4OFJA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein SaNikA
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus
total genus 167
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ofjA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ofjA01
4IO4A 2Q89A 3JV9A 1SDXA 4ELQA 4BDNA 2ZNSA 3JYRA 1OIBA 3PD9A 4JB7A 4BDRA 3T9XB 2F34A 2F6GA 3DRJA 3RYBA 4G4PA 1KWHA 5HBCA 1P99A 1R9LA 2RKMA 3Q28A 3C36A 4EXKA 5ITOA 1P1WA 1Y4CA 3DP4A 3H6VA 4U21A 2RCBA 1R6ZA 5ISUA 4R6KA 1QJMA 1WDNA 4QFLA 1GTKA 1Y4TA 1B32A 2Z8FA 2AL5A 1FCKA 1SW4A 5DVJA 3IOVA 2Q2CA 5HPQA 3C34A 1LAXA 3HHGA 3O6IA 4WEDA 5CBRA 2HAVA 1D9VA 4F3GA 5CBSA 3FV2A 3WAEA 2PT2A 1Q35A 4OWDA 1PB9A 1MQJA 4POWA 3BBRA 3MWBA 1R1NA 1Y1MA 4QFKA 2NOOA 2B3BA 4F2OA 2VD3A 4HCWA 4ZEBA 1B46A 2ZYOA 3N6TA 5KCJA 3HV1A 3N26A 4Z7EA 5CM6A 1II5A 5HM4B 3M3LA 2OJTA 4LQ2A 1SYIA 4EQBA 3CG1A 4NMYA 1DPPA 4U4XA 3RNNA 2P0SA 4KPTA 5AA4B 1GR2A 4LVQA 4RJZA 4X1DA 4UACA 3RLFE 3K1NA 2H25A 3B6TA 3OEMA 1Z7ME 3FJGA 1MY2A 1B0LA 3FASA 4U2RA 1RYOA 1Y3PA 4OZ9A 1UQWA 2OZZA 3N6UA 1NKXA 3TEPA 3M3KA 2V93A 1LBCA 4UA8A 2Y7RA 5FHNA 4H67A 2UVHA 3I6VA 3GLBA 4H5FA 2QMXA 5H8QA 3KN8A 4DE8A 3FVKA 3ONMA 5H8NA 1LGBC 3BFUA 3IOWA 1MY0A 2Y7IA 1JNFA 3LBSA 5I58A 4NE4A 2R9JA 3DRGA 2A5TA 3HHFA 1GVCA 5ICQA 5H8FA 3VLUA 3VVDA 3T66A 3DRKA 4PE5B 1PBPA 3EQ1A 5AA2B 4ZE9A 4YKIA 4QSEA 4KD5A 4U1OA 4YB5A 3N94A 4RA1A 3SEYA 4ZEIA 2V84A 4LQ5A 4KCCA 1TWYA 3SESA 2LAOA 4R75A 5KZTA 3HCQA 4ESXA 3GXAA 2ESNA 3K6UA 5EHSA 1NNPA 2ONSA 1MXWA 3CSGA 5CMBA 3H6WA 1MS7A 2DVZA 4IY5A 4ONYA 2XXPA 2R6GE 3LSFB 3TQWA 2I4BA 4YICA 4EDPA 4AQ4A 3FVGA 3K00A 1MG1A 4YMBA 3VV5A 1SI0A 4X1BA 3EPEA 3H7MA 3TZAA 4YMAA 1MM6A 1RKMA 3CFXA 4ZS9A 4JSDA 2G29A 4OTEA 1DTZA 4NF8A 5L9MA 1TFDA 1IXGA 2DQVA 4LONB 3S9NC 1MXVA 3RT8A 4MLVA 5DYHA 2XXYA 3ILTB 4U23A 3A09A 4RK9A 3DP8A 3SEVA 1LFGA 3GZGA 1L5TA 3HN0A 5JEIA 4X9TA 2I0CA 3IJOB 4U1ZA 2WOKA 1GGGA 1MY1A 3PPNA 3KOSA 5DEXA 3OELA 3G3JA 3K01A 4KI0E 3SDFA 1Y3NA 2RCAA 1SW2A 2CMOA 4GF8A 4ZEDA 4MFIA 3ILUB 2I4CA 2F7CA 1BIYA 1H3DA 1AH5A 1R9QA 1FQBA 4H1XA 3HPIA 3USDA 4OFJA 4IO6A 2PBWA 1XVXA 1VFEA 4OERA 1JETA 4F3PA 3RY3A 2I48A 3QXMA 3JZJA 5B7DA 4KR5A 2DXRA 3DRIA 5ELVA 4K3FA 3CIJA 1FQCA 3V5AA 1B05A 3SERA 2B4MA 3H06B 5I56B 2F36A 1ELJA 5DVFA 5TU0A 4GIZA 3IORA 2OK2A 1FW0A 1B7UA 2HZKA 1B7ZA 3U1OA 3OO7A 4HCYA 1MH3A 1FQEA 1Z7NE 3H6UA 5AA3A 5DTBA 1MDQA 3TAJA 4YB7A 4M1VA 3OO6A 4YU0A 3FXRA 3VLWA 4F1YA 3R6UA 1JW1A 1YAEA 2UVJA 3MC2A 1BP5A 1B3EA 1MDP1 1LAGE 3K02A 1POTA 5F7VA 4YZZA 1EZ9A 4GD5A 1SVXB 4F2QA 1N84A 1XVYA 4Q30B 3M8UA 5I59B 2RC7A 1MY4A 1A8FA 2QSXA 3MUQA 2ZYNA 3CVGA 1NH7A 4XKRA 3OOAA 2M8CA 4G2ZA 2G93A 3LUYA 3L6GA 3KSXA 2Y7WA 5EYFA 2XXRA 1EZPA 3O97A 3LVUA 2DWHA 4RXLA 2HFBA 3E4RA 2ZXTA 3ZS6A 2QRYA 2ALUA 2IA4A 2H9BA 2F97A 2QS4A 4U4SA 3ZKLA 3PUVE 3DP6A 4GWOA 4F19A 1IXHA 3H3GA 2DYXA 2DWIA 4LUBA 5KDTB 3UGWA 3PGFA 1B1HA 2AYSA 3CRBA 4NF5B 2F5XA 4NEDA 3PMXA 3DELB 2QPQA 3KBRA 1FQAA 4OETA 1NFTA 4X48A 1UTHA 2DP8A 1A8EA 1LBBA 1A55A 4DXBA 5CMCA 2F6PA 4H8JA 3OXNA 1BLFA 2DE2A 2I3WA 3DRFA 4R73A 1YTVA 1TXFA 2O6AA 4JSOA 4HTGA 3T9HB 4NF6B 4YKJA 5A5XA 3FTOA 4EF2A 4R6HA 2QL3A 2ANJA 3QAXA 1M5CA 1LCTA 3A3CA 4OMBA 1PB7A 3QUJA 1Q1KA 1UTBB 1Y20A 4GXAA 3R26A 5AA2D 1NL5A 2H98A 3TTRA 1SQYA 5M2VA 1FTOA 1MRPA 4FAJA 1A7LA 4LP2B 2OLBA 1VSOA 2DWAA 2XD3A 2CZLA 1JW4A 4H8IA 4GVOA 2RC8A 1B1XA 1HSEA 2REJA 3IO4A 3EHTA 4RNSA 4LZ8A 1IUDA 1CE2A 4H0WA 2Y84A 2FA7A 5TP9B 1XS5A 3FJMA 3U72A 4BDMA 3SEWA 1O63A 3HO7A 4O3CA 4OYVA 1OLCA 4GQOA 1DSNA 4MBPA 4DDDA 3QYTA 4XKPA 1ANFA 3KG2A 3MPKA 4DXCA 3K6VA 3I3VA 1JEUA 4NWCA 1VR5A 2P1SA 1B2HA 1RYXA 3PPQA 3B6QA 3FZVA 4H6DA 4EUOA 3LSWA 2F7BA 1P1QA 1PB8A 4JWOA 3KJTA 3A3UA 3PUZE 1MPDA 4FORA 5CRYA 3TTKA 2VGQA 4PP0A 2ZYMA 2FYIA 3W15C 1LAFE 3PV0E 2QS1A 3EN3A 5I57B 4RPOA 3Q29A 5JTYB 5I2NB 1D4NA 4OHNA 4JXIA 3DRHA 4KFQA 3FATA 5BWJA 5CMKA 2WOLA 1VFDA 2F35A 2A5SA 4ZE8A 2B4LA 1SBPA 4R74A 1M5DA 3AXFA 2PVUA 2Y7PA 2VOZA 3O6PA 3MQ9A 4MH5A 3DM0A 3S4UA 5J1DA 4OFLA 1MQIA 2AIXA 3S9EA 1P1OA 2GRVA 3THIA 2HQ0A 2F78A 1JEVA 5FHOA 4L17A 1JW5A 4LZ7A 3C35A 4POXA 4QRZA 3TMGA 4F1VA 1B3FA 3MVWA 4QFPA 5DT6A 3S2VA 5H8HB 3FJ7A 3G3FA 3ZKKA 1BTJA 3VXBA 1SI1A 2UYFA 1B52A 1TFAA 1USYH 1NNTA 1OLAA 3IOUA 4KYDA 3K0VA 3B7DA 4QFNA 2XX8A 1JVYA 5AA2A 2GHAA 4IGTA 4KQPA 3H6TA 1O64A 4DCXA 2NVUB 2DWJA 3PUXE 3TFLA 3K2DA 3KJ7A 3G3KA 2ZYKA 1B5IA 1JQFA 1B3HA 3O2AA 2V3UA 4FEDA 3EF7A 1B5JA 3TCGA 3TTLA 4XTCQ 1MXZA 3FGSA 3MP1A 4GRKA 3H03A 4OFOA 1NNKA 4FECA 3QK6A 2F8DA 1J1NA 4R2BA 1ZKBA 1N76A 4O3BA 1UIVA 3PAMA 4PFWA 2O7IA 3SKPA 1H43A 4MLQA 4OEVA 4YKPA 5L8DA 1TT1A 3W9WA 1B4ZA 3MP6A 2WOPA 2DOJA 2Z22A 4OESA 2H5YA 4IO2A 3RTFB 1QULA 1XT8A 3PPRA 4F3BA 1DOTA 1MXXA 4OENA 3U94A 1ZIUA 2ONKE 4F1UA 1USYE 4R6YA 3MPLA 3C33A 3CI8A 2DE4A 1S9TA 4U22A 4F18A 2NWJA 3W9VA 1B6HA 5AE4A 4F22A 1IXCA 3D4GA 5CMMA 1B9JA 2XX9A 3VDFA 2H99A 1B0HA 3FV1A 4OQOA 2DS9A 4DLDA 3CHGA 3KFMA 5TPAB 3P7IA 4GLIA 5CI5A 1QKAA 2R71A 3SETA 2XXTA 5IAIA 2E0SA 5EHMA 1PDAA 3UK4A 1I6AA 2REGA 2PT1A 2ZMBA 4NF4B 3QSLA 3PUWE 2OCUA 4KCDA 2XX7A 3L6HA 3O66A 4BDOA 2I58A 3S9MC 3IO6A 4ISUA 2VHAA 3ZSFA 5I56A 2O84X 2F7AA 1N7XA 3IR1A 3LSLA 1QUJA 5LOMA 3TYHA 4C1TA 3UIFA 3MP8A 4I1DA 1MH4A 2Z8DA 2XXQA 3FXUA 1POY1 1I6BA 1SYHA 4G8MA 4KHZE 1NMUA 3TELA 1M5BA 2Q8JA 4O3AA 4EQ7A 1MXUA 2RC9A 4ZZEA 3MJNA 1US4A 2THIA 3KGCA 3IB2A 1OQGA 2HEUA 4IO7A 1ZBMA 4G68B 4DXUA 2YLNA 3MVZA 4JDFA 3LC8A 1URGA 3KN3A 2XXUA 1URDA 1B4HA 2QMWA 4C0RA 5I59A 4M4GA 2KLFA 3MZBA 3TQLA 3ECRA 3CFZA 4AB5A 3KN7A 1FTJA 1P1UA 5FTHA 3PU5A 4HW8A 3KEIA 3MAMA 2ZNUA 5K2XA 3T9UA 1LB8A 4TLLB 3VVEA 3WAFA 3TPAA 2O7UA 1MQHA 5K2YA 4FEBA 3VE1B 3QUFA 3MVXA 1IQ7A 4IB2A 3B6WA 4HS7A 5KDTA 1I69A 4OVJA 1YCJA 3O6HA 4ZEFA 4DIGA 2E1SA 2I3VA 1ZU0A 3RPWA 3TTMA 1N0TA 3C9HA 1IEJA 4NF5A 1URSA 1Y9UA 2XD2A 4FIMA 4LATA 1SW5A 2D5WA 3OENA 5CC2A 1UIUA 1FQDA 4N6PA 4QF9A 1ATGA 5I2KB 4MF3A 4WKMA 3T9VA 4ZEKA 3RTWB 4OEUA 4FATA 4NF6A 3O28A 3RUMA 1IITA 3IX1A 3IL1B 4F29A 1DPEA 1JVXA 1ZJLA 3CG3A 1AL3A 3TCHA 4R9GA 4P0IA 1LFIA 2UVIA 2WKYA 2ONRA 1UTBA 1D9YA 1LAHE 3TKDA 3E13X 1MM7A 3FD3A 3K6WA 1SW1A 3TUSA 2I6EA 1B5HA 4QSCA 3GBBA 4RY1A 3H4ZA 4BDQA 1PEBA 3Q25A 3VXCA 3UA8A 2DE3A 4PETA 3O6GA 2H4IA 2VD2A 5FHMA 5TP9A 1SD3A 4GOTA 3U92A 1FTKA 3GBAA 3G3IA 4ND9A 3K1MA 3IK6B 3EHUA 3C31A 3KOTA 4ELRA 4PFUA 2XXVA 1PBQA 1ZTYA 1CB6A 5KCJB 1MQGA 3T96B 4Q8RA 2X26A 2O68A 3C4MA 1B3GA 1IZ1A 1B3LA 2I49A 2UYEA 2Y7KA 3FVNA 3RN8A 1N7WA 2UVGA 5AA4A 5I57A 4DCYA 2W7YA 4XIGQ 3CR9A 1NNFA 2NXOA 5JTYA 5I2NA 4IO3A 1US5A 4NWDA 1QW0A 1MPBA 2QS3A 4OXVA 1H76A 1QVSA 1H45A 3G3GA 2NUVA 3IJXB 4R2FA 1BKAA 1FTMA 3G3HA 5DVIA 3LR1A 1EH3A 5H8QB 1AIVA 1MQDA 3VLVA 1H44A 5ITPA 4WXJA 3BKIB 3IB1A 3U93A 5H8NB 2GH9A 2X7PA 3V83A 4RK2A 3T22A 1QUIA 3MBPA 5I58B 5AA1A 1AMFA 3EHSA 2ABHA 4WEPA 2A5TB 3OEKA 5H8HA 4XKQA 3OSRA 4IO5A 4RYAA 2I0BA 4GL0A 4H5GA 5H8FB 1FQFA 4YKKA 4ZDMA 4I8CA 1WODA 3PUYE 2Q88A 2Z8EA 4TOZA 1AOVA 1Y1ZA 4NTLA 2B65A 3SEXA 4GL8A 4TQUQ 1XHYA 1M5FA 3LSXA 3PD8A 2O1MA 3I5OA 4R9FA 3MZ1A 1VE4A 4GFRA 4Z0IA 1T0KA 1B7HA 3S9LC 3TTNA 2V25A 4ECFA 4PFYA 4THIA 4JWXA 5FTIA 1NH8A 2HZLA 1YPNA 3IB0A 4ELOA 1FTLA 1O7TA 1D3KA 3E3KA 2VP1A 2PMSA 3PPOA 3IAZA 2FNCA 3Q27A 4FJPA 4LA9A 3CSBA 2V3TA 2GHBA 1LCFA 4F3SA 3VVFA 4EXLA 4E0XA 3PMWA 5I84A 4NF8B 1LSTA 2ZNTA 3N5LA 2D3IA 3BFTA 4IGRA 4TLMB 2O69A 1MXYA 5IKBA 3V8XB 4N07A 3MVYA 2YJPA 2QJEA 1N04A 1N3WA 5L9SA 2XXHA 1LFHA 1P1NA 2HCAA 3OO9A 3Q26A 5DEXB 4XXUA 4BDLA 2XXWA 4G77A 4I9DA 2V3QA 3V89B 3C32A 4QSDA 2DVCA 4BLAA 5F1QA 4EF1A 2D21A 2Q9TA 5TPAA 1LLSA 2XXXA 3KZGA 1I6QA 1ZLQA 3G7WA 2XXIA 4RPNA 3UN6A 3E9XA 5ICTA 3PPPA 4Q5TA 2IEEA 1IIWA 3FXQA 4NF4A 2P2AA 2O1LA 3RQTA 1QKBA 2BJJX 2GFEA 1A99A 1QUKA 4N13A 2RINA 1WVJA 2YPNA 3TCFA 3UORA 3K6XA 1F9BA 1N3XA 3M3FA 3FVOA 4I62A 4C1UA 3OO8A 1OVTA 2OBGA 3F11A 3K1PA 4QFOA 1EZOA 5JK4A 3FUZA 1XOCA 1B51A 4F39A 4Q0CA 1MY3A 3K4UA 4P11A 3PMVA 1B40A 4E0WA 4ELPA 1MPCA 1GV8A 4P0GA 4G8HA 5L9OA 1ZMGA 3RYAA 4H65A 3IOTA 5B70A 4YB6A 1OVBA 4JWYA 4G68A 5H8SA 2RF1A 3ODBA 1XC1A 3O9PA 4XKNA 2HXWA 3TODA 3FIRA 5BUUA 2OWTA 4EQ9A 2AL4A 4QHQA 3R7XA 3UP9A 4PQJA 1OQHA 3SEUA 1LB9A 2XHDA 2DSFA 4ESWA 1PC3A 4PFTA 2UXAA 4F31B 2PYYA 3OD7A 4LZ5A 3KSJA 1DTGA 3DLNA 4AB6A 1S7YA 2Q2AA 3RT6B 1DMBA 1EU8A 2OWSA 1B58A 1A40A 3RGYA 2DXYA 3CFLA 4IY6A 4G8NA 1M5EA 3VFJA 3QIMA 4G68C 1HSLA 4KYEA 4DZ1A 2B3FA 3MW0A 1Y3QA 1UTHB 1A54A 3HSTA 5I2KA 2QS2A 3O29A 1HSJA 2PX1A 4JBZA 3T93B 4GXSB 2O51A 2Z23A 4R72A 3TDJA 4FE8A 3U8QA 3D4CA 5A5XB 2HAUA 1IXIA 2X7QA 3OSQA 4ZZAA 4ZECA 4YAHX 3OMBA 4KYSA 1S50A 3MZ9A 1OMPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IO4A 2XA5A 1DCUA 2Q89A 3JV9A 1SDXA 4AS5A 4ELQA 4BDNA 5LTCA 2ZNSA 3JYRA 1OIBA 3PD9A 4JB7A 4BDRA 3T9XB 2F34A 2F6GA 3DRJA 3RYBA 4G4PA 1YZ0A 1KWHA 1NUXA 4N4UA 5HBCA 1K9YA 1P99A 1R9LA 2RKMA 3Q28A 3RPLA 3C36A 4PFBA 1LBXA 5ITOA 4EXKA 1P1WA 1Y4CA 3DP4A 1KZ8A 3H6VA 4U21A 2RCBA 1R6ZA 5ISUA 4R6KA 1QJMA 1WDNA 4QFLA 1GTKA 1Y4TA 1B32A 2Z8FA 2AL5A 1FCKA 1SW4A 5DVJA 3IOVA 2Q2CA 5HPQA 4FBPA 3C34A 1LAXA 3HHGA 3O6IA 4WEDA 5CBRA 2HAVA 1D9VA 4F3GA 5CBSA 2PFYA 3FV2A 3WAEA 2PT2A 1YYZA 1Q35A 4OWDA 1PB9A 1MQJA 1DK4A 4POWA 2OWZA 3BBRA 3MWBA 2XXKA 1R1NA 1Y1MA 4QFKA 2NOOA 4N17A 2B3BA 4F2OA 2VD3A 4HCWA 4ZEBA 1IMDA 1B46A 2FHYA 5A5LA 2ZYOA 3N6TA 5KCJA 3HV1A 3N26A 4Z7EA 5CM6A 1II5A 5HM4B 3M3LA 2OJTA 4LQ2A 5T3JA 1SYIA 4EQBA 1LBZA 3CG1A 4NMYA 4P56A 1DPPA 4U4XA 3RNNA 2P0SA 4KPTA 5AA4B 1GR2A 4LVQA 2MKZA 4RJZA 4X1DA 4UACA 3RLFE 4GWWA 3K1NA 2H25A 3B6TA 4I3YA 3OEMA 1Z7ME 3FJGA 1MY2A 1B0LA 4IR8A 3FASA 4U2RA 1RYOA 1Y3PA 4OZ9A 1UQWA 1FRPA 2OZZA 4GWUA 3N6UA 1NKXA 3TEPA 3M3KA 2V93A 1LBCA 4UA8A 2Y7RA 5FHNA 2FIEA 4H67A 2UVHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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