4XKNA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and l-histidine)
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
total genus 164
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xknA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xknA01
3C4MA 3H03A 1CB6A 3MW0A 1MXYA 3T96B 3B6QA 4GF8A 3K1PA 3PUXE 5CMMA 3IOUA 4DXUA 1JEVA 3FGSA 3CFLA 1TXFA 2ONSA 2ZNUA 4F3GA 4JB7A 1MY3A 2Y7PA 5DVFA 1PDAA 4GLIA 1XS5A 2F6GA 2E1SA 4F29A 1Y1MA 1YTVA 3EPEA 3Q25A 4KD5A 3EN3A 2F35A 3V83A 1T0KA 2OLBA 1IXHA 5BUUA 3VVFA 3W9WA 1R6ZA 1HSLA 3N26A 1SW2A 5F7VA 1OQGA 2UVJA 2I49A 4NF4B 2XXWA 2UYEA 2ZNTA 1MXXA 1M5BA 2Y7KA 3OSQA 1USYH 4FIMA 1SW4A 4NF8B 4I8CA 2VGQA 5CC2A 3G3FA 4PP0A 1NMUA 3CVGA 3IB0A 2O51A 2XXTA 1DSNA 3K01A 3SEUA 1FW0A 5CMBA 2F8DA 3VE1B 1P1OA 2I48A 1FCKA 3E9XA 3I6VA 4NEDA 3PPNA 1Y9UA 2I4CA 4NF8A 1QUJA 1ANFA 4KPTA 1JEUA 5L8DA 4THIA 4DIGA 2X7QA 1A99A 2ZYOA 3PD9A 3C32A 1LCTA 1QKAA 4OTEA 1Z7ME 4YICA 5I2NB 1D3KA 3EQ1A 1USYE 2I6EA 2D3IA 3QXMA 4ZEKA 1GTKA 3ONMA 4X48A 3WAFA 2O1LA 1A7LA 3TTMA 3TZAA 4EDPA 2REGA 2HXWA 1SI0A 4NMYA 4R6KA 2DVCA 4PFTA 4DCXA 1GGGA 1B5IA 4QFLA 2DWJA 2H98A 2O7IA 3BKIB 1UIUA 4F3PA 5AA2A 1BP5A 2DYXA 5CMCA 1PBQA 3TMGA 4N13A 1B32A 3Q29A 3N6UA 5DVJA 3RGYA 3GBBA 1R9LA 3TAJA 4M4GA 4YKJA 4NWDA 5HPQA 1SW1A 2Q88A 2THIA 4U2RA 2HAUA 4AB5A 1VFDA 4E0WA 5J1DA 1QKBA 4H6DA 2OZZA 4BDRA 3PAMA 2XXHA 1Y4TA 5DTBA 3MPKA 2F7AA 5L9SA 4G68C 1DOTA 1B05A 2O7UA 5I56B 4HTGA 1MH4A 4OZ9A 1JNFA 1ZIUA 4U1ZA 3JYRA 2A5TB 3OO9A 4DXCA 4GOTA 1FQBA 4DLDA 4OXVA 2XXPA 3K6WA 1B1XA 3PPPA 1HSEA 1JW4A 2DOJA 3H06B 3MPLA 4JWXA 4C0RA 3S9EA 4U23A 4YB6A 3MWBA 3CSBA 3CG1A 2E0SA 2Z22A 4LUBA 1IXGA 4C1TA 3N5LA 3HHFA 3FJ7A 5FTIA 3FXUA 2G93A 3RYAA 2P1SA 2HZKA 2IEEA 2D5WA 4DCYA 1H44A 1WDNA 3H6TA 3RNNA 3T9XB 1D9YA 2ALUA 2R6GE 1EH3A 3PU5A 2QMXA 2V25A 1PB7A 1AIVA 5EHMA 3S9LC 3VVDA 1Z7NE 4F1UA 2O68A 3A3CA 1N7WA 2B4LA 5H8HA 5KDTA 4YMAA 4GD5A 3RY3A 3VVEA 4OFOA 1FTJA 4R9GA 3H7MA 3CI8A 3D4GA 3DLNA 2D21A 3IAZA 1NNKA 3C34A 1TT1A 1KWHA 2PX1A 3UK4A 3W15C 4ONYA 4F22A 5JK4A 4ZDMA 1MXVA 4H5GA 1D4NA 2DWHA 1B51A 2QS1A 2YLNA 3MAMA 1O7TA 3RN8A 2ZMBA 3LSFB 1MDP1 1JVXA 1B7HA 5CBRA 3G7WA 3OOAA 3K4UA 3K6VA 3O2AA 2O1MA 5I2KB 3PD8A 4FATA 3K2DA 4KR5A 3MVWA 1Y1ZA 2XHDA 5ELVA 4P11A 5I58B 4ZEDA 4U22A 3IX1A 5CRYA 1II5A 5ITPA 4I1DA 2QS2A 1N3XA 2XD3A 2HEUA 3MVXA 4PETA 3VLWA 3UIFA 4OHNA 4RYAA 1LFGA 2VOZA 2FNCA 1MQHA 3TTKA 4TOZA 5I2KA 3K00A 1Q1KA 4LP2B 2Q89A 3DP4A 1EZPA 4H0WA 3IOWA 1ZMGA 5LOMA 3CIJA 3DRHA 1BIYA 4H65A 1FTMA 1NNFA 1TFAA 2Y7WA 5L9OA 4FEDA 4GL0A 2V3TA 5ITOA 1QJMA 3Q27A 4OFJA 2H5YA 3C36A 5DEXB 2IA4A 2Q9TA 2PVUA 5ICQA 3VLUA 3ECRA 3V89B 3SETA 3E4RA 4Q5TA 1UTHB 4G77A 1MY2A 5DYHA 1H45A 3TYHA 3LVUA 5KZTA 3BBRA 4YKKA 2B3FA 4ELPA 3M8UA 3VDFA 3IOTA 2V84A 3O66A 4MLVA 4BDMA 2VP1A 1N0TA 4BDNA 5A5XB 3KSXA 3T93B 4KYSA 4IO4A 1MXUA 3HHGA 3DRJA 4PE5B 3UORA 1A54A 3ZSFA 4LZ8A 3LSXA 4PFUA 4WXJA 3T9UA 3LSWA 3CFXA 1NH8A 4KCCA 3RT8A 2AIXA 3OO8A 5CMKA 4QRZA 4X1BA 1EU8A 2Z8EA 2AL4A 1B52A 3BFUA 1GR2A 1IXIA 3SESA 2WKYA 3SEWA 1M5DA 2R9JA 3CR9A 5A5XA 1DPPA 1BLFA 1US5A 4KQPA 3TODA 1B2HA 1RYXA 1LSTA 1Y4CA 4U4SA 1IEJA 5H8QB 4C1UA 3SEXA 3RPWA 1IITA 4JXIA 4EQBA 2Z8FA 1OLAA 4EXKA 5TPAA 3VFJA 5JTYB 3JZJA 4PFYA 1H43A 1S50A 4E0XA 4P0IA 5AA4B 4RNSA 2XXXA 4GRKA 3K1MA 4GXAA 4IO3A 5H8FA 1B7ZA 2H25A 1IIWA 3VLVA 3HV1A 3K1NA 2RC7A 3IK6B 1JETA 2ZYNA 2DXRA 1S7YA 4ESWA 4ZEBA 5CBSA 4OWDA 3EF7A 2QJEA 2FYIA 4GXSB 3G3IA 2HZLA 1R9QA 2DP8A 2UVHA 4U4XA 3CSGA 3PPRA 2OBGA 4F39A 3FD3A 2UXAA 2NWJA 3G3KA 4OEUA 1MPBA 1OVBA 2DE4A 2F6PA 1FTKA 2I58A 2I0CA 1Q35A 1GVCA 2KLFA 1YAEA 4F31B 3TEPA 1MXZA 1OLCA 2R71A 4YU0A 4G2ZA 4HCWA 4NF4A 2RCBA 5ISUA 3FXQA 3GXAA 2QPQA 1DTGA 2O84X 3FIRA 5AA2D 3B6WA 4R75A 4LZ7A 4WEPA 1JW1A 1O63A 1CE2A 1B3LA 3V5AA 4O3BA 3T66A 4GFRA 1XOCA 2P2AA 4RY1A 5KCJB 3O28A 4QFPA 4N6PA 3FASA 5H8NB 4R73A 4IO2A 3OSRA 1B0HA 4JBZA 4QFOA 4K3FA 3FUZA 4YKIA 3CHGA 5EHSA 5HBCA 3MP8A 4F3SA 4G8MA 2DQVA 4QSEA 4RJZA 1J1NA 1OMPA 2GHAA 4YAHX 4IO5A 1RYOA 1POY1 1SI1A 1B9JA 4DXBA 5I2NA 3IOVA 2Q2AA 3TUSA 4ECFA 4YZZA 3KZGA 1SDXA 2WOKA 4I62A 1ZKBA 3ILUB 3GBAA 1MDQA 4LATA 4FJPA 2QS4A 1I69A 5I57B 3GZGA 4QFNA 1LCFA 5IKBA 2DSFA 1YPNA 4JDFA 1JQFA 1PEBA 3MP6A 1A8EA 3S2VA 1ZJLA 1ZLQA 2OJTA 2NXOA 3TCHA 3O29A 4AB6A 4FEBA 3KOSA 3L6GA 4LONB 1NL5A 3E13X 3G3HA 3CRBA 3O6PA 2REJA 4YKPA 2F7BA 4R9FA 3OO6A 3HCQA 4L17A 3TCGA 1PB8A 3P7IA 3THIA 5K2XA 4ZE9A 1LAFE 3TTRA 3L6HA 1US4A 5TU0A 4KCDA 4KI0E 5B70A 5FHMA 1DPEA 2I3VA 2RCAA 3T9HB 1ZBMA 4HCYA 2XD2A 5I56A 3QYTA 2A5TA 4R74A 1IXCA 1NNPA 3QUFA 4OFLA 3DRFA 4LZ5A 4JSOA 3DP8A 5EYFA 1LAGE 4H5FA 4M1VA 1P1QA 5CI5A 4HW8A 1I6AA 4KYDA 2F5XA 2P0SA 2I3WA 4JWYA 1N84A 3PGFA 2Y7RA 4OESA 1ATGA 2ZYMA 3IB2A 1AH5A 4EXLA 4UACA 1M5CA 3H4ZA 4MLQA 3SEVA 3IJXB 4ZEIA 1DTZA 3TQWA 1URSA 3R6UA 1SD3A 2GH9A 3M3KA 2M8CA 2H9BA 1FQDA 3TPAA 2LAOA 4LA9A 3KG2A 2F36A 1OVTA 3UA8A 2RKMA 3TTNA 3ZS6A 3OD7A 1NFTA 3MZ1A 3DP6A 4F2QA 4DDDA 4MH5A 3CG3A 1S9TA 3FATA 1M5FA 1BTJA 1MY4A 4HS7A 4RK2A 3FV1A 1M5EA 2RF1A 4QFKA 4POXA 4G8NA 4LQ5A 3UP9A 2RC9A 3TQLA 1PC3A 2DWIA 3SDFA 4YB5A 1R1NA 5FTHA 1EZ9A 2ONKE 1FQAA 4G68B 5I58A 5F1QA 3KGCA 4NE4A 1UQWA 1QULA 2XXUA 3S9MC 4XKNA 4BLAA 1Y3PA 1B40A 3Q28A 2F78A 3EHUA 3R26A 1B3EA 3A09A 4JWOA 1MY1A 2RINA 4GIZA 2UVGA 4Z7EA 1VR5A 4TQUQ 2WOPA 2CZLA 3ILTB 3MBPA 1A40A 3MP1A 4O3CA 3I3VA 5TP9B 4JSDA 3S4UA 3Q26A 4IO6A 3RQTA 3LBSA 3I5OA 1B0LA 4OERA 1NH7A 2O6AA 3CFZA 3LUYA 1B46A 3T22A 2I0BA 3H6UA 3SERA 1P1NA 5AE4A 3TCFA 1B3FA 2DXYA 1N3WA 3U94A 5DEXA 1N7XA 2VHAA 4F3BA 1FTOA 3KN3A 3PUZE 3O6HA 2YJPA 3FVOA 4GVOA 1UTHA 2QRYA 3HPIA 2O69A 4GWOA 3RTWB 3H6VA 4NF5B 3RTFB 1IUDA 3IORA 4QF9A 3K0VA 3QUJA 4H67A 1QW0A 4R2FA 2GHBA 5B7DA 1GV8A 3HO7A 4DE8A 1PBPA 3LC8A 4ISUA 4NWCA 1XVYA 2Y84A 3OEKA 2Q2CA 3U8QA 3JV9A 4N07A 3UGWA 2DE3A 1P99A 4LVQA 2HCAA 2V3UA 1MM7A 3U92A 1UTBB 4QSCA 1MM6A 1QUKA 5H8QA 3ODBA 4F1VA 3O9PA 1PB9A 3MUQA 3K6UA 4IB2A 5JTYA 1MH3A 4R6HA 2OWTA 1URDA 2ABHA 2DS9A 3B6TA 5AA4A 4BDOA 3SKPA 2B3BA 5DT6A 1MQIA 2XX9A 4Q8RA 2ANJA 3G3GA 4X1DA 1OIBA 2UYFA 1UTBA 3OEMA 3W9VA 1B6HA 1TWYA 2ZYKA 3USDA 4UA8A 2Q8JA 3DRIA 4XTCQ 2Z8DA 4EQ9A 3ZKKA 5BWJA 1LFHA 3ZKLA 3VXCA 3PPQA 5K2YA 1N04A 2V93A 4MFIA 3FVNA 2A5SA 3KSJA 1Y20A 1LBBA 3KJTA 3RUMA 4YMBA 4ELRA 3SEYA 1LAHE 5H8SA 2HQ0A 1O64A 1MXWA 2H99A 1L5TA 1ZTYA 3B7DA 1SVXB 2ESNA 4R2BA 1JVYA 3FZVA 4OETA 2OK2A 3PMVA 1AOVA 2DE2A 4ZECA 1HSJA 3TKDA 1URGA 2X26A 5CM6A 1B3GA 3VV5A 3TTLA 3G3JA 3F11A 5AA2B 1AL3A 1BKAA 4O3AA 1UIVA 4ZE8A 3TFLA 4GQOA 2VD3A 3C35A 1XHYA 5L9MA 2X7PA 3OMBA 4OEVA 2PBWA 4POWA 5IAIA 5M2VA 1B7UA 2GFEA 2B65A 5FHNA 5KCJA 4OQOA 2Z23A 1H76A 5H8NA 1POTA 3T9VA 2NVUB 4GL8A 1MPCA 2PYYA 1F9BA 2AYSA 3M3LA 4EF1A 4RXLA 4YB7A 1XVXA 4H8JA 4MF3A 3MVYA 1ELJA 3K6XA 3MC2A 4OENA 2I4BA 4IO7A 3OENA 3MVZA 1YCJA 4KFQA 4H8IA 3MZBA 2OWSA 4XIGQ 4FECA 4TLMB 3K02A 1FQEA 3MJNA 5I57A 4F2OA 1B5JA 2PMSA 3FVGA 3BFTA 3O97A 3TDJA 3N6TA 1A8FA 3HSTA 1SYHA 3FTOA 3DRKA 2BJJX 4R6YA 3RYBA 4OVJA 4KYEA 3H6WA 2WOLA 3PUWE 3AXFA 1NNTA 3OXNA 1LBCA 1MQGA 1P1WA 2VD2A 3OO7A 2QS3A 3M3FA 4LQ2A 4XXUA 4RA1A 2NUVA 4TLLB 3DM0A 2W7YA 4XKQA 3KJ7A 3KOTA 1I6BA 2RC8A 4WKMA 3QK6A 1B3HA 1P1UA 4F19A 1WVJA 3PMWA 4IGTA 5HM4B 3O6GA 5H8HB 1FTLA 4Q0CA 5KDTB 1B4ZA 4IY6A 3IJOB 4PQJA 3QSLA 4X9TA 1RKMA 4ZEFA 4F1YA 3C9HA 5I84A 2F7CA 1XT8A 2ZXTA 1A55A 4U1OA 4IGRA 1AMFA 4IY5A 4RPNA 2DWAA 3KFMA 3D4CA 1H3DA 3U93A 4BDLA 4RPOA 3MQ9A 2QL3A 3DRGA 3MZ9A 1SYIA 3FXRA 2HAVA 1MQDA 3KEIA 1XC1A 4Q30B 3V8XB 1N76A 4FAJA 3FJGA 1EZOA 1QUIA 1MQJA 4ELOA 3KN7A 1LB9A 1B58A 1LGBC 1IZ1A 1TFDA 5I59B 4ND9A 2OCUA 3PV0E 1B5HA 1SQYA 4NF6B 4QSDA 3RT6B 3R7XA 1D9VA 4F18A 2XX7A 1Y3QA 3A3UA 3LSLA 2ONRA 2PT2A 1QVSA 2Y7IA 4P0GA 3O6IA 3TELA 3FJMA 5AA3A 5AA1A 3LR1A 2XXIA 2GRVA 1FQCA 4FE8A 5I59A 1MY0A 2XXYA 4EF2A 2FA7A 2B4MA 4NF6A 2NOOA 1NKXA 2HFBA 3PPOA 1LFIA 4QHQA 4ELQA 3IR1A 1LLSA 1VSOA 3S9NC 5ICTA 3DELB 1SW5A 4ESXA 3RLFE 1B4HA 4I9DA 1IQ7A 3PUVE 2XXQA 1DMBA 4G8HA 1MG1A 4ZZAA 4DZ1A 4NTLA 3WAEA 1VFEA 2ZNSA 3QIMA 3EHSA 4WEDA 2QMWA 2DVZA 4MBPA 3UN6A 1Y3NA 3FVKA 4RK9A 4G68A 3C33A 3U1OA 3EHTA 1SBPA 4U21A 3IO4A 1I6QA 3FV2A 4KHZE 3PMXA 1MPDA 3H3GA 3N94A 5JEIA 4R72A 2CMOA 5FHOA 3PUYE 4ZZEA 3HN0A 3OELA 1MS7A 3IO6A 3C31A 4Z0IA 4EQ7A 2F34A 4OYVA 5TP9A 1ZU0A 2YPNA 2H4IA 1JW5A 2XXVA 3GLBA 4G4PA 2XXRA 4EUOA 3U72A 2UVIA 4AQ4A 3VXBA 1VE4A 3QAXA 4OMBA 1LB8A 4ZS9A 2PT1A 4XKPA 3KBRA 1WODA 2F97A 5DVIA 2XX8A 3E3KA 1MRPA 5TPAB 3KN8A 4BDQA 4FORA 2AL5A 4H1XA 1FQFA 2QSXA 2G29A 2V3QA 4XKRA 1B1HA 3IB1A 4NF5A 1OQHA 1LAXA 5H8FB 3IL1B 4PFWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C4MA 3H03A 1CB6A 3MW0A 1MXYA 3T96B 5IZ3B 3B6QA 4GF8A 3K1PA 3PUXE 5CMMA 3IOUA 4PAFA 4DXUA 1JEVA 5IZ1A 3FGSA 3CFLA 1TXFA 2ONSA 2ZNUA 1RDYA 4XF5A 4F3GA 4JB7A 1MY3A 2Y7PA 5DVFA 4NHBA 1PDAA 4GLIA 1XS5A 2F6GA 2E1SA 4F29A 1Y1MA 1YTVA 4G61A 3EPEA 3Q25A 5ET5A 4KD5A 3EN3A 2F35A 3V83A 1T0KA 2OLBA 1IXHA 4GWSA 3VVFA 5BUUA 3W9WA 1R6ZA 3KC1A 1HSLA 3N26A 1SW2A 5F7VA 1OQGA 4H45A 2UVJA 2I49A 4NF4B 2XXWA 2UYEA 2ZNTA 4MHFA 1MXXA 2WBBA 1DBZA 1M5BA 2Y7KA 3OSQA 1USYH 4FIMA 1SW4A 4NF8B 2HXRA 4MJOA 4I8CA 2VGQA 5CC2A 3IFCA 3G3FA 2FVZA 4PP0A 1D9QA 1NMUA 2QVRA 3CVGA 3IB0A 3EKIA 2O51A 2XXTA 1NUYA 1DSNA 4OVTA 3K01A 4HE1A 3SEUA 1FW0A 5CMBA 2F8DA 3VE1B 1P1OA 2I48A 2HHMA 2JJKA 1FCKA 2P3NA 3E9XA 3I6VA 4NEDA 3PPNA 5LDZA 1Y9UA 2I4CA 4NF8A 1QUJA 1ANFA 4I3YA 4KPTA 1JEUA 5L8DA 4THIA 4PFRA 2Y5KA 4DIGA 2X7QA 1A99A 2ZYOA 3PD9A 3C32A 1LCTA 1QKAA 1NV7A 4OTEA 1Z7ME 4YICA 5I2NB 1D3KA 1FPIA 3EQ1A 1USYE 2I6EA 1LBVA 2D3IA 3B8BA 3QXMA 3FBPA 4ZEKA 1GTKA 3ONMA 4X48A 3T0JA 3RPLA 3WAFA 1K9YA 1A7LA 2O1LA 3TTMA 3TZAA 4EDPA 2REGA 2HXWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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