4OEUA

Crystal structure of nikz from campylobacter jejuni in complex with ni(l-his)
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
493
structure length
493
Chain Sequence
IPKDTLIIAVENEIARINPAYSEDHDAVINLVFSGLTRFDENMSLKPDLAKSWDISKDGLVYDIFLRDDVLWHDGVKFSADDVKFSIEAFKNPKNNSSIYVNFEDIKSVEILNPSHVKITLFKPYPAFLDALSIGMLPKHLLENENLNTSSFNQNPIGTGPYKFVKWKKGEYVEFKANEHFYLDKVKTPRLIIKHIFDPSIASAELKNGKIDAALIDVSLLNIFKNDENFGILREKSADYRALMFNLDNEFLKDLKVRQALNYAVDKESIVKNLLHDYAFVANHPLERSWANSKNFKIYKYDPKKAEDLLVSAGFKKNKDGNFEKDGKILEFEIWAMSNDPLRVSLAGILQSEFRKIGVVSKVVAKPAGSFDYSKVDSFLIGWGSPLDPDFHTFRVFESSQDSALNDEGWNFGHYHDKKVDIALQKARNTSNLEERKKYYKDFIDALYENPPFIFLAYLDFALVYNKDLKGIKTRTLGHHGVGFTWNVYEWSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-bi
molecule tags Transport protein
source organism Campylobacter jejuni
total genus 160
structure length 493
sequence length 493
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oeuA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oeuA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4oeuA02
4KCDA 3K6WA 1NNTA 3OENA 3C34A 3TTNA 5A5XB 3VDFA 2Q88A 4ELOA 1A7LA 2QMWA 3ZSFA 1AL3A 3IO4A 1AH5A 1NNPA 3W15C 4O3CA 4YB7A 1QKBA 2OZZA 3PGFA 1URDA 2DWJA 1B7HA 3VXCA 1QJMA 2OJTA 3TKDA 1IITA 1MRPA 2HQ0A 2HZKA 3DRKA 3C31A 4M4GA 5H8HB 1R9LA 4PFYA 1P1UA 4DLDA 1I6BA 3FUZA 3KN7A 1NFTA 1LLSA 4GVOA 1WDNA 2YPNA 4POWA 3FVKA 5EHMA 3DM0A 2B4LA 2AYSA 3ZS6A 2LAOA 3C4MA 3FJMA 2ANJA 4WEPA 2OK2A 2DOJA 3BFUA 2XXPA 4OVJA 2ZYNA 2Q89A 4NF8B 1MQDA 3IX1A 2I58A 2UYEA 3FGSA 4ELPA 5TP9B 3S9LC 3KFMA 1O7TA 1NH7A 4R74A 3OEKA 4HW8A 4QRZA 1M5DA 4F2OA 1SD3A 1LAXA 1LCTA 2Q2CA 3EF7A 3TPAA 2HFBA 3SESA 4ELQA 1DPPA 2ZNSA 2UVHA 1FQBA 3SETA 4GD5A 1YTVA 1FTJA 4RJZA 4L17A 1UTHB 2DS9A 5H8NB 4R6KA 2GRVA 4RNSA 2Z8DA 2YLNA 4F18A 4ISUA 3Q28A 4YKPA 3EHTA 1B2HA 2I48A 3N6UA 3EN3A 2DXRA 3PPNA 5KDTB 4FAJA 1JNFA 4UACA 3LVUA 1PEBA 3MVYA 5DYHA 1N84A 4IGTA 1MXVA 1MPDA 3IR1A 5DEXB 4KQPA 4KFQA 1H76A 2Y7RA 2ZNUA 3Q29A 1PB9A 3MAMA 4LONB 1B32A 3KOTA 4H67A 4GOTA 5AA3A 5AA4A 4JWXA 3VE1B 2ZYMA 2HZLA 3LBSA 3KZGA 1VFDA 3U93A 2Q2AA 1B52A 2VD2A 4Q5TA 3AXFA 5A5XA 3CG1A 1N3WA 1P1OA 2V93A 3CIJA 4JSDA 1D9VA 4R2BA 3FTOA 3L6GA 3TQLA 1YAEA 5IAIA 3CG3A 1D3KA 4XKRA 5I57B 1R9QA 1AIVA 4F2QA 2Y7IA 4R72A 4QFPA 4KYDA 3MW0A 1QUIA 2V84A 3K01A 1XS5A 5H8HA 2BJJX 2DWIA 3DP4A 4DIGA 3QIMA 3M8UA 1O63A 3B6WA 5CBRA 5JEIA 3R26A 4U21A 3R6UA 1ZU0A 2PYYA 3QUJA 3FJ7A 3Q27A 5ICQA 3N5LA 4G68C 4OFOA 2Y84A 2ALUA 1Y3PA 1AOVA 1FTOA 4FORA 3O6HA 1P1QA 1PBPA 3PD8A 3RPWA 2PT2A 3TFLA 2UVGA 3IOUA 3N94A 1MY3A 1B3EA 1LAGE 3IL1B 1T0KA 4DXCA 5KCJB 1Y1MA 4G8NA 4JWYA 2O6AA 3HN0A 1GGGA 3OO6A 1H45A 1QVSA 1OLAA 5L9MA 1GR2A 3K0VA 4MF3A 1QUJA 1UTHA 4UA8A 5H8NA 1MPBA 3D4CA 3K1NA 3VXBA 2XXHA 4OWDA 1I69A 4Z7EA 5HM4B 2X26A 3VLUA 4U4SA 3G3GA 5KDTA 4EXLA 1ZTYA 3MZBA 3D4GA 3I6VA 4WXJA 2PBWA 2I3VA 3EHSA 2Y7KA 3S9EA 3U72A 5DEXA 3KN8A 4F31B 1UTBB 4R9FA 3V8XB 1NNKA 4KD5A 2E1SA 3N6TA 1FQEA 4GFRA 4YKKA 1N7WA 2VP1A 4FJPA 4I8CA 1SW1A 1LFGA 4EF1A 1QULA 1B1XA 3FASA 1ZIUA 4RK2A 4ESWA 1MPCA 5BWJA 1DTZA 3CFZA 1SI1A 1N7XA 2O7UA 1IEJA 5I57A 1OVTA 1CB6A 4G2ZA 4U22A 4X1BA 2OLBA 2DQVA 3H6VA 2ZXTA 3C35A 3RLFE 1CE2A 1RYOA 1US4A 4JDFA 4KI0E 3JZJA 4RY1A 1Y3QA 2ZMBA 2XHDA 5DVJA 4NWDA 4WEDA 5FHOA 3LSWA 4OENA 1DMBA 1B1HA 4IO2A 1TFAA 4BDNA 3MZ9A 3PV0E 3FVGA 1MS7A 2DVCA 2HAUA 1Q1KA 4MLQA 4ZEBA 3G3JA 5CC2A 1OMPA 3UIFA 4FEBA 3N26A 4OMBA 3IORA 4ESXA 3MVZA 4LZ7A 3HO7A 1MM6A 3OMBA 4F3SA 1SYIA 4LVQA 4GWOA 3O6IA 5JK4A 3EQ1A 4XKNA 3EHUA 4XTCQ 3HPIA 1A40A 1SYHA 1VR5A 3QK6A 3FXQA 1FQFA 3DLNA 4F39A 1POTA 4YAHX 1MQGA 3GBAA 1LBCA 1MG1A 4H5GA 1SBPA 1ELJA 1M5BA 3PMVA 1YCJA 3SEVA 1WODA 4MFIA 3TAJA 5AA2D 5AA4B 4HS7A 2NXOA 1B0LA 1MH3A 4X1DA 2UVJA 5BUUA 4ZECA 4I9DA 2RKMA 4OFLA 4GIZA 3KEIA 3I5OA 3FXUA 1Y4TA 3PU5A 4F3BA 3DRFA 2H4IA 1TT1A 2UVIA 3THIA 1B3HA 2DVZA 4LATA 4FECA 1UTBA 3CRBA 2Z8FA 3K02A 4Q30B 5ELVA 5H8SA 1FQCA 5CMMA 1Z7ME 4YKIA 2PMSA 2AL4A 4HCYA 2I3WA 2QJEA 3OSRA 3RN8A 2Z22A 1A54A 4F22A 5CM6A 1B05A 2QL3A 2RCAA 3TEPA 2PX1A 1BP5A 2VD3A 5I56B 3VV5A 4PE5B 4GL8A 2ONKE 1LGBC 5H8FB 4MBPA 3P7IA 1L5TA 2R9JA 3TTLA 4R73A 1NKXA 1MXZA 1IUDA 3KJTA 4NWCA 3HCQA 4PETA 1UIVA 4GL0A 2F36A 1XC1A 2DXYA 4KHZE 1A8EA 4F29A 2B4MA 5I2KB 2F78A 1DOTA 5J1DA 2UYFA 1UQWA 4EF2A 1Y9UA 2QS2A 2M8CA 4I1DA 1EU8A 2CMOA 3S9NC 3IB0A 3TMGA 3H6UA 4IY6A 3LUYA 4OQOA 5I2NB 4DXBA 1SDXA 4U1OA 4OESA 3DRHA 2D5WA 1QW0A 3O29A 4H0WA 1ATGA 4QFLA 4O3AA 1EZOA 1N0TA 3ILUB 3RGYA 4ZEFA 1MQJA 3R7XA 3RUMA 3K2DA 1B6HA 3KSXA 4GF8A 2I4BA 5EHSA 4KYSA 1H44A 2FA7A 4LQ5A 4QFKA 1US5A 2Y7PA 5CRYA 4LUBA 1XHYA 1LFHA 1HSEA 1ZLQA 2QS3A 4JSOA 1PB8A 2DE2A 4RK9A 2OWSA 5F7VA 5CMBA 2XXUA 2H5YA 1F9BA 3H4ZA 3T22A 3FV2A 4RXLA 2REJA 3RY3A 3G3KA 3TDJA 3U94A 4R9GA 4U2RA 2OCUA 4ELRA 3IOVA 1UIUA 1JEVA 2F7BA 3M3FA 4KCCA 4ZEKA 4Z0IA 3CFLA 2F97A 2RINA 3KGCA 3GXAA 4R75A 1FTMA 1SW5A 3FJGA 3M3KA 1BLFA 3LC8A 4M1VA 3H6WA 5AE4A 4GXSB 4F3PA 4IO3A 3SEYA 5K2XA 1OQHA 1B3GA 2RF1A 2F7AA 3DELB 4IO7A 2F35A 2HCAA 3FV1A 2QRYA 5I56A 3TCGA 1JW5A 1BTJA 5H8FA 3T96B 3TCFA 3KN3A 1FQAA 4OFJA 4TLLB 4FIMA 1MXUA 5AA2B 5FHNA 3KOSA 2XD2A 1OLCA 1XVXA 3PAMA 4U1ZA 3CFXA 3IO6A 4I62A 1MY1A 4XIGQ 1JW1A 4U4XA 3G3HA 4MLVA 3PMXA 3VLVA 3SEUA 5I2KA 2V3QA 4F1YA 2XXTA 3QSLA 2VGQA 3KBRA 4U23A 4X48A 4ND9A 1LFIA 4QSEA 3CHGA 5I59B 1Y3NA 4BDMA 4YB5A 1MDP1 4H5FA 2UXAA 4H1XA 4DCYA 1M5FA 1A8FA 1P99A 1IQ7A 2X7PA 3C33A 5I2NA 1N76A 3VLWA 1GVCA 1B58A 3C9HA 3G3IA 3LSXA 4ZEIA 1PBQA 4QF9A 4OHNA 2F5XA 3IOTA 1DSNA 5CI5A 4JXIA 3VVEA 2DWHA 2XXXA 3VFJA 2ZYOA 4LZ5A 2XXVA 1II5A 1BKAA 1RKMA 1M5EA 2H25A 3IB1A 3OD7A 2B65A 5HPQA 4GQOA 3H06B 3RT6B 4IY5A 3L6HA 3K6UA 4BLAA 3OO9A 1IXHA 2ONRA 4EQBA 2IA4A 3MJNA 1I6AA 4K3FA 4E0XA 4EUOA 4HCWA 4GXAA 2RCBA 1PC3A 1O64A 4G8MA 3HHFA 1ANFA 3Q26A 3DP8A 3OXNA 4OERA 3PUXE 3MPLA 2DSFA 4FE8A 1FQDA 4GRKA 3K6VA 5B70A 4P11A 3TELA 3BKIB 1MXWA 5L9OA 4F1VA 4YICA 2FYIA 4YMBA 3M3LA 4NEDA 4BDOA 4AQ4A 4OETA 3TTRA 1B7UA 2HEUA 1B4ZA 4TLMB 4N07A 4H8JA 5ITPA 4EQ9A 3MVXA 3C36A 1VE4A 2OWTA 3T9UA 4YMAA 3PPPA 1NMUA 1B51A 1B7ZA 4ZDMA 1FTKA 4N13A 1LAFE 3B6QA 1R1NA 3FXRA 4OEUA 3EPEA 2I6EA 2D21A 3V5AA 3RYBA 4KPTA 2I0CA 3JV9A 5AA2A 3OOAA 1EH3A 4C0RA 2GHAA 1VFEA 1ZBMA 1MDQA 2WOPA 3DRJA 2O1LA 4PFUA 2VOZA 2O69A 3FATA 2GFEA 3LR1A 3LSLA 2QPQA 1OVBA 3IK6B 2ZYKA 5I59A 3FVNA 3MP8A 1B5JA 3S2VA 2I0BA 1FTLA 1N04A 5AA1A 5JTYB 4R2FA 4H65A 2R71A 2OBGA 1A99A 4XKPA 5DVFA 3UA8A 3BBRA 1Y1ZA 3T9VA 4NF4B 3PMWA 4LZ8A 3HHGA 4N6PA 3SERA 4JB7A 4F1UA 3OEMA 2XXYA 3K00A 1LB9A 4H8IA 4ONYA 3SEXA 3TTKA 3IAZA 1JETA 2REGA 3E9XA 3MWBA 3S9MC 1IXIA 2O1MA 2O68A 4IO4A 2B3FA 4NF5B 4XXUA 4IB2A 2R6GE 4THIA 2NOOA 4O3BA 2G93A 4C1UA 2QS4A 2DE3A 4E0WA 4EQ7A 4RPNA 1LBBA 3RTFB 1R6ZA 1B3FA 1M5CA 2ABHA 2VHAA 3MBPA 5TPAB 3KSJA 3UGWA 4Q0CA 1JVXA 3TTMA 1NNFA 1LSTA 4KYEA 4NF6B 3PUZE 4OXVA 3PPOA 4RYAA 1JEUA 1Y20A 5DT6A 1USYE 5CMKA 1B0HA 4FATA 4F3GA 4YZZA 1MXYA 1B46A 4YKJA 4LP2B 2ONSA 3MZ1A 3V83A 4LA9A 1URSA 4ZEDA 1DTGA 1POY1 3WAEA 4KR5A 3MVWA 1S50A 2W7YA 3QYTA 4QHQA 4ECFA 4IO5A 2F8DA 2H9BA 2DWAA 4DXUA 2DP8A 3H3GA 3OO8A 1QKAA 1SW2A 1HSLA 1B4HA 1XOCA 5ICTA 1JQFA 5M2VA 3QUFA 3QXMA 4OTEA 2XXWA 4ZE9A 1OIBA 2XXIA 1KWHA 2I4CA 3GLBA 1Y4CA 2F34A 1N3XA 1JVYA 3O9PA 3O6PA 5I58B 3USDA 4WKMA 1ZMGA 3VVFA 3O97A 1S9TA 3ONMA 4P0IA 4OZ9A 5EYFA 3FZVA 3UK4A 1B5IA 4NTLA 4OYVA 4YU0A 2I49A 3FIRA 1NH8A 3UP9A 4DE8A 2AIXA 4DZ1A 4G68B 1NL5A 4JBZA 5JTYA 3A3CA 2Q8JA 3S4UA 4OEVA 2IEEA 3CSGA 4IGRA 3SDFA 4RPOA 4NF4A 1AMFA 4DDDA 3KJ7A 4G4PA 2A5TB 1B3LA 2O51A 3T9XB 4BDLA 4ZE8A 1D9YA 3G7WA 5CMCA 3DRIA 1IIWA 1GTKA 1D4NA 2E0SA 4RA1A 2V3TA 1P1NA 1SVXB 4NF5A 4AB5A 1TFDA 2F7CA 2XXRA 3MPKA 3H03A 5H8QB 1WVJA 4ZZAA 5DVIA 3DRGA 2NVUB 1MQIA 5HBCA 4ZS9A 3A3UA 3HV1A 4AB6A 2F6PA 3IB2A 2CZLA 2NWJA 2Y7WA 2H98A 2NUVA 3HSTA 3GZGA 3W9VA 4QFNA 5ISUA 2HAVA 3PUWE 1MY2A 3KG2A 1S7YA 2G29A 1MQHA 3G3FA 4PP0A 5TPAA 4G77A 3OO7A 2XX9A 4G8HA 3TUSA 4NF6A 4NMYA 4QFOA 3VVDA 1B9JA 2PT1A 2V3UA 5L9SA 1EZ9A 3BFTA 3A09A 1XT8A 1MH4A 4IO6A 3U92A 4LQ2A 1XVYA 3IJXB 2PVUA 4H6DA 4X9TA 5I84A 1URGA 1P1WA 1USYH 2AL5A 1TXFA 2F6GA 1SW4A 1VSOA 3B6TA 3PPRA 4Q8RA 3LSFB 2Z23A 3O2AA 1B40A 4NF8A 4QSDA 3TODA 3U8QA 3ILTB 2A5SA 3RNNA 4XKQA 4DCXA 3GBBA 1BIYA 5TP9A 3PD9A 5IKBA 2WOLA 2WKYA 1TWYA 5K2YA 5TU0A 2XXQA 2D3IA 5L8DA 1SI0A 1QUKA 2DYXA 3SEWA 3CVGA 4BDQA 5I58A 4NE4A 4PQJA 3OSQA 2QS1A 3K1PA 4QSCA 4F19A 3O28A 1FW0A 1LB8A 3U1OA 3V89B 2DE4A 2B3BA 4G68A 4BDRA 1H43A 1MXXA 3ECRA 2QMXA 3QAXA 4HTGA 3ZKKA 1SQYA 5FTIA 3CSBA 2O7IA 3CI8A 2A5TA 1PB7A 2XX8A 1FCKA 1ZKBA 3B7DA 3WAFA 3E4RA 4R6HA 3MQ9A 2X7QA 3E13X 5LOMA 3PUVE 2P1SA 3C32A 5CBSA 3SKPA 2XD3A 5H8QA 3K6XA 3T9HB 3TYHA 3I3VA 3MC2A 1MM7A 2O84X 3JYRA 5ITOA 2GHBA 3O66A 2ESNA 4MH5A 3FD3A 3F11A 4TQUQ 5DTBA 2V25A 3H6TA 3CR9A 1LAHE 1MY4A 4FEDA 3RYAA 1B5HA 1ZJLA 3OELA 3T66A 1LCFA 3H7MA 2QSXA 1IZ1A 1IXCA 3K4UA 2YJPA 1DPEA 3Q25A 3TQWA 3MP1A 1EZPA 3UORA 3IJOB 1GV8A 3RTWB 4PFTA 1A55A 3RT8A 2ZNTA 3TZAA 3FVOA 1RYXA 3PUYE 3ZKLA 2Z8EA 1YPNA 3TCHA 2FNCA 4PFWA 2H99A 3E3KA 1JW4A 2Q9TA 3PPQA 4TOZA 1MY0A 3W9WA 2P2AA 1HSJA 4JWOA 5FHMA 3DP6A 4ZZEA 2WOKA 2XX7A 3MUQA 5KCJA 2RC7A 3ODBA 4POXA 3RQTA 2THIA 2HXWA 1PDAA 4EDPA 1Q35A 4P0GA 3O6GA 2RC9A 5B7DA 1Z7NE 1IXGA 2RC8A 3MP6A 1J1NA 4C1TA 5FTHA 1I6QA 4R6YA 4EXKA 4GLIA 2GH9A 2KLFA 3T93B 3IOWA 1H3DA 3UN6A 1OQGA 5F1QA 2P0SA 3K1MA 5KZTA 4YB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KCDA 3K6WA 1NNTA 3OENA 3C34A 3TTNA 5A5XB 3VDFA 2Q88A 4ELOA 1A7LA 2QMWA 3ZSFA 1AL3A 3IO4A 1AH5A 1NNPA 3W15C 4O3CA 5EQ9A 4YB7A 1QKBA 2OZZA 3PGFA 1URDA 2DWJA 1B7HA 3VXCA 1QJMA 2OJTA 3TKDA 1IITA 4N17A 1MRPA 1NV3A 2HQ0A 2HZKA 3DRKA 3C31A 4M4GA 5H8HB 1R9LA 4PFYA 1P1UA 4MAGA 4PDHA 4DLDA 4PAIA 1I6BA 3FUZA 3KN7A 1FPEA 1NFTA 1LLSA 4GVOA 1WDNA 1DBZA 2YPNA 4POWA 3FVKA 5EHMA 3DM0A 2B4LA 2AYSA 4JVCA 3ZS6A 2LAOA 1FJ9A 3C4MA 3FJMA 2ANJA 4WEPA 2OK2A 2DOJA 2VPOA 3BFUA 2XXPA 3RPLA 4OVJA 4MNPA 2ZYNA 2Q89A 4NF8B 4AS4A 1MQDA 3IX1A 2I58A 2UYEA 3FGSA 4ELPA 5TP9B 3S9LC 3KFMA 1O7TA 4GWZA 1G0IA 1NH7A 4R74A 3OEKA 4HW8A 4H45A 1YXIA 4QRZA 1M5DA 4F2OA 1LBWA 1SD3A 1LAXA 4IR8A 1LCTA 2Q2CA 4PE3A 3EF7A 3TPAA 5EQAA 2HFBA 2P3VA 3SESA 4ELQA 1DPPA 2ZNSA 2UVHA 1FQBA 3SETA 4GD5A 1FBPA 1YTVA 4N8YA 1FTJA 4RJZA 4L17A 1NV7A 1FPFA 1UTHB 4G61A 2DS9A 5H8NB 4R6KA 2GRVA 4RNSA 2Z8DA 2YLNA 4F18A 4ISUA 3Q28A 4YKPA 3EHTA 1B2HA 2I48A 3N6UA 3EN3A 2DXRA 4N8GA 3PPNA 5KDTB 4FAJA 3MSTA 1JNFA 4UACA 3LVUA 1PEBA 3MVYA 5DYHA 4QBAA 5EQ8A 1FPGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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