4PFWA

Crystal structure of mannohexaose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.2 a resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
total genus 175
structure length 540
sequence length 540
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfwA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfwA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfwA02
4QFPA 1TFAA 1UTBA 3KJ7A 3K6XA 4E0XA 3O2AA 3V83A 3GXAA 5I2KB 3MWBA 1XHYA 4F22A 3DELB 1VE4A 1LSTA 3C36A 2O51A 4UACA 4R2FA 5CM6A 3K4UA 4RY1A 4GF8A 1A55A 3U1OA 5KDTB 2H4IA 1MXZA 2QS2A 3WAFA 2XX9A 2F78A 1JVXA 2O7IA 4K3FA 2DOJA 5EHMA 4JSDA 3GBAA 3KJTA 1SI1A 3E9XA 3O6IA 1MXXA 4G68B 4ZEIA 3FASA 3KZGA 2HAVA 3K02A 1Y1ZA 3IOTA 1MM6A 4MBPA 4EDPA 2QMWA 3IL1B 1CE2A 4BDNA 1TT1A 5AA2B 1USYH 4F18A 3RNNA 3MJNA 2DXYA 3G3GA 5I58A 3LSLA 1N0TA 3K2DA 1USYE 2OBGA 2DXRA 3K6VA 4FAJA 4RXLA 5J1DA 4PQJA 4G8MA 2XXRA 4NWDA 4NF6B 2NVUB 3G3IA 1ZU0A 4QF9A 4QSEA 5DT6A 1B4HA 3M3KA 4I9DA 4I1DA 1AL3A 4H8IA 2R9JA 1ELJA 3L6HA 3W9VA 2IEEA 3OEKA 4F39A 3BKIB 1OLCA 3GZGA 3K00A 5BWJA 1URSA 3QYTA 4JDFA 1L5TA 2RC7A 2VP1A 3O29A 2O69A 2QS3A 3T93B 3B6QA 4R75A 4KFQA 4BDOA 5FHMA 2I6EA 3M8UA 3PMVA 4XXUA 4OFOA 2DVZA 1A40A 4C1UA 3FJ7A 4ZDMA 5H8FA 2ONSA 4MLVA 4YB5A 3FVOA 5TP9A 2NUVA 3VDFA 2H99A 4NWCA 1A8FA 1PEBA 4R9FA 3DP8A 4POXA 2ZYMA 2F7AA 4GOTA 3MVWA 1TXFA 2RINA 2WKYA 1LFIA 4IGRA 4ZEDA 2NXOA 1PDAA 2PVUA 3KBRA 1JEVA 2UYEA 3MPKA 4BDQA 1B3LA 4KD5A 2XXPA 4HCYA 4KI0E 3H6UA 3RTFB 1SW1A 2F97A 5HPQA 2P0SA 1DMBA 3DRJA 1MQJA 2HFBA 5JK4A 1NH7A 1JVYA 2E1SA 3K1MA 4QFOA 4DCYA 1GVCA 4RNSA 1IZ1A 1UTBB 4H6DA 4BLAA 1ZLQA 3LSFB 1ZIUA 3GBBA 3KSXA 3TCGA 3TCHA 1O64A 2B3BA 5KCJA 2I0CA 3QAXA 4XKQA 1AIVA 1N76A 3S9NC 3L6GA 1TFDA 4BDLA 4MFIA 2R71A 5CRYA 3U93A 3TZAA 1QJMA 3Q28A 1P1NA 2HAUA 1EH3A 5TU0A 1B1HA 2DSFA 5AA1A 1ANFA 3C4MA 1B32A 2VHAA 3MPLA 1J1NA 3LR1A 4QRZA 1HSEA 3JZJA 5DEXA 5HM4B 4OQOA 3QXMA 4ZE8A 4OENA 1UIVA 2Q89A 4AQ4A 2WOPA 4WEPA 1IQ7A 1LAFE 3EN3A 4F3BA 4X9TA 4Q8RA 5H8QA 3KG2A 4N07A 1Y20A 3TQWA 4R6YA 2DYXA 5I58B 4H67A 1RYOA 3TTKA 4BDRA 3TAJA 3USDA 1UTHA 3C31A 4XIGQ 1JNFA 2QL3A 3FV2A 1POTA 3BFUA 3RY3A 1NNTA 2I4BA 2F6PA 2VD2A 2XXXA 4Z0IA 3JYRA 1XVXA 5ITOA 1LCTA 2DQVA 1Y3NA 2HQ0A 2PYYA 1IITA 2FNCA 3ZKLA 3IB0A 4FORA 2RCBA 4YMAA 3OENA 3ZSFA 1FW0A 4XKPA 3PMXA 1OIBA 5LOMA 4Q5TA 2ZYKA 4PETA 3UK4A 3S9EA 2O84X 3UGWA 3PU5A 1I69A 3BBRA 1R6ZA 4IY6A 3EHTA 5ELVA 3EQ1A 3PPNA 1F9BA 4NE4A 3V5AA 3RYBA 3V89B 1LBBA 3HSTA 3OOAA 2OWTA 3D4GA 4OEUA 3RN8A 4R2BA 3K01A 2Y7WA 5H8HB 1B2HA 2PX1A 3FUZA 4LATA 1O7TA 3BFTA 1DTZA 4LZ8A 5CC2A 3QUJA 4MH5A 5H8FB 2XD2A 3FIRA 5AA2D 1YPNA 1NL5A 2UYFA 3CFXA 1JETA 3H06B 1DSNA 1MXUA 3MZ9A 4KR5A 3G3HA 3WAEA 1Y1MA 3T9HB 1UIUA 3N94A 2WOKA 1B3FA 2B65A 2F34A 2I4CA 4LZ5A 1DTGA 1MQHA 4EXKA 5ISUA 3EHUA 3TCFA 2UVIA 4XTCQ 3S2VA 3MAMA 3THIA 3VVFA 4WXJA 5FHOA 3S4UA 1LAGE 1FCKA 1MDQA 2XXYA 2VOZA 4IGTA 1BKAA 4F1UA 1Z7NE 1RYXA 3SETA 4BDMA 4ZS9A 5HBCA 4YKJA 2RCAA 3DRKA 3PUWE 1XVYA 3FTOA 1MQDA 4U23A 3PMWA 4EXLA 3K6WA 5F1QA 4EF1A 4U4XA 3SEYA 1LB8A 3C9HA 5DVFA 2OZZA 2Y7IA 2Z22A 3U92A 3O6GA 2D3IA 2F6GA 4KCCA 1YTVA 4PFWA 3TPAA 1JQFA 1NMUA 2F7CA 2XXWA 1URDA 2RC8A 3IO6A 1EZ9A 1MDP1 4DE8A 4QSCA 3Q25A 4YU0A 2AL4A 3RPWA 4NF4A 5KCJB 2UXAA 4LP2B 3R7XA 1PB8A 4HTGA 4ISUA 3OO6A 3SEUA 2BJJX 2XXUA 2ONRA 4O3CA 3MBPA 2XD3A 1VFDA 2B3FA 1DOTA 3VV5A 4ZEFA 1S7YA 4LONB 4JBZA 3O6HA 3KOTA 1WODA 4YMBA 3D4CA 2V3QA 4THIA 4P11A 4DIGA 3PPRA 3I3VA 2Y7RA 3IORA 3RT8A 3Q26A 1NKXA 5DEXB 4ZECA 4Q30B 1I6BA 2FYIA 1IEJA 3KGCA 1BTJA 2HXWA 2IA4A 2ANJA 2O68A 1OQHA 2QS1A 3H03A 1POY1 4OYVA 1NNFA 3CRBA 3MC2A 1B6HA 3W9WA 4MF3A 3FD3A 4QFNA 3LVUA 4NF5B 2OWSA 4PE5B 3O6PA 4WKMA 3VVEA 3PUYE 3FJMA 3MVZA 2I0BA 1OLAA 1VSOA 4OEVA 3T9XB 5AE4A 4WEDA 4RJZA 1S50A 5I59B 3A3UA 5BUUA 1QVSA 2DVCA 1XOCA 4DLDA 3HHFA 4F1YA 2Z8DA 4IO7A 1NH8A 4H8JA 2XXTA 3DRHA 4IO3A 3B7DA 3C32A 4DZ1A 1NNPA 5TPAA 3DP6A 4NEDA 3KOSA 4GVOA 3MVYA 3LC8A 4GRKA 3ODBA 3ZS6A 4U21A 2REGA 3Q27A 1GR2A 4GL8A 2AIXA 2D21A 1OVTA 3H6WA 1WDNA 1A99A 1XS5A 2ONKE 4IY5A 3PV0E 3UN6A 1N7XA 5A5XB 2O1LA 4AB5A 5I57B 1MXVA 1N3WA 3OD7A 4P0GA 1IXHA 5JTYA 1R9LA 2R6GE 4H5FA 5I2NB 3QK6A 4NMYA 4DDDA 2QRYA 4GD5A 3TTLA 4FIMA 1SW4A 1MH4A 1Z7ME 1NNKA 1URGA 3VLUA 2FA7A 3EPEA 3N26A 1FQAA 4OZ9A 1SVXB 1ZMGA 4HCWA 4F19A 1IXCA 1LFGA 4TLMB 4YZZA 3VFJA 4YAHX 1KWHA 2V3UA 4HW8A 2DP8A 2GH9A 4X1DA 3TYHA 3TEPA 3S9LC 1N04A 1SYIA 4U2RA 1I6QA 1TWYA 4F31B 3S9MC 1FQCA 1ZBMA 4N13A 1Y3QA 1AH5A 3TTRA 1SI0A 4ND9A 3VLWA 2KLFA 1LFHA 4YKPA 4C1TA 2P1SA 4GQOA 3OO8A 2F35A 4P0IA 3DRFA 4O3AA 1IXGA 3H6VA 2HCAA 3K0VA 1IUDA 1M5CA 2OCUA 3VE1B 5AA4A 3T22A 3A3CA 4OXVA 3F11A 1II5A 3TDJA 2RC9A 4ECFA 2QSXA 1EZOA 1MG1A 4U1ZA 3IAZA 3EHSA 4GLIA 5K2YA 3PD9A 3O9PA 4YKIA 4GIZA 1P1QA 4PFTA 2GFEA 1MXYA 4FEBA 2Y7PA 2REJA 4ESXA 1UQWA 3C35A 2X7QA 3TTNA 2ESNA 1SW5A 3KEIA 2ZYNA 1B51A 2PBWA 2XXIA 3CG1A 3G3KA 2Z8EA 3UP9A 2X7PA 3DLNA 3UIFA 2ZNTA 4U1OA 2VGQA 2O1MA 2W7YA 4OHNA 3RUMA 1H44A 3GLBA 3ILUB 4G8HA 4JWOA 2ABHA 1PC3A 5KDTA 2D5WA 4OMBA 3G3FA 3OSRA 3FV1A 4JB7A 1SD3A 3MQ9A 3SERA 4U4SA 3TFLA 1B5JA 2Q2CA 2ALUA 1B9JA 1QKBA 2F7BA 4NF8A 1B46A 4OWDA 1P1OA 1SQYA 3O28A 3E13X 4F3SA 5AA2A 3IJOB 3T66A 1Y9UA 1Y3PA 2DWAA 5L8DA 4OFJA 1A7LA 2B4MA 4GXAA 4M4GA 5CMMA 3VXBA 4FEDA 2H25A 5JEIA 1SYHA 3DRGA 4YKKA 4R73A 1M5FA 5TPAB 4RK9A 2CZLA 3OO7A 3FXRA 3CSBA 2DWIA 1MXWA 4R6HA 1XT8A 2OJTA 4NF6A 1B52A 1B3HA 5DTBA 2F8DA 1YAEA 2I58A 3CSGA 1ATGA 3FXUA 4KYSA 3HO7A 1B58A 2V84A 1B7ZA 1QUIA 3TODA 4ONYA 1MQGA 5JTYB 3IK6B 1MY2A 3KN8A 2RF1A 5KZTA 5TP9B 1AMFA 1B1XA 1MQIA 1NFTA 2Q88A 4JWXA 4DCXA 3MUQA 4LA9A 3OSQA 4IO5A 4G4PA 3VLVA 4ESWA 4L17A 3FATA 1ZKBA 5EYFA 4IO4A 1MY0A 2YLNA 3KN7A 1PBPA 3HHGA 3CFZA 3HV1A 3U8QA 1B0LA 1JW5A 4OVJA 2B4LA 2UVGA 4U22A 4X1BA 3ILTB 4F3PA 2H98A 3LSWA 4N6PA 1ZTYA 5AA3A 3IR1A 1Y4CA 3A09A 3W15C 2PT1A 4I62A 5H8NA 4LVQA 5M2VA 5L9OA 1XC1A 4OESA 4QFKA 4KCDA 2V25A 4Q0CA 4OERA 4E0WA 1OMPA 4F29A 1QULA 4DXBA 1HSLA 2X26A 4IB2A 2PT2A 2O7UA 3PPPA 3MZBA 3HPIA 3G3JA 4GFRA 3QIMA 4YICA 2DWHA 5K2XA 2XX7A 4OTEA 1Q35A 3UORA 3RQTA 1VR5A 2UVHA 2E0SA 4KHZE 5CBRA 3TTMA 4KYEA 3MP1A 5IKBA 1EU8A 2XXHA 4ELPA 2GRVA 2O6AA 5H8QB 3M3FA 2VD3A 4FECA 4RPOA 3O66A 3IOVA 2XXVA 1RKMA 1YCJA 4NTLA 1FQDA 4QSDA 3RGYA 2RKMA 1OVBA 1DPEA 2A5SA 1LBCA 4PP0A 3K6UA 1R1NA 4F2OA 1UTHB 4NF8B 3RT6B 1LAXA 1H3DA 1S9TA 4GL0A 3CHGA 2ZXTA 3KFMA 5FHNA 2I49A 2THIA 3LUYA 2UVJA 1FQBA 3MP8A 3N5LA 3IO4A 1Q1KA 4KYDA 5EHSA 1IIWA 4XKRA 5CMCA 5H8SA 1QUJA 4KQPA 1OQGA 2Q8JA 3PUZE 5I56A 1FTKA 1QUKA 2A5TA 1H76A 1D4NA 2GHAA 4ELOA 3B6WA 4EUOA 3PGFA 5DYHA 2ZNSA 2OLBA 3H3GA 4TLLB 2DWJA 1P99A 1D3KA 4H65A 3R6UA 1B7UA 3O97A 3E4RA 3MZ1A 4EF2A 4G2ZA 3T9UA 2Q9TA 2DE4A 1MY3A 1US5A 5CMBA 1WVJA 2ZYOA 3RTWB 1HSJA 4ELQA 4RPNA 3IOUA 1FTJA 5CI5A 1I6AA 3KN3A 3B6TA 1PB7A 1US4A 3IX1A 3PPQA 1GGGA 3IB2A 3SEVA 3FXQA 4FJPA 5H8HA 3M3LA 1SDXA 5DVJA 3HN0A 5CMKA 3TUSA 3SEWA 1QW0A 2M8CA 2Q2AA 3T96B 3P7IA 4QHQA 2Y7KA 4H1XA 3N6TA 2OK2A 4TQUQ 4RA1A 4PFYA 2F36A 5IAIA 3TQLA 3TKDA 4R72A 3SESA 1IXIA 2G93A 3R26A 3MP6A 1FQFA 1JW1A 3C33A 3FZVA 4GWOA 4F2QA 1B3EA 2DS9A 3V8XB 1GV8A 2AL5A 5L9SA 5H8NB 3QUFA 4Z7EA 2QS4A 2NWJA 4ELRA 1LB9A 1CB6A 3LSXA 3JV9A 3RYAA 4MLQA 3DRIA 2P2AA 3OXNA 1MRPA 1H43A 1LLSA 1GTKA 3EF7A 4NF4B 3IOWA 4JWYA 2F5XA 4JSOA 4LQ5A 2NOOA 4R6KA 1B3GA 3FVKA 1A54A 4F1VA 4TOZA 5I84A 1P1UA 2DE3A 4EQ7A 4R74A 1B4ZA 3Q29A 4IO2A 3SDFA 2ZNUA 4R9GA 2PMSA 3IJXB 4EQBA 5I2KA 4I8CA 1B7HA 4DXUA 1MY1A 4POWA 3HCQA 1D9YA 5FTHA 4ZEBA 2XXQA 1BP5A 4DXCA 4ZEKA 3PUXE 3IB1A 4FE8A 5B7DA 3SKPA 2DE2A 2I3VA 2YJPA 2ZMBA 3VVDA 2I48A 1A8EA 1FTMA 3RLFE 3CG3A 2HZKA 1MPDA 4M1VA 3OEMA 1MPBA 4G68A 1B0HA 4G77A 4H5GA 3CFLA 1M5EA 2HZLA 3MW0A 3H4ZA 1M5BA 3FVNA 3U94A 1T0KA 5CBSA 1AOVA 4KPTA 1BIYA 5I56B 1LCFA 2A5TB 5ITPA 4NF5A 3PUVE 1B5HA 1MY4A 3DP4A 2XX8A 3SEXA 4ZZAA 3H7MA 1B5IA 3T9VA 2AYSA 1ZJLA 4GXSB 4YB6A 1N7WA 5I59A 5DVIA 2QMXA 1MH3A 4EQ9A 1B40A 1JEUA 4LUBA 5FTIA 3OMBA 1PBQA 1BLFA 3I5OA 3VXCA 3OO9A 4OETA 1LAHE 2H9BA 3CIJA 3UA8A 1Y4TA 3I6VA 1M5DA 4IO6A 1B05A 3MVXA 4QFLA 1D9VA 3G7WA 3CI8A 2LAOA 4RK2A 1FTOA 4O3BA 5F7VA 2Z8FA 2HEUA 3PPOA 5L9MA 3QSLA 3AXFA 5A5XA 4PFUA 2CMOA 3K1NA 3ZKKA 1QKAA 4C0RA 4YB7A 2GHBA 3ECRA 5I57A 3CR9A 2YPNA 4JXIA 2V93A 1VFEA 3FVGA 4RYAA 1N3XA 1FQEA 5I2NA 2V3TA 1SW2A 3TMGA 3ONMA 3OELA 1SBPA 4LQ2A 2Z23A 3PAMA 3H6TA 1P1WA 3E3KA 4ZE9A 5ICQA 1H45A 4FATA 4LZ7A 1FTLA 3DM0A 4H0WA 1PB9A 1JW4A 1N84A 2G29A 3FJGA 2QJEA 1EZPA 3C34A 4OFLA 4XKNA 3TELA 1DPPA 3FGSA 5ICTA 4X48A 4G68C 3KSJA 4AB6A 5B70A 1MM7A 3PD8A 2I3WA 1MS7A 2WOLA 2H5YA 3LBSA 4G8NA 3K1PA 4HS7A 5AA4B 1O63A 2Y84A 3CVGA 1R9QA 4F3GA 4ZZEA 1MPCA 2XHDA 3N6UA 2QPQA 1LGBC 3U72A 4UA8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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