4XKRA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni-(l-his)(2-methyl-thiazolidine dicarboxylate) (co-crystallization with ni(ii) and cddeltahis medium supernatant)
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
464
structure length
464
Chain Sequence
KDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
total genus 171
structure length 464
sequence length 464
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkrA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkrA01
4NWDA 3W15C 2B4LA 3OXNA 3KOSA 3B6QA 3U93A 5ITOA 3FVGA 3QAXA 3MP1A 3BFUA 3D4CA 4ZEFA 1A55A 3T9XB 3O29A 3O66A 5CRYA 2I58A 1MDQA 3HPIA 2O1LA 2DYXA 3CFLA 3OEKA 2DOJA 3IR1A 2UVJA 3R26A 4PFUA 3CRBA 1GV8A 1O7TA 4JWYA 1UIVA 1NH8A 2WOKA 3MVXA 4MF3A 4JDFA 4P0IA 2M8CA 4RY1A 5L9SA 1A40A 1UTHB 2THIA 1OLCA 2A5SA 3M3KA 5JTYA 1POY1 2UVHA 3MBPA 4IGTA 4F3BA 4KHZE 5K2YA 5IAIA 1QJMA 1P1NA 1Y4CA 5JK4A 4NMYA 3IORA 1B1XA 1PB8A 2RC8A 1NNKA 4PE5B 3IOVA 2G93A 1I6BA 2XXWA 3PMVA 1S7YA 2OLBA 3MWBA 4H5GA 3RQTA 3VXBA 1DMBA 1OMPA 4IO2A 2KLFA 4DIGA 4OMBA 4LUBA 5ICTA 4WEPA 1MXYA 2F35A 2ALUA 1N3WA 2DXYA 3ZS6A 3FVNA 4H67A 4JWOA 4POXA 4DZ1A 4JB7A 3E13X 1B9JA 4DXBA 5ICQA 2V3TA 3RGYA 3LVUA 1MXVA 1M5DA 3T9HB 1DTGA 3VVDA 4DDDA 4F39A 3I3VA 3P7IA 3DRKA 1UQWA 4IO5A 5CMBA 1EZOA 3FATA 3H06B 4EXLA 1LB8A 1XOCA 3OD7A 4F18A 4R72A 3HV1A 2DWJA 5KZTA 3MP8A 2I0BA 2O6AA 1BKAA 2W7YA 3EHTA 1MPBA 4FJPA 3T93B 3I6VA 1WVJA 3SEVA 1P1WA 1PB7A 3K1MA 1MQIA 4LA9A 3RUMA 2OBGA 1MY1A 4OWDA 1MQDA 4GF8A 2NWJA 4GD5A 4GFRA 4AQ4A 2R71A 1O64A 3ECRA 3S9MC 4UACA 4LATA 4K3FA 1IUDA 1AL3A 1SVXB 4FORA 3HHFA 2HEUA 4ELPA 4HW8A 4N13A 3VE1B 1MQHA 1URDA 2Q89A 2F7AA 5AA4A 4PFTA 1MY3A 4DCXA 3PUXE 3TDJA 1N7XA 2DS9A 5ELVA 2Q2AA 3L6GA 3GLBA 3KEIA 2ZYMA 4H8JA 2Z8FA 3LUYA 4LP2B 1QUKA 2XD3A 1GGGA 3R6UA 1GTKA 3BFTA 3SEYA 5AA4B 2I4BA 1KWHA 3TCGA 4PFYA 4DLDA 1I6QA 4XKPA 1DPEA 4U2RA 1BP5A 3H6UA 4E0XA 2QRYA 1FTJA 3HSTA 5J1DA 4LQ5A 1ZKBA 1UTBA 5EHMA 3LC8A 1B3FA 1LGBC 2O1MA 3MVWA 2AYSA 3SDFA 5I84A 1P1UA 1VE4A 4WKMA 4RPOA 4F31B 3USDA 5FHNA 4HS7A 1Y4TA 4NF5A 5I59A 2GHBA 4R9FA 2DE3A 1URGA 3PPQA 1TXFA 1IXIA 3M8UA 4OHNA 1FQBA 3LSXA 4KI0E 2DWHA 2GHAA 1II5A 3GBAA 3H6TA 4NF5B 5I59B 3S4UA 1MM7A 2XXRA 3VLUA 1B6HA 1SI1A 3S2VA 4EXKA 2E1SA 5A5XA 3RLFE 3TYHA 4YZZA 2P0SA 4OVJA 4YICA 5B7DA 5KDTA 2O7UA 2QL3A 2OWTA 2F97A 1NKXA 4BDRA 3PPRA 2CMOA 3KZGA 3PGFA 1B52A 3D4GA 3LSFB 1FTKA 1LLSA 5H8FA 3IO4A 1JEVA 3K1NA 4ZDMA 1FQDA 3CFXA 4QFOA 3FASA 2VD3A 4OENA 4YB6A 3DP6A 3KG2A 5HM4B 1USYE 2H4IA 1QUIA 3WAEA 3H7MA 2F5XA 2XXVA 1B3HA 2ONKE 3MW0A 3SKPA 4ISUA 3ILUB 3FTOA 5I56B 4WEDA 5H8FB 3GXAA 5AA3A 3U8QA 2PX1A 1IQ7A 4JBZA 2F8DA 1TFDA 1YTVA 4R6YA 3DLNA 1JW1A 3PUZE 4F2QA 3IK6B 1B0LA 3OO9A 2Q2CA 3KN3A 4DE8A 1B2HA 2ZYNA 1D9VA 5H8SA 1OQGA 3IJOB 3DRHA 2XX9A 3C32A 1TWYA 4QFKA 3O97A 4ESXA 2ONSA 1PDAA 2OJTA 4HCWA 2O84X 2I48A 4UA8A 3C31A 1MXZA 4OETA 4LVQA 4BDQA 2A5TA 3IO6A 4Z0IA 2FA7A 4THIA 3V89B 1B46A 2V3UA 3WAFA 1B1HA 1N3XA 2WKYA 4OEUA 4LQ2A 4G8HA 1HSEA 5DVFA 3TTRA 2Z23A 1IZ1A 4RXLA 2A5TB 4H0WA 5HPQA 2X7PA 3TUSA 3MZ1A 4C1UA 4R6HA 1HSLA 3H6VA 4ZECA 4KYSA 1FQAA 1MY0A 1MXWA 1B3GA 4QFNA 1SYIA 3UP9A 4QFLA 2V25A 3BKIB 1US5A 1A54A 3TTKA 3TTMA 5I58A 2ZYOA 1P99A 1MXXA 1N84A 1S9TA 1MS7A 5ITPA 5I2NA 2ANJA 3OO8A 3IL1B 3CHGA 4BLAA 2PBWA 4FEDA 2O7IA 3LSWA 2F6GA 3RPWA 4QSEA 1I6AA 1LBCA 1RYXA 2Y84A 4H65A 1B7ZA 1LAFE 4G8MA 4NF8A 2RCBA 1TT1A 2ZYKA 4IO4A 3MPKA 2HAUA 1B05A 1PBQA 2GRVA 3FJMA 4YKKA 1R1NA 3IB0A 3VDFA 1Z7ME 3G3IA 4U1ZA 1FCKA 4NF8B 2F78A 4RNSA 4X1BA 1MY2A 1B7UA 2DE2A 4BDOA 3E4RA 3DELB 1Y3NA 1N76A 1IXHA 3LSLA 4ONYA 2QS1A 4KFQA 1TFAA 2H25A 3OELA 3H03A 3GBBA 4ELRA 5L9MA 1Y20A 3T22A 4G68C 4ZE9A 2DVZA 5JTYB 1SBPA 1NNFA 4G68A 4NF4A 1WODA 2RCAA 4ZZEA 2HZLA 4F1UA 4OFOA 3MJNA 4MLVA 4XKRA 3G7WA 3UN6A 1H43A 3UIFA 4OFJA 3PD9A 4AB6A 3U92A 3KSXA 3PMXA 1SYHA 4YU0A 4P0GA 2F6PA 1MM6A 2OK2A 4NF4B 2AL5A 3PD8A 1BLFA 4Q0CA 4U22A 3CG3A 2Q8JA 4F3GA 4C0RA 1I69A 4Q30B 4BDMA 2XXTA 4RK2A 2QS3A 2IA4A 1AIVA 3KFMA 3TODA 1BTJA 2UYEA 1AMFA 4FIMA 2ZXTA 3K4UA 1SQYA 1FW0A 2UYFA 1MPCA 1J1NA 3TEPA 3SEWA 1M5FA 4U4XA 1FTMA 2QJEA 3VFJA 4G4PA 3VVFA 2PYYA 4RJZA 2HCAA 1LCTA 1MY4A 3PAMA 5BUUA 4TLMB 4KYDA 4I8CA 5CBSA 1EZPA 1Y9UA 2Y7RA 2WOLA 4ZEIA 2O69A 4ZEDA 2UVIA 1BIYA 4EUOA 3T9VA 3MZ9A 1PB9A 3N5LA 2D3IA 4IO3A 2I49A 3O28A 3DP8A 4OXVA 3ZKKA 3HCQA 4EF1A 4DXCA 3IOWA 4EF2A 4R2BA 1GR2A 3KJ7A 2RC9A 4IY5A 5IKBA 2XHDA 2B65A 4ND9A 1XT8A 2XX8A 2H98A 1P1OA 1M5EA 2I4CA 4ZEKA 3CG1A 3G3JA 2LAOA 3H3GA 3MQ9A 3VVEA 3VXCA 3TQWA 4F3SA 3K2DA 3CSBA 5DT6A 4NE4A 4BDLA 4F3PA 2R9JA 2QMWA 4MH5A 1N04A 2HZKA 3W9WA 2VOZA 3S9EA 2P1SA 2ESNA 2VGQA 1YPNA 1IXGA 4MBPA 3DRJA 3O6GA 4U1OA 2DE4A 4R2FA 1B3LA 5FHOA 1SW4A 4FE8A 1OVTA 5I2KA 1MH4A 2P2AA 2YPNA 3FUZA 3RNNA 4OERA 1UTBB 3B7DA 1MXUA 3U94A 3PPNA 5TU0A 4QSDA 3RN8A 4E0WA 2ABHA 3G3GA 3N6UA 1H3DA 5I57A 3FJGA 3K6XA 1T0KA 1MPDA 2V3QA 1B7HA 5I2KB 2B3FA 1OVBA 1MQGA 2YJPA 4GIZA 3KSJA 3MVYA 1FQEA 4YB5A 3C35A 1Q1KA 2HQ0A 4OYVA 5KCJA 2VP1A 1Y3PA 4R9GA 1NFTA 3N26A 4MLQA 1EH3A 3GZGA 3TCFA 5I57B 1OLAA 3DM0A 2ZMBA 3V5AA 2XXUA 4F1VA 4R6KA 3OMBA 1MDP1 1LB9A 1QW0A 3QXMA 1O63A 4G2ZA 2FYIA 3FV2A 5A5XB 5KCJB 1PEBA 1LAGE 1NH7A 2VD2A 3O6IA 1MH3A 2RF1A 3E3KA 1A8FA 4ZEBA 4QHQA 5TPAA 5CMKA 2NOOA 1IXCA 1SD3A 1SI0A 3IX1A 5KDTB 3A3CA 2DWIA 4YAHX 3TAJA 3EHUA 4FATA 1LSTA 3JZJA 4IO6A 4YKJA 4O3AA 2Z22A 3LR1A 2DVCA 2OCUA 4ZZAA 4I1DA 3ZKLA 3C34A 3OO6A 3PMWA 4I62A 4TOZA 4QFPA 1DTZA 2NXOA 4O3CA 2XXPA 3IOUA 3OOAA 4POWA 4FEBA 3O6PA 4XIGQ 1ANFA 2F7CA 1P1QA 2QS4A 1LFGA 1D3KA 1LFIA 3T96B 4ECFA 3H6WA 4KPTA 4G8NA 3MPLA 1ZLQA 1QVSA 4EQ9A 2B4MA 2AL4A 2BJJX 1JVYA 3IJXB 5ISUA 2HFBA 1MQJA 1GVCA 4KCDA 3K1PA 3KBRA 1Z7NE 2RINA 3MP6A 4YMBA 4I9DA 1B4HA 4XTCQ 1DPPA 1M5BA 3KN7A 1R6ZA 3C33A 2ZNUA 3M3FA 4EQBA 2X26A 3MAMA 1S50A 2PT2A 4X9TA 3MVZA 2HXWA 4Q8RA 5AA2A 4KD5A 1VFEA 1ZU0A 4EDPA 3PUYE 2DP8A 3VLWA 3L6HA 2FNCA 3UGWA 1FTLA 3EPEA 1FQFA 3TTNA 3OENA 1JNFA 1A99A 3K6VA 4M4GA 5L9OA 3CFZA 4RYAA 1B32A 3RY3A 4F19A 3I5OA 1F9BA 5AA2B 4PETA 3EHSA 4LONB 2V84A 2O68A 1UIUA 1RYOA 4GQOA 5F1QA 1DSNA 4Q5TA 2I6EA 1SW1A 5I58B 3FV1A 2XXQA 2RC7A 4U4SA 4GVOA 4H6DA 4KR5A 2ZNSA 2Q88A 3W9VA 5I2NB 1B3EA 5AA2D 3FXUA 2XXXA 4OZ9A 2YLNA 2DXRA 1NNTA 1UTHA 5CMCA 3AXFA 4IGRA 1XHYA 3JYRA 4H5FA 4PFWA 1ATGA 3CR9A 4G77A 1H45A 2QS2A 3O2AA 2AIXA 2Y7IA 3RTFB 2D21A 1HSJA 1Y3QA 4Z7EA 1Q35A 4RPNA 5DTBA 5AE4A 3CI8A 2OZZA 5M2VA 1NMUA 4GRKA 4GWOA 4JXIA 2Y7WA 2OWSA 1A7LA 3KJTA 3A3UA 2QMXA 1URSA 4JSOA 1CE2A 3FGSA 1IITA 1CB6A 2I0CA 5H8QA 1SDXA 3KN8A 3K6WA 1XVXA 2PT1A 2WOPA 3SESA 3THIA 4C1TA 2NVUB 2I3WA 4YMAA 2IEEA 2PVUA 3QYTA 3FXQA 3OSRA 2DQVA 1EZ9A 1SW5A 3SEUA 1PC3A 4F1YA 4ELOA 3PPOA 3RTWB 2VHAA 4G68B 3N94A 1LAHE 3T9UA 4F29A 1R9QA 5H8QB 3G3FA 3PU5A 4ZS9A 3TFLA 3Q28A 4JWXA 4U23A 3ODBA 1B4ZA 2F34A 3JV9A 2F7BA 4RA1A 1QULA 1FTOA 1LFHA 3V83A 2I3VA 3O6HA 3K01A 1OQHA 2O51A 3B6TA 1QUJA 3QIMA 3H4ZA 3FIRA 3U1OA 3SERA 3M3LA 4JSDA 1JVXA 3HN0A 4R74A 3S9NC 1B5IA 2B3BA 2QSXA 1H44A 1B5HA 4PQJA 1B58A 4RK9A 3QK6A 2XXYA 4OQOA 1IIWA 4GXSB 2H9BA 4F22A 5DEXA 4GLIA 3ONMA 4NWCA 4MFIA 3FXRA 1FQCA 4HTGA 4AB5A 3LBSA 1WDNA 4OFLA 1USYH 1ZJLA 1H76A 4NF6A 3QUJA 1B51A 5EHSA 1IEJA 1OIBA 3V8XB 4OTEA 3PV0E 4ELQA 4O3BA 5DEXB 5FTHA 2DSFA 5CMMA 2F36A 4R73A 2REJA 1B40A 3VLVA 1QKBA 5CC2A 3IB2A 2G29A 4U21A 3RYAA 3B6WA 3QSLA 1B0HA 1ZMGA 2XX7A 4NF6B 1XC1A 3MUQA 4ZE8A 1ZBMA 1AH5A 3BBRA 2RKMA 4XKNA 5CM6A 2Z8DA 4OEVA 1VFDA 3ZSFA 5BWJA 3EQ1A 4DXUA 1JETA 1JQFA 1JW4A 5JEIA 3UORA 4QF9A 1DOTA 3G3KA 5L8DA 3OO7A 1YAEA 4NEDA 4FAJA 3CSGA 5H8HA 1LBBA 3CIJA 3OSQA 4KYEA 1EU8A 5F7VA 2ZNTA 3KOTA 4DCYA 5DVIA 5CBRA 1VSOA 3RYBA 1Y1MA 5HBCA 4PP0A 3FVKA 5H8NA 3RT8A 1JEUA 1N7WA 1NL5A 4TLLB 3FZVA 4GXAA 3TPAA 3TCHA 5H8HB 2H99A 4IB2A 4P11A 2D5WA 3RT6B 3FD3A 4R75A 2CZLA 5H8NB 4OESA 4H1XA 2PMSA 1ZTYA 3OEMA 1Y1ZA 3FVOA 2UXAA 3SETA 2UVGA 1MG1A 2GFEA 3Q26A 3F11A 4GL0A 3IB1A 3O9PA 1YCJA 4LZ8A 5DVJA 4HCYA 1LCFA 3Q29A 3CVGA 5EYFA 4H8IA 2REGA 4XXUA 3K6UA 4N6PA 2Q9TA 1PBPA 4M1VA 2H5YA 4X48A 4EQ7A 5I56A 5CI5A 3C9HA 5DYHA 2Y7PA 2XXIA 4X1DA 4FECA 4KQPA 2Y7KA 1RKMA 3VV5A 4LZ5A 3PUWE 3K0VA 4LZ7A 3T66A 4GOTA 4NTLA 2XD2A 2V93A 5TPAB 4F2OA 1LAXA 5LOMA 3TZAA 4GL8A 1XS5A 4BDNA 3DRFA 4WXJA 3IOTA 1NNPA 4N07A 3IAZA 3Q25A 1QKAA 3TMGA 3QUFA 2R6GE 3UK4A 1D9YA 1POTA 1B5JA 3TQLA 3DRIA 4IO7A 4QRZA 3MZBA 4KCCA 1ELJA 3HO7A 3E9XA 3PUVE 3UA8A 3G3HA 2NUVA 2GH9A 1SW2A 2HAVA 1JW5A 4YKPA 5FHMA 4XKQA 3N6TA 3HHGA 3TELA 3U72A 1MRPA 2QPQA 1R9LA 3TTLA 2XXHA 3C36A 2E0SA 1L5TA 4YKIA 1US4A 2DWAA 3K00A 4IY6A 2Z8EA 3Q27A 1N0TA 1A8EA 1VR5A 3C4MA 1ZIUA 3DRGA 3R7XA 1AOVA 3SEXA 1D4NA 5TP9A 3MC2A 3EN3A 4ESWA 5AA1A 4L17A 3K02A 1XVYA 3A09A 3DP4A 3ILTB 3TKDA 5B70A 3S9LC 5FTIA 3EF7A 3KGCA 3FJ7A 5TP9B 4TQUQ 2X7QA 4QSCA 1M5CA 4YB7A 2ONRA 3PPPA 5K2XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NWDA 2Y5KA 3W15C 2B4LA 3OXNA 2QVUA 3KOSA 3B6QA 4JVCA 4NN3A 4XEQA 3U93A 5ITOA 3FVGA 4N17A 2PCRA 3QAXA 3MP1A 3BFUA 3D4CA 4N91A 4ZEFA 1A55A 3T9XB 3O29A 2DDKA 3O66A 5CRYA 2I58A 1MDQA 3HPIA 2O1LA 2DYXA 3CFLA 3OEKA 2DOJA 3IR1A 2UVJA 3LUZA 3R26A 4PFUA 3CRBA 1BK4A 1FPKA 1GV8A 1O7TA 4JWYA 1UIVA 1NH8A 2WOKA 5IZ1A 3MVXA 4MF3A 4I40A 4JDFA 4P0IA 2M8CA 4RY1A 5L9SA 1A40A 1UTHB 2THIA 1OLCA 2A5SA 3M3KA 5JTYA 1POY1 2UVHA 3MBPA 5LTCA 1FBCA 4IGTA 4F3BA 4KHZE 5K2YA 3E78A 5IAIA 1QJMA 1FBGA 1P1NA 4HE0A 1Y4CA 5JK4A 4NMYA 3IORA 1B1XA 4OVTA 1PB8A 2RC8A 1NNKA 2VPNA 4PE5B 3IOVA 2G93A 1I6BA 2XXWA 3PMVA 1S7YA 2OLBA 3MWBA 4H5GA 3RQTA 4H45A 3VXBA 1DMBA 1OMPA 4IO2A 2KLFA 4DIGA 4OMBA 4LUBA 5ICTA 4WEPA 1MXYA 4GWXA 1YZ0A 2F35A 2ALUA 1N3WA 2DXYA 2GQ1A 3ZS6A 3FVNA 4H67A 4JWOA 4POXA 4DZ1A 4JB7A 3E13X 1B9JA 1YXIA 4DXBA 5ICQA 2V3TA 3RGYA 3LVUA 1MXVA 1M5DA 3T9HB 1DTGA 3VVDA 4DDDA 4F39A 3I3VA 3P7IA 3DRKA 4PDDA 1UQWA 4IO5A 4PDHA 5CMBA 1EZOA 3FATA 3H06B 4NG7A 4EXLA 1LB8A 1XOCA 3OD7A 4F18A 4R72A 1NUXA 3HV1A 2DWJA 4OVRA 5KZTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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