4XKQA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and cd medium supernatant)
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
total genus 169
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkqA01
1DOTA 3DRHA 2NWJA 1BP5A 3LSWA 3RT8A 4KYSA 3C32A 2FA7A 5KDTA 3G3GA 1B3EA 1RYXA 2QS3A 4U22A 1MXYA 1GGGA 4OQOA 3O6PA 1PB9A 2QS1A 5DTBA 4GXSB 3TTLA 1XS5A 2DE4A 4DE8A 1N84A 4H8IA 4ZEFA 2OWSA 2NVUB 3PAMA 3KJ7A 3E4RA 2ZYOA 1PDAA 3TMGA 1MXXA 3PPNA 3TCFA 1NNFA 4M4GA 2Z8FA 4JXIA 3PU5A 3RY3A 3RLFE 3TUSA 1ZIUA 3IORA 5A5XA 3VV5A 1MQGA 4GD5A 2KLFA 2QL3A 4R2BA 1QKBA 5ISUA 4IO7A 3RYAA 2PT2A 1PC3A 4RY1A 3E3KA 3C9HA 1POY1 3WAEA 1NNPA 3FIRA 2X7PA 3TQWA 5CC2A 1B3HA 2A5SA 3OSQA 3LVUA 2ZMBA 4ZE9A 4IY6A 1RKMA 3R7XA 1B7HA 1VR5A 3FJGA 4GL0A 3T66A 1R6ZA 3K2DA 3S4UA 3V5AA 4NF4B 3CFLA 4X9TA 1NKXA 2G29A 3KSJA 1AH5A 4IY5A 2Z8DA 2Y7KA 5DVFA 3RT6B 3OEMA 4KYDA 4N07A 2F5XA 4ZEIA 4MH5A 3O97A 3KOTA 3FD3A 4AQ4A 4XKRA 4R6KA 2ESNA 1SW5A 1FQDA 5TPAA 4XXUA 3IK6B 2H9BA 3AXFA 1LB8A 4JDFA 3IL1B 5DEXB 4EXLA 4X1BA 4M1VA 2DQVA 2XD3A 3K6XA 4DIGA 5KZTA 1DPPA 3PUWE 3OO6A 1PBPA 3QIMA 2REGA 4GVOA 3JYRA 1FTOA 4XKQA 1LFHA 4F1YA 1EZ9A 4G68C 4WXJA 4FORA 4BDLA 4OFJA 4EQ9A 4OVJA 1FQFA 4R9GA 4ISUA 4PFUA 1B4HA 3BFUA 4H1XA 5FTHA 4ELOA 2H98A 1MPBA 4YB6A 4F18A 3MVWA 2XXVA 3M3LA 4PFYA 2THIA 2Q2CA 4IGTA 2QJEA 1B0LA 2X7QA 1MY3A 4G2ZA 2I4CA 2Y7IA 2R9JA 1MM7A 2LAOA 1NNTA 4YAHX 3FVKA 3T93B 1ZMGA 4C0RA 3MJNA 4GOTA 3ODBA 2OJTA 1N04A 3TDJA 1IXCA 1SI0A 1MQDA 2QRYA 1IXGA 3DRFA 1MXZA 3KJTA 1XVXA 5AA4B 1A8EA 4NF6B 5I84A 4KCDA 1ELJA 3M3FA 4G8NA 2F36A 3GLBA 1FW0A 1A40A 3N5LA 4YKKA 4OESA 3I6VA 3SKPA 1I6QA 1QVSA 3HO7A 3QYTA 4FIMA 2D21A 3OOAA 2HZKA 3S9MC 5H8NB 3PMVA 3C31A 3K6WA 1FQCA 3SERA 1BIYA 2WKYA 1I6AA 1LAXA 3QXMA 3B6WA 4Z0IA 2YJPA 2D5WA 4NF4A 3ZKLA 3O6IA 1A7LA 4C1UA 5I2KB 4QHQA 1O63A 1AL3A 5H8FB 1NH8A 1URGA 4KFQA 1XOCA 1N3WA 2O7UA 4I1DA 1LBBA 2F35A 4JWOA 3CIJA 3SDFA 4FECA 5FHNA 2DS9A 3KZGA 1N3XA 3MVYA 1TFAA 1D9YA 3OO7A 1JW4A 4FAJA 5B7DA 3UORA 3TELA 4ZEBA 2Q2AA 2BJJX 3PMXA 3TTNA 5DEXA 1OIBA 4DDDA 1DTZA 3R26A 2ZYMA 2F97A 4DXCA 3G3JA 3LSXA 1UTHB 1B40A 1UTBA 1BKAA 1UQWA 1BLFA 4HCWA 1D9VA 3TODA 2DWIA 4NF8B 2V84A 3K1NA 3EN3A 1HSEA 4GRKA 1NMUA 5BWJA 3T22A 3IOWA 4RA1A 5I56A 4X48A 1DMBA 4BLAA 1OVBA 3H6WA 1LCTA 4KYEA 1B3LA 1O64A 2O6AA 2V25A 3CR9A 3G3IA 1JW1A 5I59B 3MW0A 1YCJA 4RK2A 3MP1A 5AA4A 3B6TA 2QMXA 3TTRA 3W15C 4E0XA 4IO5A 1OQHA 2ONKE 5H8HA 2QPQA 3GBAA 4R73A 3KGCA 3HCQA 1H3DA 2O68A 4ONYA 4LA9A 1SBPA 4GXAA 3IJXB 1JEVA 1LLSA 4G8HA 1LGBC 3M8UA 5CM6A 3K01A 1Y3NA 2PVUA 3H06B 3K00A 3PMWA 1J1NA 3RYBA 2I49A 5L8DA 4IO6A 2ZYNA 5CMCA 1Y4TA 4XIGQ 4PFTA 1ZJLA 4I8CA 3TAJA 4RK9A 2HZLA 4RPNA 1MDP1 3ILUB 2DP8A 4IO4A 1FTKA 2H4IA 4NTLA 3VVDA 3MQ9A 3TTMA 1OMPA 4GQOA 4ZZEA 1H76A 5I58B 1OLAA 1MG1A 4MLVA 2XHDA 4F19A 3SEWA 1SW4A 1MQHA 1LCFA 2F6PA 3L6HA 2OBGA 3EHSA 4O3AA 1N0TA 1L5TA 4EF2A 3MP8A 1B5JA 3HPIA 4FJPA 2E0SA 5H8QA 4U1OA 4OETA 4ESWA 3Q29A 4LP2B 3O6HA 3HN0A 1IXHA 2IEEA 3DRKA 4HS7A 4KHZE 1CE2A 3GZGA 5ITOA 3PPOA 1UTHA 1Y3PA 3CI8A 4BDQA 3RN8A 3G3KA 4OENA 4NF5B 4ELQA 1B05A 1ZLQA 1I69A 1XHYA 4FATA 4G4PA 5ICQA 2B3BA 5AA2B 3IOVA 1CB6A 4BDMA 4XTCQ 1MY0A 3N94A 5DVIA 2XXPA 3T9XB 4OXVA 1QKAA 3QSLA 1SI1A 1ATGA 3WAFA 3Q25A 3USDA 2ZNSA 1IXIA 2O1LA 2RCBA 2NXOA 4AB6A 3H6TA 5EHMA 2DWAA 3K1PA 3UP9A 3K02A 2A5TB 2HAUA 1VFDA 1B51A 1FTJA 1TFDA 5IKBA 1O7TA 3UIFA 1QULA 4YKIA 3E13X 2D3IA 1Y9UA 1S7YA 2I0CA 1MRPA 4QRZA 5H8SA 1A55A 2B4LA 4YMBA 2F34A 3KN8A 3PGFA 4LZ5A 4THIA 4OHNA 1DSNA 3W9VA 1SYIA 2Y84A 4F1VA 1OVTA 4BDRA 1A99A 3FV1A 5JTYB 3CSGA 3OMBA 4IO3A 4GWOA 2ONRA 1LSTA 5HM4B 4U1ZA 4H8JA 1QUKA 2B65A 3V8XB 1EU8A 5TU0A 4KQPA 4TLLB 5AA1A 3U72A 1VE4A 3JZJA 5ITPA 1P99A 1D4NA 1T0KA 4NWCA 4KI0E 3SESA 5L9MA 5FHMA 4I9DA 1B7ZA 3DM0A 3O66A 3K6UA 1WDNA 2PBWA 3QK6A 4Q30B 4N13A 3BFTA 4R6YA 3VXBA 3I5OA 1XT8A 4R9FA 3HHFA 4POXA 4ZE8A 3QAXA 3OO9A 4PETA 1VSOA 4IGRA 3MZ9A 4WEPA 4G8MA 1IEJA 2DWJA 5CMBA 2HQ0A 1LFGA 2W7YA 4NF5A 5CMMA 2AL4A 1P1QA 1LBCA 4QFNA 5CBSA 2VP1A 4F1UA 5AA2A 1NNKA 3SEXA 4OTEA 4OEUA 1HSJA 5I57B 4ZECA 5IAIA 1Q35A 2XXIA 4ZDMA 3IOTA 4H5FA 3KG2A 5DVJA 3C36A 2YPNA 4NWDA 1MS7A 3FUZA 4TLMB 3R6UA 4N6PA 3FVGA 2V3TA 2XD2A 3K4UA 4PQJA 1JVXA 3OSRA 4U21A 2PT1A 1LAGE 3N26A 1P1OA 1B3FA 4F31B 2AIXA 4HCYA 1SD3A 1MPDA 3CSBA 4LZ8A 2RINA 5LOMA 3IAZA 1P1WA 4GFRA 1JETA 3D4GA 1KWHA 1R9QA 2OK2A 3IJOB 4Q8RA 2PX1A 2HFBA 4YZZA 4P11A 2UVHA 4F29A 3PD9A 1H44A 3F11A 1DTGA 2P0SA 4RYAA 1PB7A 3VLUA 1Y3QA 3FXUA 2UXAA 2UYFA 3T9VA 5I2NB 1MY4A 3ECRA 1B1XA 1GTKA 3CFZA 1QUIA 4OEVA 2ZXTA 4Z7EA 3GBBA 3LC8A 4R6HA 3A3UA 3N6TA 2ABHA 2Q89A 1S9TA 1B0HA 1P1NA 2F78A 2RC7A 3CVGA 3VFJA 3IB2A 2GH9A 1N7XA 4DLDA 2V3QA 3HV1A 2REJA 1N76A 2DE3A 2QSXA 2YLNA 4E0WA 1MQIA 1PBQA 2E1SA 3MZBA 1II5A 2WOLA 4ZS9A 3FZVA 3I3VA 2DE2A 3RTWB 1VFEA 4KR5A 2R6GE 3MZ1A 2I58A 4ZEDA 4IB2A 3FJ7A 3E9XA 4JB7A 1POTA 2I3VA 2V3UA 4Q0CA 4HW8A 2H5YA 1A8FA 3VLWA 3DLNA 1ZBMA 3MPKA 3O28A 1M5DA 2ALUA 4PE5B 1QJMA 3JV9A 3EF7A 3OD7A 2F7CA 5KDTB 4WKMA 4EQBA 1US4A 2DXRA 4QF9A 3BBRA 3KFMA 2DOJA 3DRGA 1SQYA 4DZ1A 3MPLA 1YPNA 5CRYA 4QFOA 3VVEA 5K2XA 1MXWA 4QSEA 3IOUA 3G3HA 2RCAA 1GR2A 3UA8A 3FXRA 4EDPA 4NF6A 1FQBA 2CZLA 3OENA 2OZZA 4U4XA 3S9NC 1QW0A 2XXTA 1JQFA 4OWDA 1F9BA 2O1MA 4F39A 5DYHA 3DELB 3HSTA 3B7DA 1URSA 2R71A 4Q5TA 3LR1A 4H6DA 4HTGA 2NUVA 1R1NA 3MAMA 3A09A 4DXBA 3TCGA 2UVGA 3PV0E 1MY1A 3LSLA 4LATA 2F7BA 5H8NA 3SETA 5I2NA 3ONMA 3LUYA 1EZPA 3CG3A 3G7WA 1MH3A 3IO4A 4IO2A 5FTIA 1US5A 2XXWA 1B5IA 3TQLA 5K2YA 1I6BA 5I2KA 4R72A 1IIWA 1B7UA 2UVIA 2XXYA 1Y20A 1SYHA 5H8FA 1FTLA 4OMBA 4QSCA 2F8DA 1D3KA 2PMSA 2XXQA 3UGWA 4R75A 5L9OA 1AOVA 2F7AA 3SEUA 4YB7A 4XKNA 1Y4CA 4P0IA 4KD5A 4QFPA 3TPAA 2F6GA 3RTFB 1MH4A 1MM6A 4ZEKA 2DYXA 2FNCA 3SEYA 5JK4A 5ELVA 3VLVA 3FGSA 2H25A 4RJZA 3IB0A 3U94A 4U2RA 5DT6A 2XX9A 5AE4A 3BKIB 3PUZE 2H99A 4JSDA 4RXLA 1B46A 3S9EA 3MP6A 4ESXA 4OFLA 1FQAA 2HCAA 3O29A 5B70A 2RF1A 3THIA 3VE1B 3CHGA 2ZYKA 3D4CA 2DVZA 3EHTA 3IO6A 3MVXA 4NF8A 3U1OA 4YB5A 2XXXA 3MWBA 4POWA 2OWTA 1B32A 4LZ7A 2B4MA 5F1QA 3OEKA 4MLQA 5TP9B 3UK4A 1JEUA 3DP8A 4U23A 3KSXA 2GHBA 4ND9A 3T9UA 2GRVA 3TZAA 5I59A 3H03A 3IB1A 4MFIA 2Z8EA 4H67A 1DPEA 1NL5A 5KCJB 3OXNA 4EXKA 2CMOA 3EQ1A 1ZTYA 3CG1A 4YU0A 1MXUA 1Y1ZA 2DVCA 4F3BA 1SW2A 4LVQA 5CMKA 1WODA 3C35A 3QUJA 3MBPA 1PB8A 3FVOA 4YKJA 1LAFE 4FEBA 1ANFA 2XXHA 2I6EA 1Z7NE 3T96B 2XX8A 3C33A 4C1TA 3M3KA 2DXYA 1SVXB 3KN7A 1LFIA 2B3FA 1M5CA 1OLCA 5ICTA 1NH7A 4EF1A 5I58A 1Z7ME 1ZU0A 4F2QA 4MF3A 1IQ7A 1JW5A 4GL8A 2RC8A 1XVYA 4L17A 3CRBA 3TEPA 4QFKA 2Q9TA 1GVCA 3LBSA 4U4SA 1USYE 3H3GA 5M2VA 4DXUA 1S50A 4YKPA 4F3GA 3P7IA 4F3SA 3TYHA 3A3CA 1MY2A 1R9LA 3CFXA 3PPQA 1TWYA 3EHUA 2I48A 4PFWA 1A54A 3FV2A 2O69A 5EHSA 3U8QA 2RC9A 4X1DA 1UTBB 3DRJA 4JWYA 2DWHA 5HPQA 3EPEA 2PYYA 3PUXE 3TTKA 3H7MA 5AA3A 1QUJA 2UVJA 1LB9A 3C4MA 2ONSA 3H6VA 2Y7WA 4ELRA 5JEIA 1XC1A 5TP9A 5CI5A 3GXAA 3RQTA 3MUQA 5FHOA 3T9HB 4G68B 5I56B 2XX7A 1AIVA 3RNNA 3K1MA 2I0BA 2G93A 4FE8A 4BDOA 2DSFA 2A5TA 1IZ1A 5KCJA 2Z23A 2VOZA 2I3WA 3TFLA 4H65A 3O2AA 5BUUA 1UIUA 3O9PA 4ZZAA 2ZNTA 4JSOA 1IUDA 1UIVA 1YAEA 2ZNUA 5H8HB 3S2VA 4JBZA 2QMWA 1B58A 1JVYA 1B52A 3KEIA 1JNFA 2O84X 4G77A 4LONB 3TCHA 5EYFA 1YTVA 3FASA 1MDQA 3H6UA 1SW1A 3Q26A 3DP4A 5CBRA 3DRIA 4ECFA 1RYOA 2P2AA 3U92A 1IITA 5AA2D 3PD8A 5JTYA 3MVZA 4UA8A 4P0GA 3FXQA 3N6UA 4TOZA 2Y7RA 3H4ZA 2OCUA 4RNSA 4YICA 4AB5A 2AYSA 1M5EA 2WOPA 3RGYA 3LSFB 3DP6A 3HHGA 3C34A 2O7IA 3B6QA 5F7VA 1HSLA 2OLBA 4OZ9A 1Q1KA 2QS4A 2HXWA 4OYVA 2NOOA 4NEDA 5H8QB 4NE4A 3ZS6A 1WVJA 3Q27A 3MC2A 4ELPA 2GHAA 4WEDA 3O6GA 3VDFA 1EH3A 2ANJA 3K0VA 4YMAA 1MXVA 4RPOA 1B1HA 4LQ2A 1B5HA 2HEUA 3KOSA 4FEDA 3PPRA 3S9LC 1MQJA 2UYEA 2QS2A 3RUMA 1NFTA 3V89B 1MPCA 1N7WA 1B9JA 3ZSFA 1AMFA 4GF8A 1TXFA 3W9WA 3K6VA 1FTMA 3TKDA 5I57A 2V93A 4O3BA 4BDNA 4TQUQ 4PP0A 4K3FA 3QUFA 2VGQA 2I4BA 4QFLA 3L6GA 5L9SA 3PUYE 4XKPA 3U93A 1B6HA 4KPTA 4G68A 3FTOA 1TT1A 2P1SA 1FCKA 4DCYA 5J1DA 5A5XB 1H43A 2VHAA 2HAVA 2Q8JA 3RPWA 1FQEA 3PPPA 2AL5A 1B2HA 4UACA 1SDXA 3ZKKA 2IA4A 4I62A 2Y7PA 1USYH 4R2FA 3IX1A 3V83A 1EZOA 4NMYA 1M5FA 1P1UA 3UN6A 2X26A 4KCCA 3ILTB 2FYIA 4OFOA 1GV8A 2XXUA 4LQ5A 1Y1MA 3FVNA 2GFEA 1B4ZA 3FATA 3Q28A 1URDA 2WOKA 3KN3A 1ZKBA 3VXCA 5HBCA 2Z22A 4QSDA 3OELA 4EUOA 4GLIA 4F22A 2VD3A 4F2OA 2O51A 1PEBA 4OERA 1B3GA 2M8CA 3G3FA 4H5GA 3VVFA 2VD2A 4EQ7A 4MBPA 2XXRA 3IR1A 1OQGA 5TPAB 3KBRA 3PUVE 3OO8A 3SEVA 2Q88A 1M5BA 3FJMA 4H0WA 4DCXA 4GIZA 4LUBA 4F3PA 2RKMA 1H45A 4R74A 4O3CA 1BTJA 1LAHE 4JWXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DOTA 3DRHA 2NWJA 1BP5A 3LSWA 3RT8A 4N17A 4KYSA 3C32A 2FA7A 4GX4A 5KDTA 3G3GA 1B3EA 2Q8MA 1RYXA 5IZ1A 3B8BA 2QS3A 4U22A 1MXYA 1GGGA 4OQOA 3O6PA 1PB9A 2QS1A 5DTBA 4GXSB 3TTLA 1XS5A 2DE4A 1IMBA 4DE8A 1N84A 4H8IA 2XWVA 4GWSA 4ZEFA 2OWSA 2NVUB 3PAMA 3KJ7A 3E4RA 3KC0A 2ZYOA 1PDAA 4N8YA 3TMGA 1MXXA 3PPNA 3TCFA 4AS5A 1NNFA 4M4GA 2Z8FA 4JXIA 2PFZA 4P1EA 1NV7A 3PU5A 3RY3A 3RLFE 1IMAA 3TUSA 1ZIUA 3IORA 5A5XA 1KA0A 3VV5A 1MQGA 2R8TA 4GD5A 2KLFA 2CZHA 2XXKA 4XF5A 2QL3A 4R2BA 1QKBA 5ISUA 4IO7A 3RYAA 2PT2A 1PC3A 4RY1A 3E3KA 1NI9A 3C9HA 1POY1 3WAEA 1NNPA 4H45A 3FIRA 2X7PA 3TQWA 5CC2A 1B3HA 2A5SA 3OSQA 4H46A 3LVUA 2ZMBA 4ZE9A 1FPFA 4IY6A 1RKMA 4P47A 3R7XA 1B7HA 1VR5A 3FJGA 4GL0A 3T66A 1R6ZA 3K2DA 3S4UA 5J16A 3V5AA 2WYPA 1RDXA 4NF4B 3CFLA 4X9TA 1NKXA 2G29A 3KSJA 2VPOA 1AH5A 4IY5A 2Z8DA 2Y7KA 5DVFA 3RT6B 3OEMA 4KYDA 4N07A 2F5XA 4ZEIA 4MH5A 3O97A 3KOTA 3FD3A 4AQ4A 4XKRA 4R6KA 2ESNA 4N8GA 1SW5A 1FQDA 5TPAA 4XXUA 3IK6B 2H9BA 3AXFA 1LB8A 4JDFA 5FBPA 3IL1B 5DEXB 4EXLA 4X1BA 4M1VA 2BJIA 2DQVA 3RPLA 2XD3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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