4DCXA

X-ray structure of nika in complex with fe(1r,2r)-n,n'-bis(2-pyridylmethyl)-n,n'-dicarboxymethyl-1,2-cyclohexanediamine
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal transport
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title The structure of the periplasmic nickel-binding protein NikA provides insights for artificial metalloenzyme design.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 161
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4dcxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dcxA01
2OJTA 3WAFA 1P1UA 3D4CA 3FVGA 2NVUB 2XXXA 1CB6A 4AB5A 1N3XA 1NH7A 3PMWA 3IOTA 4HS7A 4GOTA 2OCUA 2ZYNA 3OEKA 3GZGA 5TP9B 3RY3A 3MVWA 1SW4A 2UVIA 5A5XB 1B0HA 5AA3A 3LR1A 4BLAA 4OESA 3UGWA 3EHUA 3FXRA 1WDNA 2ZNTA 2RC7A 4KFQA 3G3JA 1I6QA 3QSLA 4ELOA 3TAJA 1FQBA 2XXUA 2O1MA 3Q27A 2B4MA 5ICTA 2OZZA 1SYHA 2XXIA 3RGYA 4EQBA 4NF6A 5I57B 3HPIA 2LAOA 2ZYKA 4L17A 1D9VA 2XX9A 4BDNA 3TKDA 4QFOA 4IGTA 4IGRA 2XD3A 1MQGA 2I0BA 3D4GA 3RTWB 3GLBA 3C35A 3MP8A 4G68B 3DM0A 3W9VA 5I2KA 3QIMA 1MXUA 3R7XA 1KWHA 4POXA 3ZS6A 3K6XA 5CBRA 3U94A 3OXNA 1IXIA 2QS3A 3H3GA 3EF7A 4P11A 4HW8A 1A8EA 4YICA 1JVYA 3C33A 3SESA 4Z0IA 3KN7A 3OENA 5AA2A 3LUYA 5H8SA 1M5CA 2XXHA 1J1NA 1FQAA 5EHMA 3K4UA 1A54A 2UVGA 5DTBA 1B40A 4FIMA 3IL1B 4DXBA 3KBRA 1USYH 1B9JA 1A7LA 4OTEA 2UVJA 5AE4A 1N3WA 1SBPA 4BDMA 2ONSA 3PPRA 1UQWA 3LC8A 1BLFA 3T96B 2F97A 2QS4A 3G3KA 3MZ1A 4NF8A 5I56B 3S9EA 2AL5A 1AL3A 4FEDA 4TLLB 2O84X 4DDDA 5AA4A 1IXGA 1B4HA 1TWYA 5FTHA 4FECA 3G7WA 3PUVE 1MH4A 3QAXA 3U72A 2VOZA 4DIGA 4GQOA 3LSLA 3TCFA 1B32A 4LP2B 1M5FA 2DWHA 1PBPA 4OZ9A 4EXKA 5DYHA 5EYFA 3VV5A 4PFTA 3H4ZA 1MPCA 3SEVA 3MUQA 3RNNA 4F3BA 5ITOA 3S9NC 4QFPA 1URGA 3VVDA 4F3PA 1MXXA 3OO7A 4ZEIA 2NWJA 2Z22A 2AL4A 1AIVA 3HHFA 1LFIA 1Z7NE 3N26A 3O6GA 4GD5A 1RYOA 2DQVA 4F22A 3KZGA 4RPOA 4HTGA 5I84A 3SEWA 4X1BA 3G3IA 3R26A 1LB9A 1LFHA 1SW5A 3FVOA 3L6GA 4MLVA 4OERA 1JW4A 4FATA 1MXZA 2F36A 3E13X 1Y3QA 4C1UA 4NF8B 4XKNA 4RXLA 1A8FA 4DE8A 1TT1A 1NNFA 1RYXA 4U1ZA 5I2NA 4F29A 4KYEA 1D4NA 3OSQA 3QUFA 3DRFA 2Z8EA 3ECRA 5CBSA 4H5FA 3H7MA 4JB7A 2ONKE 3L6HA 3B6WA 5J1DA 2R6GE 2Q8JA 4OFJA 1SI0A 4NWDA 4QSEA 1H43A 1B4ZA 1Z7ME 1MY1A 4GXAA 4ECFA 1B52A 3ZSFA 1IITA 3T22A 4F2OA 4QSCA 4MF3A 4OEVA 4H67A 1DPEA 4KD5A 2WOLA 1SVXB 4IO6A 2OK2A 2BJJX 1YPNA 3I5OA 1MY0A 1MY4A 3DRIA 3OO6A 5DVJA 1ZTYA 4G8NA 1OLAA 5CMCA 4R6YA 4R2FA 3C34A 2PBWA 5F7VA 3FJGA 1MQIA 3IR1A 2ZYOA 4LQ2A 4RPNA 2UVHA 2DWIA 3OELA 1UIVA 4ZEFA 4U2RA 4XKRA 2Q2AA 3C32A 1LAFE 1VR5A 1LSTA 5TPAB 2DP8A 5DT6A 3BKIB 1ZBMA 3TTNA 1XVYA 1FQEA 4E0XA 2REJA 1B3GA 4NF5B 4R73A 4GL0A 3V83A 1FQFA 1SYIA 1H3DA 5L8DA 2I6EA 2F7CA 3RN8A 1I6AA 2O69A 1LCFA 3CSGA 3TMGA 1FTLA 4QSDA 1B3HA 1IEJA 1BTJA 5FHMA 3IK6B 3A3CA 4IY5A 3FZVA 4ZE8A 2E1SA 1P1OA 5JTYA 3SDFA 1MS7A 1EU8A 3PGFA 2QRYA 1LAXA 4KPTA 1B7UA 2DS9A 4R9GA 2UYEA 2FA7A 2F7AA 2F78A 1HSJA 2P2AA 3TODA 1QKBA 3IOVA 3PPOA 3K1MA 3PMXA 4BDQA 2XX8A 4HCWA 4OFOA 4BDOA 2RC8A 1Y1MA 5EHSA 4Z7EA 3MPKA 1ANFA 2XXWA 3PUXE 1BP5A 4X9TA 3I6VA 4GWOA 1ZJLA 1TFAA 3LVUA 5H8QB 3T93B 2VD2A 3IX1A 3FTOA 4YZZA 2Y7IA 5AA2D 4QHQA 5ELVA 5JK4A 4PP0A 2V25A 2PVUA 1D9YA 3M3FA 1DTZA 1QJMA 3HCQA 1NH8A 2H99A 3PPNA 2IEEA 4LZ7A 4F1VA 3B7DA 1PBQA 1R9QA 3EHSA 4N07A 2DOJA 1L5TA 3TPAA 2QL3A 3TTKA 4MH5A 5L9MA 3Q29A 4R2BA 3K1NA 1MQJA 1AOVA 2GRVA 2VD3A 4PQJA 3U93A 3RT8A 5I58A 3AXFA 2VGQA 4OYVA 3MZ9A 4YKJA 4KHZE 2D3IA 3IO4A 1R9LA 4H65A 3U1OA 1NL5A 3W9WA 1CE2A 4I9DA 4KCCA 1MPDA 3TELA 1Y20A 3QYTA 4EXLA 1EZPA 3UK4A 1XOCA 2HQ0A 1JEUA 1NNTA 1NFTA 4RY1A 3LSFB 3EPEA 2DSFA 3SKPA 3VVFA 1A99A 1UTHA 2DE2A 3KN8A 3KGCA 4EQ7A 4EQ9A 2V3QA 2PYYA 4ELPA 3OO9A 4YAHX 4JXIA 3KJ7A 4UA8A 1B05A 3TEPA 1B3EA 4YB6A 3C36A 3MP6A 2R9JA 2Y84A 3TCGA 3CHGA 3V89B 2E0SA 3TQLA 3THIA 3RYBA 3IB2A 4G4PA 4NE4A 5JEIA 1OIBA 3FVNA 4BDLA 3EHTA 1Y1ZA 1FTOA 2HAVA 4F1YA 2H25A 3FUZA 3CR9A 2I3WA 4P0IA 4PE5B 1PB9A 3O97A 5K2XA 3W15C 3SERA 1VSOA 1JW1A 3MC2A 1QUIA 2HCAA 2O51A 4G8HA 4O3BA 3E3KA 1EZOA 3MVYA 2A5TB 3T9HB 1BKAA 4RYAA 4XTCQ 1T0KA 4LZ8A 2B3BA 2V3TA 1ELJA 5CM6A 4PFUA 2YLNA 1OQGA 2OWTA 4KQPA 5B70A 5K2YA 3RT6B 3O6HA 4GXSB 1MM7A 1PC3A 3ILTB 1UTBA 5CRYA 2WOPA 1B7ZA 2ZNUA 1PEBA 4AB6A 3FV1A 3PPQA 4LUBA 3EN3A 1QKAA 2ALUA 5HPQA 5IAIA 1WVJA 1GR2A 4N13A 2Y7KA 3H6UA 3TZAA 3WAEA 3TYHA 3E4RA 3FD3A 4M1VA 3CSBA 2DE4A 4NF6B 3KOSA 3PAMA 1Q1KA 4Q0CA 2RCAA 1MH3A 2HEUA 1FCKA 1MY3A 1SQYA 1MQDA 4EF2A 3JZJA 4LZ5A 2DVZA 1URSA 1RKMA 3CFLA 1H45A 4ZZEA 4YMBA 3V5AA 3HV1A 3JYRA 4RNSA 5I2KB 3FXQA 2QS1A 4LONB 2PMSA 5H8FA 4DLDA 4OWDA 1LAHE 4F1UA 1B6HA 2XXTA 4JSDA 4H6DA 5H8NA 2F35A 3K00A 4G77A 5FHNA 2Y7WA 3DELB 4YMAA 3CVGA 5AA2B 4KR5A 4G68C 2HFBA 4EUOA 2B4LA 2FNCA 3BBRA 4GFRA 2Q89A 2ZYMA 1D3KA 3FASA 2H4IA 2XD2A 2RF1A 4JDFA 4DCYA 4Q30B 3JV9A 3MW0A 3PPPA 1GV8A 2I48A 1SDXA 1OQHA 4EF1A 4JSOA 3PUWE 3ODBA 4OENA 4TQUQ 4JWYA 2D5WA 2ZNSA 3OSRA 5AA4B 2DVCA 3C9HA 4QF9A 3O2AA 4PETA 4X1DA 1N76A 2I0CA 3TTLA 4ZS9A 4IO7A 3PD8A 1TXFA 2B3FA 5H8HA 5FTIA 4WXJA 4ESXA 2HZLA 2QJEA 1N0TA 2YPNA 4R72A 3PV0E 2F34A 1DSNA 3IJXB 4Q5TA 1JVXA 4GVOA 3KSXA 4OFLA 2I4BA 5BWJA 1FTMA 4F3SA 3PD9A 4RK2A 1LB8A 3K2DA 4LVQA 2P1SA 4KI0E 1N04A 3BFUA 2G93A 4FEBA 1XT8A 2QMXA 1II5A 3MZBA 2PX1A 2RCBA 4MBPA 2OBGA 3UA8A 1QVSA 3S2VA 4NTLA 3MVZA 4QFKA 4RA1A 3I3VA 3C31A 1LLSA 2AYSA 4QFLA 4ZEDA 1ZLQA 1JQFA 1SI1A 2GHAA 3MAMA 4H0WA 3MWBA 1B7HA 2XXVA 5KDTA 1H44A 3Q25A 1URDA 5B7DA 2RC9A 5I2NB 4N6PA 2F8DA 1LAGE 1B51A 1B0LA 1M5BA 1US4A 3FXUA 1QW0A 1BIYA 3PUYE 3IOWA 4F31B 4GRKA 1MXYA 5CI5A 5H8HB 1S50A 1P1NA 1B58A 1P1WA 2DWJA 3TCHA 4YKPA 1POTA 3T9VA 1OVBA 1OVTA 1MQHA 1LBCA 3CI8A 5TP9A 1EH3A 3KSJA 2XHDA 3KN3A 3DP8A 2W7YA 1N7XA 4PFWA 2XXQA 3S9MC 2DYXA 2GFEA 5M2VA 2ZXTA 2B65A 3TTMA 3VLWA 5CC2A 3S4UA 3RTFB 3DRJA 2Z8DA 1POY1 3A3UA 1SW2A 4YB5A 2KLFA 3G3HA 4IO5A 1MM6A 5F1QA 3U92A 2D21A 3VDFA 3PU5A 3H6WA 4ISUA 3TTRA 1GVCA 2OWSA 3TDJA 1ZKBA 4WEDA 3N94A 3CG1A 3E9XA 2O1LA 3H03A 1DOTA 1S9TA 3VLVA 3VFJA 5I59A 3DRGA 1LCTA 3K6UA 3KFMA 3T9UA 2GHBA 5JTYB 2G29A 2QS2A 2O7UA 1FTKA 1P1QA 4G2ZA 3GBBA 3BFTA 1NKXA 5LOMA 2NOOA 3C4MA 4HCYA 1O64A 2Z23A 2O6AA 3RYAA 1IIWA 3CG3A 4THIA 3FV2A 1O63A 4KYSA 4R6HA 1IZ1A 4IB2A 2M8CA 2WKYA 4ND9A 4POWA 2DXYA 5I56A 3IO6A 4LA9A 4OETA 5DVFA 3DLNA 1TFDA 2PT2A 4ZEKA 1Y3NA 4U23A 3KG2A 2V93A 2F5XA 1MXVA 1MRPA 3M3LA 4E0WA 2NUVA 2F6GA 5TU0A 3FVKA 2CMOA 1MG1A 2V84A 4JWOA 1WODA 1NNKA 3CIJA 3TFLA 2QPQA 4R75A 2HAUA 5KCJA 3DRKA 3CFXA 3LSXA 4OHNA 5I58B 2ABHA 3MVXA 3QK6A 1SD3A 3EQ1A 4ESWA 4P0GA 1VFDA 5I59B 3OD7A 4UACA 2I49A 4GF8A 1B5IA 3MPLA 1GTKA 3UP9A 1MPBA 1ZIUA 4H8JA 4IO2A 4YB7A 3KOTA 1M5DA 3MQ9A 1AMFA 1B1HA 3K0VA 1UTHB 1QULA 1N7WA 2I3VA 3O29A 3S9LC 4I62A 3ILUB 1B46A 2IA4A 1AH5A 1Q35A 4NWCA 2P0SA 4QFNA 1XC1A 2Q88A 3KEIA 4NEDA 2F7BA 4XKPA 4ZDMA 5ITPA 4IO4A 3FIRA 1B3FA 5ICQA 5FHOA 2XXYA 1GGGA 2A5SA 1HSLA 4RK9A 3G3GA 4OEUA 2VP1A 3ZKLA 5IKBA 4FORA 4R74A 1N84A 1DPPA 1B5HA 4ONYA 3V8XB 3IAZA 2UXAA 5CMMA 4WKMA 3PMVA 1MDP1 1S7YA 3LBSA 4ELRA 2NXOA 3TUSA 2REGA 4GIZA 4YU0A 5KCJB 2F6PA 1PB7A 2H9BA 3O6IA 1O7TA 3O28A 3FJ7A 3FGSA 2Q9TA 4XKQA 4FE8A 3KJTA 3T66A 4G8MA 1LGBC 3UIFA 3SETA 1I69A 3N6UA 3P7IA 4MLQA 1OLCA 3H06B 5DEXA 2XXPA 1JETA 1LBBA 4ZEBA 3MP1A 4JBZA 4ZE9A 1SW1A 3O6PA 1UTBB 3M8UA 3MJNA 4K3FA 4PFYA 2ANJA 4NMYA 3K6WA 4F18A 3K01A 3GBAA 3OEMA 4LQ5A 3HSTA 1YAEA 4EDPA 4IY6A 1XHYA 1R6ZA 3LSWA 1NNPA 1IQ7A 5TPAA 2X7QA 1I6BA 1B2HA 1ATGA 4U1OA 3ONMA 4NF5A 2R71A 3SEYA 3HHGA 4C1TA 4Q8RA 1FQDA 4OVJA 1P99A 1B1XA 3QXMA 1F9BA 4GL8A 2H5YA 4KYDA 4TOZA 3IOUA 4DXUA 1B5JA 3MBPA 2HXWA 1XVXA 2DWAA 2O7IA 2Z8FA 1ZMGA 4AQ4A 4YKKA 3Q26A 3Q28A 1VE4A 3RPWA 1FQCA 4F39A 5H8FB 3M3KA 2QSXA 3K1PA 3A09A 3RLFE 3IORA 4U22A 1USYE 5H8NB 3VXCA 4F3GA 3IJOB 4GLIA 1IUDA 3ZKKA 2DXRA 4U4SA 3HO7A 2Y7PA 5AA1A 4F19A 2HZKA 4BDRA 5DVIA 4U4XA 3U8QA 5DEXB 3UN6A 4DCXA 2X7PA 4I8CA 1DMBA 1LFGA 5H8QA 2YJPA 2O68A 2XXRA 5L9OA 1R1NA 4KCDA 4O3CA 4O3AA 3K6VA 3SEUA 4NF4A 4YKIA 5ISUA 3B6TA 4OMBA 1QUKA 4RJZA 1JEVA 4IO3A 4R9FA 1Y4CA 2I58A 2WOKA 3CRBA 3K02A 3N6TA 3T9XB 3H6VA 3GXAA 1VFEA 5HBCA 3H6TA 4FJPA 1Y4TA 3QUJA 4WEPA 1IXHA 1NMUA 3O9PA 1FTJA 2UYFA 3HN0A 4ELQA 1US5A 2H98A 1JW5A 1FW0A 3UORA 3G3FA 1YCJA 3FJMA 3R6UA 1MDQA 3RQTA 1PDAA 1OMPA 4H1XA 2XX7A 1EZ9A 1UIUA 1M5EA 3DRHA 3TQWA 5HM4B 1H76A 4OXVA 4JWXA 4H8IA 2ESNA 2PT1A 1Y3PA 2AIXA 4QRZA 3PUZE 3DP6A 5A5XA 2X26A 5BUUA 1QUJA 2ZMBA 5L9SA 1ZU0A 3OO8A 1JNFA 4C0RA 4ZZAA 1MY2A 2I4CA 4H5GA 4DZ1A 3F11A 3VLUA 3OOAA 4MFIA 4XIGQ 3IB0A 3IB1A 1DTGA 2FYIA 2Y7RA 3OMBA 2CZLA 3B6QA 3O66A 2QMWA 4OQOA 5CMKA 3DP4A 2DE3A 1YTVA 5KDTB 4DXCA 3N5LA 4R6KA 2VHAA 2ONRA 3FATA 5I57A 3CFZA 4NF4B 4M4GA 1Y9UA 2OLBA 3USDA 4F2QA 4XXUA 4ZECA 1MXWA 4U21A 3RUMA 1XS5A 3VE1B 5CMBA 4G68A 1IXCA 1HSEA 1PB8A 4X48A 3VXBA 2RKMA 2Q2CA 1A55A 2RINA 3SEXA 2GH9A 2THIA 4LATA 4I1DA 1A40A 5KZTA 2A5TA 3VVEA 4FAJA 1B3LA 2V3UA 4TLMB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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