4PFTA

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1223) from thermotoga maritima at 1.75 a resolution
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
537
structure length
537
Chain Sequence
FERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
total genus 177
structure length 537
sequence length 537
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pftA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pftA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pftA02
1MXUA 5DVJA 3CIJA 3UP9A 2W7YA 4DDDA 5M2VA 1MQGA 3RNNA 2OK2A 2ONSA 3DRJA 4TLMB 5I56B 4F2QA 2RCAA 1NNTA 4OFOA 3TODA 4R73A 3C31A 1JW5A 3OOAA 4OFLA 2X7PA 1TWYA 2PT2A 2OBGA 4YMBA 1P1NA 4H5GA 1RYXA 2E0SA 1URGA 1SW1A 1D3KA 3BBRA 3IOWA 5CMKA 4IY6A 4KD5A 3QK6A 1VSOA 2DOJA 4GL0A 3LR1A 3IOUA 3VVFA 1A54A 4LUBA 5L9OA 1DSNA 3OO9A 4I8CA 2XD2A 3GLBA 4NF4B 1M5EA 1LFGA 4M4GA 4E0WA 3SKPA 3MW0A 1LAGE 2ZYOA 5HM4B 2PT1A 5H8QB 1JVYA 1HSEA 1PC3A 4PFYA 4KCCA 2P2AA 5DVIA 5IKBA 3Q27A 5H8FB 2OWTA 3LSFB 4YKKA 4EUOA 1B5IA 3O66A 3UN6A 5HPQA 5FHMA 1TFDA 4ISUA 1MQHA 4JB7A 3TQLA 1ZLQA 2O51A 4FE8A 1S50A 1PBPA 3CSGA 3GZGA 4MFIA 3PPRA 1Q35A 2DS9A 1IIWA 1FQCA 2IA4A 2DWJA 2B4LA 1MY2A 1WODA 4FEDA 3TQWA 1LFHA 4P11A 1FTKA 1FQAA 3A09A 1OQHA 1MXZA 1B4HA 3D4CA 1B3FA 2ZYMA 3SEVA 2I49A 3IK6B 4ZE9A 2A5TA 4ZE8A 5AA4B 3D4GA 3MWBA 1R9QA 4OERA 2AYSA 5CC2A 2RCBA 4EQ9A 5AA2B 1LB9A 1MY1A 3VXCA 3MP1A 3DRFA 3I3VA 4ZS9A 1YPNA 4QFKA 3MZBA 2HEUA 4Q0CA 4GFRA 3ZSFA 2THIA 1II5A 5ISUA 3MJNA 1P1UA 3H06B 3SEWA 1B58A 4OWDA 2P0SA 5JTYB 4DE8A 3MZ1A 5K2YA 4R6KA 3U8QA 3MVYA 3S4UA 3SERA 1NKXA 2XXYA 4GQOA 3E9XA 1QVSA 3KOTA 4F3PA 3OO8A 3IX1A 2AL5A 3VLWA 5L9SA 2XXXA 1B32A 3PPQA 3PD9A 3K0VA 2UVIA 1DMBA 3C9HA 3DLNA 3KSJA 1QUIA 4BLAA 2KLFA 1UTBA 2FA7A 5H8SA 1NNFA 4QHQA 1LLSA 1A55A 3KEIA 4LQ2A 1B5HA 1O64A 1Z7NE 2GHBA 4HS7A 3CSBA 1QKAA 3IO6A 3PPNA 1I6BA 1UIUA 4ZZEA 2XXRA 1MQDA 4F39A 3Q29A 4JBZA 4DLDA 3JV9A 4JSOA 3TTNA 3K00A 3PMXA 3B6WA 3TCHA 4QFNA 1KWHA 2F34A 5F1QA 2ZYKA 4LQ5A 4FORA 1Y4TA 1OLCA 3OSQA 1P1OA 4ZEDA 4RK9A 3FVKA 4AB5A 3IL1B 3RGYA 4ELRA 3PD8A 1MY3A 2ZYNA 4PQJA 5I58A 4JSDA 1MXWA 3FASA 2H9BA 3FXRA 3JZJA 1OIBA 3Q25A 3RT6B 4OQOA 3VV5A 1A8EA 4U22A 3OEMA 4WKMA 2D5WA 3O6IA 3LSXA 5JEIA 3WAEA 1DPEA 3WAFA 2I48A 3PUYE 4IGTA 5A5XB 1I6QA 4ZECA 4IY5A 2LAOA 4LVQA 4KYEA 1JNFA 3SEYA 4YB7A 3VXBA 2QJEA 4MH5A 4R2BA 2QMWA 3DELB 3EHUA 3KFMA 4R2FA 1B7ZA 3O2AA 4NF6A 3C34A 4BDLA 1SYHA 3H4ZA 1GVCA 1M5BA 1I6AA 2AL4A 4RXLA 4EXLA 1ANFA 3R6UA 3RYAA 5DVFA 4QFLA 3HO7A 4MLVA 3M3KA 1FTMA 1B6HA 4XKRA 4XKPA 4R75A 3TPAA 1SBPA 4G2ZA 5I2NB 3K1NA 2DE4A 1FTLA 5AE4A 4IO2A 2F7BA 2QPQA 3FTOA 2FYIA 4GWOA 3TTLA 4WEDA 4U2RA 1B40A 4Q5TA 2DQVA 4NF8B 2H99A 2DWAA 2Q89A 3DP8A 5LOMA 4H0WA 3K6WA 1PEBA 3W9WA 4F1VA 4TQUQ 1JEUA 3OXNA 2DYXA 2Z8DA 1N04A 4BDRA 1OQGA 3HHFA 1SI0A 5FHNA 3N6TA 4F31B 1OLAA 1SW4A 1I69A 5TPAA 3GBAA 5TP9A 4IO5A 3C35A 1BLFA 1XHYA 4PFWA 2XX8A 1M5DA 1MM6A 3PMVA 3FVNA 3OO7A 4E0XA 4P0IA 3PPPA 1IEJA 3E13X 4U1OA 4NF5A 2QS1A 3TEPA 1UTHA 1SQYA 5HBCA 5KDTB 1FCKA 2O68A 1SW5A 5KCJA 3TKDA 2XXUA 2Z22A 4KFQA 1H43A 4GRKA 5CMBA 1N84A 1BTJA 5L9MA 2I0CA 5CBRA 2D21A 1O63A 1IQ7A 5IAIA 3CVGA 3R7XA 1J1NA 3KGCA 1XC1A 3VLUA 1UIVA 3EN3A 3CR9A 2DVCA 1DOTA 3RPWA 2V3UA 4MF3A 4G8MA 4IO4A 5F7VA 4AB6A 4OEVA 1AOVA 4RK2A 1F9BA 3KG2A 2B3BA 3A3CA 5DEXA 1MRPA 1IXGA 1PB9A 3TUSA 1IXHA 4IO7A 5CMMA 4G68A 3RT8A 1IUDA 3TELA 4OXVA 3ZKKA 1LCTA 2ABHA 2PYYA 5ICQA 2DE2A 1LB8A 1P1WA 1PBQA 4NE4A 2Y84A 1POTA 1MDQA 4OFJA 4NEDA 3DRGA 5AA1A 4QSEA 3IB2A 1UQWA 4QFOA 5EYFA 2DP8A 4R9GA 2YPNA 4PETA 3QSLA 1B5JA 3W15C 4KHZE 4DXUA 2V93A 4LP2B 2GRVA 4OYVA 3O6HA 4GXAA 4F3BA 2XXQA 3PUVE 1HSLA 4ZZAA 2B3FA 2ZXTA 2G29A 4IO6A 1MS7A 1Y3PA 2ESNA 4BDMA 3VLVA 2O7UA 5H8NB 2D3IA 2H4IA 2XD3A 3TTKA 1B1XA 4X9TA 3QXMA 2HQ0A 2V25A 3FZVA 3MPKA 3CHGA 5DT6A 1BKAA 2X26A 4G68C 4X48A 3HCQA 2O7IA 2WOPA 1Y1ZA 1MH4A 2R6GE 5DTBA 5I59B 1N3WA 4ELOA 1Y9UA 2XXWA 3TCGA 2E1SA 4GXSB 1DTGA 1H3DA 1B7UA 3S9NC 1P99A 3KN7A 3SDFA 2FNCA 5H8HA 1LBCA 3C33A 1GR2A 3PV0E 5EHMA 2NWJA 3K2DA 4K3FA 3CFZA 4RJZA 5AA2D 3PGFA 3TDJA 3S9LC 4LZ8A 3C4MA 3TAJA 2QMXA 2I6EA 3R26A 2ALUA 5DYHA 2Z23A 3SETA 3TTMA 3PMWA 2UVJA 3HV1A 3SEXA 3B6QA 3LBSA 2XXPA 1S7YA 5FTHA 4F1UA 2QRYA 2HCAA 1D9VA 3KJ7A 3QIMA 5I57A 4XXUA 4F3SA 2F78A 4N13A 5I2KA 3TYHA 2F6PA 1XS5A 4C0RA 1B2HA 4XKQA 2PMSA 1Y1MA 4AQ4A 2V84A 3N5LA 4XIGQ 3H7MA 1AH5A 5FHOA 4C1UA 1US4A 4PE5B 2NXOA 1A40A 2Q9TA 3MPLA 1MG1A 3BFTA 3RTFB 1N76A 2Z8EA 2O1LA 2Q2CA 2NUVA 3TZAA 1US5A 1LGBC 2GH9A 1GGGA 3T9HB 5TU0A 2R71A 3DRHA 1LFIA 3RQTA 2B65A 4G4PA 1QKBA 1ELJA 1ATGA 3THIA 1WVJA 1MXVA 5ITPA 3E4RA 3FJMA 4YU0A 2UVGA 4NF5B 2XXHA 4GIZA 5I56A 3QUFA 2DXYA 4F2OA 2Q88A 1H45A 1OVBA 3MQ9A 1IZ1A 3T93B 4UACA 4R9FA 2H25A 3VDFA 4X1BA 3BKIB 4UA8A 3FV2A 4H8IA 2HXWA 3G7WA 2DSFA 4OENA 3EHTA 4YKIA 1NL5A 3B6TA 3IB0A 4R74A 4JWXA 1LCFA 3K6UA 2XXVA 2NVUB 3O28A 4ESXA 3TFLA 1B51A 5CBSA 2WKYA 4NF4A 3O97A 3DRKA 1IXIA 3G3HA 1MXXA 3FUZA 1FW0A 5H8QA 4YB6A 3H03A 2A5SA 1M5FA 4ONYA 1MH3A 1PDAA 5AA3A 2RC8A 3OO6A 5H8FA 4DXBA 4O3CA 2QS2A 2VGQA 1QUJA 4GD5A 2F35A 1URDA 4U4SA 1JQFA 2O84X 1IITA 2VD3A 2OLBA 3KZGA 1M5CA 4RPOA 3KBRA 5JK4A 1RKMA 3H6UA 1B7HA 3GBBA 1EH3A 3U1OA 3TMGA 3DP6A 3MAMA 3MVXA 2OJTA 4LZ5A 2Y7KA 4NMYA 3DRIA 4HTGA 3LC8A 5AA4A 2RKMA 4OZ9A 3IJXB 3MP8A 4DCYA 2YLNA 1LSTA 3IOTA 5AA2A 4F19A 1AMFA 2YJPA 3G3FA 4YICA 4FECA 3K02A 3P7IA 3M3LA 1YAEA 4F18A 3ILTB 3QYTA 1ZJLA 1A99A 1B3EA 1LAXA 4ZEFA 4JDFA 2ZNTA 4DXCA 1JW1A 5J1DA 1SW2A 1MDP1 3KJTA 3M8UA 2H98A 5JTYA 4QFPA 3LSLA 2XX9A 3MZ9A 2DE3A 4ESWA 2F7CA 4H5FA 1OVTA 2WOLA 3W9VA 4RYAA 1A7LA 2V3TA 3T9XB 1SDXA 2VP1A 4QSCA 4BDQA 2A5TB 3S9EA 4IGRA 3RUMA 1XOCA 3L6GA 2O69A 4QF9A 3E3KA 3CI8A 3N94A 4ZEKA 5ELVA 2XXTA 1R9LA 1BP5A 3JYRA 3KSXA 4KI0E 1JVXA 3B7DA 2F36A 3L6HA 3OENA 1JETA 4I9DA 1USYH 3C36A 2F7AA 4ZDMA 3U93A 5K2XA 3K1PA 1EZPA 4Q8RA 4EQBA 1JW4A 1GTKA 2G93A 1TFAA 1MQIA 4O3BA 4YKJA 3MVWA 1R1NA 5ICTA 1N3XA 4H8JA 2Q8JA 3G3KA 1LBBA 4YMAA 1Q1KA 3O9PA 1Y20A 4OHNA 1N7WA 4HW8A 4I62A 3UIFA 1EZ9A 4LZ7A 1NH8A 5CRYA 4ND9A 3KN3A 3PUWE 4ZEIA 1NNKA 4F22A 3G3JA 3MC2A 3HN0A 4OETA 4FATA 5BUUA 3TCFA 1UTBB 4N6PA 2DWIA 4POWA 4N07A 4JXIA 4X1DA 4KQPA 3V5AA 4R72A 4TLLB 4EF1A 5CI5A 4FJPA 1H44A 3I5OA 1D9YA 3U72A 1H76A 4F3GA 3PPOA 3T66A 2Z8FA 3K1MA 2CMOA 5A5XA 4PFTA 3PUXE 4DCXA 1L5TA 1ZTYA 4OMBA 3I6VA 1FTOA 4R6YA 4C1TA 2F6GA 1B0LA 3EPEA 3VE1B 3IOVA 1B4ZA 3Q28A 3UA8A 4G77A 3T9UA 3UGWA 4XTCQ 1JEVA 5I58B 1MQJA 3ILUB 1URSA 4TOZA 1HSJA 2I3WA 3PAMA 1B46A 4G8HA 2XXIA 1IXCA 1MPCA 5I2NA 3Q26A 2OWSA 3BFUA 2ZNUA 2QS3A 1NMUA 1YCJA 3IAZA 3O6PA 1RYOA 3S9MC 4NF8A 3CFXA 3M3FA 1A8FA 1Z7ME 4O3AA 2HAUA 1TXFA 2Y7WA 1S9TA 4OVJA 1SVXB 3FJ7A 4ZEBA 2DWHA 2WOKA 3CFLA 3FD3A 4NF6B 3VVDA 4H6DA 2H5YA 4RPNA 5B70A 4JWYA 4H65A 4F29A 3IO4A 3VFJA 4KR5A 1B52A 3AXFA 4YKPA 1ZMGA 3SEUA 1MPDA 2REGA 4NWDA 1PB8A 2PBWA 1QUKA 2AIXA 3F11A 3N26A 1SI1A 2PX1A 3MBPA 4JWOA 3ONMA 4KYSA 3RY3A 4ELQA 4YZZA 3CG3A 3G3GA 2ZNSA 3OEKA 3USDA 4BDNA 4THIA 3PU5A 3MVZA 3LVUA 2QL3A 3U92A 2VHAA 4HCWA 5KDTA 1NFTA 2CZLA 2XX7A 3FV1A 2GHAA 2I3VA 4MBPA 4I1DA 2RC9A 2RF1A 1B9JA 3FATA 3T9VA 1B05A 2NOOA 2Y7RA 3N6UA 4EDPA 3EF7A 1MY0A 1NNPA 5ITOA 3V8XB 5TPAB 4LATA 5TP9B 1CE2A 1FQFA 3LSWA 4POXA 2RINA 3UORA 2GFEA 1ZIUA 3G3IA 3IORA 3RYBA 1XVYA 4OTEA 4PP0A 3V83A 3O6GA 3K4UA 3RLFE 3PUZE 2P1SA 4FAJA 1SYIA 3MUQA 1POY1 3RN8A 4FEBA 1D4NA 1UTHB 2BJJX 5B7DA 3OSRA 3ZKLA 3K6VA 1BIYA 3A3UA 5KCJB 4DIGA 1MM7A 3FVOA 3FJGA 1MY4A 2RC7A 3ZS6A 3O29A 2Q2AA 1VE4A 3HHGA 3KOSA 1QW0A 3UK4A 4EF2A 3EHSA 5EHSA 2UXAA 3FGSA 1QJMA 1SD3A 4G8NA 3RTWB 2REJA 3EQ1A 4Z7EA 4QSDA 2V3QA 3QUJA 3H6VA 4YB5A 1P1QA 4GL8A 1DTZA 3OMBA 2HFBA 5CMCA 5DEXB 1Y3NA 4P0GA 1Y4CA 1B0HA 1FQBA 2PVUA 4G68B 3S2VA 2DVZA 4U23A 3T96B 1DPPA 5H8NA 4XKNA 2UYEA 2M8CA 3FVGA 3CRBA 2F5XA 4RNSA 3IR1A 3U94A 1FQEA 2ZMBA 4GF8A 1LAFE 4FIMA 1R6ZA 3HSTA 5I59A 1ZKBA 3C32A 3ODBA 4KPTA 2R9JA 3QAXA 1VR5A 4ELPA 4RA1A 3FIRA 4RY1A 1OMPA 1FTJA 1MPBA 3V89B 4H67A 4EXKA 1O7TA 3LUYA 2B4MA 3HPIA 4LONB 3TTRA 4PFUA 1MXYA 3OELA 2O6AA 2I0BA 1ZBMA 2ONKE 2I4CA 3H6TA 1AL3A 2HZLA 4IO3A 4BDOA 5KZTA 4U4XA 2VOZA 1B1HA 3MP6A 4KCDA 4EQ7A 1GV8A 2UYFA 3SESA 4ECFA 4DZ1A 3GXAA 1WDNA 1XVXA 3CG1A 4HCYA 2HZKA 1N7XA 2HAVA 2IEEA 4Z0IA 1VFEA 4Q30B 3DP4A 4H1XA 1NH7A 4QRZA 2XHDA 1EU8A 1B3GA 1CB6A 1AIVA 5H8HB 2ONRA 4M1VA 3T22A 2F97A 1QULA 1ZU0A 4U21A 4U1ZA 1PB7A 2VD2A 3FXUA 3K01A 4NTLA 4NWCA 3H3GA 2OZZA 5FTIA 1T0KA 1TT1A 4GVOA 3K6XA 1XT8A 2DXRA 2I4BA 4WXJA 2UVHA 3H6WA 3VVEA 1USYE 4R6HA 3IJOB 1LAHE 2OCUA 4GOTA 5I57B 4WEPA 5CM6A 2X7QA 5I2KB 1N0TA 4GLIA 2QSXA 5I84A 2Y7PA 2O1MA 2ANJA 2QS4A 3DM0A 2F8DA 1EZOA 3KN8A 1B3LA 3IB1A 4LA9A 4OEUA 4F1YA 4KYDA 1B3HA 3ECRA 3OD7A 1FQDA 4L17A 1Y3QA 1YTVA 4IB2A 4OESA 5BWJA 2I58A 2Y7IA 3FXQA 1VFDA 5L8DA 4MLQA 4YAHX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MXUA 5DVJA 1SPIA 1JP4A 3CIJA 3UP9A 4GWUA 1DCUA 2W7YA 4DDDA 5M2VA 1MQGA 3RNNA 4N17A 2OK2A 4H45A 2ONSA 3DRJA 4TLMB 5I56B 1NUXA 5EQ9A 4F2QA 2RCAA 1NNTA 2FBPA 4P9KA 4OFOA 3TODA 4R73A 3C31A 1JW5A 3OOAA 2QVVA 4OFLA 2X7PA 1TWYA 2PT2A 2XA5A 3T1BA 2OBGA 4YMBA 5EQ7A 1P1NA 2PCRA 4H5GA 1RYXA 1IMFA 2E0SA 1URGA 1SW1A 1D3KA 3BBRA 3IOWA 5CMKA 4JVCA 4IY6A 4KD5A 3QK6A 1VSOA 2DOJA 4GL0A 3LR1A 3IOUA 3VVFA 1A54A 4LUBA 5L9OA 1DSNA 3OO9A 4I8CA 2XD2A 3LV0A 3GLBA 4NF4B 1M5EA 1LFGA 4M4GA 4E0WA 3SKPA 1NV3A 3MW0A 1LAGE 2ZYOA 5HM4B 2PT1A 5H8QB 1JVYA 1HSEA 2Y5KA 1PC3A 4IR8A 4PFYA 4KCCA 2P2AA 5DVIA 5IKBA 3Q27A 1YXIA 5H8FB 2OWTA 3LSFB 4YKKA 1QGXA 4EUOA 1B5IA 3O66A 3UN6A 5HPQA 5FHMA 1TFDA 4ISUA 1MQHA 4JB7A 3HFUA 3TQLA 1ZLQA 2O51A 4FE8A 1S50A 1PBPA 1RDZA 3CSGA 3GZGA 4GBVA 4MFIA 2F3DA 3PPRA 1Q35A 2DS9A 2Y5LA 4PGNA 1IIWA 1FQCA 2IA4A 4GWXA 2DWJA 2B4LA 1MY2A 1WODA 4FEDA 2OX3A 3TQWA 1LFHA 4P11A 5A5LA 1FTKA 1FQAA 3A09A 1OQHA 1MXZA 1B4HA 3D4CA 1INPA 4OANA 1B3FA 2ZYMA 1NV0A 3SEVA 2I49A 1FBEA 3IK6B 4ZE9A 2A5TA 2DDKA 4ZE8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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