4PFUA

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.05 a resolution
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
total genus 181
structure length 540
sequence length 540
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfuA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfuA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfuA02
3TCHA 4ESWA 3C4MA 4G68C 5L9OA 3CFLA 2DWHA 1QULA 4ZE9A 4HS7A 5IAIA 1XS5A 3PPNA 3O28A 5HM4B 3WAFA 4GXAA 1OLAA 2D3IA 2R9JA 1S7YA 4KQPA 4YB6A 1SQYA 2P1SA 3WAEA 1T0KA 1XVYA 1FW0A 4PETA 2Q9TA 3BFUA 1GVCA 4PFYA 2VD3A 2DVCA 1DTZA 3ILTB 5ITOA 2F36A 1S9TA 3PUYE 1ZU0A 5DVJA 3S9EA 2HAVA 4GL8A 1URDA 4H5GA 1O64A 1LCTA 5BWJA 3TZAA 3FIRA 4DXBA 2QL3A 2O69A 4I1DA 4NF8B 1GR2A 3ZSFA 5CBRA 1SD3A 1MM7A 3SEVA 2WOKA 3OEKA 4ZEDA 1LAXA 1P1QA 4LONB 2B3FA 3H03A 1PEBA 1QKAA 4ZS9A 1B2HA 2HFBA 3DRIA 5AA1A 1O7TA 1MG1A 4DDDA 1FQBA 3HHFA 1B4HA 3VXCA 1A54A 3KBRA 4NF8A 4NF6A 1LBBA 3EHTA 1ATGA 5L8DA 5AA3A 3N5LA 3RUMA 3OXNA 3M3KA 2XD2A 1DPEA 3ZS6A 3USDA 3V8XB 1EZOA 3N6TA 2I0BA 2E1SA 2PBWA 3DM0A 4OFOA 2O1LA 3R26A 4LATA 3CI8A 3K6VA 3KSXA 3G3IA 5ISUA 5DEXB 2XX9A 2V84A 1Y3PA 4RY1A 2YLNA 4G8NA 3OOAA 1I69A 4MBPA 3D4GA 4FEDA 3O9PA 3L6HA 2I48A 3MP1A 3TTMA 4P0GA 3MBPA 4YKJA 3TAJA 4ZECA 5CMBA 3SERA 3MPKA 4HW8A 4ISUA 2Y7RA 3LR1A 4XKNA 1MS7A 2PX1A 2QS2A 5DEXA 1SW5A 3ODBA 1FTLA 1B3FA 1R9LA 4I62A 2OCUA 3LSWA 5K2XA 3PUZE 4YICA 4GWOA 3W15C 1QW0A 2DWAA 1B7UA 1IUDA 1WVJA 4I8CA 2E0SA 3TQLA 3IOVA 3KOTA 3P7IA 3CFZA 3QIMA 4BLAA 4LP2B 2WKYA 4YKPA 4U1OA 4EDPA 3PD8A 4ZDMA 4BDRA 3MWBA 2KLFA 4PFTA 4XKQA 5I56B 2ZYOA 4JBZA 2DQVA 1JNFA 2GHBA 4DLDA 3H06B 3FV1A 3CVGA 1IZ1A 2I4CA 4X9TA 4MLQA 1MXZA 4DXCA 1D9VA 3EF7A 2G93A 3IOTA 4OXVA 2I3VA 3ILUB 3TELA 3D4CA 5I56A 4Q0CA 3MP8A 3FXQA 3RT8A 3PPPA 3HO7A 3K6XA 3MPLA 4R6HA 5JTYB 1QKBA 1RYOA 4PFWA 4XXUA 5AA2D 1JW1A 4F22A 5I2NB 2WOLA 2YJPA 1OVBA 3TCFA 1R9QA 5F7VA 2CZLA 2B4LA 4RNSA 5CMMA 2XXTA 3GBBA 2Q8JA 3PAMA 4GLIA 4OWDA 4EF2A 2UYEA 1IXHA 2I49A 3Q29A 1URSA 4OEVA 4ZZAA 3TTRA 3CG3A 1TXFA 5JTYA 2DXYA 3O6PA 2HZKA 4DZ1A 2FYIA 1EZ9A 3O6IA 3N94A 5I2NA 1LLSA 2XXHA 3QUJA 4G68B 3KJ7A 1B5IA 3TTLA 1PC3A 2X7PA 2XXRA 1B51A 3A3CA 3OO8A 5CMCA 1GGGA 4QFLA 3MZ1A 2ANJA 3U1OA 3FGSA 3JV9A 4ZE8A 5EHSA 4QFKA 2V3QA 5FTHA 1LAGE 4TOZA 1WDNA 3KG2A 2ZMBA 3G3KA 4EF1A 4R73A 4YZZA 3VFJA 3PUXE 4G68A 4X1BA 3HV1A 3IB2A 3VV5A 4GF8A 1Z7ME 1QVSA 1UTHA 1MXXA 4ELRA 1M5DA 2XXIA 1N3WA 4F29A 1N0TA 3C31A 4O3AA 3I5OA 2VHAA 1A8EA 4KYDA 2CMOA 1B40A 5H8NB 3DLNA 4ND9A 1NFTA 3VLWA 4H1XA 3M8UA 3UORA 5FHMA 3FVOA 3N26A 1RYXA 3QXMA 4OTEA 1ZBMA 2I58A 1O63A 4XKRA 3TDJA 5TPAB 4QSDA 1B4ZA 2Z8FA 2XXWA 1NH8A 5ELVA 1FTMA 2RC7A 3Q26A 3DRKA 3H6VA 3IB1A 1SW4A 1LB9A 4F1VA 5H8FA 3RTFB 4EXLA 4QFOA 2A5TB 3H6TA 4R9GA 5CI5A 5H8HB 3PGFA 2AYSA 3BKIB 4GRKA 2AL5A 5B70A 4F3BA 5AA2A 3W9VA 4IGRA 3DP8A 4Z0IA 5TPAA 4O3BA 1N7WA 3G3JA 5DTBA 2V93A 4PFUA 2W7YA 4BDNA 2OBGA 3U72A 4JXIA 4YB5A 2O6AA 4LA9A 3UN6A 3IO6A 2A5TA 3VLUA 5H8HA 5J1DA 1OMPA 2H9BA 3LSFB 2OJTA 1Q35A 3FJMA 1VSOA 3A3UA 3I6VA 2ZYNA 3OO7A 2ABHA 4R74A 1DSNA 2XXVA 2H25A 1MY3A 3IORA 3FATA 1USYE 1LAHE 1YCJA 4IB2A 1LSTA 3U93A 1A99A 1FTJA 4YAHX 2V25A 2ESNA 2XD3A 3Q28A 1SBPA 3C34A 2I3WA 4OZ9A 1B6HA 2F5XA 4ELQA 3RT6B 3VVEA 1JVXA 4ONYA 4FAJA 1A7LA 4AB6A 5CMKA 2Y7WA 1B7HA 3TQWA 5F1QA 1IEJA 4IY5A 1POTA 3A09A 4JSOA 3H7MA 4FATA 3IOUA 1NL5A 3JZJA 3MVYA 5I59B 4Q30B 4EQ9A 2O84X 3V83A 1USYH 3PV0E 3FV2A 2X26A 4U23A 1BTJA 1VE4A 4H0WA 4U4SA 1Y4TA 3MVXA 4TQUQ 3PUWE 1SDXA 3LC8A 1ZIUA 2Q2AA 1LFGA 3U92A 1B5JA 4XKPA 4F1UA 2HAUA 1H76A 4NF6B 1CB6A 1M5EA 1POY1 5I59A 4QSCA 3C32A 2F35A 3T9XB 1LFIA 4QF9A 1ZLQA 5AA4B 3FUZA 2F7BA 1J1NA 2O1MA 3U8QA 1UIUA 2PYYA 4U21A 2DXRA 3B7DA 3LSXA 1URGA 3C33A 1BP5A 2I0CA 3RYBA 4IO5A 4F31B 4JSDA 5CBSA 1B3EA 4OETA 4DCYA 1NMUA 3Q27A 5K2YA 2THIA 4R6YA 1P1UA 2D5WA 3HCQA 5AA4A 2NUVA 5JK4A 1ZTYA 3MVWA 2Y84A 5A5XA 1N76A 1XC1A 3T22A 3K1MA 4DE8A 3B6QA 1ZKBA 3TMGA 3MVZA 3S4UA 2F6GA 1VFEA 2OWTA 1OQGA 1LGBC 1PBQA 1IITA 1OIBA 3IL1B 2VP1A 3TEPA 3E4RA 4Z7EA 2RINA 1FQEA 3E3KA 2XXYA 3THIA 4RXLA 3HN0A 1NNFA 4MH5A 3OELA 3G3HA 3MAMA 3GXAA 4ZEBA 1F9BA 4ZEFA 2NWJA 5I58B 1AOVA 1P1WA 1HSLA 2QJEA 4GQOA 4MFIA 3DP6A 4OERA 1NH7A 1I6AA 2RC9A 2DVZA 4KCCA 3FTOA 4YKKA 1N3XA 4N07A 2Q2CA 1TWYA 1SVXB 1AH5A 5I58A 2IEEA 1MQGA 4OEUA 4NWDA 1UIVA 4F3PA 5LOMA 4F2OA 2FA7A 4IO2A 3S9NC 5BUUA 3RTWB 1B9JA 2OLBA 3QK6A 3TKDA 2HZLA 3SKPA 1FCKA 1JW5A 2NOOA 2XX7A 4LZ8A 4H5FA 3MUQA 2IA4A 2UVGA 1B7ZA 3FASA 3KFMA 4LZ7A 4M4GA 2O68A 1Y3QA 2Z8DA 3I3VA 3QSLA 1H45A 3UA8A 5ITPA 1MQHA 1MXWA 1DTGA 2RCAA 2H5YA 4RK2A 4JWOA 2DWIA 1AMFA 2OZZA 3E13X 3VXBA 3UP9A 4NWCA 1GTKA 1CE2A 2GRVA 2NVUB 2QMXA 4EUOA 1S50A 1P1OA 4HTGA 2M8CA 3BBRA 1R1NA 3OSRA 1NNPA 2UVHA 1EH3A 4BDQA 3RY3A 2GFEA 1FQDA 3KSJA 1Y20A 1A40A 2DP8A 4RPOA 2Q89A 2REGA 1JW4A 2FNCA 2OWSA 5JEIA 1HSJA 1H44A 1UTBA 4RPNA 3EQ1A 3PMWA 4G8MA 3FVKA 4GOTA 3KJTA 3KOSA 4Q8RA 3VLVA 3RYAA 2B3BA 1UTHB 3O97A 4OQOA 2BJJX 4QFNA 1A8FA 2QMWA 4ECFA 3FJGA 3ZKKA 1MH3A 4FIMA 1II5A 2ONSA 3EHUA 2PT2A 2AL4A 4ELOA 4C1TA 3QAXA 3MW0A 3PPOA 3CR9A 2DE2A 2YPNA 3VDFA 4WEPA 3B6WA 3SETA 4LZ5A 5DT6A 4F3GA 1DMBA 3ECRA 2HCAA 3MC2A 4GL0A 3DRHA 3UGWA 2XXXA 2ONRA 3FZVA 3TTNA 2D21A 2Y7IA 5H8FB 2QS3A 4KHZE 4NF5B 5HPQA 2GHAA 3T96B 3IJXB 1IXGA 1Y9UA 1AL3A 3FXUA 4EQBA 2DWJA 2H99A 5AA2B 2F7CA 4POWA 3QUFA 5DYHA 4M1VA 4DCXA 3C35A 3SDFA 4RYAA 3LBSA 4HCYA 2Z22A 3MZ9A 5CC2A 1LAFE 4U2RA 2DS9A 2O7UA 1FQFA 4NF5A 2ZNSA 1MXUA 4G2ZA 4X1DA 4GVOA 1B1HA 4YMBA 4WEDA 4FEBA 5CRYA 5TP9B 4F18A 3G3GA 4ELPA 3KZGA 4FE8A 5KDTB 1SI1A 4OMBA 3OSQA 1IXIA 3DRFA 1MY0A 1OVTA 2QRYA 1SYHA 4R72A 4X48A 3S9MC 2XHDA 4LQ5A 1MRPA 3E9XA 4KR5A 3TPAA 3RLFE 4OVJA 4E0WA 1LBCA 5TP9A 4JWXA 3IR1A 1MXVA 3IX1A 5KDTA 5DVFA 3RN8A 4UACA 1XHYA 2RKMA 3H4ZA 2DE4A 4YMAA 3RPWA 2P2AA 4H67A 1M5BA 1QJMA 3KN7A 4OESA 3OENA 1BLFA 2F8DA 3KGCA 2R71A 3AXFA 4WXJA 4BDLA 4JB7A 3R6UA 1Y1ZA 2XX8A 3B6TA 4NMYA 3HSTA 5H8QB 1QUKA 1SYIA 3SEWA 3SESA 4U1ZA 4U4XA 5FHNA 1Y4CA 3HPIA 4OYVA 1P1NA 4TLMB 3CFXA 5DVIA 4QHQA 1IQ7A 1MQJA 2I6EA 2O7IA 4F3SA 4R6KA 3CSGA 3OO9A 2ZNUA 3EPEA 4I9DA 3KN8A 4O3CA 3BFTA 3K0VA 3OMBA 5H8QA 1SW1A 4P11A 3IAZA 4NTLA 1QUJA 4K3FA 4E0XA 2Y7PA 1L5TA 3MZBA 2UXAA 3VVFA 5ICTA 1D9YA 1LFHA 3RQTA 3O6GA 3PU5A 1LB8A 4FORA 2F78A 3GBAA 3KN3A 3PPRA 2PVUA 4AB5A 4PE5B 1M5FA 3O2AA 4PQJA 2DE3A 3C9HA 2ONKE 5I2KB 4R75A 1I6BA 1B46A 1MQDA 5A5XB 2O51A 1I6QA 3F11A 4IO3A 2QS4A 1TFDA 4KD5A 5AE4A 4U22A 3MQ9A 3T66A 4N6PA 1DOTA 4OENA 3DP4A 3O6HA 1Y3NA 4EXKA 4AQ4A 4LVQA 1PBPA 4JDFA 3DRJA 1JEUA 2DSFA 3U94A 4QFPA 1MXYA 3CG1A 1MM6A 3PMXA 5I2KA 2R6GE 4OFLA 1MY1A 2V3TA 1R6ZA 3MJNA 1B3HA 5H8SA 2ZYMA 3K6WA 5TU0A 5EHMA 3K4UA 2H4IA 3LVUA 3T9HB 2Z8EA 4DIGA 4RA1A 3H3GA 1JEVA 3VE1B 1AIVA 4H8JA 1B52A 3PPQA 1VR5A 1RKMA 4F2QA 2XXPA 1YPNA 1FTKA 3K1PA 4MF3A 4F39A 1ZMGA 2X7QA 5ICQA 2B4MA 1LCFA 2F97A 2F34A 3FJ7A 5I57B 5B7DA 1SI0A 4RK9A 4N13A 4IGTA 4IO4A 3CHGA 4JWYA 1N04A 1OLCA 1ZJLA 1M5CA 5FHOA 4QSEA 4F1YA 1D4NA 1YAEA 4R2BA 2B65A 1MPBA 1NNKA 3FD3A 2GH9A 5L9SA 3SEXA 1PB9A 3DELB 3N6UA 2AIXA 4ESXA 1B05A 4POXA 5I57A 3CRBA 3GLBA 3OO6A 4BDMA 3T9VA 4DXUA 3LUYA 1IIWA 3M3FA 3H6UA 4RJZA 3QYTA 5KZTA 3FXRA 3V5AA 5HBCA 4GXSB 3SEYA 2VGQA 2DOJA 2XXUA 4G8HA 1H3DA 1US4A 3S9LC 4IO7A 4H8IA 2G29A 2QS1A 3CSBA 1US5A 1PB7A 4NEDA 1FTOA 1H43A 3V89B 1MDQA 4XIGQ 3L6GA 2ZNTA 2Y7KA 1MQIA 1MPCA 4BDOA 3JYRA 5KCJB 2Z23A 1UTBB 5CM6A 1B0LA 4QRZA 1EZPA 1B3LA 4OFJA 2F7AA 3IJOB 1BIYA 1MPDA 1KWHA 3C36A 4G77A 4HCWA 4KYEA 4Q5TA 4PP0A 1B32A 2UVJA 4ZEKA 1B3GA 3G7WA 1D3KA 3TYHA 3IB0A 3K6UA 4YKIA 1HSEA 2QPQA 3GZGA 2QSXA 2LAOA 2P0SA 3PUVE 5KCJA 2ZYKA 3RNNA 1WODA 1XT8A 2H98A 1NKXA 1DPPA 3S2VA 4R9FA 3OEMA 1JVYA 1FQAA 4TLLB 3PD9A 1P99A 2NXOA 4WKMA 1PDAA 3TODA 1PB8A 1VFDA 3EN3A 1B1XA 5IKBA 2REJA 1MY2A 1B58A 1JETA 2WOPA 1JQFA 3Q25A 3MP6A 3K01A 3SEUA 1ANFA 2PMSA 2UYFA 4XTCQ 3OD7A 1N7XA 4LUBA 3K2DA 3LSLA 1NNTA 3PMVA 2DYXA 4IY6A 4EQ7A 4L17A 3K02A 3VVDA 1IXCA 4YB7A 2UVIA 3CIJA 4KPTA 1BKAA 4C0RA 4C1UA 2ZXTA 1XVXA 4MLVA 3TTKA 5L9MA 3TCGA 1FQCA 1GV8A 3R7XA 1QUIA 3K1NA 3UK4A 4KYSA 2XXQA 1EU8A 1OQHA 5M2VA 2I4BA 4OHNA 3HHGA 1MY4A 5H8NA 1A55A 3FVGA 3KEIA 2PT1A 3M3LA 2HEUA 1TT1A 4GFRA 3G3FA 4GIZA 3T9UA 2V3UA 5EYFA 3TUSA 2VD2A 2RC8A 4UA8A 3RGYA 3ZKLA 1SW2A 1Z7NE 2RF1A 4ZZEA 4NE4A 4KI0E 1UQWA 4KFQA 3H6WA 4ZEIA 4IO6A 5FTIA 2F6PA 2ALUA 2OK2A 1Q1KA 4H6DA 1Y1MA 3IK6B 2Q88A 4F19A 4THIA 1YTVA 3W9WA 1XOCA 4R2FA 2RCBA 1B0HA 3O66A 4YU0A 3FVNA 3ONMA 4H65A 4NF4B 2HXWA 1MDP1 5I84A 1MH4A 3UIFA 1B5HA 3IOWA 3DRGA 4GD5A 2HQ0A 4FJPA 3T93B 3O29A 4FECA 1ELJA 1TFAA 3IO4A 2A5SA 3EHSA 3K00A 4KCDA 1N84A 4G4PA 3TFLA 4LQ2A 4P0IA 4NF4A 2VOZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TCHA 4ESWA 3C4MA 4G68C 5L9OA 3CFLA 2DWHA 1QULA 4ZE9A 4HS7A 5IAIA 1XS5A 3PPNA 3O28A 1FPBA 5HM4B 3WAFA 4GXAA 1OLAA 2D3IA 2R9JA 1S7YA 4KQPA 4YB6A 1SQYA 2P1SA 2WEFA 3WAEA 1T0KA 1XVYA 1FW0A 4PETA 2QVRA 2Q9TA 3BFUA 1GVCA 4PFYA 2VD3A 2DVCA 1DTZA 3ILTB 5ITOA 2F36A 1S9TA 3PUYE 1ZU0A 5DVJA 3S9EA 2HAVA 4GL8A 1URDA 4H5GA 1O64A 1LCTA 5BWJA 4PC9A 3TZAA 3FIRA 4DXBA 2QL3A 2O69A 4I1DA 4NF8B 4GBWA 1GR2A 3ZSFA 5CBRA 1SD3A 1MM7A 3SEVA 5I3SA 2WOKA 3FXBA 3OEKA 4ZEDA 1LAXA 1P1QA 4LONB 2B3FA 3H03A 1PEBA 1QKAA 5IGAA 4ZS9A 1B2HA 2HFBA 3DRIA 5AA1A 2QVUA 5EYHA 1O7TA 1MG1A 1XI6A 4OVTA 4DDDA 1FQBA 3HHFA 1B4HA 3VXCA 1A54A 3KBRA 1NUZA 4NF8A 4NF6A 1LBBA 3EHTA 1ATGA 5L8DA 1FSAA 1YZ0A 5AA3A 3N5LA 3RUMA 3OXNA 3M3KA 2XD2A 1DPEA 3ZS6A 3USDA 3V8XB 1EZOA 3FBPA 3N6TA 2I0BA 2E1SA 2CZIA 2PBWA 3DM0A 5ET8A 4OFOA 3KC0A 2O1LA 3R26A 4LATA 4PDHA 3CI8A 3K6VA 3KSXA 3G3IA 5ISUA 5DEXB 2XX9A 2V84A 1FPIA 4KXPA 1Y3PA 4RY1A 2YLNA 4N15A 4G8NA 3OOAA 1FBEA 1I69A 4MBPA 3D4GA 4FEDA 3O9PA 3L6HA 2I48A 2P3VA 3MP1A 3TTMA 4P0GA 3MBPA 4YKJA 3TAJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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