4PFWA

Crystal structure of mannohexaose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.2 a resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
total genus 175
structure length 540
sequence length 540
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfwA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfwA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfwA02
4P0IA 2ZYOA 4LATA 4E0WA 1M5CA 3GBAA 3IX1A 4BDMA 3C35A 3DRFA 3ZSFA 1Q35A 3D4GA 1LSTA 2F34A 4RK9A 4ELPA 4ELOA 5KCJB 1L5TA 1WVJA 3HO7A 2XD2A 1MQGA 2O68A 3LVUA 4QFKA 3TMGA 4MF3A 3E9XA 1WODA 3T66A 1HSLA 4GVOA 1DSNA 3VVFA 1NH8A 3QYTA 1OLCA 1XOCA 4F3PA 3KGCA 4PP0A 1QULA 2F7CA 1PEBA 5I2NB 3DP8A 3VV5A 3KN8A 2VGQA 3OXNA 4JSDA 2XXYA 2PX1A 3EN3A 1LB9A 2D21A 2X7PA 2Y7KA 4ELRA 3HN0A 5I56A 3EHSA 1UIUA 1FQAA 3A3UA 3EQ1A 3PMVA 2QRYA 4OTEA 1OLAA 4EQ7A 3T93B 4I62A 3DP4A 2IEEA 1EZOA 4I1DA 1AH5A 4R6KA 5DVJA 3CFLA 2H5YA 3MJNA 3MPLA 3H3GA 4ND9A 1Y1ZA 1M5DA 4RNSA 1FTJA 1B5HA 1UTHB 1JW4A 4GXSB 3CSBA 2I4CA 2DSFA 4GD5A 3ONMA 4FIMA 4PQJA 4OERA 3RY3A 1FTOA 1ZU0A 3B6TA 3LSXA 5L9SA 2ZNTA 1MPCA 2P2AA 3ILTB 4WEPA 3Q26A 1HSJA 4ESWA 2CZLA 2UVIA 4GLIA 3GXAA 2R71A 5JK4A 4G4PA 3OEMA 2QS1A 1IIWA 2R6GE 4FORA 1M5BA 2XXQA 1B3FA 1B4HA 1QKBA 1I6BA 4ESXA 4EQ9A 2B3FA 4U4SA 4IY5A 4Q30B 1BIYA 4NWDA 2OLBA 3K6UA 1QUJA 4OESA 3DRGA 3PD8A 3O29A 2XXWA 1LAHE 2XXIA 1T0KA 3TELA 3U8QA 4Z0IA 2F5XA 2XXTA 3LUYA 2F7AA 4R73A 3PUVE 2Z8DA 2V25A 2UYEA 3ZKLA 4R74A 1XVYA 2LAOA 4F22A 4QHQA 3U92A 4KFQA 3PUXE 4ZEFA 4KCCA 2A5TB 1N0TA 4DZ1A 4KD5A 1I6QA 4NF6A 5I59A 1A55A 4BDNA 1POTA 3QK6A 4ZZAA 2ONRA 3V83A 5DVIA 1CB6A 4F2OA 1AOVA 1M5EA 4FECA 3K6XA 1B4ZA 3UORA 2DE4A 4G68C 3RGYA 3TKDA 1B5JA 2NOOA 1AIVA 1XVXA 5LOMA 5I57B 2G93A 3BFUA 2FYIA 2ZYKA 2PT1A 4ZDMA 1XHYA 4KR5A 3UK4A 3H7MA 1WDNA 4DXCA 3AXFA 1DPPA 3Q25A 2H25A 3BBRA 4JSOA 2DVCA 5ITPA 2B3BA 3IAZA 3K00A 2UYFA 1BTJA 1Y9UA 2I0CA 1MY1A 3VDFA 3B6WA 3PAMA 1YAEA 1IXIA 3B7DA 1MPBA 4H5GA 4RPNA 2HFBA 3K02A 2RC9A 2O69A 2H4IA 4UACA 3GZGA 2QS3A 4IO4A 1Z7NE 3EPEA 4OEUA 1VR5A 1MXYA 3UN6A 3K2DA 4BDLA 1ZJLA 3S2VA 1ZLQA 5H8NB 4HW8A 1MQDA 1MH3A 2DE2A 4XXUA 4DE8A 5EHSA 1BLFA 4OMBA 3O6GA 3LSLA 1N84A 3OO6A 3K01A 1MQIA 4R9GA 5BWJA 2B4LA 1DOTA 3FXQA 3KOTA 1NFTA 4O3BA 5H8FB 1LAGE 2FNCA 5CBRA 3I3VA 3H03A 1B51A 4F2QA 5IKBA 1GGGA 4IGRA 2WOLA 1IEJA 1B40A 1B6HA 3BKIB 1B7HA 1SD3A 1A7LA 3FIRA 1H76A 3O28A 3LBSA 4PFUA 3FVKA 2O6AA 4K3FA 1R1NA 3V8XB 5AA2D 5CMMA 3MVWA 3MQ9A 4R2BA 3G3HA 3WAFA 2F6PA 1URDA 1UTHA 3USDA 2G29A 2DOJA 4KQPA 4YZZA 3KG2A 3FJMA 3ZKKA 1P1UA 1NNPA 3FD3A 4AB5A 4G77A 2UVHA 3IO4A 3S9NC 1PC3A 3DELB 4LQ2A 2Y7RA 3CVGA 2DVZA 3RQTA 4R75A 2DXYA 1PDAA 1IXCA 4X1BA 4F1VA 4OENA 4G8NA 3W15C 3SEUA 1Y3NA 4FE8A 5H8QB 3SEVA 5BUUA 5ITOA 1HSEA 1UTBB 1SW2A 2XXHA 1NL5A 1RYOA 3C31A 4YB5A 3SEWA 5K2YA 3SESA 1LB8A 2Q9TA 4QRZA 4X9TA 4U4XA 4EXLA 3L6GA 5TU0A 3UIFA 3KOSA 1P99A 2XX8A 3TYHA 4FJPA 3CFZA 4YAHX 2XX7A 2DYXA 2A5TA 1O63A 1N76A 3QUFA 1EU8A 4I9DA 2V3TA 1LCTA 3FASA 4C1TA 2Q2AA 1P1OA 3KJ7A 5CMKA 2RCBA 3TTLA 3IB1A 3TTMA 4GF8A 1MPDA 3PD9A 5L9MA 3FTOA 1Y4TA 2PYYA 2F6GA 1H45A 2RF1A 5I2KB 2WKYA 1MXVA 4NF8A 2P0SA 3QUJA 5I57A 4GRKA 5ICQA 3TQWA 4KYEA 3FVNA 2WOKA 1VFEA 3IORA 3TTNA 4MH5A 4HS7A 2QJEA 4HCYA 4QSEA 3JZJA 1MY4A 4ONYA 3KFMA 4BDRA 3ODBA 3G3IA 3G3KA 3HSTA 2DXRA 3A09A 2F97A 3T9VA 4F31B 1LCFA 1Y3QA 2CMOA 5TPAB 3IJXB 4YU0A 3PPRA 3MVZA 3LSFB 4LZ7A 3MP1A 5K2XA 3CFXA 3C36A 4I8CA 4H0WA 1ZKBA 5A5XB 1RKMA 3PPQA 4XIGQ 3OOAA 1D9VA 4WXJA 3IOTA 4F1UA 4ZEIA 1H3DA 4JB7A 2AIXA 1UIVA 5DEXB 4WKMA 2R9JA 2F78A 5H8NA 1MDP1 3A3CA 4F39A 4H8IA 4U21A 1SBPA 4LA9A 3OEKA 5EHMA 1N3WA 3C32A 4WEDA 2GFEA 3IL1B 1JETA 2XHDA 1TFAA 3OMBA 3U93A 4EDPA 3FATA 1MQJA 3H6VA 2NXOA 2OCUA 3W9VA 1OIBA 3O2AA 1GVCA 1ZIUA 5KDTB 2O51A 4OHNA 2ONKE 2IA4A 2F35A 4F3SA 4QSDA 1N7WA 4R6HA 1B7UA 2V3QA 1R9QA 3WAEA 3EF7A 3TAJA 3KN3A 1FTLA 3TTKA 3IR1A 4OETA 3OSQA 4OQOA 2W7YA 3MWBA 2Q89A 1GTKA 1A40A 2Q88A 4XTCQ 1JEVA 1PB8A 1JW5A 3IB2A 4TOZA 4MFIA 1B1XA 2OJTA 4PETA 1O7TA 4DCXA 3O97A 1QJMA 2GRVA 3N94A 1IUDA 1OMPA 1B05A 5H8HB 1F9BA 4XKQA 4LVQA 1I69A 4THIA 3M8UA 5KZTA 2D3IA 3RNNA 3PU5A 4ZEDA 3RTWB 5H8SA 1IXHA 4LZ8A 4OFJA 1MH4A 4LONB 1UTBA 1Z7ME 3IJOB 3O6IA 1ZTYA 1NNFA 2ZYNA 3MZ1A 3RT8A 3CSGA 3MAMA 3N26A 3VFJA 1NKXA 2VD2A 3B6QA 2OWTA 3MP6A 1GV8A 5L9OA 1IZ1A 4G8MA 1SYHA 2HZLA 3U1OA 1N3XA 3OSRA 4ZZEA 4GIZA 3SKPA 3TZAA 1URSA 1P1QA 2ZXTA 3D4CA 3UGWA 4X1DA 4Q0CA 5CMCA 1Q1KA 3S9EA 3TQLA 1MY3A 2RKMA 5I58B 3MP8A 4NMYA 3T9UA 3RYAA 3EHUA 1OQHA 2B4MA 2I49A 3IB0A 1FQDA 4H5FA 2RC7A 4OYVA 2P1SA 5I2KA 1SYIA 5CC2A 4OZ9A 1YTVA 2PBWA 1NNKA 3O9PA 4BDQA 1D4NA 4MBPA 3G3FA 1FQEA 1PB7A 1M5FA 4RA1A 1Y4CA 1NH7A 1JVYA 3QAXA 3F11A 5KCJA 4POXA 1S50A 1I6AA 2I4BA 1P1WA 4KYSA 1TWYA 1D9YA 4RY1A 3HHFA 1MQHA 1MXWA 2HAUA 4IO2A 2RC8A 1B0HA 2XXXA 4F19A 1LAFE 2I0BA 1SVXB 5I2NA 4DCYA 4YKKA 1QUIA 1B9JA 3M3LA 4C1UA 1EH3A 1SI1A 5A5XA 3LSWA 4X48A 2UVJA 3SEXA 5AA3A 1A99A 3TFLA 3H6UA 1MM7A 1MDQA 3R6UA 2NUVA 4OWDA 5DEXA 2M8CA 2X26A 1ELJA 4R72A 1VE4A 4RXLA 1TT1A 3EHTA 4P0GA 4M1VA 4GWOA 3G3JA 3T96B 2VP1A 4IB2A 3JV9A 3CIJA 1LAXA 1VSOA 4EF1A 2KLFA 2F36A 2ABHA 2ZNSA 1PBQA 3V89B 3KN7A 1USYE 3MZBA 3PPPA 4YB7A 5CRYA 3PMXA 5CMBA 2Z22A 5FTHA 2B65A 1UQWA 4H65A 1FQFA 1B3EA 2RCAA 2XXVA 3DRKA 3BFTA 2Y7WA 3H6TA 2Q2CA 1NNTA 2GHAA 2H99A 2QS4A 3VLVA 4GOTA 3VXCA 1B46A 2I3VA 4XKRA 3OO8A 4RK2A 3C9HA 1ZBMA 3MVYA 5AA1A 2VHAA 3IO6A 5FTIA 1J1NA 2I3WA 3KZGA 3FJ7A 1AL3A 3T9HB 4O3CA 2ALUA 3RUMA 5H8HA 1H44A 2GHBA 3O6PA 1A8FA 4H6DA 5HBCA 3O6HA 4EF2A 4JXIA 4GL0A 4ZEBA 1IQ7A 3FVOA 4QFPA 1MS7A 3S9LC 3FXUA 3PUZE 4DIGA 3IK6B 3M3KA 3K6WA 4H1XA 3VLWA 3DRHA 4GXAA 3DM0A 4ZE8A 2H9BA 3ILUB 4R9FA 2ONSA 3ZS6A 3MVXA 3SETA 2OK2A 1SQYA 4OFLA 3VLUA 3SDFA 3OO9A 1FQBA 3UA8A 3Q29A 2OZZA 4ECFA 4KCDA 1EZ9A 2DWJA 1XT8A 4NF5B 4BLAA 2O84X 2DWIA 1BKAA 3L6HA 2ZMBA 1N04A 5JTYB 4IY6A 2DWHA 2XX9A 2REJA 3MBPA 4G68B 3TEPA 3N6TA 5I58A 1CE2A 1LGBC 3MW0A 1SW4A 1FW0A 4U2RA 4GFRA 3G3GA 1II5A 1XC1A 4JDFA 5F7VA 4FAJA 2Y7PA 3MUQA 4YKPA 3H6WA 4KI0E 2DWAA 2Z8FA 3N6UA 4YKIA 1B52A 3QXMA 1SDXA 2DP8A 3G7WA 1GR2A 3IOVA 4PFYA 1FCKA 3S9MC 4DXUA 3H06B 3Q27A 2ZNUA 5AA2B 4F1YA 2VOZA 5I84A 3OENA 3KJTA 1JNFA 4TLMB 2PT2A 3RT6B 1FQCA 4OXVA 2QS2A 3QIMA 3S4UA 3Q28A 1YCJA 1ATGA 2HQ0A 1B3GA 2WOPA 3PUWE 1R9LA 3HHGA 3OO7A 1NMUA 3O66A 5JEIA 3K4UA 1B3LA 4HTGA 1LFIA 1MM6A 4ISUA 5H8FA 3TCFA 1JEUA 1QUKA 4R6YA 3TUSA 3E3KA 5ISUA 2HCAA 5DVFA 1URGA 4PFTA 2E1SA 4YMBA 3PV0E 3K1PA 5HM4B 2RINA 4IO3A 4RYAA 3C4MA 1SW1A 4U1ZA 4EQBA 2Z8EA 3TPAA 4OVJA 2AL5A 4DDDA 5B7DA 1B0LA 2HZKA 3SEYA 2ESNA 5AA4B 2QMXA 3K0VA 4PFWA 3KEIA 3E4RA 1QKAA 4OEVA 4NF4B 1US5A 5IAIA 1MRPA 4NE4A 5DYHA 1FTKA 3PUYE 1MY0A 3TODA 4F3BA 2Y7IA 4NTLA 5FHNA 4U23A 4E0XA 2F8DA 1ZMGA 5CI5A 3E13X 4JWOA 5HPQA 2V84A 3CR9A 3C34A 3VXBA 1AMFA 1H43A 3IOWA 4XKPA 2I6EA 1MG1A 1JQFA 5H8QA 3R26A 2X7QA 3T22A 3MPKA 1QW0A 2A5SA 5EYFA 4OFOA 3CG1A 2HAVA 1P1NA 3CRBA 3PPNA 5TP9B 2H98A 1JVXA 3K1NA 4NEDA 3HPIA 1O64A 4LUBA 4Z7EA 1MY2A 2F7BA 4QFOA 4YICA 2PVUA 3CHGA 1MXZA 2AL4A 1BP5A 3ECRA 1R6ZA 4QSCA 2Y84A 4ZE9A 4YMAA 1A54A 4ZS9A 1EZPA 2QL3A 1MXUA 4C0RA 4FEDA 4NF8B 5CM6A 3W9WA 2V93A 4H8JA 3KBRA 2PMSA 2D5WA 3TTRA 1QVSA 1S9TA 3RN8A 1KWHA 1OVBA 2O1LA 3DLNA 3PMWA 3PGFA 1US4A 4F18A 4Q5TA 1LBCA 2ANJA 3RTFB 2Z23A 3UP9A 5M2VA 5AE4A 1B2HA 1MXXA 2QMWA 4MLVA 4IO6A 4NF5A 5I56B 3V5AA 1A8EA 4Q8RA 4MLQA 1LLSA 3MC2A 5JTYA 1RYXA 3RYBA 3MZ9A 1PBPA 1DTGA 4G68A 2OBGA 4GL8A 5TPAA 4FATA 2DS9A 3U72A 5FHOA 2UVGA 3C33A 4F3GA 1ANFA 4N6PA 4LQ5A 2REGA 3RPWA 5DTBA 3OELA 4N13A 3H4ZA 3DRIA 2YLNA 3SERA 3K1MA 4IO5A 3PPOA 3HV1A 3I6VA 2XD3A 2YPNA 4U22A 4YB6A 3U94A 3GLBA 1VFDA 5AA2A 2FA7A 4ZECA 1JW1A 4BDOA 3KSJA 1XS5A 3OD7A 5ELVA 4YKJA 4G8HA 3K6VA 2HXWA 3KSXA 4O3AA 1PB9A 2OWSA 3THIA 4L17A 4JWXA 3FJGA 3HCQA 1D3KA 2XXUA 1OVTA 3CI8A 4FEBA 5B70A 1YPNA 4ELQA 1DMBA 2AYSA 3VVEA 4NWCA 3GBBA 4TQUQ 4JBZA 3LC8A 1OQGA 2YJPA 3FGSA 3TCHA 1LBBA 1SI0A 5DT6A 4P11A 4QFNA 3DP6A 5KDTA 1SW5A 4LZ5A 2I48A 4QFLA 2DE3A 3FXRA 1LFGA 1TXFA 1B7ZA 4ZEKA 4PE5B 4U1OA 4TLLB 3RLFE 4GQOA 2QPQA 1FTMA 5AA4A 5L8DA 1B32A 4G2ZA 5FHMA 2XXRA 2XXPA 4KPTA 4KHZE 4M4GA 1Y20A 3QSLA 3FUZA 5J1DA 4DLDA 3IOUA 4JWYA 3VE1B 4NF4A 4NF6B 5I59B 3TCGA 4DXBA 3T9XB 4LP2B 2E0SA 1B3HA 1DPEA 4AB6A 3R7XA 2O1MA 2Q8JA 3I5OA 3FZVA 2DQVA 4POWA 3P7IA 2I58A 2NVUB 2V3UA 1B58A 3TDJA 3M3FA 4QF9A 2GH9A 4IGTA 3FV2A 2NWJA 3N5LA 4XKNA 5ICTA 2VD3A 4IO7A 5F1QA 2O7UA 4RPOA 1B5IA 4KYDA 3CG3A 1TFDA 2ZYMA 5CBSA 4AQ4A 1IXGA 3JYRA 2QSXA 1Y3PA 1B1HA 2UXAA 3FV1A 3FVGA 4HCWA 4N07A 4EUOA 4EXKA 1N7XA 4H67A 2HEUA 5TP9A 4RJZA 1S7YA 4UA8A 1LFHA 1Y1MA 2O7IA 1POY1 3LR1A 3VVDA 4F29A 3DRJA 1DTZA 1USYH 1IITA 2BJJX 2THIA 4R2FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4P1LA 4P0IA 2ZYOA 4LATA 4I3YA 4E0WA 1M5CA 3GBAA 3IX1A 1AWBA 4BDMA 3C35A 3DRFA 4NAPA 4GWZA 3ZSFA 1Q35A 3D4GA 1LSTA 2F34A 4RK9A 4ELPA 4ELOA 5KCJB 1L5TA 1WVJA 3HO7A 2XD2A 1MQGA 2O68A 2CEXA 3LVUA 4QFKA 3TMGA 4MF3A 3E9XA 1WODA 3T66A 1HSLA 4GVOA 1DSNA 3VVFA 1NH8A 1FBPA 4H46A 3QYTA 1OLCA 1XOCA 4F3PA 3KGCA 4PP0A 1QULA 2F7CA 1PEBA 4NG7A 5I2NB 3DP8A 3VV5A 3KN8A 2VGQA 3OXNA 4JSDA 2XXYA 2PX1A 3EN3A 1LB9A 2D21A 2X7PA 2Y7KA 4ELRA 3HN0A 5I56A 3EHSA 1UIUA 1FQAA 3A3UA 3EQ1A 3PMVA 1K9YA 2QRYA 4OTEA 1OLAA 4EQ7A 4DI3D 3T93B 4I62A 3DP4A 2IEEA 1EZOA 4I1DA 5ET7A 1AH5A 4R6KA 5DVJA 3CFLA 5I7IA 2H5YA 3MJNA 3MPLA 3H3GA 4ND9A 1Y1ZA 1M5DA 4RNSA 1FTJA 4NN3A 1B5HA 1UTHB 1JW4A 4GXSB 5IZ3B 3CSBA 2I4CA 4PE3A 2DSFA 4GD5A 1D9QA 3ONMA 4FIMA 4PQJA 4OERA 3RY3A 1FTOA 1ZU0A 3B6TA 3LSXA 5L9SA 2F3DA 2ZNTA 1MPCA 2P2AA 3ILTB 4WEPA 3Q26A 1HSJA 4ESWA 2CZLA 2UVIA 4GLIA 3GXAA 1FPEA 2R71A 5JK4A 4G4PA 3OEMA 2QS1A 1IIWA 2R6GE 4FORA 2Y5KA 1M5BA 2XXQA 1B3FA 1B4HA 1QKBA 1I6BA 4ESXA 4EQ9A 2B3FA 4U4SA 4IY5A 4Q30B 1BIYA 4NWDA 2OLBA 3K6UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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