4ZEDA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine-3'-o-benzoate
Total Genus 151
50100150200250300350400450020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
total genus 151
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zedA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zedA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zedA02
4ZZAA 5L9SA 1USYE 2QS2A 4POWA 4FAJA 2NUVA 2I3VA 4ESWA 3ODBA 4PFYA 4QFNA 3TEPA 4NF6A 4IO6A 3DRHA 3GXAA 3LSLA 1AH5A 1B7UA 3KSJA 2Y7RA 1OMPA 4DE8A 3M3LA 3IB1A 2ESNA 3TAJA 3UN6A 4G68C 1VR5A 1Q35A 3FVGA 3DM0A 4OERA 3RGYA 4Q5TA 1P1UA 2OCUA 1S50A 2DVZA 3HHGA 2A5SA 4Q0CA 1LCTA 5ISUA 3SEVA 3O6GA 3C31A 3C36A 1N84A 3G3IA 1UTHA 3QUJA 3AXFA 1QJMA 4U22A 1FQDA 3IB2A 2BJJX 5CMKA 3C9HA 1B0LA 2HAUA 4R2BA 4UA8A 4JDFA 2XXVA 4H5GA 2KLFA 2OLBA 4GD5A 1B05A 2OWTA 4OESA 1IEJA 2Q8JA 3A09A 3RYBA 5TPAB 4ND9A 3M3FA 3LC8A 2DXYA 2HAVA 3I3VA 3VVDA 5ITPA 1LGBC 4F1YA 2G93A 4XIGQ 2RCAA 1MRPA 2XX8A 3TQWA 3TTRA 4JBZA 4EDPA 5CM6A 2V25A 4TQUQ 1PB8A 1XHYA 3PPOA 3MVWA 1TFAA 3K4UA 3T22A 4WEDA 3JYRA 1XT8A 1B5IA 1OVTA 3H6VA 3SEXA 5I59B 4KYDA 1M5BA 4N6PA 3ZS6A 3PGFA 3VE1B 1Y1MA 4PFUA 1Z7NE 3B6QA 5M2VA 4PQJA 3S4UA 3TDJA 1DTGA 3MVZA 1YPNA 2Q9TA 4F39A 3Q25A 3IOVA 5CRYA 4OXVA 3F11A 2WKYA 2I6EA 2P1SA 2FNCA 4GF8A 3SERA 2Q2AA 3T96B 3ILUB 3LUYA 1ZU0A 4KD5A 3KG2A 1MXXA 2I0BA 2HZLA 1B4HA 5H8HB 1USYH 3K6XA 2ONKE 5H8NB 1LBCA 2UVGA 1LAHE 1NMUA 1A40A 2F8DA 3T9HB 5TPAA 1B2HA 1VFDA 1Y9UA 4EXKA 3QAXA 4OQOA 2XXUA 3MPLA 2QMXA 3TKDA 2HCAA 4R6KA 1P1WA 2X26A 5FHMA 3O66A 3OELA 4GRKA 3D4CA 4ELQA 5H8FB 3H6UA 3PV0E 1US4A 2HFBA 3B6TA 1MPDA 3USDA 4LZ7A 3HSTA 2QS3A 4I8CA 4NF5B 5I59A 3MZBA 4YU0A 4LVQA 3LR1A 3E9XA 1IZ1A 4R9FA 4HCWA 2HEUA 3PUXE 1GTKA 4F19A 2UVIA 4F2QA 1B4ZA 1D3KA 1PEBA 2I4BA 4LONB 4YB7A 1MQDA 3CIJA 1IXHA 2DWHA 1JW4A 2GRVA 1ZKBA 2VD2A 3GBAA 4PP0A 3CFLA 3PPNA 3IOUA 1MM6A 4R74A 4R73A 3OENA 3CG3A 3K6UA 5ICTA 1A8EA 2HQ0A 4NF4B 4M4GA 4FECA 1MQHA 1M5CA 2F36A 1B3GA 1ZJLA 4L17A 1US5A 2PX1A 5H8HA 3BKIB 4YZZA 5H8NA 4BLAA 3IB0A 2XD3A 1MQIA 2ZYMA 2DWIA 3DP8A 2PMSA 4OENA 3TCGA 4F22A 2DWJA 1I6AA 4JWOA 3OD7A 3RYAA 3VXCA 4DIGA 3OO9A 1TXFA 3FD3A 2XHDA 2VGQA 5H8FA 2PT1A 1SBPA 1YCJA 4O3CA 1A54A 5FTIA 2F6GA 4R9GA 3V8XB 3Q27A 1MY0A 3HN0A 4NF5A 2X7QA 3RTWB 2I49A 1NH7A 2HZKA 1II5A 1B7ZA 2CMOA 2GHAA 5CMCA 2XXWA 4ZS9A 2OJTA 3CI8A 3O97A 5EHMA 4JWXA 5B7DA 1B3EA 3VFJA 3O28A 1NNFA 2P2AA 3SETA 3CG1A 4IO2A 3O6PA 4AB5A 4R72A 2YPNA 1SI1A 1YAEA 3EN3A 4GL8A 4HCYA 4ZEBA 3U1OA 1DSNA 2Y7KA 3A3CA 3L6HA 4I9DA 2PBWA 1B5JA 1M5DA 1OIBA 2RKMA 2AL4A 4YMBA 2RF1A 4NF4A 4DXBA 5CBRA 2F97A 3MP8A 4OVJA 4LA9A 3D4GA 1N0TA 4ZDMA 1OQHA 2DXRA 2THIA 1B6HA 1WDNA 2DE4A 3C34A 3RTFB 3PD9A 4K3FA 4YMAA 3HO7A 3OOAA 4U4XA 4H1XA 1BP5A 2GHBA 3PUVE 1FTLA 1MDP1 5BUUA 4IGRA 1DPPA 3UIFA 1ATGA 3K2DA 1BIYA 4H67A 1OLAA 5CMBA 3TFLA 1IITA 1POTA 1JEVA 4U21A 5L9MA 5K2YA 1EZ9A 1QUJA 3TQLA 3FV2A 3IORA 3KN7A 1B1XA 3C35A 4RA1A 4DXCA 3O29A 4IO5A 3VVFA 4P0IA 1ANFA 3ECRA 4MLVA 1R6ZA 1QVSA 2IA4A 4BDOA 3MC2A 3KN8A 3QSLA 1D9YA 4Z7EA 3U8QA 4Z0IA 2F6PA 5DEXB 3R6UA 4POXA 5JK4A 4BDNA 2A5TB 4ESXA 2R6GE 1MY4A 3R7XA 1VE4A 2ZNSA 5J1DA 4WXJA 5AA2B 4PE5B 1H3DA 2AIXA 4KR5A 1YTVA 4QSEA 3UORA 1B51A 3TELA 3KN3A 4QHQA 3T9XB 3ONMA 4GOTA 4RK2A 3CVGA 3KBRA 1EU8A 4C1UA 3U92A 3FJGA 2DWAA 3OO8A 2H5YA 3WAFA 1FTOA 1S9TA 4NE4A 3PAMA 3GZGA 3CRBA 3H7MA 1MDQA 1F9BA 3T66A 3QIMA 2O7IA 5AE4A 1PB9A 2QPQA 4ZEKA 3MWBA 4ELPA 3H6TA 3TTMA 1MY1A 4TOZA 2Y7PA 5F7VA 2F7BA 4XKQA 5EHSA 3W9WA 3MVYA 1PBQA 3V83A 2I3WA 4MF3A 4O3BA 4H8JA 4F18A 4F3SA 2AYSA 2CZLA 1MPBA 3DELB 1NFTA 3IJOB 4DDDA 5KCJA 4O3AA 3KGCA 5DEXA 2DYXA 3O6IA 1B1HA 4WEPA 2A5TA 4NMYA 2RINA 2UVHA 5TP9B 4H5FA 5AA2A 3WAEA 3I5OA 3N26A 3DRGA 2Y7IA 2H98A 3LSWA 4JWYA 3H6WA 5AA4B 4LQ5A 2QS1A 2LAOA 4X9TA 2W7YA 4BDQA 5DTBA 3PUWE 3MBPA 3RT6B 2IEEA 1LAXA 1A55A 4FE8A 3W9VA 1UTBB 5I84A 3PUYE 4PFTA 2AL5A 3BFUA 2WOKA 3N6TA 3R26A 3G3JA 1BKAA 3G3FA 1D9VA 4RPNA 5ITOA 5L8DA 3HHFA 4P0GA 4X48A 4KPTA 4RJZA 4LUBA 3U94A 1I69A 3EPEA 5IKBA 5I2NB 1NL5A 4R75A 2I58A 2XX7A 1PB7A 3C4MA 2VD3A 1AOVA 4KI0E 3IAZA 3ZSFA 3MP6A 3TCHA 4IY5A 2ZYOA 4ZEFA 4XKPA 3KOSA 1EH3A 3FVNA 2O1MA 1QW0A 2YLNA 3MZ1A 2HXWA 4KFQA 2VOZA 2XXIA 1JVXA 1FW0A 1R9QA 5TP9A 1AL3A 4YICA 2DP8A 1FQBA 1MXWA 3FATA 4XTCQ 1P99A 4LQ2A 1Y3NA 2DVCA 5AA1A 1Y3PA 3VLUA 3SKPA 1TT1A 4NWCA 3OSRA 4TLLB 3O2AA 4R6HA 1JNFA 4FJPA 4QFOA 5CI5A 3FXUA 1UIUA 2QMWA 3CR9A 2VP1A 5FTHA 3FASA 4OFOA 1UTBA 1Y20A 2Z8FA 1A8FA 4LP2B 5DT6A 3IOTA 3U72A 3TPAA 3QXMA 3K00A 4ECFA 3T93B 4GXSB 1GGGA 1URGA 1O63A 1RKMA 4FATA 2F7CA 2UVJA 4ZZEA 1EZOA 5I2NA 2UYFA 2UXAA 3PU5A 4QF9A 2D5WA 1SDXA 1MPCA 3DRJA 1N76A 2XX9A 1UQWA 3K1NA 3EF7A 4YAHX 4UACA 1ZMGA 1CE2A 5DYHA 4EXLA 1VFEA 1NNKA 4M1VA 1MXVA 2Q2CA 1SQYA 4NF8B 4C1TA 2Z8EA 1JW5A 1M5EA 3IO6A 5A5XB 3CFXA 1J1NA 1LAFE 4ONYA 1Q1KA 3K1MA 2GH9A 4ZEDA 1NNTA 2O84X 4EF2A 4F1VA 4BDLA 1B0HA 3OEMA 1LB9A 3GBBA 2M8CA 1DOTA 2XD2A 2B4MA 3K0VA 2ZYKA 3BBRA 1T0KA 5H8SA 2ANJA 3TTLA 5JEIA 3HCQA 3CSBA 2ONRA 5L9OA 1LCFA 3IL1B 3TZAA 4F2OA 1LB8A 1LBBA 1R9LA 4GWOA 3MPKA 3E3KA 3KZGA 1QKBA 1VSOA 4KCDA 1XC1A 1B40A 3ZKLA 3TYHA 1B3HA 4PETA 2O1LA 1NKXA 2OK2A 1LLSA 2V3TA 3PUZE 2QL3A 1H45A 1MY3A 3TMGA 3MJNA 1JEUA 1GV8A 3RNNA 1A99A 2O69A 4NWDA 3MZ9A 1XS5A 2D21A 4NEDA 1JETA 3THIA 2QS4A 4GLIA 1TFDA 1QKAA 4H8IA 1B7HA 2RC8A 4GVOA 3FXRA 3UK4A 3UGWA 1LSTA 1DMBA 4NF8A 4E0WA 4HW8A 3DRKA 4RPOA 4OZ9A 5A5XA 3OXNA 1PBPA 2F78A 4F3GA 1LFHA 4OEVA 2ZXTA 1QUIA 3C33A 3CFZA 1WODA 4DZ1A 2XXQA 4DLDA 4FEDA 3H4ZA 1IQ7A 3S9MC 3FVKA 1ZBMA 1N3XA 1AMFA 1Z7ME 3FUZA 3MAMA 3TTNA 3EHTA 1FQAA 4IY6A 2DSFA 1S7YA 4IGTA 2NWJA 3W15C 4EQ7A 3KOTA 3OEKA 4I1DA 3K02A 1FTKA 3KSXA 3DP4A 1SW1A 4ELRA 1FQFA 5KDTB 1GVCA 4G68B 3L6GA 4U2RA 1NH8A 4EQBA 4G8HA 3HPIA 5CC2A 1MXYA 4Q8RA 2GFEA 3TODA 4RXLA 3VLWA 1Y4TA 1B52A 1RYXA 3Q29A 1CB6A 2B4LA 2Z22A 3K01A 4GQOA 3RN8A 4LZ5A 3IX1A 1DTZA 5HBCA 3IO4A 1PDAA 3RPWA 4ZE8A 2YJPA 2E0SA 2NVUB 1IXCA 3G3HA 2Q89A 3KJ7A 4YKKA 3MVXA 3IOWA 3K6VA 4NTLA 3OSQA 2ZMBA 3RY3A 4YB5A 1B32A 5FHNA 3PD8A 4ELOA 5LOMA 3FTOA 1RYOA 4C0RA 3T9UA 3PPPA 3FJMA 3TCFA 2QJEA 2WOLA 2OWSA 4OYVA 4OFJA 1HSEA 3EHUA 5I57B 3SEUA 2F34A 1MH4A 1N04A 1Y4CA 4OETA 3IK6B 2NOOA 4KYSA 1XOCA 2RC9A 4OFLA 5KDTA 4IO7A 3MP1A 4G68A 3EHSA 3ZKKA 3OMBA 2H99A 1OQGA 2I0CA 3M8UA 4OWDA 4Q30B 1FTMA 4H0WA 5EYFA 4U4SA 2FA7A 4IO3A 5JTYB 4YKPA 5CBSA 3S9LC 5ICQA 5I56B 2QSXA 4RNSA 3BFTA 3SESA 4LZ8A 1IXIA 3Q28A 4H6DA 3SEWA 4N07A 4QSCA 4MLQA 3RT8A 3MUQA 2RC7A 1LAGE 1IXGA 2B3FA 4N13A 2UYEA 4KQPA 2B65A 1SVXB 1N3WA 3CHGA 1R1NA 3LVUA 4G2ZA 2H9BA 4G8NA 2O7UA 2ZNTA 3VVEA 2V3QA 3FGSA 3T9VA 4DCXA 1L5TA 4YKIA 3MW0A 2O68A 3DP6A 2ALUA 2E1SA 2X7PA 3LBSA 4DCYA 3VDFA 3PMXA 1ZLQA 2REGA 1LFIA 3U93A 1ZTYA 5I57A 4TLMB 3KEIA 4MFIA 1QULA 1MQGA 4G8MA 4H65A 5FHOA 3G7WA 2PT2A 4OTEA 5AA3A 1SI0A 4RYAA 4F29A 2I4CA 4GFRA 2PYYA 2R71A 1M5FA 4JSDA 1BLFA 2XXRA 4RK9A 1MS7A 1MQJA 3H06B 1SW2A 3KFMA 1I6BA 5JTYA 4FIMA 4AB6A 5I56A 3DRFA 1SYIA 2Q88A 3FVOA 1MXZA 1P1QA 4XKRA 3FJ7A 5I58B 4R2FA 4DXUA 2ZYNA 2G29A 1Y1ZA 4WKMA 2DE3A 4JSOA 4HTGA 1OVBA 1HSLA 1HSJA 1SW4A 4HS7A 1H44A 2REJA 3H03A 5AA4A 1SD3A 1XVYA 4GXAA 1URSA 3IJXB 3OO7A 3A3UA 3FIRA 3QK6A 4QRZA 3Q26A 1ELJA 5TU0A 3N94A 4JXIA 4X1BA 5HPQA 2DOJA 3S2VA 1KWHA 1POY1 3N6UA 1MH3A 3K6WA 3HV1A 1UIVA 1BTJA 4BDMA 4QFPA 4LATA 3S9NC 4YKJA 4U1OA 2XXXA 4XKNA 1WVJA 1LFGA 3GLBA 2QRYA 2ONSA 2DE2A 3VXBA 3N5LA 3OO6A 2OZZA 1MM7A 1B5HA 4U23A 5H8QB 3PMVA 2XXTA 3V89B 2F5XA 4G4PA 2D3IA 3B7DA 1H76A 4G77A 5CMMA 4F3PA 2ZNUA 4KCCA 3EQ1A 1JQFA 5I58A 1MXUA 3QYTA 2XXYA 2OBGA 5K2XA 1O64A 5IAIA 4PFWA 1A7LA 1D4NA 4YB6A 1P1NA 1QUKA 4BDRA 2XXPA 3O6HA 3O9PA 5DVIA 3C32A 4GL0A 3FXQA 2V84A 3IR1A 1FQEA 3DLNA 1Y3QA 4JB7A 5HM4B 4OEUA 1P1OA 1SW5A 4GIZA 1MY2A 1DPEA 3V5AA 2V93A 4RY1A 4QFLA 2Y7WA 2H25A 5ELVA 4XXUA 1XVXA 2DS9A 1B46A 3M3KA 1B3LA 4THIA 3UP9A 3SDFA 4IB2A 4F1UA 3QUFA 4QSDA 3RUMA 5DVJA 2RCBA 1FQCA 2H4IA 3KJTA 4OHNA 4ZEIA 4MBPA 3E13X 3PMWA 4FORA 5H8QA 5KZTA 3K1PA 5B70A 3P7IA 1H43A 4EQ9A 3RLFE 4E0XA 4KHZE 4X1DA 3PPRA 3SEYA 4MH5A 3MQ9A 3H3GA 4KYEA 3LSFB 3E4RA 5I2KB 4I62A 4IO4A 2XXHA 2R9JA 4EUOA 4U1ZA 5AA2D 1N7XA 1JVYA 3LSXA 4ZECA 1ZIUA 2ABHA 1URDA 1MG1A 4R6YA 4AQ4A 3TTKA 1OLCA 2V3UA 4NF6B 3G3GA 5BWJA 3S9EA 3FZVA 3DRIA 4EF1A 1EZPA 2PVUA 1TWYA 2NXOA 2Y84A 3TUSA 1IUDA 4FEBA 3CSGA 4QFKA 2VHAA 1PC3A 1GR2A 3JV9A 1SYHA 4F3BA 2O51A 5DVFA 3RQTA 2Z8DA 3FV1A 2FYIA 2Z23A 3G3KA 1UTHB 4ZE9A 2B3BA 4OMBA 1N7WA 1IIWA 3JZJA 4ISUA 1O7TA 4F31B 5KCJB 1AIVA 3VV5A 1FCKA 1B3FA 2P0SA 2WOPA 3I6VA 1B58A 3B6WA 2F35A 1JW1A 5F1QA 3ILTB 1I6QA 3PPQA 5I2KA 2DQVA 2O6AA 1B9JA 2I48A 1FTJA 1NNPA 3UA8A 2F7AA 3VLVA 4P11A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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