4I8CA

X-ray structure of nika in complex with ni-(l-his)2
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The binding mode of Ni-((L)-His)(2) in NikA revealed by X-ray crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 161
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4i8cA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i8cA01
2I0BA 2O68A 1NKXA 3UORA 3PGFA 3EF7A 1B3GA 1I6QA 4KYDA 1GVCA 3KEIA 3SEWA 3G3JA 2RINA 4F3BA 3OEKA 3IOTA 1PEBA 2OCUA 4PFYA 3HCQA 4THIA 2DWHA 2UXAA 3LC8A 4H67A 2OK2A 5FHOA 3EHUA 1MXUA 1Y9UA 1NH7A 4JBZA 4F2QA 2F6GA 4EQ9A 3QAXA 2A5TB 2PT2A 4YZZA 3FV1A 3ONMA 1SW5A 2PX1A 1KWHA 1EZOA 3FV2A 1EZPA 1NNTA 5CMCA 1P1UA 5DVJA 1UIVA 2O84X 1SI1A 3FIRA 3AXFA 2ZYKA 4XXUA 5F7VA 4YKPA 2DS9A 1M5DA 2Q88A 4BDMA 1MH3A 3DRIA 4OETA 1WVJA 3PMWA 4BDRA 4IO7A 1JEUA 3T66A 2DE4A 2RCBA 1XVXA 2QS1A 4PFUA 2QL3A 3N6TA 5DVFA 3TKDA 1SYIA 3MZ1A 1YAEA 1LFIA 3G3IA 2E0SA 2RKMA 1FTJA 1N04A 2CZLA 3KJTA 3SETA 1AMFA 5I57B 1T0KA 2PBWA 1B4HA 2R71A 3PD9A 3MWBA 1FTLA 2F7CA 3UP9A 2O6AA 3MZBA 1S9TA 1H76A 3H6WA 3MW0A 3MP6A 1SBPA 1VE4A 1TFAA 3MUQA 3RT6B 5CC2A 4IGTA 4NMYA 2DVCA 2I3VA 1MQDA 3T96B 5AA2A 1VFEA 1Y20A 4NF5A 3MVXA 4MF3A 2R9JA 3PPRA 4POXA 2XHDA 2DE3A 5HBCA 5FTIA 2Y7PA 3BKIB 2XX7A 3R26A 2XX8A 4F3GA 3E4RA 3GLBA 2GH9A 3B6QA 3IL1B 1Z7NE 2Z22A 3H6UA 1WDNA 3OELA 3C34A 3HHGA 4R75A 4ECFA 4K3FA 5DT6A 1TFDA 2XXXA 1URDA 1H43A 2QJEA 4ZE8A 5AA4A 3GBBA 2PYYA 2A5SA 4QSDA 2H99A 3PUVE 3U92A 5I58B 3TTMA 1O7TA 4JSDA 3RYAA 1MQJA 3SKPA 1A8FA 4U1OA 2Q2CA 3EHSA 1UIUA 2XD2A 4FECA 4PP0A 1B3LA 4BLAA 3RN8A 1AIVA 4I62A 2F34A 3O6GA 1Y1MA 3K6WA 4YB5A 3QYTA 3TELA 4O3AA 4IO4A 2G93A 4KR5A 4QFLA 4DCYA 4EF1A 1Y3QA 5HM4B 3F11A 1NL5A 2DP8A 3GBAA 4PFWA 4RA1A 1D9YA 3PMXA 2I4CA 4XIGQ 4XKRA 2X7QA 2ONSA 4ZEKA 4P0IA 2Z23A 3W9WA 2X7PA 3DM0A 1MXXA 2V93A 3QK6A 5K2XA 3C9HA 4U4SA 3USDA 1MG1A 1OQHA 3FXUA 2GRVA 1A7LA 3K2DA 4WXJA 1P1OA 2NWJA 1AH5A 3K4UA 4LP2B 1CE2A 2B4LA 3U8QA 1MY1A 4BDLA 2H98A 1LAHE 5AA4B 4XKNA 4G68A 5JK4A 4X48A 2HXWA 1LB9A 4OQOA 3A3CA 1FW0A 3IAZA 4DCXA 1B5JA 1II5A 5ISUA 2O51A 1QUJA 2RC7A 2XXRA 1R6ZA 3FTOA 1R9LA 5KZTA 3MVYA 1B3HA 2AIXA 4GXAA 3QIMA 3PV0E 1UQWA 3RPWA 3U72A 5ICTA 3G3FA 2IEEA 3LBSA 4FIMA 4KYEA 3KOTA 2Y7IA 4LZ5A 1Y4TA 3PU5A 4E0XA 4OERA 3E13X 2ZNUA 3H3GA 1PDAA 1LFHA 4F22A 1JEVA 4AB5A 3TODA 1MXWA 3LSWA 1I6BA 4R74A 3DRHA 2WOLA 4H8IA 1B0HA 1Y4CA 3CSBA 4RPNA 4MH5A 4RY1A 1DOTA 1Y3NA 1PBPA 1EH3A 4G4PA 5DEXA 3CRBA 3CSGA 2FNCA 2DE2A 3TFLA 1MXYA 1QUIA 4LONB 4F3SA 4M1VA 2V84A 4JB7A 1R9QA 3S9LC 4N07A 2XXWA 1LAXA 1LB8A 3H6VA 3MAMA 3OEMA 2O7UA 4JWOA 3TTRA 5I56A 3PUXE 3RGYA 4H0WA 5H8NB 2LAOA 3KSXA 1VR5A 5H8FA 4DLDA 3KFMA 2XXQA 1SVXB 4G68B 1RKMA 4BDQA 1BP5A 2F7AA 1FCKA 4NTLA 4Z7EA 4IO3A 3IX1A 2AYSA 3HSTA 3HN0A 1NFTA 1HSJA 5TPAA 4TOZA 1JQFA 5FTHA 2OWSA 3C4MA 2UVHA 2RC8A 5FHNA 5K2YA 3I6VA 2ABHA 1DTZA 4ZEFA 2XD3A 3VXBA 1OLAA 3M3FA 2HZLA 2ONKE 4R2FA 4ELRA 3K01A 3L6HA 4LQ5A 5KCJA 3U1OA 3VLUA 1SQYA 3IO4A 3WAFA 2XXIA 1XOCA 1XS5A 3PUWE 1WODA 1YPNA 1OMPA 1IITA 4RYAA 3S4UA 1B3FA 3CI8A 1RYOA 3QUFA 1A55A 2I6EA 3G3GA 1LCTA 3MPKA 5DEXB 1MXZA 3TTNA 3DP8A 2YLNA 3K1PA 3UA8A 4N13A 5L9SA 4YU0A 1POY1 1VSOA 1TT1A 2ZYNA 3MQ9A 2ANJA 4QFNA 3LR1A 5TU0A 1M5BA 3H06B 3EPEA 3K02A 1R1NA 4H5FA 5I56B 4F3PA 2XXVA 3C32A 5LOMA 5H8FB 1XT8A 3D4GA 1D3KA 1DMBA 1MDQA 1M5EA 1QUKA 3DP6A 5KDTA 3VE1B 3PUYE 1B05A 4GL8A 3MVZA 4KQPA 1YTVA 2B3BA 3V89B 4H8JA 4EF2A 3T9VA 2DWAA 2VD3A 3L6GA 3IO6A 4H6DA 2F78A 2I0CA 5ITPA 5AA2D 1P1WA 2OZZA 1M5FA 3TMGA 3BFTA 3CVGA 1MPBA 1HSEA 4JXIA 1URSA 4WEDA 2Q2AA 3DRGA 2HZKA 3Q25A 2Y7WA 3O9PA 2R6GE 1DPPA 3H6TA 2H4IA 1SW4A 4PQJA 1MM6A 2DXRA 3K0VA 2WKYA 3PD8A 1IXCA 1H3DA 4U1ZA 1SW1A 4GVOA 2QSXA 2B4MA 4GIZA 4OENA 3SDFA 1PB7A 1MDP1 5AA3A 2YJPA 2X26A 4MLVA 2WOPA 5A5XA 3BFUA 5CI5A 1LCFA 1QW0A 2ZNSA 3IOUA 3LSFB 3KSJA 1N3WA 3RUMA 3UIFA 2BJJX 3OMBA 3OO7A 4HW8A 2F36A 3TQWA 2AL5A 1NMUA 1GV8A 4DE8A 4G68C 3IOWA 3FXQA 2W7YA 2NOOA 1B1XA 1ZBMA 4ESXA 1FTMA 3TEPA 1FTKA 1O63A 3OO9A 4Z0IA 4NF4A 2I4BA 2M8CA 5DTBA 1SYHA 2IA4A 4QRZA 2XXYA 2F7BA 5ICQA 1GGGA 4G8HA 1SI0A 4FAJA 3LVUA 4O3BA 1JVYA 4C1TA 4ZDMA 4I9DA 4HS7A 3EHTA 3KN7A 4ZEIA 4RNSA 5EHMA 1JW5A 1NH8A 1BKAA 3DRFA 1N0TA 4DXBA 1BIYA 1IXGA 4ZZAA 2PT1A 3SESA 2UVIA 3IB0A 5EHSA 1FQAA 4EUOA 4AQ4A 3N26A 2Q89A 1AL3A 3FJGA 3PPOA 5B7DA 1EZ9A 1OVTA 5TP9A 2DWJA 1ELJA 4LATA 3VDFA 3SEVA 1ZTYA 4O3CA 5A5XB 2ALUA 2Z8DA 4ND9A 1LBCA 4DXUA 4KYSA 3OSRA 3DRKA 1SW2A 1B51A 1SDXA 1USYE 3B6TA 1FQEA 3VVDA 2UYEA 1NNFA 5L9OA 4GLIA 1S7YA 1A40A 4ELPA 2HAUA 1QKAA 3B7DA 3N5LA 5BWJA 4N6PA 5AA2B 1OLCA 4KD5A 4XTCQ 2Q8JA 4MFIA 3FATA 4NF5B 1B6HA 1UTHA 1B7UA 1MQGA 1XVYA 3THIA 2PVUA 1MY4A 5H8SA 4IB2A 4ELQA 4R72A 4OXVA 4OVJA 4ISUA 2UYFA 4RPOA 5I59A 3TQLA 4ZZEA 5CBRA 4U22A 3G3HA 4OEUA 4UA8A 3ZS6A 3E9XA 3FVGA 2RF1A 2ZYOA 3QUJA 3O97A 5H8QA 5JEIA 4GRKA 2ZXTA 3DELB 4KCCA 4QF9A 3IB1A 4RXLA 3OSQA 4LZ7A 1IXIA 1IXHA 2F6PA 3TCGA 3E3KA 5JTYA 4OHNA 4Q8RA 2F97A 3R6UA 3DRJA 5TP9B 1VFDA 4OFLA 3S9MC 4GOTA 1FQBA 1Q35A 4NWDA 4ZE9A 1FQFA 3KG2A 4EXKA 1ZKBA 1TWYA 1A8EA 3KGCA 3HHFA 2DWIA 5EYFA 2F5XA 2DSFA 4G8NA 1MQHA 2ZYMA 1L5TA 3OD7A 3CHGA 3W9VA 5F1QA 2D3IA 3RQTA 5I2NA 2I58A 1Y3PA 4QSCA 4FEDA 3S9NC 2OJTA 3FGSA 3G7WA 1LLSA 2REGA 1MY2A 2V25A 3D4CA 4F2OA 1B5HA 3M8UA 4DIGA 3GXAA 2F35A 4NF6A 5H8HA 3O6HA 1UTBA 3KZGA 4MBPA 4R6YA 1BLFA 1O64A 3TTKA 3ZKKA 2QMWA 3O6IA 4I1DA 3TPAA 3FVNA 1SD3A 4XKPA 3UN6A 4F39A 3S2VA 2NVUB 4DZ1A 1N7WA 2Y7KA 2HQ0A 3H7MA 3Q27A 4F29A 3RY3A 3CG3A 3PUZE 2I49A 3K00A 4PETA 3IR1A 1B40A 1PB8A 3IJXB 3TTLA 1A99A 3U93A 2H5YA 3G3KA 3MZ9A 4FE8A 4FJPA 2UVJA 4IGRA 3MBPA 4TLMB 2A5TA 4GWOA 4X1BA 4Q30B 4DDDA 4PFTA 4G77A 3V8XB 4G2ZA 4OYVA 1ZJLA 4F1VA 3MP1A 4DXCA 2D5WA 2I3WA 4IO6A 1JW1A 5I2NB 3KN8A 2AL4A 4RK2A 1OVBA 3LSXA 3ODBA 1MM7A 3RLFE 3OO6A 1J1NA 4OWDA 3JYRA 2HEUA 2ONRA 1D4NA 1IQ7A 3TDJA 5H8HB 3DLNA 2WOKA 3GZGA 4MLQA 3PMVA 5I57A 1XC1A 3HV1A 4U23A 4YAHX 1P99A 3SEYA 3TZAA 3N6UA 4F18A 2NXOA 2RC9A 3W15C 4R2BA 1IEJA 2VHAA 2DYXA 4R73A 3UGWA 5HPQA 4IY6A 3CR9A 4R6KA 3RYBA 2VD2A 2XXTA 1LGBC 4HCYA 1BTJA 4JDFA 3ILUB 2FYIA 3ILTB 4OEVA 4TLLB 2DVZA 1I69A 4ESWA 2ESNA 2VP1A 2HAVA 2VOZA 5IKBA 4KHZE 4H5GA 1URGA 3FASA 4QFKA 3TCFA 1B2HA 5TPAB 4RJZA 3V5AA 3UK4A 3VFJA 4X9TA 4QSEA 3TCHA 3OOAA 1YCJA 1ZLQA 1QVSA 3HPIA 3CIJA 4EXLA 3H4ZA 4NF8A 3VV5A 5CM6A 1Z7ME 1B46A 5KCJB 3C36A 1US4A 1DSNA 1TXFA 3P7IA 2QRYA 2Z8FA 3KJ7A 2KLFA 1PBQA 3CFLA 5I58A 3VLVA 4P11A 4YB6A 1B32A 1H44A 3T9HB 3FJMA 3K1NA 2Y7RA 2HFBA 5FHMA 4NWCA 4F19A 4ELOA 4UACA 1I6AA 1B58A 1B7ZA 5AE4A 4G8MA 4GQOA 1JVXA 1B52A 1Y1ZA 4C0RA 4HTGA 1LFGA 2P2AA 4OTEA 3RTWB 3C33A 3TYHA 2FA7A 5KDTB 2OBGA 2F8DA 4HCWA 5AA1A 1JNFA 1FQDA 2GFEA 2P0SA 2UVGA 2G29A 5L8DA 4H65A 1MXVA 5CRYA 5J1DA 2XXUA 1PC3A 3FJ7A 3Q26A 1JW4A 3VVEA 2YPNA 4FEBA 4Q0CA 3LUYA 3WAEA 2H9BA 4YKJA 3IB2A 4QFPA 4AB6A 1POTA 2OLBA 1P1QA 3PAMA 3H03A 1P1NA 4NF8B 3N94A 4Q5TA 1QULA 4R9GA 4NE4A 1B1HA 4IO5A 3KBRA 2V3TA 4KPTA 4XKQA 5CMMA 3CFXA 2B65A 1US5A 2I48A 3JZJA 3C31A 2O7IA 4YB7A 3K6UA 4WEPA 3RT8A 1IIWA 4KI0E 3HO7A 4RK9A 3TUSA 3SEUA 4F1YA 2XX9A 3IORA 5I84A 1N7XA 3IK6B 3KOSA 3I3VA 1B0LA 4YICA 3SEXA 3S9EA 1XHYA 2ZMBA 2P1SA 5IAIA 1FTOA 1OQGA 3JV9A 4C1UA 3QXMA 3LSLA 4NF4B 4BDOA 4EDPA 1ZIUA 1MPDA 3B6WA 1MY0A 3FD3A 1M5CA 1B4ZA 1USYH 3RTFB 2REJA 5B70A 3M3KA 4NEDA 5DYHA 1EU8A 1JETA 4M4GA 4JWXA 4LVQA 3ZKLA 5I2KA 1LAGE 1LAFE 3OXNA 3OO8A 1DTGA 3CFZA 3RNNA 4LZ8A 1MY3A 3T22A 1ANFA 4TQUQ 4EQBA 4H1XA 1N3XA 3A3UA 1GTKA 4OZ9A 5H8NA 4FORA 2B3FA 3FVOA 2QS2A 5CMBA 3IOVA 1FQCA 2V3UA 3O66A 3FXRA 1D9VA 4F31B 2QS4A 2NUVA 4R9FA 2O1LA 5BUUA 3T9XB 3K6VA 1A54A 1F9BA 2QS3A 4BDNA 3V83A 3T93B 4LQ2A 2XXHA 3DP4A 3K1MA 1Q1KA 2H25A 1LBBA 2PMSA 4U4XA 3K6XA 3PPQA 2OWTA 3EQ1A 2Q9TA 1B5IA 4L17A 4YMBA 2DOJA 1QJMA 4ZEBA 2E1SA 1NNPA 4YKKA 1B3EA 4ZS9A 2QMXA 3KN3A 3TAJA 1IZ1A 1DPEA 4OMBA 3VXCA 4ZEDA 5DVIA 3VVFA 1MH4A 1UTHB 3OENA 2QPQA 3Q28A 3ECRA 4GFRA 3A09A 5I59B 4QFOA 1LSTA 1ZU0A 2DXYA 3MP8A 4X1DA 1N76A 3Q29A 2D21A 4GD5A 2CMOA 3CG1A 5H8QB 5I2KB 3QSLA 4KFQA 1MRPA 2ZNTA 4YKIA 3I5OA 4JWYA 1PB9A 1MQIA 1B9JA 1H45A 3PPPA 4OESA 4WKMA 3SERA 4R6HA 1B7HA 4U2RA 5CMKA 4OFJA 5ELVA 1CB6A 3ZSFA 4PE5B 2O69A 3O28A 1ZMGA 5JTYB 1MS7A 1HSLA 4POWA 3MPLA 4EQ7A 3MVWA 4LA9A 3O29A 3PPNA 3IJOB 3R7XA 5CBSA 5L9MA 3FZVA 3FVKA 2Y84A 3VLWA 4GL0A 2GHAA 4KCDA 3C35A 3FUZA 1ATGA 4GXSB 1N84A 2THIA 1QKBA 2HCAA 1OIBA 2O1MA 2V3QA 3MJNA 1S50A 3O2AA 1RYXA 2RCAA 5M2VA 2XXPA 4I8CA 4ZECA 5ITOA 4IO2A 4IY5A 4LUBA 1AOVA 2GHBA 4QHQA 3MC2A 3BBRA 4ONYA 1IUDA 3EN3A 4JSOA 3U94A 4NF6B 4OFOA 1GR2A 1UTBB 4U21A 4YMAA 3T9UA 4P0GA 4GF8A 2Z8EA 3O6PA 2VGQA 1MPCA 4E0WA 1NNKA 4F1UA 2DQVA 4FATA 3M3LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I0BA 2O68A 1NKXA 3UORA 3PGFA 3EF7A 1B3GA 1I6QA 4KYDA 1GVCA 3KEIA 3SEWA 3G3JA 2RINA 4O94A 4F3BA 3OEKA 3IOTA 1PEBA 2OCUA 4PFYA 3HCQA 4THIA 2DWHA 2UXAA 1FBFA 3LC8A 4H67A 2OK2A 5FHOA 3EHUA 1MXUA 1Y9UA 1NH7A 4JBZA 5ET8A 4F2QA 2F6GA 4GX4A 4EQ9A 3QAXA 2A5TB 2PT2A 4YZZA 3FV1A 3ONMA 1SW5A 2PX1A 1KWHA 1EZOA 1LBZA 3FV2A 1EZPA 2P3NA 1NNTA 5CMCA 1P1UA 5FBPA 5DVJA 1UIVA 2O84X 3BIGA 1SI1A 3FIRA 3AXFA 2ZYKA 4XXUA 5F7VA 4YKPA 2DS9A 1M5DA 2Q88A 4BDMA 1RDYA 1MH3A 3DRIA 4OETA 1WVJA 3PMWA 4BDRA 4IO7A 1JEUA 3T66A 4NF0A 2DE4A 4P3LA 2RCBA 1XVXA 4GWXA 1YZ0A 2QS1A 4PFUA 2QL3A 2XWOA 3N6TA 5DVFA 3TKDA 1SYIA 3MZ1A 1YAEA 1LFIA 3G3IA 2E0SA 2RKMA 2WYPA 1FTJA 1N04A 2CZLA 3KJTA 3SETA 1AMFA 5I57B 1T0KA 1KA1A 2PBWA 1B4HA 2R71A 3PD9A 3MWBA 1FTLA 3BIHA 2F7CA 3UP9A 2O6AA 5EQ7A 3MZBA 1S9TA 1H76A 4I3YA 3H6WA 3MW0A 3MP6A 1SBPA 1VE4A 1TFAA 2Q74A 3MUQA 3RT6B 5CC2A 4IGTA 4NMYA 2DVCA 2I3VA 1MQDA 3T96B 5AA2A 2Q8MA 1VFEA 1Y20A 4NF5A 1RDXA 3MVXA 4MF3A 1NV3A 2R9JA 3PPRA 4POXA 2XHDA 2DE3A 4QBAA 5HBCA 5FTIA 2Y7PA 3BKIB 2WBDA 2XX7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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