4XKPA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and bhi medium supernatant)
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
total genus 168
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkpA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkpA01
4R9GA 1MDP1 5H8NB 3CFZA 2X7QA 2FYIA 3CVGA 2H5YA 3UK4A 1B52A 3T93B 2DQVA 3BKIB 3LSWA 2HCAA 3MJNA 1MPDA 3FJMA 5ELVA 5H8FB 3IB0A 4P0IA 5AE4A 4IO7A 4FATA 2ANJA 2QS4A 5H8QA 3KOTA 5DT6A 2XXQA 5FTHA 4OETA 1N04A 3UP9A 5HBCA 3RPWA 2Y84A 1IXHA 3ILTB 4HTGA 4KR5A 3Q25A 1EZOA 1MXYA 1N76A 2A5TA 3FXUA 2YPNA 4JXIA 4IGTA 5BWJA 2XX8A 4GIZA 3VVDA 3MQ9A 3IOVA 4RK2A 4UA8A 3Q28A 3TQLA 2OLBA 1Y1ZA 1UTHA 1ZU0A 4ESXA 4ND9A 1YPNA 4G8MA 1B05A 3DELB 4NWCA 3FVNA 1NNTA 4MBPA 3EN3A 3KN3A 3RUMA 1M5CA 5I2NA 1OVBA 2F97A 4RYAA 2RCAA 2DXRA 2YLNA 1US4A 1N3XA 2REJA 2UYEA 1ZJLA 4ZECA 1B1HA 4DLDA 3T22A 4NF4B 4X9TA 4UACA 5H8NA 3M8UA 1UIVA 4QSEA 1TXFA 4QFNA 3USDA 1MY2A 3K01A 1II5A 5B7DA 4FECA 3RT6B 1Y9UA 1I69A 1OIBA 3TYHA 4Q8RA 3UGWA 3U92A 4IY5A 1URSA 1POTA 2XXUA 5ITOA 4MH5A 2D21A 1LLSA 3T66A 2GHAA 3IB2A 2DVZA 4KFQA 3RGYA 3TODA 2DE4A 4LZ5A 4PE5B 4H5FA 3KN8A 2F6PA 2LAOA 3WAEA 4M4GA 4OFJA 3WAFA 5I58B 2Q2AA 3O28A 3TAJA 3MP1A 4KPTA 1B3HA 4AQ4A 1MRPA 4QFKA 4LATA 3IB1A 2OWSA 4RJZA 2O84X 1P1UA 2X7PA 3TTRA 1MXVA 3MZBA 4NF5B 3N5LA 3MVZA 1NH7A 1IZ1A 5I2KB 1M5DA 2PT2A 4QSDA 5B70A 5J1DA 2I48A 2XXPA 4KYSA 2ZYKA 3N6TA 5CMCA 5TP9B 5IKBA 1CB6A 1A99A 2W7YA 1B40A 1JEUA 2OCUA 4ELOA 3RYBA 3S9MC 3TKDA 4BDQA 1QJMA 1B7HA 1M5BA 4Q30B 1M5FA 3D4GA 1YAEA 2F34A 1MXUA 4OVJA 3O2AA 4ELPA 4U4SA 4FAJA 1MH4A 1A8FA 3IJOB 3UORA 2QMWA 1Y3PA 1OMPA 1SVXB 1XHYA 2OWTA 4R73A 3IK6B 3FVKA 4LUBA 1P1OA 2DE2A 2WOLA 4BDNA 4FIMA 3DRKA 1PB8A 4I8CA 2A5SA 5I56B 3IAZA 1IIWA 4ONYA 5DVJA 5I58A 2I4CA 1WODA 5K2YA 3TEPA 4F1UA 4M1VA 3O66A 1FW0A 1FQEA 3S9LC 3I6VA 2V3UA 4NF5A 2M8CA 1D4NA 3OENA 1MY1A 5I2KA 1LB9A 1MM7A 1DPPA 4ZDMA 2PX1A 5KDTB 4O3BA 1JNFA 2Z8FA 1MQDA 5AA3A 2O1LA 4ISUA 1B7UA 1EU8A 4YICA 5TP9A 1AL3A 2Y7RA 2DS9A 3MZ1A 2F36A 2Y7KA 3I5OA 4AB6A 4GOTA 4POXA 1JEVA 1EZPA 3FZVA 4TOZA 3C34A 4IY6A 4ZZEA 2Q9TA 4IO6A 3TUSA 3EHTA 3VV5A 2Z22A 2AL4A 1PBPA 3H3GA 4AB5A 3VXCA 2G93A 4OERA 1MXZA 3QK6A 4QFPA 1B5HA 3K2DA 1CE2A 5I57A 1R1NA 5I56A 5I59B 1DTZA 4HS7A 2VGQA 4F2OA 4NTLA 4HCWA 3TPAA 3N94A 3JZJA 3MW0A 2DWAA 3GBBA 1ZMGA 4R6YA 5FTIA 1PB9A 1B4ZA 4EF1A 3S4UA 4ZEFA 3EF7A 3A3CA 3M3KA 1MQJA 4X1DA 1US5A 2UXAA 2F8DA 1DMBA 2OZZA 4X1BA 4EXLA 2QS3A 3RN8A 2Q2CA 1UTBA 3MBPA 4IO2A 3QUFA 3K6WA 2XXXA 1SW2A 5H8SA 1B46A 2XXWA 3PU5A 3V8XB 2RKMA 5KDTA 1SW5A 1ZBMA 5H8QB 1AH5A 4KCCA 3TMGA 1MG1A 2O69A 2ZYMA 4FJPA 4MF3A 1R9QA 3HHGA 3D4CA 3RLFE 4JWOA 1N0TA 4QHQA 4PFTA 3CG1A 1JETA 3LSLA 3KEIA 4E0XA 4F3GA 1B3FA 3MP8A 3O6GA 4RK9A 3BFTA 1B7ZA 4G8NA 2DWHA 2F5XA 4KYDA 1R6ZA 3H6UA 4F39A 2V93A 4HW8A 2OJTA 1SYIA 4R74A 2DVCA 4RA1A 3KGCA 3CI8A 4EQ9A 1ZTYA 1A54A 5A5XA 4U21A 2H25A 3FXRA 1B9JA 1POY1 2H4IA 2O51A 1QULA 4YMBA 4TLLB 4R2FA 4YB7A 3O6PA 4N07A 2XX9A 3MZ9A 1GTKA 4H6DA 5CC2A 5I2NB 1Q35A 2PVUA 3UIFA 3H03A 1B3EA 3K1MA 1B5IA 4P0GA 4F1VA 3RQTA 5CBRA 4GXAA 4TQUQ 4LVQA 2F7CA 4KQPA 1I6AA 4F31B 4JDFA 3UN6A 3CHGA 4YZZA 2B65A 1OLAA 3O6HA 1YTVA 4DZ1A 4IO3A 3PPNA 3T9XB 3JYRA 1QW0A 4DIGA 2P0SA 2ZNTA 4F3BA 1S50A 1SD3A 2THIA 1IUDA 3TTLA 1B2HA 2RINA 4QRZA 4KCDA 1TFDA 3EPEA 2R6GE 1ZIUA 3SERA 4GXSB 4NMYA 4R6HA 3FIRA 2X26A 3N26A 4DXUA 4R72A 3PUZE 3K00A 1N84A 3FJ7A 1R9LA 1Y4CA 3K6UA 3MP6A 4ECFA 1PEBA 1LB8A 5K2XA 4ZS9A 1EH3A 2AL5A 2VOZA 3Q27A 3OO8A 5FHNA 2ONSA 4DCXA 4F3SA 3OD7A 3IO4A 1Y20A 4PFWA 1OQHA 5EYFA 4R9FA 4THIA 3EHUA 3FJGA 4G2ZA 3FATA 1B0HA 4R6KA 3HCQA 5EHSA 1MY3A 4F1YA 3PUWE 2UVIA 1FCKA 4WEPA 4H5GA 2UYFA 3OELA 1LCFA 2GHBA 3VXBA 4OXVA 1FQDA 1XC1A 3CRBA 3PUYE 1UIUA 3PD9A 4DDDA 1IITA 4NE4A 4PQJA 1RYXA 5HPQA 1HSEA 5DEXA 4F3PA 2E1SA 2GFEA 4Z0IA 4XKPA 5AA1A 1NNKA 4QSCA 2PYYA 2HZLA 2UVHA 4FEDA 2NXOA 3LUYA 4BDRA 3CG3A 4GD5A 4U2RA 3VVEA 5FHMA 3PGFA 3IORA 3EHSA 4IO4A 2QJEA 3ZS6A 2PMSA 4YB6A 3U94A 3BBRA 4F18A 3MVWA 4N13A 2QSXA 5CRYA 4F19A 1MPCA 1H43A 1OQGA 2H98A 2NWJA 4G8HA 4DXBA 1MM6A 4YKKA 2ABHA 4FEBA 1ELJA 2OK2A 1JW1A 3RY3A 4MLVA 1PBQA 5JK4A 4BDMA 2I49A 1NH8A 4HCYA 1QUKA 2O7UA 2BJJX 4QFOA 4Q0CA 2R71A 3SEVA 3PMXA 4OEUA 1MY4A 1BLFA 3RYAA 1NKXA 1EZ9A 4C1UA 3FV2A 3DRFA 2RCBA 2O1MA 4KYEA 2V84A 1LGBC 4GL8A 2AYSA 1B3GA 3C35A 3VLWA 1KWHA 3MUQA 1MPBA 3C33A 3N6UA 3ONMA 1LBCA 3QXMA 4XKRA 3C9HA 3CFXA 4PP0A 2Z8EA 3AXFA 1RKMA 3PAMA 2NUVA 3A3UA 5I57B 2R9JA 3MC2A 3PMVA 5L9MA 3KN7A 1B4HA 2VP1A 5M2VA 3IR1A 3G3GA 4G77A 1SI1A 4PFUA 3QYTA 1VE4A 1FQAA 4GRKA 2VD3A 3RNNA 3H06B 3ILUB 3E9XA 4EQ7A 1UTBB 3S2VA 1BKAA 3QAXA 1AIVA 1B6HA 2ZXTA 2Y7PA 3H7MA 2ZNSA 3U1OA 5DYHA 1SYHA 4KI0E 3TQWA 2Z8DA 3C4MA 4LQ5A 3R6UA 1LAFE 3B6TA 3GLBA 3MPLA 3QUJA 4O3CA 1MY0A 3H4ZA 4ZEBA 2V3QA 2IEEA 2ZYOA 3T9HB 4LQ2A 1UQWA 4DE8A 1URGA 3JV9A 3KJ7A 3IL1B 3B6QA 4O3AA 4NF6A 1LAGE 4WXJA 4NF8A 1Y1MA 5AA4B 2WOPA 3THIA 1PB7A 4F2QA 3IJXB 5HM4B 5A5XB 3K6XA 1LBBA 5ITPA 1F9BA 4YB5A 1NMUA 3ZKKA 4F22A 4G4PA 1M5EA 1QUIA 5KZTA 3TCGA 1H45A 2H9BA 3MPKA 1TWYA 2QS2A 3QIMA 3G3FA 4R2BA 2XXRA 3OEKA 4U1OA 3KJTA 4ELQA 3T9UA 3TZAA 1FTMA 3Q26A 1VFDA 3I3VA 1DSNA 1DPEA 1N3WA 2XXYA 5ISUA 1O63A 4ZEDA 4I9DA 2ONKE 4L17A 4EUOA 1PC3A 3IO6A 3PPPA 3PD8A 1MDQA 5CMBA 3MVYA 3O9PA 1VR5A 5F1QA 3V89B 1XVXA 4MLQA 3OO9A 1FTJA 3SETA 4BDLA 2ZMBA 4OENA 3OOAA 4OMBA 1BTJA 1P1WA 3CSBA 1L5TA 2CZLA 1O7TA 3HHFA 3PPQA 5H8HA 3V83A 4TLMB 2V3TA 3KG2A 3OMBA 3HSTA 4OZ9A 1Y3QA 4OYVA 3FV1A 2XX7A 1QVSA 5AA4A 1IXGA 4BDOA 2P1SA 1B5JA 1FQBA 2DWJA 3B7DA 1B58A 2ONRA 2GH9A 4YMAA 1NNPA 3SEUA 3MVXA 1MQIA 4H1XA 3Q29A 3L6HA 1I6BA 2HAVA 3U93A 2HAUA 5JTYA 4GVOA 1JVXA 1Z7NE 3W9WA 2XD2A 3DP8A 4YKJA 4ZZAA 1LAXA 3UA8A 5AA2D 4ESWA 4RPOA 4GLIA 1A8EA 2PBWA 2FA7A 2REGA 2IA4A 3P7IA 4G68B 4R75A 4XKNA 4DCYA 1XVYA 1QKBA 3GBAA 3MWBA 1FTKA 2F7AA 4LZ8A 4H8IA 3FXQA 1USYH 3VLVA 2O7IA 5DEXB 4IO5A 3T96B 4BLAA 2NOOA 3TTNA 1MQHA 4H67A 4Z7EA 2OBGA 4YKIA 1D9YA 3ECRA 1LAHE 1MS7A 1BIYA 1SQYA 3ZSFA 2VHAA 3KOSA 1FTLA 5AA2A 1SBPA 3H6WA 3K4UA 1QKAA 1MQGA 4P11A 1VSOA 3FUZA 2E0SA 4ZE8A 4N6PA 4X48A 4LONB 4ELRA 3IOUA 1IXIA 3HN0A 3MAMA 1Z7ME 2QPQA 1H76A 3K1PA 4FORA 5I84A 3EQ1A 2RF1A 3KSJA 3RTWB 3SEYA 1IXCA 5JEIA 2NVUB 1ZKBA 2HZKA 1J1NA 5L9OA 5CI5A 3B6WA 3OSRA 4ZEIA 4RXLA 1NL5A 5KCJA 4RNSA 3SDFA 3R7XA 1LFIA 3C36A 2XD3A 4OFOA 3E4RA 1ZLQA 3DRHA 3VE1B 4OEVA 4H8JA 3IOTA 3DM0A 1MXWA 2DYXA 4G68C 4G68A 1A55A 1SDXA 2QL3A 3CIJA 3O29A 4OFLA 4DXCA 2V25A 4LZ7A 3GXAA 1FTOA 2RC8A 1LSTA 5TPAB 3SEXA 1RYOA 4POWA 3LBSA 1NNFA 2P2AA 4XTCQ 5DVIA 4XIGQ 1SI0A 3SKPA 3K0VA 5BUUA 1MH3A 3G3KA 4YAHX 1GVCA 2XXVA 3LSFB 3K6VA 4EDPA 5H8FA 4LP2B 3H6VA 1TFAA 3SESA 1P99A 2ALUA 2ESNA 4U4XA 2WKYA 3T9VA 4FE8A 3M3LA 1IEJA 1USYE 4JSDA 4XKQA 2DOJA 1P1NA 3ODBA 2F6GA 2F7BA 4JWXA 4ZEKA 2I3VA 2DP8A 1URDA 5CMMA 1QUJA 3H6TA 5ICTA 2UVGA 1WDNA 1BP5A 3PPOA 5EHMA 2B3BA 3PMWA 2CMOA 3HV1A 3OO7A 3KBRA 3W15C 3C31A 1FQCA 3PV0E 4OQOA 2DE3A 1H44A 3IX1A 4K3FA 4PFYA 1LCTA 3PPRA 1AMFA 2AIXA 4GQOA 3PUXE 5ICQA 2VD2A 3LC8A 1WVJA 3DRJA 1JW4A 1XT8A 4NF6B 1IQ7A 3VLUA 3R26A 3TCHA 3VFJA 2O6AA 4KD5A 2F78A 2HQ0A 2B3FA 2Q89A 3C32A 4NF8B 1ANFA 4OTEA 5TPAA 4JBZA 2HEUA 4NF4A 3CR9A 2RC7A 2Q8JA 1N7XA 3G3JA 3OEMA 3PUVE 1GGGA 3DP4A 4YKPA 1MXXA 1P1QA 3TFLA 1S7YA 4ZE9A 4I62A 2I58A 3HPIA 3DP6A 1I6QA 3OSQA 4QFLA 3M3FA 4H0WA 1S9TA 3DRIA 2Y7IA 1A40A 3TTMA 4NEDA 4GFRA 4IGRA 1A7LA 4JWYA 2HFBA 4U22A 4EXKA 1SW1A 3FD3A 2PT1A 3LVUA 4WEDA 2YJPA 3K02A 4OWDA 3S9EA 3FVGA 1B1XA 3O6IA 1XOCA 3ZKLA 2B4LA 3RT8A 3S9NC 4QF9A 2XXTA 3OO6A 4IB2A 5DTBA 2I4BA 4E0WA 1B51A 1OLCA 1GV8A 3OXNA 5LOMA 1VFEA 3E13X 2DXYA 1T0KA 1B0LA 3F11A 3FGSA 2GRVA 3TCFA 3IOWA 1DTGA 3O97A 3U72A 1SW4A 3GZGA 5CMKA 2XXIA 1H3DA 5H8HB 2G29A 1B3LA 3KZGA 3LSXA 1YCJA 3LR1A 4JB7A 1Q1KA 5FHOA 4XXUA 2QS1A 2HXWA 3FASA 4GL0A 3RTFB 4OHNA 2O68A 4GWOA 4EQBA 3V5AA 1B32A 5L8DA 2D5WA 2D3IA 3TTKA 3VDFA 5JTYB 5IAIA 5F7VA 3KSXA 2Q88A 3TELA 1AOVA 1TT1A 2F35A 2DWIA 2WOKA 5DVFA 4I1DA 1GR2A 2RC9A 2I0CA 3CFLA 1HSLA 4GF8A 4WKMA 1LFHA 4OESA 4JSOA 2QMXA 1NFTA 4C1TA 4Q5TA 5L9SA 4LA9A 3DRGA 2I0BA 3SEWA 2ZYNA 1LFGA 3FVOA 2Y7WA 2KLFA 1FQFA 3BFUA 4NWDA 5CM6A 5AA2B 4F29A 4YU0A 1O64A 1Y4TA 4EF2A 1PDAA 2B4MA 2A5TB 3TDJA 3K1NA 3QSLA 3U8QA 1XS5A 3G3IA 4KHZE 3A09A 1JVYA 1N7WA 3L6GA 1JW5A 4U23A 4RY1A 2UVJA 1OVTA 1Y3NA 3VVFA 2FNCA 5TU0A 5KCJB 2QRYA 2XHDA 1JQFA 1ATGA 1UTHB 2XXHA 3DLNA 4H65A 2DSFA 4MFIA 3G3HA 3CSGA 2ZNUA 2I3WA 1HSJA 2H99A 3FTOA 3W9VA 1DOTA 5I59A 4C0RA 2Z23A 4PETA 3KFMA 4U1ZA 5CBSA 3G7WA 2I6EA 1D3KA 1D9VA 3HO7A 3E3KA 4RPNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4R9GA 4N6KA 1MDP1 4P1LA 5H8NB 3CFZA 2X7QA 2FYIA 3CVGA 4XFEA 2H5YA 4IR8A 3UK4A 1B52A 3T93B 2DQVA 5EQAA 3BKIB 3LSWA 3T1BA 2HCAA 3MJNA 3ISPA 1MPDA 3FJMA 5ELVA 5H8FB 3IB0A 2F3BA 3KC0A 2QVVA 4P0IA 5AE4A 4IO7A 4FATA 4MAGA 2FBPA 2ANJA 2QS4A 5H8QA 3KOTA 5DT6A 2XXQA 5FTHA 4OETA 1N04A 3UP9A 5HBCA 3RPWA 2Y84A 1IXHA 3ILTB 4HTGA 4KR5A 3Q25A 1EZOA 5EQ9A 1MXYA 1N76A 2A5TA 3FXUA 2YPNA 4JXIA 4IGTA 5BWJA 2XX8A 4GIZA 3VVDA 3MQ9A 2F3DA 3IOVA 4RK2A 4UA8A 3Q28A 3TQLA 2OLBA 1Y1ZA 1UTHA 2MKZA 5IZ3A 1ZU0A 4ESXA 4ND9A 1YPNA 4G8MA 1B05A 3DELB 4NWCA 2FVZA 1KZ8A 3FVNA 1XI6A 1NNTA 4MIJA 4MBPA 3EN3A 3KN3A 3RUMA 1M5CA 5I2NA 1OVBA 2F97A 4RYAA 1NV0A 2RCAA 2DXRA 2YLNA 1US4A 1N3XA 2REJA 2UYEA 1ZJLA 4ZECA 1B1HA 4DLDA 3T22A 4NF4B 4X9TA 4UACA 5H8NA 2XWKA 3M8UA 4MCOA 1UIVA 4QSEA 1TXFA 4QFNA 3USDA 1MY2A 3K01A 1II5A 5B7DA 4FECA 3RT6B 1Y9UA 1I69A 1OIBA 3TYHA 4Q8RA 3UGWA 3U92A 4IY5A 1EYKA 1NUWA 1POTA 1URSA 2XXUA 5ITOA 4MH5A 2D21A 1LLSA 3T66A 2GHAA 3IB2A 2DVZA 4KFQA 4X8RA 3RGYA 3TODA 4N15A 2DE4A 4LZ5A 4PE5B 4H5FA 3KN8A 2F6PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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