4JSDA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with laminaribiose
Total Genus 212
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
212
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermotoga maritima
publication title Molecular details of ligand selectivity determinants in a promiscuous beta-glucan periplasmic binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
total genus 212
structure length 582
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4jsdA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jsdA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4jsdA02
3PPOA 1FCKA 2O7UA 2HFBA 3H6VA 3A09A 1HSEA 1MPBA 1PB7A 3ECRA 4N07A 1URGA 3K1PA 5BWJA 3BFTA 3TTMA 2V3TA 2QRYA 2A5TA 4IGTA 3FVGA 1H45A 3C35A 3LC8A 1B51A 2H4IA 1N0TA 3DP8A 3W9VA 2NXOA 5DEXA 5CMMA 3A3UA 4F29A 3SETA 2ONSA 1P99A 3EHSA 4F3BA 1ZBMA 5CMBA 4RA1A 3PGFA 3UORA 4ELPA 5CC2A 3R26A 3B6TA 4L17A 3E4RA 3KBRA 3SEYA 1MQIA 1MY4A 5I59B 1JW4A 3OELA 4MLVA 3H6WA 4HW8A 2RCBA 3FXUA 3HN0A 2DE2A 2QMXA 3BFUA 3H03A 1ANFA 1SD3A 3IOUA 2F7AA 1S9TA 4U1OA 3VV5A 2Y84A 4X48A 4EQ7A 5TPAB 3GBAA 3MP6A 2AIXA 3KG2A 2PT2A 1UTHA 3EQ1A 4OENA 2HAVA 2YLNA 3GZGA 3UIFA 1B58A 4H8IA 1LAXA 1Y1MA 5ICTA 1QULA 4GD5A 4BLAA 4Q8RA 1SW5A 3BKIB 4F3SA 4H1XA 2DE4A 2QS2A 4F22A 1SW1A 2XHDA 1NFTA 4OETA 5H8HA 1MDQA 1RYXA 1MQHA 3CFZA 2VD2A 3FATA 4ZEBA 2ANJA 2I0CA 3PD8A 1B3HA 2GRVA 4R9FA 3SEWA 1M5FA 3VXBA 3PD9A 4I1DA 5JTYA 3E13X 3T93B 2WOLA 3KJTA 2D3IA 1JNFA 3KSJA 3T9VA 2Y7RA 4OQOA 3BBRA 3I5OA 2P0SA 4F19A 1JVXA 3TELA 3THIA 4EUOA 3RQTA 4GFRA 3CIJA 4FATA 1MQDA 4NF5B 4ZEIA 3CI8A 2XXXA 1H76A 1SW2A 1B4ZA 4FAJA 3IOVA 4ND9A 4OZ9A 3MP8A 4GWOA 3K6WA 4LVQA 3OXNA 4MFIA 3QUJA 1FQBA 4X1BA 1O63A 5FTIA 4IGRA 3I6VA 3OEKA 2I3WA 4NF8A 1AOVA 1QW0A 1OLAA 4QSCA 3L6GA 2Z22A 4DXCA 4OXVA 4F3PA 4BDNA 1B1HA 2X26A 2F97A 3V89B 2DP8A 1PBQA 2QS4A 3IOTA 2ALUA 3S4UA 3RNNA 2I0BA 4IO4A 1H3DA 3KOSA 1QUKA 4YZZA 1N7XA 5ELVA 5B70A 1IITA 2I4CA 5I56B 3R7XA 2DSFA 3V83A 5HM4B 4NWDA 4OYVA 1MQGA 1POY1 4R75A 2ZXTA 1CE2A 4AQ4A 4MBPA 4OFOA 3FJMA 1VR5A 1Y20A 3LSFB 2WOKA 3RLFE 4U1ZA 5TP9A 3MPKA 2DWJA 3WAFA 3G3JA 4E0WA 1SI0A 1IXGA 4ECFA 3MVYA 3T96B 4QSEA 4JWXA 1Z7ME 4FE8A 1R9LA 4YKPA 3FV2A 1N04A 4NE4A 4ZZEA 2ZNSA 1N3WA 4R74A 4P11A 3DRFA 4R2FA 3T9UA 3C31A 2Z23A 1D9YA 3MJNA 4H5FA 4THIA 2F35A 4ZEKA 3VFJA 4Q5TA 3TYHA 2OZZA 1VFDA 4MLQA 2B4MA 1Y3PA 3QIMA 4DIGA 1N84A 2VD3A 2FYIA 5K2YA 1MM6A 4GL0A 1ZJLA 5I59A 4TLLB 4QF9A 4G68C 3O6IA 5AA4B 5IKBA 1H44A 2RCAA 2VGQA 4XTCQ 1UTBB 1MY0A 2DWHA 5AA1A 2RKMA 3DRHA 3N6UA 4H65A 3K00A 3MVZA 1LFIA 4P0GA 3DP4A 3S9NC 2UVJA 5TPAA 1LLSA 3FZVA 1A40A 3FUZA 3UP9A 1R9QA 4HTGA 3O6PA 1DOTA 3O66A 3HO7A 1GV8A 2XXWA 3MZBA 3K6XA 3CG1A 3CG3A 3LR1A 1A8FA 3ODBA 2OWTA 5DTBA 2V3QA 3DM0A 1XHYA 4JSOA 4H6DA 1B3GA 1DSNA 1MY1A 2ZYMA 4LZ5A 1YPNA 4WEPA 1TWYA 1XOCA 3TKDA 3DLNA 2D5WA 1M5EA 1LGBC 4JDFA 3RTFB 4UACA 4QSDA 3TEPA 1LSTA 2ZYNA 5F1QA 4C1UA 4LZ7A 1LAFE 1ZTYA 1N7WA 5A5XB 3HCQA 4XIGQ 4LZ8A 3VVFA 1QVSA 3FTOA 2A5SA 4ZE8A 1JEUA 4R72A 3CRBA 3FD3A 4Q0CA 1LFHA 3OO6A 3IL1B 4NF5A 1LFGA 1MDP1 1QUJA 4LUBA 2UVHA 3C9HA 2WOPA 3C4MA 5H8NB 1PC3A 4GRKA 1URDA 3SDFA 1MXUA 4X1DA 5EHSA 1GGGA 2Q8JA 4IO2A 3OD7A 3C32A 3OSRA 2R71A 1AIVA 2UYFA 3MAMA 4YAHX 4ELQA 5B7DA 2F6GA 3RGYA 1D9VA 4F1VA 1DTZA 3S2VA 1FTKA 3PPNA 3G3IA 1MRPA 4U22A 2F36A 2H5YA 4LQ2A 5K2XA 2ZYKA 2HEUA 3IJOB 4PFYA 1LCFA 2DOJA 3IB2A 3FVOA 1S7YA 2F6PA 1Z7NE 4DLDA 5HPQA 1JW5A 1FTLA 1YTVA 3EN3A 2QL3A 3FJGA 1QKBA 1PDAA 3RYBA 2XXUA 4FJPA 2O69A 5KCJB 2FNCA 3K6UA 2HZLA 3N6TA 3VXCA 5I56A 3QXMA 1Y9UA 1VFEA 2XXHA 1LBBA 3PU5A 4FECA 3CHGA 4KQPA 4DDDA 5ICQA 3QUFA 5DYHA 3UN6A 2OJTA 3O6GA 3MP1A 2Y7IA 1B40A 1B1XA 2I4BA 1XT8A 4BDOA 5H8FB 2O68A 3Q25A 4R6KA 4DCXA 3WAEA 3DRJA 5I57B 3VDFA 4C1TA 2RC8A 5CMCA 3FASA 3K4UA 4KI0E 3HV1A 4G2ZA 1O7TA 1N76A 3G3HA 4GL8A 3IO4A 1DMBA 1NNTA 3SERA 2ZYOA 4PFUA 3G7WA 3SEVA 3M3LA 1EZPA 1Y4CA 2H25A 3MVXA 4F2QA 3PMVA 4IY5A 2XX9A 4KCDA 3VLWA 2R9JA 2G29A 4ELRA 3ONMA 1JETA 3IX1A 1BKAA 1IEJA 5JEIA 1UQWA 4HS7A 4WXJA 2ABHA 5CBSA 1URSA 5DVFA 1FQCA 2O6AA 3RYAA 2UVIA 4LA9A 2XXIA 3H6UA 5AA4A 1CB6A 1UTBA 4LATA 2F5XA 3KSXA 3PAMA 4YB7A 3CSBA 1USYE 2E0SA 4M1VA 1F9BA 2H98A 3GXAA 2HAUA 3CR9A 1P1QA 5DT6A 3T22A 4KD5A 2O1LA 1PB9A 1MXWA 1Y3QA 3KOTA 4OFJA 4JSDA 2RINA 3G3GA 4H8JA 3T9HB 4RY1A 3OOAA 4YKKA 4BDMA 1B6HA 3RN8A 4ESXA 2Z8EA 3IB1A 3DELB 4ZE9A 2Y7PA 2OCUA 2OWSA 2H99A 3KFMA 3JV9A 2P1SA 4XKRA 2PVUA 4ESWA 3LUYA 3TPAA 1ELJA 1PB8A 1B5IA 2KLFA 1POTA 3PPQA 5L9OA 2O1MA 4AB6A 2XXTA 4QFPA 4TOZA 1A55A 4OMBA 5A5XA 5KZTA 4O3CA 3H6TA 3GLBA 3KEIA 2UXAA 1MXVA 3MVWA 3HHGA 3KJ7A 2GH9A 4Z7EA 3PUYE 3CSGA 1MM7A 4BDQA 4G68B 2CMOA 3TTKA 3MZ9A 3C36A 4RXLA 1LAGE 1IQ7A 5H8NA 1EZOA 1MY3A 4RPNA 3EHUA 4N6PA 2V3UA 5FHOA 5FHNA 2NOOA 3KN8A 2I3VA 4QHQA 1OMPA 3L6HA 2NUVA 1JVYA 4KFQA 4GXSB 5H8QB 3PUVE 4BDLA 4I62A 3IB0A 2Z8FA 4JB7A 1B3FA 4E0XA 3RT6B 3S9LC 4GXAA 3G3FA 3O29A 4QFLA 2THIA 4RK9A 4NF4B 1FQFA 4R73A 1P1OA 3PUXE 1PEBA 1GR2A 4ZEDA 2GHBA 1QJMA 1P1NA 3Q27A 2XXYA 2F7CA 1DPEA 2RC9A 3IOWA 4GVOA 3C33A 2XX8A 1HSJA 3MPLA 1ZU0A 5KCJA 1IUDA 3HHFA 3VLVA 4R6HA 5EHMA 3Q29A 5TU0A 1FQAA 3U94A 1AL3A 2X7PA 1B2HA 5JK4A 3S9MC 3TQWA 1DTGA 1ZKBA 2PBWA 1MH4A 4IO5A 2DVZA 1SVXB 2OK2A 5I2KB 5H8FA 1SW4A 3N5LA 3U8QA 1R6ZA 3U1OA 4DE8A 4BDRA 3LSLA 4EXLA 5I57A 1A54A 3O97A 5FHMA 3MQ9A 1OQGA 1US4A 4KR5A 4NWCA 5DVIA 3E3KA 3OMBA 5M2VA 1NKXA 1RYOA 2P2AA 1B0HA 4QFOA 1B52A 3UGWA 3DP6A 2Q2AA 1NNFA 4IO6A 1IIWA 5LOMA 3TCGA 1P1UA 1BLFA 2HCAA 3P7IA 3T9XB 1B4HA 4YB6A 3PPRA 4F1YA 1EZ9A 5BUUA 3H3GA 1MS7A 1US5A 1P1WA 2XX7A 3K2DA 3OO9A 4NTLA 4ELOA 4F39A 4QFNA 2UVGA 1GTKA 3U93A 5HBCA 4O3BA 3KN3A 3A3CA 4U23A 2DWAA 2R6GE 3QAXA 3KN7A 1IZ1A 5H8SA 4DCYA 3AXFA 2YJPA 4X9TA 3Q28A 4ONYA 3E9XA 2Q88A 4YICA 4LQ5A 3W9WA 4F31B 2DXRA 4XKQA 1XC1A 2REGA 2PX1A 2YPNA 2QSXA 3U72A 2VP1A 1B5JA 3ILTB 1TT1A 3EF7A 2IEEA 2ZNTA 2Q9TA 2VOZA 4RK2A 4PFWA 4JBZA 2OLBA 1OLCA 4F1UA 1B7ZA 5KDTB 3FGSA 1B46A 3JZJA 5ISUA 4GF8A 3QSLA 3T66A 1BTJA 2ONKE 1MXYA 2QS3A 1DPPA 5CRYA 2IA4A 1EH3A 3LSWA 1RKMA 2AYSA 4PFTA 4G4PA 3K02A 2DQVA 3H7MA 2I58A 3MUQA 1KWHA 2Y7WA 3OEMA 3RPWA 3CFLA 4G8HA 4QRZA 3TMGA 3UA8A 1R1NA 4R6YA 1LB8A 4OVJA 4Q30B 5AA2B 4GIZA 4U21A 4KPTA 2REJA 4HCYA 4EF2A 3RY3A 3UK4A 2RC7A 3PUZE 3TFLA 5CMKA 2O84X 1A8EA 4LP2B 4R2BA 4G68A 4POXA 2LAOA 3S9EA 4I9DA 5L8DA 1IXHA 3R6UA 5EYFA 3SEUA 1BIYA 4NMYA 3OO7A 3OO8A 3M3KA 3FV1A 3MW0A 2CZLA 3JYRA 3OENA 3DRKA 3B6WA 1Y4TA 2PMSA 2O51A 4NF6B 2XXVA 1ZMGA 5H8QA 2QJEA 5I2NB 3PMWA 1NH8A 5I58B 2B3BA 4KYDA 3K0VA 3M8UA 3V5AA 3IJXB 1S50A 3EPEA 1Y3NA 3W15C 1HSLA 4F18A 2F78A 1EU8A 3TUSA 2O7IA 2BJJX 5DVJA 4I8CA 4NF4A 3TCHA 1FTMA 4YMAA 3LBSA 3K6VA 2Q2CA 4IB2A 4DXBA 3ILUB 3QYTA 4JXIA 3OSQA 1Q35A 3I3VA 2ZNUA 4XKNA 1OIBA 1OVTA 3V8XB 1MY2A 4JWOA 3MC2A 1B5HA 5CM6A 1FTOA 1ATGA 4EQ9A 3USDA 4H67A 4ZECA 5AE4A 4KYSA 2XD2A 1B3EA 1TFAA 1SYIA 2GFEA 1I6AA 1D3KA 1A7LA 1B3LA 2DVCA 2DYXA 3TTNA 4EXKA 4YMBA 1FTJA 3TODA 4ISUA 1M5BA 4OFLA 5I2KA 4PP0A 4Z0IA 3FIRA 4ZDMA 1SQYA 3LVUA 4YKJA 1NH7A 2XD3A 2B3FA 4POWA 1XVYA 5F7VA 4U4XA 1VSOA 4JWYA 1SYHA 3O28A 1NL5A 2QPQA 2HXWA 3F11A 1B32A 4FEBA 2M8CA 4FORA 3FXRA 2RF1A 5L9SA 1MG1A 4ZS9A 2OBGA 1H43A 4RYAA 1T0KA 2A5TB 1JW1A 2XXQA 4H0WA 1YCJA 1WODA 2X7QA 1GVCA 2QS1A 3C34A 1FW0A 3G3KA 4MH5A 3K1NA 2E1SA 4GQOA 5DEXB 4RPOA 4M4GA 1UIVA 2ZMBA 3IO6A 1B0LA 3N26A 4WEDA 4KCCA 2I49A 2ESNA 4FEDA 2ONRA 3SESA 4KHZE 2DE3A 3IK6B 3M3FA 4OESA 4F3GA 2DS9A 3Q26A 2D21A 4U2RA 4IY6A 4P0IA 5ITOA 4GLIA 1JQFA 4OEVA 3H06B 4YKIA 4NEDA 4YU0A 3B6QA 1LBCA 3CVGA 5J1DA 3D4GA 1O64A 1J1NA 1MH3A 2G93A 2V25A 1QKAA 3IAZA 5CBRA 1N3XA 3LSXA 4HCWA 2HQ0A 3DRIA 1USYH 1A99A 1UTHB 4OERA 5L9MA 1UIUA 2FA7A 1WVJA 1MXZA 4FIMA 5KDTA 1MPCA 2Z8DA 1YAEA 3EHTA 2PT1A 1JEVA 1TXFA 4UA8A 5CI5A 3TCFA 4F2OA 4PQJA 3HPIA 1MXXA 1NNKA 1SBPA 2H9BA 2UYEA 3TAJA 4AB5A 3TTRA 2F7BA 3K1MA 2HZKA 1M5CA 4OTEA 5IAIA 3VVEA 3SKPA 3FJ7A 1LAHE 5H8HB 3QK6A 4PETA 4YB5A 2AL4A 3H4ZA 4U4SA 3DRGA 1I6QA 2W7YA 4EQBA 3CFXA 2I6EA 1II5A 4DXUA 3RUMA 5AA3A 1NMUA 2GHAA 5AA2A 2F8DA 1QUIA 2B4LA 4XKPA 3RTWB 3FXQA 1ZIUA 5JTYB 1ZLQA 3ZKKA 4ZZAA 1MQJA 1AH5A 1I6BA 1FQEA 4G8MA 4IO3A 3RT8A 4WKMA 3IR1A 1TFDA 4GOTA 1B9JA 4TLMB 3HSTA 3PPPA 1LB9A 3SEXA 3MZ1A 3VE1B 1AMFA 1PBPA 3PMXA 4XXUA 3O6HA 3IORA 1OQHA 1SDXA 1Y1ZA 2B65A 1B7HA 5ITPA 3FVKA 3B7DA 1Q1KA 1IXCA 1FQDA 4NF6A 1MPDA 3KGCA 2Y7KA 5I2NA 1I69A 3ZSFA 5AA2D 4G77A 4IO7A 4QFKA 4PE5B 4RNSA 5I58A 3K01A 4K3FA 4OWDA 5I84A 4OHNA 3ZKLA 3KZGA 3FVNA 1M5DA 3MWBA 4OEUA 3TDJA 4NF8B 4C0RA 4R9GA 3PV0E 2WKYA 3D4CA 1XVXA 2I48A 4O3AA 1NNPA 4H5GA 1IXIA 4ZEFA 3PUWE 3ZS6A 5FTHA 4EDPA 3U92A 1BP5A 1OVBA 4TQUQ 4DZ1A 3TZAA 2F34A 3O9PA 4LONB 2AL5A 2V93A 4N13A 1LCTA 2NVUB 2XXPA 3MBPA 1D4NA 1L5TA 2NWJA 4MF3A 4RJZA 1XS5A 3VVDA 3VLUA 2XXRA 3O2AA 4G8NA 1WDNA 2VHAA 2Q89A 4KYEA 2DXYA 1VE4A 3GBBA 1SI1A 3TTLA 2V84A 3TQLA 3N94A 2PYYA 4EF1A 1B7UA 2DWIA 5TP9B 1B05A 2QMWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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