4OESA

Crystal structure of nika from brucella suis in complex with fe(iii)-edta
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
DPKLNFSWPVNVGPLNPHLYSPNQMFAQNMVYEPLVHYNADGTVGPWLAESWEASQDGRSYTFKLREDVKFSNGEVFDAAAVKANIDTVLQNRPRHNWLELVNQMVSAEVVGPYKVRINLKKPYYPLLQELSLPRPFRFIAPSQFKNGGTADGIVAPIGTGPWKLTETKLGEHDVFTRNDSYWGPKPAYEQITVKVIPDPNTRAIAFEAGEIDLIYGTEGPISPDTFERFQKMGIYNTELSEPLETRVLALNTNHGATKDLAVRKAINHAVDKDTMIATVLYGTQKRADTLFADNVPYANIGLKPYAFDPALAARLLDEAGWTAKASGDIREKDGQPLAIELCFIGTDAISKSMAEIVQADLRKVGIDVKLTGEEESSIYARQRDGRFDMIFNQTWGAPYDPHAFVSSMRVPSHADYQAQLGLPDKAKIDAEIGQVLVSTDETARQALYKDILTRLHEEAVYLPLTSVTAMAVAKPEVGKITFGAMSSEIPFEKLTPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NikA protein
molecule tags Transport protein
source organism Brucella suis
total genus 165
structure length 498
sequence length 498
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oesA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oesA01
1FQAA 3IX1A 3CHGA 1LFIA 2OCUA 1A99A 1PDAA 4WKMA 2DYXA 3USDA 1A55A 3MZ9A 3JV9A 5DT6A 3PUVE 4ZEKA 2F7AA 3KG2A 2RCAA 3GZGA 4PFTA 1FQEA 4DE8A 4GOTA 1XVXA 1QKAA 4JSDA 4LZ7A 4KYDA 3TTNA 2O68A 4POXA 1TXFA 3LSXA 1LBBA 3SEXA 1ZTYA 1N84A 3CSBA 4G8NA 1GVCA 3LC8A 2ANJA 1ZKBA 2I3WA 1MY4A 4YAHX 5ICQA 4EQBA 1WDNA 2I0BA 5EHMA 4PQJA 3GBAA 4AQ4A 1GGGA 4LZ5A 2BJJX 1JVYA 1R9QA 1SVXB 4ELPA 4F3PA 4FATA 3CFXA 2V3QA 4NF8B 2ZNSA 3TEPA 4R9FA 4U21A 1LAXA 1URGA 5H8FA 4IO7A 3S9NC 2F7CA 4YB5A 3O28A 2XXPA 3DRGA 2REJA 4ZEIA 3IO6A 3FXUA 4Q5TA 3VV5A 3U93A 2F6PA 4ZEBA 4BDLA 4NF5A 3FV1A 4Z7EA 4P11A 1FQBA 1SI0A 2DVCA 3ILUB 3K6XA 4QRZA 4GXSB 3T9HB 4NF4A 1B1XA 4GL8A 2O7IA 3TMGA 3I6VA 4R2FA 5DVFA 1Y3PA 4L17A 1B7UA 4PE5B 2Z8EA 2B65A 4NWDA 3MP8A 4OYVA 4DIGA 1S50A 3FATA 4YB7A 5LOMA 3IOTA 3U92A 2ABHA 3SEVA 2RINA 1Q1KA 4TLMB 4TOZA 3H7MA 4BDNA 4FIMA 3DELB 1Y1MA 1LAFE 4ELQA 1KWHA 4G8MA 5DVJA 2NVUB 2DSFA 4I9DA 1LAGE 3BKIB 1GV8A 3ODBA 3S9EA 4P0GA 4BLAA 2VP1A 5I2NB 3FIRA 4BDMA 4AB6A 4GXAA 4QSCA 4X48A 5CM6A 1H76A 4OMBA 3DRJA 3WAFA 3OXNA 4KD5A 3O6GA 2LAOA 2FYIA 4IO5A 2OBGA 1EZPA 2DOJA 1IITA 1VFEA 2RC9A 3DP4A 1O63A 5FHMA 4KR5A 4ECFA 1PBQA 1B5JA 3QK6A 1B7ZA 3B6WA 3PMXA 3DM0A 3HV1A 4GLIA 3D4GA 1Y4CA 4RPNA 4OXVA 1B05A 4NF8A 1F9BA 4JWYA 3T22A 5CMBA 4QFKA 3ZKLA 3Q25A 4QFPA 3T93B 3OSRA 4OHNA 2UYEA 4H5GA 2KLFA 1DTZA 3PUYE 3B7DA 2DE3A 1DPEA 2QSXA 2XXYA 3K00A 2X7PA 2UVIA 1MQIA 1UTHB 2DE4A 3OO6A 4Q0CA 2Y7RA 3U72A 4O3AA 3IL1B 3OELA 4EF2A 3KOSA 3KSJA 3ILTB 4RY1A 1UQWA 3TODA 4XTCQ 5AA4B 2QS1A 1SYIA 2DWAA 4R75A 1MXZA 1P1UA 3TFLA 2DP8A 1MH3A 4OFOA 2E0SA 2I6EA 1QUJA 5B7DA 2IEEA 1AIVA 1BTJA 1MY0A 2RC8A 4OESA 3EF7A 2PBWA 5JEIA 4G2ZA 3TTKA 4C1TA 3M3FA 4H67A 3E4RA 1B2HA 1PEBA 3RGYA 5I2NA 1B1HA 1T0KA 4ZECA 2CZLA 4PFWA 3PU5A 2P0SA 2I48A 1B0LA 3PPQA 1B7HA 4BDRA 3RLFE 1USYE 2XD2A 3FVKA 3K6VA 3T96B 1MXVA 3RTFB 4IO4A 4ESWA 2UVHA 3LVUA 4FJPA 5AE4A 1MM6A 1QW0A 1N3WA 1MXUA 1EZOA 4RYAA 1ZU0A 1JVXA 3N6TA 3E13X 4IY6A 4FEDA 3SESA 3W9VA 3Q26A 3MZ1A 2B3FA 3QUFA 2Y7WA 3EN3A 3QUJA 1TFDA 3VXBA 1IIWA 5FTIA 4QF9A 1IXGA 3PPNA 3K6WA 4FAJA 4YKKA 3KN8A 1PB9A 1DOTA 4QSDA 2F5XA 3CI8A 3MZBA 1I69A 2R6GE 4GVOA 3K4UA 2UXAA 2DXRA 4XKNA 3TCGA 3IJOB 1LFGA 2PMSA 4C1UA 3FJMA 1SYHA 4G8HA 4F31B 4KYEA 3G3HA 3RT6B 3CSGA 1URDA 3Q28A 4EQ9A 2D3IA 5M2VA 3O6IA 2ONSA 3ZS6A 3HHGA 4UA8A 3DP8A 3VVEA 1Z7NE 1Y9UA 1IZ1A 4PETA 4BDQA 5DVIA 2QS3A 4LQ5A 1S7YA 3K1NA 1ZJLA 3N5LA 5EYFA 1M5CA 3L6GA 1OVTA 4XKRA 4DCYA 3UK4A 1MQDA 1POY1 3B6QA 4NWCA 4NEDA 1A40A 4OVJA 4OERA 1A7LA 3OENA 2DQVA 3CRBA 3FVOA 4Q8RA 3PMWA 1ZLQA 2DWJA 1MDP1 3DRFA 5CMKA 3CFZA 2X7QA 1I6AA 4DXCA 3PUXE 3FXRA 1XOCA 2D5WA 2Q89A 4NF5B 1Y4TA 2ZXTA 4JB7A 3MP6A 2QL3A 2F8DA 2H4IA 1LCTA 2Y7IA 3K02A 1SW5A 2ZYMA 1N76A 3OEKA 3MBPA 3I5OA 3U8QA 4ESXA 1SDXA 1FTMA 3JZJA 3FJ7A 1IQ7A 1XC1A 3PAMA 2XXIA 1UTBA 1US4A 3SERA 1B46A 5I58A 3T9VA 1DPPA 1I6QA 1Y3QA 3OO9A 3GLBA 2O6AA 1LFHA 4EXKA 3RUMA 1AOVA 5KZTA 4JSOA 3F11A 4C0RA 2OLBA 1MG1A 3FVNA 3OO7A 5H8HA 1M5FA 3EPEA 4EDPA 3ZKKA 2V3TA 4F1UA 2AL5A 2QMXA 1MDQA 1LAHE 3R7XA 1Y3NA 4I8CA 1NNPA 1DTGA 3S9LC 1MQHA 4OZ9A 2D21A 2XXXA 3EHUA 1IXIA 2XXWA 1JEVA 4K3FA 3RYAA 3IR1A 3N94A 1H3DA 3A09A 3QXMA 4KHZE 4R2BA 4IGRA 2VHAA 2P1SA 5HBCA 1Y20A 4IY5A 4RK2A 1PB7A 4QFOA 1MPCA 4R6KA 1HSLA 2OJTA 4ZE8A 3O97A 1J1NA 1ZBMA 5L8DA 3G7WA 4U23A 3THIA 2B3BA 2O1MA 3PUZE 3BFUA 5TP9B 4LATA 4HCWA 3O66A 4G68B 2GH9A 2AL4A 2Y7PA 3C34A 1JW4A 2V3UA 4RPOA 4H0WA 1CB6A 3I3VA 1XT8A 4RJZA 5K2YA 1NL5A 4GFRA 1FQCA 1LLSA 1MXWA 4PFUA 2O51A 2QS4A 1B51A 1MXXA 5TPAA 1B4ZA 1MXYA 2XXUA 4F22A 1HSJA 5A5XA 5ICTA 3LSLA 5F7VA 3MVXA 4H65A 3H6WA 4OFJA 4ONYA 4H8IA 1XVYA 2ONKE 2E1SA 2ZMBA 4GF8A 2G93A 5DYHA 5FHOA 1SD3A 2V93A 2Q8JA 1PC3A 3IOUA 1L5TA 3H4ZA 2DWHA 1SW4A 2RF1A 3IB0A 4OTEA 1PB8A 1JQFA 3C31A 3TAJA 3MVYA 5L9SA 1QVSA 1JNFA 2DE2A 2NXOA 4M1VA 1N3XA 1OQGA 3FXQA 2AIXA 4XKQA 1P1OA 1EH3A 5I2KA 4RA1A 2PYYA 3IAZA 3IB1A 3RN8A 4EQ7A 1NNTA 4JWXA 4E0XA 1MQGA 4HTGA 5L9OA 4G68C 4QHQA 3GXAA 3OSQA 2ALUA 5J1DA 4QFNA 1FQDA 1SBPA 3CFLA 4NMYA 3PD8A 3OEMA 4N6PA 5L9MA 3C4MA 2DVZA 3UP9A 4DZ1A 5TP9A 4F29A 4IO2A 1GTKA 4G68A 3FTOA 1NFTA 1NH7A 2H25A 2OWTA 3P7IA 1M5BA 3UGWA 1RYOA 3CG1A 3KSXA 4FEBA 4HW8A 3EQ1A 4KI0E 2YJPA 3JYRA 2Y7KA 5I59A 4TQUQ 1Z7ME 1MPBA 4OENA 2WOLA 5H8QA 3S2VA 1LB8A 5ITPA 3H06B 4NF6A 1A8EA 1HSEA 4R73A 1US5A 3TCFA 3W9WA 4FECA 2IA4A 3GBBA 4U4SA 2HEUA 3HCQA 2VD3A 3V8XB 1TWYA 1I6BA 1P1WA 1SI1A 1SQYA 3DRHA 4GL0A 1A8FA 5FTHA 4JBZA 3A3UA 3K1PA 2GHBA 1FQFA 3TELA 3DP6A 3LSWA 1D9YA 3G3KA 1B4HA 1NNFA 1URSA 2HAUA 1OLAA 1QULA 2I49A 2H99A 1FTLA 1H45A 1RYXA 1XS5A 4OEUA 3B6TA 5JK4A 4LP2B 4YMAA 3DRKA 5KDTA 1M5DA 3IO4A 1BLFA 1MPDA 4JXIA 3KJTA 3TZAA 2XX7A 1II5A 3C32A 2W7YA 2ZNTA 4F1YA 3OOAA 1S9TA 2F7BA 1UTBB 4Q30B 3PV0E 5IKBA 5DEXA 2QS2A 3VDFA 5I58B 3UN6A 3KJ7A 3LUYA 1TFAA 2B4LA 2I58A 4HS7A 3IJXB 3K1MA 4EUOA 3SEWA 2B4MA 1FTOA 5H8SA 2OZZA 1OIBA 4R6YA 2Z22A 2QPQA 5I84A 1WODA 4THIA 5H8HB 3KEIA 4OETA 3QAXA 1IXCA 3H3GA 3M3LA 3Q29A 4F19A 3H03A 3OMBA 1R1NA 5TU0A 4ZZAA 2VOZA 4H1XA 3SDFA 4ZZEA 3FGSA 2F34A 1D4NA 4E0WA 1MS7A 4DDDA 3VE1B 4YKJA 1D3KA 4X1BA 1O64A 1B5HA 4KYSA 1VR5A 2A5SA 4DXUA 3T9UA 1MH4A 5IAIA 3IOVA 2WKYA 1SW2A 3QSLA 3C9HA 2THIA 1MY2A 1QUKA 2F36A 1ATGA 4RK9A 1IXHA 4Z0IA 3HN0A 5EHSA 3VVFA 1B32A 4O3CA 3HSTA 2XXQA 2AYSA 2YPNA 3CIJA 2Z8DA 4GQOA 1A54A 2QRYA 3FUZA 3E3KA 3KFMA 3MW0A 1MRPA 3TQLA 2V84A 3EHSA 1MY3A 3C36A 4WEPA 2Z8FA 4EXLA 2WOKA 5TPAB 2HCAA 2XXHA 3N26A 5I57A 1N7XA 3HO7A 4YKIA 4ZEDA 4U22A 1IEJA 1OLCA 4R9GA 1EZ9A 5AA1A 5A5XB 1CE2A 3M8UA 3IORA 3T66A 4I1DA 3U1OA 5AA2B 2I4CA 3MVWA 2UVGA 1QUIA 3E9XA 2QMWA 1NKXA 4YB6A 3BBRA 1Y1ZA 1B3EA 3CR9A 1JW5A 1P1QA 2FA7A 5CMMA 5H8NA 3TQWA 4FE8A 4F3BA 2H9BA 4H5FA 2XXRA 5JTYB 3RPWA 5I2KB 3OO8A 3FASA 3LBSA 3KOTA 3MVZA 3O2AA 1VFDA 2XX9A 5B70A 4IB2A 4U1ZA 3SEYA 4JWOA 3IK6B 3U94A 3WAEA 5AA3A 4KCDA 3V89B 3LSFB 1EU8A 4N13A 1JW1A 1B5IA 2HXWA 2QJEA 3MC2A 2Q2AA 1ANFA 4DLDA 2XXVA 4TLLB 3PGFA 5CI5A 1JETA 4OWDA 2ZYNA 3MUQA 5ELVA 2X26A 4ND9A 3LR1A 3O29A 1QJMA 1Q35A 3K0VA 1FCKA 1H43A 1B52A 3TKDA 4RNSA 4XIGQ 2HAVA 3K2DA 5I59B 4G77A 3G3FA 3TCHA 3ONMA 4KCCA 4QFLA 3T9XB 5H8QB 2UVJA 1AH5A 4JDFA 1B3GA 3G3JA 4NF6B 2REGA 4F2QA 1UIUA 5HPQA 1JEUA 3MPLA 4F18A 5I56A 2DWIA 3FVGA 2O69A 3VLWA 1XHYA 5AA2A 2RKMA 3UA8A 4IO6A 1VE4A 2GRVA 1USYH 2FNCA 4R72A 1P99A 3DRIA 4GRKA 2F97A 4H8JA 5KCJB 3ZSFA 2A5TB 5BWJA 3QIMA 3FD3A 1BP5A 1AL3A 3EHTA 2ZYOA 5JTYA 4MF3A 2Y84A 3D4CA 2HQ0A 5DTBA 5ISUA 5FHNA 4DXBA 2NOOA 3A3CA 3KGCA 3C35A 4O3BA 3RTWB 3G3GA 5F1QA 4LZ8A 3UIFA 2ZNUA 5CRYA 3RNNA 4R74A 3PPOA 4IO3A 2H5YA 3VLVA 1MM7A 1N04A 3KN7A 3M3KA 5KDTB 2Q2CA 1RKMA 1B3HA 2VD2A 4LONB 3PD9A 1BIYA 4H6DA 4WXJA 3TUSA 4I62A 2GHAA 4RXLA 2RCBA 2I4BA 3HPIA 3CVGA 3O6PA 3G3IA 1QKBA 4ZDMA 2DS9A 5DEXB 4KQPA 3OD7A 2Z23A 3H6VA 1ZMGA 4YU0A 4NE4A 5CBRA 3S4UA 4LUBA 3K6UA 1B58A 4ZEFA 4G4PA 1BKAA 2HZLA 1DMBA 2VGQA 1R6ZA 1N7WA 4U2RA 1UIVA 3RY3A 2R9JA 4LA9A 3CG3A 5K2XA 3R26A 4QSEA 2I3VA 1FTKA 1LBCA 1N0TA 4X1DA 2CMOA 3V83A 4MLQA 4MFIA 2R71A 4FORA 1B3LA 1DSNA 4N07A 2RC7A 5AA2D 3TPAA 4AB5A 4U4XA 2I0CA 4ZE9A 4NTLA 4DCXA 4PP0A 3VXCA 2XD3A 3O6HA 3VLUA 4IGTA 3TTMA 3DLNA 5KCJA 2A5TA 3KN3A 3SETA 2HFBA 2NWJA 4UACA 1AMFA 1TT1A 3FJGA 5CMCA 3MPKA 1WVJA 2XX8A 3N6UA 3TYHA 1IUDA 3O9PA 3C33A 1YAEA 1FW0A 3FV2A 2ZYKA 3Q27A 2PT2A 3IB2A 4X9TA 2PT1A 2O7UA 2XXTA 1OVBA 4YKPA 1YCJA 4YZZA 1B40A 3RQTA 1MY1A 4OEVA 2GFEA 3R6UA 3H6TA 2YLNA 1B6HA 2O84X 5I57B 4ZS9A 4ELOA 3SEUA 3PPRA 3K01A 4YICA 3RT8A 2PVUA 3ECRA 3H6UA 3KZGA 4R6HA 3L6HA 3PPPA 4XKPA 4GWOA 3SKPA 2F78A 2OK2A 3UORA 1LCFA 3TTRA 3AXFA 5BUUA 2DXYA 4F39A 5CBSA 3PUWE 4F3SA 3KBRA 1B9JA 1UTHA 2Q9TA 1POTA 2O1LA 1OMPA 5HM4B 1D9VA 3BFTA 4WEDA 2P2AA 4MLVA 4XXUA 5H8NB 4PFYA 2Q88A 5AA4A 2HZKA 4LVQA 4ISUA 1ELJA 2UYFA 3QYTA 4F2OA 4GD5A 4OQOA 1PBPA 3TDJA 3PMVA 4ELRA 1GR2A 3S9MC 2ESNA 4GIZA 3VVDA 1VSOA 4YMBA 1FTJA 2H98A 1MQJA 3MP1A 2OWSA 1LSTA 1OQHA 1SW1A 5CC2A 2F6GA 4POWA 1M5EA 1H44A 3MWBA 4U1OA 4KFQA 4BDOA 5H8FB 3V5AA 1LGBC 2G29A 1O7TA 1B3FA 3RYBA 1B0HA 2ONRA 3TTLA 1NNKA 1YTVA 3W15C 3FZVA 2PX1A 3MAMA 2V25A 3MQ9A 4M4GA 1P1NA 4LQ2A 3MJNA 2XHDA 1LB9A 4P0IA 4NF4B 4HCYA 4F3GA 2M8CA 4KPTA 4OFLA 4MH5A 4MBPA 1R9LA 1ZIUA 2WOPA 5ITOA 5I56B 4F1VA 3HHFA 1YPNA 1NMUA 2F35A 3VFJA 3IOWA 2NUVA 1NH8A 4EF1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FQAA 3IX1A 3CHGA 4HE1A 1LFIA 2OCUA 1A99A 1PDAA 4WKMA 2DYXA 3MSTA 3USDA 1A55A 3MZ9A 3JV9A 5DT6A 3PUVE 4ZEKA 2F7AA 5IZ3A 1FBEA 3KG2A 2RCAA 3GZGA 4PFTA 1FQEA 4DE8A 4GOTA 1XVXA 1QKAA 4JSDA 4LZ7A 4KYDA 4KXPA 4P9KA 3TTNA 2O68A 4POXA 1TXFA 2CEYA 3LSXA 4NHBA 1LBBA 3SEXA 2Y5KA 1ZTYA 1N84A 3CSBA 3BIGA 4G8NA 1GVCA 4MNCA 3LC8A 2ANJA 4PGNA 1ZKBA 2I3WA 1MY4A 4P1EA 4YAHX 5ICQA 4EQBA 1WDNA 2I0BA 5EHMA 4PQJA 3GBAA 4GWYA 4AQ4A 1GGGA 4LZ5A 3SZPA 2BJJX 1JVYA 1R9QA 1SVXB 3LV0A 4ELPA 4F3PA 1FPJA 4FATA 3CFXA 2V3QA 4NF8B 1FBPA 1EYJA 2ZNSA 3TEPA 2PFZA 4R9FA 4U21A 1LAXA 1URGA 4JVCA 5IM2A 5H8FA 4IO7A 3S9NC 2F7CA 4YB5A 3O28A 2XXPA 3DRGA 2REJA 3FBPA 4ZEIA 3IO6A 3FXUA 4Q5TA 3VV5A 3U93A 2F6PA 4ZEBA 4BDLA 4NF5A 3FV1A 4Z7EA 4P11A 4PE3A 1FQBA 1SI0A 2DVCA 3ILUB 3K6XA 1KZ8A 4GXSB 2CEXA 4QRZA 4NF4A 1B1XA 3T9HB 4GL8A 2O7IA 1FPEA 4HE2A 2PCRA 3TMGA 3I6VA 4R2FA 5DVFA 1Y3PA 4L17A 1B7UA 4PE5B 2Z8EA 5T3JA 2B65A 4NWDA 3MP8A 4OYVA 4DIGA 1S50A 3FATA 4YB7A 5LOMA 2XWIA 3IOTA 3U92A 2ABHA 3SEVA 2RINA 1Q1KA 4TLMB 1QGXA 1KA0A 4TOZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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