4XKNA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and l-histidine)
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
total genus 164
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xknA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xknA01
4IO5A 3CG3A 4EF2A 1MM6A 2F6PA 1D3KA 2RCBA 3PUZE 1IUDA 5DYHA 1FCKA 2AIXA 4DIGA 1B51A 2DVCA 3C36A 4LQ5A 1Y3QA 2ESNA 3MPKA 1EU8A 4JBZA 4RJZA 1S7YA 2YPNA 4KYEA 1BKAA 1VR5A 4GVOA 2XXYA 4DXCA 5K2YA 4O3CA 3DP8A 4F18A 2D5WA 4X1BA 1JW5A 2F36A 3SERA 4ZEBA 4R73A 2Y7PA 1N7WA 1N7XA 3TCHA 1TXFA 1L5TA 5HM4B 3QXMA 3H4ZA 4LUBA 4KYSA 4F29A 2VHAA 5DT6A 4QFLA 3RYBA 1B6HA 3DP4A 3RTWB 3KSXA 2O69A 3CFXA 3WAFA 1B7UA 1Y20A 2AL4A 3MPLA 3PMXA 1B9JA 4G77A 5TP9A 3OXNA 3O6PA 1Q35A 2DOJA 4YU0A 1DSNA 1LB9A 1MXVA 1IZ1A 3H6WA 3U72A 5TP9B 2O51A 1DPEA 2QMXA 4HTGA 1B3GA 3IR1A 3TQWA 4N13A 4NTLA 4ZZAA 3O9PA 3U93A 2DE3A 3OENA 2Y7KA 2DXRA 3DRIA 3CSBA 4EQBA 4C1UA 1JQFA 4IO3A 1N0TA 3VFJA 3MZ1A 2Y7IA 1Y3NA 1XT8A 1MY4A 3RGYA 3EHUA 3K1MA 2R71A 3FIRA 2ONKE 3H3GA 3RQTA 3ECRA 3T9UA 3VVEA 2DQVA 2RKMA 4X48A 2V3TA 4PFYA 3I5OA 1P1QA 3ZS6A 3SKPA 3PPPA 4FEDA 1D4NA 4IO2A 3OELA 1LB8A 3K00A 4WKMA 4F1VA 1KWHA 1QUIA 2D3IA 4ISUA 4L17A 2OJTA 1SW4A 1ZKBA 4TLMB 3K1NA 5JK4A 3Q26A 5EYFA 1S9TA 4C1TA 2B4MA 3KFMA 4AB6A 2VD2A 4YAHX 4NEDA 3N26A 1UTHA 1A40A 3PPOA 2QS1A 3R26A 1H43A 1EZOA 4LQ2A 1UTHB 4GL0A 3I3VA 1B7ZA 4LP2B 4JWXA 4IY5A 3S9LC 2I3WA 4JB7A 4OFLA 1OMPA 3PD8A 4F31B 3EHSA 3CFZA 2HZLA 3W9WA 2P2AA 4DLDA 1Y4TA 3EQ1A 1IIWA 1GR2A 1B52A 1ATGA 4BDOA 1M5EA 2ZYNA 1QVSA 5EHMA 5AA2A 1FTMA 4OEVA 3USDA 3TMGA 3F11A 3M8UA 1ZJLA 4WEPA 5AA2B 3UGWA 4XKPA 2F35A 1B46A 4OETA 1B3HA 4QFPA 4AB5A 1AMFA 3DRKA 4P0IA 1NNKA 4NWCA 1Z7NE 5JTYA 3IOUA 4U23A 3OO6A 3T22A 5JTYB 3E9XA 2Z22A 3S9MC 4M1VA 2F5XA 2O84X 4FECA 5TPAA 1B0HA 1EH3A 3FXUA 4KCCA 1MPCA 3BFTA 2H25A 2DSFA 4R9GA 4FEBA 5TPAB 1AOVA 3TODA 5CMCA 5I2NA 1ZLQA 3SEYA 5L9MA 3L6GA 1UIUA 1GVCA 5I2NB 2ALUA 4QSEA 3THIA 3R6UA 3IK6B 1SDXA 1P1NA 3FZVA 3O97A 1SQYA 3IAZA 5HPQA 4ZS9A 2NXOA 5I59A 4U1ZA 3S9EA 5I59B 2PT1A 3H6UA 1NNPA 3FXQA 4ZEIA 1NNTA 1IITA 2HQ0A 4ND9A 1SYHA 3E4RA 1MY3A 4BDMA 4IO7A 1SI0A 4KYDA 4R2BA 1WODA 1WDNA 3QUJA 1MQIA 3M3LA 3DRFA 1YPNA 5IKBA 3G3GA 2ONSA 1VE4A 2XX7A 3PPRA 4F1UA 1SD3A 4ONYA 3MWBA 4XIGQ 3T9HB 1FQEA 1BIYA 1JETA 2HAUA 3O66A 4EF1A 3K01A 2CZLA 4U22A 4R6KA 1DPPA 4NMYA 4FORA 5DTBA 2XX8A 4UACA 2X26A 2R9JA 2XXRA 3RYAA 3G3JA 1RKMA 1UQWA 2O1LA 4XKRA 1BTJA 4OZ9A 1BP5A 1IXHA 1IXCA 2Q89A 3SEWA 1B4HA 1B1HA 1YAEA 1UIVA 3UK4A 4FAJA 3C4MA 4JSOA 3PPQA 3QYTA 4G4PA 1FTLA 1URSA 3FVGA 2XXIA 3GBAA 2NVUB 1DTGA 3VE1B 1MQDA 4Q8RA 2I3VA 3LR1A 1FTKA 2XD3A 4G8MA 4IB2A 3EF7A 3CFLA 5AE4A 5I57A 3OO8A 3EN3A 3MP6A 5FHNA 2ANJA 3LBSA 3VVFA 3CRBA 3EHTA 1XVYA 1NNFA 5I57B 2E0SA 4F2QA 3WAEA 3MZ9A 3CI8A 2F8DA 3LC8A 4G8HA 3K0VA 4JXIA 4BDRA 2ZYOA 4JSDA 3PGFA 4QF9A 1XC1A 5I56A 2I0BA 5DVFA 2VOZA 4KI0E 5I56B 4RK9A 1LAGE 4RY1A 4H8IA 4PFTA 5EHSA 3CHGA 2RF1A 4EXLA 1OLCA 2XXTA 4DCXA 4ZE9A 1SW2A 3MVWA 3ZSFA 3VLWA 3Q29A 1HSJA 2UVGA 4THIA 2ABHA 2PYYA 2ZYKA 3TQLA 5KZTA 3Q25A 5FTHA 2QMWA 5CMBA 3TTKA 5CMMA 3HCQA 1A55A 1MQGA 4R74A 1B4ZA 1OVBA 2XX9A 1A8FA 4OENA 2WKYA 3LSFB 1N04A 3RNNA 3OSQA 4ECFA 2M8CA 4HCWA 3OD7A 4KD5A 2Q2AA 5ITPA 1B0LA 3IOVA 5ICTA 1XOCA 2F78A 5I58A 5FHOA 4Z7EA 1MRPA 1B5JA 4ESXA 1LLSA 5I58B 2RC8A 2AYSA 4G8NA 3L6HA 1PBPA 2I58A 3OOAA 4QFOA 2Y7RA 4N07A 2PBWA 1YTVA 2R6GE 4YMBA 3EPEA 3IX1A 5ICQA 3DELB 1F9BA 5I84A 2I0CA 2D21A 1S50A 2OCUA 2DVZA 4RXLA 3PU5A 5AA2D 1Y3PA 4NWDA 3DLNA 3B6TA 4ELQA 1NL5A 2X7QA 4XKQA 2XHDA 3RTFB 3RN8A 1MH4A 3S2VA 1LFGA 4TOZA 1B5IA 4YMAA 3KG2A 2REJA 5AA1A 1B3LA 4IGTA 3IJXB 3K1PA 2Z8EA 3UP9A 4JDFA 2E1SA 1DMBA 3KSJA 5I2KB 1SVXB 3W9VA 2DXYA 3A3UA 3CVGA 4ELOA 3K6XA 1FQFA 1D9YA 4QSCA 1US5A 4ZEDA 1FQDA 1OQHA 4GIZA 2BJJX 4X9TA 2IA4A 4OTEA 3M3KA 5CRYA 3VV5A 5M2VA 1JEVA 2GHAA 2VP1A 1GTKA 4U4XA 3JV9A 1QKBA 3DM0A 1VFDA 3VDFA 2F6GA 4ZECA 4Q0CA 1NH8A 3CIJA 4P11A 3K6WA 3V5AA 1O63A 1QJMA 4G68A 1HSLA 4Z0IA 1RYOA 5CMKA 1OVTA 1SBPA 1USYH 4E0WA 1JVXA 4G68B 3SETA 1I69A 3KGCA 3ILUB 4IY6A 2W7YA 2ZNUA 2OWSA 3PD9A 3V8XB 4QFNA 1P1UA 3PV0E 2O68A 3T66A 2FA7A 4OFOA 4DZ1A 1Y9UA 4NF8A 5AA3A 1MPBA 3FV2A 4BDNA 3CG1A 4NF8B 3MJNA 3M3FA 2O1MA 4U1OA 3QSLA 3HV1A 4RK2A 2UYFA 4H5FA 3A3CA 2F34A 5A5XB 3BBRA 3HN0A 3IO4A 4F3BA 3K02A 3QK6A 1MQHA 1LBBA 5L8DA 1BLFA 1MH3A 3O6IA 3PMWA 1P99A 4F3GA 1UTBA 4O3BA 4LZ7A 1Q1KA 4PQJA 4TLLB 1UTBB 3MP8A 3SDFA 4RNSA 3O28A 3R7XA 1PB9A 3FJ7A 3ODBA 3G3HA 2F7BA 1QW0A 3G3FA 1MXUA 1JEUA 1HSEA 4DXUA 4ZE8A 2XXWA 4POWA 3H6TA 3V83A 3K4UA 1TFAA 5ELVA 3KOTA 3K6VA 3FVOA 3FVNA 1B3FA 3TTMA 3SEVA 1JNFA 1LAFE 3FATA 1AL3A 4U4SA 3U92A 2G93A 4I9DA 2FYIA 2NOOA 4KQPA 1J1NA 2PVUA 5H8SA 1B3EA 2THIA 4IGRA 3MW0A 4OESA 1A99A 3O6GA 4Q5TA 4QRZA 3VXBA 1ZBMA 2QS4A 4MH5A 2HEUA 1B58A 4H65A 1FQCA 2VGQA 3TEPA 2DE4A 3RT6B 4EQ9A 3H7MA 2YJPA 4Q30B 2IEEA 4LA9A 3SEXA 4KFQA 3S9NC 4G68C 1YCJA 4ELPA 1MDP1 2B65A 4AQ4A 1H3DA 1AIVA 5CBRA 3TUSA 1IEJA 3BKIB 3C35A 1MM7A 4WXJA 3RLFE 3SESA 1CB6A 1R9QA 4YZZA 4QHQA 3TAJA 5L9OA 4F22A 2REGA 1M5DA 3DRHA 4OYVA 2XXQA 4R72A 1D9VA 1B7HA 1Y1ZA 4GXSB 1XVXA 1QUKA 1TT1A 2QRYA 4QSDA 3Q28A 3TYHA 2RINA 4RYAA 2DS9A 2WOPA 2ZNSA 1SW1A 1ZTYA 5F7VA 2XXHA 3V89B 4YKKA 2QSXA 4U2RA 3OO7A 5L9SA 2GH9A 4ELRA 4MBPA 1OQGA 2AL5A 1R9LA 4EQ7A 3H06B 5JEIA 4U21A 4LONB 4LZ8A 4GOTA 1PC3A 4K3FA 3B6WA 4H0WA 5BUUA 3DRGA 3IJOB 2RCAA 3KZGA 1MPDA 3T96B 3PUYE 1B5HA 3QAXA 1US4A 1H45A 4NF4A 2DWIA 4GLIA 3OEMA 4FJPA 4NF4B 3TZAA 3LSLA 4HCYA 3RPWA 3KJTA 2XXVA 3C31A 4LZ5A 1N3XA 4F1YA 3KEIA 5KCJA 4KPTA 3MAMA 4YKJA 4H5GA 3KJ7A 1MQJA 5KCJB 3TPAA 2Q9TA 4OWDA 4R9FA 2B4LA 3UORA 2H98A 1LFHA 2Q2CA 4YB5A 5DVIA 2NUVA 1FTJA 4PE5B 1B40A 4IO4A 4IO6A 1H76A 3TCFA 3H03A 4DCYA 4MLVA 3UIFA 4XKNA 4FATA 1LAXA 2UYEA 4R75A 2Z8DA 3FV1A 3U94A 4UA8A 3E13X 3O29A 1MG1A 2QJEA 2Y84A 3TCGA 4H67A 5CM6A 1EZ9A 4I8CA 2OK2A 2Q88A 4H8JA 3FTOA 1WVJA 3S4UA 3T93B 2A5SA 2OLBA 4HW8A 3GLBA 1IXIA 2QS2A 3P7IA 5H8NA 1POTA 1A7LA 3FD3A 3MVZA 2NWJA 4ZEFA 2Q8JA 4FIMA 4NE4A 3VLUA 5H8NB 3JZJA 1LFIA 4MFIA 4F2OA 2F7CA 1FTOA 1ELJA 3FJMA 2V25A 1MY1A 3TELA 3G3KA 4GRKA 5TU0A 2Z8FA 1B2HA 4R6HA 3HHGA 4MF3A 2WOLA 4NF6A 5DEXA 3PAMA 3N6UA 4NF6B 4DXBA 4WEDA 2DWJA 4YKPA 5DEXB 4ZDMA 1P1OA 4R2FA 5B70A 1EZPA 1MXXA 2GHBA 5FHMA 2VD3A 5I2KA 1GV8A 4FE8A 2ZXTA 3C34A 4EXKA 3A09A 1ZIUA 4JWOA 2LAOA 1VFEA 3FGSA 1I6AA 2V93A 1DTZA 1LCTA 2I48A 5ITOA 3ZKLA 4I1DA 1NH7A 2DE2A 4PFUA 2A5TA 3B6QA 1RYXA 3MZBA 4QFKA 4ESWA 1GGGA 3AXFA 2P1SA 1N76A 2A5TB 2CMOA 3GBBA 4GQOA 4OQOA 3E3KA 3PUVE 3RUMA 1LBCA 4ZZEA 3G7WA 2OBGA 2V3UA 4R6YA 4EUOA 1LSTA 1MXWA 3W15C 4F19A 4POXA 3TTRA 4BLAA 4F3SA 3OO9A 1I6QA 1FQAA 4RPNA 1B1XA 3G3IA 4GD5A 1FW0A 3UN6A 2OWTA 5CC2A 2O7UA 3IB1A 4RA1A 3N94A 3BFUA 3D4CA 4YICA 3KOSA 2G29A 3Q27A 1T0KA 2I4CA 3MBPA 3RY3A 3N6TA 3CSGA 2O7IA 5KDTA 1XS5A 3PUXE 3PUWE 2HAVA 3JYRA 5KDTB 5A5XA 1ANFA 2RC7A 3MP1A 4XTCQ 4M4GA 2V84A 3IORA 5H8HA 3LSWA 5ISUA 2H99A 1ZMGA 5H8HB 2I4BA 3FXRA 4KR5A 3KN3A 2H4IA 2WOKA 2H5YA 1M5FA 2ZMBA 1JW1A 5IAIA 4KHZE 3C33A 4GFRA 2HZKA 3FJGA 3VVDA 1II5A 2PT2A 3OMBA 1USYE 4PP0A 3TKDA 3IL1B 2F7AA 2I49A 4JWYA 1N84A 1JVYA 3VLVA 2XD2A 3IOTA 4YB7A 3TDJA 3B7DA 3PPNA 5CBSA 4OERA 5H8FA 1O7TA 1URGA 1Y1MA 1NMUA 2H9BA 3O6HA 4MLQA 5H8FB 2XXXA 5AA4A 3LVUA 5DVJA 4H1XA 3ZKKA 5F1QA 4GWOA 1OLAA 5AA4B 2PMSA 2B3FA 5B7DA 4XXUA 4OVJA 4OFJA 1VSOA 1CE2A 3DRJA 3T9VA 3TTLA 5LOMA 4YKIA 2UVJA 3CR9A 3TFLA 1FQBA 3HPIA 1O64A 3SEUA 3C9HA 1QKAA 1B32A 1NFTA 2GRVA 4F3PA 4BDQA 2GFEA 2P0SA 1SI1A 2O6AA 1PBQA 3HO7A 3PMVA 1PB7A 1IXGA 5BWJA 4PFWA 4HS7A 3C32A 1MS7A 1LGBC 1Z7ME 1QULA 3ONMA 2ZYMA 4DE8A 1P1WA 3K2DA 2FNCA 3IB2A 3MQ9A 2Y7WA 2UVHA 4I62A 1A8EA 1SW5A 1PEBA 1MDQA 3FUZA 3U1OA 3TTNA 5FTIA 4F39A 3OEKA 2RC9A 1I6BA 1MXZA 3IO6A 2QPQA 3LSXA 5K2XA 4GL8A 1DOTA 1URDA 2ONRA 2QL3A 4X1DA 1Y4CA 1H44A 1R1NA 3MUQA 1LCFA 1B05A 1SYIA 3FVKA 2B3BA 2X7PA 2OZZA 4LATA 2QS3A 3FASA 2DWAA 4GXAA 5CI5A 4ZEKA 1XHYA 4OEUA 4GF8A 2DWHA 4DDDA 3UA8A 2YLNA 4H6DA 2HCAA 1M5CA 1ZU0A 3VXCA 4P0GA 4G2ZA 3MC2A 1IQ7A 3QUFA 3I6VA 3K6UA 3QIMA 2ZNTA 2HFBA 4YB6A 4O3AA 4RPOA 1JW4A 1A54A 4OXVA 4PETA 3MVYA 3H6VA 1MY0A 3ILTB 3IOWA 2XXUA 2KLFA 3HSTA 4TQUQ 2DYXA 3OSRA 2UXAA 2DP8A 4NF5A 3U8QA 4C0RA 1POY1 1TFDA 1OIBA 1TWYA 3HHFA 1MY2A 4NF5B 3GZGA 2F97A 4E0XA 4OHNA 1MXYA 3D4GA 4KCDA 1NKXA 3T9XB 3MVXA 3KBRA 3DP6A 4EDPA 4BDLA 3IB0A 3KN7A 2I6EA 1PDAA 1N3WA 3LUYA 1PB8A 2UVIA 3GXAA 1AH5A 4N6PA 3O2AA 2PX1A 5J1DA 2XXPA 5H8QA 2Z23A 2HXWA 4OMBA 3KN8A 5H8QB 3RT8A 4LVQA 1LAHE 1M5BA 2V3QA 5HBCA 3N5LA 1QUJA 1R6ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FBCA 4IO5A 3CG3A 4EF2A 1MM6A 2F6PA 1D3KA 2RCBA 3PUZE 1IUDA 5DYHA 2QFLA 1FCKA 2AIXA 4DIGA 1B51A 3KC1A 2DVCA 3C36A 4LQ5A 1Y3QA 1XI6A 2ESNA 3MPKA 1EU8A 3RYDA 4JBZA 4RJZA 1S7YA 2YPNA 4KYEA 1BKAA 1VR5A 4GVOA 2XXYA 4DXCA 5K2YA 4O3CA 3FBPA 3DP8A 1KA0A 3IFAA 4F18A 2KQZA 2D5WA 4X1BA 1JW5A 2F36A 3SERA 4ZEBA 4R73A 2Y7PA 3SZPA 1N7WA 1N7XA 3TCHA 1QGXA 1TXFA 1L5TA 5HM4B 3QXMA 3H4ZA 4HE2A 4LUBA 4JVCA 4KYSA 4F29A 4MJOA 2VHAA 5DT6A 2QVRA 4QFLA 3RYBA 1B6HA 3DP4A 3RTWB 3KSXA 2O69A 3CFXA 3WAFA 1B7UA 1Y20A 2AL4A 3BIGA 3MPLA 3PMXA 1B9JA 1FPLA 4G77A 5TP9A 4H45A 3OXNA 3O6PA 1Q35A 2DOJA 4YU0A 1DSNA 1LB9A 1MXVA 1IZ1A 3H6WA 2VT5A 5TP9B 3U72A 2O51A 1DPEA 2WBBA 2QMXA 4HTGA 1B3GA 3IR1A 3TQWA 3BIHA 4N13A 2CZKA 4NTLA 4ZZAA 3O9PA 3U93A 3KBZA 2DE3A 3OENA 2Y7KA 2DXRA 1D9QA 3DRIA 3CSBA 4EQBA 4C1UA 3U65A 1JQFA 4IO3A 1N0TA 3VFJA 3MZ1A 2Y7IA 3ISPA 1Y3NA 1XT8A 1MY4A 3RGYA 4PF6A 3EHUA 3K1MA 2R71A 3FIRA 2ONKE 3H3GA 3RQTA 3ECRA 3T9UA 3VVEA 4PTKA 2DQVA 2RKMA 4X48A 4NF0A 2V3TA 4PFYA 3I5OA 1P1QA 3ZS6A 3SKPA 3PPPA 4FEDA 4NG7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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