4JSDA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with laminaribiose
Total Genus 212
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
212
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular details of ligand selectivity determinants in a promiscuous beta-glucan periplasmic binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
total genus 212
structure length 582
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4jsdA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jsdA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4jsdA02
4MBPA 4RYAA 1LBCA 5I2KB 3KSJA 1A7LA 2XXYA 4DE8A 2QS1A 4N6PA 1NNKA 3QXMA 3H03A 4NF8A 5FHNA 4XKRA 1MM6A 1ZBMA 1VSOA 1ATGA 4OQOA 3IOUA 4E0WA 3CR9A 3QYTA 5CMMA 2DWHA 3JYRA 2F7CA 3RY3A 2DXRA 2ZXTA 3IJXB 4F2OA 5JK4A 3QIMA 3IX1A 4E0XA 3S9NC 4GXAA 1MY3A 1MRPA 4BDNA 1D3KA 2B4LA 3K01A 2QL3A 1J1NA 4M1VA 4H8JA 3AXFA 3PD8A 3CSGA 4H1XA 4RXLA 4FIMA 2THIA 4DXCA 2Q9TA 1P1UA 3S9LC 3VLWA 3Q25A 1MPBA 3RLFE 3TTKA 4MLVA 2I6EA 1GTKA 1B7HA 3RGYA 1N3WA 5I2NA 4JSOA 4RA1A 5IAIA 1GVCA 4ELQA 2H9BA 3VXCA 3CG1A 4ELOA 3IORA 1MS7A 3T93B 2HFBA 3PUYE 2OWSA 4YKIA 3K1MA 4PP0A 4I8CA 4OEVA 2QS2A 3DRIA 3VVEA 3C34A 3EHSA 4H5FA 3O2AA 2G93A 4LQ5A 5JTYA 4MH5A 2X7PA 3SERA 2RCBA 3UA8A 3THIA 3HHFA 4KHZE 3OELA 4BDMA 3TQLA 4OFJA 4FEDA 3TCGA 1AMFA 4YMBA 3VE1B 1PBQA 4Z0IA 5F7VA 2I3VA 2I49A 3QK6A 5I2KA 3IO6A 5F1QA 4FEBA 5A5XB 4LATA 1MH3A 1VFDA 1AIVA 3EHUA 3MBPA 1B9JA 1HSJA 3H6UA 3UORA 1MXVA 3B7DA 4ONYA 4I9DA 1DPPA 2DXYA 3DLNA 4UACA 3MVWA 4OXVA 4QSDA 2F7AA 1MM7A 3VFJA 3EF7A 3EN3A 4LONB 1T0KA 1A54A 2Y7PA 3K02A 5TP9A 4P0IA 1B6HA 4LP2B 3PPQA 1H44A 4ZE8A 1JVXA 4EF2A 4OFLA 5ISUA 4GRKA 1GV8A 1B0HA 1H76A 4DCYA 2XD3A 3R26A 3A09A 3IAZA 1DSNA 4ZS9A 2F35A 2Y7IA 3FVOA 3M8UA 4O3BA 1MDP1 4IO5A 3G3IA 3ZKKA 1OLAA 2YPNA 3Q27A 3KJTA 2UVIA 4ISUA 3PD9A 4OZ9A 5FTHA 3K1NA 3SETA 5CMCA 3T9XB 1VR5A 4AB6A 1ZIUA 1PC3A 3LSFB 5DEXB 3R6UA 1RYOA 2O68A 2RKMA 4G2ZA 1D4NA 1P1OA 3IOTA 4R6YA 2ZYKA 2ZNUA 5ITPA 1UQWA 2H99A 4KR5A 1MXUA 3LSWA 3N5LA 2Z23A 4DIGA 4ZEDA 1Y9UA 3TQWA 1JW4A 4KCDA 4GF8A 1M5BA 3H6VA 5TPAB 1HSLA 1FTOA 5A5XA 2DYXA 1B3FA 2F8DA 1M5CA 4R74A 2QSXA 4PFTA 1BP5A 4F29A 5I84A 2XHDA 3S4UA 1IIWA 1SW5A 2R9JA 3FXQA 1NL5A 1B3HA 4GQOA 4HCWA 1UIUA 4TLLB 2H5YA 1PB8A 3FXRA 1JQFA 4R6KA 1NNFA 3TUSA 2RC7A 2UVGA 5I57B 3RYAA 1UTHA 5ICQA 1B58A 2OJTA 4ZE9A 1OQGA 3MUQA 3PGFA 3A3CA 3FV1A 3C36A 3O28A 1FQCA 2PX1A 2HEUA 5I58B 2IA4A 1PEBA 1DTGA 3O6HA 3PPOA 2HCAA 4L17A 2I4CA 4Z7EA 3K6UA 3LVUA 1I6BA 3L6HA 1JW5A 2F6GA 5CM6A 4KFQA 3CVGA 5AA1A 4WKMA 4Q8RA 1OMPA 2P2AA 4LVQA 4G68A 5CMBA 1XVYA 3USDA 4QSEA 1A8FA 2ANJA 4G8MA 1OIBA 1JEUA 3U1OA 3H6TA 1Y4TA 1I6QA 4Q5TA 4OERA 2XXQA 4YICA 3DP4A 3P7IA 4TQUQ 2HZLA 2F97A 2I0CA 4H6DA 5DVJA 1BLFA 1B5HA 1Q35A 2V25A 4QRZA 1N04A 2ALUA 2XXWA 4RY1A 3PV0E 4KD5A 2V84A 1B32A 1UIVA 3K2DA 1JVYA 1US4A 3JV9A 2HAVA 3G3FA 3FVKA 2HAUA 3GZGA 3FGSA 2REGA 3OOAA 2F36A 4X1DA 2GFEA 1B7UA 5CI5A 4ESXA 4LUBA 3S9EA 3S9MC 1SI1A 1LSTA 3DP6A 2GH9A 3HO7A 1URDA 3Q28A 1FTLA 4F19A 3PMVA 3G3KA 3K6WA 3OENA 3UN6A 4DCXA 5I57A 3BKIB 5B70A 4WXJA 2RC8A 1B4HA 4IGTA 5HPQA 1IQ7A 3UK4A 3RQTA 5I58A 1ZU0A 2UVJA 1DTZA 4NE4A 4GFRA 1R9LA 3RTFB 1MXXA 3C31A 3MZ1A 1A55A 1Y3QA 5H8FB 2ZNTA 1SW4A 4PQJA 4K3FA 3KEIA 3T22A 4Q0CA 3LUYA 5EYFA 2Q8JA 1B7ZA 4BDRA 4YB5A 4KPTA 2PYYA 1IEJA 4LZ7A 3OEMA 4F1VA 1XHYA 3TTMA 2PBWA 4X9TA 4U2RA 1EZPA 3PUVE 1B5IA 3CSBA 1OLCA 2W7YA 3HV1A 1SW2A 1LLSA 2DS9A 2XX8A 4ND9A 2AYSA 1NH7A 3N26A 3IB1A 2CMOA 1XS5A 1I69A 2Z8DA 1BKAA 3MP8A 1YPNA 4FJPA 2Z22A 1M5FA 3KBRA 5H8HB 5L8DA 4F3BA 3FVGA 3IO4A 4THIA 2I48A 3FATA 3U94A 3ZSFA 4YMAA 5DVIA 4AQ4A 1QW0A 1NFTA 3IB0A 3S2VA 5B7DA 4MLQA 3IR1A 1Y4CA 4EUOA 1MXZA 1B1XA 4F3PA 2I58A 1SD3A 2VGQA 2REJA 1Y3NA 2V3TA 1MXYA 3FJMA 3N94A 4JWXA 3GXAA 4ZEIA 1FW0A 3RNNA 3O66A 4YU0A 5FHMA 1DMBA 4PFYA 1B46A 3IOWA 4NWDA 5H8FA 4DLDA 3L6GA 5H8QA 1N3XA 5BUUA 3FVNA 4P11A 1OVTA 1OVBA 4NF4B 1IXCA 1QUKA 2LAOA 3MVYA 3SEWA 2WOLA 2XXRA 3QUFA 4G8HA 2YJPA 3T66A 3UGWA 3G3GA 3KSXA 1B0LA 1A40A 4WEPA 3IK6B 1EZ9A 4NF6B 4IO6A 4QFOA 4H8IA 1QULA 3SDFA 3G3JA 2RINA 2ONSA 1POY1 3EHTA 3C32A 4U23A 1Q1KA 3RYBA 2KLFA 3KG2A 4U1OA 5H8HA 3SEYA 3PMXA 3LSXA 2NVUB 4I1DA 3WAEA 2OZZA 5L9SA 1B40A 1EZOA 3KN3A 4F3SA 2CZLA 1LBBA 1ZTYA 3DRKA 1FCKA 5AA4B 1YCJA 3K6XA 3EPEA 4PETA 3T9VA 1ZLQA 3MC2A 4F31B 1P99A 1FQAA 3G3HA 1M5EA 1Y1MA 4H5GA 4N13A 2ZMBA 4M4GA 3HPIA 3RPWA 3PUZE 4FORA 3O97A 3OEKA 3K1PA 4POXA 2WOPA 4JDFA 3N6UA 2QMXA 2ZYMA 5I59B 3WAFA 2A5TB 3GBAA 5EHMA 4NF4A 2XXVA 3PPPA 4ZZEA 1SI0A 2NWJA 2H4IA 2O7IA 4QFKA 4G8NA 5H8NB 2Y7WA 1A8EA 5I56B 4GL8A 2XX9A 4NF6A 1MY2A 4ZEBA 2D21A 1O64A 5AA2B 3OO9A 1PB7A 4XKPA 1LAFE 2DE2A 2ZYOA 1UTBB 4OHNA 4OENA 2Y7KA 5HBCA 3C9HA 1MY0A 1Y20A 4IB2A 3U72A 1XOCA 1VFEA 4ZDMA 1FQFA 2H98A 1MG1A 1FTMA 1IXHA 1KWHA 1II5A 2Q89A 3PUXE 3UIFA 4ESWA 4RK9A 3KZGA 3QAXA 2DVZA 3JZJA 2F5XA 4XTCQ 2Y7RA 4NTLA 4DDDA 1LFGA 2P0SA 4ZZAA 3M3LA 1JETA 1NH8A 3T9HB 4LZ5A 1MH4A 1LAHE 5AA4A 3B6WA 1USYE 1YTVA 1IXGA 3OO7A 5H8SA 2GHAA 3FXUA 3E3KA 5KCJB 3TDJA 1P1NA 1MY4A 3SEUA 1N7WA 2O69A 1LFHA 2M8CA 2VP1A 1N0TA 3TEPA 2WOKA 3FV2A 5TU0A 4EXLA 2O51A 2XXIA 2PMSA 4U1ZA 2AL4A 2F6PA 3MJNA 2O1MA 4NWCA 3K6VA 1IITA 5I59A 1S7YA 2A5TA 2X7QA 3OD7A 4F1UA 4ZEKA 3KGCA 5DEXA 2G29A 4KCCA 1QUJA 4DXUA 4XIGQ 2Y84A 5CC2A 3FD3A 3I6VA 5H8NA 2HZKA 3U92A 5I56A 3H06B 3C4MA 3VLVA 4RPOA 2D3IA 2DWIA 3VV5A 3TELA 2XXHA 4EQBA 5TPAA 2XX7A 3CFLA 3H4ZA 3OMBA 5CMKA 2OCUA 4YAHX 1H3DA 1XVXA 1QJMA 1JNFA 1JW1A 5DTBA 5DVFA 3CFXA 5LOMA 1MXWA 1TXFA 4BDOA 1QKAA 4FAJA 2ZYNA 2QS3A 4MF3A 1BIYA 3TPAA 4KQPA 1LB9A 1B1HA 3PUWE 2XXPA 1B3EA 4OMBA 4TLMB 3UP9A 4YB6A 3N6TA 4C1TA 1WVJA 2DWJA 2ESNA 1P1QA 4BLAA 1XT8A 2XXXA 2OLBA 2HQ0A 4MFIA 4H65A 2DP8A 2DQVA 1XC1A 4ELPA 1O63A 4H0WA 2RF1A 1MQIA 1ELJA 1NMUA 2PT2A 1B2HA 4EXKA 3IB2A 3ECRA 4KYEA 1SW1A 1D9VA 4QFNA 1GR2A 3U93A 3ZS6A 3KN8A 2ABHA 1SYIA 4F22A 3GLBA 2R71A 1B3GA 4KYDA 2E1SA 3VDFA 1A99A 2IEEA 2PT1A 3BBRA 1Z7NE 2Q88A 1S50A 5JTYB 4RNSA 1Y3PA 3RT6B 4IGRA 3DRFA 4HCYA 3V5AA 4EF1A 3ILTB 2YLNA 1TFAA 2UYEA 3IL1B 4NMYA 1M5DA 1MQDA 4LZ8A 4F2QA 2NOOA 3KN7A 2OBGA 3KJ7A 5BWJA 4GOTA 1F9BA 4LA9A 4JB7A 1ZMGA 3LSLA 1MPCA 2QS4A 1PB9A 3ODBA 4FE8A 3Q26A 4JBZA 1H43A 4XKQA 1ZJLA 3MZ9A 1MPDA 4YB7A 2B4MA 3H6WA 3R7XA 1R9QA 1B5JA 2VOZA 3DM0A 5CBSA 3T9UA 3MZBA 2VD3A 5TP9B 4JXIA 2OK2A 1LCTA 1B52A 3W15C 1LFIA 3LR1A 1FQEA 1L5TA 3U8QA 3TCHA 1SDXA 4C1UA 1WODA 2V3UA 3MPLA 2V3QA 1YAEA 3IOVA 1CE2A 4U4XA 1OQHA 3K4UA 4GD5A 2GHBA 3PPRA 1MQHA 3D4CA 4GVOA 4GWOA 4R75A 5KDTB 1N76A 4RK2A 3MVZA 1P1WA 2O7UA 1FQBA 2UYFA 3HN0A 3V8XB 3TYHA 4POWA 1B4ZA 3ONMA 1Y1ZA 1PDAA 4EDPA 4U22A 4RJZA 4R72A 4JWOA 3TTRA 3QSLA 4EQ9A 4OTEA 2AIXA 2XXUA 1USYH 3DRJA 2QRYA 3ILUB 4XKNA 4F18A 4AB5A 4X48A 1Z7ME 2B65A 4GIZA 4NEDA 4Q30B 2I0BA 3TTLA 4XXUA 1LB8A 5J1DA 3FTOA 5IKBA 1LAXA 5CBRA 3CG3A 4YZZA 3PAMA 4DZ1A 1EH3A 3KFMA 5M2VA 5CRYA 1SYHA 3OSQA 2H25A 4QSCA 1MY1A 3FJ7A 2NUVA 3PU5A 1UTHB 2Q2CA 4KYSA 2XD2A 3OXNA 4IO2A 1IZ1A 1TFDA 4BDQA 3LC8A 2I3WA 2NXOA 4GLIA 3MW0A 4NF5B 2B3FA 2QPQA 3OSRA 4OESA 1NKXA 4X1BA 2QJEA 3HHGA 3T96B 4G77A 1NNTA 4IO3A 2X26A 3E4RA 3O6IA 1LCFA 3HCQA 3RN8A 5DT6A 3TZAA 2FA7A 2FNCA 3W9VA 4ZECA 4G68B 3C35A 4FECA 5KDTA 4IY6A 1MDQA 3E9XA 3FZVA 2HXWA 5FHOA 3M3KA 5AE4A 3G7WA 3SEXA 3Q29A 1NNPA 4YKKA 2VHAA 2RCAA 1S9TA 1QUIA 3CRBA 5HM4B 1R6ZA 1LGBC 1POTA 3MVXA 4WEDA 2Z8FA 5JEIA 2DE3A 3RT8A 3TAJA 4QF9A 1QVSA 2VD2A 4ECFA 2XXTA 1GGGA 4F39A 2DVCA 2O84X 3V89B 2DOJA 4U4SA 4O3CA 1WDNA 4IY5A 4PE5B 4R73A 2DE4A 3DRGA 1TT1A 3O6PA 1B51A 1TWYA 4G4PA 2GRVA 4U21A 1DOTA 1URGA 3BFUA 4JSDA 5DYHA 4R9FA 2Z8EA 4N07A 4BDLA 2F34A 3TKDA 4RPNA 2F78A 3CFZA 2B3BA 3MP6A 3M3FA 3BFTA 4PFWA 1ANFA 3DP8A 2O1LA 2D5WA 1I6AA 4HTGA 3VVDA 4DXBA 1BTJA 3C33A 3RUMA 3K0VA 4NF5A 2ONRA 1MQGA 3H7MA 4OWDA 2F7BA 2UXAA 1SBPA 3FJGA 3O29A 3B6QA 1AH5A 2I4BA 3K00A 2BJJX 4OVJA 3A3UA 4O3AA 1RKMA 1JEVA 2E0SA 3DRHA 3TTNA 3OO6A 3TODA 4YKJA 1LAGE 1R1NA 2RC9A 5ITOA 3MQ9A 5K2XA 3EQ1A 4R9GA 1H45A 3ZKLA 5AA2A 3SKPA 3V83A 3QUJA 1AOVA 1UTBA 3CIJA 4UA8A 1B05A 4H67A 3TCFA 3GBBA 4IO7A 5ELVA 1FTJA 4HW8A 3RTWB 4LQ2A 4P0GA 2DSFA 1EU8A 3PPNA 4IO4A 3HSTA 1AL3A 4NF8B 1HSEA 3O6GA 4KI0E 4GXSB 1VE4A 3VVFA 4OEUA 1RYXA 5L9MA 5AA2D 1MQJA 2A5SA 3D4GA 4R6HA 3KOTA 1B3LA 1US5A 4QFPA 1QKBA 3IJOB 1FQDA 1D9YA 1N84A 3DELB 1IUDA 3H3GA 1FTKA 4F3GA 2ZNSA 4ZEFA 3MPKA 4I62A 2V93A 3MP1A 2WKYA 3FASA 4OYVA 1SVXB 1CB6A 1PBPA 3CHGA 3I5OA 3O9PA 3VLUA 2AL5A 2PVUA 3TFLA 5KCJA 3TMGA 5KZTA 2P1SA 4QHQA 3B6TA 1ZKBA 4GL0A 2QMWA 1IXIA 3MWBA 3SEVA 2UVHA 2O6AA 3MAMA 3CI8A 3FUZA 5K2YA 3F11A 2ONKE 4PFUA 5L9OA 4QFLA 4OETA 4EQ7A 4JWYA 4R2FA 1DPEA 2R6GE 5I2NB 4F1YA 3E13X 4HS7A 4TOZA 5AA3A 3I3VA 3VXBA 1SQYA 5H8QB 4C0RA 4ELRA 4OFOA 3LBSA 2OWTA 1URSA 4G68C 5FTIA 1O7TA 3PMWA 3FIRA 5ICTA 3KOSA 4FATA 5EHSA 2FYIA 4R2BA 4YKPA 3OO8A 3SESA 3W9WA 2Q2AA 1N7XA 2DWAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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