4GF8A

Crystal structure of the chitin oligasaccharide binding protein
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
528
structure length
528
Chain Sequence
RSELTIVPDFYPTMVRNFNPYLATNLRTTTDFIYEPLVVFNEMKGNTPVFRLAESYKMADDLMSVTFDIRKGVKWSDGEAFTADDVVYSFGLLKAKPELDQRGINKWVTSVEKVDEYKVRFRLSEANSNVPYEISLIPIVAEHVWKDVKDPTTFTNENPVGTGPFTVIDTFTPQLYIQCRNPNYWDAANLEVDCLRVPQIANNDQLLGKIVNSELDWTSSFVPDIDRTYAAANPNHHYWYPAAGTQAFMVNFKNPDPAKKEALDNVDFRRAFSMALDRQTIIDIAFYGSGTVNDFASGLGYAFEAWSDEATHKKYKGFNTYDVEGSKKLLAKAGFKDVNGDGFVETPSGKSFELLIQSPNGWTDFNNTVQLAVEQLQEVGIKAKARTPEFAVYNQAMLEGTYDVAYTNYFHGADPFTYWNSGYNSALQSGDGMPRFAMHYFTDKKLDGLLDSFYKTADKNEQLAIAHGIQKIIAENQVTIPVMSGAWMYQYNTTRFTGWWSEENPKGRPSVWAGIPERLLHVLDLKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Chitin catabolic cascade in the marine bacterium Vibrio cholerae: properties, structure and functions of a periplasmic chitooligosaccharide binding protein (CBP)
rcsb
molecule keywords Peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Vibrio cholerae o1
total genus 175
structure length 528
sequence length 528
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4gf8A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gf8A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4gf8A02
1VE4A 5DEXA 1TFDA 1SW2A 1PC3A 1JEVA 4H65A 1OVTA 3PPRA 2DOJA 1MY2A 4LATA 3TYHA 1LFIA 1N7WA 3SERA 4HCYA 1MS7A 3QAXA 4PFWA 4LVQA 1AL3A 3H6UA 1MPDA 5I56B 4F39A 3D4CA 3PMVA 4GQOA 1IQ7A 3LSFB 1M5DA 1FQEA 4G68B 1VSOA 2ZYKA 4YU0A 3OD7A 4NF6A 2XX7A 4DE8A 2Z8EA 3DRIA 3RTFB 4GOTA 4ZDMA 3W15C 1GTKA 1GGGA 1PBQA 5DT6A 3UIFA 4ZECA 4FEBA 4ISUA 2DWAA 2NOOA 2XXXA 2F7CA 1FTLA 1B40A 3TUSA 5ICTA 1JNFA 2ZYNA 4LZ5A 3IJOB 5CBSA 5IKBA 1SYIA 4G2ZA 1MY3A 1H3DA 1D3KA 2QS1A 1WVJA 3FJGA 4ELRA 4GL8A 2VD3A 3G7WA 1F9BA 3PPOA 3IX1A 3O6IA 1N04A 1TWYA 1XVYA 3LVUA 1Z7NE 3RT8A 2DP8A 3O97A 4DLDA 1NNFA 1YCJA 2O84X 4XKRA 4NWDA 5CRYA 1LCFA 3SEVA 4LA9A 1P1OA 3BKIB 3THIA 1ZTYA 1B3HA 3RN8A 2DE4A 3FXRA 5FHMA 4NF8A 4JBZA 1Z7ME 3O2AA 2XXPA 4PETA 1ZU0A 5I59B 1S50A 2CZLA 4Q8RA 4F22A 4IO2A 4DXBA 1AIVA 2I0BA 1Y3NA 1SQYA 5KDTB 2H5YA 2O7UA 2Q88A 2HAVA 4ZE8A 3T9XB 4Q0CA 2FA7A 4RPOA 3MP8A 2F97A 2H99A 1NKXA 2AIXA 3TCFA 3SDFA 1Y4CA 4R2FA 1DTGA 4PFUA 3S9LC 3OXNA 4H5GA 2UVHA 1B3EA 3S9NC 3U93A 3KJ7A 4YAHX 3MVWA 1MQIA 4IO5A 1BKAA 5I58B 3E3KA 2PYYA 4KYSA 3RYAA 2RC9A 4ND9A 3K00A 1LB8A 3U8QA 4X9TA 3O28A 3C33A 5JTYA 2VD2A 2VP1A 3GLBA 3HPIA 3ILTB 3SESA 2Y7PA 3CR9A 3PPQA 5H8QA 3UK4A 4NF4B 4KQPA 3MVYA 1I69A 1DPEA 4YKKA 1FTMA 3G3IA 1ZIUA 3DRJA 1B5JA 1MG1A 3HO7A 4OHNA 1NL5A 1QUKA 3H6WA 3G3JA 3FUZA 3CFZA 1EZPA 3TTNA 1O63A 3EN3A 4F2QA 3UGWA 4ZEKA 2R71A 2A5SA 1A8EA 3O29A 4WXJA 1M5FA 2DYXA 4OESA 1UTHB 2V3TA 3GBBA 4EF1A 4QHQA 4KPTA 2PX1A 5A5XB 2OK2A 4YB5A 1QVSA 3DRGA 3P7IA 1BTJA 3CG3A 1ANFA 1MH3A 1R9LA 3PD8A 2KLFA 4C0RA 3DRFA 4KYDA 1URSA 1PB7A 2P1SA 2ANJA 3I5OA 1EZ9A 5DVJA 2XXRA 2OBGA 4EF2A 3PD9A 1OVBA 1MY0A 3FJ7A 3RY3A 3TTRA 4BDNA 3M3KA 3KN7A 2YLNA 2BJJX 1JETA 4X48A 3CHGA 1UQWA 4X1BA 4QF9A 1MDP1 1USYH 2XD2A 3A3CA 1ZLQA 1MQJA 1B58A 2I3VA 1B05A 1D4NA 4UACA 3VFJA 3RYBA 3H7MA 2FYIA 2FNCA 1M5BA 2DS9A 5H8HB 4FATA 5LOMA 3HHGA 1LAFE 2Z22A 4H1XA 5ITOA 4K3FA 3IORA 4XIGQ 2QL3A 4QFPA 1LCTA 5I57A 3QIMA 4LQ2A 1US4A 3CVGA 3M3LA 1FQCA 1MH4A 2O1MA 1BP5A 2ONKE 5F7VA 2PT1A 1RYOA 3V83A 1YAEA 4FORA 4Q30B 3TDJA 1QULA 4EQBA 2I4BA 5TP9A 4Z0IA 4ECFA 3IK6B 4LP2B 3KFMA 4M1VA 3IB0A 4E0WA 5HPQA 4N07A 1P1UA 1FQBA 1ZMGA 3MQ9A 3OO6A 3Q29A 3PGFA 5I2KA 2Z8FA 2UYFA 3CSBA 4AB6A 4N13A 1MRPA 5BWJA 4GXSB 1AH5A 4OZ9A 4U1ZA 4YB6A 3WAEA 4XXUA 1SW1A 4QSDA 4YKPA 3S9EA 5CMBA 5TPAA 4IGTA 2DXYA 4P0IA 1B1HA 4ZEBA 3MBPA 1IZ1A 2QJEA 4O3BA 3OO9A 2F7AA 1LAHE 5CM6A 1IXHA 5L9OA 1SDXA 2Y7IA 5CMKA 4NF5B 4OEUA 2I4CA 1FCKA 1R1NA 1PEBA 3IOUA 2Q2AA 2VOZA 1IXIA 4G8HA 2DVZA 2HZLA 2F6PA 2XXVA 4GLIA 1O7TA 2HEUA 5L8DA 3DRKA 3SEXA 4C1TA 1JW4A 4F2OA 2AL4A 3FZVA 2VGQA 1YPNA 2E1SA 4H0WA 1LFGA 3LC8A 1B4HA 1B7ZA 3U94A 3MPKA 3O6HA 2DE2A 4IO7A 3TCHA 4EDPA 3A09A 3IAZA 3MZ1A 4RPNA 2PT2A 2XX8A 3ZKKA 1TFAA 4F19A 3R26A 2M8CA 1NH7A 3V89B 3LUYA 1Q1KA 4JWYA 1MPCA 2LAOA 2GH9A 2V3UA 2RF1A 3S9MC 2UVGA 4I8CA 1IEJA 5AE4A 2WKYA 3ZKLA 3OSRA 3KSXA 3H3GA 1XHYA 3EHUA 2V25A 1D9YA 4LZ7A 4HS7A 4IO6A 3T22A 3PUVE 4WEPA 5AA4A 3ILUB 2UXAA 1Y9UA 2YJPA 1SI0A 4LONB 2WOPA 2Y84A 1FW0A 2D21A 3QK6A 2OWSA 3K6UA 4I9DA 3R7XA 4F3GA 3S4UA 4P11A 5EHSA 3N6TA 3H03A 4MBPA 3Q27A 3N5LA 3C35A 3MAMA 3TAJA 3ZSFA 3PUZE 4U4SA 4KYEA 4BDLA 4G8MA 4OFOA 4GIZA 4O3AA 3W9VA 3FATA 4QSCA 2IEEA 3RQTA 3W9WA 1LAXA 3ONMA 3CSGA 2H25A 3C32A 2OZZA 4YMAA 4QFLA 3K0VA 4LQ5A 2P2AA 3IOWA 4ELOA 1R9QA 3G3KA 2B65A 3VLUA 1MQHA 1QUJA 1Q35A 2GRVA 5DEXB 1J1NA 1LSTA 4YMBA 4NWCA 2THIA 1RYXA 2XXWA 3KN3A 2REGA 3BFUA 2QMXA 2ESNA 1LLSA 3G3HA 5I2NA 3OEKA 3K1MA 2P0SA 3U92A 2OLBA 5K2YA 1ATGA 2O69A 3FGSA 4OFLA 2B3BA 2H9BA 2AL5A 3FV1A 4RXLA 4OWDA 1LBBA 2X7QA 3PU5A 2W7YA 3HHFA 1N3WA 3ECRA 4NF6B 3K6WA 1NNKA 4MLQA 4TQUQ 5I84A 3DP6A 5AA2A 1URDA 3LSWA 4AQ4A 2ONSA 2A5TA 4ZE9A 4R75A 1VFEA 5IAIA 1URGA 3EHTA 2I0CA 3D4GA 3PAMA 2F78A 4XKPA 3AXFA 3K2DA 5H8NA 1LGBC 3QXMA 4HTGA 2ABHA 3HV1A 1MQGA 3E4RA 3H4ZA 2O68A 5KCJA 2Y7KA 1QUIA 2ZNTA 1IIWA 2F36A 1ZKBA 2F8DA 5H8SA 4POWA 4WEDA 4R6YA 1S9TA 1GVCA 1XT8A 2ZNUA 2OJTA 3KOSA 1UTBA 1H43A 4GL0A 1EH3A 4DZ1A 4ESWA 4AB5A 4RK2A 4GRKA 2ZXTA 4IO4A 2V3QA 1IXCA 1I6BA 4GFRA 3VXBA 4RA1A 5ICQA 4BLAA 1B52A 1CE2A 4OVJA 3O9PA 4ZEFA 3O6PA 2UYEA 4ZEDA 4KFQA 4DXCA 1MXWA 4GXAA 2XXUA 3G3FA 3RLFE 3UA8A 3EPEA 2VHAA 3C31A 1AOVA 2R9JA 2ONRA 1UIUA 1POTA 3FJMA 4IGRA 4NF8B 3HN0A 3IB1A 4KD5A 3PPPA 5CBRA 1DMBA 1PBPA 4MFIA 5FHNA 1N84A 2HQ0A 1PB8A 1P1WA 3UP9A 1H44A 2ZYMA 4FJPA 3TQLA 4LUBA 4OTEA 4NE4A 1N7XA 2QS2A 2F34A 4NEDA 3C4MA 1NNPA 1MXUA 1LFHA 4THIA 4F31B 1Y1MA 3Q28A 1GV8A 4KR5A 3KBRA 5FHOA 4FEDA 4NMYA 4FAJA 2XXYA 5BUUA 5H8FA 3T96B 1B32A 4KHZE 1FTOA 3OO8A 2Q9TA 4PQJA 3MUQA 4GF8A 4PP0A 1QKBA 3RNNA 3CIJA 1B6HA 3QYTA 1XC1A 3TTKA 2Z23A 3TMGA 1N76A 3U1OA 1PB9A 5FTIA 2HXWA 3IOVA 3B6QA 3JYRA 1TXFA 3FASA 3DP4A 5JTYB 2WOKA 4G4PA 1B5HA 3RGYA 3N26A 2CMOA 3QUFA 1O64A 1B51A 3TODA 5H8QB 4OXVA 3I3VA 1B7UA 1EZOA 1MQDA 5AA3A 3MZBA 1DPPA 1JEUA 3T93B 4IO3A 4G77A 2XHDA 4Z7EA 4POXA 4H67A 2QRYA 2XXIA 1NH8A 1MXVA 1T0KA 4OERA 1MXYA 3CFLA 1ZBMA 5I56A 5CMCA 3MZ9A 3VE1B 2WOLA 5ELVA 1DSNA 4H5FA 4G68A 3U72A 1R6ZA 1Y4TA 2XXTA 2PMSA 1SVXB 4YZZA 2QSXA 1P1NA 1XVXA 2XXHA 4E0XA 4TLMB 3OOAA 1MXXA 4ESXA 5DVIA 3VV5A 3FV2A 1L5TA 4KCCA 4H6DA 2V84A 2ZNSA 2I6EA 3K1PA 3KJTA 1SW5A 5AA1A 4TLLB 4EQ9A 4YKIA 3H06B 3MPLA 2RC8A 3MWBA 3DLNA 2D5WA 1LBCA 3WAFA 1BIYA 3FVGA 2RKMA 3KZGA 1D9VA 3IJXB 4F29A 3GXAA 4JB7A 5ISUA 3KN8A 3V5AA 3DM0A 3PUYE 3GZGA 3OSQA 1H45A 4YICA 2IA4A 4RK9A 5JEIA 3L6HA 2Y7WA 3SEWA 5K2XA 1OMPA 3TCGA 2QS3A 1A40A 4FECA 4F1UA 1B0LA 3B7DA 4N6PA 3TTMA 3FTOA 4KI0E 3EHSA 4DCYA 1ELJA 4LZ8A 5DTBA 4RY1A 3BFTA 4MF3A 1A8FA 4FE8A 4WKMA 3PMXA 3FD3A 2NVUB 1MY4A 2AYSA 4M4GA 1B3FA 1BLFA 3MJNA 4QFOA 4R9GA 5I57B 3FVKA 2ALUA 1QW0A 5I59A 2Q8JA 4X1DA 3RUMA 3RT6B 1JQFA 2I49A 4H8JA 2DWHA 4GD5A 3C36A 2O1LA 1MXZA 5KDTA 2DWIA 4OETA 2Q89A 1POY1 3N94A 5TP9B 3T9HB 1I6AA 4O3CA 2V93A 2I3WA 3O6GA 1OQGA 1II5A 1B46A 4I1DA 5DYHA 1UIVA 2D3IA 4F1YA 1SD3A 3K02A 2ZYOA 4BDRA 4YKJA 3R6UA 3ODBA 1JVYA 4IY6A 1HSLA 3OMBA 3TTLA 5I2KB 5I58A 4XKQA 4XKNA 3K4UA 1FQAA 1WDNA 4U21A 1B2HA 1MY1A 1VFDA 2G93A 2X26A 3PUXE 1MPBA 2RCBA 3TQWA 1VR5A 3FVOA 4QFKA 1H76A 4NF4A 5TPAB 3N6UA 3TPAA 5CC2A 1FTJA 3IB2A 1SBPA 2UVJA 4U22A 1S7YA 4BDQA 1XS5A 4JWXA 4U2RA 2O51A 4ZEIA 1KWHA 2I58A 3S2VA 3VXCA 4BDMA 3HSTA 1B1XA 4R72A 3IL1B 3I6VA 4GVOA 3OELA 4U4XA 1EU8A 4U23A 1UTHA 3MP1A 4JSOA 3Q25A 5ITPA 4JXIA 2B3FA 2F35A 5A5XA 4MH5A 2HCAA 4R6HA 3B6WA 1NMUA 4JDFA 3B6TA 3T66A 3KOTA 3LBSA 4C1UA 1N3XA 2O6AA 3VLWA 1FTKA 2NWJA 5JK4A 5KZTA 3LSLA 1N0TA 2G29A 3JV9A 1RKMA 3PPNA 2QPQA 3TKDA 4DXUA 4ELQA 5L9MA 2OCUA 4NTLA 3IO6A 3FVNA 1Y1ZA 1QJMA 3E9XA 5H8HA 1QKAA 4OMBA 5F1QA 4I62A 4F18A 3DRHA 1B0HA 2B4MA 4DIGA 4F3SA 1HSJA 2F7BA 3FIRA 3Q26A 5AA4B 4OENA 3CRBA 3IOTA 1NNTA 3K6VA 4G68C 4QFNA 3KSJA 3CI8A 1CB6A 2ZMBA 4R74A 4JWOA 1IITA 2Z8DA 2DWJA 1MM7A 4MLVA 1XOCA 2F6GA 4P0GA 5HBCA 4PFYA 2PVUA 1P1QA 2GHBA 1JVXA 1OLCA 3CFXA 3UORA 4UA8A 3MC2A 4ZZAA 4GWOA 1JW5A 2YPNA 2H98A 3SKPA 1PDAA 3SETA 3FXQA 3LR1A 4RNSA 2I48A 2HFBA 2OWTA 3H6VA 4EXLA 1FQDA 3F11A 3IO4A 1B4ZA 5FTHA 5TU0A 1SI1A 3L6GA 1OIBA 1DTZA 1LB9A 4ELPA 1Y3QA 4YB7A 3DELB 1MDQA 4FIMA 1B5IA 2Q2CA 3UN6A 3SEYA 1NFTA 5DVFA 5I2NB 1DOTA 3C34A 3PMWA 1A99A 4ZZEA 4OEVA 2UVIA 2X7PA 4RYAA 4NF5A 2DVCA 1Y20A 1OQHA 2XD3A 5EHMA 3KEIA 2RCAA 3PV0E 1YTVA 5AA2B 4EQ7A 2REJA 5AA2D 4KCDA 3MP6A 3K6XA 1M5CA 2A5TB 3MVXA 1B7HA 1US5A 1USYE 4JSDA 2R6GE 1B3GA 3RTWB 4F1VA 3PUWE 1Y3PA 4G8NA 4TOZA 1A55A 2XXQA 2PBWA 3QUJA 4Q5TA 3T9VA 5H8NB 1SW4A 2DSFA 3CG1A 3T9UA 3IR1A 3M8UA 3SEUA 1IUDA 5KCJB 4XTCQ 1B3LA 3C9HA 1P99A 2NXOA 5L9SA 2NUVA 5CMMA 3ZS6A 1UTBB 3KGCA 3A3UA 3VVFA 2E0SA 3TFLA 1LAGE 2F5XA 3OENA 1OLAA 1FQFA 4HW8A 4BDOA 3V8XB 4ONYA 4PE5B 3TZAA 3E13X 3MW0A 5EYFA 3VLVA 2QS4A 3FXUA 3TEPA 3LSXA 2QMWA 3OEMA 3HCQA 4H8IA 4IY5A 4R73A 2RC7A 2Y7RA 3BBRA 5CI5A 3M3FA 3G3GA 4HCWA 5B7DA 2DQVA 2DE3A 2HAUA 2RINA 4R6KA 1SYHA 3MVZA 3USDA 4OYVA 4R2BA 4F3BA 5HM4B 4ZS9A 2XX9A 1HSEA 5J1DA 4OQOA 1M5EA 1A7LA 2DXRA 3TELA 3EF7A 1TT1A 1JW1A 4U1OA 3VVDA 2GHAA 1A54A 3GBAA 4DDDA 2H4IA 3KG2A 2O7IA 3DP8A 1MM6A 4QSEA 5H8FB 3JZJA 3VVEA 4IB2A 3O66A 1IXGA 4DCXA 4EUOA 4RJZA 5B70A 3VDFA 3QSLA 4F3PA 3H6TA 4QRZA 3EQ1A 3RPWA 5M2VA 2B4LA 1I6QA 4EXKA 4L17A 1AMFA 1B9JA 1ZJLA 4OFJA 1GR2A 4R9FA 3K01A 3OO7A 2GFEA 2HZKA 4PFTA 3K1NA 1WODA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VE4A 5DEXA 1TFDA 1SW2A 1PC3A 1JEVA 4H65A 1OVTA 3PPRA 2DOJA 1MY2A 4LATA 3TYHA 1LFIA 1N7WA 3SERA 2BJIA 2MKZA 4HCYA 1MS7A 3QAXA 4PFWA 4LVQA 1AL3A 3H6UA 1MPDA 5I56B 4F39A 3D4CA 3PMVA 4GQOA 1IQ7A 3LSFB 1M5DA 1FQEA 4G68B 1VSOA 2ZYKA 1FSAA 4YU0A 3OD7A 4NF6A 2XX7A 2CEYA 4DE8A 1FBCA 4NQ8A 2Z8EA 4I40A 2WBBA 3DRIA 3RTFB 1IMEA 1NV6A 4GOTA 4ZDMA 3W15C 5ET7A 4GWYA 1GTKA 1LBWA 1GGGA 1PBQA 5DT6A 3UIFA 4ZECA 4FEBA 4ISUA 2DWAA 2NOOA 2XXXA 2F7CA 1FTLA 1B40A 3TUSA 5ICTA 3B8BA 1JNFA 2ZYNA 4LZ5A 3IJOB 5CBSA 5IKBA 1SYIA 4G2ZA 1MY3A 4HXVA 1H3DA 1D3KA 2QS1A 2HPGA 1WVJA 3FJGA 4ELRA 1RDYA 4GL8A 2VD3A 3G7WA 4N15A 1F9BA 3PPOA 3IX1A 3O6IA 1N04A 2XWOA 1TWYA 1XVYA 3LVUA 1Z7NE 3RT8A 4OVTA 1G0HA 2DP8A 3O97A 5ESYA 4DLDA 1NUYA 1NNFA 1YCJA 2O84X 4XKRA 4NWDA 5CRYA 1LCFA 1DCUA 3SEVA 4LA9A 1P1OA 2CZIA 3BKIB 3THIA 1ZTYA 1B3HA 3RN8A 2DE4A 3FXRA 5FHMA 4NF8A 4JBZA 1Z7ME 3O2AA 2XXPA 4PETA 1ZU0A 5I59B 1S50A 2CZLA 4Q8RA 1IMBA 1DBZA 5EYGA 4F22A 2HHMA 4IO2A 4DXBA 5IGAA 2ZZWA 1AIVA 2I0BA 1Y3NA 1SQYA 5KDTB 2H5YA 2O7UA 2L5VA 2Q88A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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