A 3UGWA 3CFXA 4I8CA 1OLAA 5I59B 1B3GA 3IOTA 4MLQA 1N7WA 3MW0A 4JBZA 1IEJA 2F6PA 4FIMA 3PAMA 1URGA 3IAZA 4DE8A 4DZ1A 1PC3A 4O3CA 3LUYA 1QKBA 3THIA 1XVXA 1SQYA 4JWYA 1Z7ME 4U23A 3RLFE 4C0RA 4KHZE 4H6DA 3QIMA 1S7YA 2F5XA 1MY0A 1IUDA 4KYEA 4DLDA 2QSXA 4G77A 2NWJA 2F7AA 4Q8RA 4U21A 1IQ7A 2ESNA 3PMXA 3KGCA 3K6VA 5H8HB 1LBBA 4F1UA 4IY5A 3DLNA 3TODA 4H0WA 4NF6A 5AA3A 4WKMA 3DRKA 3CI8A 1Y3QA 2H5YA 3FVOA 2W7YA 4ZS9A 2I49A 3V8XB 4JDFA 3TKDA 4Q5TA 3IJOB 4FECA 3PPQA 3KG2A 1S9TA 1POTA 3VLWA 3FXRA 2E1SA 1QUJA 1XS5A 2REJA 3IOVA 2QRYA 2HCAA 5FHMA 5ICTA 5CBRA 1SVXB 3FD3A 3DELB 4LATA 5ICQA 4LZ7A 4NF6B 1PB8A 5AA1A 2F36A 4XTCQ 3PUVE 1RYXA 5DEXA 3EHTA 2XXVA 3FIRA 3FJ7A 3U1OA 3RUMA 2PBWA 4H8IA 4BDOA 3FJMA 2XD2A 4NF8B 4NWDA 2RF1A 1B05A 2ZNUA 1R9LA 2WOKA 4G8NA 1BLFA 3SEXA 3TCHA 1A8FA 1LLSA 1GR2A 5DEXB 2AIXA 1GV8A 5A5XA 1HSLA 3ZSFA 3OSQA 4FORA 2XX8A 4TQUQ 1R6ZA 4R9GA 3CG1A 3U93A 1NNKA 1A55A 1B0HA 1WODA 3FTOA 2ONKE 4LQ5A 4LONB 1NMUA 5EHSA 4POWA 3HV1A 2GFEA 4KCDA 4OESA 2PYYA 3O6PA 5A5XB 4QSCA 2CMOA 5H8FA 4EQBA 1MH4A 3PUXE 3N26A 3SEUA 2VOZA 4XKQA 1VFDA 3K6WA 1BKAA 5AA2A 3T96B 3FV2A 2X7QA 4R6KA 4GFRA 2F97A 4OEUA 3FUZA 3LSFB 2PX1A 5DVJA 4ZEDA 1OQHA 2HFBA 2HEUA 1AIVA 1T0KA 3TAJA 4DDDA 3LBSA 4IO4A 1A7LA 5M2VA 1M5FA 3E9XA 2RC9A 1QVSA 1BP5A 4TOZA 3KOTA 2XXYA 5CMBA 2PT1A 4LZ8A 5AA2B 3EHSA 4G8HA 3OELA 2Y84A 1US4A 2AL4A 2Z8DA 3EPEA 2P2AA 1N0TA 1MXXA 4Q0CA 5AA4A 3ILUB 1B4ZA 3RYBA 2DXYA 3K02A 3RGYA 3IB1A 1B46A 4LP2B 3O97A 4R9FA 2ZNSA 2O1LA 2D3IA 4RPOA 2AYSA 2HAUA 2RC8A 3UA8A 1USYH 5FHOA 2Q9TA 1B1XA 4MLVA 2ANJA 1XOCA 4HS7A 2V84A 3DRHA 3M3KA 4DXCA 4O3AA 4YKJA 1JETA 4HTGA 1J1NA 1WVJA 2DXRA 2R6GE 3IL1B 4GXSB 1DSNA 2DS9A 3SEWA 1DMBA 4XKPA 3FATA 4NTLA 3K01A 1HSEA 4F1VA 2GHBA 4YKPA 3C32A 4ZEBA 4KCCA 3M8UA 4I62A 4IB2A 1N84A 5DVFA 1B51A 2KLFA 4BDMA 2PVUA 4GRKA 3Q29A 1QULA 3FV1A 3KBRA 5F1QA 3MJNA 4E0XA 1FTLA 3PD9A 4ISUA 1JW4A 1NNFA 2G29A 2DP8A 4EXKA 4YKKA 4QFPA 3RY3A 4OFOA 4IO7A 4X1DA 1MXZA 3S4UA 2UVIA 1B1HA 1QUIA 1SDXA 3VVDA 3G3KA 1POY1 2DWIA 4QFNA 1MY1A 2NVUB 1FQBA 2OLBA 2OCUA 2B65A 1B5IA 1QKAA 3C36A 2OWSA 1D3KA 2UYEA 3C31A 1LB9A 4GQOA 4EQ9A 3IOWA 4RK2A 4BDQA 3KFMA 2DVZA 3VXBA 1PDAA 2DQVA 1CB6A 5BWJA 3S9NC 3IJXB 4KYDA 2I4CA 2P1SA 3N5LA 3TTRA 4GLIA 3VDFA 3FXQA 3D4GA 2OZZA 3JYRA 2AL5A 4M1VA 4YKIA 5H8QA 3G7WA 2NUVA 3MQ9A 1LAFE 3H03A 1B7ZA 5B70A 1FW0A 3PPNA 2QPQA 3HCQA 4ZEKA 3PV0E 4P11A 2V93A 3A3CA 2B3FA 2D21A 4KQPA 1A54A 4HCWA 1FTJA 1JVYA 4OVJA 4N13A 2QJEA 4KFQA 3S9EA 1B4HA 4ZECA 2HAVA 2X26A 5ITPA 1TWYA 3ILTB 1P99A 1ZIUA 3KJ7A 2YLNA 2O84X 4U1ZA 4U4SA 1NH8A 4X1BA 3F11A 5HM4B 4QFOA 5DTBA 3C4MA 4YAHX 3TELA 1UTBA 4MFIA 2ZXTA 2X7PA 3KN8A 4YICA 1FQEA 1MY4A 4F3PA 3CSBA 5CMCA 4U2RA 1VR5A 3UORA 1N3WA 4YZZA 2XXUA 3LSXA 1B3FA 2RCAA 1UIVA 4OWDA 4IY6A 4ZDMA 1P1OA 2XXTA 2ZNTA 1MM7A 4FJPA 2RC7A 4WXJA 4QF9A 5JTYA 3FASA 3H4ZA 3QSLA 4RPNA 3K1MA 3OOAA 4OMBA 3TQWA 1JQFA 1PBPA 3EHUA 2Y7PA 3G3GA 4XKNA 1USYE 3OO7A 3QAXA 5JTYB 2F7BA 4EF2A 1LCTA 4Q30B 5CI5A 4ZEIA 3R7XA 1MQJA 3E4RA 4F18A 1OVBA 1FTOA 5I58A 4BDNA 1SI1A 1B5HA 3RT8A 2FNCA 2QS4A 4ZZEA 3DP8A 1KWHA 2RINA 3W15C 2DOJA 2VD3A 3DRJA 2V3TA 3N6TA 1EU8A 2DYXA 4F1YA 3UK4A 2O6AA 3M3FA 5FTHA 3K6UA 4NF5A 3T9HB 2B3BA 1MXUA 2H4IA 4HW8A 1B32A 1US5A 4N6PA 4I9DA 3U8QA 3OO8A 4R74A 2DE3A 2DE4A 2Z8FA 1NL5A 1PEBA 1F9BA 1N7XA 5IAIA 4PFWA 3G3IA 3MBPA 3OMBA 1M5EA 3O6HA 4BLAA 1I6AA 2UVHA 3FVGA 3PMWA 1MH3A 5LOMA 4NF5B 4IO3A 1ZLQA 3E3KA 5CMKA 1P1NA 1UQWA 5ELVA 2IEEA 3SKPA 3TTMA 2XXRA 3EF7A 3ZKLA 3FZVA 1A8EA 4R75A 4KD5A 3QUJA 1H45A 1SYIA 2XX9A 2ZYMA 3OXNA 3RYAA 1GVCA 3MP6A 1S50A 4GF8A 3WAFA 2V25A 4F2OA 4F3GA 3TQLA 1IZ1A 3FGSA 3O66A 3H6UA 3GBAA 3T9UA 3WAEA 1VE4A 2O1MA 3QYTA 3C33A 4XKRA 1WDNA 1Y3PA 1SW1A 3TPAA 5K2YA 5I2KA 4R2FA 5KCJA 5KZTA 3RN8A 4ELQA 3C34A 4DXUA 4ZZAA 5CBSA 2XXPA 1FQCA 2WKYA 1ZU0A 2F6GA 2Z23A 3N94A 4P0IA 3GLBA 3KSXA 1MXYA 3RNNA 2LAOA 5TPAA 4ELOA 3MVWA 2FA7A 2OJTA 3PMVA 1URSA 3TCFA 2I3VA 5EHMA 2F34A 2XXIA 5H8FB 4RYAA 3L6HA 1MPCA 1XHYA 4F2QA 1FQDA 3SERA 3SESA 4NMYA 1ANFA 2VHAA 1MS7A 1B58A 5ISUA 4XXUA 3IK6B 4IGRA 4WEDA 1II5A 1Q35A 1XC1A 1LB8A 4DXBA 1Y1ZA 4FEBA 4RXLA 3VE1B 3HPIA 3U72A 4JWOA 2R71A 5I2NA 1FTMA 3TYHA 2F7CA 1Y1MA 3C35A 1MY3A 3K4UA 4GXAA 3RTFB 4RNSA 2OK2A 3VFJA 1AL3A 2UXAA 2Y7WA 4YU0A 1MM6A 1P1UA 2DWJA 5AA4B 3KEIA 3A09A 4ZEFA 3OSRA 3EQ1A 3PPRA 4OENA 3USDA 3BKIB 3Q26A 5I2NB 3Q25A 2I0CA 3C9HA 1Y4TA 2F8DA 2H9BA 4OFLA 4BDLA 2PMSA 1UTHA 2NOOA 2UYFA 1N76A 1LGBC 3TZAA 4F22A 3ECRA 3CHGA 2OBGA 2OWTA 3CFZA 2ZYKA 2QMWA 4KYSA 4G8MA 4H8JA 1I6QA 4JB7A 3U92A 2WOPA 1UTHB 1ZBMA 3MP8A 4JSDA 4NE4A 2M8CA 1VFEA 1N04A 3VXCA 3EN3A 5I84A 4AQ4A 3PPPA 2H25A 3UN6A 4G4PA 2HZKA 4G2ZA 4KPTA 5H8NA 2A5TA 4PE5B 1DOTA 3HSTA 3HHGA 3T22A 3PGFA 1LSTA 1O7TA 4GWOA 3PUZE 4OTEA 3V89B 5HBCA 2O7UA 2PT2A 3H6TA 1Q1KA 1Y4CA 3FJGA 1LBCA 1ZMGA 4Z7EA 3KSJA 3MWBA 4GL8A 2CZLA 3DP6A 5HPQA 1SI0A 1JEUA 1TT1A 3H7MA 1B6HA 1VSOA 3CFLA 4JSOA 3O6GA 1TFAA 3FVKA 4OHNA 1OMPA 3K2DA 1N3XA 4L17A 3KN7A 3AXFA 5TP9A 4H1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PU5A 4N07A 2F78A 4PGPA 4RY1A 3T0JA 1R1NA 4F39A 1R9QA 4R73A 4LVQA 3E79A 3I5OA 4OXVA 5CRYA 3RPLB 2FIXA 2XD3A 3R6UA 4ELPA 4FAJA 3VLVA 5FHNA 2Q2CA 4NF4A 3KN3A 1M5BA 1UIUA 3GXAA 4GX4A 3QMFA 2O69A 1LFHA 1AH5A 3ODBA 4E0WA 4BDRA 1LFIA 4GWZA 4EXLA 1PB7A 3R26A 1MG1A 5H8QB 1P1QA 2YJPA 4PP0A 3K1NA 4N6KA 5DYHA 2GRVA 2ONRA 1QUKA 4OYVA 4NF4B 2QL3A 2Q8JA 1YTVA 1AOVA 1O63A 1FBGA 2O7IA 2FYIA 1MRPA 5L9MA 1B5JA 1GGGA 4OZ9A 4IO2A 4R2BA 1B3HA 1LAGE 2THIA 5CM6A 2WBBA 4O3BA 2DVCA 3A3UA 3S9MC 4G68A 3OO6A 3V83A 4PFBA 1DPPA 3PPOA 4OA4A 3SETA 3B7DA 3MC2A 2VP1A 1YPNA 3B6WA 2ONSA 1D9VA 3MZ1A 2B4MA 2XXWA 2HXWA 3S9LC 1OIBA 1H3DA 2REGA 2XWVA 2ZZWA 3IOUA 4QSEA 4EF1A 5JK4A 3ONMA 3DM0A 5ET7A 1UTBB 2QMXA 1NV5A 4RJZA 2I6EA 3MPLA 3RPWA 4I3EA 4GIZA 4JWXA 1MQIA 4G68B 4O94A 3TCGA 4U1OA 3W9VA 1M5DA 4LA9A 5BUUA 1NUYA 4N15A 5J1DA 3FXBA 3UIFA 4QFKA 1BK4A 3M3LA 3B6QA 1IXHA 1DTGA 4G68C 1H43A 3MAMA 5H8HA 2QS2A 4KI0E 4X9TA 1D9QA 3B50A 3VVFA 1GTKA 2F3DA 4QXDA 5AA2D 4AS4A 1B9JA 3EKIA 3IORA 1XVYA 3JZJA 2BJJX 4QRZA 4EDPA 5KDTA 1YYZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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