4DCYA

X-ray structure of nika in complex with fe(1s,2s)-n,n-kappa-bis(2-pyridylmethyl)-n-carboxymethyl-n-kappa-methyl-1,2-cyclohexanediamine
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal transport
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title The structure of the periplasmic nickel-binding protein NikA provides insights for artificial metalloenzyme design.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 164
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4dcyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dcyA01
2P1SA 3T9UA 3QUJA 5TPAA 3TMGA 4X48A 3H4ZA 3H7MA 4RA1A 2I49A 1URSA 2VOZA 3MZ9A 4ZE9A 3VFJA 4GIZA 3CRBA 1MM6A 1Y1MA 1POY1 2Z8DA 2HFBA 4U4XA 3OELA 4R72A 2Y84A 4QRZA 1UTBA 1O7TA 2DOJA 4POXA 4RK9A 1LB8A 4U21A 1M5BA 4XKPA 4QFKA 1ZJLA 1P1QA 3O29A 4EQBA 1SBPA 1WDNA 2I4BA 3TCGA 2D5WA 4O3CA 2ZYMA 3C34A 3C32A 3TAJA 4YKJA 4RY1A 2PBWA 1IQ7A 1Y9UA 2DYXA 3T22A 2X26A 2HAVA 3USDA 1TWYA 5L9OA 4DE8A 2OCUA 1SDXA 2ZNSA 1WODA 1SQYA 4RPNA 3UORA 1JETA 1LBCA 5TP9A 1MH4A 3TEPA 4DXCA 3EF7A 3C4MA 3SEXA 1LCFA 2YPNA 2QMWA 3Q27A 2PMSA 3UA8A 1VFDA 3H3GA 1USYE 3PPOA 5JTYA 3IOUA 3DP8A 4WKMA 3O28A 4KYEA 1FTLA 5CMKA 3ONMA 4YICA 4NF6A 1UIVA 3LUYA 3DLNA 3VXBA 1MY1A 4GL0A 3RUMA 4QFPA 3IJXB 1MPCA 4BDLA 1LB9A 2BJJX 5CRYA 3FJGA 3CG3A 3VE1B 4LQ2A 4RJZA 5H8SA 2Y7KA 3LSXA 1SYHA 2Y7WA 2XX9A 3PUXE 3PUZE 3O6IA 5I56B 3IX1A 3SKPA 3EHUA 1OVTA 3K6WA 4XXUA 2DS9A 4BDMA 1XHYA 1AMFA 1QJMA 4HTGA 3MVWA 2Q2CA 3VVDA 3FJ7A 1TFAA 3H6TA 2HZLA 5H8QA 3MVXA 3IOWA 1B51A 2QS1A 1FTOA 3CSBA 4JWOA 4NMYA 5H8FB 3O6PA 1O63A 1NNFA 3EPEA 1D9YA 3N5LA 3PMVA 1IUDA 1M5CA 3MVZA 4LONB 5JEIA 2O68A 2HCAA 3KOSA 3PPRA 2I0CA 3K1MA 2VP1A 3KN3A 3OSQA 4F3SA 4YMBA 4HCWA 5KCJB 3IORA 1SW1A 5H8HB 3OSRA 3IO6A 4XKQA 1NFTA 1DTGA 2R6GE 5A5XB 4E0WA 2XD2A 1UTHA 2RC9A 3IOVA 3RQTA 5FHMA 4FORA 1OMPA 3E13X 2I4CA 1FTMA 2UVHA 4YMAA 1P1NA 2ANJA 2DXYA 2WOLA 2IA4A 5EHSA 2O69A 3S2VA 4KCDA 3KSXA 5I58A 4ZZEA 3EN3A 1A8FA 3QSLA 3SERA 5L9SA 2R9JA 3MP6A 4LZ5A 2B4LA 4YB7A 3FIRA 3Q25A 1N76A 1MXVA 2ZNTA 3IL1B 4OETA 1CB6A 3DP6A 1DSNA 1I6QA 4POWA 4R75A 5DTBA 3O2AA 3RNNA 5B70A 4TLLB 1JW4A 4X1BA 3H6VA 1GV8A 4U23A 4FIMA 5TPAB 2Q89A 1B0LA 2V3TA 2RCBA 3Q28A 3C31A 2XXUA 4M1VA 1OQGA 2YLNA 4YB5A 3FVKA 5ISUA 4F2QA 5FTIA 1JW5A 4F3PA 4H0WA 3SDFA 2RINA 4R2BA 3KEIA 1UTBB 2XXXA 1NH8A 4OEVA 2LAOA 1H45A 3QUFA 4YKIA 3RYAA 4RK2A 4LATA 1MH3A 4G68A 4DCXA 1SD3A 1MQGA 1B3GA 4IY5A 4TOZA 3RGYA 4X1DA 4ELQA 3GBBA 4PFUA 4G77A 3FTOA 3OO7A 4KR5A 3RYBA 4QSCA 1SYIA 4GD5A 1VSOA 3T9HB 4EQ7A 2ZYKA 3KOTA 1MG1A 4AB5A 1B5HA 4THIA 1B6HA 3DP4A 3N6TA 4GXSB 3I6VA 1XC1A 2D3IA 4U2RA 4R2FA 3MP1A 3FXUA 3MPKA 1FW0A 2XXRA 2FYIA 3UK4A 4ZDMA 5KDTA 4JSOA 2F36A 4NF8B 1MY0A 1WVJA 3K0VA 4LZ7A 3CFXA 2Q8JA 3LSFB 1B46A 4QSEA 4G8HA 3RT6B 3KZGA 2NUVA 3E9XA 1BIYA 2O6AA 1A7LA 3BBRA 1AL3A 1LAFE 4OHNA 1R9QA 1H3DA 1XT8A 4ZZAA 5JTYB 4F31B 4F18A 1URGA 3K2DA 4NF6B 2NVUB 1B05A 3FXQA 4PFYA 1QULA 4BLAA 3U94A 2UVJA 1A40A 1B3LA 1EZOA 2GFEA 5IKBA 3U72A 1JEUA 4R9FA 4H1XA 2F6GA 1L5TA 2DSFA 4I9DA 2B65A 2Q2AA 1S7YA 4NE4A 1XOCA 1Q1KA 5DVJA 4EF1A 5JK4A 5AA4B 1Y3NA 2VGQA 5I57A 3PMXA 1SW5A 5H8QB 3DRIA 3TKDA 3HPIA 3LVUA 4NWDA 1PBQA 2R71A 2GRVA 2XHDA 3K6UA 4ZS9A 2UVIA 3PPNA 5K2YA 1PEBA 4NF4A 2H5YA 4TQUQ 2QRYA 4R73A 3QXMA 3CIJA 3GXAA 1JNFA 3N94A 5FTHA 3K1NA 4PP0A 4Z7EA 3B6WA 5ITOA 4G4PA 1US5A 1LFHA 3LBSA 1H76A 2V25A 3S4UA 3U93A 3IB1A 2UXAA 4DCYA 2I3VA 4GOTA 2OLBA 3TDJA 2ZNUA 3VV5A 2OWSA 3K02A 1UTHB 1B2HA 1MRPA 1BTJA 2V93A 3A3UA 1JVYA 3C35A 3TTMA 3TQWA 2F7AA 2THIA 2Z8FA 3TZAA 3HSTA 3OMBA 4KFQA 4G2ZA 3C36A 3VLWA 4WEDA 3FGSA 2F35A 1DPEA 3TTKA 4JWYA 4P0GA 4LUBA 4XKRA 2HZKA 4ELRA 1TFDA 4NF8A 4PQJA 1QVSA 2WOKA 4H5FA 4JBZA 5I58B 3VVEA 4OMBA 4JXIA 3CG1A 2GHBA 2F5XA 1BLFA 2O51A 1PBPA 2UYFA 4IO5A 1OQHA 3F11A 2F8DA 1LAHE 2YJPA 2Q9TA 4U1OA 1LSTA 1MXWA 3PPPA 1R6ZA 5FHOA 3M3FA 3E3KA 1MPBA 2X7PA 1ZLQA 3ODBA 4K3FA 3K6XA 4IO3A 1B0HA 4GFRA 4ESXA 4DXUA 3QIMA 5CI5A 4AB6A 3G3FA 4YKKA 1DMBA 5AA3A 1P1UA 2DE4A 4IO7A 1SW2A 4F1UA 3CFLA 4KQPA 2NWJA 5AA4A 1QKBA 2UVGA 3U92A 1B7HA 5TU0A 2H99A 3MVYA 3S9NC 2RKMA 3ILTB 2DWJA 4G68B 4UA8A 1MXXA 3FV1A 3IB0A 2XXVA 2HQ0A 3SEWA 3RTFB 1IIWA 3DM0A 1B1HA 3PAMA 3KFMA 3B7DA 1FTKA 2I6EA 4JDFA 5HBCA 2OBGA 4QSDA 3RPWA 1I6AA 3OENA 3N26A 1VR5A 4OQOA 4F3BA 2A5TA 1B5JA 4KD5A 2KLFA 4ESWA 5H8NB 2F34A 2DWIA 3TFLA 4OFOA 5KDTB 3DRHA 3MAMA 4EF2A 3TODA 3DELB 4U22A 1D3KA 3UN6A 3PD9A 1P1OA 5IAIA 5CMCA 3V8XB 3FD3A 2G93A 1R1NA 5B7DA 2XXYA 3QK6A 1AH5A 1SW4A 3QYTA 3TCFA 1N7WA 1B7UA 2QL3A 1FQFA 1MQDA 4FECA 4H5GA 1MY3A 1HSJA 4LP2B 3M3KA 4C1TA 1A55A 4MF3A 3PUVE 1T0KA 3FASA 4LQ5A 3VXCA 4FEBA 2Y7PA 1ZTYA 1M5FA 2Z23A 4KHZE 4GLIA 1GTKA 4IO6A 4ZEDA 2XXTA 2AL4A 1Y3PA 2H25A 2A5SA 1ZMGA 2B4MA 2H9BA 4E0XA 4MLQA 5F1QA 2Y7RA 3V83A 4WXJA 4OXVA 3MZBA 1FQEA 5I2NA 3G3KA 5CC2A 1GGGA 3PUWE 2ONRA 3C9HA 3IK6B 4MBPA 1YCJA 1ZIUA 4GVOA 3G3HA 1POTA 3HHGA 4F2OA 5I57B 2P0SA 1B3FA 1QUIA 4LZ8A 2ESNA 4DXBA 1KWHA 3VLUA 2PT1A 4BDOA 5CBSA 4NTLA 4OENA 4NF4B 3E4RA 3KGCA 4H8IA 4GF8A 2I58A 3TTRA 1IXHA 1ZBMA 1LCTA 3OO6A 2QJEA 4KI0E 3CI8A 4XIGQ 2I3WA 4YKPA 4KYSA 4YAHX 1RKMA 4OFLA 3C33A 2REGA 2PT2A 4NF5A 3THIA 4DZ1A 3IJOB 4MH5A 4KYDA 2O1LA 1PB9A 4G68C 2M8CA 1YAEA 2H98A 3MP8A 4PETA 2O7IA 4O3AA 1B1XA 4GWOA 5L9MA 3W9WA 2PVUA 3VLVA 3IB2A 1M5EA 2UYEA 1MY2A 4RPOA 4YU0A 2HAUA 3JZJA 2HXWA 3S9EA 3RY3A 4HW8A 1QUJA 2ABHA 1Z7ME 1US4A 4GRKA 2O1MA 5H8NA 2OZZA 1ELJA 1RYOA 3Q29A 3VVFA 2XXHA 5F7VA 4BDQA 3D4CA 2IEEA 2XXPA 3FVOA 1DTZA 1N7XA 3EHSA 1FQCA 4BDNA 4FJPA 4JB7A 4G8MA 4C1UA 2O7UA 3UGWA 3VDFA 3EHTA 2CMOA 3FVGA 4LVQA 1DPPA 4YB6A 3IAZA 1LBBA 3CVGA 4NEDA 2E0SA 4OESA 3U8QA 3KN7A 3OO8A 1UQWA 1I6BA 3O97A 2HEUA 1QKAA 4I1DA 4Q0CA 4PFWA 5EYFA 3MBPA 3KJ7A 2FNCA 1ZU0A 1B40A 4R6HA 5I2KA 5CM6A 3OEKA 1MPDA 1I69A 1LAXA 3TUSA 2XX8A 3PGFA 4HCYA 4ECFA 5AA1A 1JW1A 2XXQA 4DLDA 1LAGE 4DDDA 4IO2A 1MXUA 2DQVA 3L6GA 5DEXA 5FHNA 5HPQA 3RLFE 2NXOA 3S9LC 4ZEIA 3DRJA 3TPAA 1A54A 2F6PA 3RN8A 2REJA 5CMMA 3HCQA 4EXLA 1MM7A 3TYHA 5CMBA 3MZ1A 1MQIA 1MXYA 1NL5A 1MDQA 2OWTA 4H6DA 3A09A 5DT6A 5EHMA 1FCKA 4OWDA 5AA2A 4XKNA 3LSLA 1Y20A 4Q30B 3R7XA 3B6QA 5AA2D 2A5TB 3GBAA 2QMXA 2P2AA 1HSLA 1B58A 3B6TA 3JYRA 1B7ZA 1B5IA 1M5DA 3TELA 4OYVA 3MW0A 3WAFA 2V3UA 1SI0A 2V84A 4QHQA 3TCHA 1OLCA 4F22A 4R6KA 4QF9A 4R74A 3D4GA 1FTJA 4IB2A 2ZMBA 3LR1A 3HN0A 3SETA 2E1SA 2RCAA 1N3XA 1NNKA 1FQAA 2VD3A 4GL8A 2ZYNA 3K4UA 2F7BA 3KG2A 4KCCA 4N13A 4EUOA 1XS5A 1N0TA 3GZGA 3SEVA 2QSXA 4I8CA 4EXKA 2B3BA 3I5OA 1Y4CA 2OK2A 3LSWA 2QS4A 2AIXA 4QFLA 3FZVA 1N3WA 4H8JA 4F39A 3MQ9A 1NNTA 1NH7A 5I2NB 1O64A 3W15C 4U4SA 1B9JA 1Y4TA 1URDA 5AE4A 5LOMA 3AXFA 2NOOA 3MUQA 1A8EA 3O6HA 3G7WA 1IXGA 4RXLA 4QFOA 3OEMA 1Y3QA 4ZEFA 1BP5A 2XD3A 2V3QA 4RNSA 4DIGA 3S9MC 1H44A 2XXIA 1MQJA 1YTVA 2ALUA 4JSDA 4C0RA 2Q88A 3CSGA 1LFGA 1N84A 4OZ9A 3KBRA 2F78A 1Y1ZA 5ICTA 1D4NA 1NNPA 1IXIA 1NKXA 2AL5A 3PU5A 1II5A 1ATGA 2XXWA 3PMWA 5DVFA 1D9VA 2B3FA 4NF5B 4H67A 4MLVA 1USYH 2H4IA 1A99A 3MJNA 1PC3A 5K2XA 4F1YA 1MXZA 4OERA 5ELVA 4ELPA 3DRFA 4F1VA 4OEUA 3MWBA 1YPNA 2RC7A 3SEYA 3BFTA 3HO7A 3CHGA 3EQ1A 4OTEA 4LA9A 2DXRA 2Z8EA 3PD8A 2FA7A 3SESA 3FATA 1GVCA 4QFNA 2QS3A 2W7YA 3ZKLA 3TQLA 1R9LA 3U1OA 4U1ZA 3WAEA 3O66A 3ECRA 3HHFA 3ZSFA 3O6GA 1LLSA 1P1WA 1OIBA 1FQBA 2I48A 2GH9A 4HS7A 1XVYA 1FQDA 4ZE8A 2PX1A 4P0IA 4H65A 2RF1A 4FE8A 5I59B 3PPQA 3RT8A 4F29A 5ICQA 1MY4A 4F3GA 3A3CA 4I62A 1OVBA 2DVZA 1N04A 3T66A 3PUYE 2G29A 1IZ1A 3G3IA 4G8NA 4F19A 3UP9A 3H06B 3T96B 4MFIA 4P11A 1JEVA 3UIFA 5I2KB 4X9TA 2VHAA 3G3GA 4Q5TA 2WOPA 4FATA 3M3LA 3IO4A 3K00A 3L6HA 1JQFA 4AQ4A 3GLBA 3P7IA 4FAJA 2AYSA 3R6UA 5DEXB 4M4GA 4GXAA 1B3EA 3FXRA 3PV0E 1PDAA 1EU8A 2ONSA 4ISUA 4JWXA 1EH3A 3W9VA 1IITA 1BKAA 1VE4A 3TTNA 3FJMA 3H6WA 1LFIA 3T93B 4EQ9A 2DWHA 5AA2B 2OJTA 4UACA 2GHAA 3MPLA 5DYHA 4YZZA 3RTWB 2WKYA 1CE2A 3IOTA 1ZKBA 5I56A 4R9GA 4PFTA 4FEDA 1GR2A 2QPQA 1B4HA 2DVCA 3QAXA 4ZEBA 4WEPA 2O84X 1B3HA 5J1DA 3TTLA 1B52A 1P99A 3SEUA 5ITPA 1SI1A 2DWAA 3CFZA 3Q26A 4N6PA 3T9XB 1IEJA 4ELOA 3KJTA 3HV1A 3I3VA 5H8FA 5I84A 1PB8A 3OD7A 5DVIA 3T9VA 1Q35A 4GQOA 2D21A 2DE3A 1HSEA 3IR1A 2F97A 3N6UA 1S50A 3JV9A 4OFJA 1ANFA 1NMUA 1B4ZA 3K6VA 4PE5B 3DRGA 4XTCQ 1VFEA 4BDRA 4ND9A 3OOAA 1EZPA 1SVXB 1RYXA 3R26A 3H6UA 3BFUA 4KPTA 2X7QA 2CZLA 1MS7A 1S9TA 1B32A 3BKIB 5M2VA 5KCJA 1MQHA 3CR9A 5L8DA 3ILUB 3V5AA 1TXFA 5TP9B 3K1PA 4L17A 5H8HA 2XX7A 2ZYOA 1IXCA 1QW0A 5I59A 5A5XA 3K01A 4Z0IA 1EZ9A 4ONYA 1LGBC 2Y7IA 3MC2A 4IY6A 1F9BA 2QS2A 3FUZA 5KZTA 5BWJA 4NWCA 4O3BA 4ZECA 1H43A 3G3JA 2VD2A 2ZXTA 3KSJA 1JVXA 3FVNA 1OLAA 4IGRA 3O9PA 4EDPA 3ZKKA 5HM4B 1TT1A 3DRKA 2PYYA 4TLMB 2I0BA 3FV2A 4RYAA 1AIVA 1UIUA 1J1NA 4IO4A 1AOVA 4OVJA 3ZS6A 5BUUA 4N07A 1MDP1 1Z7NE 2DE2A 2RC8A 3KN8A 1QUKA 4R6YA 1XVXA 3M8UA 5CBRA 3V89B 2ONKE 4IGTA 3LC8A 1DOTA 4ZEKA 2F7CA 3OO9A 3OXNA 4Q8RA 2DP8A 2Z22A 1PB7A 3H03A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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