4PFUA

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.05 a resolution
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Thermotoga maritima
total genus 181
structure length 540
sequence length 540
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfuA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfuA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfuA02
1KWHA 3HN0A 1M5EA 3AXFA 3TCFA 1NKXA 2H25A 4GF8A 1UIVA 4IO5A 1AH5A 2I6EA 1SDXA 1H43A 2XXVA 5CMCA 3PUXE 2VHAA 3SEWA 5L9SA 4U1OA 4DDDA 3G3HA 1I6BA 2I0CA 4RPOA 1ZTYA 4QHQA 1H44A 2D3IA 4RA1A 3SETA 5FTIA 4RNSA 1MY1A 2DOJA 2B3FA 4BDMA 3OSQA 1LFHA 2WOLA 4G77A 3T93B 1MH3A 4G8MA 2XXUA 4WEPA 4F31B 5ITPA 3MVWA 1NNPA 3ZS6A 1B7UA 1ZU0A 4YB7A 5AA4A 3KJTA 4OFLA 1EZ9A 4K3FA 3EPEA 4R6HA 3RPWA 5H8FA 1MH4A 1TXFA 4NE4A 4ZS9A 4H0WA 1MQHA 4ZEKA 3LC8A 3GZGA 4NWCA 1OLCA 1MXZA 1Y4CA 3KFMA 1JW1A 2HEUA 3N26A 4R9FA 3OOAA 3DRIA 1Y1ZA 4LZ7A 1LLSA 4POXA 1LGBC 4MLVA 1D9YA 2NWJA 1ZKBA 3TUSA 3RNNA 2FYIA 4MH5A 4JXIA 4LZ5A 1VR5A 4RY1A 4U23A 3K6VA 4OMBA 5ELVA 3DRFA 2I58A 3HHGA 2O1MA 5I56A 3PMVA 3K1PA 3SKPA 1DPPA 4QSDA 3V5AA 1A8EA 1A7LA 4PE5B 3FJMA 1B3FA 3D4CA 2ONSA 3O6GA 1YTVA 1M5FA 2WKYA 4G8NA 3OO9A 4OERA 1A8FA 1IXGA 3VV5A 1GR2A 2Q89A 3IOTA 1MY4A 4BDLA 3JZJA 1HSLA 1XVXA 5CBSA 3TPAA 3P7IA 4N13A 4BDNA 1N04A 5DVFA 1PBQA 2YJPA 4EUOA 5H8QA 1O63A 2HZLA 4ECFA 2DWIA 4PETA 4F29A 1USYE 3LVUA 3CG1A 3G3JA 1PB9A 5CC2A 3IO4A 3UK4A 3D4GA 1PEBA 3OO6A 1B7HA 1ATGA 5AA4B 3PUZE 4P11A 1JVYA 4OVJA 1US4A 3OEMA 5CI5A 1PC3A 1N76A 1MXVA 4H8IA 2UYEA 3SEYA 1SW1A 1F9BA 2QRYA 3KOSA 3RYAA 2B4LA 3UA8A 2PBWA 3RT6B 1JVXA 4ZEIA 1LBBA 2HCAA 3MWBA 4LZ8A 4NF6A 2XXYA 1UTHA 1AOVA 2F6PA 2HQ0A 1JETA 4POWA 1MDQA 1NH8A 4KPTA 1NMUA 1A99A 5K2XA 1FTOA 2D5WA 3H6TA 1EZPA 3DP4A 2ALUA 5TPAA 2YLNA 4GRKA 5I2KA 4YZZA 4H6DA 4KR5A 3MW0A 1Q35A 4P0GA 2OK2A 3K01A 5M2VA 1B32A 4F39A 3QK6A 4R72A 2M8CA 3UIFA 3TTKA 2DP8A 4ELRA 1N3WA 4Q30B 4LQ5A 4N6PA 4YKPA 1A54A 2ZNTA 5JTYB 3QAXA 3MVYA 2F97A 3TMGA 1H45A 1MPBA 4ISUA 3L6HA 2XXRA 2Q9TA 1IITA 3RY3A 5IKBA 2Y7RA 4HCYA 4FIMA 2QJEA 5AE4A 4XIGQ 3FASA 3I6VA 4F19A 1QW0A 1BP5A 4KYSA 3PUVE 1YAEA 5EHSA 1SI1A 3IJOB 1T0KA 1PDAA 1EU8A 2RC8A 4ESXA 2V84A 5ITOA 1B4ZA 2Z8FA 4EXLA 1RKMA 4JSDA 2V25A 1MQDA 2QSXA 5IAIA 4QRZA 3O9PA 1EH3A 4OHNA 3MJNA 3TKDA 5CRYA 3ZKLA 4GFRA 4QF9A 3C9HA 4TQUQ 4OWDA 5TP9B 2X26A 3I3VA 4ELQA 2UVIA 1SVXB 2O7IA 3LBSA 4DXBA 4OENA 2F36A 4KQPA 1B5JA 3GXAA 4IO2A 5DT6A 2ZYKA 2GHBA 3M3LA 3G7WA 1R6ZA 1FQBA 1UTHB 4LATA 4LVQA 3CSGA 3IOVA 3U72A 4F1UA 3S9LC 1B7ZA 2QMWA 5CBRA 3K2DA 1QJMA 3O6IA 1S50A 4YKIA 4QFNA 1N3XA 3RT8A 1B1XA 4XXUA 1OQHA 5TPAB 3FXRA 2W7YA 2XD2A 3TTNA 1B3HA 3HSTA 3K02A 2RC9A 4EQ9A 3MP8A 4NWDA 3PV0E 2OWTA 3SEUA 2HZKA 3H4ZA 3FTOA 3PAMA 3DLNA 1IQ7A 1I6QA 1MS7A 3VE1B 4EF2A 3UGWA 4DCYA 4R2FA 1URGA 2PT2A 3UP9A 4C0RA 2DQVA 3FD3A 3MZBA 1MDP1 4PFWA 2UVHA 3O2AA 1Y9UA 1USYH 1H3DA 3O66A 4LA9A 1OMPA 1MY2A 3B6TA 2I3WA 2AIXA 1DTGA 3TCGA 4F1YA 1Y3PA 2DVCA 1M5BA 2XD3A 3OELA 3KJ7A 2I48A 1LB8A 2GRVA 1NFTA 1SW4A 2DWJA 2PT1A 3G3FA 1VFDA 4KHZE 2FA7A 4DXCA 5F1QA 1RYOA 4H1XA 2Y7IA 3HPIA 3Q25A 5A5XA 2F6GA 1L5TA 4QFKA 3N6TA 4HCWA 2GHAA 4QFPA 1MRPA 3RUMA 1P1OA 1VFEA 4PFUA 3KZGA 5DVIA 3ONMA 3I5OA 1CE2A 2ABHA 4OTEA 1XT8A 3TODA 3S9NC 1Y3QA 2O1LA 3W9WA 1IZ1A 4YMBA 5I2NA 3S9EA 3FGSA 3PMWA 4IO3A 1B3EA 4OZ9A 2REJA 3R26A 3PPQA 4F3SA 4UACA 4KI0E 3N5LA 3K1MA 4EF1A 2OJTA 1YCJA 1MXYA 3UN6A 4NF5A 2DE4A 3IB1A 3T96B 1S7YA 2F34A 1FQFA 4KCCA 1B52A 4DLDA 3HO7A 3EF7A 3MPLA 2X7QA 3KSJA 3TTRA 4OESA 1OIBA 4RK2A 1DTZA 4M1VA 1FQEA 3OEKA 3MP1A 2E0SA 1B05A 3FVOA 4ZZAA 3FZVA 1XVYA 1SW2A 2P1SA 2XXQA 1I69A 5L9MA 4KCDA 4FEDA 3RLFE 1FTMA 3VLWA 3O28A 4F3BA 4FEBA 2ZMBA 3M8UA 5L9OA 4HS7A 5HBCA 1LAXA 1HSEA 3HHFA 3FJ7A 1SI0A 4P0IA 4C1TA 4X9TA 4RXLA 2V93A 4MBPA 4U4XA 5A5XB 3TFLA 5TU0A 3SEXA 1QUJA 3PU5A 3IR1A 2NUVA 2XX9A 3B6WA 3KOTA 2VD2A 1SD3A 1SYHA 1UTBB 1O7TA 3T9UA 3TEPA 2V3TA 4GL8A 5BUUA 3FJGA 3RGYA 3WAFA 5I2NB 3H6WA 1BTJA 3EHUA 4I9DA 3PPNA 4ZEDA 2PVUA 3K4UA 4ZDMA 1MY3A 3IO6A 3O6HA 2Q2AA 1JNFA 1TWYA 4KFQA 3RTWB 4QSCA 1OVTA 5B70A 1LB9A 4E0WA 4NF5B 5JTYA 4TLMB 4X1BA 4YB5A 3FUZA 1JW5A 3JV9A 1URSA 4NEDA 2OLBA 3FXUA 3MPKA 3EHTA 2Z8EA 2RCBA 2P2AA 1ZBMA 1XOCA 3EQ1A 2ZYOA 2AL5A 4UA8A 3QSLA 1IXHA 4I1DA 5I58B 4G68C 1DPEA 2IEEA 3H6UA 4Q8RA 2OCUA 5B7DA 5DYHA 4R75A 2B65A 3FIRA 4U2RA 2F35A 3MAMA 3TQWA 3S9MC 1LAHE 4RK9A 4LONB 5TP9A 2O84X 3E3KA 4JBZA 2VGQA 2QS4A 4NF4A 1Y4TA 3E13X 1DOTA 3MVZA 1MM6A 4N07A 1P99A 5FHOA 5J1DA 2ZNUA 1ZLQA 5CMMA 3LSXA 5L8DA 3RQTA 2XXXA 2ANJA 5HM4B 1N7XA 3PUWE 1FQCA 1LCTA 2YPNA 2O6AA 1MXXA 1ELJA 1Y20A 5DEXA 5I57B 1GTKA 5JEIA 4GVOA 4Q5TA 3EHSA 1Y3NA 1PB7A 3U1OA 4F2OA 4GL0A 2DYXA 3PD9A 2O7UA 4ZE9A 3MZ9A 5CMKA 2XXHA 3IX1A 3CIJA 5F7VA 4IGTA 2O69A 3OD7A 1MQGA 4OFJA 3MUQA 4QFOA 3ECRA 4Z7EA 2WOPA 1OVBA 1IUDA 4U21A 2QL3A 4GIZA 3DRHA 3KEIA 2V3QA 3O97A 3H03A 3R7XA 2THIA 3QYTA 2XHDA 4OXVA 1TFAA 3K1NA 4JDFA 3OO8A 4RPNA 2NXOA 3OSRA 2AL4A 3B7DA 2F8DA 1PB8A 3VXCA 4BDRA 4NF4B 1MY0A 5EHMA 1DMBA 3S4UA 3SDFA 1D9VA 1XHYA 3V8XB 1ANFA 2RC7A 1B2HA 5KDTA 5ICTA 3CHGA 4ELOA 5FHMA 4GD5A 3T22A 4EQBA 1LCFA 3H06B 4F22A 3A3CA 5DVJA 4ONYA 1GGGA 1QVSA 2ZNSA 3CI8A 1B46A 4F2QA 4IO7A 1MQIA 1PBPA 3S2VA 4OQOA 3BBRA 5DEXB 4OEUA 3Q28A 1JW4A 3IJXB 3U93A 2A5SA 4FJPA 4F3GA 2P0SA 3RN8A 4O3CA 1JEUA 1IXIA 3B6QA 4AB5A 4BDOA 3ODBA 4FECA 2RCAA 3PUYE 4E0XA 3EN3A 4HTGA 1N0TA 2Y7KA 2F7AA 2RF1A 2Y7PA 3K6WA 4PQJA 4I62A 4F18A 3T9HB 1LAFE 4C1UA 1IIWA 2Q88A 2BJJX 3T9VA 1BLFA 3PPPA 5AA2B 2H4IA 2X7PA 3KN8A 4WKMA 1R9QA 3ZSFA 3VXBA 2Y7WA 4JB7A 4OEVA 3TELA 3QIMA 1FQDA 4QSEA 4EDPA 5CM6A 1I6AA 3F11A 4TOZA 3TZAA 3FVKA 1B58A 1NNFA 1UTBA 4OYVA 2RINA 4F1VA 1VSOA 4H8JA 1MXWA 3U92A 1MPCA 2F78A 5KCJA 2PX1A 4DE8A 1Y1MA 1R9LA 3UORA 2PYYA 4DCXA 1ZJLA 1MPDA 4IO4A 2VOZA 3PPOA 2GH9A 2O68A 2UVGA 3CFZA 1NNTA 3IAZA 5KDTB 4OFOA 1VE4A 4Q0CA 1LBCA 2HAUA 3VLUA 1BKAA 4KYDA 1QKBA 1FTJA 1IXCA 3QUJA 5CMBA 5I84A 4FAJA 3LUYA 4G4PA 2G29A 2I49A 1FTLA 2DE3A 4NF8A 2ESNA 4MLQA 3Q26A 5I59B 2RKMA 1LSTA 1P1WA 3CVGA 1B0HA 2XXIA 3CG3A 2XX7A 2PMSA 2E1SA 1QULA 2Q8JA 2F7CA 3W9VA 4JSOA 3LR1A 5H8HB 4BLAA 3ILTB 2CZLA 4GLIA 2Q2CA 5ICQA 5I58A 2CMOA 3BKIB 3OMBA 1MG1A 1IEJA 1P1UA 1D3KA 3N6UA 4G68A 2Z23A 1H76A 3LSWA 4IGRA 3FATA 3VVDA 2HAVA 5KZTA 3E9XA 1QUKA 1SQYA 4X48A 2KLFA 4RJZA 1R1NA 2VP1A 1POY1 4ELPA 2HFBA 3JYRA 3K6XA 1QKAA 4PP0A 3C4MA 3OO7A 3KN3A 2QS3A 1LFGA 5JK4A 2REGA 3PGFA 2IA4A 1EZOA 3LSFB 1LFIA 3PMXA 4XKRA 1A55A 2XXWA 1POTA 3C35A 1URDA 3USDA 3FVGA 1O64A 3SESA 2OZZA 5KCJB 3C36A 4ZEBA 2HXWA 3DP6A 4DZ1A 4BDQA 1A40A 4QFLA 1UIUA 3T66A 3TTLA 4HW8A 3WAEA 2I4CA 3QUFA 2QMXA 3PD8A 1RYXA 3G3GA 4MFIA 4PFTA 5I57A 3KSXA 3M3FA 4U1ZA 5H8NB 2QS1A 1FW0A 4YB6A 1XC1A 4JWYA 4ZE8A 2Y84A 4NF8B 3VLVA 3K00A 3IOUA 1FQAA 2V3UA 2VD3A 3CFLA 1NH7A 1Z7ME 4LQ2A 3Q29A 1B1HA 4FATA 4ZZEA 3KG2A 3TQLA 3DM0A 1N7WA 3OENA 1JQFA 3A09A 2AYSA 2F7BA 5EYFA 1B0LA 1US5A 4R6YA 2QPQA 4FORA 2H5YA 3GBAA 3MZ1A 3HV1A 4EQ7A 3VVFA 2R6GE 3ILUB 3DRKA 4G68B 1ZMGA 3C31A 5K2YA 2XXPA 2R9JA 4O3BA 2GFEA 4G8HA 2I4BA 3IOWA 3T9XB 1MM7A 4JWOA 1B5IA 5DTBA 2ONKE 4M4GA 1B3LA 5H8FB 3CR9A 3TYHA 2DXYA 5AA1A 4LP2B 4X1DA 3DELB 4OETA 3G3IA 1WODA 2I0BA 3FVNA 5HPQA 4R6KA 2UVJA 3TDJA 2DXRA 3IB2A 2A5TA 3DRGA 1D4NA 5FTHA 3KBRA 1TT1A 3H6VA 1GV8A 1OQGA 1P1NA 2O51A 3SEVA 3ZKKA 5I56B 5AA2D 3MP6A 3H7MA 3A3UA 3HCQA 3MBPA 2OWSA 4H67A 1B51A 3VFJA 4AB6A 2NOOA 4G2ZA 4IB2A 4R9GA 2FNCA 3RTFB 1B5HA 2UXAA 3O29A 4IY6A 4GWOA 4EXKA 1B40A 4FE8A 1LAGE 4DIGA 3OXNA 3SERA 4IO6A 3C32A 5AA3A 4Z0IA 1XS5A 3GBBA 3FV2A 5AA2A 1P1QA 4DXUA 4I8CA 2G93A 4KD5A 2ZXTA 3G3KA 4KYEA 4JWXA 1SBPA 5H8QB 2LAOA 2B4MA 3RYBA 1JEVA 1AIVA 2DS9A 1WVJA 3PPRA 1TFDA 2ZYNA 4R2BA 1SYIA 4LUBA 4U22A 2UYFA 3TAJA 5BWJA 3R6UA 2DWHA 2NVUB 1Q1KA 4YAHX 3KN7A 1B9JA 1HSJA 4YMAA 1M5CA 3TCHA 1NNKA 1B3GA 1CB6A 3MC2A 2DE2A 4WEDA 4F3PA 4GXAA 3V89B 4NTLA 3MVXA 3CSBA 2D21A 4H5GA 4R73A 2Z8DA 4NF6B 4XKPA 3VVEA 2QS2A 2A5TB 3E4RA 5H8SA 3H3GA 3CFXA 5I59A 3K6UA 3K0VA 1GVCA 1MXUA 5I2KB 4GXSB 3LSLA 2F5XA 1AL3A 3QXMA 4PFYA 5H8HA 2DSFA 4YICA 4XKQA 2XXTA 3L6GA 4GOTA 1NL5A 1S9TA 3U94A 3C33A 3M3KA 1B6HA 3THIA 1ZIUA 3DP8A 1B4HA 4ZECA 1Z7NE 1UQWA 3DRJA 4YU0A 4ND9A 4WXJA 1WDNA 3IB0A 2H99A 3IK6B 4XKNA 4YKJA 3GLBA 3VDFA 3IORA 4AQ4A 2Z22A 3CRBA 1SW5A 2DWAA 2ONRA 4RYAA 4R74A 4ESWA 1N84A 1AMFA 5LOMA 1MQJA 3IL1B 5ISUA 5FHNA 2B3BA 1OLAA 1QUIA 4XTCQ 4ZEFA 3U8QA 1DSNA 3N94A 4L17A 3MQ9A 3V83A 2H98A 3C34A 4NMYA 2ZYMA 4YKKA 3TTMA 4THIA 2R71A 2I3VA 3BFUA 1YPNA 4GQOA 2WOKA 2OBGA 4IY5A 1FCKA 3W15C 3KGCA 4H65A 4MF3A 4O3AA 1BIYA 4H5FA 3Q27A 5H8NA 1FTKA 3O6PA 3FXQA 2XX8A 1II5A 1J1NA 2DVZA 1M5DA 3BFTA 4U4SA 2H9BA 4TLLB 3FV1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KWHA 4LN5A 4DI4B 3HN0A 1EYIA 1M5EA 3AXFA 3TCFA 3SZPA 1NKXA 2H25A 4I3EA 4GF8A 1UIVA 4IO5A 1AH5A 2I6EA 1SDXA 1H43A 4P9KA 2XXVA 5CMCA 3PUXE 2VHAA 3SEWA 5L9SA 4U1OA 4DDDA 3G3HA 1VDWA 4P8BA 1I6BA 2I0CA 4RPOA 1ZTYA 4QHQA 1H44A 2D3IA 4RA1A 3SETA 5FTIA 4RNSA 3LV0A 4P3LA 1MY1A 3BIHA 2DOJA 2B3FA 4BDMA 3OSQA 1LFHA 2WOLA 4G77A 3T93B 1MH3A 4G8MA 2XXUA 4WEPA 4F31B 5ITPA 3MVWA 1NNPA 3ZS6A 1B7UA 1ZU0A 4YB7A 5AA4A 4NG7A 3KJTA 4OVTA 4OFLA 1EZ9A 4K3FA 3EPEA 4R6HA 5ET8A 3RPWA 5H8FA 1MH4A 1TXFA 4NE4A 4ZS9A 4H0WA 1MQHA 4ZEKA 3LC8A 3GZGA 4NWCA 1OLCA 4N6KA 4KXPA 1MXZA 1Y4CA 3KFMA 1JW1A 4OA4A 2HEUA 3N26A 4R9FA 3OOAA 3DRIA 1Y1ZA 4LZ7A 1LLSA 4POXA 1LGBC 4MLVA 1D9YA 2NWJA 1ZKBA 4PF8A 2R8TA 3TUSA 3RNNA 2FYIA 4OVRA 4MH5A 4JXIA 4LZ5A 1VR5A 4RY1A 4U23A 3K6VA 4OMBA 5ELVA 3DRFA 4P47A 2I58A 3HHGA 2O1MA 5I56A 3PMVA 2KQZA 2F3DA 3K1PA 3SKPA 1DPPA 4QSDA 3V5AA 1A8EA 1IMEA 1A7LA 4PE5B 3FJMA 1B3FA 1IMFA 3D4CA 2ONSA 3O6GA 1YTVA 4UABA 1G0IA 1M5FA 2WKYA 4G8NA 3OO9A 1NUZA 4PBHA 4OERA 1A8FA 1IXGA 3VV5A 1GR2A 2Q89A 3IOTA 1MY4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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