4ZE9A

Se-pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine a
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
490
structure length
489
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
total genus 144
structure length 489
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ze9A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ze9A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4ze9A02
4F18A 4F22A 3CFZA 4IGTA 3M3LA 4EXLA 2VP1A 3DELB 4NF4A 4EF2A 1B4HA 2VD2A 4GFRA 4QFKA 3R7XA 3MVWA 2D5WA 4DXUA 3FVGA 1MY3A 1FQBA 1YTVA 3G3HA 1ZMGA 4HCYA 3IAZA 3T96B 2Q88A 2NWJA 1N76A 1GTKA 4G68C 1SVXB 1B32A 1MXYA 2QL3A 2Z8EA 4KCCA 3T9HB 4NTLA 4TQUQ 4AB6A 3IO6A 4KHZE 3TYHA 1MDQA 4ZEDA 3Q27A 3OOAA 4M1VA 3W15C 4BDQA 3IJOB 2Y7KA 1NKXA 1NNKA 2I4BA 4LP2B 5H8FB 4GQOA 3N6UA 1MY4A 1MXVA 1Z7ME 3SDFA 1LFGA 3OO7A 3H3GA 3C32A 4LZ8A 4IO5A 1B46A 4Q0CA 2YPNA 4I8CA 1OLCA 1Y1MA 4LQ2A 2GHBA 1DSNA 2VD3A 4G8NA 1OLAA 3K0VA 2QMXA 2V93A 4H5GA 3DLNA 1Y3NA 2H5YA 3SEYA 4H8IA 4FAJA 2F6PA 5HPQA 4K3FA 2WKYA 3A3UA 4WEPA 4WKMA 4FECA 1NNPA 4JSDA 1SBPA 2HXWA 1UQWA 3FVKA 1N3XA 2ZXTA 4OHNA 4GLIA 4GIZA 3MJNA 1FQEA 1IZ1A 1FTLA 3CG1A 3DRFA 2HAUA 3TTKA 2ZMBA 5CBRA 2P2AA 3OENA 2O84X 1OVTA 4KYDA 3UN6A 3V89B 1SW1A 1UIVA 1MQGA 3V83A 5AA1A 4GL0A 3SEWA 4Q30B 3KN7A 1TWYA 2F36A 4YKPA 1UIUA 5TPAB 2DOJA 1MG1A 1XC1A 3OELA 4ONYA 4DCYA 1TFAA 1A8EA 4XKRA 4EUOA 1EU8A 3OEMA 1TT1A 1JEVA 5AA4A 3PUZE 3VE1B 4LONB 3SKPA 2DVZA 1Z7NE 4GVOA 4YICA 3HV1A 1VFEA 2OCUA 3DP6A 1O7TA 1USYH 4U1OA 2RC8A 1LLSA 2FYIA 1JNFA 3EHUA 5K2YA 1MRPA 4H1XA 1JETA 3MVXA 3TELA 3O2AA 1P99A 3FTOA 3G3FA 3IK6B 3TKDA 1B3LA 4XXUA 4YKIA 1S9TA 3DP4A 1MQDA 5L9MA 3TEPA 1UTHA 3JV9A 1B7ZA 1B0HA 3FJ7A 4OTEA 3B6QA 4IB2A 4FE8A 4OETA 4PFTA 3DRKA 4JXIA 4E0XA 3H6WA 1QUKA 4DE8A 4RXLA 4JWYA 4F29A 1BKAA 2F34A 2VOZA 2DVCA 2Q89A 3CIJA 5AA2B 3I6VA 2DYXA 3ECRA 4DCXA 4X1DA 1HSLA 3RNNA 3UGWA 4IO7A 1B40A 1MQJA 5I59B 3QIMA 4H8JA 3RLFE 2F35A 3N6TA 2X26A 1B3HA 3CFLA 3CFXA 3S9LC 1URSA 3RY3A 3H7MA 1B5IA 1OQGA 1M5DA 4U2RA 1MY1A 1MXUA 2WOKA 3V8XB 4EDPA 1DPEA 4ESWA 1B2HA 2DE3A 3C9HA 2WOLA 3MC2A 2XXYA 1MY2A 1P1UA 3TCGA 2QRYA 3N26A 1QUJA 3CRBA 4G68A 3DRHA 4Z7EA 3T66A 5H8HA 4N13A 4XKQA 3TPAA 5AA2A 1JW5A 3MW0A 1A7LA 1SI0A 5H8SA 1LBBA 3PUVE 3IB2A 5B70A 5CRYA 5I2KB 2V84A 3MPLA 1PBPA 5F7VA 2R6GE 1B1HA 3RUMA 5I59A 3G3KA 3R26A 2HFBA 4KI0E 3O6IA 3KSJA 1Y1ZA 2OWSA 1IEJA 2F7BA 1B05A 4EQBA 4R9GA 1WVJA 3B6WA 3C35A 4GWOA 3RYAA 3QK6A 2OBGA 3LSXA 4U22A 2B3FA 1XS5A 1II5A 1WDNA 3O66A 1LB9A 3THIA 4QFPA 5DYHA 3HPIA 2QS4A 1LFIA 5TP9A 3I3VA 4F2OA 2REGA 3QXMA 2OWTA 4ZEFA 3HHGA 2DXRA 1B9JA 2HQ0A 5I2NB 5I56B 2I3WA 4OFOA 4XIGQ 3LSLA 5K2XA 3RT6B 3FUZA 3RTFB 4ECFA 4PP0A 2ONRA 3FIRA 4R74A 3GBBA 1CB6A 4H5FA 1Q35A 4GRKA 4C1UA 5IAIA 1IIWA 4QFOA 4H65A 4IO6A 4QSEA 2GFEA 2Z8DA 1SW2A 3VLWA 1LAHE 2XX7A 4EQ7A 2X7PA 4XKPA 4ZECA 4YB7A 3MVZA 4DIGA 1MPDA 5M2VA 4IY5A 3KJ7A 5HM4B 4O3CA 2ZYNA 1ZJLA 1I69A 1MH3A 3PPPA 3OMBA 3O29A 3E9XA 3KG2A 3OXNA 5I58B 2IEEA 1UTBB 4OYVA 3MPKA 1B58A 4P0IA 5I2NA 5I56A 1PB9A 1I6QA 5CMCA 3RQTA 2F6GA 1QKAA 3TQLA 5DVFA 1S50A 5F1QA 4Q8RA 4RNSA 3W9VA 2RKMA 2YLNA 4JWOA 4XTCQ 4FIMA 1IUDA 3MP1A 2FA7A 3I5OA 5CMMA 5AE4A 1JW1A 1Y9UA 5KDTA 4G8HA 4OENA 2G93A 1P1WA 1TFDA 5AA3A 3GXAA 4BDNA 2UVHA 1BIYA 1PC3A 1H45A 2UYEA 3ILTB 5B7DA 2QPQA 3RTWB 3CI8A 1ZIUA 3Q28A 3H6UA 4YAHX 3TFLA 2B4MA 4YMBA 2LAOA 1A99A 2Q2CA 3FXUA 1A55A 3WAFA 5DT6A 3ZKKA 1IQ7A 5HBCA 4ZZAA 2XXTA 5I58A 3KN3A 3OO9A 1UTBA 3OSQA 4YMAA 4YB6A 2Y7PA 3LC8A 2H99A 3O6GA 3PV0E 1M5EA 3E3KA 3KBRA 4YKJA 1CE2A 4R6YA 2R9JA 4ZS9A 3GLBA 4OZ9A 3TTMA 1LAFE 1M5CA 4DXBA 1M5FA 4X9TA 4F3BA 1DMBA 1B7HA 1MQHA 3W9WA 4AB5A 1HSJA 3VVEA 3FATA 5EHSA 2DE4A 2CZLA 2NXOA 2OZZA 3D4GA 1FQFA 3USDA 2DXYA 2PMSA 1R9LA 1AL3A 3ZS6A 4GOTA 1EZOA 4NE4A 2NOOA 4BDLA 3MZBA 1D4NA 4O3AA 1H3DA 2PX1A 4HTGA 3KOTA 4PFWA 4JSOA 2O6AA 4WXJA 3S9EA 4THIA 3FGSA 4RJZA 2ZYMA 1SDXA 4EF1A 2DE2A 2XXVA 4KFQA 4PFYA 3FZVA 1Q1KA 3A3CA 4ZDMA 2XD2A 1LSTA 4OQOA 2I4CA 3FXRA 4TOZA 1BLFA 4X48A 3LBSA 3RN8A 3N94A 3EN3A 2AYSA 1B7UA 1LGBC 4PQJA 5H8FA 1NMUA 1SI1A 2O1LA 1YAEA 3VVDA 4XKNA 2QS2A 1F9BA 2I49A 3PUWE 1P1QA 2DS9A 4POWA 2ZNTA 5CMKA 1OMPA 3M3FA 2XHDA 1LBCA 4E0WA 4ELPA 2HCAA 1EZPA 4C0RA 1AIVA 1ATGA 4R72A 5H8NB 2I58A 1B4ZA 2ANJA 3MAMA 5FHMA 4OESA 1Y3QA 4FJPA 2RINA 1IITA 3U92A 3LSFB 1Y4CA 3T93B 3H6VA 1XVYA 1R1NA 4Z0IA 4EQ9A 1R6ZA 2FNCA 1ELJA 3Q26A 2NUVA 4ZZEA 1MDP1 3B6TA 3BFUA 2XX8A 2HEUA 2REJA 3PPOA 4P11A 3VV5A 4DXCA 2DWIA 5BWJA 4JDFA 4OXVA 2XXQA 4OMBA 3BBRA 4N6PA 1LCTA 1JEUA 3PMWA 5ISUA 3JYRA 3T9UA 3IO4A 4GXAA 1SYHA 2QS1A 3S4UA 5H8NA 3WAEA 3MUQA 3TQWA 3DRGA 1M5BA 2WOPA 5TPAA 1NH8A 3C33A 2H25A 1SYIA 3MQ9A 3BKIB 1NL5A 2CMOA 1MXXA 3UK4A 1B0LA 5I84A 2IA4A 2V3TA 3H4ZA 4KCDA 2V3UA 3ODBA 1EZ9A 2O51A 1MS7A 3IB1A 4HW8A 2XXPA 1PB7A 1WODA 4KPTA 4LQ5A 4YZZA 5ICQA 3GBAA 3IB0A 1POTA 5L9SA 2ALUA 2QJEA 3IOWA 1ANFA 4HCWA 4RA1A 2DWAA 2XXUA 1B1XA 4NWCA 2PYYA 4ISUA 1GGGA 4F39A 2XXHA 4OEUA 2B3BA 1MQIA 2GH9A 2OJTA 3BFTA 5ITPA 4IO2A 2XXRA 2QMWA 3FVOA 3TTLA 3FVNA 4NWDA 4KD5A 3TTNA 3C31A 3OD7A 1HSEA 4OFJA 3LSWA 1A40A 4RPNA 5CI5A 4F19A 1D9YA 1XOCA 2RF1A 1Y3PA 4NF6B 1JW4A 3IX1A 5L9OA 1NNFA 4JBZA 2V3QA 1N7WA 2P0SA 3HHFA 4FEDA 3C36A 2HZLA 1RYOA 3PPQA 4RYAA 1BP5A 2ZYKA 4X1BA 3EF7A 4ELRA 1AOVA 4LUBA 3T9VA 3LUYA 2XXIA 1ZU0A 4H67A 4IY6A 1FQCA 3QSLA 5DEXB 3IR1A 3TDJA 4F1YA 3O6HA 2OLBA 4ESXA 1QJMA 3AXFA 5ELVA 3S2VA 1SW5A 2DWHA 2PT2A 3KGCA 3OEKA 1S7YA 3PAMA 3FV2A 5DVIA 4FATA 3KSXA 3QAXA 1MM6A 4R73A 4BLAA 4UACA 1PB8A 4NF6A 1LFHA 2GHAA 2QSXA 1URGA 3CG3A 5I2KA 3D4CA 1FQDA 5FTHA 1MM7A 3CHGA 1LAXA 3GZGA 4F3SA 1N0TA 4OWDA 3IOUA 4GD5A 5DEXA 3EHSA 4BDRA 1P1NA 1N7XA 1MH4A 4KQPA 3DM0A 3VLVA 1XHYA 3U1OA 1OIBA 4PE5B 1US5A 5ICTA 5CBSA 5AA2D 2O7IA 4FEBA 4ZEIA 4ELOA 5JK4A 3OO6A 1SD3A 4G4PA 1IXIA 3VVFA 4R2FA 4QFLA 4DZ1A 2A5TB 2G29A 1YPNA 4I62A 2F7CA 1PDAA 5KZTA 4QSCA 2M8CA 2O1MA 3CSGA 3QUJA 5EHMA 4ND9A 1GV8A 4G2ZA 1J1NA 3PUXE 4RPOA 3HCQA 3LR1A 4LA9A 2OK2A 1DOTA 3ZKLA 5A5XB 3Q25A 3RGYA 1O64A 3O28A 5H8QB 1DTGA 5CM6A 4ZE9A 4H6DA 3SEXA 2ZNSA 3ZSFA 1XT8A 4U21A 3UP9A 4LZ7A 4DLDA 3TUSA 1RKMA 3CSBA 2AIXA 3K1MA 3DRIA 3EHTA 4ZEBA 3VFJA 3S9NC 2Z22A 1A8FA 4NF8B 3SEVA 4MFIA 1H43A 2A5TA 3CR9A 4F1VA 2ESNA 4WEDA 4FORA 4KYEA 3UA8A 5CMBA 4IO3A 1JQFA 5DVJA 1QW0A 2GRVA 3T22A 2V25A 4POXA 4F1UA 3U93A 1I6BA 2E0SA 5JEIA 4G8MA 2B65A 4F2QA 2Z23A 3OO8A 4LVQA 1I6AA 3RPWA 4TLMB 5A5XA 2F97A 4RK9A 3VXBA 4JB7A 5H8QA 4QRZA 3G3IA 2Y7WA 2D3IA 4U4SA 3K00A 1KWHA 2Y84A 3KZGA 3C4MA 4F31B 4YU0A 4HS7A 1JVYA 2ONSA 4NF8A 2XXWA 4EXKA 3PPNA 4U4XA 4LATA 4M4GA 3E13X 1MPBA 1ZBMA 5TU0A 3V5AA 1MPCA 3UORA 2QS3A 2PVUA 5AA4B 3PU5A 1VR5A 2RC7A 3VLUA 2KLFA 3P7IA 1FTMA 3TODA 1LAGE 3S9MC 4QFNA 4NF5B 2O68A 3MP8A 3E4RA 2NVUB 2XXXA 3VXCA 1VFDA 2DP8A 3ONMA 2Q9TA 5EYFA 4O3BA 3SEUA 1ZTYA 2F78A 2XX9A 1Y20A 2I0CA 3TCFA 1BTJA 1AH5A 2RCBA 1LCFA 4TLLB 3KOSA 1B3EA 2UVIA 4MBPA 3M8UA 2DQVA 2THIA 3KEIA 5KCJB 2Y7IA 1UTHB 4PFUA 5CC2A 2B4LA 5JTYB 1FCKA 1SW4A 3IL1B 3G7WA 3Q29A 2PBWA 1FTKA 4MH5A 3U8QA 3KN8A 1TXFA 3K6WA 4MF3A 3HN0A 2I0BA 3MBPA 2HZKA 3K6XA 3DP8A 4OEVA 2HAVA 3U72A 2AL4A 4NMYA 2AL5A 3FXQA 4NF5A 3N5LA 3JZJA 1NH7A 2UYFA 3FJMA 4ELQA 3H03A 4N07A 4QSDA 3HSTA 3DRJA 1DTZA 1PEBA 3R6UA 3IORA 2A5SA 4H0WA 3RT8A 5FTIA 4KYSA 4QHQA 4C1TA 1P1OA 2W7YA 5KCJA 1MY0A 2ABHA 4QF9A 3PD9A 1FW0A 2RC9A 4OVJA 2O69A 2Y7RA 4OERA 5JTYA 1NFTA 4YB5A 1A54A 2DSFA 2H98A 2ONKE 2F5XA 2PT1A 3MP6A 5FHNA 4G68B 1L5TA 2F7AA 4F3PA 4BDMA 5FHOA 3K1PA 4IGRA 5H8HB 4G77A 3CVGA 3PMVA 2XD3A 2H4IA 3FD3A 1GVCA 2UXAA 5ITOA 1YCJA 4U23A 1QVSA 3EPEA 1FTJA 3SERA 4MLVA 3PMXA 4GXSB 1US4A 1DPPA 1D9VA 4RY1A 4P0GA 3G3JA 3QUFA 4L17A 3TCHA 2ZYOA 4IO4A 2Q8JA 1IXHA 1OVBA 2ZNUA 1B5JA 3ILUB 3FASA 3G3GA 3H6TA 4I1DA 3K6UA 1N84A 1VSOA 4U1ZA 5I57B 4R75A 1POY1 5DTBA 4ZEKA 4JWXA 3K1NA 4BDOA 3TZAA 4RK2A 2D21A 3MWBA 4R9FA 5TP9B 3C34A 4AQ4A 1URDA 3TAJA 1B52A 5L8DA 1EH3A 3O6PA 3K4UA 3H06B 4ZE8A 1IXCA 3F11A 2H9BA 1JVXA 4R6HA 1AMFA 2YJPA 2I3VA 1QUIA 1VE4A 3PGFA 1FQAA 3LVUA 3L6GA 1LB8A 1IXGA 2F8DA 3U94A 4DDDA 3B7DA 4PETA 1XVXA 3T9XB 4GL8A 3FV1A 5I57A 4YKKA 4F3GA 3L6HA 4R6KA 5LOMA 1N04A 2R71A 2I6EA 1ZKBA 3IOVA 3IOTA 2I48A 3EQ1A 3O97A 1PBQA 3FJGA 1O63A 1USYE 3RYBA 5BUUA 1QULA 5J1DA 1SQYA 3PPRA 2P1SA 4KR5A 3K6VA 1GR2A 2UVJA 3K02A 1B6HA 3SESA 3QYTA 4MLQA 1MXWA 3VDFA 3OSRA 3PD8A 2UVGA 4Q5TA 2BJJX 1QKBA 5KDTB 1RYXA 3MVYA 3TTRA 2RCAA 2X7QA 3KJTA 1B3GA 4NF4B 1D3KA 3SETA 3M3KA 1T0KA 3MZ9A 1FTOA 3TMGA 2VGQA 3K2DA 3PUYE 1ZLQA 1N3WA 4LZ5A 1R9QA 4I9DA 3A09A 1MXZA 1OQHA 1H76A 2E1SA 3KFMA 1B5HA 1NNTA 5IKBA 3MZ1A 2VHAA 2DWJA 1B3FA 3IJXB 3UIFA 4NEDA 4R2BA 3K01A 4GF8A 4OFLA 1Y4TA 2O7UA 4UA8A 3HO7A 2Z8FA 1H44A 2Q2AA 1B51A 3O9PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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