4XKRA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni-(l-his)(2-methyl-thiazolidine dicarboxylate) (co-crystallization with ni(ii) and cddeltahis medium supernatant)
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
464
structure length
464
Chain Sequence
KDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
total genus 171
structure length 464
sequence length 464
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkrA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkrA01
4Q30B 2UVHA 3D4GA 2QJEA 4JWXA 3FTOA 2Q2CA 3MP8A 1RYOA 3IJOB 4ESXA 2O68A 4ZEDA 1SW2A 2F7AA 1B0HA 2H4IA 4GQOA 3T66A 2D5WA 4G68A 1O63A 1OVBA 3TTKA 2VGQA 1YAEA 3M3LA 4JB7A 3G7WA 4C1UA 3PUXE 1GGGA 4JDFA 1PBQA 3FV2A 1GR2A 4ESWA 4N6PA 4AB6A 3T93B 4IY5A 1B32A 4EF2A 1IXCA 2ZMBA 2PT1A 3RQTA 3UGWA 2HZKA 4YMAA 1XC1A 1ZIUA 3H06B 1SVXB 2E0SA 3MZ1A 2FYIA 3EN3A 4KCCA 4P0IA 2PVUA 1IXIA 4ONYA 1NNKA 2Z8FA 3Q26A 3H3GA 3V5AA 3WAEA 4IGTA 4AB5A 1Z7ME 3K6VA 3S4UA 3MPKA 4EXKA 2E1SA 4TLMB 4H67A 4DIGA 4EQ7A 3VLWA 3E4RA 4C0RA 3PGFA 3I5OA 2AL4A 3RTFB 3U72A 1JNFA 3BKIB 3VVDA 2F34A 3IO6A 1B4ZA 4YAHX 4FECA 2F36A 1EZOA 3FGSA 3CHGA 3B7DA 1NH7A 1WDNA 1PDAA 1VR5A 4G4PA 3A3UA 3FUZA 4LP2B 4PFUA 2BJJX 2A5SA 4H8JA 4F19A 4QHQA 4QSEA 1J1NA 1B3EA 2H9BA 4KI0E 4F3SA 2XXUA 2ZNTA 3SKPA 5I59A 2Z23A 1B7HA 4DXCA 1LAFE 4F2OA 4XKPA 3MUQA 3RGYA 5I84A 5KCJB 1LGBC 4MLQA 1MPCA 3FZVA 3O66A 1QKBA 1SI1A 5DTBA 3QK6A 1MXWA 3UA8A 2Z22A 4U21A 3TQWA 2ZYNA 2QMXA 2OCUA 3FIRA 3IOWA 5AA1A 1ZKBA 3ODBA 4BLAA 1A8FA 5DVJA 1FQBA 2DSFA 1BKAA 1FTLA 2DP8A 4R6YA 3F11A 1JEVA 5EHMA 3V8XB 1VSOA 3C32A 2XXRA 2RF1A 3OSQA 2O84X 5TPAB 3OO8A 3MVWA 1IITA 1A54A 3OMBA 4QRZA 3ZKLA 1SD3A 1JW4A 3LR1A 1TXFA 3E9XA 3FVNA 3OENA 5I2KA 2Q2AA 3U92A 1BIYA 3FD3A 1DTZA 4RK2A 3OELA 3ZSFA 1MH3A 4PFWA 1LFIA 1PC3A 3T9UA 4GRKA 2QL3A 3MBPA 1AH5A 3OXNA 1LBCA 2OWTA 3CFXA 4KFQA 1JQFA 1D9VA 1MS7A 2GFEA 3TCGA 4GXAA 3BFTA 3VXCA 3KEIA 3TELA 4NWCA 5CMBA 1DSNA 1XT8A 4ZEBA 3TCHA 3W9VA 1IXGA 4ECFA 1MXYA 2O6AA 5DEXA 4KHZE 5L9MA 2XD2A 3MJNA 1SDXA 3LSWA 1IEJA 3G3GA 3R7XA 2WOPA 4XTCQ 4N13A 5TP9A 1NNFA 3RN8A 4OERA 3OEMA 2Z8EA 3EPEA 3DRFA 3ECRA 1FTOA 3IOTA 1S9TA 4ZS9A 5H8NB 2I0BA 1MPDA 1BLFA 2KLFA 1N0TA 1MDP1 3VV5A 3VE1B 3E3KA 3RNNA 2DXYA 2B4MA 4G8NA 4YKPA 2ZYOA 4ZEKA 1UTHA 4NMYA 4IY6A 3SEYA 1FTMA 4WEDA 2ALUA 4NF5A 4LQ5A 4PE5B 3I3VA 5LOMA 4GXSB 1L5TA 3GLBA 4MF3A 2WOLA 5CBRA 4YKKA 2H5YA 2ESNA 2VD3A 4FIMA 1MPBA 4H1XA 1FQAA 4RYAA 2A5TA 3HSTA 2ZYKA 1H44A 3MVZA 3KZGA 3C9HA 3FATA 4I8CA 2XXHA 3FJMA 1N3XA 4IO7A 2XXVA 4QFNA 3PPOA 3S9MC 4IO6A 2DWJA 2OZZA 1USYH 3DP8A 3O29A 3G3KA 4GIZA 2NOOA 1MY0A 1SW4A 3SDFA 4O3AA 2I49A 1B5JA 3O6HA 1TWYA 3S9NC 4ZZEA 4KYSA 3CRBA 2Q9TA 4YB5A 5FHNA 4Q0CA 3OO7A 3P7IA 3PUZE 2FNCA 2GRVA 4IO3A 3SERA 3TKDA 2HEUA 4YKJA 3MAMA 1OLCA 4NF6A 1I6AA 2F7BA 5I2NA 4F22A 3FXUA 2WKYA 5JTYA 1M5CA 3TAJA 4JXIA 5H8HA 3IAZA 3TPAA 2PMSA 4H65A 3K01A 1F9BA 3CSGA 2REGA 1YPNA 1A8EA 3TTNA 2DWHA 4NF4A 2AIXA 1USYE 1B05A 1AIVA 1ZTYA 4ELQA 3C35A 3SESA 3FJ7A 2NWJA 3VLUA 4H8IA 5I58B 3O28A 5AA2A 1XVXA 1B6HA 1H3DA 2Z8DA 3RPWA 4R9FA 4NTLA 1IIWA 4Q5TA 2V93A 4R6HA 1PB7A 3TEPA 3DP4A 1LFHA 3KOSA 3MWBA 3S2VA 3PPRA 3PPPA 3C4MA 4OETA 2UVIA 1MQHA 4AQ4A 3FVOA 3IJXB 4DCXA 5L8DA 3RUMA 2V3UA 3RT8A 1B3GA 5EHSA 3GBAA 1P1OA 4OHNA 1CB6A 1Y3PA 3K1NA 1QVSA 1NMUA 4BDOA 1SYHA 4QFOA 4MFIA 1B3LA 2HCAA 3IB2A 3RTWB 5CC2A 2CMOA 5TU0A 4ELRA 4RA1A 1TT1A 1P1WA 4NWDA 2O51A 2OJTA 4KYDA 2I58A 4R73A 1UIVA 3LSFB 1YTVA 3G3JA 4WKMA 4LATA 1R9LA 3TUSA 4U4SA 4XKQA 4JWYA 4EF1A 4EUOA 3THIA 4H0WA 3M3FA 2F78A 2DVZA 4GWOA 1N3WA 3KN7A 4ELOA 1URGA 3OOAA 4QSCA 3VVEA 3FXQA 4FEBA 3K00A 4ZEFA 3T9VA 1MY3A 4G68C 4IO2A 3KN8A 4RJZA 1JW5A 3DM0A 4IB2A 4YU0A 1MM6A 1UTBB 1NKXA 3L6GA 2DXRA 1AMFA 2F5XA 4F1VA 4RPOA 3TFLA 4YZZA 3U8QA 2I4BA 3CFLA 2F35A 1Y4TA 1SQYA 5DEXB 1KWHA 2UVJA 1LCTA 4ZE9A 5KZTA 4F18A 1EZ9A 4GF8A 3TQLA 3DELB 1UQWA 1R6ZA 4LZ8A 4HTGA 1ZLQA 2RCAA 3DRIA 1JVYA 3USDA 1XS5A 1QJMA 1MDQA 5ELVA 4GL0A 4ZZAA 2F7CA 3KFMA 3LC8A 4POWA 1DMBA 1MQIA 1POTA 3TDJA 4X1DA 3FJGA 3R26A 3CI8A 3N6TA 5J1DA 1HSLA 3C33A 3C36A 1QUIA 5CI5A 1IQ7A 5H8QB 5BUUA 3LBSA 2VP1A 2Y7KA 5I57B 1US4A 1UTHB 4MH5A 1VFDA 2R6GE 5DYHA 4NE4A 2I48A 1FQDA 1QUKA 1B1XA 3QAXA 2LAOA 3PD8A 4OFOA 3CIJA 4MLVA 3LVUA 4TOZA 3U94A 1ZBMA 4R75A 1FCKA 1QULA 1T0KA 3KGCA 3G3HA 3GZGA 3VXBA 3IB0A 4P11A 4OMBA 3W9WA 2D21A 4R2FA 2OK2A 3TTLA 3H6TA 4GLIA 2DWIA 1B52A 2A5TB 2XXQA 4G2ZA 2I0CA 2O1MA 3K0VA 1Y9UA 4F29A 3MP1A 4FEDA 5B70A 3HPIA 4OVJA 2QS4A 3MVXA 4LA9A 3RLFE 4GD5A 3O9PA 3SEWA 3K6UA 3ZKKA 2DWAA 4Q8RA 2Y7RA 1GV8A 4U1ZA 1N04A 1P1QA 1P99A 3FV1A 2I4CA 2P0SA 1Y4CA 3N6UA 4EQ9A 3K6XA 3PV0E 3IO4A 5I56A 5I2NB 4PFTA 1LCFA 4HW8A 5JTYB 3UN6A 5JEIA 3RYAA 5H8HB 1OQHA 4ZECA 3PMXA 3CFZA 2QPQA 1DPPA 1SYIA 1LSTA 3S9EA 2Q8JA 4NF8A 5ICTA 4ELPA 2RINA 1EU8A 1B40A 1OIBA 3PMWA 4NF4B 1ZU0A 1O7TA 1B46A 3H03A 1DTGA 3HHGA 4KR5A 2XHDA 4XKRA 4O3BA 4FATA 3IB1A 2VHAA 3K02A 4R2BA 2HAUA 1P1NA 4HS7A 4DCYA 2ONRA 4H6DA 3OD7A 3H7MA 4EDPA 3RY3A 1SI0A 2P1SA 1B5HA 4BDRA 4BDLA 2V25A 2RCBA 1DOTA 5KCJA 4H5GA 3H6WA 1FQFA 2V3QA 1TFDA 3E13X 3CR9A 1EH3A 4E0WA 2UYEA 3LUYA 3CG1A 4FAJA 3HHFA 3PU5A 3R6UA 4HCYA 1QUJA 2VD2A 1RYXA 2Q89A 4KCDA 3Q27A 4LONB 1MQJA 3Q29A 1Y3NA 3G3IA 1M5EA 4G68B 1N84A 4OFLA 1Y3QA 4F39A 1JVXA 2XXTA 3O6IA 4NEDA 1B3FA 3SEVA 3OSRA 2XX8A 1NL5A 5CMCA 3HV1A 4U23A 2NXOA 1LAGE 3V89B 1R9QA 1MQDA 3H6UA 3MZ9A 3O2AA 1FTKA 4R9GA 2QMWA 4FE8A 3QIMA 4YICA 1A7LA 3B6TA 2PT2A 2ONKE 1IUDA 3ILUB 1B9JA 2Q88A 4YB6A 1MY1A 2YLNA 5FTHA 2XX9A 1B2HA 1YCJA 4DXUA 4Z7EA 2I6EA 4BDQA 2XXWA 5F7VA 3TMGA 3RT6B 1O64A 2RC8A 3TTMA 3IK6B 1Z7NE 3LSLA 1LFGA 3EHSA 2Y7WA 3PUWE 2RC7A 4O3CA 1ZJLA 1MXZA 2F97A 2Y7IA 4K3FA 2IA4A 3IR1A 4TLLB 1B1HA 1XOCA 1PEBA 1XHYA 4EXLA 3RYBA 1FQCA 5DVFA 3W15C 3T96B 3PD9A 1RKMA 1B3HA 4X9TA 2F6PA 1R1NA 1LLSA 2H25A 1NH8A 1URDA 2DQVA 4XIGQ 5EYFA 4OQOA 1PB8A 4OENA 5HPQA 4RXLA 1LB8A 5ITPA 4GFRA 2P2AA 2I3WA 4I62A 3TODA 5FHOA 3U1OA 1FW0A 2QRYA 5H8NA 1OQGA 1MH4A 4F3GA 4RY1A 4THIA 2O1LA 1ATGA 5H8FA 1M5BA 4LZ5A 3U93A 5I59B 2QS1A 2I3VA 4LVQA 1A40A 3IOVA 5DVIA 3TYHA 4QSDA 3TTRA 2AYSA 5ITOA 1SW5A 3MQ9A 4RPNA 1B58A 4GL8A 4F3PA 1WVJA 4QFPA 5K2XA 1MM7A 1CE2A 4ZDMA 2DS9A 3JZJA 3EHTA 1PB9A 4N07A 5AA4A 4GVOA 3SEXA 3FVGA 3O6PA 1S50A 4PETA 4JSDA 4IO4A 5M2VA 4LUBA 4C1TA 2HFBA 4PQJA 4E0XA 4F1YA 2HZLA 4OEUA 3N26A 4H5FA 1B0LA 2ABHA 1MRPA 4WXJA 5B7DA 3ILTB 1B7ZA 4BDMA 2QSXA 3KG2A 4G77A 1ANFA 1VFEA 1I69A 3JYRA 2UYFA 1FTJA 1MXUA 3MVYA 5I2KB 3K2DA 3DRHA 3TCFA 1B5IA 4Z0IA 2X7PA 1BP5A 4OXVA 5CMMA 1N7WA 2R9JA 2V3TA 3Q28A 3K4UA 4U2RA 4HCWA 4OESA 3A09A 3CSBA 3LSXA 3EF7A 4DDDA 1EZPA 3UP9A 4YMBA 3O97A 4YKIA 4PFYA 2F6GA 3BBRA 3KBRA 2HQ0A 1FQEA 2XXYA 5I56B 2XD3A 3N5LA 1SBPA 2PYYA 3IOUA 1B4HA 3GXAA 1MXXA 3PPNA 2B4LA 3MC2A 1OVTA 2YJPA 4X1BA 2XXIA 4JWOA 1Q1KA 3AXFA 4P0GA 4NF8B 5CRYA 2B3BA 4RNSA 4U22A 5TP9B 4M1VA 3OO9A 5I58A 3T22A 3ZS6A 5A5XA 4OZ9A 1MY2A 4X48A 3PAMA 4FJPA 4UA8A 2UVGA 3M8UA 4OWDA 4WEPA 2IEEA 2FA7A 2OWSA 2DVCA 3H4ZA 2XX7A 1LAHE 3QYTA 5FTIA 1Y20A 3B6QA 4DE8A 5KDTA 1OMPA 4POXA 3K1MA 3VLVA 2QS2A 4OYVA 2Y7PA 4NF5B 1MY4A 1A99A 3K6WA 4ZE8A 4DLDA 2OBGA 3OO6A 3SEUA 4JSOA 3TZAA 2ZNSA 2QS3A 3IX1A 3DLNA 2ANJA 3PUYE 3IL1B 3SETA 2GHBA 1N76A 4ND9A 3UK4A 4EQBA 2G29A 3A3CA 3KSJA 4BDNA 2CZLA 3MZBA 1US5A 1JEUA 3MP6A 1LB9A 3DP6A 4PP0A 3KSXA 1HSEA 5JK4A 2XXPA 4JBZA 2F8DA 1QW0A 3EHUA 4KD5A 2GH9A 2RC9A 1B51A 3HO7A 3V83A 2M8CA 1ELJA 4ISUA 4NF6B 4G8HA 3C34A 4ZEIA 1DPEA 4XKNA 4R6KA 1LAXA 2Y84A 4L17A 1I6BA 1NFTA 5DT6A 4I9DA 2XXXA 4U4XA 4QFKA 3DRGA 1WODA 1UTBA 4LZ7A 4YB7A 5AA3A 1ZMGA 1A55A 3KJTA 4TQUQ 4R74A 2AL5A 1IXHA 1GVCA 2O69A 3DRJA 2DE2A 1MXVA 5IKBA 3T9XB 2DOJA 2VOZA 1LBBA 2ONSA 2O7IA 1H76A 5AE4A 1M5DA 3PPQA 2ZNUA 4DZ1A 5F1QA 5AA2B 3K1PA 4U1OA 5CM6A 3FXRA 3HN0A 1SW1A 1NNTA 2OLBA 2D3IA 4FORA 1TFAA 1MG1A 1PBPA 1D4NA 5H8SA 1B7UA 1Q35A 3EQ1A 3D4CA 4KQPA 1D9YA 5H8FB 5H8QA 3GBBA 4LQ2A 1JETA 2DE4A 5I57A 3VFJA 1QKAA 3VDFA 3B6WA 3JV9A 3FVKA 2NUVA 4UACA 1IZ1A 2HAVA 4OTEA 1GTKA 4F31B 1P1UA 2WOKA 3CG3A 3QSLA 5CBSA 2R71A 5K2YA 5AA4B 3S9LC 1POY1 5HM4B 4QFLA 2ZYMA 2HXWA 5TPAA 4MBPA 4GOTA 4IGRA 3UIFA 2NVUB 3KOTA 3WAFA 3C31A 2DYXA 3PMVA 1URSA 3QUFA 2RKMA 1H43A 3PUVE 4OFJA 2UXAA 3M3KA 2GHAA 1NNPA 2THIA 4R72A 1OLAA 3QUJA 2W7YA 3OEKA 1I6QA 3DRKA 1AOVA 3MW0A 4DXBA 3H6VA 2REJA 5HBCA 4F2QA 1MQGA 1XVYA 2ZXTA 3L6HA 3O6GA 4I1DA 5L9OA 1Y1MA 2O7UA 1Y1ZA 1UIUA 2DE3A 2H98A 4XXUA 2PBWA 1VE4A 3FASA 1S7YA 2X26A 5ISUA 2B3FA 4F3BA 5CMKA 3VVFA 3UORA 4IO5A 3I6VA 3ONMA 4M4GA 4G8MA 3Q25A 1D3KA 4KYEA 5AA2D 2B65A 4F1UA 3KN3A 3T9HB 3IORA 4QF9A 5FHMA 1BTJA 3G3FA 5ICQA 3QXMA 4RK9A 3N94A 1AL3A 5A5XB 1N7XA 5BWJA 1HSJA 1H45A 3CVGA 2V84A 2H99A 3BFUA 5IAIA 1M5FA 5L9SA 2X7QA 2YPNA 2PX1A 3HCQA 2G93A 1JW1A 4KPTA 5KDTB 1II5A 4OEVA 3MPLA 3KJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Q30B 2UVHA 3D4GA 2QJEA 4JWXA 3FTOA 2Q2CA 1K9YA 3MP8A 1RYOA 3IJOB 4ESXA 2O68A 4ZEDA 1SW2A 2F7AA 5IZZA 1B0HA 2H4IA 1G0IA 4GQOA 3T66A 2D5WA 1FRPA 5IZ3A 4G68A 1O63A 1OVBA 1FPBA 2OWZA 1RDYA 3TTKA 2VGQA 1YAEA 2HHMA 3M3LA 4JB7A 3G7WA 4C1UA 3PUXE 1FBFA 1GGGA 4JDFA 1PBQA 3FV2A 1GR2A 4ESWA 3RPLA 4N6PA 4AB6A 3T93B 4IY5A 1B32A 4EF2A 1IXCA 2ZMBA 2PT1A 3RQTA 3UGWA 4HXVA 2HZKA 5EQ9A 2WBDA 4YMAA 2HXRA 4P3LA 4N17A 1BK4A 1XC1A 1ZIUA 2PCRA 1NV0A 3H06B 4PF6A 1SVXB 2E0SA 3MZ1A 4X04A 2FYIA 3EN3A 4KCCA 4P0IA 1KZ8A 2PVUA 4PF8A 1IXIA 4ONYA 2WX9A 1NNKA 2Z8FA 3Q26A 3H3GA 3V5AA 3WAEA 4IGTA 4AB5A 1Z7ME 3K6VA 3S4UA 3MPKA 4EXKA 4N4UA 2E1SA 4TLMB 4H67A 4DIGA 4EQ7A 3VLWA 2XXKA 3E4RA 4C0RA 3PGFA 3I5OA 2AL4A 3RTFB 3U72A 1JNFA 3BKIB 3VVDA 2F34A 3IO6A 1B4ZA 4YAHX 4FECA 2F36A 1EZOA 3FGSA 2XWIA 3CHGA 3B7DA 1NH7A 1WDNA 1PDAA 1VR5A 4G4PA 3A3UA 3FUZA 4LP2B 4NF0A 4PFUA 2BJJX 2A5SA 4H8JA 4F19A 4PAKA 4QHQA 4QSEA 1J1NA 1B3EA 2H9BA 4KI0E 4F3SA 2XXUA 3KBZA 2XWKA 2ZNTA 3SKPA 5I59A 2Z23A 1B7HA 4DXCA 1LAFE 4F2OA 4XKPA 3MUQA 1YYZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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