4DCYA

X-ray structure of nika in complex with fe(1s,2s)-n,n-kappa-bis(2-pyridylmethyl)-n-carboxymethyl-n-kappa-methyl-1,2-cyclohexanediamine
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structure of the periplasmic nickel-binding protein NikA provides insights for artificial metalloenzyme design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
source organism Escherichia coli
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 164
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4dcyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dcyA01
3EPEA 1N76A 1XT8A 4LZ7A 3MW0A 2GH9A 1YPNA 3VXCA 4O3AA 3T93B 3IB2A 4G68A 1B5HA 5KDTB 2HZKA 3K6XA 3VE1B 1B58A 4JWOA 2Z22A 1Q1KA 1MPBA 2YLNA 3N5LA 1VFDA 3U92A 3MC2A 1LAFE 3MZ9A 4ESXA 3E9XA 1LAGE 3TTRA 3TODA 2H5YA 4MBPA 4ZE9A 5I56A 4U2RA 4GQOA 3RYAA 3DM0A 2I4BA 1IQ7A 5AE4A 1SQYA 3PPOA 2A5TA 4U23A 3PMWA 4KI0E 3PGFA 3O2AA 2OWSA 3D4CA 2I3VA 4YB7A 3FTOA 4KD5A 3QK6A 2PYYA 4U1OA 1H44A 4EQ9A 1VSOA 1P1QA 2ZMBA 5H8SA 4IO4A 3U93A 5H8HB 3U8QA 4N13A 1B7UA 3HPIA 3H7MA 2D5WA 4DXUA 1FTLA 2I0CA 1SYHA 3H6UA 1L5TA 2GFEA 4XIGQ 3PPPA 4GXAA 2F5XA 4RPNA 4FATA 2I4CA 3KOTA 3RY3A 5DYHA 1A8EA 2UYFA 3W9VA 3C31A 1LGBC 4XKQA 2ONKE 4ND9A 1BLFA 2F34A 1FQBA 4MLQA 3IJOB 3OMBA 2ABHA 2DOJA 5I57A 1MG1A 2V3TA 4RY1A 3G3KA 5ICTA 3O6GA 3ZS6A 2OWTA 1AMFA 3IAZA 1OIBA 3FGSA 2V25A 3PD8A 2O6AA 3F11A 4OFOA 3O9PA 4JWYA 5DEXB 5AA4B 4GLIA 1M5DA 4H8IA 5KCJB 2PMSA 3G3IA 3JYRA 1FW0A 3TMGA 3LR1A 4KQPA 3DP8A 4FIMA 1DPEA 2Z23A 4YKKA 1IXGA 4NF4B 2GHBA 1MRPA 4M4GA 5B70A 2Y7PA 4G8HA 4WKMA 2B4LA 1QW0A 2THIA 4U21A 4G8MA 1QULA 3G3JA 3FV1A 1CE2A 2WOKA 5FHOA 3IOVA 4FEDA 4NF6B 4F18A 3JV9A 1SDXA 3A3UA 1HSLA 2QS2A 1US4A 3B6TA 3B6WA 2Q2AA 2RC7A 2V93A 3IOTA 1IXCA 5DVIA 3O66A 1QVSA 1MPCA 1N3WA 1SW4A 1R9QA 4FECA 2XXUA 1SVXB 1QJMA 3KSXA 4YMAA 1NH8A 5KZTA 1Y3QA 1B32A 5EHSA 3FJ7A 1MH3A 1MQDA 3WAFA 3MBPA 3QAXA 4KYEA 4NMYA 5I58B 4XTCQ 4BDMA 3RUMA 3EQ1A 3PAMA 2I6EA 1ZMGA 4IO3A 3HV1A 1DSNA 3QUFA 3HHGA 2XXQA 1T0KA 3KJ7A 5CM6A 5CMBA 1PBPA 4R73A 5KDTA 1NMUA 2D3IA 5DVFA 2VHAA 4ESWA 2OZZA 4H5GA 4R72A 4X48A 3C33A 3TAJA 4DCYA 5H8FB 3DRIA 4GD5A 4H6DA 4N07A 4OESA 3G3GA 3ONMA 1RYXA 2QL3A 4YICA 2WOPA 3A09A 3THIA 5FHNA 1NH7A 1IIWA 1XC1A 3MAMA 3FIRA 1US5A 3QXMA 1XVYA 4Q30B 3FVKA 4OYVA 3U94A 2RF1A 3KZGA 3VVFA 1SI1A 4RJZA 1JEVA 3TQWA 3M8UA 3M3KA 4MLVA 1MM7A 2F78A 1TXFA 4LQ5A 5H8HA 3H6WA 5DVJA 2RC9A 3MVXA 1MY3A 5HPQA 2B3BA 1B40A 3LSFB 5CBRA 2F6GA 2Q9TA 1OVBA 2X26A 2O1LA 1Q35A 3RGYA 1B2HA 4ZDMA 5CBSA 3VDFA 4HCWA 1USYH 2Z8EA 3FVOA 3GZGA 5I2KB 4E0WA 5F1QA 2DXYA 4YAHX 2OK2A 3MVWA 3O6PA 2ZYKA 5CMCA 2CZLA 1FCKA 4H67A 4NE4A 1MDQA 3PPRA 3DP4A 2UVHA 3DRKA 3RTWB 3K02A 4NF8B 2NUVA 4NF5B 3RN8A 2Y7KA 1M5CA 5H8NB 3VXBA 1EZPA 3CFZA 2XX9A 4F22A 1XOCA 4THIA 5AA2D 5DEXA 4IY5A 4TLLB 2QMWA 3PUZE 5AA4A 1ELJA 3M3LA 4BDOA 3TCHA 5KCJA 2D21A 4H0WA 4F39A 4X1BA 1B46A 4KCDA 1XHYA 3TPAA 2UVIA 3T9XB 4OEVA 1UTBB 3TTNA 1Z7ME 3CHGA 2ANJA 4ISUA 4H8JA 5JEIA 3IO4A 2FNCA 1UQWA 4NF4A 1SYIA 3KOSA 4ONYA 2XXVA 4KPTA 3K2DA 1ZJLA 3CIJA 1ZU0A 4NTLA 1MY4A 3SEXA 1YTVA 1UTHB 3OXNA 4KYDA 1I6AA 3PUYE 4C1TA 1B5JA 2LAOA 4NF6A 1JW5A 4FJPA 2YJPA 1DTZA 3CI8A 4F1YA 4F1VA 2DWIA 3WAEA 3S9LC 1FQDA 2PVUA 4I8CA 3QUJA 4QHQA 3PMVA 4Q5TA 4ZS9A 2DQVA 4F19A 3Q27A 4GRKA 2M8CA 1MXXA 2DYXA 5L9SA 2QPQA 3K00A 1B5IA 2RCBA 4OEUA 2GRVA 5ITPA 1YCJA 4UA8A 4QSEA 3S9EA 1PDAA 1LLSA 1UIVA 4GOTA 4EDPA 1WODA 3TTKA 3LUYA 5FHMA 2UYEA 5H8QB 1MXZA 5TP9B 3O6HA 5I58A 3DRGA 2X7PA 3H03A 3OEKA 4H1XA 4G68C 3ZKKA 4YKPA 2I49A 2P2AA 3VLVA 3TCFA 5DTBA 1OQGA 3OENA 3LC8A 4IO2A 4IGTA 3RQTA 3TCGA 1NFTA 2I48A 3KN8A 3K4UA 1FTJA 4R75A 3V83A 3MVYA 5TU0A 3LSWA 2P1SA 3HHFA 2FA7A 4EF1A 2XXYA 2XXPA 2H25A 3KN7A 2AL4A 2H9BA 2H98A 2HEUA 1Y4CA 1A40A 4AQ4A 3TELA 4EQBA 3VLUA 4G8NA 2I3WA 1S50A 3Q29A 2DVZA 3T9UA 1J1NA 1MQGA 4YZZA 3PMXA 1B51A 2XD3A 1SD3A 4ZEFA 1H76A 5IKBA 4RK9A 2NWJA 5A5XB 3DELB 3L6HA 2XX7A 3EF7A 3AXFA 2F8DA 4OTEA 2HXWA 2F7BA 4PFTA 3HO7A 3CG3A 1R9LA 2QJEA 1IXIA 1S9TA 4F3GA 2ZNTA 4ZE8A 3W15C 4BDRA 4C0RA 2XX8A 4YU0A 1B3HA 3E3KA 3SESA 5IAIA 4OETA 1QUKA 3DRHA 1O7TA 3IORA 4KHZE 1EZ9A 3V89B 2O1MA 4FAJA 5ICQA 4XKPA 4AB5A 3S9NC 4OHNA 1DPPA 4O3CA 3Q26A 5L8DA 3TDJA 5ITOA 1BTJA 4NWDA 2DWJA 3IK6B 1N04A 2V84A 4O3BA 4DE8A 1XVXA 3Q25A 4R74A 4DLDA 1ATGA 4P11A 3K0VA 2HFBA 4PETA 3RPWA 3CFXA 2NVUB 4G77A 1FQEA 2R6GE 2F7CA 3ZSFA 3MJNA 2B4MA 4NF8A 4NF5A 1B4HA 1N0TA 4R9GA 1TFAA 3A3CA 2P0SA 5H8NA 4ELQA 1NNTA 4WXJA 2VD2A 2REGA 3VFJA 1Y3NA 1IXHA 4JDFA 3ILUB 1DTGA 4F3BA 1AL3A 4GVOA 3SKPA 3M3FA 3IR1A 4DCXA 2G29A 2UXAA 2HQ0A 3Q28A 1FQAA 3CSBA 3FVGA 2VP1A 3N6UA 4P0IA 3SEWA 4GIZA 4HS7A 3FUZA 4EXLA 1S7YA 1Z7NE 1MQJA 3GLBA 4YKJA 4U4SA 1UTBA 3FXRA 1B0HA 3OELA 3RLFE 3GBBA 4BDNA 4XXUA 3CG1A 5L9OA 3OO8A 3I6VA 1B1XA 3BFTA 2AIXA 4F2QA 2G93A 5I56B 1MY0A 1FTKA 1NNKA 1LAHE 4R6YA 1B3LA 3K1PA 2ZYOA 1UTHA 2DE3A 2A5TB 4RXLA 1VFEA 2ONRA 4F1UA 4IO6A 2ONSA 4X1DA 1LFHA 3K6UA 4WEDA 3SEUA 4R2BA 2Z8DA 1QUIA 1II5A 1SBPA 3HCQA 1B7ZA 3T22A 4KFQA 4DIGA 4LA9A 1MQHA 3UIFA 1D9VA 2HAUA 1PB7A 5I2NB 1MH4A 2X7QA 3KN3A 3LVUA 2Y84A 3PV0E 2DWAA 1B4ZA 3O6IA 4IO5A 5CI5A 3EHSA 1KWHA 3TEPA 2HAVA 1H43A 3R26A 5H8QA 5TP9A 1B0LA 2B3FA 3PPQA 4R6HA 1B9JA 2DP8A 4IB2A 5K2YA 1B3FA 2F6PA 1IUDA 2ZYNA 4YB5A 3R7XA 2NXOA 2IA4A 2REJA 2V3UA 3OD7A 1SI0A 3MUQA 4F3SA 3IL1B 3SEYA 4GF8A 2OCUA 3TTLA 3OSRA 4YB6A 4R9FA 5M2VA 3G3FA 2XXTA 1WVJA 1TWYA 4ZZAA 1A99A 4JWXA 3GBAA 1ANFA 4G4PA 1JETA 4Z7EA 1UIUA 2RINA 5TPAB 4QFPA 5A5XA 3K1MA 3TKDA 2Y7IA 1A55A 1A54A 4RNSA 3OSQA 5F7VA 2W7YA 4Q8RA 4I62A 1MY2A 2A5SA 3FASA 3G3HA 4G2ZA 4TLMB 3ILTB 1URDA 3TFLA 3RTFB 2O51A 4K3FA 3T96B 1B6HA 1GGGA 3U1OA 3MWBA 4F31B 1SW1A 3VVEA 2XXWA 3QSLA 3LSXA 1PC3A 5I59B 1GTKA 1OLCA 2Q2CA 4PFYA 3N94A 3T9VA 1Y1MA 1LBBA 5HM4B 2XXIA 1R1NA 2YPNA 1WDNA 2PT2A 1B05A 4EQ7A 3OEMA 2WOLA 3IB1A 3MVZA 1PB8A 4KR5A 3E4RA 3CRBA 4YMBA 3KJTA 5AA3A 2Z8FA 4OFLA 2ZXTA 1JVYA 4LZ5A 1YAEA 1TT1A 2E0SA 4RPOA 3SETA 3VVDA 4JB7A 4GFRA 4POXA 4R2FA 4JXIA 2F35A 2O84X 3JZJA 4QRZA 2PT1A 4F3PA 4IGRA 1A7LA 3MPKA 2H4IA 3K01A 3UP9A 2XXHA 1SW5A 3O29A 1LCTA 2I0BA 4ZEIA 3FXQA 3H4ZA 1IZ1A 3B7DA 2IEEA 4H65A 4LZ8A 1LFGA 3SEVA 4JSOA 1JW1A 4HCYA 4U1ZA 3KFMA 1B1HA 4LUBA 3SDFA 4L17A 3T9HB 3TUSA 3ODBA 4IO7A 1PBQA 4LVQA 4ECFA 3BBRA 3KGCA 2ZNSA 1ZIUA 2VGQA 2XD2A 3FJGA 1NL5A 2UVJA 2DXRA 4OFJA 1JEUA 4LP2B 1XS5A 4I1DA 3C32A 2HZLA 2PX1A 4EF2A 5LOMA 3RT8A 4U4XA 1B7HA 3TQLA 3KG2A 3LBSA 1LFIA 3UGWA 3MZBA 1I6QA 1M5FA 5CMMA 3GXAA 3C9HA 4JSDA 3VV5A 4PP0A 2Y7WA 2DE4A 4N6PA 3PU5A 2HCAA 2V3QA 5JTYB 2QRYA 5H8FA 2RC8A 3EN3A 5I2NA 4EXKA 1AOVA 3EHTA 3CVGA 4UACA 1QKAA 3PUVE 1FTOA 4DXCA 1JVXA 4GWOA 2QS3A 4OVJA 3K6VA 3FZVA 5FTIA 1SW2A 3CR9A 3USDA 2XXRA 3FVNA 3PUXE 1MPDA 1POTA 1OVTA 1O64A 4MFIA 3H6VA 1Y9UA 4I9DA 5AA2B 2CMOA 1URSA 1LB9A 1QUJA 3FATA 2XHDA 2OBGA 1Y3PA 1D3KA 2O7IA 2DVCA 5JK4A 3MP8A 1GV8A 4RA1A 5CMKA 3CSGA 1Y20A 1CB6A 1MXVA 2F36A 4FEBA 1RYOA 5I2KA 5ELVA 3IOWA 3FV2A 5BUUA 4QFNA 3SERA 4IY6A 3CFLA 1HSJA 5AA1A 5TPAA 3V5AA 4OENA 3TTMA 2O69A 1P99A 4F29A 1MXUA 4PFUA 2F97A 1BIYA 4TQUQ 3PD9A 4DXBA 3DRJA 1NNPA 4QFKA 1MS7A 1P1WA 1B3GA 3K1NA 3D4GA 1M5EA 5EYFA 2DSFA 1HSEA 1OLAA 1B52A 4AB6A 4OERA 2I58A 4LONB 5CC2A 1FQCA 3HSTA 3IX1A 3R6UA 3RYBA 2UVGA 4Z0IA 5DT6A 3MQ9A 4QF9A 1EH3A 5L9MA 3QIMA 1JW4A 5I59A 4EUOA 4OWDA 1BP5A 4OMBA 2OLBA 4JBZA 3UN6A 4C1UA 4TOZA 2Q88A 3TZAA 4G68B 4YKIA 1GVCA 2Q8JA 2WKYA 3RT6B 4NEDA 2Y7RA 4M1VA 1Y4TA 2B65A 2O7UA 4BDLA 2E1SA 5BWJA 4MF3A 3OO6A 3U72A 3MZ1A 1VE4A 3FXUA 4LATA 1ZBMA 2F7AA 2DS9A 4QFOA 4ELPA 1NNFA 5I84A 3ZKLA 3MP6A 1N7XA 4GXSB 4E0XA 3VLWA 3IB0A 2Q89A 2QS1A 3H6TA 2KLFA 1MXWA 1BKAA 2QSXA 1USYE 3S9MC 1N3XA 1OQHA 2VD3A 2BJJX 4FE8A 2AYSA 1FQFA 3HN0A 1LBCA 5EHMA 5B7DA 3N6TA 1PEBA 3LSLA 4HTGA 3MPLA 4OXVA 4F2OA 3K6WA 1P1NA 4QSCA 1P1OA 3UA8A 2RCAA 3V8XB 3S2VA 2AL5A 1EU8A 1D4NA 2NOOA 4Q0CA 1ZKBA 2O68A 4RK2A 4BLAA 3PPNA 3FD3A 1TFDA 1VR5A 2OJTA 1LAXA 3P7IA 4ZZEA 2PBWA 3QYTA 2DE2A 4XKRA 3W9WA 1B3EA 2QS4A 3PUWE 5CRYA 3C4MA 4ZEDA 4LQ2A 4GL8A 1O63A 3EHUA 1D9YA 2ESNA 3G7WA 3IOUA 5I57B 1URGA 3L6GA 4PE5B 1ZLQA 1EZOA 4PQJA 2R9JA 1N84A 3DRFA 1N7WA 1PB9A 4R6KA 1A8FA 1P1UA 2R71A 2VOZA 4OQOA 1H45A 5JTYA 4ZEKA 4NWCA 1I69A 3S4UA 1ZTYA 1R6ZA 1MM6A 4GL0A 4ELOA 5K2XA 1GR2A 1MDP1 4RYAA 1FTMA 5ISUA 4BDQA 4QSDA 4FORA 1OMPA 1JNFA 4XKNA 3OOAA 4ZEBA 1IEJA 1Y1ZA 1MXYA 2ALUA 3ECRA 1JQFA 1POY1 1RKMA 4HW8A 1AIVA 2FYIA 3I3VA 2RKMA 1DOTA 3DP6A 5J1DA 5AA2A 3FJMA 4X9TA 1AH5A 4OZ9A 2GHAA 1LB8A 4P0GA 1LCFA 3RNNA 3OO9A 3TYHA 3IJXB 4DDDA 4U22A 4POWA 4PFWA 1NKXA 2DWHA 4DZ1A 1DMBA 4QFLA 4WEPA 3H3GA 1QKBA 5FTHA 3KBRA 4MH5A 4H5FA 3C36A 3B6QA 3C34A 3H06B 3DLNA 1H3DA 1M5BA 2XXXA 5HBCA 1MY1A 3OO7A 3MP1A 3IO6A 3UORA 2ZNUA 3N26A 4KYSA 3UK4A 3O97A 3KEIA 1IITA 1MQIA 3KSJA 2H99A 3C35A 2QMXA 3I5OA 3O28A 3E13X 4ELRA 4ZECA 2ZYMA 1I6BA 3BKIB 1F9BA 3BFUA 3T66A 1LSTA 4KCCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EQ8A 1FJ9A 3RPLA 3EPEA 1N76A 1XT8A 4LZ7A 3MW0A 2GH9A 1YPNA 3VXCA 4O3AA 3T93B 1FPBA 3IB2A 4G68A 1B5HA 5KDTB 3IFAA 1FJ6A 2HZKA 3K6XA 3VE1B 1B58A 4JWOA 2Z22A 3U65A 1Q1KA 1MPBA 2YLNA 2Q74A 3N5LA 4PFRA 1VFDA 3U92A 3MC2A 4H45A 1LAFE 3MZ9A 4ESXA 3E9XA 1LAGE 3TTRA 3TODA 2H5YA 4MBPA 4ZE9A 5I56A 4U2RA 4GQOA 3RYAA 3DM0A 2I4BA 1IQ7A 5AE4A 1SQYA 3PPOA 2A5TA 4U23A 3PMWA 4KI0E 3PGFA 3O2AA 2OWSA 3D4CA 2I3VA 4YB7A 3FTOA 4KD5A 4NF0A 3QK6A 1IMFA 2PYYA 4QBAA 4U1OA 1H44A 4EQ9A 1VSOA 1P1QA 2ZMBA 5H8SA 4IO4A 3U93A 5H8HB 3U8QA 4N13A 1B7UA 2WYPA 3HPIA 4MX6A 3H7MA 2D5WA 4DXUA 1FTLA 3T0JA 2I0CA 4IR8A 1SYHA 3H6UA 1L5TA 2GFEA 2ZZVA 1DCUA 4XIGQ 3PPPA 4GXAA 2F5XA 4RPNA 4FATA 2I4CA 3KOTA 3RY3A 5DYHA 5T3JA 1A8EA 4OVPA 3SZPA 1IMCA 2UYFA 3W9VA 4OVRA 3C31A 1LGBC 4XKQA 4LN5A 2XWOA 2ONKE 2Q8MA 4ND9A 1BLFA 2F34A 1FQBA 4MLQA 3IJOB 3OMBA 2ABHA 2DOJA 5I57A 1MG1A 2V3TA 4RY1A 2HPGA 3G3KA 4GWSA 5ICTA 3O6GA 3ZS6A 2OWTA 1AMFA 3IAZA 1OIBA 3FGSA 4N6DA 2V25A 3PD8A 2O6AA 3F11A 4OFOA 3O9PA 1NV2A 4JWYA 5DEXB 5AA4B 4GLIA 1M5DA 4H8IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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