4OEVA

Crystal structure of nikz from campylobacter jejuni in complex with ni(ii) ion
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
494
structure length
494
Chain Sequence
KIPKDTLIIAVENEIARINPAYSEDHDAVINLVFSGLTRFDENMSLKPDLAKSWDISKDGLVYDIFLRDDVLWHDGVKFSADDVKFSIEAFKNPKNNSSIYVNFEDIKSVEILNPSHVKITLFKPYPAFLDALSIGMLPKHLLENENLNTSSFNQNPIGTGPYKFVKWKKGEYVEFKANEHFYLDKVKTPRLIIKHIFDPSIASAELKNGKIDAALIDVSLLNIFKNDENFGILREKSADYRALMFNLDNEFLKDLKVRQALNYAVDKESIVKNLLHDYAFVANHPLERSWANSKNFKIYKYDPKKAEDLLVSAGFKKNKDGNFEKDGKILEFEIWAMSNDPLRVSLAGILQSEFRKIGVVSKVVAKPAGSFDYSKVDSFLIGWGSPLDPDFHTFRVFESSQDSALNDEGWNFGHYHDKKVDIALQKARNTSNLEERKKYYKDFIDALYENPPFIFLAYLDFALVYNKDLKGIKTRTLGHHGVGFTWNVYEWSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-bi
molecule tags Transport protein
source organism Campylobacter jejuni
total genus 172
structure length 494
sequence length 494
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oevA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oevA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4oevA02
5CC2A 2I58A 5F7VA 4OEVA 4C1UA 4EF1A 5DEXA 1JQFA 1S7YA 1B3EA 3FV1A 3D4GA 1OVBA 2ANJA 2NUVA 1A7LA 3MP8A 2XHDA 3SEYA 2F7BA 5CBRA 1B05A 1MY4A 3RT8A 4R73A 4N07A 3PUVE 1P1QA 4MLQA 4UA8A 4I9DA 3C36A 1BIYA 1JW1A 1XVYA 1LAFE 4ZECA 4ELOA 3L6GA 4OYVA 4ELPA 3JYRA 3OO7A 3MZ9A 1KWHA 2F5XA 1SQYA 4AQ4A 4PFUA 3M3LA 4AB6A 3KZGA 5DYHA 3IK6B 3LSLA 4F3BA 3MQ9A 3R7XA 2GH9A 1SBPA 4MBPA 3OO9A 1JW4A 3S9LC 4R2BA 3T9XB 3SEWA 2Z8DA 5CMMA 4ELRA 4YMBA 4F29A 2ONRA 2DWAA 3FZVA 1ZU0A 4YB5A 5H8FB 2DSFA 3UGWA 3FVNA 1SYHA 5CRYA 5I57B 1D3KA 3IR1A 5B70A 4HS7A 3KGCA 2GHAA 3H4ZA 2WOLA 1EU8A 3FXRA 2THIA 1A54A 2HFBA 4RJZA 1MY2A 2E0SA 5FHOA 2H99A 3EHUA 1GTKA 1PB7A 3MVXA 4IO7A 3TQLA 5L9MA 4C1TA 4O3CA 1NH7A 1B3GA 1B0HA 1YTVA 4DCXA 1II5A 4YMAA 3OEMA 1QVSA 2IA4A 2V93A 4NF4A 1AIVA 4RK9A 1P1OA 3VFJA 4X1DA 3RLFE 2Y84A 5A5XA 3UIFA 4UACA 1O64A 2P1SA 2PVUA 4NF6A 3S9NC 1UTBA 1B46A 2VD2A 1A8FA 3FD3A 3KOTA 2AYSA 2I49A 1T0KA 4BDRA 4YZZA 1NL5A 1FTLA 4XTCQ 2LAOA 4XKRA 3PD9A 1XC1A 2RC7A 4IO2A 1POY1 3CSBA 1MQJA 2QPQA 3IL1B 3CR9A 1LFHA 4H5GA 4NF8B 2QRYA 4YKIA 1S9TA 3ILTB 3QAXA 4ZZEA 4H6DA 4F3PA 1OLCA 5I59A 3SEUA 1JVYA 5JK4A 1ZMGA 2V3QA 4G8HA 5I2KB 3VDFA 3GBAA 1B0LA 1FW0A 4L17A 4KYDA 3GXAA 3A3CA 2QS3A 3USDA 4BDMA 4GRKA 1D9VA 2ABHA 1FTMA 2F6PA 2UXAA 2AL5A 2V84A 3KOSA 3R26A 1JETA 3QSLA 5HBCA 3ONMA 3MZ1A 5TU0A 1UTHA 3RYAA 4RK2A 4TOZA 2ZMBA 1PB9A 4LVQA 2Q2CA 4X48A 2DOJA 2XXUA 2O1MA 4ZZAA 2H4IA 2V25A 2PYYA 2A5SA 4P0IA 3IB1A 4IO6A 1USYE 5JTYA 1LFIA 1Q35A 3K6WA 3O6PA 2OLBA 3BFUA 1O63A 1P1NA 2G29A 2XXYA 3E9XA 3CIJA 4R2FA 1IQ7A 2D3IA 2ZYMA 1GR2A 4OEUA 5H8HA 3U93A 2ZXTA 2FA7A 2P0SA 2HAVA 4NWDA 4LUBA 3S4UA 2O51A 2Q8JA 3HSTA 1IXCA 2OJTA 2WKYA 2DWJA 3PMXA 1SW5A 4QSEA 3LR1A 4ESXA 4RA1A 2HZKA 3FUZA 2ZNUA 1MPCA 3N94A 1ZTYA 1OQHA 3K01A 4K3FA 3VLUA 3B6TA 5AA2B 4Q0CA 2YLNA 4OMBA 1EZ9A 4F2OA 3K02A 4POWA 1MXXA 1MPBA 4OERA 2VP1A 4KYSA 2WOPA 3S9EA 5K2YA 4E0XA 4U22A 3FASA 4GF8A 2X26A 3HN0A 1NKXA 1UQWA 4DCYA 3I3VA 5JEIA 2Q9TA 3BFTA 1N0TA 3DM0A 4X1BA 1Y1MA 1LSTA 4OZ9A 3Q28A 5DEXB 5ITOA 5I2NB 2DXYA 2NXOA 1MH4A 4U4SA 4DXCA 3K4UA 4O3AA 3F11A 3QUFA 2F8DA 3OMBA 1AMFA 1I69A 4BLAA 1LB9A 4GL0A 1LCFA 3FXQA 1D4NA 4RYAA 2GRVA 4ND9A 3U92A 1FTOA 5I56A 3LUYA 1XHYA 4JWOA 4NF5B 1ATGA 1CB6A 2KLFA 4LZ8A 4EQ9A 4U1OA 1N84A 3Q26A 4HCWA 3C32A 1Y20A 3VVEA 3RY3A 3QUJA 4JSDA 3G3IA 4KQPA 1MXWA 2DQVA 1URDA 1SD3A 4ZEFA 4QSDA 1Y4TA 4R6KA 3TTKA 2ZYKA 1B32A 4R6YA 3DRFA 3QYTA 3CG1A 3PPNA 1FQCA 1Y4CA 4FEBA 3TQWA 1MY1A 3LSXA 1Y3NA 4H67A 1I6BA 4QFOA 3DP4A 5KDTA 4PETA 4WEPA 4THIA 4RY1A 1DSNA 4DXBA 4PP0A 4F1VA 4KFQA 3G3KA 4F39A 1SW1A 2OZZA 1MS7A 3T9UA 2B4LA 3VE1B 1RYOA 1B1HA 3H6WA 3N6UA 4HTGA 4RXLA 4WXJA 1URGA 1NNKA 5KCJA 3OO6A 5M2VA 4WKMA 2D21A 3UA8A 1FQBA 2HQ0A 3MUQA 4NE4A 3DRHA 2XD3A 1B51A 5TPAA 3U94A 1XT8A 4FATA 1IEJA 3GLBA 2V3TA 4R72A 1B4ZA 3FXUA 1GVCA 1Y3PA 3EPEA 1ZIUA 1FQEA 4YB6A 4RNSA 3Q27A 5A5XB 5B7DA 4OVJA 3H6VA 1NMUA 4NF6B 4KI0E 1UTBB 5KZTA 4XIGQ 4EQ7A 3RNNA 3E13X 1BLFA 4U2RA 1LAXA 1Y1ZA 3C4MA 3CSGA 4N6PA 2Y7IA 3CHGA 1DTGA 4RPOA 4EUOA 2RINA 4GQOA 3U1OA 2XX9A 3OXNA 2XXQA 4EF2A 4GXSB 2Z23A 4LQ2A 5H8NB 2Y7WA 4GFRA 4POXA 2FYIA 1AL3A 5L9OA 3MAMA 4ZEDA 4ECFA 1SW2A 3K00A 3O66A 4KHZE 3TEPA 3RN8A 1MM7A 3OD7A 2Q2AA 2ONKE 1M5BA 3MVYA 4G2ZA 4P0GA 3SEXA 1N3WA 4GWOA 1VFDA 1QW0A 4F1UA 2QMWA 2RKMA 2ESNA 4QFPA 3FVKA 3IORA 1DPEA 3G3FA 1HSJA 5H8SA 4DZ1A 4ZE8A 3N26A 3IJOB 1R9QA 4H0WA 1M5EA 1H43A 4DIGA 3K0VA 3KN7A 5EHMA 1B3LA 1R6ZA 3OEKA 1A55A 4QRZA 2XXWA 2XX8A 3FIRA 3Q25A 3KJ7A 3TFLA 2XXIA 1US4A 4IGTA 4MFIA 5FHMA 1DPPA 3DP6A 3IB2A 1MXVA 2ZYNA 1MXUA 1QUJA 4HW8A 4G4PA 1B52A 4ZEIA 4BDNA 2OCUA 1SVXB 3S2VA 1DMBA 4O3BA 3WAFA 2A5TB 4WEDA 1FCKA 3D4CA 2XXPA 4I62A 4HCYA 2RCBA 3C9HA 2OWSA 2HZLA 2Q88A 3H6UA 4DLDA 2QS1A 3PPRA 5CMKA 1B40A 3H03A 4PFWA 4FIMA 3RTWB 3B6QA 3W9WA 3TODA 2NWJA 2O6AA 1B6HA 5H8QB 4KCCA 4ESWA 3SEVA 2XXRA 4ZDMA 3QXMA 2R9JA 2H5YA 4GL8A 5I57A 1I6AA 1SI1A 4H8IA 2B3FA 4GVOA 4JBZA 5AA3A 1UIUA 4JDFA 1OQGA 4C0RA 3PUYE 1XS5A 1N3XA 2H25A 3RQTA 1YCJA 4EXLA 3G3GA 1LLSA 2OK2A 1P1UA 4IY6A 3LC8A 3P7IA 3AXFA 5ICTA 2REJA 3IO6A 2I6EA 1OIBA 4X9TA 1H3DA 3FVGA 3FTOA 2RC8A 3O9PA 3K1MA 3ZSFA 4AB5A 1MQHA 2B3BA 1N76A 4QSCA 5IAIA 3U72A 4QHQA 3PU5A 1JNFA 5I58A 3H6TA 3E3KA 4R74A 5DT6A 2O1LA 1RYXA 3JZJA 4XXUA 1MQGA 3EQ1A 3KEIA 4YU0A 1DOTA 3A09A 1P99A 3K6VA 3RYBA 3OO8A 3HCQA 3TZAA 5I56B 4PFYA 3HHGA 4NMYA 4U1ZA 4I1DA 3BBRA 1MDQA 3TTNA 4G68A 3Q29A 4FORA 1NFTA 4NF8A 4IY5A 4KYEA 5BWJA 4G68C 2B4MA 5BUUA 1Q1KA 2VHAA 1WDNA 3N6TA 3ILUB 4LATA 4FECA 4QFLA 3O2AA 1NNPA 1PC3A 4YKJA 2DYXA 3C34A 3CVGA 2CZLA 5I2KA 4LONB 2DS9A 2H98A 1MQIA 5CM6A 2UYEA 1FQAA 1H44A 4KPTA 5CMBA 3TKDA 1IXGA 2X7PA 3FGSA 2O68A 1EH3A 3RUMA 3M8UA 2PX1A 4ISUA 1B3HA 3CFLA 3VXBA 2BJJX 3CFXA 3G3HA 2WOKA 3IO4A 3DP8A 1GGGA 3MPKA 2H9BA 1QUIA 1Y3QA 2F7CA 3FJ7A 5CMCA 4ONYA 2Z8EA 3VVFA 1LAGE 2I4BA 5HM4B 3SKPA 2F6GA 3OENA 4OFOA 1N7WA 4Q8RA 1MPDA 1Z7NE 1BKAA 4GOTA 3IJXB 3EHSA 3V8XB 2ZNTA 3ODBA 4RPNA 4F22A 4U4XA 3ZKKA 3U8QA 1PDAA 5ICQA 3MP6A 1B7ZA 3M3FA 4ZS9A 3TDJA 3T9VA 1LBBA 2AL4A 1L5TA 1IXHA 5ISUA 4IO5A 2Z8FA 3HO7A 2R71A 3QIMA 1R1NA 3RT6B 4Q30B 3PUZE 1VSOA 1M5FA 1OLAA 3T96B 4M1VA 1IZ1A 4P11A 3OSRA 3B6WA 4R9GA 4GXAA 1PB8A 3OELA 1LB8A 1B2HA 2F35A 4BDOA 3M3KA 4MH5A 4TQUQ 3DRIA 4F1YA 1SYIA 4YAHX 2OWTA 3BKIB 1D9YA 4DDDA 3KN3A 4YB7A 2M8CA 5AE4A 1B3FA 3H7MA 3A3UA 3IOWA 4OXVA 1ZKBA 3R6UA 3TPAA 1AOVA 5AA2A 4H1XA 3IOUA 4JWXA 3TTMA 2F7AA 4EQBA 5F1QA 2ZNSA 2Y7RA 3T66A 2V3UA 4OTEA 3G3JA 1PBQA 3TCGA 4JSOA 3CFZA 1H45A 2QSXA 4G8MA 3VVDA 1MG1A 3OSQA 2DE4A 5DVFA 3FJMA 4BDQA 1MH3A 4G8NA 3MWBA 2VD3A 3VLVA 3PUWE 1QJMA 1M5DA 4OENA 1B5HA 4F2QA 1URSA 3C33A 2HCAA 3K1NA 1HSEA 4IGRA 5I2NA 3ZKLA 4XKPA 4NF4B 4QFNA 2DP8A 3V5AA 3EHTA 2PT2A 2Y7KA 4IO4A 4R9FA 2F36A 4NEDA 2DXRA 3CI8A 1PEBA 2QMXA 3PUXE 3I6VA 1LCTA 4XKQA 1B7UA 3FJGA 2F97A 4QF9A 4NF5A 2VGQA 4H5FA 4U23A 2GHBA 1JEUA 1B1XA 2DWIA 1GV8A 3PV0E 2VOZA 3V83A 4EDPA 1A99A 1I6QA 4F19A 3IB0A 1MDP1 1B58A 4Q5TA 5I59B 1JVXA 4LZ5A 3O29A 5TP9A 4ELQA 2UVIA 3LSFB 1SW4A 1VE4A 5AA4A 3OOAA 1USYH 3QK6A 3HPIA 4OFLA 5J1DA 3MPLA 4E0WA 3CG3A 3FVOA 2XX7A 3TAJA 2O7UA 4Z0IA 1FQFA 3FATA 4GD5A 2PMSA 3ECRA 4LZ7A 3TELA 2O7IA 3PMWA 1N7XA 1XOCA 3KBRA 3UN6A 2E1SA 5CBSA 1N04A 3PAMA 4KD5A 2B65A 1UTHB 4F31B 2DVCA 1IXIA 2W7YA 3O97A 2UVGA 5ITPA 4I8CA 1FTKA 3MBPA 5HPQA 1FTJA 1YPNA 3MVZA 1SDXA 2DVZA 5DVIA 1IUDA 2XXHA 1ELJA 2F78A 5EHSA 5JTYB 1LGBC 1ANFA 4MLVA 3LSWA 4IO3A 3UP9A 3WAEA 2O69A 3TUSA 1A40A 1IITA 4TLMB 5I58B 3H3GA 1MRPA 2O84X 2D5WA 4H8JA 1P1WA 4IB2A 4R6HA 4YKKA 4Z7EA 2HAUA 5H8HB 2XXXA 4BDLA 3RPWA 2NVUB 5AA2D 1ZLQA 4OWDA 3UK4A 4QFKA 1B5IA 5ELVA 5L9SA 4ZEKA 2F34A 3TTLA 3TMGA 3KFMA 2AIXA 2I0CA 3EN3A 3T93B 2I0BA 1B7HA 3RGYA 2UVJA 2P2AA 3K6UA 2QL3A 3CRBA 4G68B 1B9JA 4KR5A 5H8FA 4GIZA 3E4RA 5DTBA 2RC9A 4FAJA 5H8NA 2I48A 1ZJLA 1HSLA 4JWYA 3MJNA 1VFEA 4KCDA 4YICA 3K1PA 2OBGA 3O28A 1Y9UA 1F9BA 3O6IA 3SDFA 3VXCA 1MQDA 4LA9A 3MZBA 1XVXA 4ZE9A 4OFJA 1NNTA 1LFGA 2YJPA 3KSXA 4JXIA 3IOTA 3GZGA 3MP1A 1QULA 1VR5A 4OQOA 2QS4A 3K2DA 3C35A 4F18A 2QS2A 3GBBA 3W9VA 1TT1A 4EXKA 1YAEA 5FTIA 1LBCA 1FQDA 1J1NA 1TWYA 1MM6A 4H65A 3DLNA 3SERA 3UORA 1MY0A 3VLWA 3O6HA 2FNCA 1R9LA 3S9MC 2RF1A 3G7WA 3PPOA 1OVTA 5L8DA 3LBSA 1BP5A 3KN8A 3IOVA 3MC2A 2HXWA 4PE5B 3EF7A 1QKBA 1Z7ME 4XKNA 2A5TA 2REGA 2QJEA 3RTFB 1RKMA 3SESA 4PFTA 2ONSA 3KJTA 2I3WA 1EZPA 3SETA 1JEVA 3JV9A 1B5JA 3N5LA 2I3VA 2GFEA 4MF3A 1WODA 3KG2A 3IAZA 4DXUA 5IKBA 1H76A 1TFDA 1POTA 5H8QA 4LQ5A 1WVJA 5K2XA 1EZOA 3IX1A 3MW0A 4FEDA 1NNFA 4GLIA 1M5CA 3V89B 2IEEA 3C31A 4OESA 3O6GA 1B4HA 5EYFA 5KDTB 1ZBMA 3TCFA 5CI5A 1MXYA 3K6XA 5I84A 3KSJA 3T22A 3I5OA 1DTZA 1CE2A 1UIVA 3PMVA 3B7DA 2Y7PA 5KCJB 2RCAA 3LVUA 1O7TA 4FJPA 1NH8A 1SI0A 4N13A 1IIWA 1JW5A 2HEUA 5TPAB 1LAHE 2PBWA 3THIA 4U21A 3DRKA 4NWCA 3DRGA 2DWHA 1QUKA 4ZEBA 2XXTA 4G77A 1TXFA 4R75A 4OETA 3T9HB 3TYHA 5FHNA 2X7QA 4FE8A 3W15C 3ZS6A 1AH5A 4PQJA 5DVJA 3TCHA 4LP2B 2DE2A 2Z22A 5FTHA 3MVWA 1BTJA 4F3GA 2XXVA 2G93A 1US5A 4JB7A 3PPPA 2UYFA 2YPNA 2R6GE 4YKPA 3DELB 2Q89A 3L6HA 2ZYOA 4DE8A 3TTRA 3PGFA 3HV1A 4OHNA 3DRJA 5TP9B 3PD8A 2NOOA 5AA4B 3VV5A 1PBPA 2XD2A 2DE3A 1TFAA 3FV2A 4M4GA 2PT1A 1MXZA 2ALUA 1MY3A 1S50A 3H06B 5LOMA 1A8EA 1OMPA 5AA1A 4F3SA 2I4CA 2CMOA 4TLLB 2UVHA 3HHFA 4NTLA 1QKAA 3PPQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CC2A 2I58A 5F7VA 4OEVA 4C1UA 4EF1A 5DEXA 1JQFA 1S7YA 4P8BA 1B3EA 3FV1A 4NHBA 3D4GA 1OVBA 1D9QA 3PTYA 2ANJA 3ROJA 2NUVA 1A7LA 3MP8A 2XHDA 2F3BA 4N4UA 3SEYA 2F7BA 5CBRA 1B05A 1MY4A 3RT8A 4GBWA 4R73A 4N07A 4GWWA 3PUVE 1P1QA 4MLQA 3D1RA 4UA8A 4I9DA 3C36A 1BIYA 1JW1A 1XVYA 1LAFE 4ZECA 4ELOA 3L6GA 4OYVA 4ELPA 3JYRA 3OO7A 3MZ9A 1KWHA 2F5XA 1SQYA 4AQ4A 4PFUA 3M3LA 4AB6A 1NV0A 3KZGA 5DYHA 3IK6B 3LSLA 4F3BA 3MQ9A 4X04A 3R7XA 2GH9A 1SBPA 4MBPA 4O7MA 1IMEA 3OO9A 1JW4A 3S9LC 4R2BA 3T9XB 3SEWA 2Z8DA 5CMMA 3FBPA 4ELRA 4YMBA 4F29A 2ONRA 2DWAA 4QBAA 3FZVA 1ZU0A 4OVTA 4YB5A 2DSFA 5H8FB 3UGWA 3FVNA 1SYHA 5CRYA 5I57B 1D3KA 3IR1A 2WEFA 5B70A 4HS7A 3KGCA 4PTKA 2GHAA 2XA5A 3H4ZA 2WOLA 1EU8A 3FXRA 2THIA 1NV3A 1A54A 4AS4A 1FSAA 2HFBA 4RJZA 1MY2A 2E0SA 2CZIA 1FPBA 5FHOA 2H99A 3EHUA 1GTKA 1PB7A 3MVXA 4IO7A 3TQLA 5L9MA 4C1TA 4O3CA 1NH7A 1Q9DA 4N6DA 1B3GA 1B0HA 1YTVA 4DCXA 1II5A 4YMAA 3OEMA 1QVSA 2IA4A 2V93A 4NF4A 1AIVA 4RK9A 1P1OA 3VFJA 4X1DA 3RLFE 2Y84A 1G0IA 4GWUA 5A5XA 3UIFA 4UACA 1O64A 2P1SA 1LBYA 2PVUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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