4XKPA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and bhi medium supernatant)
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
total genus 168
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkpA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkpA01
3T66A 4R75A 4LP2B 5TU0A 3IX1A 4AQ4A 1POTA 2XD3A 2P0SA 3K01A 5LOMA 1BP5A 1LB8A 3Q25A 3FV1A 3TTRA 2OCUA 4NWCA 1QVSA 3FZVA 4BDLA 1FW0A 1R9LA 3DP4A 1ANFA 2F6PA 4PE5B 3LSWA 3T93B 4R9FA 4KR5A 5I59B 5L9SA 3KOSA 3RPWA 4XKPA 5IAIA 4C0RA 5JTYA 1JVYA 4BDQA 5L8DA 1OQHA 2OBGA 4PQJA 1UQWA 3IOVA 4DCXA 4RA1A 4BDRA 4YICA 3O6PA 4YZZA 2IA4A 1PBQA 1ZBMA 2DVZA 3LSFB 2NXOA 3A09A 4EUOA 1MXUA 1ZTYA 4MLVA 1BTJA 1LFIA 4F3GA 5HBCA 3QYTA 2QS1A 4X1BA 3IB0A 3O6HA 3SERA 2DOJA 3Q26A 4JSOA 3T9HB 3MC2A 1PB8A 3TQLA 4TOZA 2ANJA 3C34A 2XX9A 4U4XA 4U23A 5BUUA 4DXBA 3OO6A 3TPAA 1FTOA 2ABHA 4GL0A 5I57B 2I4BA 1T0KA 2D5WA 1JQFA 3PUYE 4Q5TA 2HZKA 1IIWA 1MY3A 2DYXA 2PX1A 1H45A 4FORA 4BDOA 2P1SA 1DSNA 2E1SA 3IOTA 3KSJA 3TZAA 4Q0CA 3EHUA 3CFLA 1A40A 3BFUA 2QS2A 4F22A 1B3FA 2Y84A 4ZDMA 4FIMA 2VGQA 4QHQA 4R2FA 1N7WA 2UVJA 3CRBA 1FTKA 4ZEDA 2D3IA 4RPNA 1OVTA 4ELQA 4XKNA 2DWIA 1AMFA 3IO4A 1FQCA 3ONMA 1QKAA 4OEVA 3ZSFA 5DVFA 3TCHA 4OVJA 2QRYA 1LAGE 3S4UA 1M5DA 2DXRA 2V93A 1IXGA 3HSTA 2VHAA 1ZIUA 4KQPA 2HAVA 1H76A 3UGWA 4DDDA 4RYAA 2O1MA 2Y7WA 1QULA 2Q2CA 3H6UA 1NMUA 3TUSA 5J1DA 1N84A 3FXQA 5FHMA 2I6EA 2A5TA 4NMYA 4P0IA 2P2AA 1DPEA 4EF2A 3CR9A 2DE4A 1B52A 4ZEIA 2QL3A 3LR1A 3Q27A 5KCJA 1Q1KA 2ONKE 3SEUA 1WDNA 4F1YA 4HTGA 3KGCA 1Y3NA 5AA2B 5AA2A 2XXWA 1PB7A 1TT1A 3ILUB 3MWBA 3K2DA 5AA3A 4F3BA 1XC1A 3PPQA 4YKJA 3K02A 1HSEA 2GHAA 3BBRA 3HHGA 1ZJLA 4PP0A 2HAUA 3H03A 2THIA 1SD3A 5FTIA 5TPAA 2XXUA 2I48A 3OEMA 4LQ5A 3SEYA 3G3HA 3M3FA 1P1OA 1UIVA 4NF8A 1A54A 2UVIA 4KYEA 3L6HA 3N6UA 4OERA 4NF5B 4NF5A 2KLFA 4GF8A 2DP8A 4QSEA 4F31B 1JW4A 4HS7A 1LLSA 4X9TA 1FCKA 2ZYOA 1H44A 1JVXA 3V8XB 4ZE9A 1B0LA 3IB2A 3OO7A 4I62A 3VDFA 4G68B 2DVCA 1LAFE 4LVQA 4QFPA 1VFDA 4I8CA 1D3KA 2PVUA 3TELA 2Q89A 4FE8A 3N6TA 3KEIA 3GZGA 3MBPA 3LSLA 3FVNA 4MLQA 4RXLA 4X1DA 2H4IA 3D4CA 4M4GA 4KI0E 1B1HA 4H65A 3T9VA 5KDTA 1QUJA 4IO6A 3R26A 4NF6B 2AL4A 3TTKA 1IXHA 2Z23A 3FVOA 5TP9A 3R6UA 5K2YA 3EQ1A 2UVHA 3RGYA 1MQDA 2GHBA 1UTBA 4F1VA 4U4SA 2F78A 1ATGA 3L6GA 3MPLA 4JBZA 1URDA 1B4HA 1IXIA 1MM7A 4F29A 4ZEFA 3QIMA 1SI0A 4FAJA 4R6KA 4F19A 3ZKLA 3S9EA 5I2KB 3TCFA 4FEDA 4KHZE 1USYE 1LBBA 4OETA 5FHOA 2RCAA 2OLBA 3LVUA 1MY0A 4QFNA 1IXCA 2AL5A 4JXIA 4ESXA 2WOLA 2FNCA 5ISUA 3K4UA 2QPQA 1GVCA 2PYYA 3UIFA 4H5GA 1NH7A 2REGA 2HZLA 4ONYA 4FEBA 2DS9A 1B3EA 2OK2A 3C36A 1BLFA 2D21A 1F9BA 2ZNUA 3FJGA 4DXCA 3OEKA 3IO6A 4IO5A 1B7UA 5ITPA 1MM6A 1YPNA 4F18A 3C9HA 4LATA 3CG1A 2A5SA 3IB1A 5ICQA 1R1NA 2R9JA 2O84X 2RF1A 3ECRA 3RTFB 4BDNA 4WEDA 3O66A 1MPBA 3FVGA 3K0VA 4FJPA 4ZE8A 5I56B 3OO9A 4OXVA 1UIUA 3S9LC 3P7IA 1MQJA 5DEXA 3VVFA 5H8FA 3RY3A 4F3SA 4Q30B 2F6GA 3FASA 3G3GA 2ESNA 4NE4A 4O3BA 2HQ0A 4YB7A 1S7YA 3EF7A 3PMWA 4MBPA 1IITA 2Z8DA 3O6GA 3VLUA 3H4ZA 5CI5A 4POXA 1M5BA 2V3TA 1SI1A 1MXWA 3MP8A 1MDP1 3MP1A 5IKBA 1GR2A 4OESA 2H98A 1N04A 4F3PA 4YB6A 1A8EA 1US5A 3HO7A 3DM0A 4H8JA 4KYSA 4LA9A 5JTYB 3H6TA 1NL5A 1SYIA 3ZS6A 4DCYA 3U8QA 5L9MA 3HCQA 3FATA 1OMPA 1XS5A 2IEEA 3Q29A 3C35A 5I2NB 5I2NA 2Y7IA 3CHGA 2I3VA 2O7IA 1Y9UA 3CFZA 3K6UA 3THIA 2F97A 4N6PA 4RK2A 3LSXA 2QSXA 4U2RA 3KG2A 2RCBA 1SBPA 1Q35A 2H9BA 3SEWA 2V25A 2DE3A 4FECA 4I9DA 1ZU0A 1DTZA 1PB9A 3UN6A 3TODA 1URSA 2G29A 4R6YA 2O1LA 1OLCA 3MUQA 1P99A 1HSJA 5H8HA 4EDPA 5CMCA 1MXVA 1N7XA 4IGRA 5M2VA 1EZ9A 2B4LA 1NNPA 3TQWA 3MAMA 4GIZA 2NVUB 3RYAA 3IAZA 2RKMA 3SKPA 1AL3A 4LZ7A 4GQOA 2WKYA 4GXSB 2ZNSA 1ZKBA 3DRJA 3MQ9A 3HPIA 3KBRA 4UA8A 3VXCA 1YTVA 3QUJA 3OELA 2PMSA 4GWOA 2F8DA 4NTLA 4PETA 2NOOA 4IY6A 2XHDA 3DLNA 4G8NA 2Q8JA 4QSCA 3U93A 1FTLA 4JB7A 3TMGA 1GTKA 4QF9A 1S9TA 1MH3A 2O51A 2FYIA 2ONRA 2ZNTA 1A55A 3IORA 3E13X 1B51A 2YJPA 4WXJA 3C32A 2G93A 2ZYKA 4AB6A 3DRKA 3G3KA 3B6TA 5FHNA 3VE1B 3MVWA 2B4MA 4XXUA 2I49A 3LUYA 1N76A 3SEVA 2F7AA 3M8UA 1N0TA 1JW1A 1KWHA 1Y20A 1QUIA 1B0HA 1SVXB 3KN7A 1Z7ME 3FXUA 2DWAA 1ELJA 3O97A 5I84A 4YU0A 5ICTA 3O9PA 2Z22A 3RT6B 2A5TB 3FVKA 2F7CA 1QW0A 1MQGA 1SQYA 3N26A 4G2ZA 3IOWA 5KCJB 3PAMA 1PDAA 1EH3A 4R72A 4YAHX 1USYH 3S9NC 3PPNA 3T22A 2DWHA 3FD3A 1TWYA 4KCDA 4OFLA 1CE2A 4ZS9A 1MPCA 4GRKA 4EXKA 2WOPA 1P1UA 3TDJA 2E0SA 1JETA 1B7ZA 4DLDA 3DRIA 1GGGA 1P1NA 3T9XB 3FIRA 3G3IA 4KCCA 1ZLQA 3N5LA 4GLIA 2F34A 2X26A 4H8IA 3V89B 2WOKA 5TPAB 1LCTA 3O28A 1Y4CA 4QFOA 5EHSA 1JEUA 3LC8A 4LZ5A 1TFAA 1OIBA 1SDXA 4NF8B 4YKKA 5I58A 4OQOA 5AA1A 5K2XA 2B3FA 3U1OA 4K3FA 4HCYA 2Q88A 3FUZA 1B7HA 3G3FA 3HN0A 4PFWA 4R73A 4R6HA 3EHSA 1B58A 2DE2A 2XXTA 4ESWA 1B40A 1B05A 3PU5A 4U21A 1OLAA 2R6GE 4YMAA 3OSRA 4G68C 3GLBA 1VE4A 2R71A 4GD5A 2GFEA 5KDTB 3MZ9A 4WEPA 3KN8A 5CBRA 2LAOA 3JZJA 1QUKA 3HV1A 2XXPA 5TP9B 1LSTA 1AOVA 1UTBB 4DE8A 2RC9A 1MS7A 2XD2A 1MY2A 1RYOA 4F39A 4JWYA 1RKMA 5F1QA 2V3UA 2OWSA 4U1ZA 3DP6A 5H8QA 3M3LA 4YKPA 2X7QA 4LONB 4OTEA 4H67A 2UVGA 4OEUA 5A5XA 3FTOA 4GXAA 3OENA 2VP1A 3SEXA 3D4GA 2I0CA 4Z7EA 4H5FA 1IEJA 1JNFA 4GVOA 2Q2AA 4QRZA 1XVXA 1US4A 4ZZAA 4QFKA 4OFOA 4XIGQ 1SW4A 1NNKA 5CC2A 3C4MA 1Y4TA 1TFDA 3FV2A 1B3HA 2ONSA 3V5AA 2F7BA 3BKIB 3H3GA 3QUFA 1P1QA 4QSDA 3W15C 1IQ7A 5EHMA 3VV5A 2XX7A 2DSFA 2Y7PA 3VFJA 1LCFA 1O7TA 5CRYA 2W7YA 4RPOA 1Y1MA 3W9WA 3DP8A 5EYFA 3K6WA 2V84A 1ZMGA 3O2AA 4FATA 3F11A 1B3LA 4PFUA 4XTCQ 3PPRA 4MH5A 4YMBA 1D4NA 2ALUA 2VOZA 3HHFA 3MZBA 3EN3A 2NWJA 5AA4A 3PPPA 3H7MA 3C33A 3GBAA 3SDFA 3IOUA 2OJTA 2F5XA 1MH4A 4E0WA 1LGBC 4EQ9A 5DEXB 5H8FB 3WAFA 4ECFA 1WVJA 1IUDA 1MY1A 2VD3A 3AXFA 2UYFA 4OHNA 3MW0A 5HM4B 4EF1A 3CVGA 4IB2A 3PD8A 5DVIA 4HW8A 3UA8A 1NFTA 1B46A 3U94A 3E4RA 3MPKA 1NH8A 3R7XA 2O68A 4OWDA 3I3VA 3PUZE 3MVYA 4OMBA 4IO4A 4Z0IA 3K6XA 5KZTA 3H6VA 1URGA 3KJTA 1MXYA 2DQVA 2PBWA 2QMWA 1PEBA 1LFHA 4OZ9A 1IZ1A 3FJ7A 2YPNA 3UK4A 3MVXA 2I4CA 5AE4A 4JWXA 4ISUA 3TAJA 1NKXA 3MVZA 3TYHA 5I59A 3KSXA 3V83A 4QFLA 4C1UA 1Z7NE 2RC7A 4G4PA 2QMXA 4KPTA 5ELVA 4BLAA 2M8CA 1XHYA 1OVBA 3OXNA 3MZ1A 1JEVA 3KJ7A 1FTJA 4LQ2A 3H06B 4H6DA 3CG3A 3RUMA 3BFTA 3CSGA 4THIA 4UACA 3RN8A 3PUWE 3KOTA 2RC8A 1JW5A 1YAEA 5H8HB 1DMBA 3PGFA 3PV0E 2REJA 1EZPA 3VXBA 1POY1 3DRHA 4ZEBA 3OOAA 4C1TA 4WKMA 3G7WA 1H43A 2PT2A 4ZZEA 3EHTA 4MF3A 2ZMBA 2HEUA 4EQBA 2FA7A 3PMVA 3UP9A 1M5EA 1B4ZA 1N3XA 4GL8A 1BIYA 4N07A 4ZEKA 5I57A 3MP6A 2PT1A 1QJMA 1I6BA 3KN3A 2UYEA 4KD5A 2QS4A 2AIXA 2I3WA 3EPEA 2YLNA 2GH9A 4IY5A 3ZKKA 4F2QA 5L9OA 4G8MA 3RNNA 1FTMA 4O3CA 5ITOA 4JDFA 1O63A 2HFBA 1TXFA 4RY1A 4IGTA 3FXRA 3MJNA 4P11A 3PUXE 4X48A 2OWTA 3QK6A 3CSBA 2B65A 3RTWB 1SW1A 3JV9A 1B5HA 3WAEA 4HCWA 3G3JA 3OO8A 5CM6A 3ILTB 2F36A 1FQFA 2O7UA 4KYDA 2CZLA 3RQTA 1B5JA 2RINA 3IR1A 3DELB 5JK4A 4TLLB 2HXWA 1MXZA 5H8SA 5CMMA 1A8FA 3E9XA 1MQIA 3TKDA 1DPPA 3Q28A 1B9JA 3LBSA 2HCAA 3O6IA 2GRVA 3QXMA 1I69A 3TEPA 1L5TA 1FQDA 3E3KA 4MFIA 2Y7RA 1UTHB 1UTHA 4ND9A 1XT8A 4IO3A 3TTNA 2AYSA 4IO7A 2ZXTA 2BJJX 1AH5A 3VLVA 4O3AA 5DVJA 2OZZA 1CB6A 3IJOB 4RK9A 3N94A 1Y3PA 3B6WA 1LBCA 1H3DA 1MDQA 3W9VA 1LFGA 4I1DA 3VVEA 3B7DA 4P0GA 4EXLA 4TQUQ 1XVYA 1S50A 3KZGA 4F2OA 3I6VA 2DWJA 2I58A 2XXXA 1SW5A 3O29A 1M5FA 1B3GA 1MRPA 4ELPA 5DT6A 3U72A 1Y1ZA 4BDMA 3VVDA 4OFJA 2XXIA 4Q8RA 2ZYMA 5I58B 3PD9A 4DXUA 3T96B 1OQGA 3I5OA 2H25A 5JEIA 1Y3QA 3CFXA 2XXHA 2I0BA 4POWA 3T9UA 2ZYNA 1PBPA 3GBBA 3FGSA 1VFEA 2QS3A 3IK6B 1M5CA 2Y7KA 1MY4A 3CI8A 1WODA 2Q9TA 1QKBA 5DTBA 4NWDA 5CBSA 3H6WA 5B70A 2H99A 3ODBA 4DIGA 1FQEA 3SESA 4AB5A 4NF4B 1BKAA 5B7DA 1MG1A 4NF4A 3M3KA 4LZ8A 2XXQA 1MPDA 5AA2D 1EZOA 1A99A 2XXRA 2O69A 4PFTA 3OMBA 4DZ1A 3USDA 4G68A 1YCJA 3RT8A 1NNFA 3RYBA 3UORA 4XKQA 1R9QA 1SW2A 4EQ7A 4M1VA 2F35A 4H1XA 3S2VA 2Z8FA 4IO2A 2B3BA 4OENA 3PMXA 4GOTA 3K1NA 4ELOA 4XKRA 2CMOA 1MXXA 1FQBA 3K00A 1B2HA 1N3WA 3VLWA 4NF6A 3JYRA 5H8QB 3OSQA 2V3QA 3KFMA 3TTMA 1MQHA 4PFYA 3A3UA 1R6ZA 3OD7A 1I6QA 4R74A 5A5XB 5H8NB 5H8NA 4NEDA 4R2BA 1PC3A 1LAXA 4RJZA 3QAXA 3TFLA 3S9MC 3GXAA 2UXAA 4E0XA 1O64A 5F7VA 4U22A 2QJEA 4RNSA 5I2KA 4LUBA 3DRFA 3FJMA 5CMKA 1FQAA 1J1NA 1NNTA 4R9GA 4N13A 5FTHA 2Z8EA 3K1MA 2DXYA 3IL1B 1DTGA 1RYXA 5HPQA 3IJXB 4OYVA 1I6AA 1VSOA 4U1OA 1HSLA 2O6AA 1LB9A 1D9YA 4G77A 3DRGA 1VR5A 1D9VA 4F1UA 4TLMB 5DYHA 3QSLA 1DOTA 3U92A 4L17A 2XX8A 5AA4B 1B6HA 1XOCA 1AIVA 3K6VA 1P1WA 3K1PA 3B6QA 3C31A 4YKIA 2H5YA 3CIJA 4H0WA 3PUVE 1B1XA 2VD2A 4JWOA 4G8HA 1GV8A 1EU8A 4ELRA 3RLFE 2XXYA 5I56A 4JSDA 1LAHE 2NUVA 5BWJA 4KFQA 3PPOA 1SYHA 2XXVA 1A7LA 3A3CA 5CMBA 4YB5A 1B32A 3TTLA 1B5IA 4ZECA 2X7PA 4GFRA 3TCGA 3SETA 1II5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T66A 2Y5LA 4R75A 4LP2B 5TU0A 3IX1A 1FPDA 4AQ4A 1POTA 2XD3A 4N4UA 2P0SA 3K01A 4PGPA 3PTYA 3NOHA 5LOMA 1BP5A 1LB8A 3Q25A 2OWZA 3FV1A 4P47A 3TTRA 2OCUA 4NWCA 5IGAA 1QVSA 3FZVA 4BDLA 1FW0A 1R9LA 3DP4A 1ANFA 2F6PA 4PE5B 3LSWA 3T93B 4P56A 4R9FA 4KR5A 4HE1A 5I59B 5L9SA 3KOSA 3RPWA 4XKPA 5IAIA 4C0RA 5JTYA 1JVYA 4O94A 4BDQA 5L8DA 1OQHA 4MNCA 2OBGA 3ROJA 4PQJA 1UQWA 3IOVA 2JJKA 4DCXA 4RA1A 4BDRA 4YICA 3O6PA 4YZZA 2IA4A 1PBQA 1ZBMA 2DVZA 1NV0A 3LSFB 4DI3D 2NXOA 1FPEA 3A09A 1MXUA 4EUOA 1ZTYA 4MLVA 1G0HA 2DDKA 1BTJA 2XA5A 5IZ1A 4GBVA 1LFIA 4O7MA 4F3GA 5HBCA 3QYTA 1K9YA 2QS1A 4X1BA 3IB0A 3O6HA 4NGUA 3SERA 2DOJA 1EYKA 3Q26A 4JSOA 3T9HB 3MC2A 1PB8A 3TQLA 4TOZA 2ANJA 3C34A 4GX3A 2XX9A 3KBZA 1EYJA 2XWIA 4N8YA 4U4XA 4U23A 4O7IA 2WEFA 5BUUA 4DXBA 3OO6A 3TPAA 1FTOA 5I3SA 1LBXA 2ABHA 1YXIA 4GL0A 5I57B 2I4BA 1T0KA 2D5WA 1JQFA 2ZZWA 3PUYE 4UABA 4Q5TA 2HZKA 1IIWA 1MY3A 2DYXA 4PBQA 2PX1A 1H45A 4FORA 4BDOA 2P1SA 1DSNA 2E1SA 3IOTA 3KSJA 3TZAA 4Q0CA 3EHUA 3CFLA 1A40A 3BFUA 2QS2A 4F22A 4H45A 1B3FA 2Y84A 4ZDMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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