4PFTA

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1223) from thermotoga maritima at 1.75 a resolution
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
537
structure length
537
Chain Sequence
FERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Thermotoga maritima
total genus 177
structure length 537
sequence length 537
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pftA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pftA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pftA02
4UA8A 2DSFA 4DIGA 4IO2A 4F3SA 1HSLA 3O9PA 1MXUA 2QMXA 3VLWA 3S9NC 1VSOA 4EXLA 4OZ9A 4TOZA 2QPQA 2V93A 5H8HB 4RJZA 1DMBA 3MAMA 3VFJA 1YTVA 3FV2A 3H03A 2RC9A 1LBCA 3THIA 1LFHA 1T0KA 1LCTA 1WODA 1N7WA 1TFAA 2WOLA 2OLBA 2P2AA 4OHNA 1P1UA 2X7QA 4RPNA 3V5AA 4HS7A 1GVCA 1N84A 4KQPA 1EZOA 4H8IA 3W15C 1MPBA 4ESWA 1HSEA 4RPOA 1B0LA 4LZ8A 3K2DA 4FECA 2PT2A 3KN8A 2Q8JA 1URDA 1EH3A 3C33A 5JK4A 2NUVA 4BDRA 4R9GA 1LCFA 4ELQA 3MZ9A 3L6GA 1P1OA 1NL5A 4EQ7A 5CMBA 3IOTA 4G68B 2IEEA 5FHMA 2ZMBA 3FVOA 2DP8A 4YKJA 2P1SA 4GIZA 3FJ7A 3IX1A 4DZ1A 5AA2A 3MJNA 3TYHA 5CMCA 4F1YA 3H3GA 4EF2A 3SEWA 2Z8EA 3LSFB 1USYE 1L5TA 4NF6A 2ONRA 3W9VA 3TPAA 2Q2CA 4NF4B 4E0XA 3BFTA 3DP6A 1VE4A 4PP0A 1N76A 4ZE8A 2QMWA 2D3IA 1FQFA 2R71A 1PDAA 2VP1A 3O6PA 3T9UA 4IGTA 1B6HA 4QFLA 3I3VA 1B2HA 4YICA 3FIRA 4IO4A 2Y7WA 1ZLQA 1Q1KA 3IJXB 2F8DA 4ZE9A 1YAEA 2XXVA 4XTCQ 5L9MA 3HV1A 1B7UA 1B1HA 3O66A 2BJJX 3MP1A 3OD7A 1ZIUA 5TPAB 3QIMA 1QKAA 2XXRA 1UIUA 4KCCA 3FUZA 5DVJA 4YMBA 3QXMA 1XC1A 1I6AA 4NTLA 3B6TA 4YKIA 4DLDA 4Q8RA 3M8UA 1B32A 1Z7ME 2G93A 3H6TA 3FXQA 4QRZA 4GD5A 1S9TA 1XS5A 4LVQA 4ZZAA 3DP4A 3IO4A 2HFBA 3V8XB 3TEPA 1D4NA 3WAEA 4R9FA 3MWBA 1LFIA 5CI5A 5AA1A 3LR1A 3C4MA 5KZTA 1B3LA 1ZJLA 3G3FA 4JWOA 4IGRA 1CE2A 5AA4B 3Q25A 1M5DA 3PD8A 2I49A 1A55A 3K1PA 4LQ2A 3BKIB 3G3IA 3RT8A 5FTIA 4PETA 1MPCA 3USDA 2O51A 2M8CA 1NH7A 1XVXA 2DQVA 1URGA 3UORA 2F36A 4JBZA 4H5GA 1UTBA 2IA4A 1MQHA 1OMPA 4GL0A 1B3GA 3HPIA 1P1WA 2W7YA 1Y3QA 1QJMA 1OVTA 4DXCA 4OMBA 2CMOA 2H98A 3TTMA 3R6UA 2F5XA 3B6WA 3OOAA 3SEUA 4BDNA 2ESNA 1QKBA 4XKNA 3DRFA 3DRIA 2I0CA 5DTBA 3RGYA 1ZTYA 1MM6A 2XX9A 1JEVA 4NEDA 1IUDA 1FQCA 1JQFA 1JETA 1M5FA 5A5XA 1R9QA 4YZZA 2UVHA 3TTLA 4H5FA 1OLAA 1SI1A 1MXZA 5IAIA 2HXWA 1IXHA 1RYOA 1LAFE 5L9OA 2DE4A 4QFNA 1ZBMA 4YB6A 1FTKA 4QFPA 5H8NB 2O1LA 3I6VA 3PUVE 1MS7A 4R75A 4F22A 1QUIA 5B70A 1ANFA 1B3FA 5DEXA 3MVXA 2Y7KA 4QFOA 4ESXA 3MVWA 3OO6A 4C1UA 1D3KA 3DLNA 3QAXA 4G8NA 3A09A 1N04A 2GHBA 4IO7A 3RQTA 1ZU0A 1PBPA 4BDMA 3RPWA 2I4BA 2DWJA 3N94A 3KJ7A 1PC3A 3IR1A 3QUFA 1JEUA 3MVZA 3MUQA 1IXIA 4LQ5A 1Y4CA 3TUSA 2HCAA 1B51A 1R9LA 1MXVA 1QULA 4I9DA 1MH3A 4R2FA 4DDDA 5ITPA 4FJPA 3T66A 1FQAA 4R74A 3LSWA 5BUUA 4IB2A 3MP8A 4G68A 1US4A 2HQ0A 2UYFA 2B3BA 2VHAA 4QFKA 1US5A 4OFJA 5I59A 3Q29A 1H43A 2XHDA 1GGGA 3JZJA 2DXYA 3HHFA 2Q89A 4Q5TA 3U93A 4JSDA 4GF8A 3G3GA 3PV0E 1YPNA 3KJTA 3Q28A 4PE5B 3M3LA 5F1QA 1B4ZA 1IIWA 3P7IA 4NF4A 3LVUA 4OEUA 4FIMA 1D9VA 3U1OA 3D4GA 1WDNA 5HBCA 2RCAA 1ZKBA 4EXKA 1PB7A 1N0TA 3IOWA 2QS2A 3CIJA 3Q27A 1O64A 4TQUQ 1B40A 4HTGA 2XXHA 1Q35A 1B3HA 3LC8A 4FEDA 4LONB 2OWTA 3PPQA 2B3FA 4AB5A 3ODBA 3MW0A 1O7TA 2WOPA 4WEDA 4IY5A 3VE1B 5TPAA 4OFLA 2DVZA 3RYBA 5AA3A 2QJEA 1P1QA 3W9WA 2V3QA 4I8CA 2ONSA 1XVYA 4ZDMA 3E4RA 3IK6B 1SBPA 4ZZEA 2ANJA 4O3AA 5I58A 2Q2AA 3VVEA 3DP8A 5CMMA 5CBRA 3LBSA 4LP2B 3ILTB 4U22A 2PT1A 4U2RA 5I2NB 3IORA 4FE8A 2XXWA 4PQJA 4YAHX 3SDFA 4QHQA 3VV5A 3E9XA 4OYVA 4G8MA 3CFLA 1TT1A 5AA4A 4F1UA 4F39A 2XXPA 3ILUB 1EZPA 4JSOA 4U4XA 3O6IA 5HPQA 2AL4A 4IO6A 3UN6A 3OSRA 1M5CA 1NNKA 3S9EA 4GLIA 3H7MA 4P11A 3TDJA 1A40A 2DVCA 3LUYA 2NWJA 5EYFA 4KPTA 1FW0A 4X48A 5DYHA 3OEKA 1YCJA 4NF8B 1MG1A 1AL3A 4LZ5A 4GFRA 4F29A 1FTOA 1H45A 4LA9A 2ZYMA 3IB0A 4LUBA 1AIVA 4R73A 5H8SA 1DOTA 1MDP1 2R6GE 2RCBA 3T22A 4K3FA 4RYAA 3N26A 1B0HA 2FYIA 1GV8A 1F9BA 3MC2A 3IOVA 2UVJA 3U72A 3FATA 4GL8A 2Z23A 2I0BA 5AE4A 4G77A 4ELPA 2RKMA 4ZEIA 4H6DA 4KHZE 1DTGA 3PUZE 2E1SA 2DS9A 3M3KA 4UACA 2HAVA 4RXLA 3PU5A 5KDTA 3PUYE 2RINA 4LATA 4KR5A 1DTZA 5LOMA 5M2VA 3KSJA 2AIXA 3TELA 4O3BA 1M5BA 2B4LA 3DELB 5JTYA 5H8FB 3RTWB 2V84A 4Z0IA 4LZ7A 3U94A 2WOKA 3S2VA 3FVGA 1HSJA 5I56B 4OFOA 1NKXA 2E0SA 1MY0A 2H4IA 3MZBA 4DXUA 1PB9A 4TLMB 1OQGA 4RK9A 2ZYOA 2OJTA 1SYIA 1MXXA 3A3CA 3KN3A 5I2KB 4XIGQ 4EDPA 3B6QA 1XHYA 2O7IA 3QSLA 3DRKA 2QS4A 3SEYA 3CFXA 4G68C 1Y1ZA 3OO9A 5EHMA 1Y4TA 3QYTA 3SERA 2OBGA 3F11A 2XD2A 2VOZA 2DWIA 2REJA 2GH9A 1MXYA 1B05A 4PFTA 3K4UA 1SD3A 4NMYA 1LBBA 1SW1A 1B46A 3RYAA 3K6WA 4U4SA 1A99A 2Y84A 4GOTA 2DOJA 1MY1A 3GZGA 4X1BA 2XXTA 1B3EA 2I3WA 4BDOA 3HSTA 5CM6A 3KOSA 1NNFA 2NOOA 4Q30B 4R6YA 2HEUA 1LAHE 1R1NA 2A5SA 4XKPA 1R6ZA 1D9YA 3RTFB 2V25A 3EHSA 3BBRA 4XKQA 4NWDA 1QUKA 1VFEA 3HCQA 5AA2B 1SW5A 1TXFA 4PFYA 3CSBA 4I1DA 2OCUA 4F3GA 1FTLA 2I6EA 1B7HA 4MLQA 3T9VA 2VD2A 3CSGA 4PFUA 1KWHA 5J1DA 2KLFA 4IY6A 2H25A 4U1ZA 4G2ZA 4JWYA 4NF5A 1AH5A 3G3JA 2O69A 4R6KA 3SKPA 1OQHA 3FVNA 3RLFE 3FJGA 3KFMA 3LSXA 2Y7IA 1SYHA 5FHNA 2I48A 1WVJA 1P1NA 1JW1A 4FATA 2HZKA 3C9HA 1USYH 1SDXA 3OMBA 2YLNA 2ONKE 3PMXA 1B1XA 5H8HA 2ALUA 3G3HA 3K01A 4F3PA 1H44A 3K6UA 1MPDA 3SESA 1IQ7A 4EQBA 4G4PA 5ITOA 5DVFA 3T93B 4H65A 1JW4A 4NE4A 1MQIA 2Z8DA 4JDFA 1EU8A 3MVYA 2O6AA 3EQ1A 1FTJA 3TMGA 2VD3A 2XXIA 3MPKA 2OK2A 2RC7A 2ZYKA 5ELVA 4POWA 3HHGA 3BFUA 1IEJA 1MQDA 2F7BA 4QSCA 2F97A 3VVFA 3TZAA 2QSXA 1QUJA 5I57B 3IO6A 3KG2A 3U8QA 5KCJB 5I2NA 1BLFA 3RUMA 2UVGA 4DCXA 3MZ1A 3FV1A 1BP5A 2V3UA 3Q26A 3TQLA 3VLUA 4P0GA 1POY1 4MFIA 4RK2A 1OVBA 4F2OA 2QS3A 4XXUA 4F31B 4WKMA 1POTA 3GXAA 2I58A 4BDQA 3K1MA 4NF8A 2Q88A 1MXWA 4F2QA 4JWXA 1B4HA 5DVIA 1LFGA 2GFEA 4MBPA 3MBPA 5I84A 1BKAA 1MRPA 2YPNA 4KI0E 1B5JA 4FORA 2Y7PA 3SEXA 3VXCA 1AOVA 3WAFA 3UIFA 3O2AA 1UTBB 3QK6A 3EPEA 3O6GA 3R7XA 1Y20A 4HCWA 4MH5A 2DXRA 1B9JA 3OO8A 4WEPA 4N6PA 1A8EA 3PMWA 3IL1B 2THIA 3K0VA 2O84X 3H6WA 3RT6B 2UVIA 2XXUA 4L17A 3AXFA 3ONMA 2DE3A 1JVYA 3PUWE 4Q0CA 4H67A 1I6BA 3C36A 4NWCA 3KBRA 1A54A 3MPLA 4GXSB 3HO7A 2G29A 5FTHA 5H8FA 4THIA 3CVGA 1TFDA 1IZ1A 3L6HA 4F19A 3UP9A 1MY3A 1I6QA 3TCFA 4KD5A 4DE8A 5I56A 3TAJA 1MY2A 1OIBA 5H8QB 5TU0A 1BTJA 1H3DA 3SETA 3E3KA 2A5TB 1SQYA 2F34A 3IJOB 3K6VA 3H6UA 1FCKA 5I2KA 1LAGE 2OZZA 1FQBA 5CBSA 1GR2A 3S9LC 4QSEA 3V83A 4AQ4A 3CHGA 5IKBA 4JB7A 1ATGA 2H99A 4RY1A 2B4MA 1VR5A 4KFQA 1EZ9A 4IO5A 2PBWA 4YKPA 4QSDA 5DEXB 2GHAA 2Q9TA 2HAUA 3N6TA 3PGFA 5CRYA 4MF3A 4H0WA 1UQWA 2H5YA 1N3XA 1XT8A 3ECRA 4KCDA 2DE2A 3N6UA 3TFLA 4ISUA 5ICTA 2Y7RA 1P99A 2O1MA 2CZLA 1Z7NE 3OSQA 3IB2A 1MQJA 4X1DA 1B52A 3OXNA 3D4CA 2GRVA 4R2BA 1Y3PA 1LSTA 1MDQA 3DRJA 3CRBA 1Y3NA 4OVJA 4RA1A 4FAJA 3EN3A 5BWJA 5JEIA 1AMFA 5I59B 4TLLB 3FVKA 1SVXB 2RC8A 1RKMA 3RNNA 2XX8A 3FASA 1JVXA 4C1TA 4OENA 4OQOA 4E0WA 1LAXA 1JW5A 1B7ZA 2ZXTA 1LB8A 4U1OA 4X9TA 3EF7A 3FXRA 3DRHA 1MQGA 4M4GA 5ICQA 3OEMA 1DPEA 5TP9B 1SI0A 2O7UA 3T96B 5AA2D 3VLVA 3FXUA 2WKYA 3A3UA 1M5EA 3C34A 4ELRA 3PPPA 5FHOA 2YJPA 3V89B 1UTHB 4AB6A 3CG1A 1N3WA 3CG3A 3E13X 1JNFA 3OENA 3TTKA 2DWHA 4YB7A 2UXAA 1SW4A 3JYRA 2XX7A 5DT6A 3KGCA 1QVSA 2NVUB 3TTNA 4F1VA 3R26A 1NFTA 5H8NA 4P0IA 2XXQA 5K2YA 2AYSA 4F18A 2PVUA 5B7DA 4ELOA 3S9MC 2D21A 2Z22A 3FGSA 3K6XA 3H06B 4ZEKA 4KYEA 4U21A 3K00A 3FD3A 3LSLA 4M1VA 1NH8A 1B5IA 3MP6A 1IITA 4POXA 3KSXA 3FZVA 2ZNSA 3S4UA 2XXXA 4OXVA 1UIVA 5I58B 5I57A 4RNSA 5KCJA 3C31A 2QL3A 3IAZA 3H6VA 4ZEBA 1FQDA 3O29A 4G8HA 3KEIA 2XXYA 3PPOA 3K1NA 1B58A 2F78A 4JXIA 3GBAA 4C0RA 2DWAA 4QF9A 5F7VA 4HW8A 2RF1A 4KYSA 4KYDA 4ND9A 3PUXE 4EF1A 3B7DA 3IB1A 1NNTA 4DXBA 2F7AA 2VGQA 4N13A 1TWYA 4FEBA 2AL5A 3CR9A 3KN7A 4YMAA 3TCGA 3KOTA 4GVOA 1LB9A 3H4ZA 3TKDA 4O3CA 4GQOA 4OTEA 4H1XA 2REGA 4I62A 3MQ9A 3PAMA 1BIYA 3JV9A 1MM7A 2V3TA 3KZGA 3UGWA 1A7LA 1PEBA 3IOUA 4GWOA 3TCHA 4NF6B 1Y1MA 5K2XA 3O6HA 3RY3A 4ZECA 2FA7A 3UK4A 2NXOA 4F3BA 1GTKA 4BDLA 2ABHA 2ZNTA 4Z7EA 3C35A 1I69A 2X26A 4OETA 4R72A 1FTMA 5KDTB 3CI8A 2F6GA 3ZKKA 3ZKLA 3OELA 3TQWA 1ZMGA 2OWSA 4WXJA 2LAOA 1VFDA 4ZS9A 1S50A 2H9BA 4YKKA 2PYYA 3ZS6A 5JTYB 5H8QA 4PFWA 2A5TA 2UYEA 3QUJA 5L9SA 2QRYA 4MLVA 3UA8A 2HZLA 2FNCA 4U23A 3FTOA 5HM4B 3TODA 2R9JA 4YB5A 1DPPA 3I5OA 3HN0A 3DM0A 4OESA 2P0SA 2I4CA 1DSNA 3T9HB 3VVDA 3O28A 4OERA 1A8FA 3G7WA 4ZEDA 3EHUA 2I3VA 2B65A 3M3FA 3PMVA 1PB8A 4R6HA 4GXAA 3CFZA 4N07A 3VDFA 3PPNA 3OO7A 3PD9A 4DCYA 3GLBA 3PPRA 3GBBA 2F35A 1LLSA 1IXGA 1NMUA 1CB6A 3VXBA 1XOCA 2O68A 1IXCA 1ELJA 4XKRA 4ZEFA 1S7YA 2DYXA 1N7XA 1LGBC 4OWDA 1H76A 1QW0A 1Y9UA 3RN8A 5CMKA 1OLCA 3DRGA 1II5A 2QS1A 1MH4A 2Z8FA 3SEVA 3C32A 2PX1A 2X7PA 2PMSA 1MY4A 3EHTA 5L8DA 2ZYNA 2F6PA 4EQ9A 4OEVA 4ECFA 1URSA 2F7CA 1NNPA 3TTRA 3FJMA 5TP9A 1B5HA 3G3KA 4IO3A 1J1NA 3N5LA 4BLAA 5CC2A 4ONYA 3O97A 4H8JA 1RYXA 5A5XB 3ZSFA 4NF5B 4EUOA 1UTHA 3T9XB 4HCYA 1O63A 1SW2A 3U92A 1FQEA 5EHSA 4YU0A 2XD3A 1PBQA 2ZNUA 5ISUA 2D5WA 4GRKA 3K02A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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