4QFLA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with ala-phe
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
molecule tags Peptide binding protein
source organism Pseudoalteromonas
total genus 157
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qflA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qflA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qflA02
3TTNA 4BDNA 3FD3A 4LP2B 1B3FA 1IQ7A 3CHGA 3IOTA 1NNKA 3RUMA 2V84A 3RYAA 2RC7A 3OEKA 3H6WA 3UP9A 3G3IA 1MH3A 3DRHA 5KCJB 5H8FA 1MRPA 3OO6A 5CBSA 4ZZAA 2DWIA 3QUJA 3SEUA 3DP8A 4IO2A 1JQFA 3VVDA 1IXGA 3UIFA 3BFTA 5IAIA 3PPRA 3T66A 2Q8JA 1NL5A 3D4GA 4MH5A 4F22A 1XC1A 4KHZE 2F7AA 3GZGA 2W7YA 3O29A 2DSFA 1Y1ZA 3H6UA 2H98A 2REGA 3UN6A 1I69A 1B4ZA 3W9WA 4F1UA 4EF1A 4OERA 4OEVA 2I3WA 1S7YA 3VLUA 1QUJA 3PV0E 4XKRA 2ESNA 4H6DA 3IJXB 3K1NA 2I49A 1B51A 5TPAA 3KN7A 3Q28A 2E1SA 3LVUA 5CI5A 3IB0A 3PUXE 4OENA 1HSEA 1LBCA 4OMBA 4KYDA 2O6AA 2O51A 4G2ZA 2ALUA 3LSXA 3U93A 4LQ5A 1HSLA 1TFDA 1R9QA 4DXUA 4JXIA 4YB5A 4QFKA 3Q26A 1ATGA 2V3UA 3OO8A 5CM6A 3FXQA 1B5HA 1WDNA 2Z22A 1DOTA 3CFLA 3EHTA 4E0WA 2HEUA 4GL0A 4YICA 1Y4TA 1B2HA 5ELVA 3V83A 4GQOA 4ELOA 3PD8A 3UGWA 2H5YA 2I6EA 5AA4A 4KI0E 3HHFA 3KZGA 3TFLA 3OSRA 3HHGA 4OFJA 3O6IA 1D9VA 2AIXA 4RY1A 1Y3PA 3RPWA 4QFOA 5AA2D 1UIUA 3USDA 4JSDA 1A54A 4IGRA 1XVXA 1QVSA 4OESA 1XVYA 1AIVA 4F3SA 3U1OA 3IR1A 3RY3A 1N7WA 1VFEA 2UVGA 4ZEKA 3HN0A 3IO4A 3TCHA 2F6GA 4FIMA 3ECRA 3C33A 4JB7A 4F29A 3DRIA 5F7VA 1N04A 2FNCA 2F7BA 4F1VA 1II5A 4OXVA 3T9UA 4R6KA 3FASA 5H8NA 3BFUA 4POXA 4R9GA 3FUZA 4JSOA 2D21A 4XIGQ 1MQJA 3MW0A 4QSEA 3IOWA 1TT1A 3PPOA 5I56A 4RPOA 3CI8A 4HCYA 1LFGA 4F39A 2HFBA 5DYHA 5KZTA 1JW5A 1IXCA 5J1DA 5I57B 2B65A 1VR5A 2B3BA 2XHDA 2F34A 2M8CA 1GV8A 4ELQA 3LSLA 4R74A 1B05A 3B6QA 5AA2B 2DE2A 4JBZA 1Y3NA 2I58A 3SEWA 2DXRA 4U1OA 1Y9UA 1LLSA 5FHMA 1XOCA 1DSNA 1XHYA 2G29A 1WVJA 1OQHA 4DXCA 4GWOA 1Q1KA 5KDTA 3HCQA 4KCDA 3UA8A 1BKAA 3SKPA 1ZKBA 5ITOA 3D4CA 5AE4A 1DTZA 1NKXA 2Q88A 3S9NC 4BLAA 2YLNA 1MM7A 1FQEA 5H8HB 1ZMGA 1JW4A 3A3CA 3HO7A 3S4UA 4DE8A 4PP0A 1DPPA 2QPQA 2AL4A 2RKMA 2Y84A 1L5TA 1RKMA 4L17A 1MXVA 4OFLA 2REJA 3CVGA 1MQDA 1MY3A 4DDDA 3W9VA 3MC2A 4IGTA 2NXOA 3LR1A 1SBPA 2QS2A 1MQGA 4QFPA 1Y1MA 3TODA 2HCAA 1SW2A 4OQOA 2O7UA 2ANJA 4DLDA 4Z0IA 1P1OA 1O63A 4NMYA 2F36A 3QXMA 3PMXA 3G3FA 3R6UA 2PT2A 4U4SA 2PT1A 3O66A 2H25A 2PVUA 4YKKA 4Q30B 4WKMA 4OYVA 4WXJA 1GVCA 2E0SA 1FTKA 1JEVA 4EXKA 2QJEA 3RT6B 1QKAA 1ANFA 3DELB 5I2NB 3B6WA 2OLBA 3FVKA 5H8FB 4PETA 1B7HA 2QRYA 4JWYA 2RCAA 2O1MA 1OMPA 5CBRA 3GBBA 2UVHA 3ZS6A 1S50A 2R9JA 4YMAA 2ZYKA 4YMBA 3MAMA 4AB6A 3IB1A 3O97A 1I6BA 3TTRA 4QSCA 3Q25A 1Y3QA 1MY4A 3K0VA 3MVYA 2CMOA 4R6HA 1TFAA 2DWHA 2F97A 1I6QA 1B3EA 2H9BA 1FTJA 4PFTA 1IIWA 4U4XA 1NFTA 4RPNA 4R73A 3TAJA 5L9OA 2Z8DA 3DRJA 4JWXA 5H8QB 2HQ0A 4OFOA 4UACA 1GTKA 4U2RA 2H99A 2NVUB 1QUKA 4WEPA 1P1WA 3K6XA 4ZE8A 3O28A 4NF4A 1OLAA 2HZLA 3MP1A 4RJZA 1JW1A 2XX7A 5EHSA 1PB7A 1N0TA 1AL3A 3GLBA 5I58A 3QSLA 1FTOA 4IO7A 5ITPA 3P7IA 3PUWE 4FJPA 1D4NA 4M1VA 1S9TA 5CMCA 2OJTA 2AYSA 3MZ9A 3MZ1A 2Y7RA 1FTMA 3PPNA 1MXXA 4EQ7A 2IA4A 3FV1A 1JNFA 4MLQA 5DEXB 4FEDA 3PD9A 3HSTA 3JZJA 5CRYA 3MPKA 3FTOA 2Z8FA 2GHBA 4K3FA 4YAHX 5IKBA 4MLVA 1MDP1 3H6TA 1JVXA 1B4HA 1D3KA 3GBAA 2F78A 3A09A 3K4UA 1MPCA 5FTIA 5M2VA 4IB2A 4LUBA 2DYXA 1B9JA 4OTEA 5H8SA 1MY1A 2Y7PA 5DVFA 2B4LA 1M5CA 2I3VA 1FQFA 3O6HA 3T9XB 3ZKLA 3TUSA 3OEMA 3M8UA 3G7WA 2I0CA 4R6YA 1MPBA 3TELA 3H06B 1MPDA 2Q9TA 4H5GA 3TEPA 5ICTA 3MBPA 4DIGA 3JYRA 3UORA 5H8NB 1SVXB 4QHQA 2O1LA 2ZYNA 2DVCA 3I6VA 3K2DA 4RA1A 2O7IA 1A8FA 2OWTA 1Z7ME 5A5XA 2X26A 1NNPA 2QMWA 3K1PA 5L8DA 3PMWA 3EN3A 1P1QA 3DP4A 2G93A 3DRKA 2DP8A 3Q29A 1MQHA 4EF2A 3L6HA 2GFEA 4F31B 2OBGA 4N6PA 2VD3A 3T9VA 5HM4B 3MVWA 3VE1B 1H43A 2NUVA 3KG2A 5LOMA 4DCXA 2AL5A 4EXLA 5L9SA 4U23A 4RK2A 5FTHA 1B32A 4NTLA 1AMFA 2RF1A 2XXVA 4GVOA 2YJPA 5I2KA 1PB9A 4U21A 5KDTB 1MXUA 3BBRA 3VLWA 5DVIA 1US5A 3T9HB 4I62A 2PMSA 5KCJA 2DE4A 1B6HA 5CMBA 1B3LA 3QUFA 3DRGA 4U22A 4F3PA 1URGA 1H45A 3E13X 1MY2A 1B5IA 2RCBA 3PU5A 1H44A 3C34A 1VE4A 4XKPA 2B3FA 1UTHA 4I1DA 2IEEA 4PFYA 3IL1B 1ZJLA 4P0GA 2V3TA 4OWDA 1H3DA 1SYIA 3M3LA 5DVJA 4I9DA 1MH4A 4GFRA 4I8CA 3FIRA 4HCWA 3U8QA 1P1NA 3F11A 2DWJA 3TQLA 3THIA 1US4A 2V3QA 4F1YA 4XKNA 3RTWB 3M3FA 4ZZEA 4KYSA 4G8HA 4BDOA 2R6GE 1USYH 4Q0CA 2DXYA 3FXRA 3CG1A 3KOSA 4LATA 2THIA 3CSGA 1FTLA 4ESXA 4O3BA 4RK9A 2XX8A 1MXZA 1VSOA 1URDA 3MPLA 2Z23A 1F9BA 2BJJX 3FZVA 4G4PA 4KPTA 3OXNA 1YCJA 3OMBA 4ZEIA 5B7DA 4GRKA 1EH3A 3S9MC 5CMKA 1B40A 3R7XA 3FVGA 2PYYA 3DLNA 1SW1A 3G3KA 5JK4A 3HPIA 4NF6B 2HAUA 1O64A 3N6UA 3O2AA 1KWHA 3C32A 3TCGA 2VOZA 3VLVA 3L6GA 3TQWA 1QULA 4AQ4A 2XXTA 2GRVA 1LSTA 2X7QA 3PGFA 3O6PA 4N13A 1CE2A 3VXCA 4NF5A 3KBRA 3LBSA 1LAGE 1B46A 3E4RA 2I48A 4KYEA 1R9LA 2ZNSA 3KSJA 3KJ7A 2NOOA 4H0WA 5EHMA 1Z7NE 4G8NA 4QF9A 1PBPA 4FEBA 2A5TB 5L9MA 4LVQA 1BLFA 1B1XA 4NF4B 4ZS9A 3KOTA 2QSXA 3U92A 5AA3A 2ZMBA 3FV2A 3FJMA 4YKPA 3VVEA 4RNSA 1B52A 4DCYA 5I58B 2UVJA 4PE5B 3K01A 3IK6B 4GF8A 4QFNA 4QRZA 2OK2A 4H8JA 4OHNA 4NF8B 3T93B 2KLFA 1CB6A 2XXQA 3CSBA 3C36A 4NWDA 3KEIA 5TP9A 3ILUB 2NWJA 4GD5A 4U1ZA 2ONSA 1BIYA 4YU0A 1UIVA 4EDPA 1PDAA 5JTYA 4KD5A 4KCCA 4ESWA 3PUVE 1LBBA 3VXBA 1EZPA 4THIA 1EU8A 1LCTA 4ND9A 4F3BA 4FATA 2UYFA 1FQDA 3T22A 3EQ1A 3FVNA 3OELA 3C35A 3SERA 1M5EA 3C9HA 2XXYA 4GIZA 5AA2A 1B3GA 4ZECA 2UVIA 1UQWA 4PFUA 3ILTB 4ZEFA 2F6PA 4H8IA 1AH5A 3SDFA 2XXIA 1LAXA 2XXPA 3TTMA 1M5FA 1B0HA 2ABHA 1FQBA 4XXUA 1LGBC 2Q2CA 1IXHA 1UTBA 1DMBA 1QJMA 3MZBA 1SI1A 4POWA 2XXWA 3KSXA 4M4GA 5ICQA 3G3HA 5TPAB 2I0BA 1FQAA 1URSA 1MXWA 5DTBA 3FJGA 3H03A 2WKYA 1NNFA 3C31A 3S9EA 1A99A 2D3IA 5A5XB 1T0KA 1JETA 2DWAA 2B4MA 3IB2A 2P1SA 1M5BA 1I6AA 4H67A 3RQTA 1YTVA 3H6VA 1R6ZA 2HXWA 3QYTA 2F5XA 3TCFA 1OQGA 1N3XA 3PAMA 4R9FA 4IO6A 4ZDMA 3U94A 1N84A 3W15C 2VP1A 2V25A 2VGQA 3UK4A 4R72A 2QS3A 2A5SA 3MP8A 1YPNA 5FHNA 4BDRA 5AA4B 5I2KB 3EHUA 3LSFB 2XXUA 3SEXA 1XS5A 3VDFA 3VVFA 4OZ9A 5K2YA 1B0LA 4G77A 4KFQA 3EPEA 1BP5A 5I2NA 1IXIA 4X1DA 4EQ9A 1A55A 4ONYA 1NNTA 4E0XA 1FQCA 3I5OA 1M5DA 2CZLA 3N26A 3MVXA 3KJTA 1LCFA 4GLIA 4Z7EA 1B3HA 3G3JA 1IUDA 1UTHB 1RYXA 5BWJA 1P1UA 3H7MA 4R2FA 1ZU0A 2XX9A 1MDQA 3K6WA 4YB7A 2YPNA 4KR5A 2ONKE 1ZIUA 4LZ8A 4BDMA 5F1QA 4BDQA 5I59A 3RTFB 3TMGA 5TU0A 2ZXTA 5H8QA 4NE4A 3SEYA 4GL8A 3V5AA 2XD3A 2UYEA 1A7LA 4DXBA 3RT8A 3FVOA 1VFDA 3N5LA 3DP6A 4YKJA 3S9LC 4MFIA 5I56B 1N7XA 1LB9A 1IZ1A 1MXYA 4TQUQ 5EYFA 3B6TA 1A8EA 3RN8A 1N76A 4O3CA 4HTGA 4H5FA 2WOPA 1QW0A 4YB6A 1TWYA 2F8DA 4FORA 4ZEDA 4ISUA 3OO9A 4C1UA 4O3AA 3ZKKA 3RLFE 4G68A 2RC8A 4IY5A 4XKQA 1B58A 2RINA 4GXAA 1NH8A 2DQVA 2QS4A 2O69A 1OIBA 3CFXA 3LSWA 4YZZA 3CRBA 2Q89A 4ECFA 1TXFA 3I3VA 5DEXA 3VV5A 3SETA 3IX1A 3PMVA 2DS9A 3ONMA 2QL3A 3A3UA 3MUQA 1MQIA 4NF5B 3Q27A 2ONRA 3SESA 3EF7A 2Q2AA 1SYHA 1USYE 4X1BA 3S2VA 4LQ2A 4IY6A 1JVYA 3MP6A 4X9TA 1LFHA 1J1NA 4LZ7A 1P99A 3PUZE 1OVTA 1Q35A 2LAOA 4R75A 5BUUA 2XD2A 5HPQA 2DVZA 3RGYA 3H4ZA 3K6VA 4PFWA 5K2XA 3GXAA 1PC3A 2XXHA 1HSJA 3O9PA 2Y7IA 3QK6A 4DZ1A 1EZOA 1H76A 1SI0A 2OZZA 3CR9A 1D9YA 2OCUA 3N94A 4OEUA 3IOUA 4YKIA 2ZYOA 4OETA 4EQBA 5TP9B 3E3KA 4LA9A 2F35A 2ZYMA 3SEVA 3G3GA 1A40A 5ISUA 2UXAA 1QKBA 1PEBA 4RYAA 3OENA 5JTYB 4BDLA 3M3KA 1GGGA 4PQJA 1IITA 2GHAA 2P0SA 2D5WA 4ZEBA 2DOJA 2Z8EA 2XXRA 1XT8A 3FJ7A 3OD7A 1SW4A 2RC9A 4FAJA 1ELJA 4ELRA 1O7TA 1OLCA 1POY1 3VFJA 3CFZA 4UA8A 4F2OA 4IO4A 2Y7WA 1BTJA 3CG3A 3C4MA 3H3GA 4Q8RA 4ZE9A 3KFMA 3WAEA 4AB5A 3CIJA 2QS1A 1FW0A 3E9XA 5DT6A 3O6GA 1UTBB 2O84X 5CC2A 1ZBMA 4JDFA 2WOLA 4F18A 3V8XB 1SQYA 2F7CA 3MQ9A 1SW5A 2I4BA 4IO5A 2P2AA 4H65A 3JV9A 4LZ5A 4FECA 1ZLQA 4NEDA 3TYHA 1B1HA 1MG1A 2FYIA 1Y20A 2HZKA 4N07A 3TTKA 2X7PA 1DTGA 5I84A 3EHSA 4QFLA 4F2QA 1MY0A 1R1NA 4EUOA 2DE3A 3K1MA 3OSQA 2WOKA 3QAXA 3OOAA 1Y4CA 4ELPA 2I4CA 2O68A 5AA1A 1WODA 4KQPA 4MBPA 1RYOA 4C0RA 1SDXA 3DRFA 4TLLB 1JEUA 2V93A 2OWSA 1OVBA 1MM6A 1ZTYA 2PBWA 4IO3A 4F3GA 3TPAA 4TLMB 1B7ZA 1POTA 4JWOA 3IOVA 4TOZA 4P11A 5B70A 4X48A 3FGSA 3LC8A 3QIMA 5I57A 4Q5TA 3TZAA 2PX1A 2QMXA 1NMUA 3TTLA 3FATA 2XXXA 3KN3A 1EZ9A 3IJOB 3BKIB 3PPPA 3MVZA 3AXFA 2VHAA 1MS7A 1LAHE 4WEDA 1LFIA 1NH7A 4HS7A 3LUYA 2Y7KA 4NF6A 3DM0A 1N3WA 3B7DA 1DPEA 4GXSB 2FA7A 1FCKA 3KN8A 1SD3A 1B7UA 3R26A 4XTCQ 3PUYE 4G68C 5FHOA 3TDJA 4H1XA 4GOTA 1PB8A 4MF3A 3V89B 3IAZA 3K6UA 3PPQA 4C1TA 3U72A 4R2BA 3HV1A 1IEJA 1LAFE 5CMMA 3MJNA 3IORA 4OVJA 3ODBA 5H8HA 4RXLA 5I59B 3N6TA 3FXUA 1LB8A 1QUIA 2HAVA 2VD2A 5JEIA 3IO6A 4G8MA 2ZNTA 2A5TA 4HW8A 3OO7A 3TKDA 3WAFA 2R71A 1AOVA 2GH9A 3RYBA 4QSDA 3K00A 3ZSFA 3K02A 5HBCA 3KGCA 4LONB 4F19A 1PBQA 2H4IA 2ZNUA 1GR2A 4FE8A 4NWCA 3T96B 1B5JA 3RNNA 1YAEA 4NF8A 4P0IA 3MWBA 4G68B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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