4XKRA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni-(l-his)(2-methyl-thiazolidine dicarboxylate) (co-crystallization with ni(ii) and cddeltahis medium supernatant)
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
464
structure length
464
Chain Sequence
KDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
total genus 171
structure length 464
sequence length 464
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkrA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkrA01
2PMSA 2KLFA 3O6PA 3FV2A 3RT6B 3OO8A 1LGBC 1ANFA 3FJMA 2PT1A 1ZKBA 4Z7EA 4QFNA 1XVYA 3GZGA 3K2DA 1BKAA 1N76A 3G3IA 5FTIA 1DOTA 4ZEDA 3FGSA 3IOWA 1IEJA 2YPNA 1LFIA 4KD5A 3ZKLA 3DRKA 4F3BA 1B58A 4U1ZA 3A3CA 1P1OA 2NOOA 2RC7A 3RQTA 1SYHA 4X48A 4ZS9A 5A5XA 3V5AA 4Q0CA 2Q89A 4F3GA 3SERA 5DEXB 1UTHB 3FATA 3K4UA 4YICA 2Y7KA 3KJ7A 4IO7A 3KEIA 1MXZA 3PUXE 3DP8A 1AIVA 3VE1B 2I3WA 1Y3PA 4LZ8A 1TWYA 1MY0A 2QSXA 4XKQA 2RINA 3IB0A 1JNFA 1NNPA 3B6QA 3E3KA 3JYRA 1DTGA 2O84X 4OEUA 4GOTA 1POY1 2Y7WA 4KCDA 1Y3QA 3TAJA 3PD8A 1O7TA 3IOVA 4EDPA 4YKIA 1IZ1A 4KYEA 2OJTA 4NF8B 3TKDA 4KYSA 3O97A 2V25A 1Q1KA 3LR1A 4U22A 4R9GA 4GWOA 4ZEKA 4DCYA 5IKBA 2HFBA 3VVEA 3PD9A 3OSRA 4KR5A 2I0BA 3E4RA 2F35A 3SEYA 3OENA 4U21A 1EZOA 2XXQA 1PBQA 3N5LA 3T9UA 3TCGA 4MLQA 2QL3A 2G93A 1SVXB 4EXKA 1A8EA 4O3CA 1PC3A 1B32A 4OVJA 4GRKA 3H06B 1JQFA 2HZLA 1JVXA 1NMUA 3UGWA 4F2QA 1P1QA 4F29A 2DWHA 4MBPA 3C35A 1FQFA 4QHQA 4FAJA 5JK4A 1TT1A 4LZ5A 4YKKA 1ZMGA 3RGYA 3LSWA 3FJ7A 2F7BA 4G4PA 5CBRA 4GVOA 1LCTA 1FTOA 3PPRA 3C33A 4BDRA 1MH3A 1M5BA 4PFWA 4Q8RA 5AA4B 2R6GE 1GVCA 1URDA 2Z23A 3QIMA 5B70A 5AA3A 4RK2A 2X7PA 3KOTA 3LUYA 2AIXA 3IAZA 2VGQA 3DLNA 1UQWA 4F3PA 5CRYA 5ICQA 3DP4A 3EN3A 1WODA 4ZEBA 3PPQA 3FVNA 5I56B 2RCBA 2F34A 1MQJA 5CBSA 1Y4TA 5FHNA 4QSEA 3Q29A 4IGTA 3S4UA 1SI0A 3WAFA 1B5HA 1ZBMA 2AL4A 3LSFB 3VLUA 1USYH 1SW2A 3UORA 2REJA 3Q25A 4OFJA 3PUVE 3FUZA 3UP9A 1IIWA 5I57A 3T96B 1UTBA 1JEVA 1QUIA 5DYHA 2DOJA 4C0RA 4O3AA 4DZ1A 1SW1A 1R9LA 3OOAA 1LB9A 4LQ2A 1B7UA 3K0VA 4OQOA 3FXUA 4X1DA 1JW1A 1QUJA 5JTYA 1FQDA 3KJTA 4KFQA 4FIMA 4E0WA 1I6AA 3ODBA 3QK6A 4XXUA 4LATA 3IR1A 3S9EA 4BDMA 1B3EA 4IO6A 2HXWA 1EH3A 4NF5B 3FZVA 5H8QB 2O69A 4H6DA 3S2VA 3PGFA 1MXVA 2XXXA 2F78A 3MC2A 3HHGA 4R73A 4XKRA 3RLFE 3G3FA 2H4IA 3KSXA 1MXYA 2XX8A 2DQVA 4E0XA 4OXVA 1S50A 3DM0A 3SEUA 3TQWA 3R7XA 3MVZA 4TLLB 2F8DA 3UK4A 4QRZA 4ZE8A 3D4GA 5DVFA 2O7UA 4OFLA 1US4A 3MAMA 4OWDA 1PB9A 5H8FA 3KFMA 1DPEA 4GF8A 3LSXA 3CI8A 1QJMA 2UVIA 1FW0A 1KWHA 2HQ0A 2Z8DA 3IOUA 1RYOA 1B4ZA 2X7QA 1MH4A 4U2RA 4ND9A 4TOZA 3CSGA 1OQGA 1F9BA 1DTZA 1LSTA 3MP6A 2B3BA 1Q35A 2D21A 4M4GA 4OESA 2QS3A 1B0HA 2NVUB 1MDP1 2ESNA 2I49A 2ONRA 1MY4A 1DMBA 1H44A 4ELRA 4RNSA 3KG2A 3AXFA 4ZDMA 2BJJX 3LVUA 1IXCA 2OLBA 4OFOA 1LCFA 4ESWA 1XC1A 1B9JA 2XXIA 4BDLA 3R6UA 4PQJA 5TPAB 1LB8A 3M3KA 3FXRA 1NNTA 3W9WA 3RYBA 1RKMA 3MVYA 3M8UA 4THIA 5AA2D 5L9MA 4H5FA 3H6WA 4NF6B 3EQ1A 3A3UA 1PEBA 5I2KA 5L9SA 2DVCA 5CMMA 2UVGA 4JBZA 3LBSA 4R75A 3SEVA 2Y7IA 3L6HA 1B40A 4NWCA 4IGRA 3FV1A 4C1TA 3OO6A 1OQHA 4IO2A 1MM6A 1FQEA 3MP1A 3SEXA 4P0IA 1B46A 3SDFA 3PUYE 2A5TA 4Q5TA 1P1NA 1D4NA 2E1SA 5L8DA 2A5SA 4YAHX 4OHNA 1ZTYA 1S9TA 5KCJB 1B7ZA 1QUKA 1B5IA 4K3FA 4F18A 1AH5A 3H6TA 1HSEA 4JWOA 4PFTA 2VHAA 2QPQA 4MH5A 4FJPA 1N04A 3S9MC 1TXFA 1A99A 2DWJA 5ITOA 2P0SA 4EF2A 1R6ZA 5EYFA 2XXTA 4H65A 1JEUA 5ISUA 2D3IA 3T93B 3LSLA 1A8FA 1AMFA 1LAGE 4U4XA 5I2NB 3OMBA 4FORA 3K6UA 1EZPA 1BIYA 3HHFA 2ZMBA 1ZU0A 3CG3A 4FE8A 2CZLA 3BFTA 3B7DA 3N6TA 3CFLA 4HCYA 3KN3A 4U4SA 4F31B 3TQLA 1B3LA 2F6GA 4ONYA 3H7MA 4AB6A 4LZ7A 4ZECA 4GD5A 3C4MA 2VD2A 3C34A 2GH9A 2ONKE 1LBBA 5F1QA 4WXJA 2F97A 3MP8A 4XKPA 3K6VA 2DE4A 1WDNA 3IO4A 3ILUB 1SQYA 1GR2A 1AL3A 5AE4A 4G8HA 3QYTA 3LC8A 1QKAA 2R71A 3HV1A 1B4HA 4BLAA 1NNKA 1VFDA 1B7HA 4G2ZA 3U1OA 1N7XA 1LAFE 1NKXA 2UVJA 4I8CA 3BFUA 3SEWA 3RTFB 3TTMA 2H5YA 1N3XA 2DYXA 3U72A 1H3DA 4EQBA 3T9XB 1BP5A 3B6TA 5AA1A 2VOZA 1QULA 1LAXA 3HPIA 1FQBA 3SETA 4YMAA 1Y4CA 1SD3A 4QF9A 1QKBA 1R9QA 1OVTA 2NUVA 1PB8A 3T22A 3TTRA 4C1UA 4PFYA 1MY2A 4F39A 4ESXA 5DEXA 1UTHA 3OEKA 1IQ7A 3ONMA 3VV5A 3CHGA 4P11A 3TMGA 1IXIA 2IA4A 2WOKA 1JETA 2Q2CA 2XHDA 4EQ7A 4I62A 4F1UA 3U8QA 4G8MA 2RCAA 5HPQA 2OWSA 1UIVA 5CMKA 5KDTB 3C36A 4NTLA 5CI5A 1J1NA 4KQPA 2PBWA 4JSDA 2R9JA 4QFPA 5HBCA 2Q9TA 1H76A 1PBPA 3K6XA 5M2VA 4NF8A 2IEEA 3QXMA 2DXRA 3GXAA 4AQ4A 4R6KA 3K1NA 4BDOA 3R26A 2QS4A 1IXGA 2CMOA 4POXA 2XX9A 3S9NC 3TTKA 3PV0E 1TFDA 2O1MA 3B6WA 4G68B 2I3VA 3K01A 5BUUA 3HO7A 4G8NA 2ZXTA 1DPPA 3RTWB 3ILTB 1A55A 3OELA 1OLAA 3TODA 1A54A 3JZJA 1FTJA 3HCQA 3Q26A 5H8NB 2B4MA 2OWTA 2I4BA 5TP9B 2XXHA 4F2OA 2PX1A 3G3GA 4NEDA 2V84A 1CE2A 2UYEA 1Y20A 1URGA 5FHMA 3PPPA 1NFTA 2M8CA 3U92A 2DSFA 3RYAA 5AA2B 1T0KA 3OEMA 5CMBA 2ZYKA 3CIJA 1FTMA 1MQGA 4XTCQ 1POTA 4N07A 4YKJA 5H8FB 4H0WA 4ELPA 1MY3A 4OTEA 2XX7A 3RY3A 4HTGA 2QMWA 3TCFA 2HAVA 2X26A 4U23A 3VXBA 1LAHE 5F7VA 4WKMA 2ZNSA 4YB7A 3PAMA 3PMWA 3MWBA 5AA4A 4FEBA 4R2FA 3T9HB 3G3JA 2HEUA 3MVWA 5BWJA 4IY6A 1QVSA 1Y1ZA 1B1HA 3H4ZA 1B3FA 3VXCA 1II5A 1NH7A 2ZYOA 5I56A 3OSQA 3MQ9A 2ONSA 4YB6A 3TUSA 2QS1A 1O64A 2OBGA 2YJPA 4OZ9A 5CC2A 1Y9UA 2OZZA 5IAIA 3PMVA 3F11A 3I5OA 4ELOA 1IUDA 1XHYA 1P99A 3IB2A 3SESA 3N26A 2O1LA 2DS9A 4Q30B 2V93A 3PUWE 4FATA 4QFLA 1I6BA 1MQIA 4KPTA 5DVIA 4RYAA 1B5JA 3KBRA 2ZNTA 3QSLA 4GL0A 3MZBA 3O29A 4DCXA 1VR5A 2NXOA 4NF4B 5B7DA 3M3FA 4DLDA 4HCWA 1OVBA 3IJOB 4QSCA 4BDNA 4JSOA 2DE3A 4R2BA 4R9FA 3ZSFA 3DRGA 4NE4A 1D3KA 1LFHA 2NWJA 3UIFA 3VFJA 1NNFA 4NF5A 5H8QA 1IXHA 1Y1MA 1FQCA 2DE2A 3PUZE 4YU0A 4H1XA 2F7CA 3DRIA 1MXXA 3BBRA 2HZKA 1LFGA 3W9VA 4UACA 5L9OA 4M1VA 3PU5A 2F7AA 5ICTA 1GV8A 1M5DA 3Q28A 5H8HB 4F19A 2HAUA 5I59B 4EQ9A 4LUBA 3O2AA 4IB2A 3CFXA 3UN6A 1YAEA 2OK2A 4JDFA 3MJNA 3KSJA 5I58B 1UIUA 3C9HA 2UXAA 1US5A 2XXYA 3VDFA 1D9YA 3TTNA 3QUJA 5EHSA 1H43A 1S7YA 4F22A 3MPLA 2O68A 1MPBA 4DXCA 3IORA 3CRBA 3KN8A 2P1SA 3VVDA 1SI1A 2XD2A 3MBPA 5ELVA 1XT8A 3U93A 2I4CA 3DP6A 2B3FA 1ZIUA 1SDXA 3TPAA 4R72A 3EHSA 2PYYA 3TTLA 3GBAA 4OETA 4Z0IA 3O66A 4PFUA 2FA7A 3RT8A 3Q27A 5TPAA 1A40A 3DRHA 2REGA 1LLSA 4RA1A 3ZS6A 4ZEIA 5A5XB 4GXAA 4JB7A 3FVOA 2AL5A 1XVXA 1MXUA 4OEVA 1ZLQA 2VD3A 4JWYA 4NF6A 3T9VA 3KOSA 1D9VA 3M3LA 4HS7A 2PVUA 4IO4A 1ZJLA 2RC9A 4JWXA 1N84A 4GXSB 4GL8A 1JW5A 1DSNA 1A7LA 4YMBA 2GFEA 3THIA 1B52A 2E0SA 3G3KA 5FTHA 3OD7A 3CFZA 2UVHA 3RN8A 3E9XA 5ITPA 3CVGA 4MFIA 1JW4A 1MQDA 2XXRA 1YCJA 3RNNA 2XD3A 1B2HA 2I6EA 3DRJA 3CSBA 3FVKA 3ZKKA 1LBCA 2WOPA 1URSA 3O28A 2RC8A 4DE8A 2B4LA 4RPNA 3IB1A 1OIBA 4LA9A 2OCUA 4QFKA 1P1WA 5KCJA 1ATGA 3D4CA 4JXIA 1XOCA 3E13X 2WKYA 2ZNUA 3IO6A 1JVYA 1BTJA 3K00A 4R6HA 4DDDA 1VSOA 2DXYA 2UYFA 1L5TA 1YPNA 4FECA 3EHUA 1MRPA 4G77A 3QUFA 3RPWA 2F6PA 4U1OA 4OYVA 3DRFA 3MPKA 3GLBA 4FEDA 3A09A 4GLIA 5LOMA 2PT2A 3QAXA 1P1UA 2H9BA 2H25A 1B6HA 5J1DA 2H98A 5I2NA 4ZZEA 2Y7PA 3MUQA 3U94A 1N7WA 3ECRA 4H8JA 4YZZA 3HN0A 4I9DA 1USYE 3H3GA 1EZ9A 3FVGA 1WVJA 1B3HA 2XXWA 3UA8A 2Z8EA 3K1MA 3IX1A 3PPOA 4YKPA 3TEPA 3TFLA 4I1DA 2DWAA 4X9TA 3PMXA 1MG1A 3TELA 5EHMA 4MLVA 4LVQA 4OENA 1YTVA 2F5XA 4RPOA 3TCHA 2O6AA 3K1PA 2O51A 1MS7A 2YLNA 1B05A 1Z7ME 4EF1A 1R1NA 4H8IA 1ELJA 2GRVA 4IY5A 2XXUA 3USDA 5I57B 1UTBB 3I6VA 3N94A 3O6HA 4NWDA 1M5FA 3VLWA 2I48A 3V8XB 4ECFA 5DVJA 5I84A 1SYIA 2F36A 4NMYA 3FASA 1MPDA 1FCKA 2LAOA 5JTYB 3KGCA 2DVZA 5DTBA 5CMCA 1MPCA 2Z8FA 2GHAA 4LP2B 5K2XA 1OMPA 2THIA 2DWIA 2I0CA 3P7IA 3OO7A 4RY1A 3N6UA 4EXLA 4H5GA 4PE5B 4IO5A 1MXWA 4WEPA 4ELQA 5CM6A 3FXQA 4KCCA 4GFRA 3G3HA 2RKMA 1MY1A 3MZ1A 1HSLA 4AB5A 1TFAA 1FTKA 2V3TA 4ISUA 3TYHA 2B65A 4X1BA 3MW0A 1CB6A 4XKNA 1N0TA 4RXLA 1RYXA 4R74A 2V3UA 3MVXA 3CG1A 4IO3A 5TU0A 3VVFA 1O63A 4KYDA 1MQHA 5KDTA 4R6YA 1FQAA 4LQ5A 1B0LA 2RF1A 3O6IA 2Z22A 3BKIB 1HSJA 3H6VA 2XXPA 1QW0A 4F1VA 1GTKA 4G68A 3EF7A 5JEIA 2AYSA 4TLMB 2ABHA 3K6WA 1I69A 1AOVA 1MDQA 4F1YA 3V83A 4MF3A 3T66A 4KHZE 2GHBA 5H8NA 3C31A 3FD3A 5TP9A 4RK9A 3S9LC 1B51A 2HCAA 4N6PA 1SW4A 3O9PA 2ZYNA 3K02A 1VFEA 3W15C 5AA2A 3V89B 3EPEA 5I2KB 4TQUQ 1XS5A 2QS2A 4ZE9A 1M5CA 4QFOA 3L6GA 2G29A 1PB7A 1Y3NA 4POWA 3EHTA 4KI0E 1I6QA 4N13A 2W7YA 3VLVA 3GBBA 1B1XA 3FIRA 4DXUA 1B3GA 1VE4A 3HSTA 2A5TB 5KZTA 4DIGA 2QRYA 2DP8A 3SKPA 3H6UA 4PETA 4QSDA 3WAEA 2ALUA 4H67A 1SBPA 2H99A 2WOLA 3G7WA 2Q2AA 1OLCA 1SW5A 2O7IA 3TDJA 2ZYMA 4WEDA 1GGGA 4UA8A 2Q88A 4EUOA 5DT6A 2ANJA 4LONB 3PPNA 3IJXB 2V3QA 3OXNA 4ZZAA 1IITA 3KN7A 5FHOA 3FJGA 1NL5A 3MZ9A 4YB5A 4RJZA 3I3VA 4NF4A 3IK6B 2FYIA 4BDQA 3KZGA 2D5WA 3TZAA 5HM4B 3H03A 3DELB 1MM7A 4XIGQ 4OERA 3JV9A 3CR9A 1M5EA 4P0GA 3OO9A 3IL1B 4PP0A 4DXBA 1NH8A 5K2YA 4HW8A 1EU8A 4G68C 1H45A 3O6GA 2FNCA 1Z7NE 3FTOA 2QJEA 2VP1A 2Q8JA 3C32A 1PDAA 5H8HA 2XXVA 4O3BA 2Y7RA 5I59A 5H8SA 4GIZA 4L17A 4ZEFA 2QMXA 2P2AA 2I58A 5I58A 1FTLA 4GQOA 1BLFA 1N3WA 3RUMA 2Y84A 3IOTA 4OMBA 4F3SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PMSA 2KLFA 3O6PA 1NUZA 3FV2A 3RT6B 4GWSA 4GWUA 3OO8A 1LGBC 1ANFA 5LTCA 3FJMA 2PT1A 1ZKBA 4Z7EA 4QFNA 1XVYA 3GZGA 5EYGA 3PTYA 3K2DA 1BKAA 1N76A 3G3IA 5FTIA 1DOTA 4ZEDA 4PFRA 3FGSA 5ESYA 3IOWA 1IEJA 5LDZA 4XF5A 4NGUA 2YPNA 1LFIA 4KD5A 3ZKLA 3DRKA 4F3BA 3EKIA 2KQZA 1B58A 2CZKA 4U1ZA 3A3CA 1P1OA 2NOOA 2RC7A 3RQTA 1SYHA 4X48A 4ZS9A 5A5XA 3V5AA 4Q0CA 1LBWA 4OVSA 2Q89A 4F3GA 3SERA 5DEXB 1UTHB 3FATA 3K4UA 4YICA 1FBPA 1FBHA 2FIEA 2Y7KA 3KJ7A 4MNIA 4IO7A 3KEIA 1MXZA 3PUXE 4MEVA 3DP8A 1AIVA 3VE1B 2I3WA 1Y3PA 4LZ8A 1TWYA 1MY0A 2QSXA 4XKQA 2RINA 3IB0A 1JNFA 1NNPA 3B6QA 3E3KA 3JYRA 1DTGA 2O84X 1FBDA 4OEUA 4GOTA 1POY1 2Y7WA 4KCDA 1Y3QA 3TAJA 3PD8A 1O7TA 3IOVA 4EDPA 1DCUA 4YKIA 1IZ1A 4KYEA 2OJTA 1G0IA 4NF8B 3TKDA 4KYSA 3O97A 2V25A 1Q1KA 3LR1A 1FPKA 4U22A 4R9GA 4GWOA 4ZEKA 4DCYA 5IKBA 2HFBA 3VVEA 3BIGA 3PD9A 1NV1A 3OSRA 4P8BA 4KR5A 2I0BA 2KR0A 3E4RA 2F35A 3SEYA 3OENA 4U21A 1EZOA 1FTAA 2XXQA 1PBQA 3N5LA 3T9UA 3TCGA 4MLQA 3MYUA 2QL3A 2G93A 1SVXB 4EXKA 1A8EA 4O3CA 1PC3A 1B32A 4OVJA 4GRKA 1RDYA 1KA1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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