4ZEBA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine a
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
total genus 157
structure length 490
sequence length 490
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zebA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zebA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zebA02
2ALUA 2VD2A 1MDP1 3IR1A 3IOUA 4Q5TA 1MQHA 4OERA 4ELPA 5AA4A 3EF7A 1JW4A 1BIYA 3HN0A 3B7DA 2D3IA 4P0IA 5CMKA 4POWA 4H8IA 3O66A 4F22A 4QFPA 1LB8A 1Y9UA 5FHMA 4YKIA 5DT6A 1ZMGA 1Y1MA 3KFMA 3C33A 3F11A 5A5XB 4YMBA 2XXYA 2RC7A 3RY3A 1R1NA 4YB5A 3B6QA 2RF1A 3BBRA 2NUVA 3PUVE 1GR2A 5F1QA 3B6WA 1RYXA 3RYAA 2NXOA 2NWJA 2O51A 2UVGA 5CMMA 1SI0A 3V89B 5TU0A 4AB5A 4G8MA 1ZLQA 5BWJA 2QS4A 3O6PA 3K02A 3LUYA 3FXRA 3GBBA 1F9BA 2DWAA 1I69A 4WEDA 3CFXA 1OVTA 5I2KB 3H4ZA 2E0SA 4MBPA 2PT2A 2XXXA 1N7WA 4GFRA 3FZVA 4PETA 1EZ9A 3MP1A 4U22A 3SEYA 1A7LA 3C34A 3O6HA 3T9UA 2RKMA 2DXYA 4Q0CA 4F2OA 4O3CA 1MQIA 1MXWA 1A55A 2H4IA 2YPNA 3UK4A 1N04A 3E9XA 4O3AA 4LZ5A 1XVXA 4KCDA 3G3GA 1Q35A 4JB7A 2H5YA 2I0BA 3PGFA 2QJEA 2F6GA 2H98A 3K4UA 5B70A 1D4NA 4EQBA 1SYIA 2Q2CA 1PB8A 3TTMA 1NH8A 3WAFA 1QW0A 4BDNA 3T22A 3OEMA 3KEIA 1B5IA 1B5HA 3Q26A 3BKIB 2I49A 3MVXA 3E4RA 2GHAA 3KOTA 1SW5A 4IO7A 4BDOA 3QK6A 4RYAA 5H8NB 4QSEA 5H8FB 3MZ1A 4U4SA 3RLFE 2DVZA 4ZE8A 5AA1A 4P0GA 3UIFA 4X9TA 1XC1A 1H44A 3DLNA 5CBRA 2F7BA 3JV9A 2R71A 3U92A 3CSGA 2B4MA 1Q1KA 3V5AA 3KSXA 3FJMA 3K01A 3VLUA 1HSJA 1Z7NE 4Z7EA 4RXLA 2V84A 4GL8A 4F18A 3KSJA 1FQBA 4H67A 3KZGA 4GD5A 2FA7A 4R72A 1H3DA 1NNPA 3SEXA 1MS7A 5B7DA 3ZKKA 2Q8JA 1ZIUA 4POXA 2PX1A 4GIZA 1USYE 2HZLA 2V3UA 3I6VA 4P11A 3FVOA 4R2FA 3IB0A 2UYEA 1TT1A 4QFOA 3SETA 3CHGA 4IO6A 1B7HA 2Z8DA 3QIMA 4Z0IA 2RINA 4KR5A 1N3WA 2ONSA 5HBCA 3T93B 1B3GA 4TQUQ 2VHAA 3VLVA 4ND9A 1NKXA 4QFKA 1PBQA 3QSLA 3U93A 2OK2A 2PBWA 4DZ1A 1NNKA 5I57B 2HQ0A 3ZSFA 4KHZE 2QS3A 3T9VA 4EF1A 3TTNA 3HV1A 5K2YA 3W15C 4ESWA 1IEJA 1FTOA 4ZECA 3EPEA 4OTEA 3IJOB 4QFLA 1MH3A 3CVGA 3A09A 2A5TB 3K1MA 3R7XA 4C1TA 5IAIA 3DELB 3IB2A 2ONKE 3FJGA 4FEDA 3K00A 4N07A 3U1OA 4YMAA 3U72A 5EHMA 3MQ9A 3CR9A 5ELVA 3N94A 1SD3A 1LFHA 2AL5A 3GBAA 4GXSB 4GXAA 1GGGA 4DDDA 4EXKA 4HTGA 5DYHA 3VVDA 3K6VA 5L9MA 1M5DA 1I6QA 3PMVA 2BJJX 5DVJA 1CE2A 3M3FA 2Q9TA 1LB9A 5TP9A 4F31B 3LSLA 1BKAA 4G4PA 1UTBB 2VP1A 3G7WA 3ECRA 2D5WA 2XXHA 3ILUB 2W7YA 3VVEA 3MW0A 3FD3A 2HFBA 1XT8A 1IXHA 2HEUA 4QF9A 3S2VA 1JETA 2F7AA 4NMYA 4DLDA 3OENA 3RTWB 3DP6A 4F3GA 2KLFA 3T9HB 2M8CA 2DSFA 4BDQA 3V83A 4XTCQ 3HO7A 2Q88A 2LAOA 4IGRA 3TPAA 4G68A 2DE2A 4FEBA 2Y7WA 2O7IA 3PUWE 1LFIA 1SI1A 2UVIA 4NF5A 1AIVA 2ZNSA 1FW0A 3Q29A 2V93A 4NF6B 3K6WA 1IITA 1FQDA 1XS5A 1OMPA 2GHBA 5FHOA 2QS2A 4JWOA 1B4ZA 1PBPA 5JTYA 1ZJLA 1UIUA 3PMXA 5KDTB 3FXUA 3ZKLA 1OQGA 4KPTA 1B1XA 3TTKA 3FTOA 1VR5A 3QAXA 4OVJA 4PE5B 4LQ2A 4GF8A 2UVHA 1N0TA 2NOOA 5L9OA 2ZYOA 5FTIA 1A8FA 3CFZA 5H8HA 2G93A 3UP9A 1MXUA 4XIGQ 3DP4A 2X7QA 4EF2A 1T0KA 2H99A 4IO5A 3CG3A 4OFJA 2H25A 3H03A 4KCCA 1IUDA 3TAJA 2Q2AA 1FTMA 3CRBA 1OQHA 1LCFA 4AB6A 4U1OA 4Q30B 5DEXB 2X26A 4RPOA 2XXUA 2F97A 2Z23A 1MY4A 4RPNA 4RJZA 3N26A 1A8EA 3IJXB 2Y7KA 4H5FA 1MM6A 3KN3A 1B1HA 3KN7A 4MFIA 5TPAB 3G3KA 4OFOA 1YPNA 4HCYA 3L6GA 1JQFA 1O63A 5H8NA 3VXCA 5H8FA 1OLCA 4DXUA 3UA8A 4IB2A 3HHFA 2CZLA 3QUFA 5I2NA 3GXAA 1S9TA 4N6PA 3LSWA 4RK9A 4F1YA 1P99A 4RK2A 5CM6A 5KCJA 3DRKA 4ZS9A 3TCGA 2VD3A 5IKBA 1B0LA 1IQ7A 3OO8A 1MPBA 3P7IA 3QUJA 4L17A 2XHDA 3IK6B 3I3VA 1TXFA 2ESNA 1UTHA 3H6VA 2Z22A 4YKKA 3IOVA 3FJ7A 4IO4A 4JXIA 3H3GA 4KD5A 3SEWA 1H76A 4F29A 1LAFE 1N7XA 1US5A 2I6EA 4TOZA 2DYXA 1NH7A 3HCQA 2IA4A 3SEUA 3LC8A 4WKMA 1N84A 1BLFA 4MF3A 4OESA 1MY3A 1EZPA 4NEDA 2P0SA 4R6HA 1YAEA 3PUXE 2QS1A 1D9YA 4OMBA 1MXZA 4GL0A 2HAUA 1B58A 3K1NA 4R9GA 3OD7A 2ZXTA 3K1PA 4JBZA 4ZZAA 3MP6A 4E0XA 5AA4B 4E0WA 5I57A 3K0VA 3TQLA 3M3LA 3U94A 1FQCA 3QXMA 1B7ZA 4GOTA 3RQTA 1NL5A 4NF8B 1FQAA 2F8DA 1MM7A 1MQJA 2Y7RA 3V8XB 1S7YA 4R9FA 3G3JA 4ECFA 1P1WA 2ZYMA 2O84X 4R73A 2A5TA 4YB6A 2O1LA 5L9SA 4OEVA 3RT6B 3TELA 1IZ1A 1H45A 3VLWA 2DWIA 5F7VA 1NFTA 3UGWA 2DWHA 1II5A 1HSLA 3U8QA 4FAJA 2R6GE 4YKJA 2H9BA 3B6TA 4NTLA 3H6UA 1GVCA 4EUOA 3CFLA 2XXQA 2Y7IA 2HAVA 2GRVA 3PMWA 5FTHA 1D3KA 1TWYA 1WVJA 3KN8A 1DOTA 4C1UA 3T66A 3FVNA 4NF4B 1B3LA 2B65A 3THIA 2XXVA 2VOZA 5CI5A 1YTVA 1B6HA 3R6UA 4QSCA 1LFGA 4OYVA 4N13A 4M1VA 1R9LA 5CMCA 5H8QA 4F3PA 1L5TA 3S9LC 3VE1B 2DOJA 2RC9A 2VGQA 5DVFA 2B4LA 3EHTA 1MY1A 1QVSA 5I58A 4ELOA 4ZE9A 2QMWA 3HSTA 3SKPA 4UACA 3S9EA 3N6UA 2XX8A 4RA1A 3EQ1A 3MVWA 1DSNA 2REJA 3UN6A 4QSDA 5AA2B 3PPOA 4JSOA 3PPNA 2B3BA 1AOVA 1DPPA 4GQOA 1O7TA 4EDPA 3IAZA 4IY6A 3IB1A 3AXFA 3H7MA 3OOAA 4LA9A 1LBBA 1A99A 5I59A 1TFAA 3PPRA 4R2BA 3EN3A 1MXYA 2O1MA 2WKYA 1OIBA 5I56A 4XKNA 1XOCA 1Y3PA 2F7CA 1I6BA 3TKDA 2YJPA 3R26A 1QULA 5KDTA 5M2VA 3OELA 3M8UA 3C9HA 3TEPA 2FYIA 3TYHA 1Y4CA 2F5XA 5CMBA 5JK4A 3RGYA 2YLNA 1JW5A 1LAXA 1DMBA 2DP8A 4OZ9A 4PFTA 1B3HA 3TFLA 2XXWA 1FQEA 3RPWA 1J1NA 5J1DA 4KYDA 1ANFA 1B3EA 1MQGA 3S9MC 1FTLA 1SYHA 1PB7A 4OEUA 4C0RA 2F6PA 2PT1A 3IX1A 4LATA 1MQDA 4XKQA 4BLAA 3FIRA 1Y20A 2F34A 3PPPA 4HCWA 3VFJA 3TDJA 3DM0A 4GWOA 1AMFA 4F39A 3D4CA 4ESXA 2PVUA 3MZ9A 1MY0A 5DEXA 3C4MA 3KOSA 1R9QA 4KI0E 2XD3A 2O7UA 4EXLA 5ISUA 4LP2B 4DE8A 4KFQA 3O9PA 2OWSA 5A5XA 2F78A 1QUJA 4ELQA 1QJMA 1HSEA 1GV8A 3RTFB 1DTGA 1GTKA 4DXBA 1ELJA 4WXJA 3TCHA 1JVXA 4JWYA 2WOKA 1NNTA 4FORA 4O3BA 3TZAA 2QPQA 3O29A 3DP8A 1SW1A 3CSBA 2Y7PA 2HXWA 1ZKBA 4G2ZA 4NWCA 3FVGA 3D4GA 1EZOA 1AL3A 1QKAA 3RT8A 2OLBA 3MC2A 2DE3A 1FTKA 2I48A 1EH3A 4OXVA 1ATGA 4EQ7A 3CG1A 3IOWA 3RNNA 5I2KA 4F19A 1PC3A 4R6YA 3JYRA 4ZZEA 1B5JA 1QKBA 3TCFA 3ILTB 1AH5A 1M5EA 3ODBA 5DTBA 3PV0E 3LSFB 4ZEFA 1URDA 3KJ7A 4FATA 2GFEA 3IORA 1MPDA 2THIA 2V3QA 3TTLA 1KWHA 1BP5A 3MUQA 5CC2A 4PQJA 3MZBA 3RYBA 4XXUA 4H65A 3BFUA 3HHGA 2XXPA 3MPKA 3C32A 3TUSA 4LVQA 5ICQA 2E1SA 2FNCA 4JWXA 2AYSA 1XVYA 3K2DA 1Y3QA 1URSA 3DRFA 4BDLA 1S50A 3C31A 2NVUB 4ZEIA 1MXVA 3IOTA 2QRYA 2B3FA 1RYOA 4F2QA 3VVFA 1H43A 2OZZA 5LOMA 1IXGA 5TP9B 1MDQA 4I8CA 4YB7A 1B3FA 1DPEA 3MVYA 5K2XA 2QMXA 4NF8A 3UORA 3I5OA 3FVKA 4ZDMA 3DRHA 3EHUA 4YZZA 4BDMA 4OETA 1DTZA 4FIMA 3WAEA 1SW4A 3FXQA 2UVJA 5ITPA 3LVUA 1B51A 4DXCA 3PD9A 3SERA 3O6GA 1P1NA 4G68B 4PFWA 4QHQA 3IL1B 3TTRA 4HS7A 5AA2D 4I62A 3CIJA 4UA8A 3H6TA 2DE4A 2CMOA 4ZEBA 4NF5B 3MWBA 2ZNTA 1POY1 3MP8A 4DCXA 5KZTA 1WDNA 1Z7ME 1MXXA 3PU5A 1N3XA 4NF4A 4ONYA 1ZTYA 3A3CA 3OSRA 5JTYB 2P2AA 2RC8A 1RKMA 4G8HA 1B52A 4H5GA 1LSTA 2O69A 4GLIA 3FUZA 3E3KA 4HW8A 1B2HA 3DRIA 3KG2A 2X7PA 1JEVA 1P1OA 2I0CA 3M3KA 4F3BA 1SW2A 4U1ZA 1SDXA 5L8DA 4X48A 4R6KA 4U2RA 2DXRA 1POTA 2DVCA 2OBGA 5AA2A 3O97A 5H8HB 2O68A 4LQ5A 1M5BA 1JNFA 3T9XB 4Q8RA 1OLAA 2O6AA 2XXIA 5DVIA 1R6ZA 3K6UA 4IO3A 3OMBA 3FATA 2RCBA 3KGCA 3H06B 2Q89A 4ZEKA 2ZNUA 1FQFA 1LAGE 1XHYA 4YICA 3LBSA 3PUZE 2V3TA 1CB6A 5FHNA 4H6DA 4YAHX 3DRJA 1VSOA 1I6AA 2DQVA 1LBCA 3MVZA 3BFTA 1MH4A 3OSQA 3OXNA 3GLBA 2Y84A 4U4XA 4GVOA 4H0WA 4H8JA 2I4CA 4DCYA 4ELRA 4GRKA 3PAMA 5I2NB 5BUUA 1NMUA 4FECA 2F35A 3N5LA 3OO9A 1VFEA 3RN8A 4BDRA 3TMGA 4YU0A 5KCJB 1Y1ZA 3Q28A 2AL4A 3LSXA 1LGBC 1VE4A 2GH9A 2P1SA 3ONMA 4KYSA 2ABHA 1BTJA 4LUBA 3TQWA 4F3SA 2QSXA 3CI8A 3O28A 1UTHB 1LCTA 3S9NC 3OO7A 2AIXA 3ZS6A 1QUIA 4I9DA 4WEPA 2Z8EA 3RUMA 1UTBA 4M4GA 4MLQA 3SESA 3PPQA 2ANJA 4IGTA 4U23A 3HPIA 1NNFA 1B32A 3JZJA 3EHSA 4G8NA 4NE4A 1O64A 3W9VA 2DS9A 1M5FA 2DWJA 1SVXB 4X1DA 1TFDA 2UXAA 1A54A 4G77A 3O6IA 4PFUA 4AQ4A 4MLVA 3KBRA 1N76A 5CRYA 5ICTA 3KJTA 1M5CA 2WOPA 1UQWA 4LZ7A 5HM4B 1A40A 1VFDA 4LZ8A 3IO6A 3SEVA 3K6XA 2WOLA 4PFYA 2ZMBA 3T96B 1UIVA 3OO6A 4NF6A 5AA3A 1EU8A 5HPQA 1PB9A 1B46A 2ONRA 4OENA 1Y4TA 3VDFA 3FV1A 4F1UA 4LONB 4OHNA 1MPCA 4H1XA 2XD2A 5EYFA 1YCJA 4JDFA 4IY5A 2R9JA 2OJTA 4KYEA 2I3WA 2REGA 2OCUA 4QFNA 1PEBA 1URGA 1IXIA 4X1BA 2V25A 3TODA 5EHSA 2XX7A 1JW1A 1B4HA 3Q25A 1B05A 1FCKA 4YKPA 5H8SA 2HCAA 2I4BA 2QL3A 1D9VA 2A5SA 1B0HA 1LAHE 1USYH 2XXTA 3W9WA 2OWTA 3IO4A 3O2AA 1FTJA 3OEKA 1MRPA 1JVYA 3PUYE 2G29A 3PD8A 1ZU0A 1QUKA 4EQ9A 2IEEA 5TPAA 2Z8FA 1IIWA 3VV5A 1PDAA 4QRZA 3FGSA 4U21A 1OVBA 4OQOA 5H8QB 4JSDA 4I1DA 1SQYA 2I58A 2D21A 1P1QA 4R74A 2I3VA 4RNSA 2XXRA 3G3HA 5I58B 1IXCA 1US4A 4TLMB 2PYYA 4OFLA 4NWDA 1JEUA 2ZYKA 3SDFA 5I84A 4PP0A 3Q27A 2ZYNA 4XKRA 3A3UA 5AE4A 5ITOA 5JEIA 3MJNA 4DIGA 5I59B 4RY1A 1ZBMA 1P1UA 3L6HA 5I56B 3DRGA 4KQPA 3G3FA 4R75A 2RCAA 3FASA 4TLLB 4OWDA 4ISUA 4G68C 3H6WA 1LLSA 4THIA 1Y3NA 2F36A 3USDA 3C36A 4K3FA 4ZEDA 2HZKA 4F1VA 3FV2A 2PMSA 4XKPA 4FE8A 3QYTA 4IO2A 3G3IA 3MAMA 3MBPA 1MY2A 1B9JA 4MH5A 3GZGA 1B7UA 4FJPA 1B40A 3C35A 1SBPA 3LR1A 1WODA 3S4UA 3MPLA 3E13X 2UYFA 2XX9A 1MG1A 3VXBA 3N6TA 5CBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ALUA 2VD2A 1MDP1 1Q9DA 3IR1A 3IOUA 4Q5TA 1MQHA 4OERA 1NUXA 1IMAA 4ELPA 3MSTA 5AA4A 3EF7A 1JW4A 1BIYA 1RDYA 3HN0A 3B7DA 2D3IA 4P0IA 5CMKA 4POWA 4H8IA 5ESYA 3O66A 4F22A 4QFPA 1LB8A 1RDXA 1Y9UA 5FHMA 1VDWA 4YKIA 5DT6A 5IZ1A 1ZMGA 4DI3D 1Y1MA 3KFMA 4GWXA 5I5PA 3C33A 3F11A 5A5XB 4YMBA 2XXYA 2FIXA 2RC7A 3RY3A 2V4CA 4MNIA 1R1NA 4YB5A 4AS5A 2Y5LA 3B6QA 3E79A 2RF1A 3BBRA 2NUVA 3PUVE 1GR2A 5F1QA 3B6WA 1RYXA 3RYAA 2NXOA 3BIGA 2NWJA 2F3BA 2O51A 2UVGA 4PDHA 5CMMA 1SI0A 3V89B 5TU0A 4AB5A 4G8MA 1ZLQA 5BWJA 2QS4A 3O6PA 3K02A 3LUYA 3FXRA 3GBBA 1F9BA 2DWAA 1I69A 4WEDA 3T1BA 3CFXA 5ET5A 1OVTA 5I2KB 3H4ZA 2E0SA 4MBPA 1FJ6A 2PT2A 5ET8A 2XXXA 1N7WA 4GFRA 3FZVA 4PETA 4NHBA 1EZ9A 3MP1A 4GX4A 2PCRA 4U22A 1YXIA 3SEYA 1A7LA 3C34A 3O6HA 3T9UA 2RKMA 2DXYA 4Q0CA 4F2OA 4O3CA 2VT5A 1MQIA 1MXWA 1A55A 2H4IA 2YPNA 3UK4A 1N04A 4JVDA 3E9XA 4O3AA 4LZ5A 1XVXA 4KCDA 2QVVA 3G3GA 1Q35A 4JB7A 2H5YA 2I0BA 3PGFA 2QJEA 2F6GA 2H98A 3K4UA 5B70A 1D4NA 4EQBA 1SYIA 1IMFA 2P3NA 4PCDA 2ZZVA 2Q2CA 1PB8A 3TTMA 1NH8A 3WAFA 4N91A 1QW0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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