4JSDA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with laminaribiose
Total Genus 212

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
212
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermotoga maritima
publication title Molecular details of ligand selectivity determinants in a promiscuous beta-glucan periplasmic binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
total genus 212
structure length 582
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4jsdA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jsdA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4jsdA02
1OQGA 2Q2CA 1N84A 4XKNA 1LSTA 3GBBA 1Y1ZA 1YCJA 3R7XA 2I3VA 4ESXA 4DXUA 2ZYKA 3KOTA 4F1VA 3CI8A 3OEKA 1UTHB 3IB1A 4AQ4A 3VV5A 4FJPA 5JTYB 5AE4A 4KYEA 1MDQA 3C35A 4KPTA 1USYH 3KJ7A 3MVZA 4OFLA 2Z23A 2OCUA 2QRYA 3W9WA 2REJA 4YU0A 2HZLA 3CSGA 2X26A 2XXIA 4DZ1A 5AA2B 4OENA 4I1DA 4IB2A 4FEDA 2V25A 1QULA 5CRYA 3G3HA 4R75A 3FIRA 1MXUA 1JVXA 3KGCA 1ZU0A 2AL5A 3QYTA 4POXA 4LZ8A 4E0XA 4EUOA 1URSA 4E0WA 4BDOA 3T66A 4RPNA 1B51A 4KCCA 1B0LA 1O7TA 1AMFA 3E9XA 2F6PA 3R26A 4NF8A 1OMPA 2IEEA 3G3KA 3SEYA 1P1WA 1VFDA 3U94A 1B58A 2OJTA 4KQPA 2X7QA 3SEXA 1R1NA 3ODBA 1Y20A 4QSCA 1UIUA 4JSOA 4YB5A 2Y7RA 1I6QA 4RXLA 3KFMA 3JYRA 1HSEA 5EYFA 1VR5A 1FTMA 4OHNA 1H3DA 3DP6A 2NOOA 3RT6B 3A3UA 2PT2A 2IA4A 3M3KA 4H8JA 4ECFA 5AA1A 2DOJA 4HW8A 1LAFE 4F3BA 4RNSA 2DE4A 1TFDA 1MY1A 1S9TA 3C31A 4H67A 3OO9A 3OO8A 3T96B 3OO6A 4G68A 3QXMA 1SYHA 5I2NA 3IO4A 2XXTA 1FQFA 2X7PA 1LBBA 2RKMA 3PMVA 4QF9A 2I0BA 1POY1 1XC1A 3TTNA 1QKAA 1A8EA 4KYDA 2ZNUA 4R73A 3HPIA 4X1BA 5I84A 3U1OA 2I4BA 3TEPA 2HCAA 3ZKLA 3B6TA 4PP0A 1JEVA 3MWBA 3PD8A 1JW5A 5CMBA 4GXSB 3L6GA 4XKQA 3OXNA 4F22A 5DEXA 3KJTA 3Q28A 2HXWA 1LFIA 1POTA 4JB7A 2VOZA 5I56A 1URGA 1Q35A 1DPEA 3S9MC 2FNCA 4WXJA 4GL0A 3K1PA 3T9HB 1Y3PA 1MXXA 2AYSA 3Q25A 3RPWA 1NKXA 3EN3A 4R6YA 3FZVA 3TCGA 1Y3NA 5B70A 2H4IA 4EF2A 3USDA 4ZDMA 2DWAA 1B40A 1YTVA 2V3UA 2XXVA 1S50A 1N76A 3MZ9A 3K6WA 3IOWA 3PUZE 1LAHE 4P11A 4PE5B 1LB9A 3CSBA 5TP9B 1PEBA 2DVCA 4C0RA 2H5YA 1NNPA 4NEDA 1P1QA 4U22A 3KBRA 3KN3A 1N7WA 3PU5A 1MG1A 5EHMA 1A54A 3KN8A 3SDFA 4NF6B 4H6DA 3PAMA 5F1QA 3TPAA 4TOZA 2DP8A 1MY0A 4BDNA 2XXXA 5I59B 3E3KA 2HEUA 1MPBA 4OEUA 4DCXA 2QJEA 4KCDA 3UN6A 3JZJA 5A5XA 1Y4TA 4MBPA 4G8MA 2QS3A 4YMAA 3MBPA 2R71A 3TQWA 3H7MA 4ZEDA 4ESWA 1M5CA 3B7DA 4RK9A 2B65A 5TPAA 4KHZE 5CMCA 4LZ7A 2D3IA 2GFEA 5FHNA 1KWHA 1ZKBA 1FQAA 1GVCA 1GR2A 4DXCA 3B6WA 3FV2A 4U4SA 3OENA 4F1UA 3TCHA 5FHMA 3IAZA 2UXAA 3FXUA 3W9VA 4GXAA 3T9VA 3OMBA 1I6BA 5ICQA 3PPNA 4L17A 4LATA 1RKMA 2B3BA 1B5HA 5F7VA 5I57A 1PB7A 4F31B 4F2OA 3FD3A 3E13X 1UQWA 1SI0A 4IGTA 2DS9A 2ZYOA 3H6VA 1MDP1 1CE2A 4MH5A 4YKKA 3FVKA 1P99A 1YAEA 1EU8A 4JSDA 1USYE 2H99A 4GWOA 4YB7A 2H25A 4OZ9A 2ZNSA 3KSJA 2O68A 4G8NA 2XX8A 2F7AA 1FTJA 1Y1MA 4NWCA 3E4RA 5HM4B 4G8HA 5AA4B 4IO6A 3DRHA 1LGBC 4XKRA 3SEWA 5IAIA 4FEBA 1AL3A 1LAXA 3Q26A 4F29A 3JV9A 1ZJLA 1YPNA 4HCWA 5TU0A 3ECRA 1R6ZA 5FTIA 4JWXA 2QS2A 2ABHA 4FECA 5AA2A 3FTOA 2P0SA 1B46A 4HTGA 4F39A 4N07A 2F5XA 3FGSA 3U8QA 4LP2B 2GHBA 1OVBA 1MXYA 4EF1A 3MQ9A 4R9GA 2V93A 4GIZA 1MH4A 4RJZA 1MQHA 4PFWA 1B7ZA 3BFTA 4O3CA 3EF7A 1FQCA 1HSLA 1SD3A 1WVJA 4KFQA 1MQIA 3PUWE 4Q30B 2Z8EA 3S4UA 3FV1A 3V8XB 3VFJA 4XTCQ 4YKIA 3U72A 2ONSA 1VSOA 3IL1B 2VP1A 4JWOA 2QMWA 1JVYA 4HS7A 3B6QA 4GLIA 3HHGA 2HAVA 3UP9A 5ICTA 4P0GA 3I5OA 3RTWB 1L5TA 4F18A 4OVJA 4F1YA 2QS4A 1J1NA 3RTFB 3PV0E 1MY4A 2DYXA 4LZ5A 1IITA 2VHAA 1LCFA 4ZEFA 3OSQA 4TLLB 3TQLA 3BBRA 3H6UA 2UVJA 3CIJA 4R6HA 3HSTA 2HFBA 3M8UA 3I3VA 4F3SA 4GOTA 3TTLA 4FATA 1B7HA 2F7BA 5L9MA 3EHTA 2W7YA 5H8SA 4PFYA 3TDJA 3L6HA 2I6EA 1SW4A 3H03A 2B3FA 2XD3A 3O97A 1XS5A 2ZNTA 4OFJA 3FVGA 3MZBA 1PC3A 2XX7A 3TFLA 1FCKA 4LUBA 2OWSA 5AA3A 1JW1A 1SQYA 1D9YA 2D21A 5H8FB 2O7IA 5FTHA 2ALUA 4QFPA 1EH3A 2OWTA 3UORA 2O6AA 2RC9A 3VLWA 1US5A 3K6UA 4U23A 1LB8A 1DTZA 3UK4A 3LR1A 3CVGA 1O64A 3DRKA 1WDNA 2RCBA 1Q1KA 2F7CA 3LVUA 4IO3A 5FHOA 3DRIA 2XXYA 2OK2A 3PUVE 3KSXA 4EXLA 5KCJB 1B3HA 2O84X 4POWA 5ISUA 4BDMA 3TKDA 4P0IA 4UACA 4LONB 1QUIA 2PBWA 1B7UA 2XXWA 4Q5TA 1BTJA 3CFLA 5CMKA 5TP9A 2ONRA 5KDTA 1B1XA 4I8CA 4OTEA 1B4HA 1T0KA 3THIA 4GL8A 1TFAA 4U2RA 4OQOA 1QUJA 3SEVA 4M4GA 4NF6A 4U21A 2DE2A 1D4NA 4ND9A 2H9BA 5I59A 4WEPA 2AL4A 2DWJA 1D3KA 3DELB 1MXZA 4ZE9A 1B52A 1HSJA 2A5TB 3PPOA 1AOVA 4NF4B 3CG3A 4BDQA 3QSLA 2I0CA 3FVOA 4G4PA 3K1MA 3IOVA 2RC7A 3TTRA 1NMUA 4BDLA 1VE4A 1FTLA 3C9HA 4FIMA 1DSNA 3Q27A 3VXCA 3GBAA 1XOCA 4PFTA 5CBSA 4IO5A 3MAMA 1P1NA 4OFOA 2Y7IA 2UYEA 1B32A 1ZLQA 1A99A 2FA7A 3SEUA 3T22A 4RY1A 2P1SA 3O6HA 1TWYA 1MH3A 3G7WA 4R2FA 3PMWA 4LVQA 2WOPA 2P2AA 4R6KA 2RC8A 2THIA 3RNNA 1Z7ME 1MPDA 5CMMA 3O6GA 5K2YA 1AH5A 1XT8A 2DWHA 3C4MA 4GQOA 1MQDA 4XIGQ 4LQ2A 4YKJA 2XXRA 4ZS9A 3PMXA 2O1LA 3QUFA 3HCQA 4OERA 3TTKA 3C32A 1IXHA 3AXFA 3EHUA 1US4A 5AA4A 3IK6B 2Z8FA 1RYXA 2GHAA 4HCYA 1H45A 1OVTA 2DWIA 3H6WA 4F2QA 4MLQA 2NWJA 1N7XA 4DIGA 3PPQA 1NNFA 4NF8B 1N04A 3MUQA 2PYYA 2V3QA 3TMGA 2LAOA 4GF8A 3M3LA 2O51A 5B7DA 3T93B 5L9SA 4NE4A 3S9NC 3C33A 3TYHA 1SI1A 1MM6A 4YMBA 3SESA 3QK6A 4QSDA 4ZZAA 3MPKA 1NNTA 1SW1A 4X48A 3CFZA 4MF3A 1IIWA 4ZECA 1I69A 2QL3A 1WODA 2Z22A 1SBPA 4NTLA 3RQTA 3K01A 3IX1A 3VVDA 2PT1A 2DE3A 1ZTYA 5H8QA 2F34A 4THIA 4G68C 3VXBA 3IO6A 2E1SA 4H65A 4FE8A 1QJMA 3SKPA 3WAEA 1B5IA 2F97A 3ZSFA 4RPOA 3G3JA 4R74A 2WOKA 1B6HA 4O3BA 4F3GA 4R9FA 4AB5A 1B0HA 5I2NB 2UVGA 5CM6A 4H8IA 3K6XA 2VD2A 1FW0A 4AB6A 3CRBA 3LSXA 2H98A 1DOTA 1UTBA 1AIVA 3IJXB 4QSEA 1SYIA 1PBQA 1MPCA 5DEXB 3D4GA 3DRFA 2V84A 3MP1A 4FORA 5I56B 1PB8A 1IZ1A 3W15C 3MVWA 1GTKA 4IO7A 1FQDA 3GXAA 5J1DA 2BJJX 1MQGA 4RA1A 1P1UA 3H06B 5I58B 1QVSA 1UTHA 2R6GE 1H44A 2Q2AA 2DXRA 3PD9A 4U4XA 1JETA 3DP4A 5DVIA 3O6IA 4YZZA 4H1XA 3N6TA 5JTYA 1B3LA 3T9UA 2CZLA 3BFUA 4ZEIA 3TCFA 2ANJA 1UIVA 3H3GA 1FTOA 1CB6A 4Q8RA 1IQ7A 3G3IA 2HQ0A 4JWYA 1B4ZA 3FXRA 1MS7A 1S7YA 2DQVA 3TODA 1JEUA 1N0TA 3MZ1A 3TTMA 4TLMB 5BUUA 5JEIA 1I6AA 1XVYA 2HAUA 1LFHA 3O9PA 1DTGA 1NH7A 2REGA 2O69A 3T9XB 1FTKA 3H4ZA 2GH9A 1NH8A 5HPQA 4K3FA 1Y3QA 3HN0A 1SW5A 3IB0A 4YAHX 5DT6A 4H5FA 4IO2A 3FATA 1N3XA 3N94A 2NXOA 4JBZA 5TPAB 5DVJA 4QFOA 3RGYA 2YJPA 4ZZEA 1B9JA 2UYFA 5H8NB 2I48A 2Q89A 3A3CA 2ZYMA 1MXWA 2OZZA 1II5A 3RYAA 2R9JA 4OETA 1BKAA 4ELQA 2XHDA 3RY3A 3PUXE 4OXVA 1M5DA 2A5TA 4XKPA 3I6VA 4NF4A 1N3WA 2QMXA 4DLDA 3D4CA 3BKIB 3IOUA 3DRGA 4LQ5A 4IY5A 4ISUA 4ONYA 1R9QA 4C1TA 1GGGA 1A7LA 4QFKA 5M2VA 4UA8A 3MJNA 1B5JA 1IXGA 4KR5A 4QHQA 5CBRA 2Z8DA 5HBCA 3MP8A 4EDPA 2UVIA 2Q9TA 3GZGA 3HO7A 3N5LA 2PVUA 4C1UA 3VE1B 2RCAA 4ZEBA 2I49A 3EQ1A 4OESA 1D9VA 1RYOA 4NWDA 4X1DA 3RT8A 5H8HB 4PFUA 1ANFA 2RINA 1FQBA 3ZKKA 1QKBA 3KG2A 2VD3A 2FYIA 3LSLA 1BLFA 3FJMA 5DYHA 2ONKE 4OEVA 4U1OA 3QAXA 5L9OA 1IUDA 4YB6A 1ELJA 2XX9A 3ZS6A 1Y4CA 1TT1A 3OEMA 1MY2A 1PBPA 5CI5A 2G93A 2Y84A 4TQUQ 2E0SA 3K00A 1MM7A 1EZOA 1MRPA 1M5EA 1JW4A 4IGRA 4DXBA 3ILUB 2CMOA 4G77A 4ELRA 4IO4A 4IY6A 3S2VA 4I62A 4BDRA 1O63A 4N13A 2HZKA 4EXKA 3RLFE 2XXPA 3SERA 2Y7WA 3HHFA 4ELOA 1B3FA 3VVEA 3QIMA 3GLBA 2OLBA 1H76A 3OOAA 4NF5B 1LAGE 1P1OA 3DRJA 1SDXA 3O29A 5I2KB 1OLAA 4Z0IA 2ZMBA 1GV8A 4ZE8A 1F9BA 4PQJA 3P7IA 1Z7NE 4JXIA 2G29A 4EQ9A 3IB2A 4H5GA 3K2DA 4DCYA 3O66A 2A5SA 4KI0E 3LSFB 3G3GA 4OWDA 4RYAA 4RK2A 3IOTA 1JNFA 5L8DA 1LLSA 3ILTB 3TAJA 3S9LC 5AA2D 1EZPA 4R2BA 1Y9UA 2O7UA 4GFRA 3PGFA 2Y7PA 3QUJA 3MVYA 1A8FA 4QRZA 4O3AA 4EQ7A 2DXYA 3V89B 3HV1A 3DLNA 3K0VA 4XXUA 1R9LA 4X9TA 1SVXB 5JK4A 3O2AA 2M8CA 4EQBA 2QPQA 3KOSA 5I58A 3UGWA 3FASA 3PUYE 2Q8JA 1SW2A 1OIBA 1A40A 4WEDA 2WOLA 4BLAA 3DP8A 1B1HA 1URDA 2B4MA 2NVUB 1XHYA 5KDTB 1ZIUA 2O1MA 4MLVA 2ESNA 3C34A 2F8DA 2UVHA 3EHSA 3CR9A 3V5AA 3LBSA 3IR1A 5ELVA 1NL5A 2Y7KA 4DDDA 3PPPA 3IJOB 2WKYA 1PDAA 2I58A 3MW0A 2I4CA 2YLNA 3VLUA 2F78A 3RUMA 2GRVA 1NNKA 1B2HA 2V3TA 4PETA 3LSWA 3LUYA 5K2XA 2VGQA 1M5BA 4GD5A 2XXHA 3U92A 4Z7EA 1EZ9A 3KN7A 3O28A 1OQHA 3MC2A 4KYSA 3RN8A 3OSRA 4G68B 1BIYA 2XXQA 4ELPA 3MP6A 5H8NA 1IXCA 4OMBA 4H0WA 1B05A 5IKBA 5DTBA 3OD7A 3N6UA 1LFGA 3M3FA 3KEIA 4U1ZA 1JQFA 2PMSA 4KD5A 3K02A 3VDFA 2KLFA 3F11A 5BWJA 3N26A 2ZXTA 4GVOA 3FVNA 4G2ZA 4M1VA 3K6VA 4F3PA 3K1NA 1ATGA 3CG1A 2RF1A 3K4UA 2DSFA 4ZEKA 2XD2A 5CC2A 3UIFA 2AIXA 4MFIA 1XVXA 4N6PA 5H8FA 3ONMA 5DVFA 1OLCA 3CHGA 1H43A 5H8HA 4R72A 1M5FA 2Q88A 3FJGA 3U93A 3V83A 4JDFA 4QFNA 2QSXA 2XXUA 3C36A 1IEJA 1MXVA 1QW0A 3S9EA 5KCJA 4WKMA 4GRKA 3MPLA 3EPEA 1BP5A 3DM0A 2YPNA 4NMYA 3FUZA 3CFXA 3IORA 1FQEA 1ZMGA 3FJ7A 5A5XB 3VVFA 1IXIA 2OBGA 1DMBA 4Q0CA 4OYVA 3OELA 5LOMA 3A09A 3RYBA 1B3GA 3MVXA 5ITPA 3WAFA 2F6GA 4LA9A 3O6PA 4I9DA 5KZTA 2I3WA 1TXFA 4F19A 5H8QB 1A55A 2F35A 3SETA 2F36A 5EHSA 3UA8A 2B4LA 1QUKA 3TELA 5I57B 3G3FA 4NF5A 1NFTA 3KZGA 2DVZA 3R6UA 4DE8A 4FAJA 2NUVA 3TUSA 3H6TA 3PPRA 1VFEA 3LC8A 3OO7A 1MQJA 5I2KA 3VLVA 3Q29A 1UTBB 2D5WA 2PX1A 1ZBMA 1MY3A 3TZAA 4YICA 1PB9A 4YKPA 1B3EA 5ITOA 2QS1A 1LBCA 1LCTA 3FXQA 1DPPA 2ZYNA 4QFLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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