4ZEBA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine a
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
total genus 157
structure length 490
sequence length 490
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zebA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zebA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zebA02
3W9VA 1OLCA 2XXYA 4MBPA 4YZZA 2NWJA 4EXKA 4ZEDA 1QKAA 4LA9A 1QKBA 2QRYA 1WVJA 2ZXTA 4DCXA 1LAHE 1MH4A 2F78A 3DELB 1FTKA 1FTOA 4OZ9A 3MZ1A 4Q30B 1URSA 2QMWA 5CMCA 1DSNA 3OXNA 4P0IA 4ECFA 5KCJB 1B1HA 3IOUA 1PBQA 4JSOA 3W9WA 1R1NA 5I56A 3TEPA 5AA2B 2THIA 3TTNA 2Y7WA 1MQIA 4H0WA 4EQBA 4UA8A 4OYVA 2F6GA 1URGA 4GXAA 2ANJA 3I6VA 3S9NC 3RYAA 3KG2A 3PMXA 2W7YA 3OEMA 2NXOA 4L17A 2HQ0A 3KJTA 3VVDA 3OOAA 3UP9A 1BKAA 4JWXA 4POXA 3C34A 4G68B 3IX1A 3PPQA 4H8JA 1POTA 3I5OA 4WEDA 3CSBA 4G8HA 3M3FA 3UIFA 2DWHA 2AL4A 3LBSA 1NFTA 3A3CA 3E13X 3TCHA 1B0HA 3K1MA 2QL3A 3N94A 2HEUA 2R71A 3K2DA 4KQPA 3BFUA 5KCJA 2QS3A 2B4MA 5AA1A 5I57B 1Y1ZA 1R9QA 4P11A 1ZBMA 4BDRA 5AA4B 1RKMA 1S50A 3QUFA 4R73A 1EZPA 3PUXE 1SBPA 1BP5A 1XS5A 3S9LC 4PFTA 3UGWA 2XXUA 3TTLA 3PPPA 1A8FA 3RPWA 1VE4A 1JVXA 1B3EA 2Q9TA 3CVGA 3K6VA 2ZNSA 2ZNUA 4G68A 2AIXA 1AIVA 2REGA 2O1MA 3E4RA 2V3UA 5L9MA 1DTZA 3T9HB 2ZNTA 3T9UA 3LUYA 4FIMA 4EUOA 4M1VA 2FA7A 2I0BA 4JDFA 1QULA 5H8QA 4BDMA 3R7XA 4U23A 3C35A 1LBBA 1ELJA 3PV0E 1VFDA 2ZYNA 1N04A 2H5YA 4TLLB 1FQCA 2DWAA 3RY3A 3VE1B 4FORA 5I2NB 3UORA 3TTRA 4RK9A 4YU0A 4NF4B 4IY5A 3CSGA 2H9BA 4LATA 1GTKA 2QSXA 3IOWA 1N0TA 4PETA 4IB2A 2XHDA 1WDNA 4IO3A 1N76A 3PPOA 5ICQA 1HSEA 3H4ZA 3LSXA 2A5SA 2WOPA 3MAMA 4IO6A 3OSRA 3DM0A 1IITA 3IJOB 4IO4A 3FATA 1B1XA 1MM7A 3LSLA 1DOTA 5CM6A 2I4CA 3H6UA 3GXAA 3K0VA 4MLQA 2PYYA 4ESXA 1JNFA 1DPEA 5ISUA 1L5TA 4OESA 4H5GA 1SVXB 3IOVA 4F19A 1UTHB 3PD9A 1WODA 4H6DA 5HPQA 3KZGA 4BDNA 1SD3A 3U92A 2P0SA 4ZS9A 1LGBC 1N3XA 4I9DA 5EHSA 3K6XA 3PD8A 1VR5A 2O6AA 4HCYA 2CMOA 1MPCA 1LB8A 2DWIA 1P1QA 4OERA 2ONSA 1MY1A 3QYTA 4YAHX 3RNNA 3H7MA 2D5WA 3T22A 1H45A 1H76A 1NH8A 2HXWA 3PMVA 1B5IA 2PVUA 4NWCA 2QS4A 2RCBA 1CE2A 1QUKA 3DP8A 4X48A 3TELA 4N6PA 2XX8A 1YAEA 3OSQA 3FD3A 4OENA 5A5XB 2UYFA 1FQEA 4F29A 4HS7A 1JEUA 4WXJA 2XXVA 3CFZA 3KSJA 1M5BA 5L8DA 1R6ZA 5J1DA 3ZSFA 4C0RA 1AH5A 2VHAA 1NL5A 3GZGA 1KWHA 1Y3PA 1H43A 1QW0A 1YTVA 4FECA 3HN0A 4NMYA 4H5FA 2XXQA 3CG1A 2H25A 3FVKA 2PBWA 4OHNA 3SESA 1ATGA 4EQ9A 4QFOA 4QSEA 3VV5A 2AYSA 4JSDA 3TODA 1FTLA 3DP6A 1IXHA 4TLMB 4ELQA 5IKBA 5ITOA 1MQHA 4FJPA 1OIBA 3FVOA 4F1VA 1I6BA 3U72A 4YKKA 3UK4A 1MXZA 1H44A 2G93A 3B6WA 2DQVA 3MVXA 2NVUB 3FGSA 4ONYA 1XHYA 4I8CA 1LFHA 3TYHA 1USYH 3TQWA 4LONB 5DVIA 4RY1A 4HW8A 4ZEFA 4U4SA 1MY4A 1LCTA 4M4GA 1UIVA 3IK6B 1M5DA 4PFYA 1QVSA 2OBGA 1B7UA 1OVTA 3IO4A 3QXMA 2YJPA 1PBPA 1EZ9A 3FJMA 3TKDA 4R75A 5TU0A 3HPIA 4ELOA 1Y4CA 2F6PA 4QFPA 2I6EA 2HFBA 2B4LA 1PB8A 2RC9A 3FUZA 2O51A 1TWYA 3OO8A 3N26A 1XVYA 4WEPA 1Y3NA 3SEWA 3CFXA 2F34A 4BDOA 3DRKA 3MUQA 3IO6A 2WOLA 3CR9A 3RN8A 4H1XA 5L9SA 1PB9A 2O68A 1JQFA 2G29A 4K3FA 4THIA 1MPDA 3KN8A 4YKJA 4BDLA 1GR2A 2OWSA 1MDQA 1HSLA 3F11A 4GIZA 3ODBA 3KFMA 1B4ZA 3JZJA 4KYDA 5JK4A 4QF9A 2ZYMA 1NMUA 2F7CA 2XXRA 4NF6B 3DRJA 3O28A 2XXWA 1MXVA 4EDPA 3B6QA 2DXRA 1D4NA 1FQBA 5HM4B 2ALUA 3KOSA 3IB2A 1GV8A 4Z7EA 5B70A 1Z7NE 3GBAA 3O6IA 3G3IA 1Y1MA 3PGFA 1T0KA 3PUWE 2V25A 3QUJA 4O3BA 4F1YA 4PP0A 5H8HA 3SETA 1AOVA 1DPPA 3AXFA 5I58A 3OO6A 3LR1A 4G68C 4I62A 3MC2A 4OTEA 4F2OA 1N7WA 3HHGA 2Y7IA 3G7WA 1ZJLA 2RINA 3SKPA 1JW1A 3ECRA 3TTKA 3KOTA 3C31A 3TZAA 3K4UA 3ZS6A 4DXCA 5H8SA 3OELA 3MQ9A 1FW0A 1NNKA 4DIGA 3O6HA 1M5FA 3O9PA 4POWA 4R2FA 5KZTA 5DEXB 5EYFA 1AL3A 5AA2A 5TP9B 1I6AA 3U1OA 4KPTA 4MLVA 1SDXA 5I84A 3EPEA 2F7BA 2BJJX 1UQWA 2DS9A 1IUDA 4F2QA 1Y4TA 2O69A 2OJTA 4F3GA 4O3CA 2YPNA 3L6HA 5LOMA 2D3IA 3V83A 4MH5A 3WAFA 2DE3A 2ESNA 2ABHA 3D4CA 4QFNA 4H65A 3G3KA 1B7ZA 1FQFA 5K2YA 4KD5A 2UYEA 4KI0E 4OEVA 1MPBA 3B6TA 1FTJA 4ZZEA 3KJ7A 2RKMA 1QUJA 4E0WA 3TTMA 1EU8A 5CRYA 1N84A 2DYXA 3K6WA 3MPKA 3K00A 4U21A 5I57A 3LC8A 4HCWA 1SI1A 2ZYKA 1B4HA 5AA4A 1O7TA 3VLVA 1XOCA 3VXBA 1LBCA 4PQJA 5JEIA 3QK6A 4OXVA 3JYRA 3FV2A 3ZKLA 3KN3A 4RXLA 1GVCA 4O3AA 3MVYA 3H3GA 5I2KB 2KLFA 2Y7PA 4GRKA 4XKPA 2R6GE 4OWDA 4FEBA 2E0SA 3C9HA 3MVWA 4IO2A 1P99A 1SI0A 4QFKA 2O7IA 1SYIA 3K1PA 1LSTA 1NKXA 3TMGA 1ZLQA 2O1LA 1N3WA 3L6GA 4NF5B 4HTGA 2ONKE 2I49A 3CIJA 4R2BA 1FQAA 4QFLA 4KFQA 3C32A 3LSFB 5I59B 2VGQA 2RF1A 1XVXA 1I6QA 4GFRA 4DZ1A 1MY0A 4KR5A 4AB5A 1D9YA 1A99A 1LCFA 1BIYA 5I2NA 4NF4A 1MS7A 1B7HA 1B32A 4UACA 3MPLA 2XXTA 2Z8DA 1B9JA 2F8DA 5JTYB 1NNTA 3B7DA 3IOTA 1IQ7A 4DXBA 1EH3A 3QSLA 2PT1A 1MQGA 4PE5B 2A5TB 2WKYA 2HAUA 1A40A 1B2HA 1MRPA 1ZTYA 2OK2A 3DRFA 1NNPA 3UN6A 1URDA 3H6WA 5ELVA 3H03A 1A55A 2XXHA 1P1OA 1QUIA 2XD3A 4F1UA 1XT8A 2DE4A 4GLIA 4JBZA 3PUVE 1B3GA 4F3BA 4N13A 4OFJA 1P1UA 4F3SA 3T9XB 1B51A 2F5XA 2Y7RA 4MFIA 2H99A 4YKPA 3Q26A 2H98A 3P7IA 1UTHA 3DRHA 1FQDA 5L9OA 4Q0CA 1FTMA 1O63A 3S4UA 3TCFA 1MY2A 4ZECA 1ZKBA 1MH3A 1S7YA 1XC1A 4RPOA 5FHMA 2DE2A 3N6TA 3HV1A 4OFOA 4EQ7A 1II5A 3MJNA 2CZLA 4U1OA 2Z8FA 3IL1B 2DXYA 1TFAA 1IZ1A 3IORA 1M5EA 5KDTB 1IIWA 4NTLA 1B3FA 1A54A 4EF2A 1LAGE 4QHQA 2PX1A 1UIUA 3VLWA 2V93A 1RYXA 3C4MA 3DRGA 3TCGA 3DLNA 5FTIA 4LZ7A 3PPRA 3G3FA 2R9JA 5A5XA 3V5AA 2GHBA 1J1NA 1N7XA 4KYEA 4DLDA 3U94A 4YB5A 3EQ1A 3MBPA 2I4BA 3E3KA 1CB6A 4GXSB 4R9GA 1B46A 4NEDA 3FV1A 3TQLA 3KSXA 2Q2CA 2HZKA 4F18A 1TFDA 5AA2D 4ND9A 4Q5TA 1MXYA 3W15C 4G2ZA 4RA1A 1HSJA 3QIMA 2F36A 4YMBA 1Q35A 3PPNA 1JVYA 3O66A 4H8IA 3I3VA 1B0LA 1PDAA 4NF8B 4LUBA 4NWDA 3VVFA 2GFEA 2P1SA 2YLNA 4RPNA 3H6TA 4DDDA 1DTGA 2REJA 4DXUA 3K02A 4KHZE 1JW4A 3FZVA 5FTHA 2O84X 5H8FB 4LQ5A 3G3JA 2RC8A 3RLFE 2GH9A 4H67A 1IXGA 1Y9UA 1B3HA 3OO7A 3CG3A 4TOZA 3KEIA 3BFTA 1Q1KA 1QJMA 3O6GA 1BTJA 3N5LA 3D4GA 2I0CA 2VOZA 3Q27A 4MF3A 4P0GA 3USDA 5I56B 5BUUA 3K1NA 1TT1A 5H8NB 4ZZAA 2IEEA 2UVGA 4GL8A 3OD7A 5CBRA 4FE8A 5AA3A 5ICTA 3SEUA 3JV9A 4BLAA 2F35A 4OFLA 2F97A 3LVUA 2QJEA 4U22A 2Q2AA 1OLAA 4C1UA 3IR1A 4QSDA 4OMBA 2HAVA 2V84A 2UVHA 5H8FA 3RT8A 2IA4A 4ESWA 4XKNA 3KGCA 1D9VA 1POY1 2OLBA 2XXXA 3BBRA 4R74A 2DWJA 3FIRA 1YPNA 3RTWB 3KBRA 3PMWA 1OMPA 5H8NA 2Y84A 4NF6A 4U2RA 2QS1A 2XXPA 3FXQA 1B52A 1JW5A 4WKMA 1ZU0A 1LFIA 3MP6A 2P2AA 2UVJA 2LAOA 2WOKA 3H06B 3RTFB 1Y3QA 1Z7ME 4R6HA 4TQUQ 1GGGA 3M3LA 3A09A 2DVCA 4U1ZA 2DOJA 3CI8A 3OEKA 4QSCA 5TPAB 4Z0IA 5DYHA 4N07A 3EF7A 5IAIA 1MG1A 3HHFA 3PU5A 3A3UA 4RNSA 1ANFA 2ZMBA 1US5A 1IXCA 4XXUA 4DCYA 5H8QB 4GWOA 1SQYA 2I48A 2Z8EA 4YMAA 2UXAA 4OEUA 3LSWA 2RC7A 4IGTA 4XTCQ 3Q25A 3IJXB 3N6UA 5CMMA 3FVNA 3FVGA 1NNFA 3BKIB 2H4IA 4F39A 3V8XB 1OQGA 3SEYA 1IEJA 3ILTB 2Q88A 2OCUA 1TXFA 4G77A 1D3KA 5DEXA 1VFEA 4R6KA 5CMKA 3M8UA 2I3VA 2Z23A 3RGYA 3O29A 5TP9A 1MQDA 5TPAA 3TUSA 3MZBA 2AL5A 2X7PA 4GF8A 3UA8A 1PC3A 3R6UA 3FTOA 1VSOA 4G8NA 4Q8RA 2NUVA 4EF1A 3T9VA 5AE4A 3OENA 1A7LA 5CBSA 1ZIUA 1H3DA 1RYOA 2VD3A 3C36A 2ONRA 1EZOA 4X1DA 5EHMA 1OVBA 3U93A 5ITPA 2ZYOA 3R26A 2VD2A 3FJ7A 3RYBA 4C1TA 1MDP1 3TAJA 4AB6A 1PEBA 4LZ5A 3TFLA 2OWTA 3K6UA 3ZKKA 4OQOA 3H6VA 4I1DA 3HCQA 4XKQA 1JETA 3GBBA 4RYAA 2V3TA 2X26A 1SW4A 3WAEA 2QMXA 1I69A 2B65A 3SERA 2Z22A 4G8MA 5I2KA 3PAMA 3FJGA 1USYE 3TPAA 3MP8A 1SW5A 4R9FA 4ZE8A 4LVQA 3G3GA 2I3WA 3SEVA 4NF5A 4ISUA 3VXCA 4GOTA 2D21A 4IGRA 4DE8A 2HZLA 4JXIA 1PB7A 3OO9A 1MQJA 3OMBA 5M2VA 4ZEIA 3IB1A 3O6PA 5I59A 1US4A 2DVZA 4PFWA 4GD5A 4YB6A 4XIGQ 1LFGA 4KCDA 4BDQA 4FATA 2DSFA 1B58A 1UTBB 3T66A 1B40A 2GHAA 3O97A 3CRBA 4X1BA 1LB9A 1MM6A 2B3BA 3DP4A 4XKRA 5CI5A 3RT6B 4FEDA 5CC2A 3DRIA 5JTYA 2PMSA 2PT2A 1A8EA 4LZ8A 1AMFA 3E9XA 2OZZA 3CHGA 3T93B 2GRVA 2A5TA 3M3KA 3G3HA 3U8QA 3O2AA 1OQHA 4R72A 2E1SA 4ELPA 3PUZE 1F9BA 1B5HA 3EHSA 2I58A 4FAJA 3IAZA 5CMBA 1B05A 2X7QA 4YKIA 4EXLA 2V3QA 3K01A 2NOOA 5FHNA 3SEXA 3EHUA 2XX9A 4KYSA 3SDFA 5F1QA 3FXUA 1M5CA 1UTBA 4GL0A 4F3PA 3VFJA 4LP2B 1SW2A 1MXWA 3MVZA 4JB7A 3ILUB 5DVFA 3MWBA 3FASA 2FNCA 4OETA 1JEVA 1IXIA 3HO7A 3RUMA 2RCAA 2O7UA 4RJZA 1MY3A 4YB7A 5BWJA 2B3FA 3VDFA 3C33A 3ONMA 1B6HA 3QAXA 1P1NA 3RQTA 2QS2A 4JWYA 1LAXA 3KN7A 3CFLA 4NE4A 1P1WA 1LAFE 4GVOA 1MXUA 3VVEA 5KDTA 2F7AA 5FHOA 1O64A 4R6YA 3HSTA 3MZ9A 1B5JA 4QRZA 2XD2A 1B3LA 3V89B 2VP1A 2Y7KA 3T96B 2HCAA 4OVJA 3VLUA 3EHTA 4IO7A 5F7VA 3GLBA 3Q29A 2Q8JA 4LQ2A 3TDJA 4F22A 3S2VA 4ZE9A 4AQ4A 4JWOA 2DP8A 2M8CA 2XX7A 2FYIA 1FCKA 5DVJA 3Q28A 2QPQA 5HBCA 5DT6A 4ZEKA 1SYHA 1Y20A 4E0XA 4KCCA 1S9TA 1DMBA 3IB0A 4IY6A 4YICA 1YCJA 4PFUA 4F31B 4G4PA 4U4XA 3S9MC 4X9TA 2Q89A 3THIA 1MXXA 3MW0A 1ZMGA 1SW1A 4ZDMA 2XXIA 5K2XA 4IO5A 3PUYE 3MP1A 1LLSA 1R9LA 1BLFA 5H8HB 1NH7A 5B7DA 4RK2A 4ELRA 2UVIA 3EN3A 5I58B 3S9EA 3FXRA 4NF8A 5DTBA 4GQOA 4ZEBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W9VA 1OLCA 2XXYA 4MBPA 4YZZA 2NWJA 4FBPA 4EXKA 4ZEDA 1QKAA 4LA9A 4I3YA 1QKBA 4QXDA 2QRYA 1WVJA 2ZXTA 1FPLA 4DCXA 1LAHE 1MH4A 3HFUA 4OA4A 2F78A 3DELB 1FTKA 1FTOA 4OZ9A 3MZ1A 3QMFA 4Q30B 1URSA 2QMWA 4PAIA 5CMCA 1DSNA 3OXNA 4P0IA 4ECFA 5KCJB 1B1HA 3IOUA 1PBQA 4JSOA 3W9WA 1R1NA 5I56A 3TEPA 5AA2B 2THIA 3TTNA 2Y7WA 1MQIA 4H0WA 2XWIA 4EQBA 4UA8A 4OYVA 2F6GA 1URGA 4GXAA 2ANJA 3I6VA 4NQ8A 3S9NC 3RYAA 1FPDA 3KG2A 2WYPA 3PMXA 2W7YA 3OEMA 2NXOA 4L17A 2HQ0A 3KJTA 3VVDA 3OOAA 3UP9A 1BKAA 4JWXA 4POXA 3C34A 4G68B 3IX1A 3PPQA 4H8JA 1POTA 3I5OA 4WEDA 4OVSA 3CSBA 4G8HA 3M3FA 3UIFA 2DWHA 2AL4A 3LBSA 1NFTA 3A3CA 3E13X 3TCHA 1B0HA 4P47A 3K1MA 2QL3A 3N94A 2HEUA 2R71A 4MNIA 3K2DA 4KQPA 3BFUA 5KCJA 2QS3A 2B4MA 5AA1A 5I57B 1Y1ZA 1R9QA 4P11A 1ZBMA 4BDRA 5AA4B 1CNQA 1RKMA 1S50A 3QUFA 4PCDA 4R73A 1EZPA 3PUXE 1SBPA 1BP5A 3T1BA 4P8BA 1XS5A 3S9LC 4QBAA 4PFTA 3UGWA 2XXUA 3TTLA 3PPPA 1A8FA 3RPWA 1VE4A 1JVXA 1B3EA 2Q9TA 3CVGA 3K6VA 2ZNSA 2ZNUA 4G68A 2JJKA 4LN5A 4MNCA 4MJOA 5IGAA 2AIXA 1AIVA 4GWSA 2REGA 4GX3A 2O1MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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