4GL8A

X-ray crystal structure of a periplasmic oligopeptide-binding protein/oligopeptide abc transporter(oppaiv) from borrelia burgdorferi
Total Genus 178
50100150200250300350400450050100150
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
KLVFKLNIGSEPATLDAQLINDTVGSGIVSQMFLGILDGDPRTGGYRPGLAKSWDISDDGVVYTFHLRDNLVWSDGVSITAEGIRKSYLRILDKETGSSFVNMIKSVIKNAEEYFDGKANESELGIKALDEKTLEITLKSPKPYFLDMLVHQTFIPVPMHVIEKYGQRWTDPENMVVSGPFKLKSRVLNEKVVLEKNNKYYNSKDVVLDSIIFFVTDNSITAYNMYLNDELDAIFKNVPPDLLKDLKLRDDYYSMGINSTSFYSLNMKVKPLDNVKVRKALSFAIDRKTLTESVLNDSSIPTRRATPDYIDYSYKSNLSLFDAEMAKKLLADAGYPNGNNFPLLKVKYNTSDSQRKIAEFIQNQWKKNLNINVQLENEEWSTYINSRVNGNYEIIRSGWSGDYADPMTFLSIFQTENTSFSSYGYSNSEYDELLIKSDNERDIFKRQEILKKAEAIIIERDFPAVFLNITSSSYLFRNDKWKGWEPNISERFNLSEIKPI
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Protein transport
source organism Borrelia burgdorferi b31
publication title X-ray crystal structure of a periplasmic oligopeptide-binding protein/Oligopeptide ABC transporter(OppAIV) from Borrelia burgdorferi
rcsb
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter OppAIV
total genus 178
structure length 500
sequence length 500
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4gl8A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gl8A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4gl8A02
1JETA 5H8SA 3IO6A 2H25A 1A7LA 2OWTA 3KJ7A 2DVCA 2P2AA 2Q2CA 1Y1ZA 3DRFA 4XKPA 2RINA 1B3LA 2DWAA 2RCAA 1QKAA 1B7HA 4XTCQ 2V3QA 3FJMA 1QW0A 4ESWA 3DRIA 1MDP1 5I2NB 3FASA 3CFLA 4NE4A 3A3UA 3GBBA 3S9MC 3H6TA 3UP9A 4R73A 4NWCA 2OJTA 3OXNA 3BKIB 1NH7A 4OETA 1MXZA 2NOOA 4GF8A 3MUQA 4QFLA 3Q28A 4KR5A 3UGWA 4AB5A 4JSDA 1UIUA 3D4GA 3G3HA 3LBSA 3M3LA 1SD3A 4F29A 1GTKA 1NNKA 1QJMA 5HPQA 2I3WA 2IEEA 2XXRA 3FXUA 1SI1A 3VXCA 3MWBA 3RYBA 3S9NC 3TCHA 3MAMA 5CM6A 1IZ1A 1ANFA 3IJXB 4HCYA 2V93A 4Q30B 1POY1 3OEKA 2F7AA 2ZYMA 4I9DA 3C9HA 3QYTA 4O3CA 5CBSA 5DEXA 1LB9A 4E0XA 2XXUA 4X1DA 3VLUA 3CG3A 2NXOA 2O6AA 3K02A 1Y1MA 3C35A 3U92A 3E9XA 3T9UA 1RYXA 3MVYA 1N3XA 2X7PA 3MC2A 3IX1A 3FV1A 1UIVA 4KYDA 2WKYA 2QSXA 4K3FA 1ZLQA 3GZGA 3G3GA 3QXMA 4M4GA 3R6UA 3I5OA 5IKBA 4LVQA 3H6UA 3K6XA 5L9OA 4OVJA 2WOPA 4IO3A 1LGBC 2NWJA 3PD8A 2I3VA 4GFRA 4GQOA 4OXVA 3T66A 4IGRA 3A09A 3OMBA 3MZBA 1YPNA 1JW5A 2XXWA 3RN8A 1QUKA 5I56A 4F1YA 4NF4B 1MY3A 3KSXA 4LP2B 4PFYA 3L6HA 5KDTB 3FXQA 2X7QA 3PD9A 2FNCA 4GL0A 2D3IA 2O68A 3T9VA 2PMSA 4DXCA 4F2OA 4H65A 2A5TA 3QIMA 5AE4A 4ZEBA 1GGGA 1P1OA 1EH3A 4GVOA 4BDLA 3VFJA 2D21A 3BFUA 4EXLA 4QHQA 3TMGA 3TKDA 3EQ1A 3KOTA 2F36A 2THIA 4H8IA 3M8UA 2A5SA 4H5FA 1ZMGA 3N26A 4IO4A 2V84A 1HSEA 2AYSA 4NF6A 1XC1A 4ZEIA 2YPNA 5CMBA 3TFLA 1UTHA 4POWA 5BWJA 2M8CA 3TTLA 1Z7NE 3AXFA 3FVOA 5DVJA 4NTLA 4DXBA 3UIFA 1GR2A 4ND9A 1UQWA 5ICTA 1B4ZA 2RF1A 4RPNA 3P7IA 2DQVA 4YB7A 4QSCA 4DZ1A 3RGYA 4NF8A 2I4BA 2DVZA 1OVBA 2H9BA 2O69A 3UK4A 1D3KA 3B6WA 3G3JA 3OEMA 5H8FB 2DWIA 4KI0E 5F7VA 1QVSA 2ABHA 1JNFA 1SYHA 4JDFA 4YMBA 4GRKA 5IAIA 4F2QA 1MQGA 2I4CA 1MXXA 1NNPA 2GH9A 3M3KA 1LLSA 3PUXE 3RTFB 3S9LC 4F3BA 3O28A 3IAZA 1B3EA 2BJJX 4MH5A 5KCJB 4F1VA 4IY6A 1PB9A 3PV0E 4KPTA 2HCAA 4TQUQ 1FQBA 1B3FA 4OWDA 1DTGA 4ONYA 2CMOA 1EZOA 3HSTA 3KZGA 3USDA 1M5DA 4JSOA 1N7WA 1SDXA 3RUMA 4XKRA 3OO7A 3LSWA 3K4UA 3SEWA 3IOVA 1IXCA 3PUYE 1P1QA 4U4SA 2XXYA 3DM0A 4FORA 3G7WA 3ZKKA 5AA3A 1KWHA 2Y7WA 4IO2A 4U22A 2I49A 2XXIA 2O1MA 3JZJA 4GD5A 1N04A 3FD3A 3RYAA 4PE5B 3CVGA 2ZYNA 1MXVA 4FATA 2UYEA 2DWJA 1A8EA 4Q8RA 2HEUA 4OERA 3IB0A 2ONRA 2O51A 4GXAA 4ZEDA 1N3WA 5I2NA 4G8NA 2UVJA 2UVHA 3TZAA 4HW8A 2REGA 5TP9B 1FQFA 2Z23A 4YICA 3S2VA 3LVUA 5F1QA 4JXIA 2ZYOA 2P1SA 4F3SA 1HSLA 1FQAA 1Y3QA 1IITA 3OO6A 4NF5B 3U8QA 2DXRA 5DVFA 1MXWA 3PMXA 4DLDA 4ELOA 4BLAA 2F7BA 2AL5A 1N76A 4JBZA 4YB5A 3LSXA 4GXSB 3R26A 3KJTA 3CRBA 4PFTA 4DIGA 4Q0CA 3FATA 3HN0A 2Z22A 1D4NA 2Y7IA 3G3KA 3TYHA 2YLNA 3TEPA 5CMCA 1WDNA 1FTOA 1PC3A 4U21A 2R6GE 4NWDA 2E1SA 2XXPA 1MQHA 1B7UA 3OSQA 1B9JA 5AA2B 5JK4A 1N0TA 3MW0A 2IA4A 3FTOA 1ZBMA 1B0LA 1AMFA 4U23A 3Q26A 1EZ9A 2F7CA 1BKAA 3VLVA 4EF1A 4G68B 5AA4B 3O6GA 4QFOA 5H8QB 4KYEA 1ATGA 3CSGA 3K01A 2Q88A 1B5JA 1LAXA 1JW1A 2Q8JA 3IOUA 4HCWA 1NKXA 4QSEA 5K2XA 1XT8A 3OELA 5ELVA 4WXJA 3MZ9A 3VVFA 1PB7A 2VD3A 3TTKA 1B3GA 3O6IA 1IUDA 4F1UA 2UYFA 2F6PA 4IB2A 3TDJA 3VE1B 3FIRA 3MVXA 3RPWA 4KHZE 1SW1A 1R9QA 5A5XA 1M5CA 3KSJA 2RC9A 1H45A 3BBRA 2H4IA 3OD7A 4H5GA 5H8HB 5B70A 4OFJA 4R9GA 3UA8A 1AOVA 1B52A 5M2VA 2DP8A 2DOJA 3GBAA 1MS7A 1XVXA 3QSLA 2GHBA 4BDQA 4WEDA 4QFNA 4RNSA 1A40A 4NF4A 4IO5A 4G8MA 2UXAA 1ZU0A 3B6TA 1SW4A 3U1OA 3Q27A 1IEJA 1PB8A 3ILUB 3W9VA 2I48A 4JWYA 1FTMA 1JQFA 5TU0A 2GFEA 4P0IA 4X9TA 2O1LA 1VFEA 2VD2A 2PBWA 1B1XA 2E0SA 3MP6A 4X48A 3B6QA 3UORA 4YZZA 3IORA 4F22A 1F9BA 1B46A 2QMXA 4NMYA 4FEBA 4MLVA 4IY5A 3DP4A 1MXYA 3PPQA 4ZE8A 1MQJA 2AIXA 3IB2A 1OQHA 1B58A 3H3GA 4RA1A 3LC8A 3HPIA 3H03A 4EUOA 2Q9TA 4YKPA 1ZJLA 2ALUA 3GXAA 2F5XA 3RT8A 4PQJA 2OLBA 4JB7A 2QPQA 3KEIA 4THIA 5I84A 2I0CA 4FJPA 3H4ZA 1NNTA 5JTYB 2O7IA 3TQWA 3FVNA 3TODA 1RKMA 4GL8A 4IGTA 3S9EA 1QUJA 2P0SA 1MPBA 1CE2A 4KYSA 5I2KB 4OHNA 4PETA 4YU0A 3KN3A 1MG1A 1Q35A 4R75A 4R6YA 2QMWA 4XKNA 3ECRA 3CI8A 3EHSA 5H8FA 4DDDA 3Q25A 2ZNUA 3VLWA 2OCUA 4EQBA 3HO7A 1UTBA 3H6WA 4KFQA 3TELA 1POTA 1R9LA 4C0RA 1H43A 1WVJA 4OQOA 3KOSA 2XXHA 4F3PA 2XXVA 2VHAA 2ZYKA 3SKPA 1B6HA 4M1VA 3PPNA 2B3BA 3Q29A 2NVUB 3HCQA 4LA9A 4EDPA 5BUUA 1XS5A 3FV2A 5KCJA 2D5WA 1BTJA 3TTMA 1N84A 4F3GA 3MZ1A 3MBPA 1DPPA 1NH8A 3KN7A 3N6TA 4ZDMA 1AH5A 5DEXB 4LZ5A 5JEIA 3OO9A 3K2DA 3I3VA 1SVXB 2UVGA 1VE4A 5DYHA 5LOMA 4N6PA 4H1XA 2ZNTA 4R72A 3OENA 1US4A 3OSRA 2H99A 3T9HB 3ONMA 1D9VA 3K6VA 3T22A 4TLMB 1O7TA 2XXXA 5I58B 5H8NB 1R6ZA 2VGQA 1JVYA 3KGCA 1NL5A 1TT1A 1AL3A 4UACA 1ELJA 3IOTA 4EXKA 3O6HA 1Y4CA 1YTVA 3VVDA 1MY1A 4OENA 1EZPA 4ECFA 3K0VA 2OWSA 5EHMA 3ZKLA 3V8XB 3O9PA 5TP9A 3A3CA 1TWYA 4BDMA 1MH4A 1SBPA 4R2FA 2V3TA 2XX7A 2X26A 3W15C 1LCFA 4NF5A 4Z7EA 4LQ2A 5DTBA 3T96B 4EQ9A 1LFIA 1YCJA 1ZIUA 5FHMA 1IIWA 4QFKA 4E0WA 5HM4B 5CMKA 3O97A 3FVGA 3FJGA 4ZECA 3E3KA 1GV8A 3DRGA 1LBCA 4EF2A 2XXTA 3PPOA 1CB6A 5AA2A 4KQPA 2DE3A 5TPAA 3PU5A 1Z7ME 3CIJA 3WAFA 4G77A 2F8DA 4G68A 5AA4A 4GLIA 2HAUA 4RPOA 2ANJA 2H98A 3KFMA 5H8QA 4U2RA 1PBQA 3MVWA 3TTRA 2Q2AA 2FA7A 4HTGA 1XHYA 3QUFA 1UTHB 1IXIA 4RJZA 3BFTA 3C31A 2ESNA 4TLLB 1AIVA 1MQDA 1QKBA 2O84X 2RCBA 3M3FA 3N94A 2PT1A 1QULA 3PAMA 4OTEA 5CRYA 1JEUA 1LFGA 2XD2A 4ESXA 1JEVA 3IOWA 3MPLA 3FJ7A 3G3IA 4ZEFA 4NF8B 3RY3A 5EYFA 4EQ7A 2F34A 5I59B 3K00A 5H8HA 3S4UA 3PPRA 4FIMA 1B5HA 3O29A 4LZ8A 1I6AA 2OK2A 2Y7KA 5L8DA 1FTJA 3OO8A 1L5TA 3U93A 1M5EA 2OZZA 1B4HA 3O2AA 3CFZA 1O63A 2PVUA 1II5A 2I0BA 4WKMA 2HXWA 2F97A 2CZLA 4G8HA 4ZZAA 3IR1A 4ZEKA 3SEYA 4L17A 3HHFA 4OYVA 2V3UA 3JYRA 2HZLA 5AA2D 3SEUA 4X1BA 3T9XB 4DCXA 1T0KA 1BP5A 1B05A 3SEVA 1TFAA 4QFPA 3D4CA 4XIGQ 4YMAA 4N07A 3LR1A 4R2BA 3R7XA 2WOKA 1VFDA 3IO4A 2QL3A 1M5FA 3WAEA 1B5IA 3KN8A 5FTHA 1DSNA 1B32A 3DRJA 3B7DA 4GIZA 1MDQA 3MPKA 1DTZA 1TXFA 2RC8A 3SEXA 2ONSA 2VP1A 3QUJA 4RY1A 4LATA 1Q1KA 5AA1A 3C33A 2HFBA 3PPPA 2ZNSA 3RTWB 3EN3A 3C34A 4ZS9A 1MPCA 3MVZA 3HV1A 4JWXA 2G93A 3HHGA 4ZE9A 4ZZEA 3SDFA 5JTYA 2GHAA 4AB6A 1S9TA 2Z8DA 1ZTYA 3LSFB 1XOCA 4FEDA 4DE8A 2XHDA 3RT6B 5I57B 5L9MA 5I2KA 4AQ4A 3H6VA 3O66A 4KCCA 3K1MA 2V25A 1OIBA 4U1OA 4ELRA 1MY0A 1EU8A 2WOLA 5KDTA 1HSJA 5FHNA 4G4PA 1Y3NA 1IXGA 3H7MA 4OEUA 2Y7PA 2DE2A 4MF3A 5K2YA 1A55A 5CBRA 4F31B 4WEPA 4IO7A 4OFLA 4XKQA 3DRHA 1O64A 1YAEA 2RC7A 2FYIA 1B1HA 2W7YA 3N5LA 3EPEA 1PDAA 4PFUA 1SW5A 3CR9A 3OOAA 4N13A 1OLAA 1M5BA 1SW2A 2F35A 3FUZA 4C1UA 3K6WA 5DT6A 1GVCA 3EHUA 3MJNA 1SQYA 3MP1A 1PEBA 4O3AA 3SESA 3C4MA 1SYIA 1Y3PA 5ICQA 1OLCA 1P1UA 2DXYA 3TTNA 2G29A 4BDRA 4R9FA 3CHGA 4R6HA 4YKKA 4OESA 1LFHA 4XXUA 5KZTA 5I58A 5H8NA 4KD5A 1LB8A 1LAGE 1FQEA 1B0HA 1MRPA 1NMUA 3VDFA 4OFOA 3TCFA 1I6BA 5A5XB 3QAXA 1FQDA 3U94A 3VXBA 3DRKA 4JWOA 3DELB 3DLNA 3V83A 3TQLA 2DSFA 1H44A 1WODA 4I8CA 3ZSFA 1S50A 1MM7A 5ITPA 2UVIA 1NFTA 3FVKA 4ELPA 4RK9A 2XXQA 4F19A 1US5A 1MY4A 3CFXA 3SERA 3PMVA 2B4LA 3ILTB 3PUWE 3TCGA 5ITOA 5HBCA 2R9JA 2ZXTA 4I1DA 1NNFA 1USYE 3TUSA 1RYOA 3DP6A 1R1NA 4F39A 1ZKBA 4QSDA 3U72A 3CG1A 1LSTA 4U4XA 1FCKA 2O7UA 2YJPA 1A54A 4POXA 2QJEA 4FE8A 4Q5TA 4PFWA 3H06B 2HAVA 3MQ9A 4QF9A 4OMBA 2PYYA 3IJOB 1MH3A 2Z8FA 1B40A 1B2HA 4OEVA 1I6QA 1IXHA 3TPAA 2Y84A 3RNNA 3ZS6A 4RYAA 1MM6A 1VSOA 3KG2A 4LZ7A 4Z0IA 3MP8A 3RLFE 2PX1A 3W9WA 4BDNA 2DWHA 1S7YA 3EHTA 1DOTA 2ONKE 3F11A 1LCTA 1XVYA 1Y20A 3LUYA 1BLFA 2VOZA 5FHOA 1FTKA 3FZVA 1PBPA 3G3FA 4G68C 5I59A 3KBRA 1OQGA 1J1NA 2DE4A 4P0GA 4QRZA 4BDOA 2HQ0A 5I56B 1A99A 4RK2A 1N7XA 2RKMA 4DXUA 4U1ZA 1H3DA 3IL1B 1URDA 4HS7A 1UTBB 3IK6B 4GOTA 4ELQA 4ISUA 3FGSA 5DVIA 3IB1A 4UA8A 2QS4A 5EHSA 3E13X 4KCDA 4OZ9A 5J1DA 3O6PA 3C32A 2A5TB 1IQ7A 2Q89A 3PMWA 1VR5A 4R74A 1DPEA 2B3FA 4RXLA 1P99A 4MLQA 4F18A 3C36A 3VVEA 3K6UA 3PGFA 4PP0A 2XX8A 3V89B 3I6VA 1JVXA 1QUIA 4GWOA 1TFDA 1MY2A 4R6KA 2DS9A 4NF6B 2HZKA 2Y7RA 3V5AA 3UN6A 1P1NA 3VV5A 3JV9A 1OMPA 2PT2A 3PUVE 4YKJA 1LBBA 3CSBA 5B7DA 2XD3A 1D9YA 3GLBA 2QS2A 4MBPA 2QS3A 3L6GA 1OVTA 1FTLA 4P11A 2F78A 5FTIA 2DYXA 4G2ZA 4LUBA 1SI0A 4YKIA 5CMMA 1LAFE 1Y4TA 2OBGA 2I6EA 1LAHE 3ODBA 3K1PA 2NUVA 1URSA 4FAJA 3EF7A 2ZMBA 1H76A 3K1NA 1I69A 2QRYA 2XX9A 4NEDA 3T93B 2REJA 4O3BA 1JW4A 4MFIA 4C1TA 4H6DA 2LAOA 1MXUA 2F6GA 2H5YA 1DMBA 1URGA 1B3HA 1MPDA 4I62A 3N6UA 5I57A 4H0WA 2GRVA 2QS1A 4LONB 4YB6A 2B4MA 1MQIA 3RQTA 2AL4A 3PUZE 4YAHX 5ISUA 1P1WA 3LSLA 3FXRA 5L9SA 3SETA 3TAJA 2Z8EA 3THIA 1BIYA 4H8JA 4IO6A 4DCYA 5CC2A 1A8FA 1FQCA 3QK6A 4LQ5A 1FW0A 4FECA 2R71A 4TOZA 3DP8A 2I58A 5CI5A 1USYH 2KLFA 1B51A 5TPAB 4H67A 2B65A 3E4RA 1Y9UA 1B7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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