4GL8A

X-ray crystal structure of a periplasmic oligopeptide-binding protein/oligopeptide abc transporter(oppaiv) from borrelia burgdorferi
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
KLVFKLNIGSEPATLDAQLINDTVGSGIVSQMFLGILDGDPRTGGYRPGLAKSWDISDDGVVYTFHLRDNLVWSDGVSITAEGIRKSYLRILDKETGSSFVNMIKSVIKNAEEYFDGKANESELGIKALDEKTLEITLKSPKPYFLDMLVHQTFIPVPMHVIEKYGQRWTDPENMVVSGPFKLKSRVLNEKVVLEKNNKYYNSKDVVLDSIIFFVTDNSITAYNMYLNDELDAIFKNVPPDLLKDLKLRDDYYSMGINSTSFYSLNMKVKPLDNVKVRKALSFAIDRKTLTESVLNDSSIPTRRATPDYIDYSYKSNLSLFDAEMAKKLLADAGYPNGNNFPLLKVKYNTSDSQRKIAEFIQNQWKKNLNINVQLENEEWSTYINSRVNGNYEIIRSGWSGDYADPMTFLSIFQTENTSFSSYGYSNSEYDELLIKSDNERDIFKRQEILKKAEAIIIERDFPAVFLNITSSSYLFRNDKWKGWEPNISERFNLSEIKPI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Protein transport
source organism Borrelia burgdorferi b31
publication title X-ray crystal structure of a periplasmic oligopeptide-binding protein/Oligopeptide ABC transporter(OppAIV) from Borrelia burgdorferi
rcsb
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter OppAIV
total genus 178
structure length 500
sequence length 500
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4gl8A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gl8A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4gl8A02
4FORA 1SBPA 2WOPA 3W9WA 1MDP1 3KSJA 1M5FA 5H8HB 4JDFA 5ITOA 3MVYA 2UVGA 4C0RA 1EZOA 2NVUB 3IORA 2QSXA 2XXPA 3IJXB 2V25A 3KEIA 4GD5A 1B4ZA 2B4LA 3B7DA 3TUSA 2PMSA 1MXZA 4LVQA 1NNPA 2FYIA 1IEJA 1AH5A 4G77A 1LAHE 3FVNA 2B65A 2I4BA 1PC3A 1A40A 2HCAA 1B51A 1PB7A 4KYSA 1Y20A 1JEUA 4JSOA 4QSDA 3QIMA 3VXCA 1POTA 4I62A 3U8QA 4GXAA 2OZZA 3TPAA 1JEVA 3QUJA 4IGRA 3FJGA 3O28A 3DRFA 3RY3A 2YPNA 4OWDA 1RYXA 5KZTA 5J1DA 4RNSA 2QPQA 1N7XA 3N94A 1IQ7A 1SI0A 1FQCA 2PBWA 3OENA 2Q89A 3LVUA 1QUJA 3EF7A 5H8FA 3RGYA 2DXRA 4EXKA 3KSXA 5AA2D 5FHNA 1B9JA 3C36A 4N6PA 2H5YA 3TQLA 2B3FA 2D5WA 2DOJA 1SW1A 4H5GA 4HW8A 4XKNA 2GFEA 4L17A 3T9XB 3O6IA 1YPNA 2RC9A 4Q30B 1HSEA 1A99A 5I57B 3FASA 4O3AA 2NUVA 1VFEA 1ATGA 2F6GA 2GHBA 1N3WA 3MQ9A 1B1HA 3TTNA 3MJNA 1NFTA 4ISUA 4XKRA 2Q9TA 4E0XA 3CR9A 3MAMA 3P7IA 4IO3A 4RK9A 4OMBA 2XX9A 4ZE9A 2Z23A 4ELRA 3KGCA 3PMXA 2V93A 4PQJA 3RTWB 1PDAA 4NF4A 4YICA 5JEIA 1GVCA 3K2DA 3C34A 4KYEA 1BIYA 3FVKA 3H3GA 1AL3A 2F34A 1B32A 4DCYA 3SEVA 4ZDMA 4GQOA 4OERA 2AL4A 3R26A 4HS7A 1HSLA 3PPPA 3ZSFA 4H8JA 3VVFA 3DRGA 4E0WA 3KJTA 2D21A 1R6ZA 2DXYA 3K6WA 3V5AA 3TQWA 3H6UA 3MP8A 3U94A 2ONSA 1URDA 4JBZA 1DTZA 2A5SA 2WKYA 3MVZA 2DWJA 4FEBA 3PPNA 1JNFA 4XIGQ 3PGFA 2Y7WA 4QSCA 4KD5A 3I3VA 5I2KB 3AXFA 5I59A 3V8XB 3KN7A 3V83A 1UIUA 2XD3A 1HSJA 1FTLA 3T66A 4RPNA 1TWYA 3SETA 1B3FA 5K2XA 3LC8A 2Z22A 1XHYA 3U1OA 3H6TA 1FCKA 3FJ7A 1OMPA 2VP1A 3MUQA 1B4HA 2OBGA 2VD2A 3CFLA 3QYTA 4U21A 3QK6A 3CSBA 2NOOA 4F3PA 3U93A 1A8FA 1B7ZA 1B3GA 3PPRA 1Q35A 4GL8A 1SQYA 3TDJA 4MBPA 4IY6A 3TAJA 5CMBA 1I6BA 4U4SA 1B1XA 2XXUA 1P1OA 3G7WA 3T9HB 4LQ5A 2UYEA 1T0KA 4POXA 2XXIA 5DVFA 4G68A 5F7VA 1WDNA 4KR5A 4K3FA 2QJEA 2HFBA 1EZPA 5AA4A 2I3WA 4QFKA 3T93B 3SEUA 4JSDA 2DQVA 3PUVE 4BDQA 2B3BA 3N6TA 3IL1B 5ELVA 3KOTA 1OQGA 1XOCA 4OZ9A 1LCTA 4IO4A 4HCYA 5H8NB 5AE4A 1IZ1A 1IITA 2HEUA 3TMGA 4X1BA 1MQJA 3CSGA 3HO7A 5CC2A 2THIA 2UXAA 2XXTA 3UORA 1ELJA 3HSTA 5HM4B 4OESA 1GGGA 1KWHA 4GWOA 1YAEA 3PD8A 1SYIA 4GOTA 3G3IA 5DEXA 4R75A 2NWJA 1I69A 1BLFA 1LFIA 3PD9A 3VLUA 4F31B 5HPQA 5BUUA 3TTLA 2XHDA 3TTMA 4LA9A 2HAUA 4OXVA 3HN0A 1VR5A 5IAIA 1FQEA 3K1MA 2R6GE 2DP8A 5JTYA 3TKDA 1VE4A 2QMWA 4U23A 3L6HA 3KG2A 3M8UA 4TOZA 3H03A 2WOLA 2HZKA 3MW0A 4DXBA 1JETA 3LSXA 2I58A 4RYAA 4F2QA 2AIXA 1XT8A 2XXQA 3E9XA 4NWDA 5ICQA 2I0BA 4QFOA 3K0VA 3DRHA 2R9JA 2W7YA 1MM7A 2ZYNA 3FJMA 4LATA 4OHNA 1OIBA 3FTOA 1P1NA 1MQIA 2F7BA 4LZ8A 1LLSA 1UTBA 4YZZA 4OYVA 3FV1A 2DS9A 1LAXA 1FQAA 1B05A 1P1UA 5K2YA 1MXWA 1I6QA 5DVIA 5KDTA 1TXFA 1FQBA 3SEYA 3ZKKA 1D9YA 1WVJA 3IK6B 2FA7A 1MM6A 2AYSA 3L6GA 3FD3A 1CB6A 5I2NA 1MQGA 4H0WA 5ITPA 1LBCA 5AA1A 2ZYOA 3EHUA 1B58A 4G8HA 1P99A 1DSNA 1O64A 4FEDA 5I58B 1N3XA 4DZ1A 2OJTA 2REJA 1ZU0A 3K1NA 2I4CA 4ND9A 4F3SA 4R72A 2Q8JA 4IO2A 3TELA 3OELA 2XXYA 1O63A 2ABHA 3OSQA 4NF4B 4OVJA 4PFTA 1PB8A 4PETA 3JYRA 4F29A 1Y3NA 2UYFA 3H6VA 4NF5A 4H65A 3HPIA 4FAJA 3CRBA 5DT6A 4N07A 4JB7A 4LZ5A 3M3LA 3ZKLA 1D4NA 1B3HA 1MRPA 4GIZA 4EF2A 3FIRA 2QS3A 4KI0E 2P2AA 2QS2A 2QL3A 1EU8A 4WEPA 1MPDA 4I9DA 4P0GA 3EHSA 5B7DA 3C9HA 4F22A 4UA8A 5TU0A 1D3KA 2RCBA 4BDRA 4ZEKA 4LUBA 3THIA 2VOZA 3D4CA 3RT6B 4DXUA 4NMYA 4FJPA 4H5FA 1AIVA 4NE4A 3TFLA 4EDPA 5B70A 4KPTA 4ZE8A 5ICTA 3FZVA 4R6KA 3LBSA 3F11A 2F35A 1WODA 3MBPA 1Z7ME 2LAOA 5FHOA 4YKKA 2HAVA 2ZNTA 4PFUA 3SDFA 1DPPA 3OO7A 2DWIA 3MZ9A 3PPOA 2HQ0A 3RYBA 5KCJB 1MY2A 2O7IA 2P1SA 2ONKE 4RPOA 1SDXA 3CFZA 3RUMA 1LCFA 1B3LA 3LSFB 1JQFA 4MH5A 3IOUA 3KOSA 4O3CA 3HCQA 2YLNA 4ZEBA 1QVSA 2O6AA 3OOAA 4RY1A 2ZYKA 3LR1A 1S7YA 3K00A 4F1YA 3S9EA 3H06B 4DCXA 2UVIA 4OENA 2F7CA 4R9GA 4BDLA 1H3DA 2H4IA 4QFLA 2ZMBA 2IEEA 1JW4A 1QJMA 5I84A 1II5A 1B3EA 2P0SA 4N13A 2V84A 5L9SA 4H8IA 4G68C 2V3TA 1NL5A 3OEKA 4G68B 4H6DA 4QF9A 3TYHA 3C4MA 1BTJA 4G2ZA 3VLWA 5AA4B 4ZECA 3VDFA 3GLBA 4ELQA 3H7MA 2DE4A 1ZMGA 2F36A 3B6TA 4YKIA 3ILUB 1Y1MA 5TPAA 4IO7A 1OQHA 3MWBA 4Q5TA 1SD3A 3JZJA 4GL0A 1A55A 3ZS6A 3C31A 4R6YA 2PX1A 2VHAA 3S9MC 5DYHA 4EQBA 1DTGA 3FXRA 1Y9UA 2DWAA 1IUDA 1A54A 1XS5A 4DIGA 3TEPA 1OVTA 3DELB 1R1NA 3G3KA 3RLFE 4HCWA 3O6HA 3JV9A 3KN3A 5I57A 1B5IA 3K4UA 1MPCA 2XXXA 3E3KA 1XC1A 1NNKA 3U92A 2REGA 5DEXB 5CBRA 1B7UA 1Y4TA 3N5LA 3PPQA 2I3VA 2Z8FA 5JK4A 1SW5A 4F1VA 2HXWA 3IAZA 1MQHA 3OSRA 3LSLA 2RCAA 4YU0A 2FNCA 2CMOA 1N7WA 3DRIA 4QRZA 1LSTA 4PE5B 1B0LA 1P1QA 3IB0A 1P1WA 3I5OA 2ONRA 4IY5A 2PT2A 3A3CA 5A5XA 1LBBA 3A09A 3TTKA 4WEDA 4F3BA 3USDA 4U4XA 3CVGA 4LONB 5CBSA 3PUZE 2Z8EA 1B6HA 4G8MA 3CG1A 1NKXA 4FATA 5I56A 3IB1A 3TCGA 3MZ1A 2HZLA 4RXLA 1IIWA 3S2VA 4NEDA 3IB2A 1RKMA 2ESNA 1UTBB 4X1DA 3MPLA 4EQ9A 2DE3A 3SERA 3ECRA 3DM0A 1MH4A 1ZBMA 3Q28A 4I1DA 2RKMA 2O69A 3HHFA 4F39A 3GXAA 5KDTB 4DLDA 2XXWA 3WAEA 4ESWA 5I2KA 4PFYA 4Z7EA 4GLIA 1N04A 4NF6A 4OEUA 3KFMA 2PT1A 4YB5A 4TQUQ 3MC2A 1TFDA 2CZLA 1H45A 3O9PA 1MPBA 2ZYMA 5I2NB 3K6UA 1LFGA 1A8EA 3QSLA 5CMMA 2A5TA 2IA4A 4Q0CA 1LAGE 4OEVA 1ZLQA 1IXHA 3TODA 1ZIUA 2NXOA 4KFQA 4ELOA 3IO4A 3MP6A 3PV0E 3EQ1A 3UIFA 4ESXA 2H25A 1B5JA 1QKBA 1PBQA 2DSFA 5BWJA 4X48A 1QUIA 1TT1A 3FV2A 2G93A 4BDOA 2F5XA 3EHTA 3MP1A 3T9VA 1NNFA 2DE2A 1NH8A 5L8DA 3PMWA 2RF1A 1ANFA 3C33A 2O7UA 4KYDA 1O7TA 3OO9A 1USYE 4NWCA 4NF5B 4PP0A 3O97A 3UK4A 2OWSA 2OWTA 3TCHA 4H67A 3E13X 3GBBA 3OEMA 5H8SA 4NF8A 4WXJA 2X26A 4KCDA 4YB6A 1F9BA 1QKAA 4OFLA 2R71A 2Y7IA 4XKPA 2PYYA 4BLAA 2XXHA 3RN8A 1H76A 5EYFA 3H4ZA 2M8CA 3SKPA 3BFUA 4IGTA 4THIA 5H8FB 1UTHA 3RNNA 3DP8A 4ZEDA 4FIMA 1B7HA 4LP2B 3G3GA 4RK2A 4KCCA 2Q2CA 1M5EA 1Y3QA 3GBAA 3T9UA 4GVOA 5L9OA 1YTVA 3G3FA 4RA1A 2Z8DA 3DP4A 1QULA 1FTKA 4G4PA 4R73A 4DXCA 2O51A 4QSEA 1AOVA 3FVOA 3BKIB 3IOTA 5EHMA 5AA3A 4G8NA 1MQDA 4AB5A 5AA2A 3QXMA 3PUYE 5TP9A 2XX8A 5H8QA 4ECFA 3CIJA 4GRKA 1XVXA 2ZNSA 4Z0IA 3FXQA 3R7XA 1M5BA 3BBRA 4U1ZA 1MDQA 5FTIA 1GTKA 1FTMA 3DRKA 1URGA 3T22A 1MY3A 3K01A 1Q1KA 1POY1 3DP6A 1LB8A 3IOWA 2ALUA 1MS7A 3EPEA 4EQ7A 1LGBC 1J1NA 1JW5A 4EF1A 5M2VA 3VV5A 2RINA 3B6WA 2DVZA 2G29A 4C1UA 4IO5A 3RPWA 1OLCA 2V3QA 4JWYA 4R2BA 3C35A 4PFWA 3CFXA 4JXIA 3CHGA 3MVWA 3UN6A 3IJOB 1B52A 5TPAB 1DOTA 1B40A 1MY1A 3FUZA 3DLNA 3D4GA 1EH3A 1CE2A 4LZ7A 4KHZE 4MLQA 3Q27A 2QMXA 4H1XA 4FECA 4XXUA 4O3BA 4OTEA 3QUFA 5I59B 2BJJX 1MY4A 2QS1A 5CM6A 2RC7A 4BDNA 4YKJA 3OO8A 3Q25A 4F3GA 5ISUA 1N84A 3O6GA 1SYHA 4RJZA 1TFAA 3S9LC 5H8HA 2D3IA 1Y1ZA 1ZTYA 4MF3A 3G3JA 1SI1A 4HTGA 2I6EA 1R9QA 4GXSB 3K02A 3R6UA 3C32A 2GHAA 3WAFA 2WOKA 2F8DA 4YKPA 3CI8A 3UGWA 3Q26A 2H98A 1N0TA 5I58A 4JWOA 4ZEFA 4C1TA 4OFJA 4YB7A 4DDDA 4R6HA 2O1LA 2RC8A 4U1OA 1FQDA 2H9BA 3K1PA 1L5TA 2ANJA 3SEXA 2Y7PA 5FHMA 5CMCA 3TCFA 4UACA 1A7LA 3O29A 2Q88A 3OD7A 4ONYA 1BP5A 1LB9A 4LQ2A 1DMBA 1ZJLA 5A5XB 2Y84A 2XXVA 1PEBA 4M4GA 2UVHA 4F18A 1MXVA 5IKBA 3IR1A 1M5CA 4WKMA 2XD2A 4FE8A 3KN8A 3Q29A 1LAFE 4GF8A 1GV8A 5I56B 3KBRA 1MXYA 3PUWE 4P11A 1H43A 3VFJA 3VVEA 3KJ7A 4DE8A 3IOVA 4MFIA 3GZGA 3KZGA 1US5A 3RQTA 4QFPA 1OLAA 2KLFA 1S9TA 1URSA 4JWXA 1B46A 4KQPA 4OFOA 1AMFA 4OQOA 1FW0A 4M1VA 4TLMB 4NTLA 3V89B 3IX1A 4R2FA 3N26A 1DPEA 2E1SA 4YMBA 3M3FA 2DVCA 4ZZAA 2F7AA 3SEWA 4EUOA 3IO6A 4NF6B 1PBPA 1FTJA 3K6XA 3O66A 3W9VA 1NNTA 1MXXA 5CI5A 3UP9A 3HHGA 5KCJA 2A5TB 4U22A 3TTRA 2UVJA 3W15C 2ZNUA 2GH9A 4POWA 1SVXB 2VGQA 2F6PA 5JTYB 1UIVA 3VVDA 3FXUA 2F78A 1VSOA 4XKQA 1XVYA 3LUYA 3UA8A 2H99A 1SW4A 4BDMA 3DRJA 2DWHA 3PMVA 4XTCQ 3H6WA 1I6AA 4GFRA 1ZKBA 3A3UA 1Z7NE 2XXRA 4R9FA 2F97A 2V3UA 1M5DA 3PUXE 3BFTA 2E0SA 3ILTB 3G3HA 1B2HA 3MZBA 1N76A 2QS4A 3N6UA 1MXUA 1UQWA 4X9TA 3RTFB 1FQFA 4NF8B 3CG3A 5DVJA 2X7PA 4F19A 1SW2A 2O68A 1NH7A 1US4A 4MLVA 3SESA 4QFNA 2DYXA 3RT8A 2OCUA 1UTHB 4ELPA 2X7QA 3VE1B 2GRVA 1OVBA 2AL5A 3MPKA 4Q8RA 1NMUA 2OLBA 4R74A 2B4MA 2OK2A 3PAMA 5DTBA 1B5HA 5CRYA 1GR2A 3U72A 2I49A 1R9LA 1YCJA 3OO6A 1RYOA 3S4UA 3TZAA 3K6VA 3FVGA 5L9MA 4I8CA 3HV1A 3O2AA 1H44A 5AA2B 4YAHX 1QW0A 5CMKA 3ODBA 3I6VA 5TP9B 1IXCA 1MG1A 3B6QA 1JVYA 3E4RA 5H8QB 1PB9A 2Y7RA 4AB6A 2YJPA 3OXNA 5EHSA 2XX7A 3ONMA 1MH3A 3RYAA 4IB2A 1QUKA 3FATA 4U2RA 3LSWA 3M3KA 4EXLA 4YMAA 3VLVA 1B0HA 1USYH 3S9NC 3MVXA 3VXBA 1IXIA 3PU5A 1D9VA 5FTHA 1JW1A 1FTOA 1S50A 2Y7KA 2I0CA 4ZS9A 2O1MA 1EZ9A 4OETA 5H8NA 1IXGA 4ZEIA 4ZZEA 4AQ4A 4F2OA 4TLLB 1MY0A 1JVXA 3T96B 4QHQA 3FGSA 1LFHA 5HBCA 4IO6A 1VFDA 4P0IA 4F1UA 3EN3A 3O6PA 2O84X 2PVUA 1BKAA 2I48A 3QAXA 2VD3A 5F1QA 1Y3PA 5LOMA 3OMBA 2Q2AA 2ZXTA 1Y4CA 2QRYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UABA 4FORA 1SBPA 2WOPA 3W9WA 1MDP1 3KSJA 1M5FA 5H8HB 4JDFA 5ITOA 3MVYA 2UVGA 3RYDA 4C0RA 1EZOA 4DI3D 2NVUB 3IORA 2QSXA 4MJOA 4PFBA 2XXPA 3IJXB 1KZ8A 2V25A 3KEIA 4GD5A 1B4ZA 2B4LA 4LN5A 3B7DA 3TUSA 1LEVA 2PMSA 1MXZA 4LVQA 1NNPA 2FYIA 1IEJA 1AH5A 4NX1A 4G77A 2ZZVA 1LAHE 3FVNA 2B65A 1LBZA 2I4BA 1PC3A 1A40A 4GWYA 5I5PA 2HCAA 1B51A 1PB7A 4KYSA 1Y20A 1JEUA 4JSOA 4QSDA 3QIMA 3VXCA 1POTA 1RDXA 4I62A 3U8QA 4GXAA 1DCUA 2OZZA 3MSTA 3TPAA 1JEVA 3QUJA 4IGRA 3FJGA 3O28A 2OX3A 5EQ9A 3DRFA 3RY3A 2YPNA 1FPLA 4OWDA 1RYXA 5KZTA 5J1DA 4RNSA 2QPQA 1N7XA 3E79A 3N94A 1FRPA 1YXIA 4PBHA 1IQ7A 1SI0A 1FQCA 2PBWA 3OENA 2Q89A 1IMEA 3LVUA 1QUJA 3EF7A 5H8FA 3RGYA 2DXRA 4EXKA 3KSXA 5AA2D 5FHNA 1FBCA 1B9JA 3C36A 4N6PA 2H5YA 3TQLA 1LBYA 4N15A 2B3FA 2D5WA 2DOJA 1SW1A 4H5GA 1EYJA 4XKNA 4HW8A 2GFEA 4L17A 3T9XB 3O6IA 1YPNA 2RC9A 4Q30B 4N91A 1HSEA 1A99A 5I57B 4OVPA 3FASA 4O3AA 2NUVA 1VFEA 1ATGA 2F6GA 2GHBA 1N3WA 3MQ9A 1B1HA 1FBDA 3TTNA 3MJNA 1NFTA 4ISUA 4XKRA 2Q9TA 4E0XA 3CR9A 3MAMA 3P7IA 4IO3A 4RK9A 4OMBA 2XX9A 4ZE9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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