4PFWA

Crystal structure of mannohexaose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.2 a resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Thermotoga maritima
total genus 175
structure length 540
sequence length 540
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfwA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfwA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfwA02
2Z8EA 3T9HB 1AMFA 2RCAA 2NXOA 4KFQA 2WKYA 1B5IA 3PUWE 4YKPA 1B7HA 4KYSA 3GXAA 3RPWA 2XD2A 5I2KA 4C0RA 4YKKA 1TFAA 4GOTA 3V83A 4ZE8A 4H65A 2I6EA 5AE4A 5HPQA 3TQWA 4F39A 4LQ5A 1FTKA 2RC7A 1M5DA 3EQ1A 5J1DA 3IB1A 4ZDMA 3BKIB 1B3HA 4FAJA 3T9VA 2X26A 2P2AA 5DVJA 1LB9A 1YTVA 3OO8A 4IY6A 1I6AA 5I84A 3IOWA 3MVXA 3QXMA 4PFYA 1NNTA 4G8MA 3TEPA 4EXLA 1FCKA 5DEXB 1LFGA 3HV1A 2B4LA 3IOVA 1A99A 2Y7RA 4H5FA 1UTBA 2I4BA 4QFLA 4ISUA 3I6VA 2B3BA 1MPDA 4DCYA 2UVJA 1MS7A 3KSJA 3G3GA 5TU0A 4GLIA 4Q5TA 4EF2A 2XXXA 2HXWA 1N0TA 4F1UA 2Q8JA 1Q1KA 3SKPA 3PUXE 3TCGA 4OMBA 5DVIA 3VXCA 2XX7A 3CHGA 2UVIA 4DXUA 2UXAA 1SW4A 3KN7A 1MM7A 3K0VA 5I56A 4ZE9A 2RKMA 1ATGA 5H8QB 1XVYA 4TLLB 4UACA 4H6DA 4IO7A 1JNFA 3H03A 4QHQA 5ISUA 4BDMA 1P1WA 1NFTA 4IO5A 5I59B 4NF6B 1EZ9A 3ZSFA 3IX1A 5I58B 1VSOA 3H3GA 1US4A 2QS1A 4QFKA 3O6GA 1IZ1A 3A09A 2HCAA 3LSXA 5AA4A 1SQYA 1P1QA 1MG1A 3PUYE 1FW0A 3HO7A 5DVFA 3MP8A 4RPNA 3VVFA 4R2FA 3FXRA 1I6QA 5H8NA 2XD3A 2F6GA 3TTKA 3S2VA 1CE2A 3PMXA 3K2DA 4FJPA 3OSRA 3SESA 2VOZA 1MY2A 3G3HA 5CBRA 3SEXA 3BFTA 1OIBA 1EH3A 3TTRA 2ZNSA 1Y20A 4PFUA 1LAGE 1MH3A 3ODBA 3UN6A 5EHMA 5FHOA 3SDFA 3VLUA 2O69A 5CMMA 4HCYA 5EHSA 2AIXA 4JSOA 1SI1A 3RN8A 4TLMB 1BTJA 3G3IA 2DWJA 1UTBB 3PMWA 4MBPA 3EPEA 3PPQA 4XKQA 4QFNA 5CMCA 3H6TA 1POY1 2VP1A 1TXFA 1Y3PA 4NF4B 2ZYKA 2F36A 1FTMA 1AIVA 4OZ9A 4POXA 4FIMA 3T22A 4IB2A 4I9DA 3FJGA 1FTLA 5FTIA 4THIA 4ND9A 3K4UA 3G3JA 2Q9TA 1MY3A 1IXGA 4U1ZA 2E1SA 2F7AA 2RF1A 2H25A 3ECRA 4R75A 4YB7A 4UA8A 5I56B 2NUVA 2OBGA 4OYVA 4YZZA 1TT1A 2I49A 4RK9A 1NMUA 3N6UA 1SYIA 4JBZA 2HAVA 4ZEIA 3P7IA 1SW5A 2WOLA 2IEEA 5CMBA 4U4XA 1LSTA 3DLNA 3G3FA 4BLAA 2UYEA 1MPCA 3H6UA 2GHAA 3QK6A 3OOAA 5F7VA 3LBSA 1HSJA 5AA4B 1FTOA 4PFWA 1R1NA 4EXKA 1D3KA 4TQUQ 4TOZA 2H5YA 1B52A 1B7ZA 2Q2AA 3CIJA 4F2OA 4F18A 2DXRA 1H76A 5H8NB 1BP5A 4U21A 1R9QA 4IY5A 1IXIA 3DRKA 1FQEA 3CSBA 4DXBA 2HQ0A 4IGRA 3OXNA 3SEYA 3T9UA 1B5HA 3C31A 4ESWA 5CBSA 3GBBA 3TQLA 3G3KA 2F97A 3MJNA 5TP9A 1OVBA 3LUYA 3CFZA 4AB6A 3H4ZA 1YCJA 3K1NA 3SEUA 3DP4A 2DS9A 2XX9A 4EUOA 5L9OA 2QPQA 4H8IA 4U1OA 3FATA 4ESXA 3KJTA 3QYTA 4OESA 3TTLA 2H4IA 3LR1A 1ZIUA 2O7UA 4X48A 4OENA 2GRVA 1MDQA 1B3EA 1PB9A 1MQIA 3C4MA 1US5A 1WDNA 3MAMA 4I1DA 4H8JA 1H44A 1JVYA 1ZMGA 1B1XA 3UA8A 1B46A 3QSLA 2Y7WA 1UTHB 1MM6A 1JW1A 3CFLA 3OEKA 1MXZA 1MXUA 1MDP1 4G2ZA 3ZKKA 2GHBA 2RC9A 4ELPA 3E3KA 2HZKA 3QUFA 4MLQA 3TCHA 1HSEA 4M4GA 1RYOA 5JK4A 2DWIA 4OFLA 3UP9A 3VV5A 4F22A 3RYBA 4KQPA 4FATA 4I62A 4ELOA 3DP8A 1B9JA 1Y3NA 3MWBA 3KN3A 1B51A 2RINA 1B0HA 4H0WA 3N94A 5I58A 2UVHA 1Z7ME 1MPBA 2QMXA 3PUVE 3OO7A 4XKNA 3ZS6A 2QMWA 4K3FA 1MY4A 3U92A 1A8EA 3FASA 3CR9A 4OERA 2XHDA 3DM0A 4GD5A 2F6PA 3FTOA 4P0GA 4BDOA 2DWHA 4U22A 5CMKA 4QSEA 2DWAA 1DSNA 4N13A 1B1HA 2DVZA 3BBRA 4F19A 3RY3A 4YKJA 3LVUA 4F2QA 4FEDA 4N6PA 4M1VA 4NF5A 3IORA 2V3QA 5TP9B 4DDDA 3THIA 3GLBA 1N3XA 3MC2A 2DQVA 1Q35A 3Q25A 4H67A 3UGWA 3MZ9A 4EQ7A 2F7BA 2HZLA 3KOTA 4OFJA 3N6TA 2Y7PA 3KGCA 3MVYA 2ONKE 1D9YA 2XXWA 3KZGA 4GFRA 3FV2A 3R26A 2PT2A 5JEIA 1MXXA 2DXYA 4JSDA 4BDLA 1O63A 1RKMA 5ICQA 1OMPA 4ZECA 2F8DA 1KWHA 4BDNA 4JWXA 4GQOA 3DRIA 3S4UA 3S9LC 3IL1B 4KYEA 4NF4A 3PAMA 1QVSA 4RYAA 1USYE 3W9VA 4OFOA 2HFBA 4HCWA 1Y1ZA 2O6AA 1ELJA 1B4HA 1M5CA 1Y9UA 4XTCQ 1OLAA 3LC8A 3FXUA 3VDFA 1R6ZA 2ANJA 3FV1A 1Y1MA 1UQWA 4F3PA 4ELRA 4RXLA 2DOJA 4GIZA 3JZJA 3OD7A 4X1BA 3CG3A 4LONB 1UIUA 2I3VA 3VVEA 2NWJA 4XKRA 4GXAA 3K6WA 4PP0A 3ILUB 5IKBA 5DTBA 5KDTA 4LATA 2QRYA 3Q28A 4GF8A 3MBPA 3VLWA 1MY0A 2YLNA 2HEUA 4DXCA 1RYXA 1BKAA 1PB8A 3L6GA 5AA2A 1B32A 1L5TA 3U1OA 4F1VA 2ONRA 3O6HA 3FVKA 2UVGA 5KZTA 1H43A 2DP8A 4NF5B 2I48A 2ZYOA 1A7LA 4IO6A 3MPKA 3KOSA 3H06B 1JEUA 2B65A 3GZGA 4OQOA 3RTFB 4XKPA 2NVUB 3IOTA 2I58A 3RGYA 3PPOA 4C1UA 3E9XA 4OEUA 3C34A 3CI8A 4GL0A 3FVOA 4AQ4A 1IXHA 4G4PA 2RC8A 1FQAA 1QW0A 3DP6A 1N76A 5TPAA 2CZLA 3C35A 3I3VA 4KYDA 4G68B 1AOVA 3TZAA 5F1QA 1SYHA 3L6HA 4NF8A 1ZU0A 5FHMA 5B70A 3CG1A 3KEIA 4GRKA 3TTNA 1PEBA 4JB7A 3AXFA 4R9GA 5KCJB 4DLDA 2XXRA 2F5XA 1Y4TA 1MXVA 1MY1A 4XIGQ 2ZYMA 4LP2B 3FUZA 3V5AA 2VGQA 1QUKA 4LUBA 1YPNA 4YAHX 3VE1B 2FNCA 3K1PA 3BFUA 4ZS9A 3C36A 1UTHA 4G8NA 2F35A 1DMBA 1P99A 5HM4B 1B3LA 3U8QA 2IA4A 1MXYA 3SEVA 1D9VA 3HHGA 2I4CA 2VD2A 5KDTB 3O97A 3EN3A 2WOPA 4X9TA 4IO4A 1LLSA 3RNNA 1P1OA 1EZOA 4F29A 3QAXA 1D4NA 4R73A 1LB8A 2Y7KA 4FE8A 5JTYA 3LSLA 4OXVA 5AA2B 2PMSA 1IQ7A 3IB0A 1DOTA 3TAJA 4U23A 3OEMA 4LQ2A 5ITOA 1IXCA 3W9WA 1EZPA 1N7WA 1WODA 2Q89A 5CRYA 1DTZA 4LZ5A 1QUIA 3ZKLA 4PE5B 3RLFE 3H6WA 1M5EA 2DYXA 1LBCA 1SBPA 2H9BA 1N04A 1B3FA 1XT8A 1GV8A 3MZBA 1IIWA 2B4MA 4LA9A 4XXUA 2E0SA 4RA1A 4ZEFA 3S9NC 4EQ9A 1Y3QA 3MUQA 5DYHA 1S50A 3TUSA 2M8CA 2NOOA 1SD3A 3A3UA 1DPPA 4ZZAA 4QF9A 3FVGA 3PD8A 3B6TA 4Q8RA 3JV9A 3B6QA 5TPAB 1PC3A 2OK2A 3KBRA 3R6UA 5CM6A 2D21A 4NF8B 4QSDA 3FIRA 2G93A 5B7DA 3SEWA 2YPNA 3B7DA 4GL8A 4H5GA 2ZXTA 2O84X 4RNSA 4ZEDA 3TDJA 3U94A 4RPOA 1LCFA 4OVJA 4KCCA 1B6HA 3KJ7A 1NNPA 3QUJA 3EHSA 2I0BA 1II5A 3EF7A 1QULA 4R6HA 1LGBC 3VVDA 1QKAA 4L17A 1B5JA 4GWOA 4PFTA 1PB7A 1FQBA 3CSGA 3V8XB 1IEJA 4R6YA 2I3WA 1GGGA 3EHUA 2DE4A 4C1TA 4RK2A 4O3AA 1LFHA 3D4GA 2P0SA 1JETA 2REJA 3M3FA 3PUZE 5HBCA 2YJPA 5AA3A 3FD3A 1A55A 4EQBA 2ONSA 2D5WA 3MW0A 4YU0A 5JTYB 1I69A 3O6IA 3IJOB 2V3TA 3QIMA 2OWTA 2KLFA 4MH5A 3IAZA 2FA7A 5I2NB 4DCXA 1B4ZA 1OQHA 3FJ7A 4KI0E 1B0LA 4YB6A 3OELA 3T96B 1MH4A 4R6KA 3O28A 3KSXA 2GH9A 3HN0A 3PD9A 1B05A 3TTMA 1LCTA 2OCUA 5L8DA 2ZNUA 5L9MA 1ZKBA 1URDA 2Q2CA 3B6WA 2H98A 1B2HA 2B3FA 3FZVA 4YMAA 2THIA 2R71A 4HW8A 1QUJA 3K6UA 2OWSA 4NE4A 2DE2A 2O68A 4H1XA 4MLVA 4DE8A 4WKMA 3GBAA 4JXIA 3RQTA 1P1UA 3C33A 3M8UA 3O2AA 3H7MA 3SETA 3VLVA 3HHFA 1USYH 1SVXB 1NL5A 3OSQA 2V84A 1A8FA 3KFMA 1NKXA 1LAXA 1M5BA 2R9JA 5ITPA 2ABHA 2PBWA 3D4CA 4KR5A 1TFDA 1M5FA 1GVCA 4G68A 1MQDA 1B40A 3N26A 3PPPA 2Y7IA 4RY1A 4EDPA 3T9XB 3K6XA 3UK4A 3IO6A 1N3WA 1POTA 1ZLQA 1ZTYA 3PGFA 3MVWA 5KCJA 1OVTA 2OLBA 1MXWA 3M3KA 5M2VA 1VFDA 1GTKA 3PPRA 1IITA 3G7WA 3TCFA 3MVZA 4WEDA 3MP6A 1EU8A 1VE4A 3S9MC 2ZNTA 1O7TA 1SI0A 3PPNA 4POWA 2P1SA 3RT8A 1AL3A 1NNKA 2WOKA 1LBBA 5I57A 3CFXA 4YMBA 4NTLA 1N84A 2Z23A 4KHZE 5BWJA 2AL5A 5A5XA 4E0XA 4U2RA 5FHNA 1YAEA 3IO4A 2X7QA 3A3CA 2O1LA 5CC2A 2F7CA 2V25A 1MQJA 3Q29A 3WAFA 3TFLA 3Q27A 4ONYA 2V93A 1S9TA 4F1YA 5FTHA 1NNFA 2R6GE 3ONMA 3OO9A 1XS5A 4Q30B 3TPAA 4BDQA 3M3LA 5DT6A 2RCBA 4KD5A 3TYHA 2Z8FA 5EYFA 4DZ1A 4GXSB 5ICTA 3LSFB 4FEBA 5I2KB 3EHTA 3O9PA 1FQDA 3H6VA 1BIYA 2XXVA 5L9SA 1WVJA 1AH5A 5AA2D 1XC1A 2I0CA 1ZBMA 3F11A 4YICA 1H3DA 3C32A 2XXIA 1JW4A 2QJEA 4IO3A 1B3GA 1Z7NE 3DELB 4DIGA 2O51A 2Y84A 1PBPA 2A5SA 2A5TA 4ELQA 1JQFA 1LAFE 2FYIA 5H8SA 3VXBA 3PMVA 1QKBA 2VHAA 1H45A 2REGA 1QJMA 1MRPA 1R9LA 1P1NA 5K2XA 4AB5A 1MQHA 1I6BA 5H8HA 3K1MA 3FXQA 3N5LA 4WXJA 4G8HA 4LZ8A 3E4RA 4I8CA 2BJJX 4ZZEA 3O66A 1FQFA 4QFOA 4JWYA 4QFPA 1JVXA 3PU5A 4HTGA 4NMYA 4P11A 2UYFA 2AYSA 2ESNA 3UORA 1TWYA 2DSFA 3E13X 4MFIA 4NEDA 2G29A 4PQJA 1N7XA 3V89B 1T0KA 1JW5A 2OZZA 1VR5A 3W15C 2HAUA 1VFEA 3TODA 2O1MA 4G77A 3K02A 1OLCA 2PVUA 4JWOA 4HS7A 3S9EA 3FJMA 4OTEA 1O64A 4JDFA 2VD3A 5BUUA 4IO2A 5I57B 3HCQA 2F34A 1ZJLA 1BLFA 4E0WA 4NWCA 3MPLA 5A5XB 4F31B 4R9FA 3DRJA 3C9HA 4O3BA 1PDAA 2ZYNA 4GVOA 3OMBA 5ELVA 2GFEA 1LAHE 3TKDA 1NH8A 4RJZA 1FTJA 1SDXA 2AL4A 5I2NA 4YKIA 4ZEBA 2XXYA 4F3BA 4IGTA 1Y4CA 4F3SA 3DRGA 4EF1A 5H8FA 3U72A 2QSXA 3FVNA 4R2BA 4Z7EA 1XVXA 3RT6B 1URGA 3IB2A 3JYRA 4BDRA 2XX8A 2O7IA 1MQGA 3CRBA 4FECA 1SW2A 4YB5A 2OJTA 1SW1A 2Z22A 3OO6A 2QS4A 3LSWA 3ILTB 4Q0CA 3TELA 3RTWB 4ZEKA 4KCDA 2QS3A 2A5TB 3FGSA 4G68C 3MP1A 2ALUA 3RUMA 2Q88A 1B7UA 1A40A 4OETA 1PBQA 1DPEA 4U4SA 4ECFA 1A54A 3IK6B 2PT1A 1DTGA 2CMOA 5H8HB 2XXQA 2Z8DA 2XXPA 1GR2A 2H99A 3VFJA 2PX1A 3TMGA 1LFIA 2XXTA 3PV0E 1UIVA 2W7YA 2PYYA 5LOMA 5IAIA 1CB6A 4O3CA 4QSCA 2LAOA 1B58A 4X1DA 1HSLA 2XXUA 3IJXB 4PETA 3T66A 5DEXA 4OEVA 2QS2A 3I5OA 3K00A 2ZMBA 3HPIA 5K2YA 3HSTA 3KN8A 3O6PA 4OHNA 3O29A 3RYAA 3T93B 4OWDA 3K6VA 1S7YA 1URSA 4QRZA 3SERA 4R74A 3MZ1A 5CI5A 1J1NA 3KG2A 3MQ9A 1XHYA 3WAEA 3IOUA 4F3GA 1FQCA 2DE3A 3DRFA 2DVCA 1JEVA 1IUDA 5AA1A 4LVQA 2F78A 3OENA 2X7PA 3USDA 4WEPA 4KPTA 4Z0IA 4FORA 4N07A 2D3IA 3IR1A 5H8QA 3Q26A 3U93A 3R7XA 5H8FB 1NH7A 4R72A 1F9BA 2QL3A 4LZ7A 4MF3A 3CVGA 1OQGA 5I59A 1ANFA 4NF6A 2XXHA 4P0IA 4NWDA 2V3UA 3K01A 3UIFA 3DRHA 1XOCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z8EA 3T9HB 1AMFA 2RCAA 2NXOA 4GWUA 4KFQA 2WKYA 1B5IA 4PGNA 3PUWE 4YKPA 1B7HA 3KC1A 4KYSA 3GXAA 3RPWA 2XD2A 5I2KA 4C0RA 4YKKA 1TFAA 4GOTA 3V83A 1FBEA 4ZE8A 4H65A 2I6EA 5AE4A 5HPQA 3TQWA 4F39A 4LQ5A 1FTKA 2RC7A 1M5DA 3EQ1A 5J1DA 3IB1A 4ZDMA 3BKIB 1B3HA 4FAJA 3T9VA 2X26A 2P2AA 5DVJA 2JJKA 1LB9A 1YTVA 3OO8A 4IY6A 4LN5A 1I6AA 5I84A 3IOWA 3MVXA 3QXMA 4PFYA 1NNTA 2DDKA 4G8MA 3TEPA 4P1LA 1YZ0A 4AS4A 4EXLA 1FCKA 5DEXB 1LFGA 3HV1A 2B4LA 3IOVA 2XWIA 1A99A 2Y7RA 4H5FA 1UTBA 2I4BA 4P8BA 4QFLA 4ISUA 3I6VA 2B3BA 2CZIA 4DI4B 1MPDA 4DCYA 2UVJA 1MS7A 3KSJA 3G3GA 4DI3D 1FPFA 5TU0A 4GLIA 4Q5TA 4EF2A 2FVZA 2XXXA 2HXWA 1N0TA 4F1UA 2Q8JA 1Q1KA 3SKPA 3PUXE 3TCGA 4OMBA 4MNCA 5DVIA 3VXCA 2XX7A 3CHGA 2UVIA 4DXUA 2UXAA 1SW4A 4PFIA 3KN7A 1MM7A 3K0VA 5I56A 4ZE9A 2RKMA 1ATGA 5H8QB 1XVYA 4TLLB 4UACA 4MJOA 4H6DA 4IO7A 1JNFA 3H03A 4QHQA 5ISUA 4BDMA 1P1WA 1NFTA 4IO5A 5I59B 4NF6B 1AWBA 1EZ9A 3ZSFA 3IX1A 5I58B 1VSOA 3H3GA 1US4A 2QS1A 4QFKA 3O6GA 1IZ1A 2XXKA 1KA1A 3A09A 1FPJA 4GWWA 2HCAA 3LSXA 5AA4A 1SQYA 1P1QA 1MG1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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