4RA1A

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with d-glucose-2-phosphate
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 156
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ra1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ra1A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4ra1A02
2XXYA 5FHOA 3UK4A 4ZEIA 3UORA 1B3HA 3IORA 2GHBA 3C9HA 3OXNA 4Z0IA 1NNTA 1B40A 2QL3A 1AL3A 3RNNA 1QUIA 5EYFA 4I9DA 3K00A 5CRYA 2XD3A 4YAHX 2DXYA 3KN7A 2RF1A 2RKMA 1XOCA 4YKPA 4JB7A 4TQUQ 2I3VA 4NF4B 2HQ0A 2VHAA 3KGCA 3W9WA 1QULA 2OLBA 4QFKA 4NF5B 5FTIA 1N0TA 4OERA 4GRKA 5CMBA 4HCYA 3TODA 3PUWE 1P1WA 4TLMB 4EF2A 3LSLA 2F78A 1WDNA 1ZU0A 3QSLA 2XXTA 3LR1A 1SYHA 2PT2A 2F7BA 4ONYA 2DVZA 1M5BA 4RA1A 4XKRA 2DE2A 3ILTB 4AB6A 2RC7A 3LSWA 2R71A 2F5XA 5J1DA 4C1UA 4YMBA 4JWYA 3LUYA 5JTYA 3FXRA 4X1BA 4YB6A 4YKIA 3V89B 3HCQA 3KJ7A 1MH3A 1ZMGA 1EZOA 2REJA 4BLAA 4OETA 2Z8FA 4GQOA 3KN3A 3SEYA 1XVYA 4F19A 1I6QA 2UXAA 1PB9A 4U1ZA 4R2FA 4ZE8A 3EQ1A 3DELB 1IZ1A 1S7YA 4P0GA 1BTJA 1LAGE 4ZEKA 3TELA 4OEVA 4ZZAA 5I57A 3RGYA 4RK2A 3MW0A 4KFQA 2F6GA 1MXYA 4UA8A 1PB7A 4YZZA 4H6DA 5CM6A 4Q30B 1B1XA 4H5FA 2WOKA 1MXVA 3KSJA 4MFIA 3D4CA 4DIGA 1Y20A 5H8HB 4JWOA 4M1VA 2DWIA 1MPBA 1NNKA 2DYXA 3SETA 2P2AA 1EZ9A 4IGRA 3TQWA 2B65A 5I59A 3M8UA 3IO6A 4LATA 4N07A 4GWOA 4O3AA 1NH8A 4QFOA 3H3GA 4KYSA 4OHNA 1RYXA 1HSEA 4PP0A 3DRJA 3QUFA 4Q8RA 4IY6A 5AA4A 1USYH 1F9BA 2A5TA 1Y4CA 4F3PA 1VFEA 4NEDA 1I6BA 1SDXA 5I2KA 2CZLA 4G4PA 2F7AA 1B1HA 2IA4A 4ELQA 2O1LA 3CHGA 2OWTA 3MZ1A 4EQ7A 2LAOA 2Y7KA 1POTA 2F35A 2NUVA 4GVOA 3RN8A 3SKPA 1LB9A 3HN0A 1Q35A 2ZYKA 1FW0A 4Q5TA 2H99A 3KOSA 4ZS9A 4C1TA 1MM7A 1SVXB 3RY3A 1JVYA 3CRBA 4MH5A 1BLFA 5ITPA 3PD9A 3O2AA 1B3GA 3Q26A 4R6YA 3PU5A 1UIUA 4EXLA 2DE4A 3OO9A 4RY1A 3SEWA 3PPOA 1POY1 4F3GA 4H5GA 4H0WA 5AA2B 3K0VA 4XKPA 5L8DA 3N6TA 1FTLA 4OYVA 2I49A 2UVGA 1DSNA 2I58A 1NNPA 4G77A 1DTZA 2GH9A 4WXJA 3CSGA 4BDNA 1PBQA 4XTCQ 1Y1MA 2NWJA 4G68B 2RC9A 4M4GA 4DE8A 3U8QA 3VE1B 5K2YA 3PMXA 4OFOA 5CI5A 3USDA 1SI1A 2Q8JA 3CVGA 4LA9A 3TCGA 3CFLA 3L6HA 4OFLA 4IO5A 2XXVA 1LCTA 1SW1A 2PMSA 4R9FA 1CB6A 3MPKA 4GIZA 1MY3A 5F1QA 2I4BA 4RYAA 3JZJA 3WAFA 2Z8EA 1UTHA 4I62A 3FV1A 2PX1A 3KOTA 1SW5A 4ISUA 2H4IA 1B0LA 1A8EA 4XXUA 3M3FA 1MG1A 1SW2A 3K6XA 4F3SA 3ECRA 4FE8A 3B6QA 2X26A 3TTLA 2GHAA 1A8FA 3IOWA 1NNFA 3EHUA 1URGA 4JXIA 4QFLA 3IR1A 1IUDA 1LSTA 1RYOA 1Y9UA 3E4RA 1IQ7A 4IO2A 3TTRA 1A54A 4F2QA 1LFHA 2X7QA 3MQ9A 3RLFE 1MPDA 3B7DA 2FA7A 2DXRA 3K4UA 3VXCA 3FASA 1JETA 3PPRA 4FJPA 3OELA 3O6PA 4OQOA 2O68A 1TFAA 3VVFA 2ZMBA 1Y3NA 5F7VA 1B7UA 2QS1A 3K1NA 2QRYA 3MAMA 1B2HA 5KDTB 4ECFA 1MRPA 3ZKKA 4LQ5A 4UACA 2O7IA 4XKNA 1S50A 3OO7A 4NE4A 1N7WA 4KPTA 5CMCA 1PDAA 3S9EA 3IL1B 2O84X 4QHQA 1TWYA 2I6EA 3DRGA 3BKIB 4BDMA 3IX1A 1H43A 4P0IA 5DEXA 2DS9A 1S9TA 2I4CA 4NF6B 3A09A 3HHGA 3L6GA 3VFJA 3RUMA 5AE4A 1LBCA 4LP2B 2REGA 1B5JA 1N3XA 4F2OA 1ZJLA 3CR9A 4R9GA 3KSXA 2PVUA 1B05A 4NWCA 3U1OA 4QFNA 2XHDA 1QVSA 3PPPA 3G3FA 3Q27A 1ZBMA 3MUQA 4WEPA 4X9TA 5L9OA 5ICTA 4GXSB 2Y84A 3WAEA 1JEUA 5TP9B 3CFZA 1B5HA 3TQLA 4EDPA 3FD3A 2PT1A 4G2ZA 4NF5A 1SQYA 1YTVA 3B6WA 2QMWA 4POWA 4GOTA 1DPPA 3TUSA 2O1MA 2HAVA 3BFUA 3BBRA 2I48A 3K01A 3PV0E 4ZZEA 3PAMA 1AH5A 3A3CA 1LCFA 1NKXA 3P7IA 1B7HA 4IGTA 3G7WA 1H76A 4RPNA 3N26A 1H44A 1II5A 1P1NA 1Y1ZA 1JW1A 4YB7A 3V5AA 1LFGA 4DXBA 4FIMA 2UYEA 1R9QA 1B0HA 2I0CA 3T9UA 4RJZA 1OLAA 2VD2A 3ZS6A 2XXRA 5IKBA 3OEKA 1A55A 1GR2A 1ZTYA 5I84A 4PETA 3C35A 4U1OA 2V84A 3G3IA 1QW0A 3U92A 5JK4A 3DM0A 1R9LA 3CFXA 3S9LC 3ZKLA 3QUJA 3PMVA 2D21A 1MS7A 4L17A 1MY0A 4HTGA 5ICQA 3FJ7A 5FTHA 4YU0A 3OOAA 3ONMA 4IB2A 3IB2A 5L9MA 3TYHA 4BDQA 3OENA 4DXCA 3FIRA 1MDP1 4DCXA 2OBGA 1NH7A 3DP4A 1AIVA 3I6VA 1LAFE 5DTBA 4BDRA 1IXGA 4XIGQ 2DSFA 5JTYB 3VDFA 1FQEA 3FJGA 4EQ9A 4JBZA 1URSA 4IY5A 1IXHA 1B3FA 3U72A 3V8XB 1GVCA 3OEMA 1A40A 1D3KA 4DZ1A 1WVJA 1VR5A 4OESA 3PGFA 1LGBC 3FZVA 1M5DA 3MBPA 1B3EA 1TT1A 3RTWB 1JW4A 4DCYA 3IO4A 1FQAA 3IB1A 4F1UA 1OIBA 4Z7EA 5I57B 1SBPA 5I58A 1VFDA 5TPAA 1O63A 4LVQA 3DRFA 3EHTA 4KI0E 4KCCA 3PUZE 3Q25A 2DQVA 1P1OA 3HSTA 3DRHA 4QSCA 2O6AA 4ND9A 4FEBA 1NL5A 1SI0A 2ZXTA 4BDOA 3MVZA 1MQIA 3QAXA 1MY2A 1MXZA 2PYYA 1ELJA 3R6UA 4F29A 4P11A 3CG3A 4N13A 1FQDA 5I59B 3GZGA 3MZ9A 2FNCA 1GV8A 2ALUA 3OO6A 1B3LA 3O29A 2HCAA 3RPWA 1B4ZA 3O6HA 3VLWA 3I3VA 3FVKA 2O69A 4OENA 5AA4B 4E0WA 2HAUA 3IK6B 4NF8A 2RC8A 3H6WA 3H6UA 3FV2A 4FATA 1XVXA 5AA2A 1Z7NE 1ZLQA 1B6HA 1UTBB 4QFPA 3K1PA 2HXWA 3TAJA 1ZIUA 4PE5B 1RKMA 3FVNA 2ESNA 2KLFA 1UQWA 1IXCA 2F8DA 3G3GA 1IEJA 4KCDA 1XHYA 3PUXE 1FTKA 1QJMA 4F1YA 4AB5A 1LBBA 3PPNA 1MH4A 4JSDA 1N7XA 2H25A 1N3WA 3OD7A 1YAEA 4MBPA 3QXMA 3CI8A 2XD2A 3TCHA 2X7PA 5H8NB 2VGQA 3RYAA 3UN6A 4G8NA 5ITOA 4XKQA 1B9JA 5DVJA 4ZECA 4I1DA 5I56A 3E9XA 2QMXA 1MY1A 2WOPA 3K02A 1SYIA 4F31B 2XX8A 3KFMA 3R26A 3RT8A 1XT8A 3SDFA 2VOZA 2V25A 3VVEA 1Y3QA 3TCFA 4R73A 1JW5A 3KZGA 2VD3A 2F7CA 1PC3A 1MPCA 4OZ9A 4GF8A 4BDLA 1D4NA 1FQFA 1IXIA 3THIA 4H8IA 2OZZA 3H03A 2F34A 1TXFA 2O7UA 3EF7A 4ELOA 3FXQA 4GL8A 3IJOB 2CMOA 4I8CA 3TKDA 4NWDA 1VE4A 3TEPA 4ZDMA 2DP8A 3S2VA 4H65A 3OSQA 4QSEA 4ZEFA 4K3FA 2XXIA 4OMBA 2W7YA 1BIYA 3SERA 3DLNA 2YPNA 5H8QB 5H8FA 4RNSA 1UTHB 2UVJA 3U94A 5A5XA 1QUKA 2AL5A 1XS5A 3VXBA 4IO3A 4HS7A 3DP8A 1FQCA 5AA1A 3O6IA 1CE2A 1B51A 2E0SA 2QS3A 2HZKA 3PUVE 1O64A 3G3JA 5I2NB 3FTOA 2OWSA 1SD3A 2AL4A 3LVUA 3OSRA 2Q2AA 4LZ7A 4YKJA 4MLVA 2G29A 1IITA 5KCJB 4OTEA 4GXAA 3FUZA 1OQHA 2RCAA 3IOVA 2H5YA 3PPQA 3I5OA 5FHNA 2H98A 1EZPA 3D4GA 3C4MA 4DLDA 5M2VA 3OO8A 4F1VA 4OXVA 4LZ8A 2PBWA 4H67A 2QS4A 3IOUA 1DOTA 1MXWA 2RCBA 3TTKA 1B4HA 2P0SA 1LAHE 3R7XA 2R6GE 1PB8A 3FGSA 1MQGA 1DMBA 1A7LA 5TU0A 3TTNA 4EF1A 2AIXA 3TDJA 1JEVA 1MQJA 2QS2A 5DEXB 1USYE 3CSBA 1FTOA 4NF4A 3DP6A 2XXHA 1I6AA 4QF9A 3C33A 4TLLB 1Y3PA 3KJTA 3CG1A 4EXKA 3EPEA 3FATA 1A99A 3MVYA 3DRKA 3Q28A 1TFDA 4PQJA 2Z8DA 1D9YA 1B5IA 1T0KA 3KEIA 2QPQA 1LFIA 1BP5A 4GD5A 1FQBA 3K6WA 3IJXB 2NOOA 5HPQA 3FXUA 3H06B 3HPIA 1OMPA 2Z22A 2XXXA 2NXOA 4THIA 5L9SA 3T66A 4N6PA 2BJJX 4YMAA 2B3BA 4DDDA 1US5A 3A3UA 4DXUA 5ELVA 1LLSA 2DVCA 1URDA 1EU8A 4O3CA 1BKAA 2HEUA 3T22A 2B4LA 2P1SA 3RT6B 3T9HB 4Q0CA 2OCUA 2F97A 1R1NA 1MY4A 2IEEA 2ZNUA 4JSOA 3JYRA 3AXFA 4GL0A 3T93B 4G8HA 3M3KA 3UA8A 3KG2A 4HCWA 5AA2D 2DWHA 1MM6A 4LZ5A 4YKKA 1OQGA 3S9MC 4ZEDA 1Y4TA 3QK6A 5LOMA 1P1UA 5IAIA 3DRIA 3IOTA 3Q29A 2QJEA 3RQTA 4X48A 4PFTA 1OVBA 2DOJA 2Q2CA 5H8HA 1MXUA 1MQHA 5EHSA 2NVUB 3GXAA 2THIA 3U93A 1P99A 1QKAA 3EN3A 4LONB 5DT6A 5EHMA 3TFLA 1HSJA 5BWJA 4R6KA 3H4ZA 4IO6A 4JWXA 4EUOA 4FAJA 3TTMA 2DE3A 5CMKA 2ZNSA 3IAZA 2Y7RA 3O28A 2D5WA 3T96B 1MDQA 3QYTA 3O66A 1J1NA 2V3QA 4U22A 2GRVA 3ILUB 1YCJA 2DWAA 3K6VA 4LUBA 2XX7A 2ABHA 4U23A 4FECA 1WODA 3S9NC 3W9VA 4ELPA 3BFTA 3UP9A 1DPEA 3UGWA 3MP1A 5JEIA 1NFTA 3IB0A 3VLVA 3E3KA 4OVJA 2ZYMA 1PEBA 2WKYA 4AQ4A 2YLNA 1UIVA 4RK9A 4RPOA 5CBRA 4G8MA 4LQ2A 1N84A 5HBCA 2AYSA 4R74A 4U2RA 4KQPA 3UIFA 3MP8A 1L5TA 4YICA 1MXXA 3EHSA 5I58B 2V3TA 4C0RA 1FTMA 5TPAB 1M5FA 1KWHA 1LAXA 3C32A 2ZNTA 3TZAA 4HW8A 1UTBA 2ONRA 2VP1A 2I0BA 5K2XA 3SEVA 3V83A 4OWDA 2Q9TA 2HFBA 4G68C 1AOVA 4E0XA 4RXLA 4IO7A 4TOZA 2DWJA 5ISUA 2A5TB 2XXUA 3LSFB 1H3DA 2F6PA 3N6UA 4OEUA 3W15C 2Q89A 2XXWA 5I2KB 3O6GA 1ZKBA 1M5EA 3MP6A 2R9JA 2B3FA 2Y7IA 5BUUA 2D3IA 5H8NA 4ESXA 2V93A 4WKMA 4ZEBA 5CC2A 3C31A 3RYBA 3F11A 2F36A 4G68A 1I69A 2UVHA 3MJNA 2E1SA 5KZTA 4KYDA 4KHZE 4U21A 4NF8B 3LSXA 2WOLA 1IIWA 4GFRA 2A5SA 3FVGA 2ZYOA 3H7MA 3O9PA 1ATGA 1XC1A 1R6ZA 2Y7WA 1FTJA 4PFWA 1YPNA 2GFEA 4KD5A 4QSDA 3LC8A 1Q1KA 1SW4A 1M5CA 2H9BA 4OFJA 3K6UA 2ONKE 1B46A 1B7ZA 1QKBA 1MQDA 4JDFA 4GLIA 1B32A 5FHMA 3MC2A 3SEUA 3VV5A 4IO4A 4F18A 3PD8A 3O97A 4QRZA 3HV1A 1B52A 3FJMA 5DYHA 3S4UA 1N04A 4NMYA 5I56B 1B58A 3SESA 5H8QA 1H45A 5H8SA 5DVIA 1JQFA 3T9XB 3TPAA 1D9VA 3T9VA 4WEDA 3K1MA 3SEXA 1GGGA 3MZBA 1EH3A 4KR5A 1PBPA 3ODBA 1P1QA 1Z7ME 3TMGA 5AA3A 1GTKA 1ANFA 2Z23A 3JV9A 2FYIA 2M8CA 2ANJA 1NMUA 3KBRA 1JVXA 3G3HA 5I2NA 3K2DA 2QSXA 5KDTA 2Y7PA 2OJTA 2XXPA 3RTFB 5DVFA 2XXQA 2ONSA 2B4MA 5HM4B 2O51A 1HSLA 4F39A 3PMWA 1O7TA 2XX9A 2ZYNA 5KCJA 4MF3A 4FORA 4H1XA 3C36A 3N5LA 5B70A 4R6HA 4YB5A 4F3BA 2V3UA 2RINA 3C34A 3G3KA 1VSOA 3MWBA 3QIMA 4POXA 4U4XA 5H8FB 4ELRA 3PUYE 3OMBA 4X1DA 3MVWA 4NTLA 4ESWA 4NF6A 2G93A 3HHFA 5A5XB 3CIJA 5B7DA 2HZLA 3KN8A 3N94A 4KYEA 2UYFA 3E13X 2Q88A 4R72A 4ZE9A 4R2BA 3ZSFA 3GBBA 4H8JA 3MPLA 4O3BA 1US4A 3VLUA 3B6TA 1N76A 2OK2A 4R75A 3FVOA 3GLBA 3H6VA 4FEDA 5CMMA 3HO7A 4F22A 1OLCA 1OVTA 1JNFA 5TP9A 3VVDA 4EQBA 3M3LA 3LBSA 1LB8A 3H6TA 4PFUA 4PFYA 5CBSA 2I3WA 1QUJA 1DTGA 4MLQA 2YJPA 3MVXA 1FCKA 1AMFA 3GBAA 2UVIA 4U4SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XXYA 5FHOA 3UK4A 4ZEIA 3UORA 4DI4B 1B3HA 3IORA 4UABA 2Y5LA 2GHBA 3C9HA 3OXNA 1SPIA 4P8BA 4Z0IA 1NNTA 1B40A 2QL3A 1AL3A 3RNNA 1QUIA 5EYFA 4I9DA 3ROJA 3K00A 5CRYA 2XD3A 3KBZA 4YAHX 2DXYA 3KN7A 4MNCA 2RF1A 4QXDA 2RKMA 4OVRA 1XOCA 4YKPA 4KXPA 4JB7A 1AWBA 1KZ8A 4TQUQ 2I3VA 4NF4B 2HQ0A 2VHAA 4H46A 3KGCA 3W9WA 1QULA 2OLBA 4QFKA 4NF5B 5FTIA 4P1EA 1N0TA 4OERA 4GRKA 4PF6A 5CMBA 4HCYA 1NV0A 3TODA 3PUWE 1P1WA 4TLMB 4EF2A 3LSLA 2F78A 1WDNA 1ZU0A 3QSLA 1FPEA 2XXTA 4N4UA 3LR1A 1SYHA 2PT2A 2F7BA 4P3LA 4ONYA 1NUWA 3NOHA 2DVZA 1M5BA 1KA1A 4RA1A 4XKRA 2DE2A 3ILTB 4AB6A 2RC7A 3LSWA 2R71A 2F5XA 2PFYA 5J1DA 4C1UA 4YMBA 4JWYA 3LUYA 5JTYA 3FXRA 4X1BA 4YB6A 3KC1A 4YKIA 3V89B 3HCQA 3KJ7A 4PE3A 1MH3A 1ZMGA 1EZOA 2REJA 5EQ7A 4BLAA 4OETA 2Z8FA 4GQOA 3KN3A 3SEYA 1XVYA 4F19A 1I6QA 2UXAA 1PB9A 4U1ZA 1VDWA 4R2FA 4ZE8A 3EQ1A 3DELB 1IZ1A 1S7YA 4P0GA 1BTJA 1LAGE 4ZEKA 3TELA 3EKIA 4OEVA 4ZZAA 5I57A 3RGYA 4RK2A 3MW0A 4KFQA 2F6GA 1MXYA 4UA8A 4NF0A 1PB7A 4YZZA 4H6DA 5CM6A 4Q30B 1B1XA 4H5FA 2WOKA 1MXVA 3KSJA 2BJIA 4MFIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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