4XKRA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni-(l-his)(2-methyl-thiazolidine dicarboxylate) (co-crystallization with ni(ii) and cddeltahis medium supernatant)
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
464
structure length
464
Chain Sequence
KDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
total genus 171
structure length 464
sequence length 464
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkrA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkrA01
3KOTA 4NE4A 4IY6A 4OZ9A 1UTBA 3PMXA 4YU0A 1NMUA 1Q1KA 1I6BA 5H8HA 3MP8A 2DXRA 5I59B 4R9GA 2XXVA 4E0XA 3LUYA 3JV9A 4U4XA 1MS7A 4UACA 3FVGA 3U94A 5F1QA 4WXJA 1OQGA 5CC2A 3JYRA 3OMBA 1HSEA 2UVGA 2R71A 1MXVA 4NF6A 4F3GA 1MY1A 2DVCA 4IGRA 1P1OA 4HCWA 4ELOA 1MQJA 1TWYA 1B0LA 4KCCA 3IORA 1NH8A 3SKPA 1US5A 1MPBA 3MW0A 3VVEA 2H5YA 4FIMA 3IOUA 3RUMA 3OSQA 3O66A 3S9NC 3C34A 4DLDA 5F7VA 3CFZA 4GLIA 1SDXA 4H8JA 4XKNA 3K02A 1LGBC 4G2ZA 1MQGA 1CE2A 1VSOA 1Y1ZA 4RK9A 3DP4A 3FXUA 4M1VA 4Q0CA 2DYXA 2RINA 3G3GA 3HN0A 2FNCA 5L9OA 1PDAA 4X48A 3TFLA 3C9HA 1Y1MA 3O6IA 2A5SA 4JDFA 3TQLA 4F2OA 3RTWB 1P1WA 3DRGA 3QUJA 1S9TA 2VD3A 3FD3A 3MZ1A 4FEBA 1B5JA 2BJJX 3SEUA 3K2DA 1WVJA 3UIFA 4OWDA 3LSFB 3OEKA 1Y4TA 2HXWA 4R6KA 1BLFA 1FQCA 3A3CA 5H8NB 1NFTA 5AA2A 1AH5A 1YCJA 2I4BA 4YMBA 3KG2A 1B3HA 1B2HA 2GFEA 1LSTA 3K1PA 2KLFA 5KDTB 2ONKE 4QF9A 1IXIA 3TTRA 2PBWA 4PETA 3MZBA 4GIZA 4OFLA 4PFWA 4OHNA 4KPTA 2CZLA 4LZ7A 4QFOA 5I2KA 2DWIA 2I6EA 2Z22A 5I2NA 2DS9A 1TFAA 2PMSA 2B3BA 3UORA 4I62A 2Y7RA 4JSDA 3ZKKA 5DEXB 2UVIA 2Q2CA 4DZ1A 2XXXA 2RC8A 2F7BA 4IO3A 1VR5A 4YB7A 3WAFA 4Z0IA 4KI0E 3A3UA 5EHSA 3H3GA 2NUVA 1LBBA 3DRHA 4I1DA 1UQWA 4KYEA 3EPEA 3TELA 3EN3A 2Z23A 4H0WA 1AOVA 4YKKA 3K01A 2A5TB 2V84A 1EZPA 3KGCA 1MY0A 1NL5A 4TLLB 4AQ4A 1SBPA 4O3AA 4AB6A 4PQJA 4F19A 3N26A 3O6GA 2NXOA 4FECA 4U4SA 3CR9A 5AE4A 3IL1B 1MG1A 4RNSA 1JEUA 3OSRA 3OEMA 3JZJA 1B40A 1LAFE 1DPEA 2QMXA 2D3IA 4DXCA 2ZNTA 2DP8A 3S9MC 3EQ1A 4GVOA 4NF8A 1A54A 5KZTA 5CI5A 2Q8JA 2NWJA 1B32A 4NEDA 4ZEDA 4R74A 4H67A 3TEPA 1DPPA 2HZLA 4ZE9A 4EQ9A 1JVXA 1YTVA 5FHNA 3RNNA 1LAXA 2H98A 4L17A 3SESA 2UYEA 2WKYA 4YICA 3PUXE 4FE8A 3G3KA 3RQTA 2XXYA 3U72A 3QUFA 2OBGA 4F3SA 1BIYA 1OMPA 1PBPA 1O7TA 2FA7A 5AA3A 5TPAA 2O51A 4R2BA 3U1OA 5H8QB 3TMGA 1LFHA 2UXAA 2F7AA 1IQ7A 3K6VA 4IO5A 2DOJA 5BUUA 3IJOB 4H6DA 2ZYKA 2XXTA 4RXLA 1IXHA 4OVJA 3MBPA 3R6UA 3TODA 2Y7KA 5DT6A 4PP0A 3SEXA 4ZE8A 3GBAA 3O9PA 1IUDA 3PUVE 1YPNA 2OWSA 4OENA 3CFXA 2ZYMA 3MUQA 5CM6A 4KYSA 3FVNA 1D3KA 3M8UA 2Q2AA 1BKAA 4BLAA 5AA4B 3MQ9A 1R9QA 3RY3A 4HTGA 1PBQA 4U22A 1BTJA 1B46A 3D4CA 4RYAA 4IY5A 5I58A 5FHMA 3N6TA 4R73A 1M5BA 4EF2A 4LUBA 3MC2A 3Q27A 5A5XB 1NNPA 4ELPA 1MXZA 3VVFA 1B05A 5EHMA 4DXUA 3C31A 1QUKA 2PT2A 1D9YA 3S9LC 1WDNA 4EUOA 2HQ0A 3CVGA 3VDFA 4EQBA 2GH9A 4WEDA 1LFIA 4GOTA 1B5IA 4JXIA 3QK6A 2O7IA 3FIRA 4KR5A 1RYOA 3CI8A 4XKRA 3T9XB 2O69A 3H03A 1R1NA 3KSJA 3LSWA 5CMBA 2QS4A 4GFRA 4GL0A 2RC7A 1GV8A 1N84A 4FJPA 4IO2A 1GTKA 4PE5B 4G68B 5DYHA 4ZECA 2Q89A 3PU5A 3TTNA 5DVJA 2VD2A 1N0TA 4BDLA 1QVSA 3Q28A 2HAUA 3C33A 5IAIA 2DQVA 1B3FA 3I6VA 3V83A 4G4PA 1MXYA 4H1XA 1H76A 1PB7A 3B7DA 1MDQA 3ZKLA 3M3KA 5I56B 4KFQA 4BDOA 3Q26A 3FV2A 3TTKA 1LB9A 3MWBA 4QFKA 1PB8A 3SERA 2UVHA 5JTYA 1ZMGA 4RY1A 1B1XA 3FVOA 4U2RA 3UA8A 4BDNA 3LSXA 4YKPA 1SW1A 3FUZA 4C1UA 2YJPA 3K6WA 4R75A 1B7HA 1H45A 2X7QA 1XVXA 1UTBB 1XC1A 4JWYA 1S7YA 2QS3A 3LR1A 1OIBA 4GXSB 5H8HB 4TLMB 3C35A 2Q9TA 5IKBA 3LVUA 1Y3NA 3T9VA 3MP1A 4YB5A 3KN8A 3RPWA 3IAZA 2XXRA 1T0KA 2QRYA 2VHAA 3DRIA 3MVZA 4KHZE 1QKAA 2I48A 2ALUA 4LQ5A 1FQFA 2V3QA 1OLAA 4YB6A 1AL3A 2OJTA 1GVCA 5AA2D 1EZOA 2XXWA 1MDP1 1NNKA 3KZGA 4QFPA 1ANFA 1LFGA 1XOCA 3Q25A 1MQIA 1OLCA 1ZU0A 1IEJA 1MRPA 4IGTA 2ZXTA 2UVJA 3W9WA 4OFJA 4G68C 5KDTA 4RK2A 3WAEA 4OXVA 3IX1A 3LC8A 2RKMA 5LOMA 2VP1A 4KCDA 4R2FA 3DRJA 3PUZE 1O63A 2XXIA 3CRBA 3QAXA 1USYE 3IK6B 3EHUA 4DXBA 3MVXA 1S50A 3BFUA 2THIA 1US4A 4F22A 2ESNA 1PB9A 1LBCA 1TFDA 2V3UA 3PPOA 3RYBA 1I6QA 3PGFA 1FQEA 3BFTA 5DEXA 4Z7EA 4F29A 2Y7PA 1MQHA 3ECRA 5DVIA 1N04A 4JSOA 3FATA 4U1ZA 3VE1B 1P1UA 4ESXA 3K6XA 3QSLA 3PPRA 1H43A 1XT8A 3TTLA 4E0WA 2HAVA 3T93B 1IITA 2OZZA 1Z7ME 2QPQA 1N3WA 3OD7A 2F6PA 2B4LA 4ONYA 3N6UA 3VVDA 2ONRA 4GD5A 1VFEA 4QFNA 1MXWA 3HV1A 4OMBA 3RGYA 4THIA 3TUSA 4UA8A 3I5OA 3O97A 3HPIA 4Q30B 3PPQA 3UN6A 4WEPA 3RYAA 3ILUB 3W9VA 4ISUA 1OVTA 4N6PA 5ICQA 4YKIA 3F11A 3O6HA 4U23A 3G3IA 1Q35A 3K00A 4YZZA 3KSXA 4XTCQ 3QIMA 3E4RA 1UIUA 3HO7A 1ZTYA 1B0HA 3VXCA 3IO4A 4DCXA 5I2KB 1TT1A 4LZ5A 5KCJA 3MVYA 5I2NB 4EXKA 3VFJA 1NNTA 4NF4B 2I49A 3G3HA 3PD8A 2XX7A 3T96B 1URDA 3FVKA 4MLVA 4QSCA 2I0CA 1B9JA 3KBRA 3L6HA 3EF7A 3VLVA 5CRYA 5ITOA 4XKQA 2B65A 3O2AA 3PMWA 4OESA 4G8MA 4I8CA 4ZDMA 1N7XA 1B52A 3G7WA 1XS5A 4R6YA 2QL3A 5DTBA 3DM0A 3G3JA 5K2YA 2YLNA 4C0RA 3CG3A 5H8FB 2ZYOA 1B3LA 5L9SA 3HHFA 3S2VA 1ZLQA 1DSNA 2H4IA 3O28A 4GWOA 5TU0A 2WOKA 2XD2A 4PFUA 2HFBA 4LVQA 1MY2A 3DELB 5H8SA 2RF1A 3PPPA 2IA4A 1JEVA 3H6VA 5CBSA 1KWHA 3TQWA 4NF8B 5EYFA 5AA1A 3G3FA 3GXAA 2E1SA 4ZEKA 3T66A 1O64A 1MM7A 1NH7A 1QULA 4F1YA 1R9LA 2XX8A 1ZJLA 3Q29A 1FTJA 5ISUA 1JNFA 2D21A 1FW0A 1POTA 3VLWA 1EU8A 1H3DA 4DE8A 2XHDA 4RPOA 3MJNA 2I3VA 3FGSA 2GHAA 4DIGA 3VLUA 1Y9UA 4ZEFA 2Y7WA 4I9DA 4ECFA 3GBBA 1Y4CA 5FHOA 3SEWA 3T9UA 3SEYA 1FTKA 3C4MA 1MQDA 4AB5A 3T9HB 1SI1A 3M3FA 2IEEA 4QHQA 4HCYA 2H9BA 3OELA 2ABHA 2O84X 3DRKA 1ELJA 1FQAA 2F7CA 3VV5A 3ZS6A 2V93A 4MBPA 3MZ9A 4P0GA 4X1BA 2O1LA 2NVUB 5HPQA 3TAJA 3FV1A 3FJ7A 4H5FA 4GXAA 4POXA 1MXUA 5FTHA 4BDRA 4Q5TA 4TQUQ 4OQOA 4NF5B 4EDPA 3RTFB 3IB2A 3HHGA 1IZ1A 4H5GA 3KEIA 4Q8RA 5I57A 4ZZAA 1BP5A 2G93A 3TCGA 1SD3A 4G68A 4F1UA 3USDA 1NKXA 3PUWE 3OO9A 1SVXB 1F9BA 3H4ZA 1MY4A 3MPLA 1MH4A 3V8XB 3TZAA 2DWJA 3FZVA 1B7UA 3IJXB 4NWCA 4OEUA 3H7MA 5I59A 1FTMA 1TXFA 2X26A 3O29A 1NNFA 1SYIA 1JVYA 3K0VA 1UTHB 5K2XA 2F6GA 3FJMA 3TKDA 2ZNUA 3E13X 3RT8A 4ESWA 2RCAA 1I6AA 3SEVA 4EQ7A 2P1SA 3MAMA 5CMKA 3ODBA 4MLQA 3N94A 2HEUA 5CMCA 1HSLA 3IOWA 1L5TA 1XHYA 5HM4B 1Y3QA 3L6GA 3K1MA 1DTGA 1SQYA 2ONSA 1AIVA 3H6TA 2REJA 4PFYA 4OYVA 1FQBA 2H25A 2LAOA 1D9VA 1LB8A 2V3TA 1WODA 2QS1A 1CB6A 3CG1A 3O6PA 1GR2A 1JW1A 4FORA 1OVBA 4MH5A 1GGGA 2REGA 4IO7A 2HZKA 4TOZA 2ZNSA 5TP9B 2AL5A 1P1QA 3DRFA 3IR1A 5JEIA 2DE4A 1B5HA 4NWDA 2DE2A 2OLBA 5B70A 1B3EA 1LLSA 2GHBA 3LSLA 4BDQA 1B51A 2DE3A 4YMAA 1M5FA 1B3GA 3EHSA 1A99A 4P11A 2F5XA 1IXGA 2OCUA 1LAHE 2X7PA 2ZMBA 3DP8A 5CBRA 3IB0A 2I0BA 4QRZA 3H6WA 4JWXA 3DLNA 1M5CA 4H65A 5ELVA 4U21A 1ZBMA 3CHGA 1P99A 4QSDA 4LATA 4JB7A 4NMYA 4R6HA 4PFTA 4NF6B 2D5WA 5JTYB 4XKPA 1PEBA 2Y7IA 2F36A 5H8NA 4LQ2A 2AL4A 1XVYA 1JETA 3THIA 3V89B 4OTEA 1FCKA 4G8NA 1M5EA 2OK2A 3W15C 1LCFA 3UK4A 1MY3A 2XXUA 2F78A 2QMWA 2DWHA 1DTZA 4JBZA 3HCQA 4IO4A 3QXMA 3K4UA 1DOTA 1MH3A 3PAMA 3TTMA 4O3CA 1MPCA 3C36A 4F2QA 1SYHA 1ATGA 2XXPA 3IO6A 4K3FA 2E0SA 1URSA 3T22A 1HSJA 3CSBA 1AMFA 2FYIA 3OENA 3SDFA 2XXHA 4F3BA 1A55A 3E9XA 4OETA 2I4CA 2W7YA 5HBCA 3A09A 4O3BA 1QUJA 2YPNA 2Q88A 3U8QA 4RPNA 4N07A 1B6HA 2F35A 4R72A 1B58A 2A5TA 3TPAA 4P0IA 3KJTA 1MM6A 3IOTA 3AXFA 1USYH 2ZYNA 4G8HA 3R26A 3VXBA 1SI0A 1PC3A 5AA2B 1SW4A 4NF4A 1J1NA 4GF8A 2QS2A 3E3KA 1A8FA 3CFLA 2XXQA 2Z8DA 1N3XA 1A7LA 3TDJA 1Y20A 2I3WA 1YAEA 2F97A 4MFIA 5M2VA 4XXUA 1UIVA 2DWAA 3PD9A 3BBRA 3DP6A 2I58A 3ILTB 1POY1 3B6TA 3FTOA 2P0SA 1URGA 2XX9A 3FXQA 5B7DA 3TCHA 1OQHA 5J1DA 4HS7A 4F39A 4FAJA 5CMMA 4MF3A 3IB1A 4JWOA 2F8DA 4KYDA 3KJ7A 3MP6A 5H8FA 3FJGA 4QSEA 4X9TA 3K1NA 2NOOA 1N76A 1ZKBA 4LONB 5DVFA 2G29A 2F34A 4OEVA 2RC9A 2Y84A 3BKIB 1QKBA 4LA9A 2ANJA 2CMOA 3ONMA 3M3LA 4IB2A 4DDDA 4POWA 3TCFA 4H8IA 2PVUA 4BDMA 5H8QA 4GL8A 4R9FA 2Z8EA 2GRVA 5KCJB 1B4ZA 1LCTA 4N13A 2PYYA 4X1DA 1RYXA 5L8DA 1D4NA 4EXLA 1EH3A 2RCBA 1QUIA 2B3FA 3PV0E 1MPDA 4F18A 2R6GE 3RT6B 1B7ZA 3B6WA 5JK4A 1P1NA 2H99A 2QSXA 3PMVA 1RKMA 2B4MA 1MXXA 4F1VA 1B4HA 3I3VA 4QFLA 3QYTA 3H6UA 3EHTA 3CSGA 2V25A 2VOZA 4LP2B 3FASA 1Y3PA 3CIJA 2QJEA 2OWTA 3GZGA 1II5A 5AA4A 3KN3A 2DSFA 3V5AA 2DXYA 1ZIUA 4KQPA 4KD5A 4RJZA 3ZSFA 4WKMA 2VGQA 4ND9A 3D4GA 4IO6A 2O7UA 1FTOA 2O1MA 2UYFA 3C32A 5A5XA 1JW4A 2DVZA 1I69A 1H44A 2O68A 5ICTA 4OFOA 3KFMA 4NF5A 4XIGQ 5FTIA 3OXNA 5L9MA 3IOVA 4GRKA 2M8CA 5TPAB 1R6ZA 5ITPA 3HSTA 3S9EA 3PPNA 1VE4A 2WOLA 1FQDA 4HW8A 2XD3A 1EZ9A 1IXCA 1SW5A 4F31B 1IIWA 2WOPA 3B6QA 1DMBA 1LAGE 3K6UA 3P7IA 3OO7A 4U1OA 3UGWA 1UTHA 4DCYA 4FATA 2PX1A 3OOAA 4ZS9A 3U93A 2HCAA 3MPKA 2AIXA 4YAHX 3GLBA 4EF1A 5BWJA 4LZ8A 4C1TA 4GQOA 4ZEBA 4ZEIA 3KN7A 4NTLA 2P2AA 3N5LA 2O6AA 4OERA 1A8EA 3MVWA 3OO8A 3RN8A 2AYSA 1SW2A 1FTLA 2R9JA 5I58B 2PT1A 1A40A 4G77A 3SETA 1M5DA 1QW0A 4RA1A 5I56A 3H06B 3R7XA 5I84A 1N7WA 3PUYE 1QJMA 3KOSA 3LBSA 4ELRA 5I57B 3S4UA 4FEDA 4M4GA 1Z7NE 3OO6A 1JQFA 1B1HA 3U92A 3UP9A 4ZZEA 3RLFE 1VFDA 5TP9A 2Z8FA 4ELQA 4F3PA 3FXRA 1JW5A 3TYHA 4YKJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EYHA 3KOTA 4NE4A 4IY6A 4OZ9A 1UTBA 3PMXA 1FPLA 4YU0A 1DCUA 1NMUA 1Q1KA 1I6BA 5H8HA 3MP8A 2DXRA 5I59B 4R9GA 2XXVA 5IZ3A 4E0XA 1IMCA 3LUYA 3JV9A 4U4XA 1MS7A 5A5LA 4UACA 1NV3A 3FVGA 3U94A 5F1QA 4WXJA 1OQGA 5CC2A 3JYRA 1NUZA 3OMBA 1HSEA 4AS4A 4GBWA 2UVGA 2R71A 2WEFA 1MXVA 4NF6A 4F3GA 1MY1A 2DVCA 4IGRA 1P1OA 4HCWA 4ELOA 1MQJA 1TWYA 1B0LA 4KCCA 3IORA 1NH8A 3SKPA 1US5A 1MPBA 3MW0A 3VVEA 2XWOA 2H5YA 3KC1A 1EYKA 4FIMA 1YXIA 3IOUA 3OSQA 3RUMA 3O66A 3S9NC 2CZIA 3C34A 4DLDA 5F7VA 3CFZA 4GLIA 1SDXA 1RDYA 4H8JA 1AWBA 4MCOA 4XKNA 3K02A 1LGBC 4G2ZA 1MQGA 1CE2A 1VSOA 1Y1ZA 4OVTA 4RK9A 3DP4A 5ET6A 3FXUA 2BJIA 4M1VA 4Q0CA 2DYXA 4OVPA 2RINA 3G3GA 2PFYA 3HN0A 2FNCA 3RPLB 5L9OA 1PDAA 4P56A 4X48A 3TFLA 3C9HA 1Y1MA 3O6IA 1FPBA 2P3NA 2A5SA 4JDFA 3TQLA 4H45A 4F2OA 1FJ6A 3RTWB 1P1WA 3DRGA 3QUJA 1S9TA 4I40A 2VD3A 3FD3A 3MZ1A 4FEBA 1B5JA 2BJJX 4NG7A 4OANA 1DBZA 3SEUA 3K2DA 4GX3A 1WVJA 3UIFA 4OWDA 3LSFB 3OEKA 1Y4TA 2HXWA 4R6KA 1BLFA 1FPGA 1FQCA 3A3CA 5H8NB 1NFTA 5AA2A 1AH5A 1YCJA 2I4BA 4YMBA 2VPNA 3KG2A 1B3HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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