4OERA

Crystal structure of nika from brucella suis, unliganded form
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
DPKLNFSWPVNVGPLNPHLYSPNQMFAQNMVYEPLVHYNADGTVGPWLAESWEASQDGRSYTFKLREDVKFSNGEVFDAAAVKANIDTVLQNRPRHNWLELVNQMVSAEVVGPYKVRINLKKPYYPLLQELSLPRPFRFIAPSQFKNGGTADGIVAPIGTGPWKLTETKLGEHDVFTRNDSYWGPKPAYEQITVKVIPDPNTRAIAFEAGEIDLIYGTEGPISPDTFERFQKMGIYNTELSEPLETRVLALNTNHGATKDLAVRKAINHAVDKDTMIATVLYGTQKRADTLFADNVPYANIGLKPYAFDPALAARLLDEAGWTAKASGDIREKDGQPLAIELCFIGTDAISKSMAEIVQADLRKVGIDVKLTGEEESSIYARQRDGRFDMIFNQTWGAPYDPHAFVSSMRVPSHADYQAQLGLPDKAKIDAEIGQVLVSTDETARQALYKDILTRLHEEAVYLPLTSVTAMAVAKPEVGKITFGAMSSEIPFEKLTPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Brucella suis
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NikA protein
total genus 170
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oerA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oerA01
2XXIA 5EHSA 3TCGA 5DYHA 4EF1A 5CMBA 3FXRA 3TQLA 3MC2A 3RGYA 1HSEA 1OQHA 2OBGA 4OTEA 1URDA 3ECRA 4EQ7A 3EHSA 4F3BA 3TFLA 3CVGA 3BKIB 3VV5A 1MXUA 1QUKA 4FJPA 1LBCA 4P0IA 3FATA 1MXVA 2ZNUA 4QFPA 4HCYA 2H4IA 3N6UA 4OEVA 2V84A 4F1YA 2ONSA 1KWHA 1H44A 3IOWA 3SEUA 3QAXA 3M8UA 4IO2A 2O6AA 1AMFA 4GVOA 3C31A 1II5A 1QUIA 3K01A 3WAEA 2RC8A 2HEUA 4ECFA 3MZBA 1QJMA 4TQUQ 3IK6B 4POXA 3LSXA 2F8DA 3EHTA 4BDOA 1FQCA 4AQ4A 4F1UA 2ZMBA 3MPKA 3SEVA 4R2FA 3T9UA 1XS5A 4GFRA 5F1QA 2ANJA 2XXUA 4LA9A 1ZKBA 4R72A 1B0HA 3UK4A 5IAIA 1B32A 5ITOA 5I57B 2F78A 1IEJA 4FEBA 1SW5A 3N6TA 2KLFA 5ICQA 4PFUA 3ILUB 4O3AA 3O28A 4E0XA 4MH5A 3ONMA 2PX1A 3B6QA 3VLVA 2I3VA 2ONKE 3V8XB 3PD9A 4RPOA 4R6YA 5FHNA 4H8JA 1URGA 3FIRA 3K6XA 3S9LC 1B7HA 2QS1A 2G29A 4R2BA 2HAVA 2YJPA 1JVYA 4DE8A 1JW1A 1O63A 4OEUA 2P2AA 4N07A 3RY3A 3IOVA 4H65A 2OWSA 4TLMB 1BP5A 1D9VA 1EU8A 4JWOA 1FTMA 1MXZA 5I57A 2F7CA 2WKYA 3H06B 2QMWA 4WEDA 2GFEA 1P1OA 3MPLA 4YICA 2CMOA 1MQIA 1PC3A 1WDNA 1IQ7A 4KQPA 2PVUA 4YKIA 1NH8A 1SQYA 2XHDA 5HM4B 3FVNA 2DVZA 3OXNA 4F3SA 1JW4A 3RT6B 4NF5B 2OCUA 4G8NA 1TT1A 1GVCA 5FHMA 3V89B 4DZ1A 2QL3A 3T93B 3TDJA 2B3FA 1B3HA 2A5TB 1IUDA 3FVOA 3O97A 2DS9A 3U93A 3E13X 1N7WA 3K00A 1SI1A 1SW1A 1ZU0A 3KZGA 1CE2A 3DELB 5CMMA 1DOTA 4OERA 2XXXA 1SDXA 3OEKA 2I0CA 1PBQA 4DCYA 2UYEA 5I84A 2VOZA 4GLIA 2Y7WA 3TTKA 1GR2A 3QIMA 3EPEA 3IX1A 4RJZA 3CG3A 3PPQA 3PUYE 4NWDA 4G4PA 4KI0E 1MY1A 4NF4B 3CHGA 3K1NA 4U22A 3RTFB 4NF5A 3G3IA 3SEYA 2XX7A 2ALUA 3SEWA 2GHBA 1PB9A 4E0WA 3RYAA 3QYTA 5CI5A 3DP4A 3EHUA 1MQJA 1POTA 4ND9A 3MAMA 2QSXA 5CBSA 3N26A 2OZZA 3O2AA 4HTGA 4G68B 3UORA 3L6HA 4FIMA 5ELVA 1FCKA 3OSQA 3TTLA 2QS3A 1ELJA 2THIA 1NH7A 1UIVA 2Z8FA 2V25A 3MBPA 1DPEA 5JEIA 2ZYNA 4P11A 2Y7RA 3LC8A 5H8HA 3SETA 1SBPA 4O3CA 4XKNA 3VVFA 2PT2A 1R6ZA 1LAXA 3Q26A 1Y1MA 3RPWA 2V3UA 5L9SA 4NE4A 2I0BA 3TYHA 4NF4A 4DXCA 2UVHA 5H8NA 5I59B 1IIWA 1IXGA 5FTHA 1ZJLA 5KDTA 3VLUA 3C36A 1S50A 1PB7A 1NMUA 1VFEA 1N04A 4PE5B 4ZEBA 1RKMA 1BLFA 5A5XB 4U4SA 2G93A 2DWJA 1NL5A 3ZSFA 1DMBA 5AA4A 2VGQA 2X7QA 1TFAA 2RC9A 1MDQA 2AL4A 3IB2A 3CIJA 3MW0A 1I69A 4JSDA 4X1BA 3C4MA 4Q5TA 4F22A 1H76A 4HCWA 3FVKA 2AYSA 3JYRA 4DXBA 3U92A 4EDPA 4EF2A 3H03A 1MRPA 1QVSA 3SESA 4F29A 5I2NB 1Y4CA 3KOTA 2XXTA 4RK2A 5LOMA 3O6HA 4ELOA 5I59A 3G3HA 3RYBA 4GRKA 5L9OA 2XXVA 1Y1ZA 2WOLA 3SKPA 1TFDA 3M3FA 1LCFA 2YPNA 4IY6A 4BDMA 3U94A 1JNFA 2UXAA 5A5XA 3OEMA 2AIXA 4K3FA 4KFQA 2F5XA 1JVXA 2RINA 3RUMA 3RNNA 3B6WA 3GXAA 1B6HA 2H98A 2QRYA 2NXOA 4YKJA 4JWYA 4U21A 3MJNA 4RXLA 5CMKA 1ATGA 3UGWA 4RYAA 3RLFE 4PP0A 4OYVA 4GXAA 2HFBA 3H6WA 1WODA 4QRZA 4JWXA 2XXHA 4X1DA 1POY1 1NFTA 1OVTA 4RK9A 3DRFA 1FTLA 1LFHA 3IO6A 4NF8B 2QMXA 5AA2D 2GH9A 2Q2AA 1VSOA 1B5HA 3FV2A 5DTBA 3TZAA 4ESXA 3RT8A 4ZEKA 2RCAA 5CRYA 3JV9A 1MY0A 2Z8EA 3FXQA 1MY3A 4C1UA 2W7YA 3K1MA 2ZXTA 1B7UA 3FJMA 5BWJA 4Q8RA 1MG1A 4NEDA 4ELRA 4H1XA 4R75A 2I4BA 3VXBA 3H6UA 2DP8A 1B3GA 3PU5A 1LBBA 3MP8A 5AA1A 3FUZA 2F97A 5AA2B 2Q8JA 4LUBA 5F7VA 3W9VA 5DVFA 1PDAA 1UQWA 2UVGA 3TTNA 2DOJA 4DCXA 3A09A 2R9JA 3G7WA 1US4A 4AB6A 4Q0CA 3C32A 3E4RA 4MBPA 2REJA 3HSTA 4XKPA 2F34A 2F6PA 3T9VA 4FECA 3QUJA 2CZLA 1O7TA 2X26A 3VVEA 4LZ5A 1B3LA 4Q30B 4XKRA 4YB6A 3FJGA 1SD3A 3F11A 2E0SA 3H3GA 3THIA 4I9DA 1RYXA 3K0VA 3KJTA 1LSTA 5DT6A 4C0RA 3T66A 5I58B 1OVBA 2D21A 3KOSA 5IKBA 2ZNSA 3FJ7A 1FW0A 2Y7IA 2HZLA 3ILTB 1P1UA 4OMBA 5AA2A 1B52A 1LCTA 1B9JA 5AA3A 3EN3A 2RC7A 3PD8A 2NOOA 1MXWA 4BLAA 1MY4A 1SW4A 1H43A 2DWIA 1Y3PA 3KN3A 4G77A 2VD3A 2NWJA 4GWOA 2XXYA 1LB8A 5TP9B 1O64A 1IXHA 2DXRA 2XXRA 1OLCA 2I58A 5FTIA 3FV1A 1AL3A 4MFIA 1OMPA 1NNPA 1A7LA 3G3JA 3IOTA 5EHMA 3O29A 2P1SA 1QW0A 3WAFA 3S2VA 1MQGA 4OWDA 2Z23A 3TTMA 4F19A 4ZZAA 1FQEA 2OJTA 3HN0A 4GQOA 3O9PA 1USYH 4ZZEA 3SDFA 4KYEA 3MQ9A 3CFZA 3JZJA 2Q88A 1MM7A 1NNFA 3TELA 4UA8A 1MXXA 3Q29A 4RY1A 5TP9A 1FQFA 1MDP1 1MM6A 4NTLA 3MZ9A 3OO9A 4UACA 1N3XA 1LB9A 1NNKA 2UVIA 4RPNA 3O6PA 3M3LA 1DPPA 1I6AA 4JBZA 4Z0IA 3G3FA 2R71A 3IB0A 1FTOA 1SW2A 4LZ8A 2DWHA 1B2HA 3OOAA 3O6IA 3OMBA 1US5A 4EXLA 3HHGA 1MQDA 2XX9A 1AIVA 3PPOA 4ONYA 1PEBA 3K4UA 2HZKA 5TPAB 1LFGA 4P0GA 1UTBB 2F7AA 2HCAA 4XIGQ 3IR1A 4FEDA 3OO6A 3G3KA 4OFLA 3V5AA 4BDQA 1R9QA 1B3FA 1Q35A 1JETA 1F9BA 1LGBC 1LAGE 3TEPA 1EZPA 2ZYMA 4GD5A 5J1DA 4BDLA 2A5TA 4OHNA 3B6TA 3N94A 1P99A 1YTVA 2O7UA 4FATA 1YCJA 1HSLA 1IXCA 1MPCA 1JQFA 1PBPA 3B7DA 4EXKA 3DP6A 5ISUA 4YU0A 4F2OA 4I8CA 2XD2A 5I2KB 4TOZA 4GL8A 4GL0A 3U1OA 4ELQA 2ESNA 4M4GA 1UIUA 3GBBA 5ICTA 4BDRA 4IY5A 2F36A 3IOUA 2DYXA 4DDDA 4OENA 1ZTYA 3LBSA 3PGFA 3W9WA 2O7IA 4IGRA 1M5EA 3TCFA 4YB7A 3UN6A 1JEUA 2F6GA 3H4ZA 3LR1A 3MVXA 2HXWA 1N0TA 2OWTA 5M2VA 1B5IA 5JTYB 4RNSA 2O69A 4LONB 3A3CA 2VHAA 4H5FA 3K2DA 3FD3A 1B3EA 2ONRA 2ZNTA 3OO7A 4F31B 2VD2A 5ITPA 3H6TA 2GHAA 2Q9TA 3E9XA 4FE8A 2Z8DA 4LQ5A 3TKDA 2P0SA 4DIGA 4G68A 4GIZA 4Z7EA 1TWYA 3I3VA 1IXIA 4OXVA 4JDFA 4U1ZA 3QK6A 2XXWA 5I2KA 2QPQA 1XVXA 1NKXA 4R6KA 2Y7KA 4QFNA 3Q25A 4IB2A 3P7IA 3I6VA 2RCBA 3PUZE 2FYIA 3DRIA 4QSEA 4QF9A 4H67A 1XC1A 3MZ1A 1XHYA 3MP6A 3FVGA 3KFMA 1P1NA 3KBRA 4ISUA 4WKMA 3VFJA 3KEIA 2DE4A 4POWA 1T0KA 5EYFA 1LAHE 1ZLQA 3H6VA 3C33A 4PETA 5L9MA 3CFLA 2B3BA 4AB5A 4WXJA 3LSWA 2ZYOA 3O66A 2O1MA 1LFIA 1URSA 3Q28A 2O51A 3A3UA 2PT1A 5B70A 1BTJA 4IO4A 1HSJA 4ZE8A 3CSGA 1B51A 3QSLA 5I2NA 4IO5A 1GGGA 3CFXA 4ELPA 1FTJA 2REGA 3TCHA 1VE4A 1SYHA 1DTZA 3RTWB 3TMGA 3K6UA 3R26A 2HAUA 1S9TA 1B7ZA 4ZEDA 4MF3A 2H5YA 1OIBA 3OSRA 3VLWA 3ODBA 3VE1B 2QS2A 2E1SA 3R6UA 3DRGA 4EUOA 3KJ7A 4HW8A 1QUJA 4KHZE 4YMAA 4QSCA 3KGCA 4NWCA 4JB7A 1M5CA 3AXFA 3KSXA 1Y4TA 3K1PA 1VFDA 3K02A 2UVJA 3PUWE 3ZKLA 4ESWA 5JK4A 3S9MC 3V83A 2IA4A 1Z7NE 3MVWA 3K6VA 4DLDA 1JW5A 1YAEA 1ZBMA 3S9EA 2D3IA 3D4GA 1WVJA 4F3GA 3LVUA 4JXIA 4I62A 3DRHA 1USYE 4TLLB 1CB6A 4NF8A 3HCQA 4R9GA 2H25A 4G8HA 1EZ9A 5BUUA 3MP1A 3W15C 4IO6A 3TPAA 2ZYKA 1Y3QA 2D5WA 2Q2CA 1JEVA 4QHQA 4LVQA 2FA7A 3T96B 1I6QA 3TODA 2PMSA 3IORA 4OFOA 3O6GA 4LQ2A 3E3KA 3S4UA 2O1LA 4RA1A 3GZGA 2ABHA 4PQJA 4H5GA 1L5TA 3I5OA 2PYYA 1N7XA 5TU0A 1B0LA 4ZS9A 1S7YA 1FTKA 2V93A 4KCCA 3DP8A 1A8EA 2RKMA 2YLNA 1UTHB 4ZE9A 5DVIA 1GV8A 5B7DA 3BFUA 3CRBA 4YB5A 1R1NA 3EQ1A 4OQOA 1BIYA 1H3DA 2WOPA 2DSFA 3MVYA 4KYSA 2IEEA 3PMWA 1B46A 1M5BA 4N13A 3LSLA 4XKQA 2Z22A 3HO7A 4NF6B 4F18A 3N5LA 1MPBA 2UYFA 5CMCA 4NMYA 4L17A 2NUVA 3VDFA 3SEXA 5H8FB 1B4HA 4IO3A 1B05A 2XXPA 2LAOA 5KCJB 4U1OA 1DTGA 3MUQA 3U72A 4XTCQ 4IGTA 1Y3NA 1SYIA 3BFTA 1NNTA 5I58A 5CM6A 3M3KA 3CI8A 4MLQA 4FORA 3FZVA 1ZIUA 3USDA 3TAJA 3ZKKA 1N84A 1UTHA 1SI0A 4R6HA 1AOVA 4I1DA 3PMVA 2I4CA 3DRKA 1A40A 1SVXB 1D3KA 4KD5A 4X48A 4G8MA 2GRVA 4NF6A 1B40A 2I48A 2XX8A 3U8QA 1EZOA 1XVYA 4FAJA 4G68C 1Y9UA 4YZZA 5CC2A 1ZMGA 3G3GA 1A54A 1MH4A 5H8FA 3DRJA 1IZ1A 1J1NA 3L6GA 3IB1A 3BBRA 3CSBA 3PUVE 4YAHX 5KCJA 3QUFA 2I6EA 1LAFE 4OFJA 2Q89A 4JSOA 2V3TA 3FXUA 4PFYA 3KN8A 1A8FA 3CG1A 1B5JA 5K2XA 2OLBA 3KN7A 1R9LA 4OESA 3PAMA 1A55A 4MLVA 2B4LA 2DQVA 1N76A 3SERA 3RN8A 3QXMA 5H8HB 2DVCA 2HQ0A 2QS4A 3C34A 4O3BA 3TUSA 5K2YA 2BJJX 1QKAA 3T22A 1QKBA 3IL1B 1B58A 5I56B 3VVDA 4THIA 4WEPA 1DSNA 5FHOA 5DEXB 1A99A 5HPQA 4QSDA 5H8NB 1XT8A 1QULA 3TQWA 2XXQA 4U4XA 3K6WA 2DXYA 3RQTA 2RF1A 4R73A 3OENA 3UIFA 1FQDA 1BKAA 5KDTB 3LUYA 4OZ9A 3ZS6A 1GTKA 4N6PA 3PUXE 2M8CA 1LLSA 2H99A 4QFKA 4H8IA 3GBAA 5AA4B 3HPIA 1Q1KA 1I6BA 4EQBA 5TPAA 1ANFA 4M1VA 3VXCA 4GXSB 4PFTA 3C35A 1D4NA 1UTBA 3PMXA 4KPTA 2XD3A 3IJXB 1MXYA 3PPNA 1IITA 5AE4A 4XXUA 4ZEIA 1M5FA 4U23A 4F2QA 3EF7A 1MY2A 1P1WA 4OETA 1P1QA 4KR5A 4F3PA 1B1XA 1RYOA 5I56A 3UP9A 2DE3A 5DEXA 2O68A 1MS7A 3MVZA 2F7BA 5KZTA 1XOCA 3PPPA 3Q27A 2OK2A 3T9HB 1OLAA 3UA8A 4F39A 3LSFB 5HBCA 4C1TA 2Y7PA 5DVJA 5H8QB 3D4CA 3DLNA 4LP2B 3OD7A 4IO7A 1MPDA 4F1VA 1EH3A 1N3WA 4YKKA 4PFWA 3IAZA 1M5DA 2DE2A 2QJEA 3T9XB 4BDNA 4H6DA 3S9NC 2PBWA 4ZDMA 1D9YA 2H9BA 2I49A 2FNCA 1OQGA 1MH3A 2O84X 4X9TA 2R6GE 2A5SA 4YKPA 3CR9A 2AL5A 1YPNA 4QFOA 5JTYA 2VP1A 4DXUA 2F35A 2B65A 4ZEFA 1H45A 3PPRA 4KCDA 5H8SA 4GF8A 3H7MA 1FQAA 5CBRA 3IJOB 3PV0E 2X7PA 1TXFA 3OO8A 2I3WA 3MWBA 3OELA 3R7XA 4QFLA 4HS7A 1VR5A 5H8QA 3KSJA 1PB8A 3DM0A 1Z7ME 3FGSA 4G2ZA 1AH5A 2Y84A 3KG2A 4LZ7A 1B4ZA 4R74A 4OVJA 4YMBA 1B1HA 3GLBA 2WOKA 4H0WA 2DWAA 4R9FA 1MQHA 5L8DA 3HV1A 4KYDA 2NVUB 4LATA 2B4MA 3C9HA 4GOTA 3FTOA 4ZECA 4U2RA 4EQ9A 3HHFA 3TTRA 1FQBA 3FASA 3IO4A 1Y20A 2V3QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XXIA 5EHSA 3TCGA 1FPLA 5DYHA 4EF1A 5CMBA 4NX1A 3FXRA 3TQLA 3MC2A 4KXPA 3RGYA 1HSEA 2FIEA 2DDKA 3RYDA 1OQHA 2OBGA 4OTEA 1URDA 3ECRA 4EQ7A 3EHSA 4F3BA 3BIGA 3TFLA 3CVGA 3BKIB 1BK4A 3VV5A 1MXUA 1QUKA 4FJPA 1LBCA 4P0IA 3FATA 1MXVA 2ZNUA 4QFPA 4HCYA 2H4IA 2KR0A 3N6UA 4OEVA 2V84A 4F1YA 2ONSA 1KWHA 5ET8A 1H44A 3IOWA 3SEUA 3QAXA 4LN5A 3M8UA 4IO2A 2O6AA 4GBVA 1AMFA 4GVOA 3C31A 1II5A 1QUIA 3K01A 3WAEA 2JJKA 2RC8A 5ET5A 2HEUA 4ECFA 2F3DA 3MZBA 1QJMA 4TQUQ 3IK6B 4POXA 3LSXA 2F8DA 3EHTA 4BDOA 1FQCA 4AQ4A 4NHBA 4F1UA 4PF6A 2ZMBA 3MPKA 3SEVA 4R2FA 3T9UA 1XS5A 4GFRA 5F1QA 3FXBA 4GX3A 2ANJA 2XXUA 4LA9A 1ZKBA 4R72A 1B0HA 3UK4A 5IAIA 1B32A 5ITOA 5I57B 2WYPA 2F78A 1IEJA 4FEBA 1SW5A 3N6TA 4OVPA 2KLFA 5ICQA 4PFUA 3ILUB 4O3AA 3O28A 4E0XA 4MH5A 3ONMA 2PX1A 3B6QA 3VLVA 2I3VA 2ONKE 5I7IA 3V8XB 3PD9A 4RPOA 4R6YA 5FHNA 4H8JA 1URGA 3FIRA 3K6XA 3S9LC 1B7HA 2QS1A 2G29A 4PBHA 3T0JA 4R2BA 2HAVA 2YJPA 3MSTA 1JVYA 4DE8A 2R8TA 1JW1A 1O63A 4OEUA 2P2AA 4N07A 3RY3A 3IOVA 4H65A 2OWSA 4N6KA 4TLMB 1BP5A 1D9VA 4P1EA 1EU8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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