4ZEDA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine-3'-o-benzoate
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
total genus 151
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zedA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zedA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zedA02
2V84A 1N7XA 3RGYA 2IA4A 3MZ9A 5FHOA 4DZ1A 3RYBA 4R6YA 3JYRA 1SYHA 4GVOA 1II5A 3C32A 4U1ZA 3L6HA 1EH3A 3FZVA 2OWTA 4G77A 2OZZA 2I0CA 4LP2B 2HXWA 2GHAA 3ECRA 3C9HA 5I57B 3PV0E 4OZ9A 1TFDA 2OWSA 4IO6A 1B1XA 4DDDA 1VFEA 5ITPA 5KDTB 3IX1A 4RYAA 5TPAA 4EF1A 2DXYA 4YKIA 1Y4CA 3LUYA 1QW0A 3C33A 1MRPA 2PX1A 3E13X 2DS9A 2DE4A 2QS3A 1MPCA 2B3FA 2HCAA 2QMXA 4R73A 3OEKA 1M5CA 2VGQA 1XOCA 5H8NA 3FASA 2F8DA 4QFPA 5A5XA 1VR5A 3I6VA 1EZOA 3HHFA 3A3CA 1B0LA 1DTGA 1BTJA 2GH9A 4U4XA 4YB6A 3K00A 1B4HA 3EHUA 1D3KA 1MDP1 4ONYA 1POY1 3K6XA 4GL0A 2CZLA 4GRKA 2HZLA 5HBCA 3MWBA 2UVHA 4YKJA 3KZGA 3MVXA 1CE2A 3HO7A 1EU8A 2I6EA 2D3IA 2VD3A 4GOTA 4KR5A 5F7VA 3T9XB 2UXAA 2YLNA 3KN3A 1FQEA 3OXNA 2UYFA 2H25A 1LFHA 5CMBA 4NF6A 3FIRA 2B3BA 4NWDA 1FTJA 1Y9UA 2O6AA 1KWHA 2M8CA 1TWYA 4IO7A 1Y1ZA 5I59B 4H5FA 4F18A 2I4CA 2PT2A 2Y7PA 2F6GA 1LCFA 2O1MA 3G3KA 2VP1A 4R2BA 4EQ9A 1Z7ME 5JTYA 2F36A 5DTBA 1FTKA 3H6UA 4ELQA 4QFOA 3CSGA 3WAFA 1OLCA 2HAVA 4PQJA 1JVXA 3ILUB 3RYAA 4OETA 3OEMA 5BWJA 1XT8A 3TMGA 4QFLA 2F7AA 2RC9A 4PFUA 1XS5A 2KLFA 1FW0A 3UIFA 1JEVA 3PUWE 4LVQA 4OYVA 5EHSA 2VD2A 1LB8A 4KQPA 3T22A 4R2FA 2QSXA 3CSBA 1B52A 3MC2A 4LZ8A 1USYH 3A09A 5L9MA 4F1UA 2O69A 3OELA 5I57A 1ZKBA 2I0BA 2P1SA 3PU5A 1MG1A 4LZ7A 3W9WA 3DM0A 1N76A 1FTMA 3VV5A 2H5YA 1US5A 3UORA 5H8HB 1B7ZA 4YMBA 3FJMA 4ECFA 4DXUA 4OVJA 3T9HB 4GWOA 1RYXA 2R9JA 2OLBA 4NMYA 1B3FA 3IOWA 3T93B 5I2NA 1LFIA 4N6PA 2DSFA 1SI1A 1MY2A 5AA4A 4EDPA 5DT6A 2F78A 3U8QA 1UIUA 3M3LA 3C34A 3H6TA 2GFEA 4GF8A 3DRHA 2A5SA 3CFZA 2RCBA 3FJGA 2P2AA 3Q29A 4RPOA 1B5IA 2Q88A 3IOUA 1N0TA 3H06B 5ISUA 4KHZE 3N26A 3DP8A 4QSEA 4E0XA 5L9OA 4ELPA 4RK9A 3QAXA 4EQ7A 2REGA 1MS7A 5I58B 3U72A 3U93A 5KCJA 2ZNTA 4AB5A 4PE5B 1PB7A 2QPQA 5TPAB 3B6TA 2ONKE 3LC8A 1NNTA 4LA9A 3PAMA 3FD3A 3PUYE 1MY4A 4HCWA 3HV1A 3OO7A 3S9MC 1B0HA 1A8EA 4OTEA 3TCFA 1OLAA 1B32A 3HSTA 3G3JA 3H3GA 3RNNA 3CRBA 3Q28A 1DOTA 2XX9A 1IXIA 4OFOA 5H8NB 3K1PA 3V8XB 4JWYA 4P11A 2F34A 3CVGA 5A5XB 4TOZA 4NWCA 2AYSA 3VLVA 4EXLA 2ESNA 2ALUA 2QJEA 4H1XA 4JDFA 3CFXA 5AA1A 1QVSA 3WAEA 1NH7A 1BIYA 2ONRA 4R9GA 4OFJA 1N7WA 5I84A 1B9JA 4JSOA 2I3VA 3GLBA 4OEVA 3T96B 4RPNA 4FATA 3TDJA 4GFRA 3OO6A 1XHYA 5CMMA 2P0SA 1MQHA 1JW1A 4R72A 1B4ZA 1AL3A 3TTMA 3N5LA 3HPIA 1GV8A 3B7DA 3TZAA 1FQBA 1JETA 4JBZA 2Y7RA 3PUVE 4YB7A 3Q27A 2R71A 2XXUA 4AB6A 2R6GE 1MXXA 2NOOA 1AMFA 4ISUA 3OO8A 3K6UA 1JNFA 4Z7EA 1JEUA 1O64A 4XKPA 3EHSA 5KZTA 3FXQA 4QHQA 4GXSB 1UIVA 3V5AA 1M5FA 2PMSA 5IKBA 3IAZA 3SETA 4U22A 4GIZA 4F19A 4YAHX 5DVFA 4ZE8A 1MXUA 5JTYB 2HAUA 3T9VA 1P1NA 3FUZA 3SDFA 1MXYA 4MLVA 2XXHA 2ZNSA 5ELVA 1MQDA 1US4A 3MVYA 2E1SA 3TFLA 4IGTA 2ABHA 3G3IA 1H76A 1Y3QA 3V83A 1A7LA 4BDNA 5EHMA 1D9VA 1R1NA 1SDXA 4NTLA 4OMBA 1P99A 4KI0E 1Y3NA 2D21A 1DPEA 3RUMA 1SW4A 1AH5A 1JVYA 3MAMA 4KYEA 3GBAA 1AOVA 1P1OA 5AE4A 4Q8RA 4ZEIA 3VDFA 1PBPA 3OENA 2DWAA 4HCYA 3O6PA 4KD5A 3MUQA 3G3HA 3PPQA 4X9TA 4NEDA 1PDAA 1B2HA 5HPQA 3N6UA 1S9TA 1UTHA 3IOTA 4R6HA 5CM6A 2WKYA 3EHTA 1B3EA 3OD7A 1FQFA 2DOJA 3MBPA 5I58A 5ICQA 4F39A 4OFLA 4ELOA 2XXIA 1OQHA 3VLWA 3ODBA 4ESWA 3THIA 1Q1KA 4YB5A 3IOVA 3FGSA 2FYIA 2V3TA 5FTHA 4EQBA 1NNKA 4H6DA 1H44A 4F3SA 5I2NB 4UA8A 2AL4A 4THIA 5CBSA 4ESXA 5AA4B 3K02A 4RK2A 3RT6B 3TCGA 2DVZA 1ELJA 2XXYA 2DE2A 2FNCA 3PPNA 3CHGA 1NH8A 1Y1MA 2REJA 4G8MA 2G29A 4OESA 3CR9A 2DWHA 1UQWA 3KJ7A 5KCJB 5H8QA 4IO3A 5ITOA 5TP9B 4U23A 4RY1A 1A99A 2Y7WA 2RC7A 1A55A 1I6AA 3G3FA 3IB2A 1MPBA 3SERA 3DELB 3IORA 4U21A 3IB0A 4JB7A 2ZYKA 1AIVA 4DIGA 3O6HA 3KJTA 3K4UA 3IL1B 3S9NC 4H67A 3H03A 3PD9A 4QSCA 2A5TA 3LSFB 3KEIA 3PUXE 3MJNA 1HSJA 1URGA 2QL3A 4C1UA 3FATA 3PUZE 4JSDA 1OMPA 4ZE9A 4RA1A 4ZEKA 4E0WA 3S9LC 3MZBA 3RT8A 1SW2A 2CMOA 3K6WA 3D4GA 3VVEA 4ZDMA 2XXPA 1N84A 3QYTA 4YICA 1MM6A 2HEUA 3RY3A 2RKMA 1LAFE 2I49A 1DPPA 3USDA 1GR2A 1B1HA 2B4MA 3PMWA 1Q35A 3ZSFA 3OSRA 4ND9A 4F3GA 2LAOA 4Z0IA 1URDA 4R75A 1MM7A 5H8SA 4G8HA 4TLLB 3H7MA 3K1NA 1EZPA 2RC8A 1F9BA 4BDQA 1Z7NE 3G3GA 3TQLA 4QFKA 1NNFA 3U94A 1M5EA 4BLAA 5I2KB 5AA2D 1B58A 2WOKA 4PETA 3CG1A 1SW5A 2XX7A 1LLSA 4HW8A 2Q2AA 2DVCA 4YMAA 3TKDA 4LUBA 3M8UA 3DLNA 3W15C 4N07A 4NF8A 4LQ5A 3QK6A 1P1QA 1SW1A 4P0IA 4O3CA 2DE3A 2V3UA 5JK4A 4ELRA 4RJZA 2PYYA 1I6BA 1HSEA 4H8JA 1JW5A 2X7QA 5AA2B 3SEWA 2XXVA 2AL5A 3DRFA 2H9BA 1N3XA 2XXRA 1IXHA 3TPAA 1T0KA 3TELA 3SEVA 3TTKA 3L6GA 1NNPA 3U92A 1OQGA 1BLFA 1PB8A 4NE4A 2Z8EA 2F35A 1GGGA 2GRVA 3M3KA 3ILTB 1UTHB 1D9YA 3RTWB 2UVGA 1O63A 1WVJA 3O2AA 1ATGA 1IUDA 1H43A 2Z23A 2Q89A 2XHDA 1YPNA 3PMVA 2ZXTA 3W9VA 5TP9A 3DRJA 1O7TA 4G68A 2HFBA 1RKMA 1ZJLA 4DE8A 4JXIA 3TYHA 4G68C 4KYSA 1XVYA 4JWXA 2ZNUA 4X1BA 4F2QA 2WOPA 3B6QA 3F11A 3PMXA 1P1WA 2F5XA 3KN7A 1UTBB 3O66A 1BP5A 3TCHA 5B7DA 3TUSA 4NF5A 3KGCA 4LONB 4OERA 1CB6A 3V89B 1FQAA 2RF1A 3UN6A 3CIJA 4NF4A 3MP6A 5EYFA 4LATA 5CMKA 2B4LA 4ZECA 5H8QB 2OBGA 2NWJA 2UVJA 3TAJA 4IY5A 4MF3A 2X7PA 1MY3A 3QIMA 3FJ7A 5DVJA 2O51A 4XKRA 1B7HA 3MQ9A 4R6KA 1HSLA 3C31A 3LR1A 3SEUA 1IIWA 1I69A 4I9DA 1FTOA 5F1QA 1R9LA 2Y7IA 2H4IA 2G93A 4EF2A 1DSNA 1FCKA 1MY1A 1B05A 4K3FA 1B3HA 2RINA 4ZZAA 5I56B 1IXGA 1MH3A 4TQUQ 4OWDA 2NVUB 4F29A 1N3WA 3E3KA 4R9FA 3O29A 2A5TB 2OCUA 4FEDA 2Q2CA 4LZ5A 3ZS6A 4O3AA 4PFWA 3VXBA 3AXFA 3QUFA 3K01A 5I2KA 3CG3A 1VE4A 1MDQA 3HHGA 3SEXA 2QRYA 4HTGA 1ZTYA 3O97A 5L9SA 4DCYA 4GLIA 2Y7KA 2AIXA 1MPDA 3FVGA 3MP1A 3ONMA 2OK2A 2Q8JA 3FV1A 4EXKA 3FXRA 1VFDA 4F1VA 3KOSA 3TTLA 3MVWA 4FJPA 5H8FB 2F7CA 3ZKKA 5CC2A 1LBBA 4G2ZA 5AA2A 1OVTA 1B46A 1M5DA 1FQCA 3QSLA 4MBPA 5DEXA 4MLQA 4WEPA 3LBSA 2QMWA 3IK6B 4F3PA 5BUUA 4BDLA 3VVDA 3KG2A 1LAGE 3GXAA 4MFIA 5K2XA 3T9UA 2ANJA 3VLUA 4ZZEA 4C1TA 1B5JA 3KN8A 1MQIA 4MH5A 4BDRA 3BFUA 4YU0A 1EZ9A 1QUJA 3U1OA 1B6HA 4O3BA 2O1LA 1PC3A 3C36A 4UACA 4NF8B 2DWJA 1YCJA 5JEIA 1ANFA 1QJMA 2PT1A 2Z8FA 3B6WA 4U4SA 3LSXA 2XXQA 4XKNA 3HN0A 1XVXA 4FAJA 2XXTA 1LAXA 5CI5A 2YJPA 2BJJX 1DTZA 1B40A 4ZS9A 1SQYA 3PD8A 1ZMGA 2Q9TA 5IAIA 3G7WA 3C35A 4FIMA 2O68A 1ZBMA 4OEUA 1D4NA 1UTBA 2ONSA 1GVCA 1BKAA 2QS1A 3FXUA 2YPNA 1R6ZA 1LGBC 3SESA 2I4BA 3O6GA 1IXCA 4U1OA 4WEDA 3OMBA 3TODA 4XTCQ 1XC1A 3DRKA 1IEJA 4ZEBA 1QUIA 2E0SA 3EPEA 4XKQA 4F22A 4FEBA 5AA3A 3I3VA 4M1VA 3S2VA 1TFAA 3DP4A 1SYIA 4G68B 3H6VA 4HS7A 3QXMA 1SI0A 2UVIA 4LQ2A 1MXZA 3T66A 2XD2A 1R9QA 4Q0CA 4BDMA 3I5OA 4H0WA 1NMUA 2XD3A 1L5TA 2NXOA 2Z8DA 3VVFA 4I62A 5TU0A 1USYE 4GQOA 3EQ1A 4N13A 4IO5A 2QS2A 3GBBA 3KBRA 5I56A 2D5WA 1A8FA 1H3DA 3RLFE 1PEBA 1LB9A 4KCCA 1JQFA 3K6VA 1H45A 4NF5B 4QFNA 4QF9A 1YTVA 5FHMA 1QKAA 1ZIUA 3KSJA 4IO4A 1JW4A 1URSA 3JV9A 4NF4B 3TQWA 4FORA 4IB2A 4IO2A 4G4PA 4G8NA 3DRIA 1P1UA 3HCQA 1VSOA 4POWA 4P0GA 1OVBA 2GHBA 3OO9A 2RCAA 3LSLA 3PGFA 3LSWA 4I8CA 1NKXA 2V3QA 1PBQA 3EF7A 3K0VA 2PBWA 1TXFA 3D4CA 3UGWA 5J1DA 3A3UA 3SEYA 1M5BA 1LBCA 4EUOA 1TT1A 1A54A 4GXAA 3PPPA 3VFJA 1YAEA 2HQ0A 1MXWA 4KPTA 1SBPA 3GZGA 3RN8A 2I58A 3O28A 5H8FA 4F3BA 1MXVA 1S7YA 4YKPA 2IEEA 4Q30B 3VXCA 4H65A 4IGRA 1LFGA 2F7BA 4I1DA 4U2RA 4WKMA 3UP9A 3TEPA 2W7YA 2I48A 3K2DA 1WDNA 4POXA 1GTKA 3N94A 2F97A 2DXRA 1NFTA 1POTA 3H6WA 4FE8A 1SD3A 4PFYA 1IITA 3FTOA 3E9XA 1QKBA 3MPLA 4WXJA 4M4GA 3PPRA 4YKKA 2VHAA 4QRZA 5KDTA 3DP6A 4PFTA 4DCXA 2O84X 3EN3A 2V93A 4KFQA 4DLDA 2XXWA 4OENA 5DEXB 5HM4B 2H98A 3S4UA 3IO4A 3KSXA 3O9PA 3CFLA 4AQ4A 4JWOA 1S50A 3QUJA 2H99A 2UYEA 2DYXA 1Y3PA 5L8DA 2ZYOA 5FTIA 3P7IA 4H8IA 1PB9A 3E4RA 5CMCA 1Y4TA 4X48A 3JZJA 2I3WA 4OXVA 4YZZA 1DMBA 1B7UA 3FVKA 3Q26A 4RXLA 2PVUA 2VOZA 3FVNA 3TTNA 2B65A 4F1YA 5M2VA 4KCDA 3IJXB 3N6TA 2F6PA 3SKPA 4Q5TA 3DRGA 1MH4A 1RYOA 4OHNA 4GL8A 4BDOA 3PPOA 4F31B 2OJTA 3BBRA 4IY6A 2NUVA 2V25A 3BKIB 3BFTA 4X1DA 3H4ZA 1MY0A 3C4MA 4XXUA 3R26A 5ICTA 3KOTA 2HZKA 4H5GA 2XXXA 3CI8A 4FECA 3IB1A 5DVIA 1MQGA 3MP8A 5I59A 1N04A 3Q25A 2WOLA 2ZMBA 4ZEDA 3LVUA 3R6UA 1ZLQA 5DYHA 3M3FA 1B51A 5FHNA 1B5HA 1FTLA 4RNSA 4F2OA 4XIGQ 4R74A 5B70A 2X26A 3OSQA 3VE1B 4C0RA 3RPWA 2QS4A 3MPKA 1Y20A 1LAHE 3R7XA 3FV2A 2DP8A 4ZEFA 3K1MA 3OOAA 2Z22A 1J1NA 4NF6B 4GD5A 3UA8A 2THIA 5CBRA 3MVZA 1SVXB 4KYDA 4DXCA 3O6IA 2ZYMA 5K2YA 4L17A 1FQDA 1QUKA 5CRYA 1IQ7A 3S9EA 3ZKLA 1WODA 1QULA 3IJOB 1IZ1A 1B3LA 1B3GA 3MW0A 4QSDA 1LSTA 2Y84A 1OIBA 4DXBA 2DQVA 3RTFB 1I6QA 3UK4A 2XX8A 2DWIA 2O7IA 3MZ1A 1LCTA 1NL5A 1MQJA 2ZYNA 4TLMB 3IR1A 2O7UA 1ZU0A 3RQTA 4OQOA 5LOMA 5H8HA 3TTRA 4PP0A 3KFMA 3FVOA 2FA7A 3IO6A 1A40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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