4QFLA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with ala-phe
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Pseudoalteromonas
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
total genus 157
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qflA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qflA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qflA02
1WDNA 2F7CA 5AA2D 2XXIA 2HQ0A 3FVNA 4GFRA 3MP1A 3TMGA 5M2VA 3RY3A 2I0BA 3TKDA 4G8MA 3TQWA 2RINA 2YPNA 3Q25A 5DYHA 3ZSFA 2DWJA 1B40A 2M8CA 4LA9A 1CE2A 3IAZA 1PEBA 3USDA 4FIMA 3IOVA 2QJEA 4F22A 3K02A 3CFXA 2D3IA 3T9VA 4NF6B 2QPQA 3VLVA 2D21A 5I2KA 3MP6A 3VFJA 5H8NA 3KJTA 5K2YA 1ATGA 1PB9A 1ZJLA 3K6VA 2QRYA 3S9MC 1B3GA 4R9GA 2R6GE 4H5GA 4RYAA 1LCTA 4NF8B 3OSQA 4QSCA 1JW1A 3M3LA 4KYDA 4AB6A 4JWXA 1NNFA 1S9TA 1FQCA 3C36A 2VGQA 4OVJA 4YKJA 2BJJX 3S4UA 4OETA 4XKQA 4OFOA 1TT1A 3PAMA 1LCFA 1YPNA 1JW5A 3TQLA 3EHUA 5EHMA 4IO3A 4P0IA 4ZDMA 3RQTA 4GWOA 3RT6B 3IL1B 4AQ4A 2P2AA 1I6QA 1BP5A 2XXHA 2Q9TA 3DRJA 1QUIA 1S7YA 3K4UA 3BFTA 3RN8A 3H6TA 1A55A 4NTLA 3PPOA 1JQFA 2UVIA 4HW8A 1N0TA 3TTLA 5LOMA 1O63A 1PB7A 1T0KA 1D9YA 4F3BA 1MXUA 1QVSA 2ANJA 4XIGQ 3MBPA 3TUSA 1NH8A 4YB5A 2CZLA 4F2QA 1Z7ME 2RKMA 2F6PA 1FQDA 1PBPA 1B1HA 1UQWA 3T93B 1B32A 1PC3A 3RNNA 1MY3A 2QS3A 1JW4A 2RCBA 4KCDA 4OQOA 1URSA 3PV0E 1B51A 1HSLA 1IQ7A 1Y4TA 4OERA 3PPNA 4F19A 4RK2A 3T9XB 2I4BA 3KN7A 3MQ9A 5I2NA 4G77A 4MFIA 4R9FA 1PBQA 1P1WA 2FNCA 3KN3A 4PFYA 2Q2AA 4MH5A 5CMMA 4F18A 3OO6A 2O68A 3K1PA 1B9JA 3FVKA 1ANFA 4OFJA 5F7VA 4DZ1A 1IZ1A 4GLIA 2HEUA 5A5XB 4YMBA 3P7IA 1N3WA 1NKXA 2GHBA 3CRBA 4FECA 3QXMA 3O9PA 4FORA 1B52A 1Q1KA 1MY2A 1Y4CA 2RC8A 1II5A 4YB6A 4IO7A 3G3KA 4RK9A 3VLUA 1SW2A 4FAJA 4YICA 5DEXA 4IO4A 3JV9A 4ISUA 1A99A 4FEDA 3I5OA 1B3EA 1MPCA 2VD2A 4KI0E 5L9MA 2HZKA 2XX8A 3EPEA 2RC7A 4HTGA 3GLBA 2O84X 3QIMA 3M8UA 5KCJB 1IXIA 4YZZA 3V5AA 2PT2A 3SEYA 4IY6A 5CBSA 3KBRA 3RPWA 1N04A 2V25A 3FIRA 1MXYA 3I6VA 1UTBB 5ICTA 4F1UA 4I9DA 3OEKA 1MQHA 1O64A 2ZXTA 3K6XA 4THIA 4XTCQ 4U22A 1XT8A 2UVJA 2PX1A 1QJMA 2DQVA 5ITPA 1USYH 2QS4A 1IITA 1LAXA 4X1BA 2O7IA 1P1OA 4QHQA 1SBPA 4Q8RA 3DP4A 3L6HA 3TEPA 5BUUA 4JXIA 4H67A 3VVDA 3D4GA 3IORA 3CR9A 2DP8A 4BDNA 3MW0A 4RJZA 4JWYA 4ECFA 4ESXA 1VFEA 3O6GA 3S2VA 3R6UA 3K1MA 3PUWE 2OWSA 5ISUA 1RYOA 3U92A 4M4GA 1N84A 3ONMA 3VXCA 3TYHA 4HS7A 4KYEA 2ZYKA 4OEVA 3O2AA 1SI1A 3PPQA 2HXWA 3MVYA 2NVUB 4FE8A 2H98A 2O51A 1R9LA 1LGBC 4ONYA 2IA4A 3MVZA 1B3FA 3MZBA 3N6UA 2PMSA 3K6WA 2D5WA 1FCKA 1N3XA 3CI8A 4OZ9A 1B7UA 3ILTB 1I69A 3H3GA 2WOPA 4NF8A 4O3CA 5I59B 3UGWA 3FV2A 1B2HA 2X7PA 3U1OA 4R74A 2V3UA 4RPOA 4F1VA 4R6HA 1FTMA 1MXWA 2A5SA 2ZNUA 1B5IA 3DRIA 1R6ZA 2I0CA 2ALUA 1XS5A 1TFDA 4POXA 4F3SA 1D9VA 1WVJA 5DVFA 2Y7IA 4OHNA 4H6DA 3MPKA 1JEUA 2ZMBA 1QKBA 4U1OA 3OXNA 4DXBA 5I57B 2WKYA 4ZEBA 5TPAA 4R2FA 1LSTA 1MDQA 2GH9A 1USYE 4KR5A 2RC9A 3CG1A 5TU0A 3VLWA 3RTFB 3ODBA 4N13A 2XXQA 3DP6A 4GL8A 3M3KA 4G2ZA 1UTHB 3UN6A 4OESA 5L9OA 3THIA 3QK6A 4ELQA 3G3IA 3SEXA 4RPNA 1O7TA 3D4CA 2F5XA 4ESWA 1OMPA 2AIXA 4NF4A 2I4CA 2F36A 4PE5B 4KD5A 2NUVA 1DSNA 3CFZA 4JSOA 4H5FA 3LSXA 3H6VA 3KOSA 4NF5A 1B7ZA 2O69A 4IO5A 2OBGA 3RLFE 2XXWA 3MJNA 4LONB 3W9VA 5HBCA 3TTMA 4OEUA 1MG1A 2YJPA 1MXZA 1RKMA 4XXUA 3G3GA 3FVOA 3R7XA 2XXVA 2WOKA 3OO7A 2XD3A 1EZOA 4F3PA 3IJXB 4HCWA 1OQHA 2RF1A 4OWDA 4XKPA 4EXKA 1LAGE 4GRKA 3MVXA 3TELA 2DSFA 1MM7A 4POWA 5K2XA 1FQEA 4QFLA 1NNTA 5AA4A 4F29A 1M5BA 1H45A 4DCYA 1JVXA 3QYTA 2XXUA 3HHFA 3CSGA 4ZEDA 2HAUA 4Q0CA 2THIA 1A7LA 4R6YA 4ZECA 3M3FA 1A54A 4YMAA 2NXOA 3PD9A 3I3VA 4E0WA 4R73A 4ZZEA 1B58A 1TXFA 3IOUA 3IO6A 4ELRA 1FW0A 4RA1A 4YAHX 5B70A 3PPPA 4EQ7A 3TODA 3HN0A 2XXTA 1SYIA 3EN3A 2WOLA 1I6BA 2H9BA 4IGRA 3KGCA 5AA2B 3KJ7A 2GHAA 3FXRA 1M5FA 2DWIA 5H8HA 3BKIB 3TFLA 5H8FB 1A8EA 3N5LA 5KCJA 2ESNA 2XXXA 1SW4A 2RCAA 4U2RA 5AA3A 3MWBA 5H8QB 1MM6A 2O1LA 2I3WA 2PBWA 1UTBA 2PYYA 3H06B 3V8XB 1SW1A 4ND9A 3FASA 4OYVA 1NH7A 1FQBA 4MF3A 1EZ9A 3FXUA 4QFNA 4K3FA 3IB1A 4WEPA 3TDJA 1GVCA 1AIVA 3IO4A 1ZTYA 4TQUQ 4UACA 3FJGA 4LZ8A 4EF1A 3G3JA 4DDDA 4EQ9A 2QS1A 3GXAA 3TCGA 2I3VA 4GXSB 2REGA 4BDLA 1B3LA 3C9HA 5DVJA 3C4MA 5FHMA 3DRHA 4NE4A 4R75A 1OLCA 4EDPA 4ZEIA 3S9EA 3KEIA 4IO2A 5B7DA 4IY5A 3FUZA 4C1TA 3G3FA 1BLFA 2ONKE 5JTYA 5I2KB 3EHTA 1B46A 5H8NB 1NFTA 2DXYA 2DOJA 3MPLA 4PP0A 3H4ZA 1B1XA 4ZS9A 1BKAA 3LR1A 4PETA 1US4A 3FJMA 3RGYA 3S9NC 2UYFA 4OENA 5ITOA 5CMKA 4MLQA 4KPTA 5I84A 1GGGA 3FZVA 5FTHA 3UA8A 3SEWA 3PUVE 1PB8A 3IOTA 5KZTA 4U1ZA 3K1NA 4P0GA 1MRPA 3ZKLA 4TOZA 3UP9A 4YKPA 3RUMA 3BBRA 3SEVA 2PVUA 2QL3A 1YTVA 2GFEA 3JZJA 4BLAA 2F7BA 4QFOA 2X7QA 1QKAA 2I58A 3H03A 2UVGA 4GQOA 1ZLQA 4JWOA 4JBZA 4PFUA 3OENA 3CHGA 1H43A 4QSEA 4R2BA 4U4SA 4EXLA 2O7UA 3RYAA 3B6WA 2Q88A 3T9HB 3WAFA 2OK2A 1QW0A 4UA8A 4XKNA 4C0RA 3EF7A 4MBPA 4FJPA 2F6GA 1VE4A 4G68A 5HPQA 3K2DA 1IIWA 3SEUA 4EQBA 1IUDA 3TTKA 1WODA 3O6IA 4QRZA 5H8SA 3QUFA 4F39A 1SW5A 2O6AA 4RXLA 1B0HA 1Y3PA 1B5JA 4F31B 2Q89A 3DRFA 1YAEA 5I58B 4JB7A 5CI5A 2OZZA 2V3QA 4C1UA 1SVXB 3U8QA 3OMBA 1Y20A 2A5TB 2VD3A 2Z23A 4OMBA 5I2NB 4P11A 2ZYOA 1B4ZA 3IB0A 2V84A 2DWHA 1MH3A 4OXVA 1R1NA 1RYXA 4WKMA 5EYFA 4NF6A 3UORA 1H3DA 3N94A 4G8HA 3CVGA 1FQFA 3R26A 4R72A 1MPBA 3BFUA 3L6GA 3IJOB 3K0VA 4KCCA 3W15C 1M5CA 3KFMA 2Q8JA 3KG2A 2KLFA 1MY4A 3E13X 5F1QA 3A09A 3KZGA 3TCFA 2H99A 4XKRA 5I56B 1Y1MA 2ZYNA 1GR2A 2DE3A 3W9WA 1POY1 3PMWA 3AXFA 1HSEA 1MQIA 5HM4B 3OOAA 2E1SA 1FTLA 4L17A 1XOCA 2UVHA 1XVYA 2H5YA 3C33A 4YKIA 3RTWB 4U21A 5AE4A 3Q26A 3EHSA 4DLDA 1SD3A 4TLLB 3QUJA 1XVXA 3RT8A 4EF2A 5AA2A 1ZMGA 1DTGA 4R6KA 1B7HA 1L5TA 2P0SA 3ZS6A 3K00A 5KDTB 1D4NA 4H8JA 3UIFA 2OJTA 5IAIA 4QFKA 2HCAA 1N7WA 4G8NA 1FTJA 1OVTA 1SQYA 3SESA 4IB2A 3B7DA 5EHSA 2QSXA 5AA1A 1S50A 2G29A 4F3GA 2E0SA 2FYIA 2B4LA 3VDFA 1TWYA 1BIYA 1H44A 3WAEA 1ZBMA 1B4HA 1MY0A 2ZYMA 2Q2CA 4QSDA 4O3BA 2XHDA 4YU0A 1M5DA 1NNKA 1B5HA 2DYXA 3K6UA 2XXPA 2H25A 3N6TA 1DPEA 3GBBA 1URDA 4YKKA 1B6HA 1NL5A 4PFTA 3QSLA 5TP9B 2H4IA 1Z7NE 5L9SA 4BDQA 1P1NA 2DWAA 3ZKKA 2OLBA 4DXCA 1TFAA 2ONSA 3JYRA 2Y7WA 1POTA 3TZAA 3OSRA 3Q28A 4ZEKA 3O6HA 1YCJA 4RY1A 3HSTA 3LSLA 4WXJA 1N7XA 1BTJA 1IXCA 1Y3QA 3T96B 5IKBA 3U94A 3B6TA 3QAXA 4FEBA 5A5XA 4QFPA 1IEJA 1GV8A 2Z8FA 4RNSA 4ZEFA 3MAMA 4JDFA 4ZE8A 1FQAA 1AL3A 1DTZA 3OO9A 3A3UA 1Y1ZA 2UYEA 5CM6A 4NMYA 1MQDA 4ZZAA 3O6PA 5CRYA 4LATA 1EU8A 4O3AA 5DTBA 1CB6A 1B05A 1MXVA 3SETA 4LZ7A 1NNPA 5BWJA 3T66A 2O1MA 3PUZE 1VR5A 4JSDA 2B3FA 1DOTA 2FA7A 3IOWA 1P99A 4IO6A 4HCYA 1DMBA 4DIGA 2Z8DA 3Q29A 5L8DA 4GL0A 4TLMB 2VHAA 2F97A 5TPAB 3SDFA 1OIBA 4GXAA 3TPAA 2HFBA 3GZGA 2CMOA 4IGTA 1OQGA 3GBAA 3RYBA 4H8IA 1IXHA 3FJ7A 1LLSA 3OD7A 1JEVA 1ZKBA 4NEDA 4ELPA 4KHZE 4NF4B 3DELB 3VV5A 1MQGA 1AH5A 1QULA 3VXBA 4H65A 2P1SA 3FV1A 1ZU0A 1MH4A 3DRKA 3O29A 1J1NA 3SERA 2F35A 3C32A 4NF5B 4G4PA 1EZPA 1I6AA 2DE4A 2XX9A 2F7AA 3PMXA 3H7MA 2YLNA 4LZ5A 3U72A 3KOTA 3ECRA 3SKPA 1MPDA 3DM0A 1R9QA 3E9XA 5I58A 2I49A 3PUXE 1B3HA 1SI0A 4U4XA 1H76A 4I8CA 2DE2A 2A5TA 1ELJA 2XX7A 2I48A 1PDAA 3CFLA 3VVEA 1Y3NA 4BDOA 4H1XA 3KSJA 1QUKA 2IEEA 3VE1B 1AOVA 1B0LA 3DRGA 4E0XA 3V89B 3C35A 1MDP1 3LC8A 3LUYA 3TAJA 2ONRA 3OO8A 5AA4B 4N07A 3A3CA 2QMXA 5CMBA 1Q35A 2Y7RA 3MC2A 3F11A 5FHNA 1LBBA 4OFLA 2ZNTA 5JK4A 1P1UA 1LAHE 2B4MA 4AB5A 1DPPA 5CMCA 1XHYA 3G3HA 5CBRA 2OWTA 4GOTA 3CIJA 5I59A 3IK6B 2XXYA 5I56A 4H0WA 3FGSA 4LQ5A 2DVZA 4X48A 1MY1A 3IX1A 1OLAA 3T22A 2F78A 1UIVA 4GD5A 3HPIA 4Z0IA 5H8HB 4ELOA 4PFWA 3CG3A 2I6EA 3LSFB 3FATA 1NMUA 5I57A 2G93A 3VVFA 4LQ2A 1AMFA 2DVCA 3FVGA 5DVIA 3K01A 5FTIA 1ZIUA 4Q5TA 1VSOA 4LUBA 3E3KA 3O97A 3S9LC 1SDXA 2DXRA 1UTHA 4BDMA 3G7WA 5KDTA 1XC1A 1OVBA 4LVQA 1LB9A 4PQJA 2AL4A 2OCUA 4LP2B 4NWDA 1MXXA 2Z22A 3MVWA 2VP1A 4EUOA 3FXQA 4QF9A 3MUQA 2VOZA 4I62A 1LBCA 4KYSA 1FTKA 3H6UA 4U23A 2XD2A 3N26A 1P1QA 2R71A 2Y84A 4DXUA 1LB8A 3B6QA 3IR1A 2NWJA 4M1VA 5DT6A 3ILUB 2HZLA 3HO7A 1JNFA 4FATA 3MZ1A 3TTNA 3V83A 1UIUA 4Z7EA 2B3BA 4F2OA 3T9UA 3E4RA 1LAFE 3O28A 1Y9UA 5JEIA 4YB7A 5JTYB 2B65A 5TP9A 5CC2A 3DP8A 5ELVA 5ICQA 4DE8A 1KWHA 3H6WA 2ZNSA 4X9TA 2HAVA 3TTRA 1US5A 1VFDA 4N6PA 1HSJA 4KFQA 3FD3A 3PMVA 2AL5A 5J1DA 3PGFA 4WEDA 4F1YA 2F34A 5FHOA 5DEXB 4MLVA 3LBSA 3HV1A 3PUYE 3KSXA 2QS2A 4GF8A 4BDRA 4G68C 1JVYA 2LAOA 2REJA 4KQPA 4NWCA 1MS7A 1URGA 4OTEA 2W7YA 3PU5A 4Q30B 3PPRA 3LVUA 1JETA 2R9JA 2PT1A 3C34A 2F8DA 1D3KA 3Q27A 4X1DA 2V3TA 2QMWA 1EH3A 2DS9A 3TCHA 4GIZA 1SYHA 2UXAA 3MZ9A 2V93A 1QUJA 1FTOA 1LFGA 3HHGA 3OEMA 5H8FA 1LFIA 1A8FA 3EQ1A 2XXRA 2GRVA 1MQJA 1N76A 3PD8A 3KN8A 5H8QA 2Z8EA 2Y7KA 1A40A 4I1DA 3MP8A 1IXGA 1F9BA 4DCXA 3HCQA 3CSBA 1LFHA 2ABHA 1GTKA 4G68B 2AYSA 3FTOA 4GVOA 2Y7PA 3DLNA 1M5EA 3IB2A 4ZE9A 3OELA 3C31A 3LSWA 2NOOA 2X26A 3O66A 3U93A 3UK4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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